广谱抗生素对大鼠肠道菌群多样性影响的16S rDNA基因测序研究

目的探讨基于16SrDNA基因测序技术的广谱抗生素对大鼠肠道菌群多样性的影响。方法将24只Wistar大鼠随机分为一次应用抗生素组、多次应用抗生素组和对照组,每组8只。取用药前和用药结束后大鼠粪便做16SrDNA基因测序分析,比较各组大鼠用药前后肠道菌群多样性的变化。结果一次及多次应用抗生素组大鼠的肠道菌群种类多样性指数Chao1、ACE、Shannon用药后较用药前降低,Simpson指数用药后较用药前升高,差异均有统计学意义（t=5.3~12.7,P〈0.05）。多次应用抗生素组大鼠肠道菌群用药前后的变化与一次应用抗生素组相比,多样性指数Chao1、ACE、Shannon降低幅度更明显,Simpson指数升高幅度也更明显（t=4.1~5.7,P〈0.05）。对照组大鼠肠道菌群多样性指数Chao1、ACE、Shannon及Simpson用药前后变化均无统计学意义（P〉0.05）。结论广谱抗生素可显著降低大鼠肠道菌群多样性,且用药时间越长,其降低幅度越明显。     

宏基因组测序在腹泻暴发调查中的应用

目的 评价宏基因组测序技术在腹泻暴发中的潜在应用价值.方法 收集2017年报告的2例聚集性腹泻暴发事件的样品,针对样品进行多重荧光PCR检测;同时,应用宏基因组测序技术对样品进行测序,基于测序数据分析暴发事件的病原体.结果 案例1采用多重荧光PCR检测,仅检测到副溶血弧菌;而采用宏基因组测序技术除检测到副溶血弧菌外,还...     

高血压人群肠道微生物的代谢组学分析

目的 探讨高血压人群和非高血压人群间肠道微生物和微生物代谢物的差异。方法 纳入2017年3月至2018年6月复旦大学附属中山医院心血管内科住院的77例非冠心病患者,根据血压情况分为非高血压组（n=22）和高血压组（n=55）。收集2组患者的粪便样本和血液样本,通过宏基因组高通量测序对肠道菌群进行分析,通过靶向代谢组技术测定粪样本中短链脂肪酸和血液循环胆碱通路代谢物含量,比较2组患者菌群构成及其代谢物的差异。结果 非高血压组患者的α多样性显著高于高血压组,2组间β多样性差异无统计学意义。在物种层面上,肠道中14种菌的相对丰度在2组间存在显著差异,包括单形巨单胞菌（Megamonas funiformis）、多枝梭菌（Clostridium ramosum）等。根据这些差异菌构建肠道微生物综合评分,此评分每增加1个标准差,人群中高血压患者的相应占比降低76%。血液中的肠道微生物参与产生的氧化三甲胺相关代谢物以及粪便中的短链脂肪酸代谢物在2组间差异无统计学意义。差异菌与代谢物相关性分析发现毛螺旋菌（Parasutterella excrementihominis）与短链脂肪酸代谢物负相关,与...     

婴儿迁延性腹泻肠道菌群变化与病因研究

目的探讨婴儿迁延性腹泻的病因及其与肠道菌群变化的关系。方法选择 6个月～ 1岁迁延性腹泻患儿 35例和对照组健康婴儿 31例 ,对他们进行肠道菌群定量培养分析和致病菌培养。结果 35例患儿粪便中 ,双歧杆菌与对照组比较明显降低 ,肠球菌升高 (P <0 .0 1)。结论婴儿迁延性腹泻中多数病例是肠道菌群紊乱所致。     

应用16SrRNA荧光定量PCR技术研究β-内酰胺类抗菌药物对婴儿肠道菌群的影响

目的：探讨β-内酰胺类抗菌药物对婴儿肠道菌群的影响。方法选取0～1岁婴儿,应用16S rRNA 荧光定量 PCR技术,分别测定β-内酰胺类抗菌药物使用前,使用第3 d、5天时,及治愈后第7天粪便中双歧杆菌、乳酸杆菌、肠球菌、大肠杆菌的水平。结果使用过β-内酰胺类抗菌药物者粪便中双歧杆菌、乳酸杆菌、大肠杆菌和肠球菌的数量与未使用者比较,差异无统计学意义（P ＞0．05）。粪便双歧杆菌、乳酸杆菌含量随治疗时间的延长而增加,差异有统计学意义（P ＜0．05）。未使用抗菌药物的患儿肠道双歧杆菌和乳酸杆菌的恢复明显快于使用过抗菌药物的患儿,差异有统计学意义（P ＜0．05）。结论β-内酰胺类抗菌药物对婴儿肠道菌群有普遍的杀灭作用,对婴儿肠道菌群改变的影响是轻微的。β-内酰胺类抗菌药物的使用会延迟患儿肠道微生态的恢复,但若合理使用对疾病的治疗有积极作用。     

