高通量测序在儿童重症肺炎病原学诊断中的应用

目的 探讨高通量测序在儿童重症肺炎病原学诊断中的应用价值.方法 选择2019年1月至2020年1月该院收治的99例儿童重症肺炎患儿作为研究对象,所有患儿均进行常规检测(血常规、超敏C反应蛋白、降钙素原)、常规病原学检测(肺炎支原体抗体滴度检测、咽拭子免疫荧光病毒检测、血培养),入院后第2天或第3天行支气管镜检查,采集肺泡灌洗液进行传统病原学检测(涂片显微镜检查和培养)及高通量测序病原学检查,分析并比较以上检测方法患儿病原体检出情况.结果 99例重症肺炎患儿传统病原学检测,检出病原体66例(66.67％),其中单一病原体55例,混合病原体11例;细菌24例(24.24％),肺炎支原体55例(55.56％),病毒8例(8.08％).肺泡灌洗液高通量测序检出病原体97例(97.98％),包括单一细菌10例,单一病毒17例,单一支原体28例,混合病原体42例.肺泡灌洗液高通量测序细菌和病毒的检出率均高于传统检测方法(P<0.05),而肺炎支原体的检出率虽然低于血清肺炎支原体抗体滴度检测的检出率,但差异无统计学意义(P>0.05).传统方法未培养出真菌,高通量测序方法检出真菌4例.结论 高通量测序能快速、准确地检测和鉴定病原体,有助于及时、准确地治疗儿童重症肺炎.     

重症急性胰腺炎合并细菌感染的快速诊断——附17例检测分析

目的:探讨以16S rRNA基因为基础的细菌PCR法诊断重症急性胰腺炎早期合并细菌感染的价值.方法:17例疑有细菌感染的重症急性胰腺炎病人,术前B超引导下行胰周渗液细针穿刺检查,分别行以16S rRNA基因为基础的细菌PCR法检测和细菌培养.比较细菌PCR法检测结果和细菌培养结果.结果:17例中,PCR检测9例阳性,细菌培养10例阳性,该10例病人行手术治疗,术中所取胰周渗液行细菌培养证实为阳性.PCR检测重症急性胰腺炎合并细菌感染的敏感度为90%,特异度为100%.PCR法和细菌培养法分别需时5 h和3 d.结论:以16S rRNA基因为基础的细菌PCR法能快速、准确地诊断重症急性胰腺炎早期合并细菌感染,为手术治疗提供可靠依据.     

多重聚合酶链反应检测呼吸机相关性气管-支气管炎和肺炎患者常见致病菌的研究

目的 探讨多重聚合酶链反应(PCR)技术在快速检测呼吸机相关性气管-支气管炎(VAT)和呼吸机相关性肺炎(VAP)常见致病菌中的临床作用和价值.方法 留取75例外科重症监护病房(ICU)机械通气并发VAT或VAP患者的痰标本,进行细菌培养、普通PCR、多重PCR检测,比较3种方法对致病菌检出率的差异.结果 细菌培养法对金黄色葡萄球菌、鲍曼不动杆菌、大肠埃希杆菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯杆菌分离阳性检出率分别为50.7％、45.3％、30.7％、41.3％和58.7％,普通PCR阳性检出率分别为88.0％、89.3％、78.7％、85.3％和93.3％,多重PCR阳性检出率分别为92.1％、90.7％、82.7％、89.3％和96.0％.普通PCR和多重PCR对5种致病菌的阳性检出率均高于细菌培养(均P＜0.05);且多重PCR较普通PCR具有快速检测的优点.结论 与细菌培养比较,普通PCR和多重PCR对VAT和VAP5种常见致病菌的阳性检出率高,且多重PCR可有效节省人力、财力.     

改良法防污染毛刷在小儿难治性肺炎中应用价值的探讨

[目的]比较痰培养、改良法防污染毛刷 (PSB)和支气管肺泡灌洗液 (BALF)三种不同取材方法细菌培养的敏感性、准确性,以探讨改良法防污染毛刷对小儿难治性肺炎病原学诊断的价值.[方法]对200例难治性肺炎患儿,每一例均先后使用以上三种不同方法收集标本,细菌培养后进行比较.[结果]改良法防污染毛刷、痰、BALF三种取材方法的细菌培养阳性率分别为37%、23%、35%.改良毛刷取材培养和BALF培养的阳性率明显高于痰培养(P<0.05).并且,改良法防污染毛刷和BALF的培养结果均以革兰阴性菌为主,两者符合率高.[结论]痰培养与改良法防污染毛刷和BALF比较,细菌培养结果的准确性和敏感性均有一定差距.改良法防污染毛刷法细菌培养结果的准确性和敏感性高,有助于难治性肺炎致病菌的正碓判断和抗生素的合理选择.     

