细胞焦亡相关基因在肝细胞癌免疫治疗和预后中的作用

目的 探讨细胞焦亡相关基因（PRG）在肝细胞癌（HCC）免疫靶向治疗和预后中的作用。方法 生物信息学方法确定HCC中的重要PRG基因,并对其进行预后价值分析、富集分析和免疫特征分析等。基于这些重要PRG基因,使用非负矩阵分解（NMF）将HCC患者分为两个亚型（C1/C2）,并分别对两个亚型的预后、免疫细胞浸润、免疫检查点和突变进行分析,建立药物-基因相互作用网络,识别靶向HCC相关PRG的潜在化合物。结果 16个关键PRG在HCC和正常组织之间差异表达,其中5个基因的表达与HCC的预后显著相关。免疫微环境分析发现,16个关键PRG的表达与免疫微环境密切相关。基于关键PRG亚型分类显示,两类之间的富集通路、免疫细胞浸润和免疫检查点明显不同,预后也有显著差异。结论 细胞焦亡可能为理解HCC的发病机制提供新的见解。PRG的表达与HCC的免疫微环境和预后密切相关,其中IL-6和IL-1β可能有望成为潜在的治疗靶点。     

公共数据库GEO分析TGFB1I1在胃癌中表达及临床意义

目的利用在线表达谱芯片数据,探讨转化生长因子-β1诱导转录蛋白1(TGFB1I1)在胃癌中的表达情况与临床病理学参数的关系,评价TGFB1I1对胃癌的预后价值。方法利用GEO数据库的胃癌数据集GSE62254和K-M plotter数据库,分析TGFB1I1表达与临床病理参数的相关性及预后。采用基因集富集分析(GSEA)预测TGFB1I1在胃癌中调控的相关基因。结果 TGFB1I1在GSE62254中的表达与性别、年龄无关;与肿瘤浸润深度(P<0.01)、淋巴结转移(P<0.05)、肿瘤分期(P<0.01)、Lauren分型(P<0.01)显著相关。TGFB1I1的表达与胃癌患者的复发和死亡显著相关(P<0.01)。K-M plotter数据库进一步验证,TGFB1I1高表达患者生存期更短(P<0.01)。TGFB1I1高表达的肿瘤样本中富集到粘着斑、细胞外基质受体、钙通路及细胞间隙连接等基因通路。结论利用在线数据库,发现TGFB1I1的表达与胃癌的预后不良临床参数显著相关,TGFB1I1高表达的患者预后更差,并且可以调控细胞粘附、转移相关的分子通路。     

食管癌血清标志物的生物信息学筛选及其临床诊断价值验证

目的通过GEO数据库和生物信息学分析,寻找食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)潜在的血清学标志物,并探讨其在ESCC筛查诊断中的应用价值。方法通过GEO数据库（GSE38129）对ESCC患者癌组织和癌旁组织各30例样本进行分析,筛选出表达差异最明显的mRNA-基质金属蛋白酶1（matrix metalloproteinase 1,MMP1）,并进一步通过在线基因表达谱分析工具（gene expression profiling interactive analysis,GEPIA)验证MMP1在癌组织和癌旁组织(para-cancerous tissues,PCT)的表达差异和预后的相关性。随后采用电化学发光免疫分析仪检测食管癌患者（109例）及健康人群（110例）血清样本中鳞状细胞癌抗原(squamous cell carcinoma antigen,SCC)、癌胚抗原（carcinoembryonic antigen,CEA）、细胞角蛋白19片段（cytokeratin 19 fragment antigen 21-1,CYFRA21-1）的浓度,同时双抗体夹心酶联免疫吸附法检测血清MMP1浓度。结果在GEO数据库（GSE38129）中MMP1的表达差异最为明显（logFC=4.849,P=7.90E-12）。在GEPIA数据库182例癌组织和286例癌旁样本中MMP1表达也有差异（P<0.05）,生存分析显示MMP1与ESCA的总体生存率（Logrank P=0.4）和无瘤生存率（Logrank P=0.73）无关。ESCC患者血清MMP1、CEA、CYFRA21-1和SCC浓度均明显高于对照组的健康体检者（P<0.05）;ESCC患者血清MMP1、CEA、CYFRA21-1和SCC浓度均随肿瘤分期升高而升高,呈正相关;血清MMP1和SCC联合检测ESCC的诊断灵敏度和特异性分别为82.13％和76.80％。结论外周血MMP1和SCC联合检测能显著提高ESCC的灵敏度与特异性,有利于ESCC的筛查诊断。     

