实时荧光PCR技术在丙型肝炎病毒基因型检测中的应用

目的 探讨实时荧光PCR技术在丙型肝炎病毒(HCV)基因型检测中的应用价值.方法 采用一步法逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)结合TaqMan技术,对HCV基因型进行实时荧光PCR检测;巢式RT-PCR扩增HCV的NS5B基因区域,测序后进行HCV基因亚型分析并与实时荧光PCR分型结果进行比较.结果 实时荧光PCR共分型119例,1型71例(59.7%),非1型48例(40.3%)其中110例成功进行测序分型;测序分型的110例中,1型73例(均为1b型),占66.4%,非1型37例(其中2a型7例、3a型6例、3b型3例、4a型1例、4k型1例、5a型1例、6a型17例、6n型1例),占33.6%.与110例测序分型的结果比较,实时荧光PCR分型总的符合率为71.8%(79/110),其中1型的符合率为80.9%(55/68),非1型的符合率为57.1%(24/42).结论 实时荧光PCR进行HCV基因型检测操作简便、快速,但分型结果特异性不高.     

武威地区丙型肝炎基因分型情况分析

目的:了解武威地区丙型肝炎基因分型特征,为HCV感染者的个体化治疗提供科学依据.方法:实时荧光定量RT-PCR检测70例抗-HCV阳性血清标本,并对血清标本PCR扩增基因片段,测定核苷酸序列进行基因分型.结果:70例标本中HCV1b型38例,占54%;HCV2a型21例,占30%;HCV1b/2a混合型9例,占13%;HCV2b型2例,占3%.结论:武威地区HCV基因型主要为1b型,其次为2a型,同时存在1b/2a混合型和2b型,与相邻城市HCV基因型分布比较有一致和差异.     

出入境人员HCV基因型与血清HCV载量及ALT相关性研究

目的 探讨出入境人群HCV的基因分型，并分析HCV不同基因型与病毒载量、ALT活性水平的相互关系。方法 对72542名出入境人员进行HCV抗体检测，对抗-HCV阳性标本进行HCV基因分型。以荧光定量PCR测定HCVRNA载量，同时检测ALT活性。结果 共发现197份标本呈抗-HCV阳性，阳性率为0．27％，其中出境人员阳性率为0．24％。入境人员阳性率为0．31％。抗-HCV阳性标本经PCR检测基因分型后发现110份标本含有HCVRNA，共发现5种基因型，其中1b占40．0％、6a占30．0％、2a占14．5％、1a占8．2％、2b占7．3％。中国大陆人群与中国香港及其他国家人群的各基因型分布无明显差异。各基因型群间与HCVRNA载量差异具有统计学意义（P〈0．05），2a型人群HCVRNA载量明显高于其他各型人群（P〈0．05）。不同基因型人群间ALT水平差异无统计学意义。HCV RNA拷贝量与ALT活性无相关性。结论 HCV-1b为优势基因型。对HCV基因分型以厦PCR病毒载量和LAT活性检测。实行HCV实时监测具有重要的意义。     

武威地区慢性丙型肝炎患者基因型分型与抗病毒治疗疗效分析

目的:了解武威地区丙型肝炎基因型与干扰素抗病毒治疗关系。方法:63例慢性丙型肝炎(CHC)患者,HCV-RNA采用荧光定量RT-PCR试剂盒,并对血清标本PCR扩增基因片段,测定核苷酸序列进行基因分型。采用IFN-α2b联合利巴韦林抗病毒治疗,疗程48周。全自动生化分析仪检测血清ALT。结果:63例患者基因型分型如下:HCV1b型36例,占57%;HCV2a型18例,占28%;HCV1b/2a混合型6例,占10%;HCV2b型3例,占5%。干扰素治疗中HCV1b型的SVR、RVR、EVR、ETVR的应答率分别是44.4%、55.6%、66.7%、61.1%,非HCV1b型的SVR、RVR、EVR、ETVR的应答率分别是74.1%、81.5%、92.6%、88.9%,两者分别进行χ2检验,有显著性差异(P<0.05)。结论:武威地区HCV基因型主要为1b型,其次为2a型,同时存在1b/2a混合型和2b型,干扰素对非1b型感染的疗效优于1b型,HCV基因分型有预测干扰素疗效的意义。     