小儿肺炎的临床特点与诊治

肺炎是小儿的一种主要常见病,尤其多见于婴幼儿。发达国家的小儿肺炎以病毒为主,发展中国家小儿肺炎以细菌病原为主。流感嗜血杆菌和肺炎链球菌占细菌性肺炎的60%以上。北京儿童医院用对流免疫电泳(CIE)法检测细菌抗原,结合细菌培养,对100例住院肺炎和毛细支气管炎患儿进行病原学研究,结果显示高达41%的小儿肺炎与b型流感嗜血杆菌和肺炎链球菌感染有关。说明小儿细菌性肺炎在我国并不少见。几种常见小儿细菌性肺炎的临床特点1.肺炎链球菌肺炎　由肺炎链球菌(旧称肺炎双球菌或肺炎球菌)引起,在年长儿多致大叶性肺炎,婴幼儿可引起支气管肺炎…     

血清降钙素原在婴幼儿重症肺炎早期诊断中的价值

目的探讨血清降钙素原(PCT)在婴幼儿重症肺炎早期诊断中的价值。方法选择肺炎婴幼儿152例,其中重症肺炎患儿63例(重症肺炎组),包括细菌性肺炎32例,非细菌性肺炎31例;轻症肺炎患儿89例(轻症肺炎组),包括细菌性肺炎47例,非细菌性肺炎42例;健康体检儿童50设对照组。观察治疗前后重症肺炎组、轻症肺炎组、对照组婴幼儿血清PCT水平,比较重、轻度肺炎组患儿细菌性肺炎与非细菌性肺炎PCT水平差异,并计算PCT检查对细菌性肺炎诊断的敏感性、特异性、阳性预测值及阴性预测值。结果治疗前,3组血清PCT比较差异有统计学意义(P0.01)。治疗后,重、中度肺炎组PCT水平均明显下降(P0.01)。细菌性肺炎婴幼儿血清PCT水平显著高于非细菌性肺炎患儿(P0.01)。治疗后,细菌性肺炎患儿PCT水平下降(P0.01)。PCT检测对细菌性肺炎的敏感性、特异性、阳性预测值及阴性预测值分别为90.12%、93.22%、95.45%、85.94%。结论血清PCT检测可作为重症肺炎的客观标准,且可作为区分细菌性肺炎与非细菌性肺炎的实验室指标。     

PCR检验法和细菌培养法在阴道细菌检验中的应用研究

对PCR检验法和细菌培养法在阴道细菌检验中的应用效果进行分析。运用随机抽样的方法选择接受阴道细菌检测的女性患者100例,同时采用PCR检验法和细菌培养法进行阴道细菌学检查,比较两组检出率和阳性率。采用PCR检验法检测出84例为阳性,检出率为84.0%,采用细菌培养法检测出52例为阳性,检出率为52.0%,PCR检验法检出率明显高于细菌培养法,两组相比,差异显著(P0.05);采用PCR检验法检测加特纳菌、棒状杆菌和肠球菌的阳性率分别为54.0%、14.0%、16.0%,采用细菌培养法的阳性率分别为40.0%、5.0%、7.0%,PCR检验法检出阳性率明显高于细菌培养法,两组相比,差异显著(P0.05)。与细菌培养法相比,在阴道细菌检验中采用PCR检验法具有更高的检出率,且操作简单,可满足临床诊断需要,建议在临床推广应用。     

高通量测序技术在慢性肾病患者刚地弓形虫感染诊断中的价值

目的 探讨高通量测序[又称下一代测序(NGS)]技术在临床疑难性病原体诊断中的应用价值.方法 收集1例慢性肾脏病5期合并腹痛患者的2份腹水和4份腹膜透析液样本,取沉渣进行镜检,并进行常规细菌及真菌培养.采用化学发光法检测血清弓形虫抗体;采用NGS技术检测腹水和腹膜透析液样本中病原体的基因.结果 腹水和腹膜透析液样本镜检...     

