HIV—1基因亚型的研究现状

人类免疫缺陷病毒（ＨＩＶ）于１９８３年被分离并证实为艾滋病（ＡＩＤＳ）的病原。随后，ＨＩＶ被划分为ＨＩＶ－１和ＨＩＶ－２两型。ＨＩＶ－１是目前在全球几乎所有的国家或地区广泛流行的ＨＩＶ毒株。９０年代初以来，根据ＨＩＶ毒株的外膜糖蛋白基因核苷酸序列的差...     

HIV基因亚型检测方法研究进展

艾滋病病毒(HIV)具有高度变异性,根据基因序列的同源性,HIV被分为多个亚型,HIV亚型检测对艾滋病的预防与控制具有重要意义。基于核酸分析的亚型检测方法近些年出现了快速发展,出现了异源双链核酸泳动实验、限制性片度长度多态性分析、DNA酶联免疫技术、基因芯片技术(DNA microassay)和多重PCR等多种亚型检测新方法。     

结核杆菌基因分型方法及其应用

近几年来，随着基因分子生物学技术在结核杆菌研究中的广泛应用，人们不仅可以从基因水平进行快速检测，还能够利用基因的分型技术区分不同的菌株，本文就结核杆菌的基因分型方法及其应用的研究进展作了一综述。     

结核杆菌基因分型方法及其应用

近几年来,随着基因分子生物学技术在结核杆菌研究中的广泛应用,人们不仅可以从基因水平进行快速检测,还能够利用基因分型技术区分不同的菌株。本文就结核杆菌的基因分型方法及其应用的研究进展作一综述。     

A_2B亚型的基因分型研究

目的探讨番禺地区AB型献血人群中A_2B亚型的基因分型和分布频率的特征。方法使用单克隆抗-A/抗-B、抗-A_1、人源抗-A/抗-B等试剂,对本地区AB型献血人群开展A_2B亚型的筛查;采用PCR-SSP法对抗-A_1阴性样本的基因组DNA进行扩增,根据电泳图谱判断A_2B的基因分型。结果在834例经单克隆试剂定型AB型中筛检出44例血清学A_2B亚型,发生频率约为5.28%。基因分型检出15例A205和4例A201基因型,频率约为2.28%。结论本地区AB型献血人群中A_2B亚型存在A205和A201基因型。     

湘南地区梅毒螺旋体基因分型的初步研究

目的 了解湘南悔毒螺旋体（Treponema pallidum.TP）的分子亚型的分布，为梅毒分子流行病学研究提供依据。方法 收集湘南地区疑似硬下疳的标本52例，经TP polA PCR筛选后，阳性者用PCR扩增各标本中TP的arp和tpr基因．酶切tpr基因扩增产物．分析各TP菌株arp基因长度和tpr基因的限制性片段长度多态性（RFLP），进行分型：结果 TP polAPCR阳性者43例，可用于分型者38例，分为10个亚型，其中14d亚型为16例，其它亚型包括10d（2），12a（2），12g（1），13d（4），14a（3），14b（2），14f（2），15d（5），16d（1）。结论 湘南地区存在TP的多亚型，以14d亚型为主（占42．1％）。     

变形杆菌基因分型方法的评价

目的　筛选出适用于变形杆菌的最佳分型方法。方法　用脉冲场凝胶电泳 (PFGE)、随机扩增多态 DNA(RAPD)、重复元件序列 PCR(Rep-PCR)和肠杆菌基因间重复共有序列 PCR(ERIC-PCR) 4种方法对 44株变形杆菌进行基因分型。结果　 RAPD可分为 17型 ,分辨率系数为 0 .93 2 ;Rep -PCR可分为 15型 ,分辨率系数为0 .916;ERIC-PCR可分为 2 3型 ,分辨率系数为 0 .941;PFGE可分为 3 6型 ,分辨率系数为 0 .988。结论　 PFGE、RAPD、Rep-PCR和 ERIC-PCR4种基因分型方法对变形杆菌进行分型 ,其分型力和分辨力均很好 (均 DI>0 .90 ) ,其中 PFGE分辨力最高 ,重复性好 ,但实验费用高 ,时间长 ,对大规模广泛应用有局限性 ;Rep-PCR和 ER-IC-PCR分辨率虽略底于 RAPD,但重复性好 ,结果稳定 ,可广泛应用于多种菌属 ,不需要重复设计引物 ,易于实现标准化。     

HIV感染的分子流行病学

1　全球ＨＩＶ感染和艾滋病 (ＡＩＤＳ)ＷＨＯ和联合国ＡＩＤＳ规划署 (ＵＮＡＩＤＳ)估计 ,到1999年底全球共有 3376 0万人成为ＡＩＤＳ患者或是ＨＩＶ携带者 ,其中妇女 1480万 (4 4 0 5 % ) ,小于 15岁的儿童12 0万 (3 5 7% ) ,死亡人数已达 16 30万 (4 8 5 1% )。1999年当年有 5 6 0万人感染ＨＩＶ (相当于每天新感染ＨＩＶ的人数是 15 0 0 0人 ) ,其中妇女 2 30万 (4 1 0 7% ) ,小于 15岁的儿童 5 7万 (10 18% ) ,死亡人数 2 6 0万(4 6 43 % )。现今 ,ＡＩＤＳ在全球各地区的蔓延速率有所变化。1999与 1998年相比 ,美国、西欧和太平洋…     

