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1.
【目的】 基于网络药理学探讨穿心莲抗癌的潜在作用机制。【方法】 应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选穿心莲的潜在活性化学物质,借助GeneCards数据库、OMIM数据库平台筛选治疗癌症的作用靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性化学物质-疾病-作用靶点”网络图,借助 String 数据库平台构建蛋白质相互作用(PPI)网络。最后应用Bioconductor平台和R语言进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。【结果】 通过筛选得到穿心莲的潜在活性成分24个,涉及71个疾病作用靶点,其中与癌症相关作用靶点31个。主要活性成分为汉黄芩素、mono-O-methylwightin、quercetin tetramethyl(3’,4’,5,7)ether、千层纸素A等。主要通过调控AR、ERS1、IL-6等靶点基因及p53信号通路、甲状腺激素信号通路、催乳素信号通路等发挥抗肿瘤作用。主要抗癌病种为乳腺癌与前列腺癌。【结论】 应用网络药理学的方法预测出穿心莲治疗癌症的可能作用机制,为其进一步研究提供新的思路与线索。  相似文献   

2.
目的:基于网络药理学探讨通窍活血汤治疗颅脑损伤(TBI)的作用机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选出通窍活血汤潜在活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得颅脑损伤疾病靶点,得到通窍活血汤的中药与TBI的交集靶点,使用Cytoscape 372软件绘制活性成分靶点疾病交互网络图。采用String数据库构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果:筛选后收集得所有中药成分127个,收集疾病靶点1 811个,疾病与药物交集靶点共62个。PPI网络提示核心靶点为ALB、IL6、CASP3、EGFR、VEGFA等;GO功能注释得到73条富集结果,包括DNA结合转录激活剂活性,RNA聚合酶Ⅱ特异性等,富集得到PI3K-AKT等75条核心的KEGG通路。结论:通窍活血汤治疗颅脑损伤具有多成分、多靶点、多通路的作用机制特点。  相似文献   

3.
目的:基于网络药理学方法构建茵栀黄口服液成分-靶点-通路的相互作用网络,探究其治疗黄疸可能的分子机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取茵栀黄口服液4种成分-茵陈、栀子、黄芩、金银花的有效活性成分,并对潜在靶点进行预测,进而绘制药物有效活性成分韦恩图及化合物-靶点网络图,通过人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GeneCards及Drugbank数据库筛选出黄疸相关靶点,与获得的药物预测靶点取交集,再将交集靶点导入STRING数据库及Cytoscape 3.7.2,得到蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;通过Metascape对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:茵栀黄口服液的4种成分-茵陈、栀子、黄芩、金银花在TCMSP数据库中共检索到530个化学成分,根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)共筛选出87个活性成分,得到作用于黄疸的靶点共233个,通过与疾病数据库筛选出黄疸相关靶点取交集,获得交集靶点122个,GO功能分析集中在对细胞凋亡、细胞因子受体结合的调控,对多种蛋白激酶活性的调节等方面,KEGG通路分析得到T细胞受体信号通路、IL-17信号通路、PI3K-AKT信号通路、核因子κB信号通路等通路。结论:本研究结果显示茵栀黄口服液治疗黄疸具有多成分、多靶点的作用特点,并预测了可能的作用机制,为后期实验研究提供了理论依据。  相似文献   

4.
5.
目的:通过网络药理学探讨淫羊藿增强免疫功能可能的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索淫羊藿的活性成分和靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络图。通过人类基因数据库(GeneCards)检索免疫抑制的相关靶点,利用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,利用DAVID平台进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集通路分析。结果:筛选出淫羊藿21个有效活性成分,179个潜在靶点。GO生物过程共562条,包括信号转导、炎症反应、凋亡过程等;KEGG信号通路共120条,主要涉及癌症途径、MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路、TNF信号通路等。结论:淫羊藿的活性成分通过作用于AKT1、TP53、IL6、VEGFA等靶点,参与信号转导等生物过程,调控癌症途径、TNF信号通路等多个途径发挥增强免疫功能的作用。  相似文献   

6.
目的:通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁(Post-stroke Depression, PSD)的潜在活性成分和可能的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和蛋白质序列数据库(Uniprot)筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果:共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...  相似文献   

