泛癌中CCL18的差异表达、预后及其与免疫细胞浸润的相关性分析

目的 旨在通过多数据库的分析来揭示CCL18在33种癌症类型中的表达、预后及其与免疫细胞浸润的相关性。方法 通过GTEx数据库、CCLE数据库、TCGA数据库综合分析CCL18在泛癌中的表达模式。单因素Cox回归用于分析CCL18在泛癌中的生存和预后。通过TIMER2.0数据库分析CCL18与免疫微环境的关系。分析了CCL18与免疫检查点基因表达谱、DNA错配修复基因(MMRs)和甲基转移酶编码基因的关系。Spearman用于分析CCL18表达水平与肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)的关系。结果 在本研究中，发现CCL18在大多数癌症中异常过表达。CCL18与肿瘤患者的年龄、性别、肿瘤分期和免疫亚型等临床参数密切相关。单因素回归分析表明CCL18表达与患者在ACC、DLBC、LAML、UVM、CESC和LGG中的不良预后密切相关。在大多数癌症中，CCL18的表达与28种免疫细胞亚型、免疫相关通路、肿瘤微环境呈正相关。CCL18与主要组织相容性复合体、免疫激活剂、免疫抑制剂、趋化因子和趋化因子受体相关基因共表达。此外，CCL18与许多癌症中的肿瘤新抗原、肿瘤突变负荷、微卫星...     

CCNA2在泛癌中的表达及其与预后和免疫浸润的关系

目的 通过生物信息学技术分析细胞周期蛋白A2 (CCNA2)在泛癌中的表达和预后价值，并深入探索CCNA2与免疫浸润的关系。方法 从UCSC Xena数据库下载癌症基因组图谱计划数据库中33种肿瘤的数据，分析CCNA2在33种肿瘤中的表达和预后价值。利用TISIDB数据库计算免疫浸润丰度，分析CCNA2与免疫检查点基因的相关性及其与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的相关性。利用GEPIA数据库获取肿瘤中与CCNA2相关的基因，进行基因本体以及京都基因和基因组数据库富集分析。结果CCNA2在多种肿瘤中普遍高表达，且CCNA2表达与生存率显著相关。同时，CCNA2表达与肿瘤免疫浸润和免疫检查点基因相关。CCNA2表达与不同类型肿瘤的肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性明显相关。结论 CCNA2可作为肿瘤不良预后和免疫浸润的生物标志物，为癌症治疗提供了新的思路。     

Raf激酶家族在泛癌中的表达、预后及功能研究

目的 探讨泛癌中Raf激酶家族成员表达对患者预后及肿瘤微环境的影响。方法 从TCGA数据库下载泛癌的基因组、转录组及临床数据。分析泛癌中Raf激酶家族的表达水平,在细胞系及组织中验证,并探讨Raf激酶家族基因的表达与肿瘤基质、免疫评分、RNA干性评分(RNAss)、DNA干性评分(DNAss)、微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤突变负荷(TMB)及药物敏感性的相关性。结果 多种肿瘤中,A-Raf、B-Raf、Raf-1癌细胞系和癌组织中的表达与正常细胞系、癌旁组织有差异,Raf激酶家族成员表达水平与患者的预后、肿瘤基质、免疫评分、RNAss、DNAss、MSI及TMB呈显著相关。Raf激酶家族基因的表达水平与某些药物的敏感性有关。结论 Raf激酶家族成员在多种肿瘤进展中起重要作用。     

