多参数预测人巨细胞病毒临床病毒株UL145基因B细胞表位

目的 应用多参数预测及分析人巨细胞病毒（Human cytomegalovirus,HCMV）临床病毒株UL145 基因B 细胞表位。方法 根据人巨细胞病毒UL145 基因氨基酸序列预测其二级结构,结合跨膜结构、亲水性、可及性及抗原性方案等参数综合预测UL145 基因B 细胞表位。结果 HCMV pUL145 氨基酸等电点为6.64,二级结构以无规则卷为主,1～130 位氨基酸均为膜外区域,结合多种预测方法分析提示,88～99 位氨基酸序列内可作为HCMV UL145 基因的B 细胞候选表位。结论 多参数预测提示88～99 位氨基酸序列为HCMV UL145 基因B 细胞表位预测序列,为进一步制备相应的抗体提供了重要依据。     

新型冠状病毒S蛋白B细胞表位的预测与分析

目的：分析新型冠状病毒（SARS-CoV-2）S刺突蛋白的二级结构并预测其可能的B细胞表位。方法：基于SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列，分别采用SOPMA、GOR方法预测S蛋白的二级结构，并结合其跨膜区、亲水性、表面可及性和抗原性参数等综合分析，预测SARS-CoV-2 S蛋白可能的B细胞表位。结果：对SARS-CoV-2 S蛋白二级结构的预测表明，其二级结构中柔性区域以无规卷曲为主，少见转角。多种参数综合分析推测，其可能的优势B细胞表位位于354～360、437～445、454～471、527～537、567～582、678～685、772～779和806～818位氨基酸。结论：采用多参数预测SARS-CoV-2 S蛋白的B细胞表位，为深入研究S蛋白的功能奠定基础。     

沙眼衣原体热休克蛋白60的B细胞表位预测及分析

目的：分析沙眼衣原体（Chlamydia trachomatis,CT）热休克蛋白60（heat shock protein 60,HSP60）的二级结构并预测其B细胞优势表位,进一步分析其在沙眼衣原体相关自身免疫性疾病发病中的意义。方法：以CT标准株（E/UW-5/Cx）HSP60的完整氨基酸序列为基础,分别采用SOPMA、GOR、nnPredict和HNN四种方法预测CHSP60的二级结构,并结合其跨膜区域、亲水性、表面可及性、抗原性、极性和柔韧性等参数进行综合分析,预测CHSP60可能的B细胞优势表位,并将B细胞优势表位与人HSP60的氨基酸序列进行比对,分析两者之间的同源性,寻找可能与自身免疫性疾病相关的B细胞表位。结果：四种方法对CHSP60二级结构的预测表明,其二级结构中柔性区域以无规卷曲为主,少见转角。其B细胞优势表位可能位于氨基酸79～85、135～140、433～440和526～532区域,而上述序列与人HSP60氨基酸序列比对后,发现其135～140、433～440和526～532区域与人HSP60氨基酸159～164,457～464、549～556区域有较高的同源性。结论：CHSP60可能的B细胞优势表位中,135～140、433～440和526～532区域可能与CT感染相关自身免疫性疾病的发病有关。     

人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的B细胞表位预测

目的 预测人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的B细胞表位.方法 应用互联网软件分析Hopp&Woods亲水性(Hydrophilicity)、可及性(Accessibility)、极性(Polarity)及柔韧性(Flexibility)、Welling抗原性(Antigencity)和二级结构(Secondary structures)等参数,用吴玉章等建立的B细胞表位预测法综合评价.结果 多种预测法重复了人巨细胞病毒UL23开放阅读框编码蛋白的N端第27～43、104～119、125～160位氨基酸区域内或附近,该区域含有B转角和无规卷曲结构,板可能是B细胞识别表位.结论 为应用合成肽或原核表达大片断蛋白制备抗人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的抗体提供了依据.     

