浙江省温州市啮齿动物中汉坦病毒的分子流行病学研究

目的 研究浙江省温州市啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别,为该地区肾综合征出血热(HFRS)的预防控制提供科学依据.方法 采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性样品中HV的部分S片段及部分M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型.结果在温州市HFRS疫区共捕获啮齿动物96只,在6份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中4只褐家鼠,1只黄胸鼠与1只黄毛鼠,病毒携带率为6.3%.用汉城病毒(SEOV)特异引物从其中5份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620～999nt)及部分M片段(2001～2301nt)并测定序列.对扩增出的部分S及M片段的核苷酸序列分析发现,5株病毒与现有的SEOV有高同源性,均为汉城型HV.但在用部分S片段及部分M片段核苷酸序列所构建的系统进化树上,5株病毒的聚集模式不同.结论温州市的褐家鼠、黄胸鼠、黄毛鼠均携带汉城型HV,并可能发生基因片段的重排.     

湖南省啮齿动物携带汉坦病毒的分子流行病学研究

目的研究湖南省啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别。方法采用IFA法检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性标本中HV的部分S和M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果在湖南省HV流行的地区共捕获啮齿动物344只,其中6份标本HV抗原阳性,病毒携带率为1.74%。对扩增出的部分S与M片段的核苷酸序列分析表明,5份标本中的病毒为汉城型HV(SEOV),1份为汉滩型HV(HTNV)。用S(620～990 nt)与M片段G2区(2001～2301 nt)核苷酸序列所构建的系统进化树显示,湘乡褐家鼠、黄胸鼠及黄毛鼠携带的病毒均为SEOV的S4亚型;宁远褐家鼠携带的病毒为SEOV的一个新亚型;石门小家鼠携带的病毒为HTNV的H4亚型。结论湖南省为混合型HV疫区,以汉城病毒为主,并具有宿主多样性。     

汉坦病毒在锦州市啮齿动物中的携带率及基因序列分析

目的研究锦州市啮齿动物中汉坦病毒(HV)的感染情况及基因分型。方法采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;阳性样品扩增汉坦病毒M片段并测序;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果 2011—2013年在锦州市出血热疫区,对捕获的977只鼠进行HV抗原检测。共检出HV抗原阳性鼠肺样品43份,病毒携带率为4. 40%。依据病毒分类及命名原则将43份样品分为7个毒株,每个毒株随机选取1份HV抗原阳性样品,对部分M片段进行扩增并测定序列。分析表明7株病毒与汉城病毒(SEOV)有较高的相似性,为95. 6%～100%,而与汉滩型病毒(HTNV)相似性仅为70. 2%～71. 4%,表明7份鼠肺均携带SEOV。结论锦州地区HV优势毒株为SEO型,其主要传染源是褐家鼠,系统进化树显示分离到7株SEO起源相同,均为S3亚型,并有明显的地区聚集性,变异较小,基因型别较为稳定。     

辽宁省汉城型汉坦病毒基因亚型分析

目的 分析辽宁省汉城型汉坦病毒(HV)的基因亚型及其分布情况.方法 收集辽宁省内主要肾综合征出血热(HFRS)流行地区的鼠肺和病人血清标本,采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原,应用HV特异性引物以RT-PCR方法扩增标本中M和S基因片段的特异性核苷酸序列,测序后与已知病毒序列进行比较分析,构建系统发生树,以明确其型别和亚型及其地理分布情况.结果 辽宁省HFRS疫区褐家鼠携带的病毒均为汉城型病毒(SEOV);对鼠肺及病人携带HV的部分M片段及部分S片段进行核苷酸序列分析表明,发现SEOV的同源性较高,变异较小,稳定性较高,而且地理位置相近地区基因组核苷酸序列的同源性很高(＞98.8％),具有小范围的地理聚集现象.结论 辽宁省流行的SEOV均为S3亚型,基因亚型分布比较单一.     

