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1.
目的:通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁(Post-stroke Depression, PSD)的潜在活性成分和可能的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和蛋白质序列数据库(Uniprot)筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果:共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...  相似文献   

2.
目的 基于网络药理学方法研究佛手干预2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的潜在作用靶点。方法 利用TTD数据库、Drugbank数据库、OMIM数据库和DisGeNET数据库筛选T2DM相关基因,借助 TCMSP 数据库筛选佛手有效化学成分作为候选药效成分,通过 COXPRESdb 数据库及 STRING 筛选关键蛋白,运用 Cytoscape 3.7.1软件构建疾病-药效成分-靶点-通路关系网络,使用 DAVID 6.8数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过Vina将佛手候选药效成分与关键蛋白进行分子对接。结果 ①筛选得到181个疾病靶点候选基因、佛手6种有效成分、药效成分和疾病相关的25个关键蛋白,构建疾病-药效成分-靶点-通路关系网络;②GO功能富集分析得到 GO条目 57个(P ≤ 0.05),其中生物过程条目43个,分子功能条目10个,KEGG通路富集得到10条通路(P ≤ 0.05);③选取10个关键蛋白与佛手6个药效成分进行分子对接,结果显示其结合稳定。结论 通过网络药理学研究发现,佛手通过6种有效成分,影响25个潜在靶点、10条相关通路,调节胆固醇生物合成和胰岛素分泌功能干预T2DM,为佛手作为“调肝启枢化浊”法主要药味治疗糖脂代谢病提供了依据,为其进一步的临床应用和深入研究开发提供了思路和线索。  相似文献   

3.
目的:采用网络药理学与分子对接技术相结合的方法研究化湿败毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制及活性成分筛选。方法:采用中药系统药理学分析平台筛选化湿败毒颗粒活性成分及预测作用靶点,与OMIM和Gene Cards数据库筛选的病毒及肺炎靶基因取交集,得到潜在靶基因。利用Cytoscape软件构建“化合物-靶点”网络并进行分析。取平均度数较高的重要活性成分分别与3CLpro、ACE2及RdRp 3种靶蛋白采用AutoDock Vina进行分子对接,筛选关键活性成分。采用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析化湿败毒颗粒的作用机制。结果:化湿败毒颗粒作用“化合物-靶点”网络包含123个化合物和237个相应靶点,关键靶点涉及PTGS2、PTGS1、ESR1、NCOA2、AR、NOS2、PPARG、SCN5A、PRSS1等。GO功能富集分析得到GO条目1 147个(P0.05),KEGG通路富集筛选得到170个通路(P0.05),涉及AGE-RAGE、IL-17、TNF、C-type lectin receptor及HIF-1等信号通路。分子对接结果显示:Kaempferol、Baicalein等与3CLpro蛋白亲和力较好;Stigmasterol、Shinpterocarpin等与ACE2蛋白亲和力较好;Beta-sitosterol、Shinpterocarpin等与RdRp蛋白亲和力较好。结论:采用网络药理学与分子对接技术相结合的方法筛选化湿败毒颗粒抗COVID-19关键活性成分并对其作用机制进行了分析,可为治疗化湿败毒颗粒的临床应用提供参考。  相似文献   

4.
目的 基于生物信息学、网络药理学与分子对接探讨八桂天龙散治疗阿尔茨海默病(alzheimer’s disease, AD)的作用靶点与分子机制。方法 从TCMSP、HIT、HERB数据库检索八桂天龙散活性成分,通过Swiss Target Prediction平台预测潜在作用靶点。采用GEO2R分析AD的差异基因,应用GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库筛选AD靶点,交集获得八桂天龙散治疗AD的可能潜在作用靶点。采用STRING平台构建PPI网络,Cytoscape软件网络拓扑计算筛选潜在关键靶点,R语言进行GO及KEGG通路富集分析,构建“中药-活性成分-靶点-信号通路-疾病”网络。分子对接预测潜在活性成分和靶点的结合性能。结果 筛选八桂天龙散有效活性成分115种,相应基因靶点1666个。AD差异基因2725个,靶点2236个。八桂天龙散治疗AD的潜在靶点99个,其中关键靶点为MAPK1、FN1、EGFR。KEGG富集分析显示关键信号通路包括PI3K-Akt、MAPK、Rap1、Ras、HIF-1、LTP等信号通路。分子对接结果显示人参二醇、次甲丹参醌可能是八桂天龙散...  相似文献   

