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1.
微小RNA(miRNA)可与信使RNA(mRNA)的3'端非翻译区(3'UTR)互补结合,降低mRNA的稳定性或抑制mRNA的翻译,负性调节靶基因的表达。然而一些mRNAs、假基因、长链非编码RNA(LncRNA)以及环状RNA(circRNA)含有某些miRNA结合位点,可通过miRNA应答元件(MREs)竞争性结合相同的miRNA,解除或减轻miRNA对靶基因的抑制作用,调节靶基因的表达,这种作用机制称为竞争性内源RNA(ceRNA)假说。在肿瘤的发生过程中,mRNAs、假基因转录物、lncRNA、circRNA可作为ceRNA,通过竞争性结合相同的致瘤性或抑瘤性的miRNA,起到抑制或促进肿瘤发生的作用。  相似文献   

2.
目的 了解大鼠肝再生(LR)0 h和2 h时性别决定区转录因子2(SOX2)基因及其mRNA相互作用的微小RNA(miRNA,miR)和环状RNA(circRNA)的表达变化、相互作用和调节肝细胞干性变化的途径与方式。方法 按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(partial hepatectomy, PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量检测技术测定大鼠肝再生中肝细胞的mRNA、miRNA合称内源竞争RNA(ceRNA)的表达变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网,用ceRNA综合分析等方法解析它们的表达相关性和作用相关性。结果 PH后0 h和2 h时,SOX2 mRNA的比值为1.00±0.09和2.15±0.48,miR-3558-3p为4.53±0.10和0.81±0.16,circRNA_18404为1.24±0.04和11.10±0.57,circRNA_18045为1.97±0.47和4.44±0.23。同时,PH后0 h时,SOX2促进的富含AT的交互域5A(ARID5A)、激活转录因子3(ATF3)、BTG抗增殖因...  相似文献   

3.
目的 了解大鼠肝再生(LR)0 h和120 h时Kruppel样因子4(KLF4)基因及其mRNA相互作用的微小RNA(miRNA)和环状RNA(circRNA)的表达变化、相互作用和调节肝细胞凋亡的途径与方式。方法 按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量检测技术测定大鼠肝再生中肝细胞的mRNA、miRNA和circRNA合称内源竞争RNA(ceRNA)表达变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网络,用ceRNA综合分析等方法解析它们的表达相关性和作用相关性。结果 PH后0 h和120 h时,KLF4 mRNA的比值为1.00±0.16和3.14±0.27,miR-881-3p为18.30±1.44和0.47±0.02,circRNA_20298为0.32±0.10和4.24±0.22,circRNA_14826为0.42±0.13和0.61±0.08。同时,PH后0 h时,KLF4促进的肾上腺素受体β 2(ADRB2)、二甲基精氨酸二甲基氨基水解酶2(DDAH2)、膜联蛋白A5(ANXA5)等4...  相似文献   

4.
目的:探索有关痛风发病的ceRNA网络调控机制,寻找治疗痛风的潜在靶点。方法:计算机检索GEO数据库,下载lncRNA微阵列芯片GSE160170,分析系列矩阵文件得到差异lncRNA与mRNA。比对高度保守的miRNA家族文件后得出lncRNA-miRNA关联,预测miRNA调控的mRNA,与芯片数据差异分析得到的差异mRNA取交集,得出miRNA-mRNA关联。构建ceRNA网络,运用String数据库分析蛋白互作关系,筛选关键蛋白互作模块。R软件分析关键蛋白模块的功能与相关通路,挖掘关键模块ceRNA网络。结果:痛风疾病组与正常组比较共获得差异表达的354个lncRNAs(140个下调,214个上调)、693个mRNAs(399个下调,294个上调)。在差异表达lncRNA的ceRNA网络中,有86个lncRNAs(35个下调,51个上调)、29个miRNAs、57个mRNAs。GO富集分析涉及的生物过程DNA编码转录、调控细胞增殖凋亡、调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录等。KEGG涉及的信号通路有IL-17信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路等。挖掘关键模块获得9种lncRNAs、11种miRNAs、9种mRNAs。结论:ceRNA网络可能在痛风的发病过程中发挥关键作用,其中TTTY10/hsa-miR-139-5p/AP-1轴可能具有一定研究意义。  相似文献   