云南省楚雄州汉坦病毒宿主动物及分子流行病学研究

目的 掌握汉坦病毒(HV)在云南省啮齿动物中的流行情况及其遗传特征.方法 采用笼夜法捕鼠,鼠肺标本用直接免疫荧光法检测HV抗原,用RT-PCR法检测HV核酸及分型,对产物进行序列测定,用PHYLIP软件包进行系统发生分析.结果 2005-2006年在云南省楚雄州10个县(市)居民区共捕获鼠类4属8种1421只,其中褐家鼠1056只,构成比高达74.31%,其次为黄胸鼠(19.70%).检测鼠肺组织1029份,HV抗原阳性53份,总带病毒率为5.15%,带病毒鼠种为褐家鼠(5.08%,38/748))、黄胸鼠(5.97%,12/201)、大足鼠(7.69%,2/26)和斯氏家鼠(6.25%,1/16).HV汉城型(SEO)核酸检测阳性21份(褐家鼠15份,黄胸鼠4份,大足鼠2份).获得的12个病毒S片段核苷酸序列与GenBank中国SEO型病毒R22、L99和HLD65株同源性较高,为87.1%～99.7%;与汉滩型(HTN)76-118株同源性仅为64.4%～69.1%.系统进化分析显示,楚雄州12个病毒S片段核苷酸序列与SEO型亲缘关系较近,与HTN型及其他型HV相距较远,证实这12份病毒标本均为SEO型病毒,并可分S1和S3两个亚型.结论 首次证实楚雄州10个县(市)广泛存在以褐家鼠为主要传染源的HFRS家鼠型疫源地及SEO型病毒的流行.分析发现SEO型不同亚型病毒的分布有其地域特点和独立性.     

褐家鼠携带2株汉坦病毒的遗传特征分析

目的 分析来自内蒙古自治区呼和浩特市和河南省杞县两地褐家鼠标本中的汉坦病毒(HV)遗传特征,研究其与已知HV及疫苗株之间的关系.方法 提取病毒总RNA,用反转录-聚合酶链式反应法扩增阳性标本中HV的全M、S基因片段,测序后进行序列特征和系统发生分析.结果 成功扩增出2株HV(NM133株和Q12株)的全M、S基因片段,并测定序列.2株病毒的S基因片段核苷酸序列全长分别为1770nt和1772 nt,均仅有1个开放读码框(ORF),编码429个氨基酸,M基因片段核苷酸序列全长均为3654 nt,编码1133个氨基酸.2株HV与绝大部分已知的汉城病毒(SEOV)具有很高的同源性;但与汉滩病毒(HTNV)等其他型HV同源性较低.2株病毒的核蛋白、糖蛋白氨基酸序列与疫苗株Z37具有一致的二级结构.另外,在用全S和M基因片段核苷酸序列所构建的系统进化树中,2株病毒被分在SEOV的Ⅰ亚型,与Hb8610、R22、HB55、L99以及K24-e7的亲缘关系最近.结论 2株病毒为SEOV的Ⅰ亚型,与包括疫苗株Z37在内的已知SEOV具有很高的同源性和一致的二级结构,提示当前的疫苗能有效预防SEOV引起的肾综合征出血热.     

湖北省武汉地区啮齿动物汉坦病毒S基因的特征分析

目的 了解湖北省武汉地区啮齿动物自然感染汉坦病毒（HV）情况以及流行的基因型和亚型。方法 2000-2003年、2009-2011年秋冬季在武汉地区新洲、江夏区野外及居民区采用夹夜法捕鼠。对捕获的动物进行分类鉴定并取肺脏用间接免疫荧光法检测病毒抗原。抗原阳性的样本,采用RT-PCR方法扩增部分S片段核苷酸序列,构建系统发生树并进行基因分型。结果 2000-2003年捕获啮齿类动物437只,HV抗原阳性鼠肺标本24份,病毒携带率为5.49%。2009-2011年捕获啮齿类动物173只,HV抗原阳性鼠肺标本7份,病毒携带率为4.05%。褐家鼠为当地的优势鼠种。22份标本成功地用汉滩病毒（HTNV）、汉城病毒（SEOV）特异引物扩增部分S基因片段并测序。17只（13只褐家鼠,4只黑线姬鼠）鼠肺标本中扩增出SEOV部分S基因片段（nt 588~1147）,分别属于第3亚型和2个新的基因亚型。5只黑线姬鼠的鼠肺标本中扩增出HTNV部分S基因片段（nt615-1141）,分别属于第7亚型和1个新的亚型。结论 武汉地区流行的HV为SEOV和HTNV,并发现新的基因亚型,SEOV可能“溢出”感染黑线姬鼠。     