长链非编码RNA LINC01515与肺腺癌患者预后相关性及其作用机制

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)LINC01515与肺腺癌患者预后的相关性,以及其作用机制。方法 在TCGA数据库中获得差异表达基因lncRNA LINC01515,并验证lncRNA LINC01515的表达与肺腺癌患者预后的相关性。采用Cox回归法进行多因素分析,在此基础上构建列线图进行内部验证。分析lncRNA LINC01515与免疫细胞之间的相关性,采用GSEA富集分析探讨可能的作用机制。结果 lncRNA LINC01515在肺腺癌组织中的表达高于癌旁组织,且lncRNA LINC01515低表达的肺腺癌患者有更好的总生存期、疾病特异性生存期、无铂间期及预后。列线图C指数为0.665(0.642～0.688),预测模型具有一定的准确性。在Timer数据库中发现,lncRNA LINC01515表达与大部分的免疫细胞浸润水平呈负相关;同时,与PDCD1呈负相关,与CTLA4、CD274有一定的正相关性。GSEA分析显示,lncRNA LINC01515可能通过影响氧化反应应激诱导衰老、刺猬通路、NOTCH通路、反应性染色体维持、细胞周期和凋亡、MYC和血小板、MAP...     

生物信息学分析影响胶质母细胞瘤生物学行为的关键基因

 

目的 应用生物信息学方法分析与胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)生物学行为密切相关的关键(HUB)基因。方法 在基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)中获取GBM相关芯片数据,并利用R语言分析GBM组织与正常脑组织之间的差异表达基因;利用GO 数据库和 KEGG数据库对差异表达基因进行功能富集和注释;利用 STRING 数据库和 Cytoscape 软件构建蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction, PPI),分析HUB基因;利用TCGA数据库分析HUB基因对胶质瘤患者预后的影响。结果 共鉴定出 628个差异表达基因,其中 87个为上调基因,541个为下调基因。生物学过程主要富集在神经递质分泌、胞外分泌的监管、化学突触传递等方面。通过不同算法的比较,最终得到19个HUB基因,HUB基因主要富集的信号通路包括逆行神经的信号通路、突触囊泡循环通路及GABA相关通路等。在HUB基因中GABRD基因表达情况与肿瘤预后显著相关。结论 DNM1、RBFOX1、GABRD等HUB基因可能在GBM的生物学过程中发挥重要作用。

     

免疫检查点抑制剂抗肿瘤疗效与肠道微生物的关系

免疫检查点抑制剂已成为多种恶性肿瘤重要的治疗药物,可显著改善肿瘤患者的预后,然而相当一部分患者不能从免疫检查点抑制剂治疗中获益。肠道微生物与机体免疫状态密切相关,越来越多的研究表明肠道微生物影响免疫检查点抑制剂疗效,抗生素的使用在其中也扮演了重要角色。作者综述肠道微生物与免疫检查点抑制剂的相关研究现状,探讨提高免疫检查点抑制剂抗肿瘤疗效的可能性。     

中性粒细胞在心肌缺血再灌注中ICAM-1表达及核转录调控的实验研究

目的：研究心肌缺血再灌注时中性粒细胞（PMN）内核因子－kB活性变化与中性粒细胞细胞间粘附分子（ICAM－1）表达及中性粒细胞心肌浸润的关系。方法：新西兰兔24只分为：（1）缺血再灌注组（IR），（2）IR＋RDTC组，（3）假手术对照组，并分缺血前，再灌注后30、60、90、120、240、360min时相点。用流式细胞仪检测PMNs ICAM-1的表达，凝胶电泳迁移率分析检测NF－kB的活性，酶法测定PMNs浸润数。结果，心肌再灌注30nin后NF－kB活性开始增高，120min达到高峰，之后活性下降；PMNs ICAM-1的表达在心肌再灌注120min开始增高，并与PMNs浸润数升高有相关性；PDTC能抑制NF－kB的活化及PMNs ICAM-1的表达和PMNs浸润。结论：心肌缺血再灌注时刺激NF－kB的活化，启动PMNs ICAM-1的表达而参与缺血再灌注损伤的发生过程。     