南京地区2007-2014年丙型肝炎病毒基因型变化分析

目的：了解南京地区2007～2014年丙型肝炎病毒（HCV）基因型分布特征以及基因型的变化,并分析其与临床诊断结果的关系。方法：采用丙型肝炎病毒基因分型试剂盒DNA测序法对丙型肝炎1262例抗-HCV阳性血清进行HCV RNA检测和HCV病毒基因分型。结果：1262份抗HCV阳性血清中HCV RNA阳性1208例（95.7%）,单一基因型占91.4%,其中1b型占70.4%,2a型占9.3%,3b型占6.3%。混合基因型占4.4%,其中1b＆2a混合型占2.5%,1b＆3b混合型占1.6%,单一基因型和混合基因型分布差异无统计学意义（P〉0.05）。结论：南京地区HCV基因型以1b型为主,同时有6b和6h新基因型出现,提示今后南京地区会出现多种基因型并存。     

青岛地区丙型肝炎基因分型的研究

目的 探讨青岛地区丙型肝炎基因型的分布状况,发现丙型肝炎病毒（HCV）流行优势株,分析丙型肝炎基因型与病人性别、感染途径、炎症活动度、病毒载量等的相关性。方法 应用RT-PCR方法,对46例青岛地区丙型肝炎病人的血清RNA提取物NS5B区和（或）CORE-E1区进行扩增,扩增片段进行基因测序,根据测序结果在PUBMED网站中获得基因分型结果,分析不同丙型肝炎基因型与病人性别、感染途径、肝病程度、HCV RNA含量及谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）水平的关系。结果 46例血清标本,HCV RNA均为阳性,44例可以分型,分型率为95.65%,其中基因1b型28例（63.64％）,2a型14例（31.81％）,3b型2例（4.55％）。丙型肝炎基因型的分布与病人性别、感染途径、肝病程度、HCV RNA含量及ALT、AST水平均无关（P〉0.05）。结论 青岛地区HCV流行株为基因 1b型和2a型,基因1b型为优势株,同时发现3b基因型。基因型与丙型肝炎的疾病进展程度及炎症活动度无关。     

广西地区丙型肝炎病毒的基因分型及其临床意义

目的：探索广西地区丙型肝炎病毒（HCV）基因型的分布特征。方法：收集广西地区137例HCV—RNA阳性患者的血清样本,采用逆转录巢式PCR法扩增HCVNS5B区段,对PCR终产物纯化测序,测序结果与Genbank中的标准株全基因序列比对,并构建HCVNSSB区段系统进化树。结果：广西地区137例样本中,主要基因型为1b型（58．4％）,其次是6a型（12．4％）,3b型（10．2％）,la型（7．3％）,2a型（7．3％）,3a型（4．4％）。进一步分析表明,HCV基因型分布与性别无关（P〉0．05）,而与年龄有关（P〈0.05）,3型及6a型主要见于年轻患者。结论：构建HCVNSSB区段系统进化树能得到准确的HCV基因型;广西地区HCV基因型呈多样化,以1b型为主,6a型和3b型次之,且新发现6例3a型;基因分型为不同基因型的HCV感染者的治疗和疗效预测提供了理论依据。     

鞍山中心医院丙型肝炎病毒亚型的分布状态

[摘要]　目的　了解鞍山地区丙型肝炎病毒（HCV）基因分型的情况。　方法　采用型特异性引物逆转录巢式PCR法对鞍山地区抗HCV和HCV RNA均阳性的患者共189例进行基因分型。　结果　在189份抗HCV和HCV RNA均阳性血清中基因型分别检测出了1b和2a型,未发现混合型感染,其中11份为阴性。　结论　鞍山地区基因型有1b型和2a型两种型,未发现其他亚型,1b型（53％）和2a型（47％）基本相等。     