5.
目的 应用网络药理学方法探讨玄参-麦冬药对治疗焦虑症的作用机制,为临床应用玄参-麦冬药对提供依据。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)收集玄参、麦冬的化学成分,结合TCMSP、SwissADME数据库及文献筛选活性成分,利用Swiss TargetPrediction数据库预测活性成分作用靶点;通过OMIM、GeneCards、DrugBank数据库获取焦虑症的相关靶点,与活性成分作用靶点取交集;利用STRING数据库建立活性成分-疾病共同靶点蛋白相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape3.8软件对PPI网络进行MCODE聚类分析,得出关键靶点;利用DAVID6.8数据库对活性成分-疾病共同靶点进行GO和KEGG富集分析,通过活性成分-靶点-通路网络筛选核心活性成分,用分子对接模拟核心活性成分与关键靶点的结合强度。结果 共筛选出玄参-麦冬药对37个活性成分,潜在靶点471个,焦虑症相关靶点753个,活性成分-疾病共同靶点42个,对其PPI网络进行MCODE聚类分析得到4种类簇,筛选出关键靶点14个。GO和KEGG富集分析显...  相似文献   

6.
目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法:通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果:筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论:罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚...  相似文献   

7.
目的:采用网络药理学方法预测淫羊藿治疗抑郁症的抗炎靶点及相关信号通路,探讨其抗抑郁作用的潜在机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库搜集和筛选淫羊藿的活性成分;利用PharmMapper服务器,TCMSP数据库对蛋白靶点进行预测和筛选;利用OMIM数据库,CTD数据库和GeneCards数据库筛选抑郁症的相关靶点以及抗炎靶点;通过DAVID数据库对关键抗炎靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Cytoscape 3.6.0软件构建淫羊藿"活性成分-作用靶点-信号通路"网络图,并对网络拓扑结构分析;采用GOLD分子对接软件对活性成分与关键抗炎靶点进行结果验证。结果:筛选得到淫羊藿与抑郁症相关的12个活性成分,30个作用靶点,5个关键抗炎靶点;GO功能富集得到生物过程65个,细胞组成4个,分子功能1个,KEGG通路富集分析得到41条,其中与炎症相关的信号通路9个;分子对接验证淫羊藿苷与关键抗炎靶点能够形成最佳复合体。结论:揭示了淫羊藿通过抗炎靶点及其相关信号通路网络作用于抑郁症的分子机制,为进一步研究淫羊藿抗抑郁作用提供了基础。  相似文献   

8.
目的运用网络药理学探讨温胆汤治疗高血压的分子机制。方法通过TCMSP和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)筛选温胆汤的潜在活性成分和作用靶点,通过药物靶标数据库(TTD)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GeneCards数据库收集高血压疾病靶点,STRING数据库进行蛋白相互作用分析,采用Cytoscape v3.7.1构建网络,再用ClueGO进行GO功能和KEGG通路富集分析,最后以适合的分子和靶点进行分子对接。结果共筛选出温胆汤141个潜在活性成分和108个潜在治疗靶点;通过cytoHubba中MCC算法筛选出排位前20的核心靶点,GO分析包含164条显著性条目,包括生物过程133条、分子功能24条、细胞定位7条。KEGG通路富集筛选出7条枢纽通路,且活性成分与靶点间对接良好。结论温胆汤可通过多途径、多靶点治疗高血压,可为其临床应用提供数据。  相似文献   