细菌培养法、PCR检验法及革兰氏染色法进行阴道细菌检验的临床效果对比

随机选取2015年8月~2016年9月在我院进行诊治的74例细菌性阴道炎患者作为本次试验的研究对象,所有入选患者均对其进行阴道分泌物的采集,并分别采用细菌培养法、PCR检验法与革兰氏染色法对所有患者的阴道分泌物标本进行细菌检测,观察对比三种检测方法的细菌检测结果。所有入选患者完成3种细菌检测方法显示,74例患者中,通过细菌培养法检测出58例患者细菌阳性,检出率为78.38%,通过PCR检验法检测出55例患者细菌阳性,检出率为74.32%,通过革兰氏染色法检测出28例患者细菌阳性,检出率为37.84%;其中将3种检测方法的细菌检出率进行对比分析,革兰氏染色法明显低于其他两种检测方法(P<0.05),而对细菌培养法与PCR检验法的检出率进行对比显示,无明显差异,不具备统计学意义(P>0.05)。在细菌性阴道炎患者的细菌检测中,细菌培养法与PCR检验法的检出率均比较高,而PCR检验法操作便捷,且检测耗时短,临床应用推广价值高。     

老年细菌性肺炎痰标本的临床应用价值:基于16S Rdna测序方法

目的 采用16S rDNA高通量测序技术,比较不同采集方式获得的老年细菌性肺炎患者呼吸道标本的共有或独有细菌,评估质量合格的呼吸道标本的临床价值.方法 选取该院收治的10例诊断为细菌性肺炎且未经治疗的老年患者作为研究对象,分别采集自然咳痰(SH组)、纤维支气管镜吸痰(XT组)和纤维支气管镜肺泡灌洗液(XC组)标本,采用16 S rDNA高通量测序技术检测并比较3组标本细菌组成的相似性和差异性.结果 3组标本共有菌群959个属,3组标本独有细菌的属比较,差异有统计学意义(P<0.05),但非度量多维尺度分析显示,3组标本在属水平上总体细菌结构差异不明显.结论 16S rDNA高通量测序SH组标本细菌更丰富,但质量合格的3组标本在属水平上总体细菌结构差异不明显,SH组标本仍有一定的临床价值.     

环介导等温扩增技术检测呼吸道样本中肺炎克雷伯菌

目的建立环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测呼吸道感染患者痰液中肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,Kpn)的方法并进行初步应用。方法基于Kpn phoE基因设计4条特异性引物,对反应条件中的Mg~(2+)和甜菜碱浓度进行优化,建立检测Kpn LAMP方法并进行特异性和灵敏度试验;收集308例呼吸道感染患者痰液样本,进行细菌培养法、LAMP法、DNA测序技术检测,评估LAMP检测体系。结果 8 mmol/L、0.4 mmol/L确定为Mg~(2+)和甜菜碱的最佳扩增浓度;该体系特异性强,与其他菌株无交叉反应,灵敏度为10~4 CFU/mL;临床样本中Kpn的LAMP检出率(53.89%)高于培养法(42.20%),差异有统计学意义(χ~2=161.65,P0.05);LAMP法与细菌培养法在Kpn阳性样本、无细菌生长样本、非Kpn其他细菌阳性样本中的一致率分别为96.15%、100%、65.25%,46例不一致样本经DNA测序验证,LAMP法与测序符合率为86.95%(40/46); LAMP法和DNA测序法对131例样本同时进行检测,经Kappa检验两者具有极好的一致性(Kappa系数=0.817)。结论与细菌培养法相比,LAMP法具有准确性高、灵敏度高、特异性强、反应省时等优势,可以作为肺炎克雷伯菌的快速检测方法。     

环介导恒温扩增芯片技术在医院获得性肺炎病原菌检测中的应用

目的 探讨采用环介导恒温扩增(LAMP)芯片法分析支气管肺泡灌洗液(BALF)病原学在医院获得性肺炎(HAP)患者诊断中的价值。方法 回顾性收集2018年12月至2019年12月东南大学附属中大医院457例HAP中同时用LAMP芯片法及常规细菌学培养检测BALF标本的患者82例(男44例,女38例),分析两种方法之间的差异。结果 82例患者中,LAMP芯片技术病原体测定阳性有31例,阳性率为37.80%,常规细菌培养阳性27例,阳性率为32.93%。对两种检测方法均可检测的病原体,两种检测方法检测结果一致性较好(Kappa=0.756,P<0.05),其中LAMP芯片法与常规细菌培养一致性最高的是鲍曼不动杆菌(18.29%vs 14.63%,Kappa=0.779),铜绿假单胞菌次之(17.07%vs 10.98%,Kappa=0.749),之后为肺炎克雷伯菌(9.76%vs 3.66%,Kappa=0.520);LAMP芯片法对13种病原体检测整体阳性率高于常规细菌培养(74.39%vs 31.71%,P<0.01),其中LAMP芯片法对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(8.54...     