5.
目的 了解大鼠肝再生(LR)0 h、6 h和72 h时骨髓瘤基因(MYC)及其mRNA相互作用的微小RNA(miRNA)和环状RNA(circRNA)调节肝细胞周期启动及终止的途径与方式。方法 按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量检测技术测定大鼠肝再生中肝细胞的mRNA、miRNA和circRNA[合称内源竞争RNA(ceRNA)]表达变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网,用ceRNA综合分析等方法解析它们的表达相关性和作用相关性。结果 在PH后肝细胞周期启动0~6 h间的0 h和6 h时,MYC mRNA的比值为0.15±0.03和2.36±0.2,miR-134-5p为3.22±0.61和0.08±0.02,circRNA_12112为0.68±0.21和13.35±3.53。同时,PH后0 h时,MYC促进的细胞周期启动相关基因Ras关联域家族成员1(RASSF1)、细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)、超氧化物歧化酶2(SOD2)表达下调,抑制的细胞周期启动相关基因嵌套蛋白(NES)...  相似文献   

6.
目的 基于前列腺癌的编码基因-非编码RNA调控网络识别潜在的生物标记物.方法 利用前列腺癌的lncRNA、miRNA和mRNA表达谱数据及它们与转录因子之间的靶向关系,构建编码基因-非编码RNA三维调控网络,挖掘ceRNA子网,识别潜在竞争性的lncRNA并筛选前列腺癌潜在的致病因子.结果 从ceRNA子网中识别出4个lncRNA竞争性的结合了5个miRNA间接调控了63个基因的表达,功能预测这些lncRNA参与了激素调节;基于网络拓扑属性,挖掘出一个包含了16个lncRNAs、2个miRNAs、4个mRNAs的生物标记物.结论 多种调控因子如TF、lncRNA、miRNA、mRNA共同作用影响前列腺癌的发生发展,其中有些lncRNA作为ceRNA来发挥基因表达调控的作用.  相似文献   

7.
目的 了解大鼠肝再生(LR)0 h和6 h时骨髓瘤基因(MYC)及其mRNA相互作用的微小RNA(miRNA,miR)和环状RNA(circRNA)的表达变化、相互作用和调节残肝炎症反应的途径与方式。方法 按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,用大规模定量检测技术测定大鼠肝再生中残肝的mRNA、miRNA和circRNA[合称内源竞争RNA(ceRNA)]表达变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网,用ceRNA综合分析等方法解析它们的表达相关性和作用相关性。结果 PH后0 h和6 h时,MYC mRNA的比值为0.15±0.03和2.36±0.20,miR-540-3p为3.00±0.43和0.79±0.01,circRNA_04996为1.43±0.43和3.14±0.94。同时,PH后0 h时,MYC促进的纤溶酶原激活剂尿激酶受体(PLAUR)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素1受体2型(IL1R2)等3个炎症反应相关基因表达下调,抑制的炎症反应相关基因利钠肽A(NPPA)、核受体亚家族O组B成员2(NROB2)和过氧化物酶体增殖物激活...  相似文献   

8.
消化系统肿瘤是最常见的恶性肿瘤之一,其发生、发展机制尚不清楚是影响肿瘤治疗的重要原因。研究表明RNA在消化系统肿瘤的转录后调控机制中发挥重要的作用,lncRNA、mRNA、假基因转录物、环状RNA等各类RNA分子,仅需相同的miRNA应答元件,就可竞争性结合相同的miRNA调控靶基因,从而调节各自的表达。这些RNA分子互为竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)。该文着重探讨ceRNA假说及其在消化系统恶性肿瘤中的研究进展,并展望其研究前景。  相似文献   

9.
背景:研究表明环状RNA(circRNA)是广泛存在于多种组织中的内源性非编码RNA,可充当microRNA(miRNA)的"海绵"调节哺乳动物的基因表达。但circRNA在骨质疏松症中的表达特征和分子机制以及其潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络尚未有相关报道。目的:基于骨质疏松相关非编码RNA高通量测序数据,构建互作网络及功能富集分析,筛选可能通过竞争性内源RNA(ce RNA)机制,并对筛选出的参与骨质疏松发生发展的circRNA进行功能和机制验证。方法:利用GEO数据库中的骨质疏松非编码RNA高通量测序数据,构建circRNA-miRNA-mRNA网络。随后,对miRNA预测的共表达靶基因进行GO和KEGG分析。采用人间充质干细胞诱导成骨细胞分化,qRT-PCR和Western blot检测筛选出的circ0076906和其靶向的miR-29b及骨糖蛋白m RNA和蛋白的表达,碱性磷酸酶活性和茜素红染色检测骨形成情况,荧光素酶报告实验以检测基因之间的相互作用。结果与结论:(1)实验从GEO数据库中最终筛选了5个共表达circRNA(如circ...  相似文献   