使用GEO数据集分析驱动蛋白KIF2C在膀胱癌中的表达及临床意义

目的 通过基因表达汇编公共数据库,探讨驱动蛋白家族成员2C（kinesin family member 2C,KIF2C）在膀胱癌患者中的表达,探索其表达与临床病理特征的联系,评价KIF2C对膀胱癌术后患者预后评估的意义。方法 检索并下载美国国立生物技术信息中心的肿瘤公共数据集,对表达谱资料和临床信息进行分析,利用基因集富集分析受KIF2C调控的相关基因集。结果 KIF2C在膀胱癌组织中的表达水平高于其在正常膀胱组织中的表达(P<0.000 1)。膀胱癌患者疾病进展、T分期、N分期和肿瘤分级,KIF2C的高、低表达组之间均有显著性差异(P<0.05)。KIF2C高表达患者的肿瘤特异性生存期及总生存期显著低于低表达患者(P<0.05)。KIF2C高表达样本富集了与核糖体蛋白质、多梳蛋白、内源性核糖核酸酶、E2F转录因子、抑癌基因RB有关的基因集。结论 KIF2C与膀胱癌的多个病理指标相关,有作为判断膀胱癌患者预后的标志物和治疗肿瘤的靶标的潜力。     

Toll样受体基因组特征与直肠癌临床病理及免疫参数的相关性分析

目的 探讨Toll样受体家族成员对直肠癌发生、预后和免疫特征的影响,以及其基因调节区遗传变异与直肠癌发病风险的关系.方法 使用GEPIA平台分析Toll样受体3(TLR3)、TLR4、TLR5和TLR7在直肠癌中的表达及其与预后的关系.从TCGA数据库获取直肠癌mRNA转录组数据和临床资料,分析TLR3表达与病理分期的...     

KAI1和P53在滋养细胞疾病中的表达及意义

目的：探讨KAI1和P53蛋白在滋养细胞疾病中的表达及与滋养细胞肿瘤侵袭的关系。方法：应用免疫组织化学SP法检测正常早孕绒毛组织及滋养细胞肿瘤组织中KAI1和P53蛋白的表达情况。结果：①KAI1在恶性葡萄胎及绒癌中的表达与正常早孕绒毛及葡萄胎比较明显下降（P〈0．05），KAI1的表达与滋养细胞肿瘤患者的年龄和浸润情况相关（P〈0．05）；②P53在恶性葡萄胎及绒癌中的表达与正常早孕绒毛及葡萄胎比较明显升高（P〈0．05）；③P53和KAI1表达之间无明显相关（P〉0．05，rs=-0．8）。结论：P53、KAI1对预测滋养细胞的恶变，判断预后有一定的参考价值。     

CyclinD1、p21WAF1、p53及Ki-67在肝细胞癌中的表达及与预后的关系

目的探讨肝细胞癌(HCC)中cyclin D1、p21、p53及Ki-67蛋白的表达及其与HCC预后的关系。方法选择2000年1月-2005年1月在解放军总医院行手术切除的80例HCC患者的肝组织标本,采用EliVision法进行cyclin D1、p21WAF1、p53及Ki-67免疫组化染色,分析其表达水平与HCC病理特征的关系,并进行生存分析。结果 Cyclin D1、p21WAF1、p53及Ki-67在HCC中的阳性表达率分别为38.8%、40.5%、65.4%及80.0%,均明显高于癌旁肝组织(分别为19.0%、11.5%、0.0%、6.3%,P<0.005)。相关分析显示,cyclin D1阳性表达与核分级呈正相关(P=0.041),p21WAF1及p53阳性表达与肿瘤分化程度(P=0.032、P=0.031)和血管浸润(P=0.036、P=0.011)呈正相关,Ki-67阳性表达与肿瘤分化程度(P=0.004)、核分级(P=0.045)和血管浸润(P=0.001)呈正相关。生存分析显示,cyclin D1及Ki-67高表达者预后较差。Ki-67阳性表达与p53(P=0.000)及p21WAF1(P=0.047)阳性表达有明显相关性,其他各蛋白之间表达无明显相关。Cox回归模型分析显示,肿瘤大小(P=0.042)、肿瘤数目(P=0.004)及血管浸润(P=0.000)为HCC的独立预后因素。结论 Cyclin D1、p21WAF1、p53及Ki-67可能参与了HCC的生物学进程;cyclin D1及Ki-67阳性表达对HCC预后的判断有一定价值。     

GEO公共数据集分析载脂蛋白D在胃癌中表达及临床意义

目的通过基因表达汇编(GEO)公共数据集研究载脂蛋白D(ApoD)在不同分期及不同类型胃癌患者中的表达情况,探讨ApoD与胃癌发生及发展的关系,为临床诊疗及风险预测提供依据。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)的GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中下载基因表达谱公共数据集GSE62254,纳入标准为包含ApoD表达数据的胃癌肿瘤表达谱。探究ApoD表达与胃癌临床病理学参数之间的相关性及其对预后的影响。采用基因集富集分析(GSEA)法预测ApoD的调控基因。结果 ApoD在女性、年龄≤60岁及弥漫型胃癌的患者中高表达,同时其表达与胃癌的T分期、临床分期呈正相关。在预后方面,ApoD高表达的胃癌患者无进展存活时间、总存活期明显短于低表达患者(P<0.05)。ApoD高表达样本富集了细胞黏附、紧密连接、花生四烯酸代谢等基因集。结论在胃癌中,ApoD高表达为预后不良因素,可作为影响胃癌患者预后的判断因素。     