泛癌中SLC7A7表达的预后意义及其与免疫微环境的关系

SLC7A7是溶质转运蛋白超家族的重要成员之一,能够通过某些信号通路调控细胞周期、抑制肿瘤细胞迁移和侵袭,可能对肿瘤的预后具有重要意义.然而,SLC7A7在肿瘤进展和肿瘤免疫学中的潜在功能和机制仍不清楚.应用TIMER比较了多种癌症类型和正常组织中SLC7A7基因表达量的差异.使用cBioPortal分析SLC7A7拷贝数变化和突变的频率.使用MANTIS评估TCGA队列中的微卫星不稳定性.CIBERSORT算法用于估计浸润免疫细胞类型和免疫评分的相对分数.进行Kaplan–Meier生存曲线分析以评估泛癌的预后价值,SLC7A7在多种癌症中异常表达.在子宫内膜癌中SLC7A7突变频率最高.通过分析肿瘤微环境中SLC7A7表达与免疫细胞浸润之间的关系,发现对于不同的癌症,SLC7A7表达与浸润肿瘤的免疫细胞之间的相关性有所不同.发现24种癌症类型中SLC7A7的高表达与M1型巨噬细胞浸润相关.最后,泛癌生存分析表明,SLC7A7高表达在肾上腺皮质癌(ACC),肾嫌色细胞癌(KICH),胶质瘤(LGG),肝癌(LIHC),胰腺癌(PAAD),胸腺癌(THYM)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)预后较差.SLC7A7低表达在肉瘤(SARC),皮肤黑色素瘤(SKCM)中预后较差.这些发现表明,SLC7A7在肿瘤免疫微环境中起着重要作用,并且已确定SLC7A7在某些类型的癌症中具有预后价值.因此,SLC7A7是癌症免疫疗法和有效的预后生物标志物的潜在目标.     

CPEB4的表达与肿瘤临床病理特征和预后关系的生物信息学分析

目的 探讨CPEB4基因在肿瘤中是否为一种肿瘤标志物并评估CPEB4在泛癌中的预后状况、临床相关性分析及肿瘤微环境之间的关系。方法 在线检索PubMed、中国知网、维普和万方数据库中存在CPEB4关于人体肿瘤表达的相关文献,纳入并汇总相关肿瘤细胞中表达情况的研究,对符合标准的文献提取出相应的临床数据并进行Meta分析。提取癌症基因组图谱（TCGA）数据库中的样本信息进行泛癌分析并拓展CPEB4高低表达组对不同肿瘤患者的临床相关性研究、预后程度与免疫之间的关系。结果 荟萃分析结果显示CPEB4为晚期肾透明细胞癌、非小细胞肺癌、神经胶质瘤、结直肠腺癌、胃腺癌患者的不良预后因子;对泛癌差异分析结果统计,CPEB4在肿瘤中为两极化因子,针对泛癌中CPEB4表达与肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、免疫细胞相关性与其他免疫相关基因之间的关系并进行GSEA通路富集分析,验证并拓展荟萃分析的结果。结论 CPEB4作为泛癌中的矛盾因子,可作为肿瘤患者病情的检测指标及预后的重要参考因素。     

LAMA3在泛癌中的表达水平及其与泛癌预后、免疫微环境的相关性分析

目的 分析层粘连蛋白3（Laminin subunit alpha 3,LAMA3）在泛癌中的表达水平及其与泛癌患者预后、免疫微环境之间的关系。方法 本研究从多个数据库中收集转录组、预后、免疫相关数据,可视化分析LAMA3在泛癌中的表达水平及其与泛癌预后、免疫微环境的相关性。结果 与正常组织相比,LAMA3在11种肿瘤中显著高表达,如结肠癌（colon adenocarcinoma,COAD）,肾透明细胞癌（kidney renal clear cell carcinoma,KIRC）,胰腺癌（pancreatic adenocarcinoma,PAAD）等;在11种肿瘤中显著低表达,如胶质母细胞瘤（glioblastoma multiforme, GBM）、脑低级别胶质瘤（brain lower grade glioma,LGG）、皮肤黑色素瘤（skin cutaneous melanoma,SKCM）等。LAMA3表达水平不仅与包括PAAD在内的多种肿瘤预后显著相关,还与SKCM等多种肿瘤的肿瘤突变负荷（tumor mutation burden,TMB）、微卫星不稳定性（microsatellite instability,MSI）和肿瘤免疫浸润显著相关。此外,基因共表达分析结果表明LAMA3与多种常见的免疫基因表达显著相关。结论 LAMA3可作为泛癌预后、免疫治疗反应评估的生物标志物。     