肠道水疗在婴儿黄疸中的应用及研究

[目的]探讨肠道水疗治疗婴儿黄疸的效果。[方法]将婴儿黄疸60例以间接胆红素增高为主的患儿(排除母乳性黄疸和溶血性黄疸),随机分为对照组和治疗组各30例。对照组(纯药物治疗)用双歧三联活菌胶囊治疗,治疗组使用药物治疗的同时,给予肠道水疗护理干预。[结果]两组患儿疗程结束后均治愈,治疗过程中黄疸逐渐减轻,并完全消退,但治疗后治疗组胆红素浓度下降速度明显快于对照组(P<0.01)。[结论]肠道水疗配合纯药物治疗婴儿黄疸的效果比单独用纯药物治疗效果好。     

不同月龄婴儿肠道微生态改变的临床研究

目的：通过应用荧光定量PCR技术对不同月龄的正常婴儿、轮状病毒（RV）肠炎患儿肠道微生态进行动态检测,分析其肠道菌群变化,为临床提供数据参考。方法采用病例对照研究,选取不同月龄健康婴儿及RV肠炎患儿为研究对象,运用荧光定量PCR技术测定细菌的16SrRNA,对不同月龄健康婴儿和RV肠炎患儿粪便中双歧杆菌、乳酸杆菌、肠球菌、大肠杆菌进行定量分析。结果不同月龄婴儿肠道中双歧杆菌和肠球菌数量随月龄变化差异有统计学意义（P＜0.05）,乳酸杆菌和大肠杆菌数量差异无统计学意义（P＞0.05）。RV肠炎患儿肠道中双歧杆菌和乳酸杆菌含量在不同月龄阶段均低于健康对照组,差异有统计学意义（P＜0.05）,大肠杆菌和肠球菌含量仅在3月龄阶段低于健康对照组,差异有统计学意义（P＜0.05）,在6月龄和10月龄婴儿与健康对照组婴儿比较,差异无统计学意义（P＞0.05）。结论不同月龄婴儿的肠道微生态存在差异,客观评判婴儿肠道微生态需建立不同月龄的肠道微生态参考区间。RV对患儿肠道中益生菌的数量影响较大。     

肠道微生态检测技术在预防与治疗儿童肠道感染中的应用

儿童肠道微生态菌群多样性低、个体差异大,更易造成耐药菌定植与感染。因此,全面快速精准检测肠道微生态失调状态,对于预防和治疗肠道感染,以及合理使用抗菌药物都具有重要意义。传统肠道病原体检测方法精确度差,抑或通量小。发展中的多组学技术可精准高通量检测已知和未知病原体,并可全面评估肠道微生态状态,在儿童肠道感染相关检测中的应...     

基于16S rDNA检测的肠道菌群移植对慢传输型便秘的作用研究

目的 通过16S rDNA检测技术探讨慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群特点以及肠道菌群移植(FMT)的作用。方法 选取30例STC患者作为STC组,给予2个疗程的规范化FMT治疗;选取同期20例健康成年人作为对照组。采用粪便16S rDNA测序技术对STC组和对照组肠道菌群进行比较,并对STC患者实施FMT前后的肠道菌群进行比较。结果 与对照组相比,STC组肠道菌群多样性降低,厚壁菌门相对丰度降低,而变形菌门和梭杆菌门相对丰度升高,差异均有统计学意义(P<0.05)。经FMT治疗后,功能性便秘患者菌群多样性升高,差异有统计学意义(P<0.05);在门水平上,STC患者实施FMT后拟杆菌门和梭状菌门相对丰度降低,而厚壁菌门和变形菌门相对丰度升高,差异有统计学意义(P<0.05)。STC组胃肠生活质量评分(GIQLI)、Wexner便秘评分均较治疗前下降,差异有统计学意义(P<0.05)。STC组抑郁自评量表(SDS)评分、焦虑自评量表(SAS)评分、匹兹堡睡眠质量评分(PSQI)均较治疗前下降,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 STC患者肠道菌群易发...     