9.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨白头翁汤抗结直肠癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选白头翁汤的活性成分和对应靶点,利用疾病靶点数据库查找结直肠癌靶点,并通过venny2.1.0软件得到交集靶点,通过STRING数据库构建靶点互作网络图;采用Cytoscape软件构建方剂-药物-成分-靶点网络,对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,最后采用分子对接技术对主要活性成分和关键靶点的结合能力进行验证。结果:白头翁汤包括白头翁、黄连、黄柏、秦皮4个主要活性成分以及182个潜在作用靶点,GO富集分析显示基因富集于2226条生物过程(BP)、70个细胞组成(CC)及197种分子功能(MF);KEGG富集分析提示共同靶点富集于171条通路,分子对接提示主要活性成分与关键靶点具有较好对接活性。结论:白头翁汤对结直肠癌的治疗作用发挥可能与槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇等成分调控TP53、MAPK1、MAPK14、RELA等基因以及影响TNF、IL-17等信号通路相关。  相似文献   

10.
目的基于网络药理学探讨白芍治疗贫血的作用机制。方法通过TCMSP数据库找出白芍主要化学成分,查阅文献进行补充,筛选出候选药效成分,采用Swiss TargetPrediction和Stitch预测与药效成分相关的生物大分子,收集DrugBank上已有的靶点,并利用GeneCards等数据库获取与贫血相关的靶标,筛选出两者之间的共有靶点,选择关键靶点进行GO富集及KEGG分析,分子对接验证网络分析结果。结果白芍主要化学成分有85种,筛选后获得核心靶点14个,TNF、MAKP8、IL?6等可能为关键靶点;生物功能43个,涉及生物合成与代谢、细胞增殖与凋亡、信号通路正/负调节等;通路10个,糖尿病AGE?RAGE信号通路、IL?17信号通路、TNF信号通路等可能为关键通路,百日咳、乙型肝炎等疾病也可能间接影响贫血的过程;分子对接表明白芍多数成分与核心靶点具有较好的对接能力,说明预测结果具有一定的可靠性。结论本研究初步探讨白芍治疗贫血的潜在活性成分和可能的作用机制,可为深入考察其药效物质基础和作用机制提供理论依据。  相似文献   

11.
基于网络药理学策略,结合分子对接和体外实验验证,研究凉膈散加减方(modified Liangge San, MLGS)治疗急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome, ARDS)的潜在靶点和分子机制。在TCMSP数据库筛选MLGS的活性成分及靶点,整合GeneCards、DisGeNET数据库得到ARDS疾病靶点,两者取交集得到MLGS治疗ARDS的潜在靶点。利用Cytoscape 3.7.2软件构建MLGS的“中药-活性成分-靶点的网络”及“MLGS治疗ARDS的调控网络”,在STRING数据库制作蛋白质相互作用网络,使用Metascape数据库对共同靶点靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,使用分子对接及体外实验对分析结果进行验证。共筛选得到MLGS活性成分211个、关键靶点54个;GO富集分析得到GO条目(P<0.05)709个,包括生物过程(BP)457个、细胞成分(CC)50个和分子功能(MF)98个,主要涉及对脂多糖、对活性氧的反应、凋亡信号通路;KEGG通路富集分析共得到266条通路,主要涉及癌症信号通路、...  相似文献   

12.
运用网络药理学方法探讨资木瓜治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的物质基础和作用机制,并通过分子对接和实验验证资木瓜抗RA的潜在靶点。从中药系统药理学数据库与分析平台筛选资木瓜中的活性成分及靶点。利用GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库获取RA相关靶点,两者取交集,即资木瓜治疗RA的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件,构建“中药-活性成分-共同靶点-疾病”网络。利用STRING建立蛋白相互作用(PPI)网络,运用RStudio 4.1.0软件对核心基因进行可视化。运用DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析,预测其富集的信号通路并进行可视化展示。将筛选出来的活性成分作为配体,与筛选得到的RA核心靶点进行分子对接分析,最后通过动物实验进一步验证实验结果。资木瓜的主要活性成分4种、对应靶点137个,药物疾病共同靶点37个;GO富集分析得到239个条目(P<...  相似文献   