硒蛋白硫氧还蛋白还原酶3对肿瘤患者生存预后的影响

目的 探讨硒蛋白硫氧还蛋白还原酶3(TXNRD3)在人类33种恶性肿瘤中的表达情况,并分析其对33种肿瘤生存预后的影响。方法 利用基因型-组织表达研究项目数据库、癌症细胞系百科全书数据库和癌症基因组图谱数据库,从硒蛋白基因TXNRD3出发,探讨其在人类33种恶性肿瘤中的表达情况,并分析其对33种肿瘤生存预后的影响,探讨TXNRD3与肿瘤微环境中的免疫细胞及免疫浸润的相关性,以及与免疫新抗原、免疫检查点、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性等的相关性,根据TXNRD3基因表达水平将人类肿瘤样本分为高、低表达组,并且对其进行生物功能和信号通路的富集分析。结果 多个数据库的差异分析结果显示TXNRD3在15种肿瘤中高表达。生存分析显示TXNRD3与胰腺癌患者预后不良显著相关。此外,TXNRD3的表达水平与肿瘤免疫浸润相关,也与免疫新抗原、免疫检查点基因、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性相关。TXNRD3影响DNA错配修复基因的表达。通过基因集富集分析显示TXNRD3参与调节许多涉及肿瘤代谢和肿瘤免疫的信号通路。结论 TXNRD3在肿瘤中广泛表达,TXNRD3对多种肿瘤的生存预后和治疗具有临床价值,揭示了TXNRD3在肿瘤靶向治疗中的潜力,表明TXNRD3在多种肿瘤中是一种很有前景的肿瘤预测生物标志物。     

Siglec-15是食管癌免疫治疗的一种新的潜在靶点

目的 明确食管癌组织中Siglec-15表达与免疫细胞浸润及PD-L1表达的关系，评估Siglec-15作为食管癌免疫治疗新靶点的价值。方法 使用癌症基因组图谱(TCGA)、产生有效治疗的应用研究(TARGET)和基因型-组织表达(GTEx)数据库，通过Pearson相关性分析明确Siglec-15转录水平与食管癌免疫细胞浸润、肿瘤突变负荷水平、微卫星不稳定性状态和免疫检查点基因表达之间的相关性。收集129例临床食管癌肿瘤组织样本，免疫组织化学染色法检测食管癌组织中PD-L1及Siglec-15表达，根据PD-L1染色的综合阳性分数(CPS)分为高PD-L1组与低PD-L1组，采用t检验比较Siglec-15在高PD-L1组与低PD-L1组肿瘤组织中的表达差异。结果 Siglec-15在食管癌等22种癌症的肿瘤组织中高表达(P<0.05)。食管癌组织中Siglec-15表达与免疫细胞浸润显著相关，Siglec-15高表达的肿瘤组织中CD4⁺T细胞及CD8⁺T细胞浸润减少(P<0.05)。Siglec-15表达水平与3种癌症(肉瘤、...     

基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估价值及其免疫调节作用的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11(TXNDC11)在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值.方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组织中的表达;采用临床蛋白质组肿瘤分析协作组(CPTAC)数据库分析...     

泛癌组织STIP1的表达与肿瘤免疫浸润及预后相关:基于生物信息学方法

目的 本研究旨在对压力诱导磷酸蛋白1(STIP1)进行泛癌分析,探讨其表达水平与肿瘤预后的关系及其在免疫学中的作用。方法 使用生物信息学方法分析TCGA、TARGET和GTEx数据库,研究STIP1在各种类型肿瘤组织中的表达及预后价值;采用免疫组化检测STIP1在10例配对结直肠癌组织以及正常组织中的表达情况;STIP1与肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定（MSI）的关系进一步被揭示;使用MCPcounter、TIMER分析STIP1的表达与免疫细胞的浸润情况;分析STIP1与免疫调节因子的相关性;根据各肿瘤中STIP1的最优截断值,将样本分为高低表达组;使用蛋白互作网络分析鉴定与STIP1相关的蛋白;通过功能富集分析寻找STIP1可能参与的调节通路。结果 与正常组织相比,STIP1在大多数肿瘤中高表达（P<0.05）,以及免疫组化的结果显示其在结直肠癌组织中高表达。STIP1的表达水平与多种类型肿瘤的临床分期相关（P<0.05）。在部分肿瘤中,STIP1的表达上调与肿瘤患者的不良预后（总体生存期、疾病特异性生存期、无病生存期和无进展生存期）显著相关（P<0.05）...     