7.
目的:基于网络药理学预测苦参-地榆治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中药数据库检索苦参-地榆药对的化学成分和靶基因,以口服生物利用度(OB)>30%和类药性(DL)>0.18为条件筛选药对的潜在有效成分,并通过TCMSP预测药对的潜在靶点。运用Uniprot数据库寻找到潜在靶点相对应的人类基因名称,通过Genecards、OMIM数据库检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,与药对的潜在靶点相映射,绘制韦恩图,将映射找到的有效成分的靶基因导入Cytoscape3.7.2构建药物-成分-疾病-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图选出核心靶标,最后将苦参-地榆药对治疗溃疡性结肠炎的有效靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:共获得苦参-地榆药对27个有效成分和74个有效靶点。GO富集分析结果显示90个生物过程,主要与DNA结合和蛋白质或辅助因子结合等相关;KEGG通路富集结果显示115条通路,主要包括PI3K-AKT信号通路、癌症通路等。结论:苦参-地榆药对多种活性成分作用于多靶点、多途径、多通路协同发挥治疗UC。  相似文献   

8.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨白头翁汤抗结直肠癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选白头翁汤的活性成分和对应靶点,利用疾病靶点数据库查找结直肠癌靶点,并通过venny2.1.0软件得到交集靶点,通过STRING数据库构建靶点互作网络图;采用Cytoscape软件构建方剂-药物-成分-靶点网络,对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,最后采用分子对接技术对主要活性成分和关键靶点的结合能力进行验证。结果:白头翁汤包括白头翁、黄连、黄柏、秦皮4个主要活性成分以及182个潜在作用靶点,GO富集分析显示基因富集于2226条生物过程(BP)、70个细胞组成(CC)及197种分子功能(MF);KEGG富集分析提示共同靶点富集于171条通路,分子对接提示主要活性成分与关键靶点具有较好对接活性。结论:白头翁汤对结直肠癌的治疗作用发挥可能与槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇等成分调控TP53、MAPK1、MAPK14、RELA等基因以及影响TNF、IL-17等信号通路相关。  相似文献   

9.
目的:采用网络药理学和分子对接的方法探究西黄丸防治非小细胞肺癌(NSCLC)潜在分子机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及BATMAN-TCM数据库中筛选分析西黄丸的有效活性成分及作用靶点。在GeneCards数据库与人类孟德尔遗传数据库(OMIM)中检索获取NSCLC的相关靶点,选取与西黄丸的交集靶点作为研究靶点。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。采用Cytoscape 3.7.0软件构建药物-靶点-疾病可视化互作网络图。使用DAVID数据对筛选分析出的关键靶点,进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后运用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果:通过筛选得到西黄丸51个主要活性成分,包括槲皮素、β-谷甾醇等,其中作用于NSCLC的靶点有178个,关键靶点有MAPK1、JUN、AKT1、TP53、RELA等。GO和KEGG分析结果显示,西黄丸治疗NSCLC的机制涉及多个生物学过程及PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等多种信号通路。药物有效活性成分与关键靶点对接活性良好。结论:网络药理学分析显示西黄丸治疗NSCLC是多成分、多靶点、多通路协同起效,为后续相关实验提供了充分的理论依据。  相似文献   

10.
目的:借助网络药理学平台,研究半夏泻心汤治疗功能性消化不良(FD)的作用靶点及作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选半夏泻心汤的有效成分及作用靶点。通过GeneCards数据库提取FD相关基因。运用Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-疾病”网络图,上传关键靶点至STRING平台建立蛋白质-蛋白质相互作用网络,最后利用ClueGO插件进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:半夏泻心汤有效活性成分共211种;关键靶点共70个,包括ALB、CASP3、VEGFA等;KEGG通路富集得到相关作用通路15类,主要涉及TNF信号通路、核因子κB信号通路、5-羟色胺(5-HT)信号通路、PI3K-AKT信号通路等。结论:调节炎症、胃动力、胃肠高敏性以及雌激素含量等途径是半夏泻心汤治疗FD的潜在作用机制,本研究为FD治疗方案的进一步改进提供了客观的参考方向。  相似文献   