吉林省汉城型汉坦病毒基因分型研究

目的 查明吉林省褐家鼠中汉城型汉坦病毒的基因亚型及其分布情况。方法 在吉林省的主要疫区采集啮齿类宿主动物，用免疫荧光法检测鼠肺标本，对汉坦病毒抗原阳性标本以RT-PCR法扩增部分M和S基因片段上的核苷酸序列并测序，将扩增片段的核苷酸序列与已知病毒序列进行系统发生分析并分型。结果 褐家鼠携带的汉坦病毒均为汉城病毒。序列分析发现在吉林省主要疫区褐家鼠流行的汉城病毒均为S3亚型，与辽宁、黑龙江省褐家鼠中的病毒株同源性较高，进化关系较近。结论 吉林省褐家鼠主要携带S3亚型的汉城型汉坦病毒。     

锦州市啮齿动物汉坦病毒分子流行病学特征分析

目的了解辽宁省锦州市啮齿动物中鼠种构成、带毒率、汉坦病毒(HV)流行情况及病毒分型。方法采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法扩增阳性样品中的部分M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果 2008—2013年锦州市出血热疫区捕鼠1 838只,分属2科4属5种,病毒携带率为4.24%(78/1 838);各年之间鼠肺带毒率有统计学意义(χ2=13.579,P=0.019,P<0.05);部分M片段序列分析表明,11株病毒与汉城病毒(SEOV)核苷酸序列同源性为96.2%~100%,而与汉滩型病毒(HTNV)同源性仅为70.6%~71.2%,系统进化树显示检测阳性的11株SEO起源相同,与Bj HD01株病毒的亲缘关系最近。结论锦州地区HV优势毒株为SEO型,变异较小,基因型别较为稳定,并有明显的地区聚集性。     

2006年广西流行性出血热宿主动物标本检测结果分析

目的对广西部分地区的肾综合征出血热宿主动物标本进行病毒学检测。方法2006年在广西部分地区采集鼠血及鼠肺标本,用ELISA法测定其抗原和抗体。对汉坦病毒抗原阳性标本通过RT-PCR法扩增部分M片段上的核苷酸序列并测序,将扩增片段的核苷酸序列与已知病毒序列进行比对并分型。结果在294份褐家鼠、黄胸鼠、小家鼠鼠血标本中有42份抗体阳性,鼠抗体阳性率为14.3%,在鼠肺标本中检测到一株SEO型的出血热病毒,带毒率为0.33%,阳性标本来源为广西沿海地区钦州市。结论2006年捕获的宿主动物有褐家鼠、黄胸鼠、小家鼠等,鼠抗体阳性率为14.3%,带毒率为0.33%,鼠抗体阳性率和带毒率明显低于全国平均水平;鉴定出一株SEO型汉坦病毒。     

呼和浩特市鼠类携带汉坦病毒的基因分型

目的对呼和浩特市流行的汉坦病毒进行基因分型,为制定肾综合征出血热防制对策提供科学依据。方法对经间接免疫荧光试验初筛为阳性的鼠肺标本用汉坦病毒型特异性引物,以巢式逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增部分M和S基因片段上的目的核苷酸序列,纯化回收测序后,将扩增片段的核苷酸序列与已知病毒的核苷酸序列进行比较,以明确汉坦病毒的基因型及基因亚型。结果呼和浩特市33份阳性鼠肺中,其中32份为褐家鼠肺,1份为小家鼠肺,经巢式RT-PCR扩增,用汉城病毒型特异性引物共扩增出部分S、M片段(G1、G2区)69个,经同源性和系统发生分析,褐家鼠和小家鼠所携带汉坦病毒均为汉城型S1亚型。结论呼和浩特市家鼠中流行的汉坦病毒为汉城型,与流行病学分型一致。     