肝癌微环境中调节性T细胞与免疫细胞及肝癌细胞凋亡检测

目的:探讨肝癌微环境中CD4+CD25+调节性T细胞(CD4+CD25+regulatory T cells,Treg)与免疫细胞及肝癌细胞凋亡的关系.方法:收集肝癌标本30例(包括肝癌组织及癌旁组织),正常肝组织10例.用免疫组织化学技术检测上述组织中的Treg,应用TUNEL法标记凋亡的免疫细胞和肝癌细胞,并分别计算凋亡指数.结果:癌组织与癌旁组织中的Treg浸润程度及免疫细胞凋亡水平差异均有统计学意义(P<0.05).肝癌组织与癌旁组织中Treg浸润程度与免疫细胞凋亡水平呈正相关(r=0.739,0.880,P<0.05),免疫细胞凋亡水平与肝癌细胞凋亡水平呈负相关(r=-0.827,P<0.05).结论:肝癌微环境中的Treg与免疫细胞凋亡及肿瘤局部免疫密切相关.     

KIF20A表达在膀胱癌中的预后作用及其与肿瘤免疫浸润的关系

目的 研究KIF20A在膀胱癌中的表达情况,进一步分析其对肿瘤预后和免疫微环境的影响。方法 本研究基于生物信息学方法和R语言统计软件。收取TCGA、GEO、ArrayExpress公共数据库2004年6月—2022年10月的1 145例膀胱癌及183例正常膀胱组织的测序样本,分析KIF20A的mRNA表达水平。结合TCGA膀胱癌队列的临床病理参数和预后随访数据,利用卡方分析和Kaplan-Meier生存分析探究KIF20A表达量与膀胱癌临床病理特征和总体预后的关系。随后通过TIMER算法评估肿瘤免疫细胞丰度,探究肿瘤KIF20A表达与免疫细胞浸润的关系。结果 综合全球1 145例膀胱癌及183例正常膀胱组织的RNA测序样本,KIF20A在肿瘤中显著高表达(P<0.05),标准平均差(SMD)为1.10。并且通过KIF20A的表达量可以区分肿瘤和正常组织。然而,生存分析显示KIF20A的表达量与膀胱癌患者预后无显著关联。在肿瘤免疫微环境探究中,发现树突状细胞、CD8+T细胞、中性粒细胞和巨噬细胞的浸润水平与KIF20A表达相关。结论 KIF20A在膀胱癌组织中过表达,这与肿瘤微环境...     

基于MSR1 mRNA和蛋白在泛癌组织中表达的生物信息学分析及其意义

目的：通过生物信息学分析探讨巨噬细胞清道夫受体1 (MSR1)在泛癌组织中的表达水平、患者生存情况和免疫特性,阐明MSR1作为新的生物标志物对肿瘤的诊断、预后和免疫治疗的价值。方法：采用临床生信之家数据库和Sangerbox数据库分析正常组织和肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平,采用人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析MSR1蛋白表达情况,采用单因素生存分析和Kaplan-Meier分析评估MSR1对预后的价值,采用肿瘤免疫单细胞中心（TISCH）数据库的单细胞测序结果分析MSR1在各种细胞类型中的表达情况,采用肿瘤免疫估计资源（TIMER2.0）、肿瘤免疫共基因小鼠（TISMO）、肿瘤免疫功能障碍与排斥（TIDE）和基因集癌症分析（GSCA）数据库分析泛癌组织中MSR1表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和免疫治疗反应之间的相关性。结果：与正常组织比较,在17种肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平上调,包括乳腺浸润性癌（BRCA）、结肠腺癌（COAD）、食道癌（ESCA）、多形性胶质母细胞瘤（GBM）、头颈部鳞状细胞癌（HNSC）、肾透明细胞癌（KIRC）、肾性肾乳头状细胞癌（...     