11.
目的:基于网络药理学和分子对接的方法研究牛膝-熟地黄-当归治疗膝骨关节炎的潜在靶点和分子机制,明确治疗膝骨关节炎的机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中限定口服生物利用度和类药性为条件检索并筛选牛膝-熟地黄-当归的药物活性成分与靶点;通过TTD、PharmGKB、OMIM、DrugBank、GeneCard、STRING等数据库和CytoScape 3.9.1筛选核心疾病靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;使用R软件对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体论(GO)生物学功能分析探索治疗膝骨关节炎的潜在机制;通过Discovery Studio软件进行分子对接,观察其结合能力。结果:根据限定条件获得牛膝-熟地黄-当归有效化学成分114个,重要交集靶点109个,GO富集功能分析显示条目4 219个(P <0.05),KEGG富集通路为167条信号通路。牛膝-熟地黄-当归主要药物活性成分为槲皮素、山柰酚、黄芩素、β-谷甾醇、汉黄芩素、芦丁等,关键靶点为表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Recepto...  相似文献   

12.
目的 采用网络药理学方法预测酸枣仁汤抗抑郁的作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索酸枣仁汤的活性成分及相应靶点,在GeneCards、OMIM及DRUGBANK数据库获取抑郁症相关的靶点;使用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络;对交集靶点利用DAVID数据库进行基因本体论(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;使用Cytoscape 3.7.1软件构建“酸枣仁汤-成分-靶点-通路”网络。结果 从酸枣仁汤中筛选出15个核心活性成分,涉及槲皮素、山柰酚、柚皮素等;32个核心靶点,涉及STAT3、JUN、AKT1、MAPK1等;GO富集得到的条目共276个[伪发现率(FDR)<0.01],KEGG富集得到114个信号通路(FDR<0.01),涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等。结论 此研究初步探讨了酸枣仁汤抗抑郁的多成分、多靶点、多通路作用机制,为抑郁症的治疗提供思路和参考。  相似文献   

13.
目的:基于网络药理学原理探讨药对金银花-连翘干预痤疮的分子通路及作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索金银花、连翘化学成分、作用靶点;通过GeneCards数据库获取痤疮差异性靶点基因,预测中药中痤疮相关的作用靶点;通过STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,构建“中药-成分-关键靶标-主要通路”的可视化网络图。运用DAVID数据库对筛选出的靶点基因进行基因富集分析,从而获得基因本体论(GO)生物功能及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路注释结果,进而探究中药干预痤疮的分子作用机制。结果:药对金银花-连翘干预痤疮共预测得到活性成分29个,涉及核心靶点基因97个、GO生物功能103个、KEGG信号通路119个。结论:药对金银花-连翘主要活性成分通过多靶点、多通路干预痤疮,主要涉及核受体的活性、转录因子活性等功能,以及白细胞介素(Interleukin,IL)-17信号通路、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)信号通路和磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-丝氨酸...  相似文献   

14.
目的:基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具(BATMAN-TCM)平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、治疗靶点数据库(TTD)得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体(GO)富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果:检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论:强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。  相似文献   

15.
目的:基于系统药理学分析黄芪-熟地黄药对治疗糖尿病肾病的作用机制。方法:在中药系统药理学一体化分析数据库(TCMSP)中分别查询黄芪-熟地黄药对中所包含的有效化学成分;利用PubChem数据库查找黄芪-熟地黄中所筛化合物的结构式以及该化合物的SMILES,再通过Swiss Target Prediction、DrugBank数据库预测其靶点;通过DisGeNET、GeneCards数据库挖掘并筛选与糖尿病肾病相关性评分高的作用靶点,并构建“黄芪-熟地黄”所作用的蛋白/基因之间相互作用网络图、化合物与靶点相互作用的网络图以及药物-靶点-通路网络图;通过David数据库对“黄芪-熟地黄”药对作用靶点进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。结果:经过TCMSP数据库药物代谢动力学筛选得到“黄芪-熟地黄”药对活性成分20个,活性成分靶点651个;作用于糖尿病肾病的靶点139个;通过GO分析得到50个生物学过程、33个细胞组成和35个分子功能;经KEGG分析得到30条信号通路包括肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)信号通路、血管内皮...  相似文献   

16.
目的:基于网络药理学的方法,对桃红四物汤主要活性成分进行筛选,并收集相关靶点,探索其治疗股骨颈骨折初期的可能分子机制。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得桃红四物汤活性成分的干预靶点,再与GeneCards数据库中股骨颈骨折基因靶点相映射得到交集靶点;使用Cytoscape 3.7.0软件构建“活性成分-靶点”网络;利用String数据库得到交集靶点相互作用网络;使用R语言联合数据包进行桃红四物汤潜在靶点的基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,再在动物层面验证方剂的有效性。结果:共筛选出桃红四物汤治疗股骨颈骨折关键活性成分主要有槲皮素、山柰酚、木犀草素、黄芩素、β-胡萝卜素等,潜在靶点PTGS2、NCOA2、PTGS1、HSP90AA1、PGR等,股骨颈与桃红四物汤交集靶点共121个,其生物过程与PI3K-AKT、核因子κB、IL-17及TNF信号通路等相关信号通路关系密切。动物实验显示桃红四物汤加减可促进股骨骨折早期愈合。结论:桃红四物汤有效促进骨折愈合,网络药理学表明桃红四物汤中通过AKT1、MAPK-8、IL-6等关键靶蛋白结合多条通路治疗股骨颈骨折,为临床治疗提供理论依据。  相似文献   