PCR-RDB技术在HCV基因分型中的应用研究

目的:评价PCR-RDB技术在丙型肝炎病毒(HCV)基因型检测中的临床实际应用价值。方法:随机收集经实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)检测HCV RNA含量大于1×103 IU/ml血清样本总计158份,其中无临床症状丙型肝炎病毒携带者90例,慢性丙型肝炎(CHC)患者48例,肝硬化(HS)患者16例,肝癌(LC)患者4例。全部血清样本应用PCR和反向斑点杂交技术(RDB)进行HCV基因分型检测,并对检测结果进行统计学分析。结果:所有标本HCV基因分型成功,其中1b型78例,2a型65份,3a型3例,3b型2例,6a型2例,1b和2a混合感染型8例。不同疾病组HCV不同基因型分布差异无统计学意义。结论:HCV基因型与疾病类型无相关性;PCR-RDB杂交技术适用于临床实验室开展HCV基因型检测。     

丙型肝炎病毒基因NS5区酶切分型研究

目的：了解丙型肝炎病毒（HCV）感染的基因型及其与临床的关系。方法：用逆转录套式聚合酶链反应（RT－PCR）和限制性片断长度多态性（RFLP）分析的方法,对78例HCV感染患进行HCV NS5区基因分型。结果：HCV1b型感染71例（91％）,HCV2a型7例（9％）,未发现其它基因型;丙型肝炎患有无输血史,是否重叠HBV感染,其基因分型构成比均无显性差异（P＞0．05）;1b型HCV血清ALT异常（63．4％）明显多于2a型（14．3％）（P＜0．05）。结论：本组HCV感染的基因型多数为1b型,少数为2a型,1b型更易致肝细胞损伤,并可能与活动性肝病有关。     

昆明地区HIV和HCV共感染者丙型肝炎病毒基因型特征

目的分析昆明地区人类免疫缺陷病（HIV）和丙型肝炎病毒（HCV）共感染者丙型肝炎病毒基因型分布。方法对204例经逆转录聚合酶链反应检测HCV病毒栽量,核酸为阳性的样品,利用反向点杂交技术进行HCV基因分型检测,其中60例经免疫印迹试验（WB）确认的HIV感染者,对共感染和非共感染组的丙型肝炎病毒基因型分布进行分析。结果204例HCV患者中3b型85例（HCV感染率最高,为41．6％）;1b型HCV感染在HIV／HCV共感染组中的感染率（30．0％）明显高于单纯HCV感染组感染率（20．0％）（P〈0．05）。而3b型HCV感染在HIV／HCV共感染组中的感染率（35．0％）明显低于单纯HCV感染组感染率（44．2％）（P〈0．05）。1b型,3a型和3b型HCV合并HIV感染的发生率较高;2a型和6a型HCV合并HIV感染的发生率较低。不同丙肝基因型HIV／HCV共感染者间感染途径以静脉药隐为主,其次是性接触。结论昆明地区共感染纽中的HCV流行的基因亚型有1b,3a,3b,6a共4种,1h为流行的主要基因亚型3a,3b和6a型均占相当比例,初步说明昆明地区HCV流行的基因亚型呈现多样性．     

广东地区丙型肝炎患者的HCV基因分型研究

目的了解广东地区慢性丙型肝炎患者的HCV基因分型情况,为丙型肝炎病毒的诊断和预防提供有力依据。方法根据丙型肝炎病毒RNA全序列,在5′-NCR区设计引物,通过套式PCR扩增,特异性产物测序分析并分型。结果检测HCV感染样本58例,扩增出阳性样本47例,共检出3种基因型,分别为1b,2a和4型,其中1b占85.1%,2a占12.8%,4型占2.1%,4型为中国人群中极少报道被检出的罕见型。结论广东地区HCV基因型主要为1b型,其次为2a型,与中国其它地区HCV基因型分布比较一致。     

微板核酸杂交技术对江西地区HCV基因分型的观察

目的 采用微板核酸杂交-ELISA技术对HCV RNA进行基因分型。方法 采用PCR、核酸杂交和酶联显色技术，首先将HCV RNA进行RT-PCR扩增，并将扩增产物加入预先包被对HCV通用探针的徽孔板，再加入HCV各基因型显色探针，同时进行微板核酸杂交-ELISA显色，对江西地区129例临床诊断为丙肝RNA阳性患者血清中的HCVRNA进行基因分型研究。结果 江西地区HCV基因型可分为1b、2a、2b、3a、3b、6a、la／2a、1b／2a、1b／3a、1b／6a、3a／5a、2a／3a共12种单一基因型和混合基因型，其中以1b基因型为主，占50．39％；慢性丙肝患者的基因型较为复杂，存在较高比例的混合基因型。结论 江西地区HCV感染者以1b基因型为主．PCR徽板核酸杂交-ELISA方法可以准确、快速、简便进行HCV基因分型，在探讨HCV的流行病学及观察药物对各基因型的疗效方面具有重大的意义。     