13.
目的运用网络药理学和分子对接技术探究苓桂术甘汤异病同治高血压病和肥胖症的物质基础和作用机制。方法通过TCMSP检索并筛选苓桂术甘汤组方药物的主要有效成分及作用靶点。运用GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET、DrugBank数据库筛选高血压病、肥胖症相关靶点;应用Cytoscape 3.9.0绘制"中药-有效成分-交集靶点-疾病"网络;通过STRING 11.5数据库构建PPI网络;运用cytoNCA插件筛选核心成分及靶点;应用R4.1.2中的Bioconductor程序包进行GO功能及KEGG通路富集分析, 并绘制"中药-交集靶点-通路"网络;利用PyMOL、AutoDockTools 1.5.7对活性成分和核心靶点进行分子对接。结果获得苓桂术甘汤潜在有效成分共102个、交集靶点62个, 筛选出8个活性成分和7个核心靶点;富集分析显示, 关键靶点主要富集在通过流体剪切应力与动脉粥样硬化通、脂质和动脉粥样硬化、AGE-RAGE等信号通路, 涉及对营养水平的反应、小分子代谢的调节等生物进程。分子对接显示, 结合能<-7 kcal/mol的组合有37组。结论苓桂术甘汤...  相似文献   

14.
目的运用网络药理学及分子对接技术分析痰热清胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础及潜在作用机制。方法通过文献检索痰热清胶囊化学成分,运用SwissADME平台对纳入的药物成分根据类药性及口服生物利用度筛选主要活性成分,并借助SwissTargetPrediction平台预测成分靶点信息,运用Cytoscape3.7.0软件构建药物-成分-靶点网络。在GeneCards平台检索冠状病毒肺炎的相关疾病靶点,通过STRING平台对药物成分与疾病的交集靶点构建PPI网络,同时将交集靶点导入Metascape平台获取GO基因功能注释及KEGG富集分析结果。最后借助AutoDock软件将药物成分与COVID-19 3CL水解酶进行对接。结果经筛选获得痰热清胶囊主要活性成分26个,对应靶点293个。PPI核心网络关键靶点15个;GO功能分析获得关键条目50条;KEGG富集分析得到相关信号通路19条;分子对接结果显示熊去氧胆酸、芦丁、鹅去氧胆酸、木樨草苷、汉黄芩苷、黄芩苷与COVID-19 3CL水解酶有较好的亲和力。结论痰热清胶囊主要成分可通过多靶点、多通路治疗新冠肺炎。  相似文献   

15.
目的基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死(ONFH)的潜在作用机制。方法应用中药综合数据库(TCMID)及BATMAN-TCM分析工具筛选出单味中药水蛭的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的数据库GeneCadrs、TTD、OMIM筛选ONFH的作用靶点,进而筛选水蛭与ONFH的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果基于BATMAN-TCM分析工具预测得出水蛭防治ONFH的活性成分13个和交集靶点28个;GO功能富集分析得到条目153个,其中生物过程条目117个、细胞组成条目10个、分子功能条目26个;KEGG通路富集分析得出条目35个,主要包括PPAR信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、NF-κB信号通路、TLR信号通路等。结论基于网络药理学初步探讨并验证了水蛭防治ONFH多成分-多靶点-多通路的整体调节作用特点,预测了水蛭防治ONFH的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。  相似文献   

16.
目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨地骨皮调血脂的作用机制。方法 使用TCMSP数据库并查阅相关文献确定地骨皮活性成分;采用SwissTargetPrediction、GeneCard和OMIM数据库预测地骨皮活性成分靶点和高脂血症相关靶点,应用Venny 2.1取两者交集;运用Cytoscape 3.8.2软件绘制成分-靶点-疾病网络;应用String数据库构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;将交集靶点输入Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape3.8.2软件绘制地骨皮活性成分-靶点-通路网络,预测其调血脂作用机制;采用分子对接和细胞实验进一步探究地骨皮的调血脂作用机制。结果 共筛选出地骨皮潜在活性成分14个以及153个交集靶点;GO功能和KEGG通路分析发现主要涉及过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome prol...  相似文献   