病毒宏基因组高通量测序在临床感染性疾病诊断中的应用

目的以1例恶性胸腺瘤并发外阴部感染患者溃疡部位拭子标本为模型,建立适用于临床病毒检测的宏基因测序平台。方法提取该患者外阴部水疱液中的全部核酸,通过不依赖序列的单引物扩增(SISPA)后进行Ion Torrent PGM高通量测序,筛选出与病毒相关的测序读长(reads)与NCBI数据库中的序列进行比对,分析标本中病毒核酸的种类及丰度,并与荧光定量PCR法比较。结果共获得320 049条读长,4 288条(1.3%)与病毒相关,其中2 629条为噬菌体基因,其余1 659条读长中与人类疾病相关的有单纯疱疹病毒2型(HSV-2)14条(0.84%)、指环病毒属(Anellovirus)1 361条(82.0%)、多瘤病毒属(Polyomavirus)19条(1.14%)、乳头瘤病毒属101(Papillomavirus 101)6条(0.40%),反转录病毒科80条(4.82%)、痘病毒科45条(2.7%)、其他病毒如植物、鱼类、禽类病毒117条(7.05%)、未分类病毒17条(1.02%);疱疹病毒序列鉴定结果表明,14条读长注释为HSV-2(NC_001798),且用荧光定量PCR确认为HSV-2阳性,两法结果一致;噬菌体序列分析发现2 629条读长为噬菌体基因,其中1 251条为肠杆菌噬菌体(占47.6%),1 331条为葡萄球菌噬菌体(占50.6%)。结论初步建立了基于Ion Torrent PGM的病毒宏基因组测序平台并成功检测出HSV-2,为其在临床中的应用提供了实验依据。     

16S rDNA序列在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的 通过16S rRNA基因序列分析快速鉴定艾伯特埃希菌。方法 以30株疑似艾伯特埃希菌为材料,使用通用引物扩增其16S rRNA基因并进行测序。获得的序列与艾伯特埃希菌型菌株LMG 20976,基因组测序菌株KF1、NBRC107761、TW07627以及其他密切相关的细菌种(大肠埃希菌、赫曼埃希菌、费格森埃希菌、志贺菌和Shimwellia blattae)的16S rRNA基因序列进行比较,并使用N-J法构建进化树来分析其相关性。结果 30株疑似艾伯特埃希菌的16S rRNA基因序列与艾伯特埃希菌参考菌株的序列相似性最高,并与其聚类为一簇,为艾伯特埃希菌。结论 16S rRNA基因测序分析可用于艾伯特埃希菌的快速鉴定。     

Identification of bacteria from a non-healing diabetic foot wound by 16 S rDNA sequencing

Approximately 10-20% of diabetic foot wounds fail initial antibiotic treatment. It is generally believed that several bacterial species may be present in these types of wounds. Because some of these organisms cannot be easily cultured, proper identification is problematic and thus, appropriate treatment modalities cannot be applied. This report examined the bacterial flora present in a chronic diabetic foot wound that failed antibiotic treatment. A tissue sample was collected from the base of the wound and used for standard microbiological culturing. DNA from the sample was used to amplify bacterial 16 S rDNA gene sequences and a library of these sequences was made. The clones were placed into two major groups on the basis of their melting temperatures. Representatives of these groups were sequenced, and information was used to identify the bacteria present in the wound. The culture-based method identified a single anaerobic species, Bacteroides fragilis. The method employing rDNA sequencing identified B. fragilis as a dominant organism and Pseudomonas (Janthinobacterium) mephitica as a minor component. The results indicate that rDNA sequencing approach can be an important tool in the identification of bacteria from wounds.     

A novel Streptococcus organism identified in a case of fulminant endocarditis using 16S rDNA sequencing

We report the identification of a virulent Streptococcus organism associated with fulminant endocarditis, using 16S rRNA gene amplification, sequencing and assembly from formalin-fixed, paraffin-embedded archival heart valve tissue, years after the autopsy of a patient.     