10.
目的:交叉对比兔前交叉韧带(ACL)与内侧副韧带( MCL)部分损伤前后环状RNA表达差异,并进行功 能分析,探讨ACL 内源性修复障碍可能的分子机制。方法:对兔ACL 及MCL 组织环状RNA建库测序,筛选符 合标准的差异环状RNA,并用qRT-PCR 验证,对筛选的差异环状RNA进行京都基因和基因组百科全书(KEGG) 和基因本体论(GO)分析,并构建其ceRNA网络。结果:各组中共筛选出308 个差异环状RNA,GO 和KEGG分 析表明,ACL 与MCL 损伤后的差异环状RNA在血管生成、炎症反应、细胞增殖与凋亡及mRNA 转录与蛋白翻译 方面均存在较大差异。ACL 与MCL 损伤后的ceRNA网络差异显著。结论:环状RNA在ACL 与MCL 损伤后的差 异表达谱中存在明显差异,为进一步研究ACL 损伤内源性修复障碍的机制提供了新思路。  相似文献   

11.
文题释义:环状RNA:是一种新的内源性非编码RNA,产生于RNA剪切过程,无3’帽子结构和5’poly尾,呈闭合环状,可作为上游靶点调控miRNA从而起到调控组织修复的作用。 环状RNA的主要功能:①作为内源竞争性RNA充当miRNA海绵;②环状RNA与蛋白相互作用可参与多种生理活动的调控;③调节转录;④参与蛋白翻译。 背景:环状RNA是一种非编码RNA,通过反式剪接使3’端和5’端以共价键相连接形成1个闭合环状结构。环状RNA广泛存在于多种生物细胞中,具有结构稳定、序列保守、来源丰富等特征。目前研究表明环状RNA 可通过多种途径发挥作用。 目的:该文就环状RNA的分类及形成过程、分子特性、功能及其在组织损伤修复中的作用做一综述。 方法:第一作者应用计算机检索2005年1月至2019年4月PubMed 数据库、中国期刊全文数据库关于环状RNA的文章,英文检索词“circRNA,function,miRNA,injury”;中文检索词“circRNA,功能,miRNA,损伤”。对纳入的39篇文献进行分析讨论。 结果与结论:①目前发现的环状RNA根据其来源可分为4类:外显子来源的环状RNA(exonic circRNA)、外显子及内含子共同组成的环状 RNA(EliRNA)、内含子来源的环状RNA(ciRNA)和聚合酶Ⅱ(PolⅡ)的转录通读形成的通读环状 RNA(rt-circRNA);②环状RNA具有丰富性、保守性、稳定性;③越来越多的研究表明环状RNA具有多种功能:海绵吸附功能、与蛋白相互作用、调节转录、参与蛋白翻译;④大量研究表明环状RNA参与组织修复,其表达特征与组织修复具有明显相关性。 ORCID: 0000-0002-3955-4866(施蕾) 中国组织工程研究杂志出版内容重点:组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程  相似文献   

12.
目的筛选ER阳性乳腺癌中受miRNA调控的关键基因,以此构建乳腺癌中miRNA-mRNA互作网络,进而了解ER阳性乳腺癌的调控机制,为筛选ER阳性乳腺癌诊断预后的生物标志物和治疗靶点打下基础。方法利用MCF-7细胞系的AGO-IP(HITS-CLIP Protocol for Argonaute)高通测序实验数据,发现miRNA对mRNA的真实调控关系,并以此构建基于RNAs诱导的沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISCs)miRNA-mRNA调控模组。根据调控模组利用蚁群优化算法在基因互作网络中筛选关键基因,构建ER阳性乳腺癌中miRNA调控下的关键基因互作网络,并对关键基因进行功能分析。结果本研究筛选出106个关键基因,244个调控关键基因的miRNA。根据乳腺癌中miRNA调控的关键基因互作网络识别出了 YWHAG、EP300、CHEK1、SMAD2、SMAD1、SYK、FGFR1、PIK3R2、IRS1、TGFBR2、CHUK和CSDE1等12个hub基因;并发现了hsa-miR-940、hsa-miR-545-3p、hsa-miR-3065-5p、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-181b-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-765、hsa-miR- 4723-5p 、hsa-miR-454-3p、hsa-miR-374a-5p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-30e-5p、hsa-miR-19a-3p、hsa-miR-15b-5p、hsa-miR-149-5p和hsa-miR-128-3p等16个hub miRNA。这些基因主要对肿瘤细胞的增殖、侵袭、化疗抗性、放疗抗性和耐药性起重要作用。结论本研究筛选出的关键基因及调控关键基因的miRNA对ER阳性乳腺癌的耐药性、化疗抗性、放疗抗性及肿瘤细胞的增殖、侵袭有重要调控作用,对ER阳性乳腺癌临床治疗及预后起到重要参考作用。  相似文献   

