基于网络药理学探讨葛根治疗缺血性脑卒中的效应机制

目的运用网络药理学方法探究葛根治疗缺血性脑卒中(Cerebral ischemic stroke,CIS)的潜在效应机制。方法利用网络药理学分析平台(BATMAN-TCM)数据库收集葛根化学成分及其靶标基因。通过Gene Cards、Drug Bank、HPO、OMIM、TTD等数据库获取CIS疾病靶标基因。将成分靶标与疾病靶标上传至String数据库,构建中药成分靶标-疾病靶标蛋白互作网络,并计算网络特征值,筛选出关键靶标。借助DAVID分析平台对关键靶标进行基因本体(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共获取葛根成分18种,成分作用靶标467个,疾病靶标200个。葛根治疗CIS关键靶标180个,包括胰岛素、白细胞介素6、肿瘤坏死因子、Fos原癌基因、一氧化氮合酶3等基因,主要富集在神经活性配体-受体相互作用、胆碱能突触、谷氨酸能突触、钙信号通路、cAMP信号通路、RAP1信号通路、MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路、cGMP-PKG信号通路等多条信号通路。结论葛根治疗CIS的效应机制多与基因调控、抗炎、抗氧化应激和抗细胞凋亡相关。     

桂枝-柴胡治疗慢性心衰伴抑郁的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法挖掘桂枝-柴胡治疗慢性心力衰竭(CHF)伴抑郁(MDD)的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库和相关文献检索桂枝-柴胡主要活性成分及其作用靶点,经BAT-MAN-TCM平台对预测靶点予以补充,构建药物靶点库;通过GeneCards、DisGeNET数据库分别获取CHF与抑郁相关靶标,二者取交集,建立疾病靶标库;利用R语言将药物靶点库与疾病靶标库取交集,构建Venn图;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件及其内在插件构建化合物-靶标网络及PPI核心网络;最后利用DAVID数据库对核心网络靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析.结果:筛选出桂枝-柴胡有27个活性成分,288个靶基因;筛选出CHF伴MDD相关靶基因882个,药物与疾病Venn图提取关键靶点83个,PPI核心网络构建筛选出12个关键基因;GO分析(P＜0.05且靶点基因富集度＞10％)得到19条生物过程,13条细胞组分表达过程,8个分子功能相关过程;KEGG分析(P＜0.05)显示72条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等.结论:桂枝-柴胡活性成分通过多成分、多靶点、多通路发挥CHF伴MDD的治疗作用.     

基于网络药理学预测天冬活性成分抗肿瘤分子作用机制的研究

目的:利用网络药理学的方法,探讨天冬活性成分抗肿瘤潜在的作用机制。方法:首先通过查阅相关文献(CNKI、PubMed)及结合TCMID、TCMSP、PubChem等数据库,以药效活性及ADME参数为指标,筛选天冬的活性成分,其次通过BATMAN-TCM数据库、中药靶标数据库、HIT和TTD数据库,筛选天冬活性成分抗肿瘤的潜在作用靶点,建立靶点数据集;利用OMIM数据库筛选抗肿瘤相关的靶标;利用PPI数据库构建天冬和抗肿瘤作用的交互靶标;并用Cytoscape软件构建"药物成分-靶点-疾病"复杂网络关系图和利用ClueGO插件进行GO(基因功能)分析,通过STRING数据库、生物学信息注释数据库(DAVID)和KEGG Pathway数据库等进行蛋白相互作关系分析、靶点基因功能富集分析和信号通路分析。结果:筛选得到天冬10个活性成分,通过Degree、Betweenness Centrality、Closeness Centrality等网络拓扑特征评价筛选出12个靶标在抗肿瘤过程中起重要的作用,并利用KEGG数据库对12个靶标进行相关通路富集分析,筛选出31条通路参与抗肿瘤作用。网络分析结果表明天冬抗肿瘤的作用机制可能与调节趋化因子、Hepatitis B、癌症、肿瘤坏死因子、MAPK、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/AKT(蛋白激酶B)等信号通路中的转录失调等过程有关,同时也与参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、炎症反应、蛋白磷酸化、胞浆钙离子浓度的正调控、对氧化应激反应、信号转导、细胞凋亡过程的负调控等多种生物学过程有关,从而达到诱导肿瘤细胞分化,抑制肿瘤细胞增殖或导致肿瘤细胞死亡等作用,发挥多成分、多靶点、多途径抗肿瘤的生物学效应。结论:网络药理学为寻找天冬活性成分和作用机制奠定了基础,也为天冬的开发利用及深入研究提供了新思路和理论依据。     