人类乳头瘤病毒的分子诊断和基因分型

HPV为一组异质性病毒，迄今为止已发现100多种基因型：其感染在人类皮肤、肛门-生殖道肿瘤特别是宫颈癌的发生、发展过程中起着重要的作用。而HPV的诊断完全依赖于临床标本中HPV-DNA的检测。直接核酸杂交和基于PCR技术为目前应用最为广泛的HPV检测方法。前者以HCⅡ为代表，此法比较成熟，但存在灵敏度较低、漏诊率较高且不能进行HPV基因分型等问题；而以PCR结合反向杂交分析为代表的PCR检测技术，虽具有其他方法无可比拟的优点，但在临床诊断和流行病学研究中的作用尚有待作进一步的评价。     

用套式PCR检测b型流感嗜血杆菌

为快速 ，准确地诊断ｂ型流感嗜血杆菌感染，用Ｈｉｂ英膜型特异ＤＮＡ３条引物与氨基甲酸酯杀虫剂复配套式ＰＣＲ扩增Ｈｉｂ，并用Ｈｉａ、ｃ－ｆ英膜标准菌及４种其它细菌对作对照。     

套式反转录PCR检测水中肠道病毒

依据文献报道的多种肠道病毒的核酸序列，设计合成了可用于多种肠道病毒检测的肠道病毒通用引物（外侧引物），以及可同时检测脊髓灰质炎（简称脊灰）病毒（Ⅰ～Ⅲ型）的特异性引物（内侧引物）。将两者结合起来可进行脊灰病毒的套式ＰＣＲ检验，既可检测多种肠道病毒，又可区分测定出脊灰病毒。此外对实验方法进行了改进，使操作方法更趋简单，中间可能污染的环节较少，结果稳定。与常规反转录ＰＣＲ比特异性强、敏感性高（可检测出只含１个ｐｆｕ病毒的水样）。     

6份人类免疫缺陷病毒的基因亚型分析

艾滋病是由于人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus。HIV)引起的一类高感染率、高发病率、高死亡率的传染病。由于HIV的高度变异性使得机体的免疫机制难以适应病毒的变异速度。造成感染者的免疫功能部分或全部丧失。而使感染者病死率极高。同时。HIV的这种高度变异性也使其自身发展成为一组复杂的病毒种群。其中包括HIV-1和HIV-2两个型别。目前引起全世界范围内大面积流行的HIV-1病毒主要为HIV-1型M组中的A-J(除E以外)9个亚型和14种流行重组模式(CRF01～CRF14)毒株。而不同亚型病毒的生物学特性、分子流行病学特征、疾病进程和相关治疗手段均有所不同。笔者根据通过复合套式PCR鉴定HIV-1基因亚型的方法。对沈阳医学院附属中心医院门诊和住院患者中筛查出的HIV-1阳性感染者进行基因亚型的鉴定与分析。报告如下。     

复合PCR鉴定沙门菌的方法

沙门菌属于肠杆菌科，是具有鞭毛、能运动的革兰阴性杆菌，而且它是导致食源性疾病的主要病原菌之一。为了加强口岸执法管理、缩短检验检疫流程和提高检验检疫工作效率，本实验拟建立复合聚合酶链反应快速检验鼠伤寒沙门菌的方法，以求提高检验工作准确性和速度。本实验在参考国内外文献的基础上，设计了两对引物，建立了较稳定的PCR检测系统。本实验中，使用了不同的菌株作为比较，证实了系统特异性良好，并且从不同的食品来源检出的沙门菌，皆能被本实验系统鉴定检出。使用复合PCR技术，能快速、准确的鉴定肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌，并且较之经典的鉴定方法，时间上提前了2—3d。     

人巨细胞病毒感染套式PCR基因诊断方法的研究

依据人巨细胞病毒主要早期基因核苷酸序列，建立了其套式ＰＣＲ诊断方法．并组装了较为实用的ＰＣＲ诊断试剂盒．该方法特异性强，敏感性较普通ＰＣＲ技术高２—３个数量级，标本处理方法简单，并可在６ｈ内判定结果，是一种在临床上值得推广应用的技术．     

番禺献血人群B亚型的筛查与基因分型研究

目的随机抽取广州番禺地区的献血者开展B亚型筛查,了解该地区B亚型的分类特征。方法采用96孔微量板法,使用单克隆抗-A/抗-B血型定型试剂和人ABO血型反定型用红细胞定型试剂检测盒,对献血者样本进行ABO血型正反定型检测,凡是正定型凝集强度少于4+或正反定型不一致的样本,使用人源抗-A/抗-B、抗-H等试剂进行血清学亚型鉴定;采用PCR-SSP法对亚型样本进行基因分型。结果在13 028例B型样本中检出1例血清学B3亚型,发生频率约为0.008%(1/13 028),基因分型为杂合型B303/O2。结论本地区献血人群中存在B3亚型,使用PCR-SSP法能准确鉴定亚型的基因型。     