Detection of Klebsiella pneumonia in respiratory tract samples by the loop-mediated isothermal amplification method

目的:建立环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测呼吸道感染患者痰液中肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,Kpn)的方法并进行初步应用。方法:基于Kpn phoE基因设计4条特异性引物,对反应条件中的Mg^2+和甜菜碱浓度进行优化,建立检测Kpn LAMP方法并进行特异性和灵敏度试验;收集308例呼吸道感染患者痰液样本,进行细菌培养法、LAMP法、DNA测序技术检测,评估LAMP检测体系。结果:8 mmol/L、0.4 mmol/L确定为Mg^2+和甜菜碱的最佳扩增浓度;该体系特异性强,与其他菌株无交叉反应,灵敏度为104 CFU/mL;临床样本中Kpn的LAMP检出率(53.89%)高于培养法(42.20%),差异有统计学意义(χ^2=161.65,P<0.05);LAMP法与细菌培养法在Kpn阳性样本、无细菌生长样本、非Kpn其他细菌阳性样本中的一致率分别为96.15%、100%、65.25%,46例不一致样本经DNA测序验证,LAMP法与测序符合率为86.95%(40/46);LAMP法和DNA测序法对131例样本同时进行检测,经Kappa检验两者具有极好的一致性(Kappa系数=0.817)。结论:与细菌培养法相比,LAMP法具有准确性高、灵敏度高、特异性强、反应省时等优势,可以作为肺炎克雷伯菌的快速检测方法。     

病原宏基因组高通量测序中无菌部位临床标本的处理办法

病原宏基因组高通量测序(mNGs)不依赖于传统的微生物培养,直接对临床样本中的核酸进行高通量测序,具有无偏倚、广覆盖、快速等优点.检测临床样本中的较多病原微生物(包括病毒、细菌、真菌、寄生虫),在重症感染领域,特别是疑难、罕见病导致的重症感染中发挥了关键作用.然而,感染性的临床样本多种多样,样本前处理及核酸提取方法并没...     

慢性前列腺炎患者前列腺液细菌16S rRNA基因的检测

目的通过采用聚合酶链反应(PCR)技术对慢性前列腺炎患者前列腺液中细菌16S rRNA基因检测,探讨PCR方法诊断慢性前列腺炎细菌学病因的价值。方法收集102例慢性前列腺炎患者的前列腺液进行细菌培养,同时采用PCR法检测前列腺液中细菌16S rRNA基因,并测定和分析所得片段的DNA序列。对培养结果与PCR法检测结果进行了比较。结果102份前列腺液标本中,细菌培养法18例阳性,84例阴性,阳性率17.7%;PCR法71例阳性,31例阴性,阳性率69.6%。细菌培养法与PCR法检测结果比较,其差异有统计学意义(P<0.05)。测序结果显示DNA序列与GenBank公布的16S rRNA基因序列具有很高的同源性。结论PCR技术对慢性前列腺炎的临床诊断具有重要意义。     

基于Illumina平台mNGS技术在老年社区获得性肺炎肺泡灌洗液病原学诊断中的应用

目的 探讨基于Illumina平台宏基因组二代测序(mNGS)技术在老年社区获得性肺炎(CAP)肺泡灌洗液病原学检查中的应用。方法 选取2022年1月至2022年6月内江第一人民医院收治的疑诊老年CAP患者200例为研究对象,比较肺泡灌洗液mNGS病原体检测与传统细菌培养鉴定法对老年CAP的诊断价值。结果 200例患者经病原学检查共检出阳性154例(77.00%),其中细菌感染119例(59.50%)、病毒感染59例(29.50%)、真菌感染30例(15.00%)、肺炎支原体感染11例(5.50%)、肺炎衣原体感染7例(3.50%),包含混合感染50例(25.00%);mNGS共检出阳性183例(91.5%),其中细菌感染127例(63.50%)、病毒感染96例(48.00%)、真菌感染37例(18.50%)、肺炎支原体感染29例(14.50%)、肺炎衣原体感染15例(750%),包含混合感染75例(37.50%);mNGS阳性检出率、混合感染检测率较传统细菌培养高,差异有统计学意义(χ²=15.845、7.723,P<0.05);mNGS检测时间较传统细菌...     

