基于网络药理学和分子对接技术探讨射麻口服液治疗新型冠状病毒肺炎作用机制

目的 针对射麻口服液抗病毒机制不明的问题,采用网络药理学和分子对接技术,分析其主要有效成分和作用靶点并构建相应通路,探讨射麻口服液治疗新型冠状病毒的作用机制.方法 利用TCMSP数据库及文献检索收集射麻口服液中每味药的活性成分及其作用靶点,运用GeneCards数据库收集新型冠状病毒肺炎的相关靶标,通过韦恩图获取射麻口...     

基于网络药理学与分子对接技术的荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制研究

目的 应用网络药理学和分子对接的方法 ,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制.方法 ? 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点.通过GeneCard数据库检索COVID-19相关靶点.利用STRING 10.5软件构建荆银合剂成分靶点与C...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清瘟败毒饮治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分研究

目的 通过网络药理学和分子对接探讨清瘟败毒饮治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分及作用靶点。方法 TCMSP数据库检索清瘟败毒饮相关化学成分及作用靶点,通过Cytoscape 3.6.1软件构建“药物-化合物-靶点”分析图,DAVID 6.8数据库进行GO功能与KEGG功能富集分析,AutoDock 1.5.6软件进行分子对接验证。结果 数据库中检索到清瘟败毒饮222个有效成分,1528个基因靶点,主要有效成分有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、汉黄芩素、木犀草素、豆甾醇、黄芩素、金合欢素、鞣花酸、槲皮苷;清瘟败毒饮作用于COVID-19的关键靶点有VEGFA、MAPK3、IL-6、TP53、TNF-α、MAPK1、STAT3、CASP3、MAPK8、IL-1β,GO功能分析结果细胞组成主要基于核质、分泌体、内质网、凋亡蛋白,分子功能主要有蛋白质结合、蛋白激酶结合、细胞因子活性、转录因子活性,生物过程主要通过对药物的反应、对细胞凋亡过程的负调控、炎症反应、基因表达调控细胞的增殖、凋亡等生命活动以及激活免疫反应发挥作用。KEGG信号通路分析主要有PI3K-Akt信号通路、MAPK...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎的潜在靶标及机制

Objective To explore the potential regulatory mechanism of Xuebijing injection in the treatment of COVID-19 by using network pharmacology and molecular docking methods. Methods Corresponding target genes of all the active ingredients of Xuebijing injection were obtained by using the pharmacological database and analysis platform of TCM System (TCMSP). And intersections with the COVID-19 gene-related targets in GeneCards database, OMIM database, PharmGkb database, TTD database and DrugBank database using the R programming language. Thus, the core target of Xubijing injection in COVID-19 treatment was obtained; Cytoscape 3.7.2 software was used to construct TCM - compound - target network; PPI network of intersection target was obtained by STRING; Utilized data packets to perform gene ontology (GO) functional enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis to predict the mechanism of overlapping targets. Finally, molecular docking technology was implemented to dock key active ingredients with PPI core protein. Results GO functional enrichment analysis included 1 818 biological processes (BP), 20 cellular components (CC) and 89 molecular functions (MF). The first 30 KEGG related pathways involved inflammation and immune response, such as rheumatoid arthritis signaling pathway, IL-17 signaling pathway, Th17 cell differentiation pathway, hypoxia-inducible factor (HIF-1) signaling pathway, JAK-Stat signaling pathway, inflammatory bowel disease signaling pathway, NF-κB signaling pathway, etc. Quercetin, cryptotanshinone, luteolin, β -carotene can affect IL1B, STAT3, AKT1, VEGFA and other overlapping targets. Meanwhile, quercetin may exert anti-inflammatory, antiviral and immune responses through IL1B binding to treat COVID-19. Conclusion This study reveals that chemical components in Xuebijing injection are involved in multiple biological processes and pathways in COVID-19 treatment through binding to key target proteins. © 2022. China Tropical Medicine. All rights reserved.     

基于网络药理学和分子对接方法探析黄芪预防新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学与分子对接的方法探讨黄芪预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在干预机制.方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及相关文献,筛选及预测黄芪的活性成分及潜在作用靶标,将草药靶标导入到STRING平台进行PPI网络构建,并通过Cytoscape软件将结果进行网络化展示,通过网络...     

祖卡木颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在物质基础研究

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究祖卡木颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础.方法 在中国知网和中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库检索祖卡木颗粒中十味药材的化学成分与作用靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点,UniProt数据库查询靶点对应的基因...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨升阳益胃汤治疗新型冠状病毒肺炎作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术研究升阳益胃汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中检索该复方所具有的活性成分和作用靶点.在GeneCards、OMIM数据库中,以corona virus disease 2019为关键词筛选疾病基因.通过Cyo...     