13.
目的 探讨环状RNA(circRNA)在大鼠肝再生中的表达变化及其对细胞增殖的调节作用.方法 用生物高通量检测方法分析114只2/3肝切除大鼠诱导的大鼠肝再生中circRNA的表达变化,用miRanda和TargetScan网站分析大鼠肝再生的靶微小RNA(miRNA)及其mRNA,用基因本体论(GO)和IPA软件分析...  相似文献   

14.
目的探索FOXP3基因在头颈部鳞癌中的作用机制。方法选取TCGA数据库中的279例头颈部鳞癌二代测序样本,利用cbioportal筛选样本中FOXP3的共表达基因;利用String数据库,建立FOXP3的共表达网络;利用DAVID数据库分析共表达网络功能;利用miRTar Base和Star Base数据库,筛选能够调控FOXP3的短链非编码RNA(microRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状非编码RNA(circRNA);最后,利用Cytoscape软件建立FOXP3的竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。结果在TCGA数据库的头颈部鳞癌样本中共筛选出FOXP3的共表达基因950个。(Spearman分数大于0.5)功能分析结果显示这些共表达基因的功能主要为免疫应答,T细胞、淋巴细胞和粒细胞激活等免疫相关功能。ceRNA网络揭示miR-31-5p和miR-210-3p能够靶向调控FOXP3基因。此外,XIST、TUG1、JRK和LINC00473等42个lncRNA和ZNF223_hsa_circ_000898和ISY1_hsa_circ_001090等31个circRNA能够通过ceRNA作用调控FOXP3。结论成功建立FOXP3基因相关的ceRNA网络,并挖掘出42个lncRNA和31个circRNA可能通过ceRNA作用调控FOXP3,可为头颈部鳞状细胞癌的分子机制研究和分子靶向治疗提供新的切入点。  相似文献   

15.
目的:揭示兔膝关节前交叉韧带(ACL)和内侧副韧带(MCL)部分损伤后内源性竞争性环状RNA(circRNA)与微小RNA(miRNA)及信使RNA(mRNA)的相互作用关系,以探讨阻碍ACL损伤后内源性修复的分子机制。方法 :兔正常和部分损伤的ACL及MCL组织H-E染色,进行形态学观察。进行全转录组建库测序,并通过差异分析确定差异表达基因。进行功能分析和蛋白质相互作用网络构建,鉴定核心基因,并建立内源性竞争性circRNA-miRNA-mRNA网络。结果 :兔正常和部分损伤的ACL及MCL在炎症反应、细胞增殖及胶原沉积等方面均存在显著差异。得到16个核心基因,并构建了6个核心基因的circRNA-miRNA-mRNA网络。结论 :兔正常和部分损伤的ACL及MCL差异表达基因的富集分析通路和核心基因的表达趋势存在明显差异,这为进一步研究ACL损伤内源性修复障碍的机制提供了新思路。  相似文献   

16.
目的:探讨糖尿病动脉粥样硬化模型小鼠与美国癌症研究所(ICR)小鼠舌组织中差异表达的环状RNA(circRNA)、微小RNA(miRNA)及信使RNA(mRNA),构建circRNA-miRNA-mRNA三元转录网络。方法:9只ICR小鼠为对照组,9只MKR小鼠(骨骼肌特异性胰岛素样生长因子1受体功能缺失)为模型组。各组用于组织病理染色6只,基因测序3只。模型组小鼠采用N-硝基-L-精氨酸甲酯(L-NAME)腹腔注射+高脂饲料饲养。29 d后检测心电图改变、主动脉改变(HE染色)、舌面丝状乳头高度变化(HE染色)及舌面丝状乳头白细胞介素1β(IL-1β)、IL-6和IL-8的蛋白表达。使用微阵列技术筛选舌组织中差异表达的基因,进行基因本体(GO)功能分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用qRT-PCR验证基因芯片结果,构建circRNA-miRNA-mRNA转录网络。结果:与对照组相比,模型组心电图出现“红旗飘飘”样改变,病理染色提示主动脉有脂质突出,舌组织出现炎症浸润,IL-1β、IL-6及IL-8蛋白表达均明显增高(P<0.01),舌面丝状乳头角化层和上...  相似文献   