云南省褐家鼠与黄胸鼠中汉坦病毒的流行病学研究

目的 研究云南省褐家鼠、黄胸鼠中汉坦病毒的感染情况及其型别，以明确基因亚型及其地理分布，为该地区肾综合征出血热（HFRS）的预防控制提供科学依据。方法 捕捉鼠类取鼠肺，冷冻切片后以间接免疫荧光法检测鼠肺中汉坦病毒抗原，从阳性鼠肺标本中提取病毒RNA，利用RT—PCR扩增汉坦病毒S和M基因部分片段并测序分型，构建系统发生树进行系统发生分析。结果 共捕获褐家鼠和黄胸鼠307只，检测到阳性样品14份，阳性检出率为4．56％。分析部分S片段（600～999nt）与M片段G1区（140～640nt）、G2区（2003～2302nt）的核苷酸序列，及用部分S及G2核苷酸序列构建的系统发生树，将来自云南省8个地区的汉城病毒分为2个亚型：S1和S3亚型。结论 云南省主要为家鼠型HFRS疫区，汉城病毒有2个亚型，地理分布较广。     

北京市城区鼠间汉坦病毒感染的流行病学研究

目的了解北京城区中心地带鼠间汉坦病毒（Hv）感染状况及其病毒型别差异。方法选取北京城区某方圆约1km两街区之内的食物资源丰富、场所隐蔽的中、小餐饮行业、蔬菜集贸市场及周边垃圾堆、卫生死角等生态环境，从2003年12月至2004年11月每月连续采用夹夜法捕鼠，计算鼠密度和鼠种构成。应用间接ELISA法检测鼠血清IgG抗体；针对汉坦病毒M基因部分片段设计汉城型汉坦病毒（SEOV）特异性引物，应用RT-PCR法检测宿主动物携带HV情况，阳性标本直接测序。利用Excel和SPSS软件分析宿主动物HV感染的动态特征。最后用DNASTAR软件对获得序列进行比较分析。结果共捕获啮齿动物229只，平均鼠密度6．41％（229／3570），褐家鼠和小家鼠分别为餐饮业、农贸市场生境的优势鼠种。褐家鼠血清抗体阳性率3．51％（6／171），带病毒率为0．58％（1／171）；小家鼠血清抗体阳性率为6．90％（4／58），带病毒率为172％（1／58）。病毒检出率以11、12月最高，抗体水平冬春季（1、4月）最高，与春季人群肾综合征出血热（HFRS）流行季节基本一致。2份扩增阳性标本（分别来源于小家鼠和褐家鼠）均为SEOV，差异为5．40％，系统发育分析显示他们位于2个不同的较小分支，但均位于Z37支系。结论北京城区2种主要的HV宿主在一些鼠害重点行业密度仍较高，虽然HV基础感染率不高，但持续存在，为春季人群HFRS发病高峰的重要影响因素。来自2个不同宿主的HV基因有一定的差异。小家鼠的传播作用有所加强，应予重视。     

福建口岸啮齿类动物携带汉坦病毒分子流行病学调查

目的了解福建口岸汉坦病毒的基因型别和分子特征。方法对2010年福建口岸捕获的鼠形动物进行汉坦病毒检测,对部分阳性标本进行M基因片段序列分析。结果 2010年福建口岸共捕获鼠形动物839只,以褐家鼠为优势鼠种,占58.52%;鼠形动物携带汉坦病毒阳性率5.84%,均为汉城型(SEO),阳性鼠种为褐家鼠和黄胸鼠,阳性率分别为8.96%和3.09%。汉坦病毒检出呈较明显的冬春季高峰。用M基因片段(nt2001～2301)核苷酸序列构建系统进化树,将福建口岸SEOV分为S2和S3两个亚型。结论 S3亚型SEOV为福建口岸优势流行亚型。     