生物信息学分析MGP基因在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤免疫浸润和患者预后的关系

 目的 应用生物信息学方法探讨羧基谷氨酸蛋白（matrix gamma linolenic acid protein,MGP）基因在卵巢癌组织中的表达情况,并分析MGP与肿瘤免疫浸润及患者预后的关系。方法 通过The Cancer Genome Atlas（TCGA）和Genotype-Tissue Expression（GTEx）数据库比较MGP mRNA在卵巢癌患者与正常卵巢组织中的表达差异。通过Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）方法分析MGP是否参与调控信号通路。使用Tumor IMmune Estimation Resource（TIMER）网站分析卵巢癌患者中MGP基因表达情况与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系,并进一步验证其与卵巢癌患者预后的关系。结果 与正常卵巢组织相比,MGP mRNA在卵巢癌组织中低表达;MGP高表达的卵巢癌组织样本显著富集在自然杀伤细胞介导细胞毒性、CCR5、NKT、IL-17、TH1/TH2等相关信号通路上。在卵巢癌组织中,MGP表达水平与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。Kaplan-Meier和log-rank检验结果显示,CD4+ T细胞、巨噬细胞浸润水平和MGP表达水平与患者预后密切相关（P < 0.05）。COX回归模型分析显示,患者年龄、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平、MGP表达水平与患者预后呈正相关,而CD8、CD4 T细胞浸润水平与患者预后呈负相关（P < 0.05）。结论 在卵巢癌组织中,MGP高表达与患者预后差密切相关,MGP高表达与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。     

蛋白激酶CI的表达与胰腺癌的相关性分析

目的研究蛋白激酶CI(PRKCI)在胰腺癌组织中的表达,阐明其对胰腺癌的诊断及预后的作用,并进一步分析PRKCI与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性。方法利用Oncomine、GEPIA、HPA和CCLE数据库分别分析PRKCI在胰腺癌组织和细胞系中的表达,利用GEPIA分析PRKCI的表达与胰腺癌患者预后的关系,利用String数据库分析与PRKCI相互作用的蛋白,利用TIMER研究PRKCI的表达与肿瘤纯度和免疫细胞浸润的相关性。结果胰腺癌组织中PRKCI mRNA和蛋白的表达水平均高于癌旁正常胰腺组织,且PRKCI在胰腺癌细胞系中呈高表达。PRKCI高表达的胰腺癌患者的总生存期和无病生存期明显低于低表达患者(P<0.01),且与胰腺癌患者的分期显著相关。与PRKCI相互作用的蛋白有CDC42、NUMB、SQSTM1等,主要参与炎症反应、蛋白质磷酸化等过程。胰腺癌中PRKCI的表达与CD4⁺T细胞数目、PD-L1基因和CTLA-4基因的表达呈负相关性。结论 PRKCI在胰腺癌中呈高表达,PRKCI mRNA的表达水平与患者的预后和免疫细胞浸润显著相关,其可...     

PDLIM2对前列腺癌预后影响的生物信息学分析

目的应用生物信息学技术分析PDLIM2对前列腺癌（PCa）预后的影响，并深度挖掘其基因功能。方法利用UCSCXena数据库下载癌症基因组图谱PCa数据，分析并验证PCa组织与癌旁正常组织中PDLIM2表达差异，比较PDLIM高、低表达组患者总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）。利用LinkedOmics数据库对PDLIM2共表达基因进行基因本体富集分析，利用相关数据库基因模块分析PDLIM2与肿瘤免疫细胞浸润程度、肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、免疫检查点（ICP）基因表达及肿瘤干性评分的相关性。结果与癌旁正常组织相比，PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平较低（P＜0.05），而PDLIM2启动子区域甲基化水平较高（P＜0.05）；且PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平与Gleason评分、分子分型均有关（均P＜0.05）。生存分析显示，PDLIM2高表达者PFS明显短于PDLIM2低表达者（P＜0.05）；而PDLIM2高、低表达者OS比较，差异无统计学意义（P＞0.05）。PDLIM2mRNA表达与TSPAN4、LGALS1、GAS6、GYPC、LYL1等12198个基因均呈正相关（均P＜0.05），与SMARCC1、HOOK1、ZNF24、DNAJC16、FOXA1等7852个基因均呈负相关（均P＜0.05）。与PDLIM2相关的基因主要富集在胶原代谢过程、整合素介导的信号通路、体液免疫反应、白细胞迁移、IFN-γ产生、急性炎症反应、血管生成等生物学过程。PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平与肿瘤免疫细胞浸润程度、TMB、MSI、38个ICP基因表达及肿瘤干性评分均呈正相关（均P＜0.05）。结论PDLIM2可能成为评估PCa预后的生物学标志物和肿瘤免疫治疗的新靶点。     