基于网络药理学的麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘作用机制

目的利用网络药理学技术,探索麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的作用机制。方法基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)获取麻黄、甘草的化学成分及其作用靶点,UniProt数据库提取作用靶点的基因名称,通过OMIM数据库获取哮喘相关靶点,将疾病靶点与药物靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,利用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,通过Cytoscape软件构建"中药活性化合物-关键靶标-主要通路"多维网络关系图。结果筛选出115个活性成分,12个作用于小儿哮喘的蛋白靶点;GO富集(P0.01)提示有24个生物过程条目、3个分子功能条目、3个细胞组分条目,KEGG富集29条通路(P0.01),关键靶点包括TNFRSF1A、TNF、IKBKG、TP53、NFKBIA、IKBKB等,关键通路包括细胞凋亡、NF-κB信号通路、TNF信号通路、小细胞肺癌、脂肪细胞因子信号通路、RIG-I样受体信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等。结论该研究通过网络药理学初步揭示了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的多维调控网络,从多角度探索了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的潜在分子机制及药理作用,为其的临床应用提供了理论依据。     

基于数据挖掘和整合药理学对中药桃仁治疗冠心病的分子机制探讨

目前,中医药研究普遍存在整体与局部、宏观与微观、体内过程与活性评价脱节,建立能反映中医药整体特色的研究新策略和新方法,成为中医药现代化的当务之急。基于整合药理学视角,探索桃仁治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(Coronary atherosclerotic heart disease,CHD)的作用机制。测得3个桃仁所含活性化合物成分,通过网络药理学分析模块,以"节点连接度"的2倍中位数为卡值,选取中药靶标-疾病基因互作网络的核心节点;在此基础上,计算"节点连接度""节点紧密度"和"节点介度"等3个拓扑结构特征值,从而筛选出桃仁治疗CHD的核心靶标,膜联蛋白A2;基于基因本体数据库GO和KEGG通路数据库,确定药物靶标基因所编码蛋白质的分子功能、细胞内定位及其所参与的生物学反应和通路。结合富集计算,预测桃仁治疗CHD可能通过内分泌系统、免疫系统、循环系统、信号转导、催乳素信号通路、能量代谢、催乳素信号通路等发挥作用。结论与现有研究结果有一定呼应,探索出的新靶点、新通路,也可为桃仁治疗CHD进一步验证性研究提供理论依据。     

整合药理学视角下的骨碎补治疗骨质疏松症作用机制研究

骨碎补在补充替代治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的临床实践中具有重要意义。该研究基于整合药理学视角,探索骨碎补治疗OP的作用机制。测得6个骨碎补所含活性化合物成分,主要包括苷类和甾醇类;通过网络药理学分析模块,以"节点连接度"的2倍中位数为卡值,选取中药靶标-疾病基因互作网络的核心节点;在此基础上,计算"节点连接度""节点紧密度"和"节点介度"等3个拓扑结构特征值,从而筛选出骨碎补治疗OP的4个核心靶标,包括甲状旁腺素1受体(PTH1R)、甲状旁腺素2受体(PTH2R)、降钙素受体基因(CALCR)和SPTBN1基因(SPTBN1);基于基因本体数据库GO和KEGG通路数据库,确定药物靶标基因所编码蛋白质的分子功能、细胞内定位及其所参与的生物学反应和通路。结合富集计算,预测骨碎补治疗OP可能通过循环系统、神经系统、能量代谢、催乳素信号通路、GnRH信号通路、神经营养因子信号通路等生物合成过程及作用通路发挥作用。该研究结论与现有研究结果有一定呼应,探索出的新靶点、新通路也可为骨碎补治疗OP进一步验证性研究提供理论依据。     