PTEN和MVD在胃腺癌中的表达及预后意义

目的：探讨抑癌基因PTEN和微血管密度(MVD)在胃腺癌中的表达及预后意义。方法：应用免疫组化S—P法，检测100例胃腺癌组织中PTEN表达及MVD值。结果：PTEN在胃癌中的表达缺失或降低与胃腺癌浸润深度、淋巴结转移相关。与组织学类型无关。MVD与胃腺癌分期、浸润深度、淋巴结转移及远处转移相关，与分化程度无关。PTEN与MVD呈负性相关。生存期分析显示，PTEN表达缺失或降低与高MVD的胃腺癌患者预后差，5年生存率低。结论：胃腺癌中PTEN表达及MVD值与肿瘤的生长、浸润、转移和预后有密切的关系。联合检测可估计胃癌侵袭、转移，能作为确定胃癌分期、指导治疗及判断预后的指标。     

自噬相关基因ULK1在外阴鳞癌中的表达及临床意义

目的 研究白噬相关基因ULK1在外阴鳞癌中的表达及其与外阴鳞癌临床病理特征和预后的关系.方法 收集48例外阴鳞癌组织和20例正常外阴组织,采用免疫组织化学法检测标本中ULK1的表达,分析其表达与外阴鳞癌患者临床病理特征之间的关系,并对外阴鳞癌患者进行随访以探讨ULK1表达与患者预后的相关性.结果 ULK1在正常外阴组织中表达率为80.0％,明显高于外阴鳞癌组织中的表达率(54.2％),差异有统计学意义(P=0.046).ULK1表达情况与外阴鳞癌患者FIGO分期(P=0.017)、肿瘤浸润深度(P=0.028)及淋巴结转移状况(P=0.017)显著相关.ULK1表达阳性患者的生存率明显优于表达阴性的患者(P=0.010).Cox回归模型多因素分析结果显示,ULK1表达是与患者生存时间相关的独立预后因素(P=0.041).结论 ULK1在外阴鳞癌中表达下降,且与患者FIGO分期、肿瘤浸润深度及淋巴结转移状况相关,可作为判断外阴鳞癌预后新的生物学标志物.     

肝细胞癌组织学分析、分级及PCNA、Ki—67的表达

肝细胞癌病理组织学分级，组织生长方式，细胞增殖活性对其治疗和预后有重要意义。在与细胞周期相关的核抗原的免疫组织化学研究中，多使用PCNA和Ki-67两种标记，来反映肝细胞癌组织细胞的增殖状况，PCNA和Ki-67的表达水平与肝癌细胞的分化，浸润，转移等生物学行为等密切相关。     

COL6A2基因在胃癌中的表达及临床意义

 目的 探讨胃癌组织中Ⅵ型胶原蛋白α2链(collagen type Ⅵ α2 chain ,COL6A2)的表达情况、临床意义及可能的作用机制。方法 采用免疫组化法检测62例胃癌组织及配对的癌旁组织中COL6A2蛋白的表达情况,统计分析COL6A2蛋白与患者临床病理特征之间的相关性。利用Kaplan-Meier法绘制生存曲线图,并用Kaplan-Meier Plotter 在线数据集进行生存验证。下载癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中的胃癌表达数据,分析COL6A2与上皮间质转化(epithelial mesenchymal transition,EMT)相关基因表达的相关性。并运用基因探针富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)探究COL6A2在胃癌中的可能作用机制。结果 COL6A2在胃癌组织中的阳性表达率显著高于配对癌旁组织(43.5% vs. 25.8%,P=0.038),与淋巴结转移,远处转移及TNM分期显著相关,差异有统计学意义(P<0.05)。生存分析及Kaplan-Meier Plotter均提示高表达COL6A2的胃癌患者生存时间较短。COL6A2是影响胃癌患者的独立预后因素(HR=2.339,95%CI: 1.150~4.757,P=0.019)。相关性分析发现,COL6A2与EMT相关蛋白的表达密切相关;GSEA结果显示,高表达COL6A2样本主要富集的基因集中包括TGF-beta信号通路及MAPK信号通路等经典肿瘤信号通路。结论 COL6A2在胃癌组织中呈显著高表达,且与预后不良有关,可作为判断胃癌患者预后的潜在生物标志物。     