17.
汪亚楠  李思齐  岳一强  宋爱华  韩飞 《中草药》2019,50(23):5812-5822
目的利用网络药理学技术研究苓桂术甘汤治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、Swiss、SuperPred和Stitch数据库寻找与苓桂术甘汤中4味中药相关的化学成分及其作用靶点,并以口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为阈值对化合物进行筛选,再通过文献查找加以补充;通过OMIM、TTD、GAD、Pharm Gkb数据库获取与AD疾病相关的靶标,并进一步筛选得到苓桂术甘汤治疗AD的潜在作用靶点;采用DAVID6.8数据库对相关潜在作用靶点进行GO分析及KEGG代谢通路富集分析;利用Cytoscape软件构建"单味药-活性成分-作用靶点"相互作用网络并进行度值和中介度分析,确认可能的关键靶点和关键通路。结果在苓桂术甘汤中,共筛选出126个与AD相关的潜在活性成分和120个潜在作用靶点;GO生物功能分析共包含565条富集结果,其中生物过程396条,分子功能121条,细胞组成48条,主要涉及蛋白结合、细胞、氧化还原过程等;KEGG富集得到67条代谢通路,主要包括神经活性配体-受体相互作用通路、癌症通路、5-羟色胺能突触通路和钙信号通路等。结论网络药理学研究结果揭示了苓桂术甘汤治疗AD的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了其可能的活性成分、作用通路和关键靶点,为其药效物质基础和作用机制研究提供了理论基础。  相似文献   

18.
目的:通过网络药理学研究酒炖白芷的活性成分、作用靶点、相关信号通路和疾病的关联性,揭示酒炖白芷药效的作用机制。方法:选取酒炖白芷中27个活性成分,依据反向药效团匹配(PharmMapper)方法预测活性成分作用靶点,进而构建活性成分-作用靶点、疾病-作用靶点-通路网络,进行GO富集和KEGG通路富集分析,研究酒炖白芷的作用机制。结果:根据疾病-作用靶点-通路网络分析,涉及偏头痛的关键靶点为ESR1、IL-2和NOS3;涉及鼻炎的关键靶点为EGFR和MAPK8;涉及癫痫的关键靶点为GSTA1、GSTP1和GSTM1。GO富集条目1316个,其中生物过程相关的条目1172个,分子功能相关的条目48个,细胞组成相关的条目96个。KEGG通路117条,主要涉及hsa04024、hsa04022、hsa04151、hsa04370、hsa04014等通路。结论:酒炖白芷的药效作用机制体现了中药多成分-多靶点-多通路的特点,本研究为酒炖白芷炮制机理、药效作用的深入研究及都梁丸的临床应用提供科学依据。  相似文献   

19.
目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芩主要活性成分和作用靶点,通过OMIM、GeneCards、TTD及DrugBank等数据库筛选糖尿病和阿尔茨海默病的主要靶点,构建活性成分-靶点网络;利用STRING 11.0进行蛋白质互作分析,构建PPI网络以筛选重要靶点;运用Metascape库对关键交集靶点进行GO和KEGG富集分析;利用Cytoscape 3.7.2将分析得到的重要靶点和通路构建药物成分-疾病靶点-通路网络;进一步对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 筛选出黄芩重要活性成分有汉黄芩素、黄芩素、金合欢素、降穿心莲黄酮等,PPI网络中关键交集靶点61个,核心靶点有AKT1、IL-6、MAPK14、TNF、PRKCA、VEGFA等。GO富集分析得到细胞组成101条,分子功能76条,生物过程1 413条;KEGG通路富集分析得到258条,主要涉及AGE-RAGE信号介导的糖尿病并发症通路、IL-17、MAPK、TNF、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。分子对接结果可知,汉黄芩素、金合欢素、黄芩素、红...  相似文献   

20.
目的基于网络药理学方法预测防己主要活性成分及药理作用机制。方法通过TCMSP、UniProt数据库检索筛选防己的化学成分、靶点、疾病,利用DAVID数据库进行GO与KEGG富集分析,Cytoscape绘图。结果筛选出防己7个活性成分,77个潜在靶点基因和168种疾病,GO富集分析获得140条目,KEGG获得58条信号通路。结论防己具有多成分、多靶点及多途径协同作用的特点,通过网络药理学技术分析防己活性成分与潜在靶点的作用机制,可为进一步研究防己药理作用、挖掘新功能及拓宽其应用提供研究思路。  相似文献   

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