骨碎补治疗骨质疏松性骨折的网络药理学研究

目的运用网络药理学探索骨碎补治疗骨质疏松性骨折的作用机制。方法首先采用TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、中药靶标及疾病靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病靶标的蛋白互作网络和条形图,筛选核心靶标。最后将中药-疾病靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,得出中药-疾病靶标相关的信号通路。结果筛选得到骨碎补治疗骨质疏松性骨折的14个有效成分和51个中药-疾病靶标,中药-疾病靶标涉及的GO功能主要包括类固醇激素受体活性、核受体活性、转录因子活性、类固醇结合、参与凋亡过程的半胱氨酸型内肽酶活性、泛素样蛋白连接酶结合、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括前列腺癌信号通路、动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡信号通路、丙肝信号通路、乙肝信号通路等。结论基于网络药理学探讨了骨碎补治疗骨质疏松性骨折的作用机制,为中药现代化研究提供了思路。     

六味调更汤治疗更年期Ⅱ型糖尿病的网络药理学机制研究

目的采用网络药理学的方法对六味调更汤治疗更年期Ⅱ型糖尿病的分子作用机制进行研究。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),收集六味调更汤的活性成分,搜寻潜在靶点,借助STRING平台构建蛋白互作网络(PPI),使用Cytoscape 3.6.0软件筛选出关键靶点。用DAVID平台对关键靶基因进行GO生物过程富集,分析靶点的KEGG信号通路及相关的疾病富集。利用NCBI平台查找疾病靶标,最后使用Cytoscape 3.6.0软件对成分靶标和疾病靶标进行网络拓扑学分析。结果研究得到齐敦果酸、beta-谷甾醇、檞皮素等206个主要活性成分,其中活性成分度值较高的为β-谷甾醇、山奈酚及槲皮素等39个关键靶标,其与733个更年期Ⅱ型糖尿病靶标交集后得23个交集靶标。通过基因功能富集平台DAVID分析信号通路,得到雌激素信号转导通路(Estrogen signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等关键通路。结论六味调更汤中的活性成分主要通过CASP8、ESR1、Akt1等靶标作用于PI3K-Akt信号通路和雌激素信号转导通路达到对更年期Ⅱ型糖尿病的治疗作用。     

基于网络药理学探讨附子-细辛对高血压病的作用机制

目的:基于网络药理学研究附子-细辛对高血压病的作用机制.方法:运用TCMSP数据库挖掘出附子-细辛的有效成分及药物预测靶点,采用5个生物信息数据库检索出高血压病的疾病预测靶标,构建药物靶点-疾病靶标交集,使用Cytoscape生物信息分析软件绘制"成分-靶点-疾病"中药调控网络,基于STRING数据库构建"药物-疾病"相关靶点的蛋白互作网络(PPI),并对其进行GO和KEGG的生物信息学分析.结果:通过生物利用度和类药性筛选得到附子-细辛的有效成分29个,对应药物靶点1807个,高血压病的疾病靶标8505个,构建的药物靶点-疾病靶标交集80个.与高血压病密切相关的GO富集条目91个,KEGG信号通路123条,主要涉及流体剪切应力与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、白细胞介素(IL)-17信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、PI3K-Akt信号通路等.结论:附子-细辛药对与高血压病密切相关,能够通过一条或多条通路协同发挥药效作用,考虑其可能是通过干预血液的流体剪切应力影响动脉粥样硬化与心血管重塑再生而实现的.     