华支睾吸虫一氧化氮合酶相互作用蛋白基因的生物信息学分析

目的分析和预测华支睾吸虫一氧化氮合酶相互作用蛋白(CsNOSIP)基因序列结构和功能特征及其编码蛋白的理化性质,预测该基因的生物学意义。方法利用生物信息学方法(Vector NTI、InterProScan、SignalP和SecretomeP等相关软件)对华支睾吸虫一氧化氮合酶相互作用蛋白基因及相应氨基酸序列的同源性、理化性质、保守结构域、信号肽、亲水性/疏水性、B细胞表位进行预测分析。结果华支睾吸虫一氧化氮合酶相互作用蛋白基因的开放阅读框包含867 bp,编码288个氨基酸,理论分子质量为35 Mr,等电点为9.16。SignalP和SecretomeP分析结果显示华支睾吸虫一氧化氮合酶相互作用蛋白为非经典途径分泌蛋白;InterProScan分析结果显示,华支睾吸虫一氧化氮合酶相互作用蛋白特征性结构域位于第45～76位,第211～267位和第1～289位氨基酸之间。在该基因的氨基酸序列中,共发现7个B细胞表位。结论利用生物信息学知识和各种分析软件对Cs NOSIP所编码的cDNA序列及理论蛋白质的理化性质、结构和功能域等进行预测和分析,能够为开展Cs NOSIP的表达及其功能研究提供理论依据。     

MAGE-A家族抗原共同B细胞表位预测分析

目的：预测和筛选黑色素瘤抗原A（MAGE-A）家族抗原的共同B细胞表位。方法：以MAGE-A1的全长氨基酸序列为基础,利用生物信息学软件,采用Hopp＆Woods的亲水性方案、Zimmerman极性参数和Jameson-Wolf抗原指数方案和Emini表面可及性方案等,结合MAGE-A1的二级结构与其柔性区域及跨膜区域对MAGE-A1的优势B表位区段进行综合分析,进一步运用抗原指数分析预测MAGE-A1的B细胞表位,并将其与MAGE-A家族中其他成员（MAGE-A2至A12）进行比对,以预测MAGE-A家族抗原的共同B细胞表位。结果：MAGE-A1的全长为309个氨基酸,相对分子质量为46 kDa,为可溶性蛋白。经综合分析,其B细胞优势表位可能存在于氨基酸序列N端的9~14,84~88,118~124,160~165,208~214,233~240区段;经与MAGE-A家族中其他成员的氨基酸序列比对,MAGE-A1的9~14,84~88,118~124及233~240区段,即HCKPEE,EEEGP,RAREPVTK,GEPRKLLT肽段可能为MAGE-A家族抗原共同B细胞优势表位。结论：利用生物信息学预测发现MAGE-A1的优势B细胞表位中,9~14,84~88,118~124及233~240区段可能为MAGE-A家族抗原的共同B细胞表位,可为表位疫苗的研制等提供理论依据。     

肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测

目的对肠道病毒71型(EV71)VP1基因编码衣壳蛋白进行系统结构与功能预测,为制备EV71疫苗和诊断抗原的研究提供理论基础。方法基于编号为1404-Luan(CHN)-08的EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白的氨基酸序列,应用ProtParam、SigalP、TMPRED、Sosui、SOPMA、Phyre、Bepipred等生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性、二级结构、三级结构等性质和潜在的B细胞表位。结果 EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白没有信号肽,无跨膜区,是一个亲水性蛋白;VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,含有少量的α-螺旋,少见β-转角;VP1的三级结构中4～121氨基酸部分在蛋白表面形成一环状结构(VPl GH loop);EV71 VP1潜在的B细胞表位共有6个可能的抗原表位。其中,预测分值最高的线性表位区域位于157～177位氨基酸残基。结论成功预测了EV71六安地区分离株VP1二级结构、三级结构和B细胞表位,为制备EV71基因工程疫苗和诊断抗原的开发提供了理论基础。     

Bioinformatics analysis and B-cell epitope prediction of VP1 gene of enterovirus 71 isolated in Lu′an city