反向点杂交法检测广东地区丙型肝炎病毒基因型和基因亚型

目的 建立并应用HCV基因分型技术PCR-反向点杂交法(PCR-RDH),调查广东地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型和亚型的分布情况.方法 应用生物信息学软件针对HCV 5'端非编码区(5'UTR)和核心蛋白区(C区)设计特异性捕获探针及生物素标记引物,建立HCV基因分型的PCR-反向点杂交技术.应用本技术对115例慢性丙型肝炎患者血清标本进行HCV基因型和亚型检测,同时对其中38份标本中的HCV进行RT-PCR扩增、测序、系统进化树分析确定HCV基因型和亚型,以评价反向点杂交法的准确性及临床应用价值.结果 115份血清标本中,反向点杂交法HCV基因型及亚型检出率为96.5%(111/115),15份阴性对照全部为阴性.111例检出基因型的标本中1b型63例(56.8%)、2a型9例(8.1%)、3a型4例(3.6%)、3b型6例(5.4%)、6a型28例(25.2%)、1b/2a混合型1例(0.9%).经测序分型确定此法检测准确度为100%,特异度为100%.结论 HCV基因型反向点杂交法检测准确可靠、简便经济、高效,适用于临床检测.广东地区的HCV基因型分布以1b型为主,呈现出1b型比例下降,3a、6a型比例升高的趋势.     

天津地区丙型肝炎病毒基因型与临床的相关性研究

目的：研究丙型肝炎病毒（HCV）基因型,了解天津地区丙型肝炎的分布情况。方法：收集252例丙型肝炎患者的血清标本,采用基因测序法进行HCV基因型的检测,并对基因型与其他临床指标进行分析。结果：252例丙型肝炎患者分别感染1b、1a、1c、2a、2i、3a、3b、4a和6a共9种基因亚型,其中1b型占59．9％,其次是3a型,占12．7％。对1型、2型、3型和4型4种基因型进行肝功能、HCVRNA病毒载量比较,经单因素方差分析有明显统计学差异（P〈0．05）;对HCV感染的不同肝病程度患者的基因型分布进行分析,无显著性差异（P〉0．05）。结论：天津地区丙型肝炎病毒感染以1b型为主,其次为3a型。HCV基因型与HCVRNA病毒载量、肝脏损伤指标有明显统计学差异。     

云南省曲靖市非高危人群丙型肝炎病毒基因型分析

目的对曲靖市感染丙型肝炎的非高危人群进行丙型肝炎病毒(HCV)基因分型研究,寻找本地区流行基因型,为丙型肝炎的科学防治提供依据。方法采集住院病人血液,提取RNA,采用HCV特异性引物进行巢式RT-PCR扩增,PCR产物直接测序,采用生物信息学软件进行序列分析。结果共采集228例病人血清,排除具有高危因素影响的血清29例,非高危人群丙型肝炎病人血清199例。共检出4个基因型(1、2、3、6),5个基因亚型(1b、2a、3a、3b和6a),有37例不能鉴别的基因亚型。其中1b型78例(39. 2%)、2a型42例(21. 1%)、3a型15例(7. 5%)、3b型23例(11. 6%)、6a型4例(3. 0%)和未能分型37例(18. 6%)。根据文献检索提取云南省HCV基因分型流行情况,对于HIV/HCV共感染的静脉吸毒者(Intraductal Ultrasonography,IDUS)和静脉吸毒HCV感染者,前3位的基因亚型分别为3b、3a、1b;对于标本来源为医院病人,未进行感染途径分类,前3位的基因亚型分别为1b、3b、2a。结论曲靖市丙型肝炎非高危感染人群主要HCV基因亚型1b型和2a型与我国的主要基因亚型基本一致,与云南省主要的HCV基因亚型略有区别,但与同地区的HIV/HCV共感染的静脉吸毒者HCV基因型有着明显区别。     