丹参治疗微循环障碍作用机制的“成分-靶点-通路”多层次互作网络模型研究

目的基于网络药理学分析丹参治疗微循环障碍的分子生物学机制。方法借助TCMSP、PubChem Search、Genecards数据库和Swiss target prediction在线工具得到丹参的活性成分治疗微循环障碍的作用靶标,利用Cytoscape 3.3.0软件构建丹参活性成分-微循环障碍作用靶标网络,通过STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)生物学过程和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从丹参中共筛选出治疗微循环障碍的65个相关活性成分,并发现微循环障碍相关的9个关键靶点。GO和KEGG通路富集分析发现,丹参治疗微循环障碍可能与氧化还原、钙离子稳态等生物过程有关,能够调节血管内皮生长因子信号通路、神经突触信号传导、催产素信号通路、醛固酮-调节钠重吸收等信号通路。结论丹参治疗微循环障碍体现了多成分、多靶点、多途径的作用特点,为进一步开展丹参治疗微循环障碍作用机制研究提供了新的思路和方法。     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学及分子对接探讨杜仲叶防治骨质疏松的作用机制

目的：采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果：筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT...     

基于整合药理学策略分析小儿扶脾颗粒对功能性消化不良的精准应用

通过整合药理学研究策略,预测小儿扶脾颗粒治疗功能性消化不良(FD)的作用靶标和信号通路,探讨其可能的作用机制。通过DISEASES和Uni Prot数据库收集疾病靶标信息,利用整合药理学平台预测中药化学成分、靶标、蛋白基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路,构建小儿扶脾颗粒治疗FD的候选靶标关键网络和"中药-化学成分-核心靶标-关键通路"网络。预测潜在作用靶标2 882个,候选靶标通路信息96条,预测得到β-1,4-半乳糖基转移酶(β-1,4-Gal T)亚型(B4GALT4,B4GALT2,B4GALT1),磷酸化蛋白激酶C亚性D型(PRKCD),腺苷酸环化酶2(ADCY2)等关键靶标。富集得到神经系统、内分泌系统、甲状腺激素信号通路、长时程抑制作用等与FD相关的通路,预测小儿扶脾颗粒治疗FD是通过调节胃肠激素、抗抑郁、调节神经和内分泌系统来发挥疗效的,为该药物的临床精准应用及定位提供了依据,同时有助于阐明该药物的作用机制。     

基于网络药理学研究升陷汤治疗心力衰竭的作用机制

目的基于网络药理学研究升陷汤治疗心力衰竭的作用机制。方法以化合物的口服药物生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)TCM Database、OMIM和Genecards数据库、反向分子对接服务器(DRAR-CPI)筛选并预测升陷汤的活性成分及治疗心力衰竭的作用靶标。借助STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,运用Cytoscape软件绘制疾病靶点PPI网络,进一步进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,初步构建升陷汤活性成分-心力衰竭作用靶点网络。结果从升陷汤中共筛选出76个活性成分,197个与心力衰竭相关的作用靶点,包括蛋白激酶(AKT1)、白介素(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等。经GO和KEGG通路富集分析显示,升陷汤参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、辅酶因子结合、细胞因子结合、酰胺结合、细胞因子活性、类固醇激素受体活性、氧化还原还原酶活性、G蛋白偶联胺受体活性以及炎症反应等多种生物途径,并且抑制肾素血管紧张素系统激活,具有抗氧化能力;参与调控PI3K-Akt(磷脂酰肌醇3羟激酶-蛋白激酶)信号通路、IL-17信号通路、低氧诱导因子(HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。结论升陷汤活性成分能通过多个靶点、多条通路发挥治疗心力衰竭的作用,可能是通过参与调节AKT1、VEGFA基因,干预PI3K-Akt信号通路来实现的。     