宏基因组二代测序技术在脑脓肿病原菌检测中的应用

目的分析宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在脑脓肿病原菌检测中的应用价值。方法回顾性分析天津市环湖医院2019年1月至2021年12月年脑脓肿患者资料, 所有患者均行立体定向下脓肿穿刺引流。根据病原菌检测方法不同, 分为细菌培养组(仅行细菌培养)与mNGS组(行mNGS同时行细菌培养)。比较两组患者的临床症状、脓肿部位、细菌培养和mNGS结果, 抗生素应用方案及预后, 对两组患者细菌检测结果进行分析, 并对患者抗生素应用情况及预后进行比较。采用X2检验或精确概率法及Mann-WhitneyU检验, 比较两组差异有无统计学意义。结果共纳入脑脓肿患者43例, 其中细菌培养组21例, mNGS组22例。细菌培养组细菌阳性率42.9%(9/21), mNGS组细菌培养阳性率45.5%(10/22)。mNGS检测阳性率100%(22/22), 细菌培养组仅3例有较明确的细菌来源, mNGS组根据细菌结果17例明确细菌来源, 两组差异有统计学意义(χ2=19.69, P<0.001)。细菌培养回报时间为7.0(4....     

降钙素原C-反应蛋白及病原体检测对下呼吸道感染的诊断价值

目的探讨降钙素原(PCT)、C-反应蛋白(CRP)及呼吸道感染病原体抗体联合细菌培养在下呼吸道感染诊断中的诊断价值。方法将119例下呼吸道感染者分为细菌感染组(75例)与非细菌病原体感染组(44例),同期健康体检者60例为健康对照组。采用酶联荧光分析及速率散射比浊法测定PCT及CRP,采用荧光免疫分析检测呼吸道感染病原体抗体,同时对患者的痰及血液进行培养。结果细菌感染组的PCT及CRP水平均高于非细菌病原体感染组及健康对照组(P<0.01)。以PCT>0.5ng/mL、CRP>8.0mg/L为阈值,PCT及CRP的敏感性分别为89.3%和84.0%(二者比较,P>0.05)与非细菌病原体感染组及健康对照组比较差异有统计学意义(P<0.01),PCT对细菌感染诊断的特异度为88.4%高于CRP的78.8%(P<0.05);痰培养和血培养联合检测可提高细菌的阳性检出率(41.3%);下呼吸道细菌感染诊断实验的敏感度依次为:PCT与CRP大于细菌培养。呼吸道感染病原体抗体对于非细菌病原体感染组的阳性检出率为56.8%。结论 PCT及CRP适宜细菌感染的早期诊断,PCT的特异度高于CRP;同时联合呼吸道感染病原体抗体检查及细菌培养对于下呼吸道感染的诊断与鉴别诊断具有重要的价值。     

低深度高通量测序技术在早期流产中的应用

目的:探讨低深度高通量测序技术(CNV-seq)在早期流产中的应用。方法:将2017年1月～2018年1月我院收治的265例早期流产患者(99例染色体核型异常)作为研究对象,取其绒毛或胚胎组织,提取DNA,采用低深度高通量测序技术分析其基因组信息,并与常规染色体核型相对照,分析染色体异常的类型及检出率情况。结果:265例早期流产患者中出现99例染色体核型异常者,发生率为37.36%;其中染色体异常核型分布:16三体12例(12.12%)、13三体6例(6.06%)、21三体9例(9.09%)、2三体3例(3.03%)、3三体4例(4.04%)、8三体3例(3.03%)、10三体4例(4.04%)、22三体3例(3.03%)、常染色体缺失或重排27例(27.27%)、45,X 21例(21.21%)、47,XYY 3例(3.03%)、47,XXX 4例(4.04%)。低深度高通量测序对核型异常检出率为100.00%,显著高于常规染色体分析的74.75%,比较具有统计学差异(P0.05)。结论:低深度高通量测序技术较常规染色体分析对早期流产患者基因组信息的检出率较高,值得临床选择。     

高通量测序技术在尿路感染及腹膜透析相关腹膜炎病原学诊断中的价值

目的 比较尿路感染、腹膜透析相关腹膜炎患者采用高通量测序技术、常规培养法对病原体的检出情况,探讨高通量测序技术在尿路感染、腹膜透析相关腹膜炎病原学诊断中的应用价值.方法 收集77例尿路感染患者中段尿标本,36例腹膜透析相关腹膜炎患者透析流出液标本,分别应用高通量测序技术、常规培养法进行检测,记录病原体检出率及病原体分布...