目的 对肠道病毒71型(EV71)VP1基因编码衣壳蛋白进行系统结构与功能预测,为制备EV71疫苗和诊断抗原的研究提供理论基础.方法 基于编号为1404-Luan(CHN)-08的EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白的氨基酸序列,应用ProtParam、SigalP、TMPRED、Sosui、SOPMA、Phyre、Bepipred等生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性、二级结构、三级结构等性质和潜在的B细胞表位.结果 EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白没有信号肽,无跨膜区,是一个亲水性蛋白;VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,含有少量的α-螺旋,少见β-转角; VP1的三级结构中4～121氨基酸部分在蛋白表面形成一环状结构(VPl GH loop);EV71 VP1潜在的B细胞表位共有6个可能的抗原表位.其中,预测分值最高的线性表位区域位于157～177位氨基酸残基.结论 成功预测了EV71六安地区分离株VP1二级结构、三级结构和B细胞表位,为制备EV71基因工程疫苗和诊断抗原的开发提供了理论基础.     

人白细胞介素-36α蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位的预测

目的预测并分析人白细胞介素-36α蛋白的二级结构及其潜在的B细胞抗原表位。方法以人IL-36α蛋白的氨基酸序列为基础,采用生物信息软件和互联网服务器预测人IL-36α蛋白的二级结构及其亲水性、可及性和柔韧性,根据预测结果综合分析IL-36α蛋白可能的B细胞抗原表位。结果IL-36α蛋白潜在的B细胞抗原表位位于N端8～12、33～38、111～116和143～149氨基酸区段。结论预测了IL-36α蛋白的二级结构和B细胞抗原表位,为进一步研究IL-36α的生物学活性部位及利用合成肽制备抗IL-36α的多克隆抗体提供了理论依据。     

晚期黄疸新生儿人巨细胞病毒感染与US3基因多态性的关系

目的了解晚期黄疸新生儿人巨细胞病毒(HCMV)感染状况,探讨HCMV US3基因多态性与致病性之间的关系。方法应用巢式PCR法检测2010年1～6月在本院新生儿科就诊的79例晚期黄疸新生儿样本HCMV US3基因,阳性标本结果进行双向DNA测序,通过BioEdit、DNAstar、GeneDoc等软件进行序列分析。结果 79例晚期黄疸新生儿中20例HCMV US3基因PCR扩增阳性,阳性率25.3%。以Towne作为参考株,序列比对分析显示,20株临床分离株US3的ORF长度均与参考株相同,为561bp,编码186个氨基酸蛋白。US3核酸变异比较普遍,变异主要集中在序列的N端,大部分是同义突变,US3氨基酸序列高度保守,仅几个位点在少数分离株中存在变异。未发现US3基因多态性与临床致病性的联系。结论 HCMV感染是导致新生儿晚期黄疸的重要原因之一。20株临床分离株HCMV US3基因编码的氨基酸序列比较保守,但仍存在一定的多态性。未发现不同临床分离株US3基因多态性与HCMV引起的新生儿晚期黄疸的联系。     

2-型猪链球菌保护性抗原RfeA的B细胞表位预测

以2-型猪链球菌(SS2)保护性抗原RfeA推定的氨基酸序列为基础,采用Kyte-Doolittle法分析蛋白的亲水性,Emini法预测蛋白的表面可能性,以及Jameson-Wolf法预测蛋白的抗原指数;辅以Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法对蛋白二级结构中柔性区域...     