基于网络药理学的苓桂术甘汤治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制研究

目的利用网络药理学技术研究苓桂术甘汤治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、Swiss、SuperPred和Stitch数据库寻找与苓桂术甘汤中4味中药相关的化学成分及其作用靶点,并以口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为阈值对化合物进行筛选,再通过文献查找加以补充;通过OMIM、TTD、GAD、Pharm Gkb数据库获取与AD疾病相关的靶标,并进一步筛选得到苓桂术甘汤治疗AD的潜在作用靶点;采用DAVID6.8数据库对相关潜在作用靶点进行GO分析及KEGG代谢通路富集分析;利用Cytoscape软件构建"单味药-活性成分-作用靶点"相互作用网络并进行度值和中介度分析,确认可能的关键靶点和关键通路。结果在苓桂术甘汤中,共筛选出126个与AD相关的潜在活性成分和120个潜在作用靶点;GO生物功能分析共包含565条富集结果,其中生物过程396条,分子功能121条,细胞组成48条,主要涉及蛋白结合、细胞、氧化还原过程等;KEGG富集得到67条代谢通路,主要包括神经活性配体-受体相互作用通路、癌症通路、5-羟色胺能突触通路和钙信号通路等。结论网络药理学研究结果揭示了苓桂术甘汤治疗AD的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了其可能的活性成分、作用通路和关键靶点,为其药效物质基础和作用机制研究提供了理论基础。     

基于网络药理学研究人参、川芎药对有效成分抗动脉粥样硬化的作用机制

目的探讨人参、川芎药对有效成分抗动脉粥样硬化的作用机制。方法通过PubMed、CNKI、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP数据库检索人参总皂苷、川芎嗪化学成分,构建化学成分数据库。通过BATMAN-TCM平台预测成分靶标,并预测疾病靶标,利用Cytoscape 3. 6. 1软件进行核心靶标筛选、GO基因及KEGG通路富集分析,构建药物成分-作用靶标-代谢通路网络图,探讨其抗动脉粥样硬化的作用机制。结果本研究收集化学成分17个,筛选成分-靶标PPI网络有464个节点,214832条连接。药物-疾病核心靶标17个,GO基因富集分析提示涉及生物过程、分子功能2个方面,KEGG通路富集分析潜在调控通路有PPAR通路、脂肪细胞因子信号通路及胆汁酸分泌,且发掘靶标、通路中多个与肥胖相交叉,其中PPARγ/PGC-1α/UCP1信号通路能够通过促进白色脂肪棕色化发挥抗动脉粥样硬化作用。结论人参、川芎有效成分可能通过PPARγ/PGC-1α/UCP1信号通路促进白色脂肪棕色化,改善动脉粥样硬化。     

丹参酮ⅡA治疗增生性瘢痕的网络药理学研究

目的利用网络药理学技术对丹参酮ⅡA(TanⅡA)治疗增生性瘢痕(HS)进行生物分子网络分析,预测其作用靶点及机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Genecards数据库收集整合TanⅡA相关靶点数据,经Genecards数据库和DisCeNET数据库收集筛选HS靶点数据;采用Cytoscaβe 3.6.1软件构建TanⅡA治疗HS的"成分-靶点"网络、"疾病-靶点"网络以及"成分-靶点-疾病"网络;利用STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,根据度值和介数筛选出关键靶蛋白;利用BINGO和MCODE插件对潜在靶点进行Gene Ontology(GO)生物过程富集和聚类分析;利用R软件3.5.3版中的clusterProfiler 3.8程序包对靶点进行KEGG信号通路富集分析。结果共筛选出56个潜在作用靶点,发现其中IL-6、VEGFA、TNF、TGF-β1、AKT1、TP53、EGFR等19个关键靶点;GO生物进程分析共包含1 085条富集结果,聚类分析后得到蛋白激酶级联反应、毛囊发育、内环境稳态等40个子簇;KEGG信号通路富集主要涉及TNF、PI3K-Akt、MAPK等137条信号通路。结论 TanⅡA可能通过多靶点、多途径对HS发挥治疗作用,可为丹参治疗HS提供候选靶标和候选药物。     