基于网络药理学的蓝芩口服液治疗新型冠状病毒肺炎的分子机制研究

目的 研究蓝芩口服液治疗新型冠状病毒肺炎的相关分子靶点及分子作用机制.方法 使用TCMSP数据库检索蓝芩口服液的主要活性成分及其作用靶点.使用GeneCards数据库,检索新型冠状病毒肺炎的疾病相关基因靶点.使用韦恩图对蓝芩口服液主要活性成分作用靶点及新型冠状病毒肺炎相关基因靶点取交集得到共同基因靶点.使用Cytosc...     

基于网络药理学和分子对接探讨六神胶囊治疗COVID-19的物质基础及作用机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻六神胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在物质基础和分子机制。方法 借助常用的网络药理学数据库检索六神胶囊中雄黄、人工牛黄、冰片、蟾酥和麝香等的有效活性成分和作用靶点。通过UniProt数据库查询靶点对应的基因,Cytoscape 3.6.1软件构建中药-有效活性成分-有效靶点网络,通过Metascape平台进行GO富集分析、KEGG和Reactome信号通路分析,将中药有效活性成分-有效靶点网络中排名前20的单体与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶、血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2）以及SARS-CoV-2 RNA依赖性RNA聚合酶（RNA dependent RNA polymerase, RdRp）进行分子对接。结果 中药-有效活性成分-有效靶点网络包含药材5个、化合物132个、靶点2 082个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、PLA2G1B、PTGS1等。GO功能富集分析得到GO条目495个（P<0.05）,其中生物过程（BP）条目287个,细胞组成（CC）条目96个,分子功能（MF）条目112个。KEGG通路富集筛选得到107条信号通路（P<0.05）,主要涉及免疫和炎症通路,细胞生长、代谢、凋亡相关通路,癌症通路,神经活性配体-受体相互作用等。Reactome通路富集筛选得到85条信号通路（P<0.05）,主要涉及G蛋白偶联、白细胞介素信号、受体酪氨酸激酶信号、神经系统、基因转录等通路。分子对接结果显示六神胶囊中麦角胺、熊果酸、鹅去氧胆酸等核心活性化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶、ACE2以及SARS-CoV-2 RdRp的亲和力与临床推荐化学药相似。结论 六神胶囊中的活性成分麦角胺、熊果酸、鹅去氧胆酸等可能通过与ACE2结合并作用于PTGS2、ESR1、PLA2G1B和PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而起到抑制SARS-CoV-2的作用。      

基于网络药理学探讨银翘散治疗上呼吸道感染的作用机制*

目的运用网络药理学预测银翘散治疗上呼吸道感染（upper respiratory tract infection,URTI）的潜在靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选银翘散中的有效活性成分及相关靶点,采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索URTI疾病相关靶点,继而获取银翘散和URTI的交集靶点,结合STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络,应用Cytoscape软件实现“成分-疾病-靶点”网络的可视化,并通过DAVID数据库进行基因本体论（GO）富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其可能的作用机制。结果 银翘散共有150个活性成分和117个“药物-疾病”共同靶点,主要活性成分包括了连翘脂、木犀草素、槲皮素、山柰酚、连翘醇、豆甾醇等,关键靶点主要涉及IL-6、TP53、MAPK1、APP、VEGFA、TNF等基因。靶点富集分析结果表明,GO功能相关条目479个,主要涉及炎症、应激反应、免疫应答、信号传导等方面;KEGG相关通路121条,主要涉及Toll样受体信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路和PI3K/Akt信号通路等。结论 银翘散主要作用于IL-6、TP53、MAPK1、TNF等核心靶点,通过抗炎、抗病毒和调节免疫等相关通路来发挥治疗上呼吸道感染的作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨大陷胸汤治疗急性胰腺炎的作用机制

[目的]基于网络药理学与分子对接方法探讨大陷胸汤治疗急性胰腺炎（acute pancreatitis,AP）的药理作用机制。[方法]为获取大陷胸汤的主要化学成分，在中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform,TCMSP）数据库、中医药百科全书（Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine,ETCM）数据库、化学专业数据库进行检索并筛选潜在有效化合物，通过Swiss Target Prediction数据库对潜在有效成分进行靶点预测；使用人类基因数据库（Human Gene Database,GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM）、DisGeNet数据库、DrugBank数据库获取疾病目标靶点；结合STRING平台获取蛋白互作网络，并对关键靶点蛋白进行网络拓扑学指标分析；运用Metascape数据平台对成分与靶点参与的生物过程及通路进行分析，获取富...     

基于网络药理学和分子对接研究金银花-黄芪药对治疗骨髓炎的分子机制

目的 运用网络药理学与分子对接的方法探索金银花-黄芪药对治疗骨髓炎可能的作用机制,为临床用药提供科学依据.方法 在TCMSP平台内检索金银花、黄芪的生物活性成分并进行筛选,同时在蛋白质数据库和相关基因数据库中检索骨髓炎的潜在靶点,构建Venny图寻找共同靶点;运用Cytoscape软件构建"药物成分-靶点-疾病"复杂网...     