泛癌分析长链非编码RNA MIR22HG的表达特征

目的 泛癌分析长链非编码RNA（lncRNA）MIR22HG的表达及其与临床特征的关系。方法 R语言分析癌症基因组图谱（TCGA）中MIR22HG在不同肿瘤组织中的表达及其与临床分期、淋巴结转移、肿瘤突变负荷（TMB）及微卫星不稳定（MSI）的关系;应用TIMER比较MIR22HG表达与免疫浸润的关系;使用cBioPortal分析MIR22HG的突变频率及其与预后的关系;使用GDSC在线数据库分析MIR22HG与化疗药物敏感性的关系。利用GEO数据库肝癌数据集和12对肝癌标本验证MIR22HG在肝癌中的表达及其与索拉非尼治疗反应的关系;分析MIR22HG表达与索拉非尼治疗预后的关系;在肝癌细胞株HCC-LM3中过表达MIR22HG（NC组,MIR22HG过表达组）,在肝癌细胞株MHCC-97H中敲除MIR22HG（NC组,sh-MIR22HG组）,采用CCK-8检测肝癌细胞中MIR22HG对索拉非尼IC50的影响。结果 MIR22HG在大多数肿瘤中低表达（P<0.05）,且多数肿瘤中MIR22HG基因存在缺失突变,其突变与肿瘤不良预后相关（P<0.05）。MIR22HG的表达水平与多种肿瘤的临床分期及淋巴结转移相关（P<0.05）。在多种肿瘤中MIR22HG的表达水平与TBM、MSI、免疫评分、免疫检查点相关基因表达及化疗药的药物敏感性显著相关（P<0.05）。6种常见免疫细胞中,中性粒细胞浸润水平与MIR22HG的表达水平相关性最强,尤其在乳腺癌、直肠癌及肾乳头状细胞癌中明显。多个数据集的分析结果验证MIR22HG在肝癌中低表达,且其低表达与肝癌进展相关（P<0.05）。MIR22HG低表达的患者经索拉非尼治疗后预后较好（HR=2.94, P=0.075）,其低表达能有效预测肝癌患者索拉非尼治疗效果（AUC=0.8095）。过表达MIR22HG能降低肝癌细胞对索拉非尼的敏感性（IC50 NC vs IC50 MIR22HG=7.731 vs 15.61）;而敲除MIR22HG的表达则能增加肝癌细胞对索拉非尼的敏感性（IC50 NC vs IC50sh-MIR22HG=7.986 vs 5.085）。结论 MIR22HG的表达与多种肿瘤的分期、有否淋巴结转移、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定、免疫细胞浸润及化疗药物敏感性相关。     