17.
目的:利用网络药理学的方法预测麻黄附子细辛汤治疗儿童哮喘的活性成分,并预测其作用靶点,探讨其可能的作用机制。方法:用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和GeneCards数据库收集麻黄附子细辛汤的活性成分及靶点,采用STRING数据库和Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点的网络和作用于哮喘的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过ClusterProfiler语言包进行GO和KEGG通路的富集分析。结果:通过口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18筛选得到35个有效活性成分,包括槲皮素、木犀草素、(+)-儿茶素等,收集了171个靶点,包括JUN、AKT1、MAPK1、MAPK3、RELA和IL6等,并富集得到多条GO功能和KEGG通路,比如TNF信号通路,AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等。结论:麻黄附子细辛汤可能通过抑制炎症介质的表达,促进气管重塑,改善气管堵塞等而发挥治疗儿童哮喘的作用。  相似文献   

18.
张露丹  王金  张美英  刘丹 《天津中医药》2020,37(10):1183-1189
[目的] 采用网络药理学对补阳还五汤治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的分子机制进行探讨。[方法] 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库、化学专业数据库收集补阳还五汤中7味中药的相关化学成分及作用靶点,与Drugbank、GeneCards数据库获得的DPN疾病靶点相映射,得到补阳还五汤治疗DPN的潜在靶点;通过STRING在线数据库得到蛋白互作关系并筛选出关键靶点,进而运用Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络和"补阳还五汤-活性成分-关键作用靶点"网络;使用R软件对补阳还五汤的关键作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,并构建"补阳还五汤-活性成分-靶点-KEGG通路"多维网络图。[结果] 筛选得到补阳还五汤81个活性成分和238个作用靶点,DPN疾病相关靶点4 334个,补阳还五汤治疗DPN的关键靶点124个,槲皮素(quercetin)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、黄芩素(baicalein)等12个成分具有潜在抗DPN活性,其可能作用于丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、SRC、JUN、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)等靶点,通过AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等发挥治疗DPN的作用。[结论] 补阳还五汤通过多成分、多靶点、多途径起到干预治疗DPN的作用,为补阳还五汤治疗DPN的基础和临床研究提供新方向。  相似文献   

19.
目的:运用网络药理学方法探究丹参饮治疗心绞痛的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出丹参饮中丹参、檀香、砂仁的有效活性成分及其相关靶点蛋白,通过GeneCards数据库挖掘心绞痛的疾病靶点,将其与药物靶点蛋白取其交集,并将交集靶点运用Cytoscape 372构建活性成分-靶点-疾病网络图。运用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)I网络图,并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共筛选出丹参饮的活性成分78个,靶点334个,心绞痛的靶点2 578个,其交集靶点93个,对应的活性成分59个。GO生物过程20条,包括肾上腺素能受体活性、G蛋白偶联胺受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、细胞因子受体结合、酰胺结合等;KEGG相关信号通路,涉及HIF-1信号通路、IL-17信号通路、T细胞受体信号通路等。结论:本研究体现了丹参饮治疗心绞痛的作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,为临床应用及药理学研究提供了思路和依据。  相似文献   

20.
目的:运用网络药理学的方法,探讨苦参治疗肝癌的作用机制。方法:通过中医药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)筛选出苦参活性成分及作用靶点;在OMIM和Genecards中获取疾病靶点。通过R语言对基因进行匹配并绘制韦恩图;在String网站构建活性成分-蛋白质-蛋白质相互作用网络图;Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点网络;通过R软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出45个活性成分和176个潜在作用靶点;GO及KEGG功能富集显示苦参主要影响PI3K/Akt/mTOR通路及HIF-1a等信号通路。结论:苦参可能通过影响PI3K/Akt/mTOR通路及HIF-1a等信号通路,从而调控肝癌细胞侵袭及转移。  相似文献   

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