梅毒螺旋体TP17蛋白B细胞表位研究

目的:采用生物信息学方法预测梅毒螺旋体TP17蛋白B细胞表位,并验证TP17表位多肽与梅毒阳性临床血清的反应性。方法:用SOPMA、DNASTAR、SWISS-MODEL及IEDB数据库BepiPred-2.0等软件预测脂蛋白TP17的结构及B细胞表位。采用间接ELISA方法检测10份梅毒螺旋体阳性患者血清样本,与脂蛋白TP17及6段重叠多肽的反应性。结果:TP17蛋白6个线性B细胞表位为Thr27~Glu38、Leu53~Asp62、Thr66~Gln74、Lys75~Pro88、Leu107~Lys119以及Tyr132~Met145,预测的构象表位涉及的氨基酸为:Lys34-Ala35、Ala55、Pro88、Glu99、Pro136~Pro147、Thr154,这些抗原表位分散于TP17蛋白分段表达的6段重叠多肽（Tp17-1 Tp17-6）中的不同区域,ELISA结果显示这6段多肽均与梅毒患者阳性血清样本发生特异反应,OD450值在0.59~1.45之间,S/N＞2.1。结论:鉴定了TP17蛋白6个线性B细胞表位,该表位均与梅毒患者阳性血清发生特异反应。     

SARS病毒S蛋白的B细胞表位预测

目的预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.方法基于SARS 蛋白基因组序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案,Emini方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以对S蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.结果推测最有可能的B细胞表位位于S蛋白N端第91～98区段、第1 121～1 153区段和第185～193区段内或它们的附近.其它,如S蛋白N端第1 050～1 059、752～765、41～50、666～674、264～287、340～348、408～416区段和第424～439区段内或附近也可能存在B细胞表位.结论用多参数预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位,为分子免疫学的深入研究提供线索.     

新型冠状病毒E蛋白结构与免疫优势表位的信息学预测分析

目的：应用生物信息学方法预测和分析新型冠状病毒（SARS-CoV-2）包膜蛋白（E蛋白）的结构及免疫优势表位。方法：从NCBI GenBank数据库中检索SARS-CoV-2 E蛋白的氨基酸序列，通过Expas y服务器上的软件分析预测其理化性质、二级结构、跨膜区域；并结合其亲水性、表面可及性、极性、抗原性和柔韧性等综合分析，预测其可能的B细胞表位；利用Net CTL1.2 server预测CTL表位；通过Vector NTI对冠状病毒属E蛋白进行同源性分析；同时应用Swiss Model对E蛋白进行三维结构同源建模及功能结构域预测分析。结果：SARS-CoV-2 E蛋白由75个氨基酸残基组成，为跨膜蛋白，跨膜区域以α螺旋为主；E蛋白可能含有2个B细胞表位和6个CTL表位，其免疫优势表位区域分别位于其N端16-34aa和C端50-70aa区段；SARS-CoV-2与SARS-CoV和Bat-SARS-like-CoV E蛋白的免疫优势表位存在极高的同源性；其疏水性跨膜结构和PDZ结合基序分别位于N端12-34aa和C端72-75aa区段。结论：E蛋白为跨膜蛋白，其氨基酸序列的16-34和50-70区段可能为免疫优势表位。     

结核分枝杆菌抗原Rv1258c、Rv1410c及Rv3425的HLA限制性CTL表位预测

目的:预测结核分枝杆菌(MTB)相关抗原Rv1258c、Rv1410c及Rv3425的HLA限制性细胞毒性T细胞(CTL)表位.方法:通过NCBI数据库获取各蛋白的氨基酸序列,利用BLAST分析其与人类蛋白质的同源性,利用SYFPEITHI、BIMAS和NetCTL数据库预测分析MTB相关抗原的HLA-A2与HLA-A...     

应用因特网对SARS病毒M蛋白B细胞抗原表位的预测

目的：预测SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位。方法：采用EMBOSS软件结合Hopp＆woods亲水性参数、Janin可及性参数、极性参数、柔韧性参数及二级结构方案对SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位进行了预测，并用吴玉章等已建立的B细胞表位预测方法进行评述。结果：SARS冠状病毒M蛋白B细胞识别的表位可能位于第3～13和153～166位氮基酸等区域内或附近，这2个被预测的表位均含有β—转角和无规卷曲结构。结论：该研究对应用合成肽抗原进行SARS早期诊断研究及相关抗体的制备具有重要指导意义。