基于网络药理学和分子对接探讨葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制*

目的 应用网络药理学和分子对接探讨葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 TCMSP数据库中检索葛根芩连汤的活性成分及靶点。收集DrugBank、DisGeNET、TTD数据库中溃疡性结肠炎疾病靶点。应用Pubchem、Chem3D、PyMOL进行对接配体的构建,Autodock对受体蛋白处理,利用命令符（CMD vina）进行分子对接。应用DAVID进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 葛根芩连汤作用于溃疡性结肠炎114个核心靶点,其中 MAPK3、MAPK1、STAT3、FOS、MAPK14等蛋白是重要作用靶点。橡黄素、山柰酚、汉黄芩素、柚皮素、黄芩素、甘草查尔酮A等是葛根芩连汤的主要活性成分,其可能作用于Cancer、PI3K-Akt、TNF、HIF-1、MAPK、Toll-like receptor、FoxO、Ras等信号通路,从而发挥抗炎、抗氧化损伤、控制细胞凋亡、抑制免疫、延缓肿瘤进展等作用。结论 葛根芩连汤可能通过多成分、多靶点网络作用于溃疡性结肠炎发挥抗炎、抗氧化损伤、延缓肿瘤进展等作用。     

基于网络药理学与分子对接探究宁心通郁滋肾方治疗早发性卵巢功能不全的作用机制

[目的]基于四级杆-静电轨道阱（Q exactive orbitrap,Q-Orbitrap）高分辨液质联用系统分析结果,利用网络药理学结合分子对接的方法探究宁心通郁滋肾方治疗早发性卵巢功能不全（premature ovarian insufficiency,POI）的作用机制。[方法]采用Q-Orbitrap高分辨液质联用系统分析宁心通郁滋肾方中的活性成分,再通过Swiss Target Prediction数据库获取方中活性成分的靶点。利用基因组注释数据平台（Genome Annotation Database Platform,GeneCard）和在线人类孟德尔遗传（Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM）数据库获取POI的疾病靶点。在String平台构建交集靶点的蛋白互作（protein-protein interaction,PPI）网络后,通过Cytoscape 3.8.2软件筛选关键靶点,并构建“关键靶点-关键活性成分”网络,筛选主要关键活性成分。通过生物学信息注释数据库（the Database for Annotation,V...     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

基于分子对接及网络药理学方法研究附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制

目的:基于分子对接与网络药理学的方法,探讨附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制。方法:第一,通过TCMSP数据库、Drug Bank数据库和Pharm Mapper平台对附子理中汤所含化学活性成分进行筛选并获取其作用靶点,再利用GAD数据库、OMIM数据库、CTD数据库获得胃癌的相关靶点;第二,利用Draw Ven Diagram平台制作韦恩图,获得两者的交集靶点蛋白,通过Cytoscape3.5.1软件构建出蛋白互作图;第三,通过DAVID分析工具和KOBAS3.0软件对搜集到的靶点蛋白从生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)和细胞组分(cellular component,CC)三方面进行基因本体功能富集分析和KEGG通路分析;第四,利用PDB数据库、Systems Dock Web Site数据库集进行受体-配体的分子对接,并分析docking scores,验证附子理中汤治疗晚期胃癌的临床疗效。结果:从TCMSP数据库筛选出附子理中汤的147种化学成分,预测到4 791个靶点,通过CTD、OMIM筛选出28 006个与胃癌相关的靶点,韦恩图显示346个潜在靶标。结论:附子理中汤可能通过细胞基质黏附、端粒酶活性的阳性调节、脂肪酸生物合成等生物过程而发挥作用,其主要作用机制可能涉及2-Oxocarboxylicacid metabolism(2-氧羧酸代谢)信号通路和Propanoate metabolism(丙酸盐代谢)信号通路等分子通路等,分子对接结果表明STAT3对接分数最高,说明与附子理中汤有较好的结合性。     

融合“成分-靶点-共有通路”网络和分子对接技术的清肺口服液抗新型冠状病毒肺炎的活性成分初探

目的?基于网络药理学和分子对接技术研究清肺口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分。方法?采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索清肺口服液中药材的化学成分及其作用靶点,通过Cytoscape软件构建清肺口服液治疗病毒性肺炎的“成分-靶点-共有通路”网络模型进行分析,借助分子对接软件将网络中的核心成分与潜在的抗COVID-19作用靶点对接筛选。结果?清肺口服液药材成分靶蛋白进行生物分析共得到KEGG通路129条（P<0.05）,病毒性肺炎相关靶蛋白进行生物分析得到KEGG通路104条（P<0.05）,其中KEGG共有通路83条。“成分-靶点-共有通路”网络包含成分201个和对应的靶点2?424个。网络中所含的78个核心成分与治疗COVID-19药物潜在作用靶点RdRp、3Clpro和PLpro分子对接结果显示,Phaseol、丹参新醌D、1,2,5,6-四氢丹参酮等核心成分与目前可能治疗COVID-19的多种药物亲和力相近。结论?清肺口服液的多个核心成分可以与多个潜在靶点结合而达到治疗COVID-19的目的,体现了中药多成分、多靶点和多途径的作用特点,可以为现代中药创制提供参考。