17.
circular RNA(circRNA)是内源性RNA在剪切过程中产生的一种不具有3'帽和5'尾的由RNA共价连接形成的单链连续环状RNA。circRNA可与microRNA(miRNA)结合发挥miRNA海绵的作用,通过改变miRNA的表达水平影响多种肿瘤细胞的增殖、侵袭等生物学行为。多种circRNA在肿瘤组织中表达异常,并与肿瘤分期、转移等临床参数相关,提示circRNA可作为肿瘤的分子标记物。此外,circRNA在肿瘤抵抗放疗和化疗方面一定的作用。  相似文献   

18.
本文旨在通过大样本基因组学分析技术,评估lncRNA、miRNA、mRNA及ceRNA在肾透明细胞癌中的差异表达情况及其预后价值。利用R软件对TCGA数据库中肾透明细胞癌RNA和miRNA数据进行基因差异表达分析和生存分析,并通过cytoscape软件得到差异表达的lncRNA-miRNA-mRNA之间的ceRNA调控关系网。结果发现共有1 570个lncRNA、54个miRNA和17个mRNA在肾透明细胞癌组织中存在异常表达,且其表达水平以上调为主(错误发现率0.01;对数差异表达倍数变化绝对值 2)。ceRNA调控网显示共89个差异表达的lncRNA和9个差异表达的miRNA之间存在相互作用关系,生存分析共鉴定出COL18A1-AS1、TCL6、LINC00475、UCA1、WT1-AS、HOTTIP、PVT1等38个有预后价值的lncRNA和2个有预后价值的miRNA(miR-21和miR-155)(P 0.05)。本研究将为肾透明细胞癌靶向治疗与预后评估提供新的理论依据。  相似文献   

19.
目的 检测胃癌组织和癌旁组织中microRNA (miRNA)的差异表达.方法 收集经病理确诊为胃癌进行外科手术切除的25例患者的胃癌组织及距离胃癌病灶5 cm以上的癌旁组织,选取其中7例标本提取总RNA,应用Illumina miRNA芯片检测胃癌和癌旁组织中差异表达的miRNA.应用定量实时PCR技术验证25例胃癌和癌旁组织标本中差异表达的miRNA,并分析25例患者的临床病理与胃癌组织中miRNA差异表达的关联.结果 Illumina miRNA芯片检测显示,HS-138,HS-153,HS-157在胃癌组织中表达下调,miR-181a,miR-21,miR-21*,miR-27a,miR-584,miR-93在胃癌组织中表达上调.定量实时PCR显示,与癌旁组织比较,胃癌组织中miR-181a表达上调(56.848±135.551比3.950±12.101,P<0.05),而miR-584在胃癌和癌旁组织中的表达差异无统计学意义(P>0.05).胃癌组织miR-181a表达与患者胃癌淋巴结转移及年龄有关联(rp=0.462、0.414,P=0.009、0.023),与性别和病理分型无关联(P=0.220、0.106).结论 应用miRNA芯片技术和荧光定量PCR技术发现了胃癌组织中差异表达的miRNA.  相似文献   

20.
文题释义: 非编码RNA:是指从基因组上转录形成但不翻译成蛋白质的RNA,主要包括miRNA、circRNA、lncRNA;非编码RNA可以作为转录调控因子和转录后调控因子,在转录过程中发挥重要的作用。 周围神经损伤:周围神经损伤会导致神经支配区域运动及感觉功能的下降甚至缺失,在临床上有着较高的发生率和致残率,严重影响患者生活质量,并且造成巨大的社会经济负担。 背景:非编码RNA在体内广泛分布于神经系统中,在神经损伤模型中可以观察到非编码RNA表达的显著变化。这表明非编码RNA可能成为解决周围神经修复挑战的潜在靶点。 目的:综述微小RNA、环状RNA、长链非编码RNA在周围神经损伤后修复的作用机制,并试图确定周围神经损伤的可能治疗方向。 方法:第一作者应用计算机检索2001年1月至2019年4月中国期刊全文数据库CNKI和PubMed数据库相关文章。中文检索词“非编码RNA,miRNA,circRNA,lncRNA,周围神经损伤”;英文检索词“non-coding RNA,miRNA,circRNA,lncRNA,peripheral nerve injury”,根据纳入标准及排除标准摘选43篇文章进行分析讨论。 结果与结论:①miRNA可以作用于特定的信号通路,同时调控许旺细胞的凋亡、生长、增殖和分化,参与周围神经损伤后修复;②环状RNA与miRNA发生海绵样作用,竞争性抑制miRNA的转录调控,发挥相应的生物学功能;③大量的长链非编码RNA在周围神经损伤后发生差异性表达,在周围神经再生中发挥着重要作用。 ORCID: 0000-0002-8792-8738(罗选翔) 中国组织工程研究杂志出版内容重点:组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程  相似文献   

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