2000-2012年中国HIV基因亚型时空分布的系统综述

目的了解2000年以来我国艾滋病病毒(human immunodeficiency virus,HIV)基因亚型的时间和空间分布特征。方法计算机检索中国知网期刊全文数据库和PubMed数据库,按纳入和排除标准选取文献,提取资料,描述分析HIV亚型在不同时间、不同地区和不同传播途径感染人群中的分布。结果纳入78篇文献,涵盖我国20个省、直辖市和特区。研究结果显示:我国目前存在A、B、B’、C、D、E、G、K、CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF02_AG、CRF03_AB、CRF12_BF、CRF14_BG、CRF02_AG/CRF01_AE、CRF08_BC/B、CRF07_BC/CRF01_AE、G/CRF12_BF、A/CRF10_CD、CRF01_AE/B’、U/CRF01_AE、B/C、U/G等多种亚型,其中CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B’、B为主要流行亚型;HIV的基因亚型与传播途径相关,近年来,我国流行的重组毒株增多且出现多种独特重组型。结论过去10年,随着HIV流行形势的变化,我国HIV基因亚型分布特征发生变化并日趋多样化...     

2000—2012年中国HIV基因亚型时空分布的系统综述

目的了解2000年以来我国艾滋病病毒（human immunodeficiency virus,HIV）基因亚型的时间和空间分布特征。方法计算机检索中国知网期刊全文数据库和PubMed数据库,按纳入和排除标准选取文献,提取资料,描述分析HIV亚型在不同时间、不同地区和不同传播途径感染人群中的分布。结果纳入78篇文献,涵盖我国20个省、直辖市和特区。研究结果显示：我国目前存在A、B、B’、C、D、E、G、K、CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF02_AG、CRF03_AB、CRF12_BF、CRF14_BG、CRF02_AG／CRF01_AE、CRF08_BC／B、CRF07_BC／CRF01_AE、G／CRF12_BF、A／CRFIO_CD、CRF01_AE／B’、U／CRF01_AE、B／C、U／G等多种亚型,其中CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B’、B为主要流行亚型;HIV的基因亚型与传播途径相关,近年来,我国流行的重组毒株增多且出现多种独特重组型。结论过去10年,随着HIV流行形势的变化,我国HIV基因亚型分布特征发生变化并日趋多样化,必须予以高度重视。     

半套式反转录PCR检测水中肠道病毒

我们建立了一种半套式反转录ＰＣＲ检测水中肠道病毒的核酸，即采用一对半（三条）引物进行两次ＰＣＲ扩增，其敏感性可检测只含１个ｐｆｕ病毒的水样。本方法特异性强、敏感性高，可避免由于环境污染造成的假阳性结果；成本相对较低。     

半套式PCR检测军团菌方法的建立及应用

目的建立检测军团菌的分子生物学方法。方法采用常规PCR对军团菌属16SrRNA编码区域和嗜肺军团菌巨噬细胞感染增强子(mip)基因编码区域进行扩增,同时采用半套式PCR对常规PCR的扩增结果进行确证。结果采用常规PCR对军团菌属16SrRNA编码区域进行扩增,5种军团菌(包括3种嗜肺军团菌)扩增产物均可见654bp的特异性扩增带,非军团菌菌株PCR结果为阴性,采用半套式PCR对常规PCR扩增产物进行验证,扩增产物均可见430bp扩增带;同时采用常规PCR对嗜肺军团菌mip基因编码区域进行扩增,3种嗜肺军团菌扩增产物均可见649bp扩增带,非嗜肺军团菌菌株均为阴性,采用半套式PCR对常规PCR扩增产物进行验证,3种嗜肺军团菌扩增产物均可见399bp扩增带。敏感性为10CFU/ml.并且应用此方法成功检测环境水样中分离的疑似军团菌菌株。结论半套式PCR经济、简便、快速、敏感、特异,为军团菌的早期检测、环境监测、控制暴发流行提供了有效手段。     

用套式PCR检测b型流感嗜血杆菌

为快速、准确地诊断b型流感嗜血杆菌(Hib)感染,用Hib荚膜型特异DNA3条引物,套式PCR扩增Hib,并用Hia、c～f荚膜标准菌株及4种其它细菌作对照.只有Hib标准株出现特异条带,45例肺炎患儿鼻咽深部分泌物阳性率为22.2%,23例非呼吸道感染患儿阳性率为4.3%,8例化脓性脑膜炎患儿脑脊液2份阳性.认为用PCR检测Hib,比细菌培养更快速、敏感,特异性好,能及时准确诊断Hib感染.