基于网络药理学探讨桔梗-苦杏仁与肺癌相关分子机制

目的:基于网络药理学方法筛选桔梗-苦杏仁药对中的活性成分,预测治疗癌症的作用靶点及信号通路,构建多成分-多靶点-多通路的相互作用网络,进一步探究其治疗肺癌的可能作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集桔梗-苦杏仁的活性成分及其对应的靶标。利用UniProt数据库和Genecards数据库获得桔梗-苦杏仁治疗肺癌的潜在靶标基因。用Cytoscape 3.6.0软件构建"成分-靶标"网络。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与桔梗-苦杏仁的活性成分进行分子对接。利用功能注释生物信息学分析平台(DAVID)数据库,对桔梗-苦杏仁的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体(GO)分类富集分析。结果:共筛选得到桔梗-苦杏仁的14个活性成分,包括acacetin,cis-dihydroquercetin,spinasterol,licochalcone B,luteolin等,和103个作用靶标,包括诱导型一氧化氮合酶蛋白(NOS2),环加氧酶1蛋白(PTGS1),雄激素受体(AR),环加氧酶2蛋白(PTGS2),二肽基肽酶4(DPP4)等,主要涉及prostate cancer,small cell lung cancer,hepatitis B,T cell receptor signaling pathway等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了桔梗-苦杏仁治疗肺癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的分子机制

目的:从网络药理学角度探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制,为其临床治疗、新药开发提供参考。方法:在TCMSP数据库中筛选出化湿败毒方的药物有效活性成分,并提取其作用靶点,在GeneCards数据库检索COVID-19相关疾病靶点,将药物及疾病的共同靶点导入STRING数据库获取靶标蛋白互作网络关系,通过Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络、"中药-潜在活性成分-潜在靶标-疾病"网络,并利用Cytoscape3.7.2软件、R软件及相应程序包进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。同时进行分子对接验证。结果:检索得到269个药物活性成分和2 629个药物靶标,其中药物疾病共同靶标49个,GO功能富集分析涉及对脂多糖的反应、氧化应激反应及γ-干扰素介导的信号通路调控等条目,KEGG通路富集分析涉及AGE-RAGE通路、TNF信号通路、NF-κB通路、RIG-I样受体信号通路等。分子对接结果表明槲皮素、木犀草素和山柰酚与COVID-19相关蛋白及作用靶点具有较强的结合活性,可能起到类似于抗病毒药物的治疗效果。结论:化湿败毒方含槲皮素、木犀草素和山柰酚等多种活性成分,可能通过作用于多个靶点、多种通路,从抗炎、抗病毒、抗氧化、调节免疫等方面治疗COVID-19。     

基于网络药理学探讨补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎的作用机理

目的通过网络药理学方法探讨补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎的作用机理。方法运用中药系统药理学成分分析平台(BAT-MAN)数据库获取补肾强督治偻方的作用靶标基因,于CTD数据库中获取强直性脊柱炎疾病相对应的靶标基因,将两者取交集后获取疾病-药物蛋白靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后在CTD数据库中获取关键基因于强直性脊柱炎的疾病治疗作用。结果补肾强督治偻方靶标基因与强直性脊柱炎疾病靶标基因的交集基因有705个。GO分析结果显示,补肾强督治偻方-强直性脊柱炎交集靶基因的生物功能主要包括基因表达的阳性调控、炎症反应、细胞增殖阳性调控等;信号通路富集结果显示,补肾强督治偻方-强直性脊柱炎交集靶基因的网络主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等。获得关键基因23个,都与痛症、炎症性疾病及关节炎性疾病相关。结论补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎是多靶点、多通路、多选择的复杂机制过程,其机制多与抗炎和镇痛相关。