对比分析5'-UTR和NS5b区序列确定广东地区HCV基因亚型

［摘要］ 目的 对比丙型肝炎病毒（HCV）不同区段系统进化分析法基因分型的差异,探讨广东地区丙型肝炎患者的HCV基因亚型分布。方法 RT-PCR分别扩增HCV5'-UTR（71nt-311nt）共241bp和NS5b区（8249nt-8650nt）共402bp的片段。序列分析后进行系统进化分析以确定病毒基因型及亚型。结果 HCV NS5b区段分型74例,其中1b亚型51例,2a亚型10例,6a亚型8例,3a亚型2例,3b亚型2例,1a亚型1例;5'UTR区分型74例,其中1型45例,2型11例,6a亚型10例,3a亚型3例,3b亚型5例;两区段共同分型49例,47例基因型一致,2例不同。结论 对比分析HCV不同区段基因序列,可深化对HCV基因型和亚型的了解。初步表明广东地区慢性丙型肝炎患者HCV基因亚型分布以1b为主;其次为2a、6a,两者比例相当;3b、3a也占有一定比例。 ［关键词］丙型肝炎病毒;基因型;5'-非编码区;NS5b区;系统进化分析     

新疆汉族、维吾尔族丙型肝炎感染者 HCV 基因型研究

目的：了解新疆不同地区汉族和维吾尔族（以下简称维族）丙型肝炎感染者丙型肝炎病毒（HCV）基因分型的特征,为新疆丙型肝炎的诊断和治疗提供依据。方法对380份汉族和维族丙型肝炎感染者血清样本先进行荧光定量 PCR 检测病毒载量,载量大于1×103 copies／mL 的再采用 PCR-反向点杂交法进行 HCV 基因分型。结果基因分型确定355份样本,成功分型率为93．4％,汉族和维族基因型检出率1b 型分别为59．91％、69．92％,2a 型分别为30．17％、12．20％,3a 型分别为5．60％、8．13％,3b 型分别为3．88％、8．94％。新疆乌鲁木齐和其他地区丙型肝炎感染者中,维族、汉族病例分布差异有统计学意义（P＜0．05）,且乌鲁木齐和其他地区男性、女性病例分布差异有统计学意义（P＜0．05）。乌鲁木齐地区病例中,维族、汉族男性感染者2a 型和女性感染者1b 、3b 型差异均有统计学意义（P＜0．05）。新疆其他地区,仅2a 型男性维族、汉族感染者发病有差异有统计学意义（P＜0．05）,其他基因型差异无统计学意义（P＞0．05）。结论新疆地区汉族和维族丙型肝炎感染者 HCV 基因型分布与国内大多数地区不同,汉族以1b 、2a 型为主,而维族以1b 型为主,其次是2a 、3a 、3b 型。     

广州地区丙型肝炎患者HCV基因分型研究

目的研究广州地区丙型肝炎患者HCV基因型分布的变化情况。方法收集207例HCV RAN阳性丙型肝炎患者血清,对其HCV Core区(C区)和NS5B区基因序列进行RT-nPCR扩增,两区扩增成功的PCR产物进行基因测序,测序结果分别与相应的参照株序列比对,构建系统进化树,两区基因分型结果一致者确定HCV基因亚型。结果 185例HCV C区和NS5B区都扩增成功,其中179例两区基因分型结果一致。共检出1、2、3、6型4种基因型和8种基因亚型,其中1b型占40.78%(73/179),6a型占27.37%(49/179),3b型占11.73%(21/179),3a型占8.94%(16/179),2a型占6.15%(11/179),1a型占3.91%(7/179),2b型占0.56%(1/179),6n型占0.56%(1/179)。1b株可分为A、B、C三大簇,A簇与中国广泛流行1b株接近、B簇与中国中部及南部地区流行1b株接近,6a株分为Ⅰ、Ⅱ两大簇,与献血人群及静脉吸毒人群中6a型株接近。结论广州地区丙型肝炎患者HCV基因型以1b、6a、3型为主,存在多种亚型;1b型株包含中国大部分地区的1b型株,6a、3型已取代2a型分别成为第二、三主要流行基因型;未发现6型变异株。