16S rDNA检测在临床细菌检验中的应用

目的根据细菌16S rDNA的高度保守性,设计合成所有细菌的通用引物,建立快速检测细菌的方法。方法应用PCR方法检测细菌16S rDNA基因。同时对白假丝酵母菌、人白细胞DNA和HBV-DNA阳性病人血清同法检测。结果所有检测细菌均出现特异性条带,而白假丝酵母菌、人白细胞DNA和HBV-DNA阳性病人血清阴性。结论该法快速、特异、敏感。一个样品中能同时检测多种细菌,可为实验室初步判断是否存在细菌感染提供客观依据。     

细菌rDNA分类鉴定的方法学研究

目的 研究细菌rDNA快速鉴定方法.方法 以细菌16S rDNA、16S-23S rDNA基因间隔区（ISR）和常见细菌耐药基因为对象,通过改进标本中细菌DNA提取方法,指纹分析、直接测序与多重聚合酶链反应（PCR）技术,建立快速细菌分子鉴定方法.结果 细菌属种不同表现出独特的16S-23S rDNA ISR指纹,在分析软件指导下进行初步细菌鉴定和亲缘关系研究;16S rDNA和16S-23SrDNA ISR序列可确定细菌种与型;序列分析与生化鉴定一致.多重PCR可解决葡萄球菌16S rDNA与mecA基因、产超广谱β内酰胺酶菌16S rDNA与TEM和SHV基因同步检测.结论 细菌rDNA分类方法,提高了非培养细菌的鉴定能力.     

Detection of bacteraemia in critically ill patients using 16S rDNA polymerase chain reaction and DNA sequencing

OBJECTIVE: To confirm the sensitivity of the polymerase chain reaction (PCR) technique (versus blood cultures) and to gain a better understanding of the incidence of true- and false-positive results when using this technique. DESIGN: Observational study. SETTING: Fourteen-bed, level 3 intensive care unit. PATIENTS: Hundred twenty-six critically ill adult patients. Hundred ninety-seven blood culture and PCR samples taken as clinically indicated for suspected sepsis, according to routine ICU protocol. MEASUREMENTS AND RESULTS: The PCR product (16SrDNA: 341F-1195R) was sequenced and compared with a database of known species (Genebank) to identify the bacterial nucleic acid. The PCR or blood culture result was classified as a true-positive if there was other microbiological or clinical supporting evidence.     

16S rRNA基因序列分析在感染性心内膜炎瓣膜内病原菌检测中的应用

目的探讨16S rRNA基因序列法在感染性心内膜炎(IE)患者瓣膜赘生物内致病原检测中的应用价值。方法对129例IE患者术中赘生物进行DNA提取、PCR扩增及测序分析,并与传统血培养及赘生物培养进行比较分析。结果配对卡方检验显示16S rRNA基因序列分析法检测阳性率明显高于血培养[83.53%(71/85)vs 28.24%(24/85),P0.05]和赘生物培养[77.5%(100/129)vs 18.6%(24/129),P0.05],可检出苛养菌及立克次体、巴通体、支原体等特殊病原体。结论应用16S rRNA基因序列分析法可提高IE患者瓣膜赘生物致病原的检出率。     

16S rRNA序列测定结肠腺瘤性息肉与肠道菌群的相关性分析

目的探讨作为结肠癌癌前病变的结肠腺瘤性息肉(CAP)中肠道菌群的改变特征。方法随机收集2017年11月至2018年4月在昆明医科大学第一附属医院进行结肠镜检查的结肠腺瘤性息肉患者(CAP组)30例和无腺瘤息肉的健康个体(HC组)30名。通过内镜下电凝电切治疗,收集CAP患者的腺瘤组织和健康志愿者(HC)的肠黏膜组织,提取基因组DNA,对细菌16S rRNA基因V3~V4区进行扩增,通过Illumina MiSeq平台进行序列测定,实验结果使用秩和检验(Wilcoxon检验)进行比较法分析。结果CAP患者的腺瘤组织中肠道菌群α多样性高于健康肠黏膜组织(Chao指数、Ace指数P<0.01)。门水平分析中,CAP组中拟杆菌门(FC=0.38)的丰度显著降低(P<0.01);属水平分析中,拟杆菌属(FC=0.32)、埃希菌属(FC=0.57)、瘤胃球菌属(FC=0.42)、Blautia(FC=0.27)、Dorea(FC=0.57)在CAP组中丰度降低(P<0.05);假单胞菌属(FC=2.43)、乳球菌(FC=2.84)、土芽孢杆菌属(FC=2.07)和不动杆菌属(FC=2.36)丰度升高(P<0.05)。结论与HC肠黏膜组织相比,CAP患者腺瘤组织中菌群的丰度和多样性存在显著的差异,表明腺瘤性息肉患者黏膜中菌群存在失衡现象。这种肠道微环境的失衡,对研究结肠腺瘤性息肉的发生和发展具有重要意义。