基于生物信息学方法分析R-spondin3在乳腺癌中的表达及其预后价值

目的 探讨R-spondin3(RSPO3)在乳腺癌中的表达及预后价值。方法 应用TIMER、癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因表达谱数据动态分析(gene expression profilling in-teractive analysis 2, GEPIA2)、人类蛋白质表达图谱(Human Protein Atlas, HPA)等数据库分析RSPO3在乳腺癌组织和癌周正常组织中的差异表达,并分析其表达水平与乳腺癌病理学参数之间的相关性;GEPIA2数据库探讨RSPO3转录本在乳腺癌中的表达及其结构特征;Kaplan-Meier Plotter绘制RSPO3与乳腺癌患者的预后生存曲线;运用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等对其进行基因功能富集分析和代谢通路分析;应用TIMER数据库分析RSPO3的表达水平与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性。结果 RSPO3在乳腺癌中呈低表达,且其表达水平与乳腺癌患者的年龄、肿瘤最大径、分子分型相关,在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的预后不良相关;GO功能富集分析显示,RSPO3相互作用的基因主要富集于免疫细胞及其受体等参与的生物学过程;免疫细胞浸润分析结果显示,RSPO3在乳腺癌组织中的表达水平与CD8⁺ T细胞、CD4⁺ T细胞、CD4⁺记忆T细胞、巨噬细胞、B细胞等的浸润水平呈正相关,而与调节性T细胞(Treg细胞)的浸润水平呈负相关;KEGG代谢通路分析显示,RSPO3可能参与Wnt/β-catenin通路。结论 在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的不良预后相关,其可能通过抑制免疫细胞浸润及活化Wnt/β-catenin通路参与乳腺癌的进展。     

ADAP2基因与肺鳞癌患者预后及肿瘤微环境免疫细胞浸润的关联研究

目的 分析ADAP2基因与肺鳞癌患者预后及其与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关联.方法 下载TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库肺鳞癌患者临床信息和癌组织ADAP2基因转录水平,运用KM生存曲线和Cox比例风险模型分析ADAP2基因和患者预后的关联;采用xCell数据库分析ADAP2基因表达和肿瘤...     

CXCR4和CD26在肺浸润性腺癌中的表达及意义

【摘要】 目的 观察并分析CXCR4和CD26在浸润性肺腺癌原发肿瘤组织以及相关淋巴结的转移性肿瘤组织中 的表达及意义,分析观察结果,探讨两者的相关性,以及与肺浸润性腺癌各种临床病理特征、预后的联系。方法 采用 免疫组织化学法检测肿瘤旁正常肺组织57例、肺浸润性腺癌原发肿瘤组织222例以及在淋巴结中的转移性肿瘤组织 54例CXCR4和CD26的表达。结果 CXCR4蛋匂的阳性表达率在肺浸润性腺癌癌组织中的表达率高于癌旁正常肺组 织中的表达率,并且其表达率低于在淋巴结中的转移癌组织中的表达率,差异具有统计学意义(P<0.05);CD26蛋匂的 阳性表达率在肺浸润性腺癌癌组织中的表达率高于癌旁正常肺组织中的表达率,并且其表达率低于在淋巴结中的转移 癌组织中的表达率,差异具有统计学意义(P<0.05);CXCR4在222例肺浸润性腺癌原发癌组织中的表达水平与浸润 性肺腺癌形态学分级、淋巴结有或者没有癌组织转移和临床TNM分期相关(P<0.05),CD26在222例肺浸润性腺癌原 发癌组织中的表达水平与肺浸润性腺癌患者肿瘤的形态学分级及大小相关(P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析说明在 P<0.05情况下,肺浸润性腺癌患者的性别、年龄、肿瘤大小、淋巴结有或者没有癌组织转移、临床TNM分期为影响患 者术后的生存时间的有效因素(P<0.05); Cox回归模型对实验结果进行分析后显示,在P<0.05情况下,以下情况成 为影响肺浸润性腺癌患者预后好坏的独立危险因素：肺浸润性腺癌患者的年龄、瘤体体积、部分肿瘤的形态学分级、淋 巴结有或者没有癌组织转移、临床TNM分期(P<0.05) o Spearman等级相关分析提示CXCR4和CD26在肺浸润性腺 癌原发肿瘤组织中的表达与患者的性别、年龄、形态学分级、临床TNM分期、肿瘤大小和淋巴结有或者没有淋癌组织转 移呈正相关(r>0,P<0.05)。结论 CD26和CXCR4在肺浸润性腺癌的发生、发展中具有重要意义,有助于评估浸润 性腺癌患者的预后好坏。