北京市褐家鼠种群遗传多态性及与汉坦病毒分布关系的研究

目的了解北京地区褐家鼠不同地理种群遗传多态性与该地区汉坦病毒（HV）基因变异及其分布可能存在的关联。方法选取北京市不同地区捕获褐家鼠，采用巢式RT—PCR法检测HVM基因片段，获得的阳性标本产物进行直接测序，构建系统发育树。另一方面对不同HV来源的宿主个体和其对应种群内随机选取的其他个体，以及其他一些地区鼠类作为参照，用随机扩增多态DNA（RAPD）技术获得褐家鼠基因组DNA多态性图谱，利用RAPDDIST和PHYLIP软件分析褐家鼠种群多态性，并与对应的北京地区的HV差异和分布进行比较。结果选用50个随机引物进行扩增，有5个引物获得清晰、多态性高的RAPD谱带。不同区域种群RAPD标记不尽相同，北京市褐家鼠地理种群之间存在一定程度的遗传分化，大部分种群遗传距离较为接近，其中采集于某农产品集散地的XFD种群遗传距离相对较大，有特异性标记条带。11个HV代表序列均为汉城型汉坦病毒，基因差异为0．1％～8．0％，可分为2个主要的支系，多数毒株变异类型在不同地域中交叉分布，但BjFT01株变异较大，成一个独立的支系。通过Bootstrap分析和系统树图比较，种群分化较大的XFD种群与该区获得1株亲缘关系相对较远的HV相对应。结论北京市不同区域HV及其褐家鼠DNA多态性均存在一定差异，不同种群尤其是输入性种群对北京HV流行影响程度不同，初步显示一些特定种群与特定的基因性别有一定的关联。XFD种群外源基因交流渗入的可能性较大，进一步证明北京市HV随着鼠类种群迁移输入的可能性极大，但仍有待于选用一些特异性标记基因多态性进行继续研究。     

深圳市啮齿动物感染汉坦病毒的基因特征研究

目的 研究深圳市啮齿动物所携带的汉坦病毒分子流行病学特征,分析汉坦病毒基因型别。方法 采用笼日法布点捕鼠,收集鼠肺标本后研磨提取RNA。运用实时荧光PCR方法进行分型检测,进一步采用反转录-巢式PCR扩增部分M片段G2区和S片段核苷酸序列,并进行同源性和系统进化树分析。结果 共捕获200只鼠类动物,包含褐家鼠189只、黄胸鼠9只和小家鼠2只。汉坦病毒检出率为21.0%（42/200）,均为汉城病毒,其中宝安区鼠肺检出率最高,达45.7%（χ²=25.60,P<0.05）。从阳性鼠肺标本中分别扩增出25条汉坦病毒M片段G2区和S片段序列,核苷酸同源性分别为95.3%~100.0%和97.6%~100.0%,与来自广州市的参考序列核苷酸相似性较高。系统进化树显示此次研究深圳市鼠类动物所携带的汉坦病毒均为汉城病毒的S2亚型。氨基酸突变位点分析发现,在S基因编码的核衣壳蛋白中存在1个位点突变,为BA-111第973位由丙氨酸（Ala）变为苏氨酸（Thr）。结论 深圳市鼠类动物所携带的汉坦病毒为汉城病毒的S2亚型,与深圳市历年以及周边省市汉坦病毒代表病毒毒株相比变异不大。     

2010年福建口岸鼠间肾综合征出血热监测结果分析

目的 了解福建口岸鼠间肾综合征出血热流行情况.方法 采用巢式RT -PCR对鼠肺进行汉坦病毒核酸检测.结果 2010年福建口岸鼠类监测共捕获的839只啮齿动物,褐家鼠为优势鼠种(58.52％),检出汉城型汉坦病毒(Seroul virus,SEOV)核酸阳性49份,带毒率5.84％,带毒鼠种为褐家鼠(5.24％)和黄胸...