胃癌组织c-met蛋白表达的意义及其与微血管密度的关系

目的探讨c-met蛋白在胃癌组织中的表达与胃癌临床病理特征及其肿瘤微血管密度的关系。方法对47例手术切除的胃癌组织采用免疫组织化学法检测c-met蛋白的表达及其肿瘤微血管密度。结果胃癌组织中c-met蛋白表达阳性率为85．1％，c-met阳性率与胃癌肿瘤的直径、有无淋巴结转移、浸润深度、TNM分期、是否有淋巴管及静脉癌栓有关；c-met阳性组胃癌微血管密度高于对照组。结论c-met蛋白的表达促进了胃癌的生长、浸润及转移，并促进胃癌的血管生成，与胃癌预后不良及临床病理特征有重要关系。     

食管癌VEGF和Survivin的表达与临床病理的关系

目的探讨血管内皮生长因子（VEGF）和Survivin在食管癌组织中的表达,以及与癌分化程度、肿瘤浸润程度和淋巴结转移状况的关系,研究VEGF与Survivin表达之间的相关性。方法应用免疫组化方法检测50例食管癌、30例正常组织中VEGF和Survivin表达水平,并对VEGF和Survivin表达与食管癌浸润及淋巴结转移的关系进行分析。结果食管癌组织中VEGF和Survivin阳性表达率分别为58.0%（29/50）和64.0%（32/50）,均明显高于正常组织（分别为0和3.3%,P〈0.05）,并随着食管癌的分化程度降低、肿瘤浸润程度和淋巴结转移而明显增高（P〈0.05）;VEGF表达与Survivin表达呈明显正相关。结论食管癌组织中VEGF、Survivin呈高水平表达,并与肿瘤分化、浸润及转移有关。VEGF、Survivin可能共同导致了食管癌细胞的异常增殖,其过度表达均是癌恶性度增高和预后不良的重要指标。     

高通量数据分析DNA损伤诱导转录样蛋白4在脑多形性胶质母细胞瘤中表达及临床意义

目的探讨DNA损伤诱导转录样蛋白4(DDIT4L)在人脑多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达与患者预后的关系及相关机制。方法分别从癌症基因组图谱(TCGA)和人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载GBM的RNASeq V2数据,以及GBM样本数据集GSE7696的系列矩阵数据。应用Kaplan-Meier和多因素COX逐步回归分析方法确定DDIT4L的预后价值,采用基因集富集分析方法分析DDIT4L相关的信号通路。结果 DDIT4L高表达是提示GBM术后患者预后不良的独立因素,其高表达与烟酸-烟酰胺代谢、组氨酸代谢、氮代谢、苯丙氨酸代谢相关通路增强有关。结论 DDIT4L高表达的GBM患者预后不良,可能通过对GBM中的烟酸-烟酰胺、组氨酸、氮或苯丙氨酸代谢的调节而发挥促肿瘤作用。     

Foxp^3＋淋巴细胞在乳腺癌组织中的表达及临床意义

目的探讨Foxp^3＋淋巴细胞在人乳腺癌组织中的表达及其与其他临床病理因素的关系,并对其可能作用机制进行探讨。方法采用流式细胞术（FCM）检测30例乳腺癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织中Foxp^3＋淋巴细胞百分率,并采用多元线性回归分析法统计分析肿瘤组织中Foxp^3＋淋巴细胞表达与患者临床病理学特征的相互关系;免疫组化法检测肿瘤组织及癌旁正常组织中浸润淋巴细胞中TGF-β和IL-10表达情况,并采用直线相关分析法统计分析其与Foxp^3＋淋巴细胞表达的相关性。结果肿瘤组织中Foxp^3＋淋巴细胞百分率明显高于癌旁正常组织（P〈0.05）,同时肿瘤组织中Foxp^3＋淋巴细胞百分率与临床分期、有无脉管瘤栓、腋淋巴结转移等临床病理因素有关（P〈0.05）。肿瘤组织浸润淋巴细胞的IL-10表达与肿瘤组织中Foxp^3＋淋巴细胞百分率正相关（P〈0.05）。结论Foxp3＋淋巴细胞与乳腺癌侵袭转移有关,其机制与其分泌IL-10抑制机体抗肿瘤免疫有关。Foxp^3＋淋巴细胞可作为乳腺癌预后判断的辅助指标,也有望成为乳腺癌临床治疗的新标靶。