人类乳头瘤病毒亚型dHPLC基因分型方法的建立

目的:对高危型人类乳头瘤病毒(HPV)亚型进行基因分型,并进行分子流行病学分析。方法:建立9种高危型HPV亚型(即82亚型、52亚型、16亚型、31亚型、59亚型、58亚型、53亚型、51亚型、45亚型)重组质粒PCR扩增产物dHPLC标准分离图谱。按标准方法提取194例子宫颈脱落细胞标本DNA,PCR扩增,产物进行dHPLC分析,记录各标本分离峰的出现时间,并与HPV重组质粒dHPLC参照分离图形进行比较,作出临床标本HPV亚型诊断。结果:在194例临床标本中,各HPV亚型的检出率为:16亚型32.47%、52亚型23.20%、58亚型18.04%、31亚型11.86%、53亚型8.25%、59亚型3.09%、45型(2.06%)、51型(1.03%),未发现82亚型。结论:HPV基因L1区通用引物PCR扩增产物结合dHPLC分析,可进行常见高危型HPV亚型分析。     

西安市麻疹流行病原毒株和疫苗免疫因素研究

目的 确定引起西安市麻疹流行的病原毒株，探讨相关的疫苗免疫因素。方法 采集麻疹病人咽拭子标本分离病毒，用酚-氯仿抽提法提取病毒悬液中的RNA，逆转录-聚合酶链反应（RT—PCR）扩增N基因碳末端的450个核苷酸（bp）片段，对扩增产物进行序列测定和基因分型。用微量中和试验测定麻疹病人急性期和恢复期血清中和麻疹疫苗株和野毒株的中和抗体水平。结果 采集咽拭子标本13份，分离出麻疹病毒8株，分离率61．54％；8株麻疹病毒均为H1基因型H1a亚型。结论 H1基因型H1a亚型是引起西安市本次麻疹流行的病原病毒。此次麻疹流行不排除疫苗保护性下降因素和麻疹疫苗免疫工作中存在无效接种而造成的免疫空白。     

探讨不同PCR扩增试剂盒检验血样DNA的结果

目的：探讨不同PCR扩增试剂盒在血样DNA中的检验及对比结果。方法抽取320例血样DNA作为检测对象，并应用不同PCR扩增试剂盒进行检测，在此基础上，结合所得的血样检验结果进行分析比较。结果经研究，在样本相同的情况下，血样检验差异率为1．25％（4/320）。而且经检测，4例出现不同检验分型的样本均存在等位基因缺失。另外，Profiler PlusTM扩增不平衡发生率为0．9375％，IdentifilerTM扩增不平衡发生率为0．3125％， Powerplex 16HS扩增不平衡发生率为0．3125％。结论在血样DNA的检验过程中，通过应用不同 PCR扩增试剂盒进行检测，能够准确获取到不同位置的异常基因，减少基因缺失、扩增不平衡所带来的误差影响，具有较高的推广价值。     

HPV分型基因检测在女性生殖道感染中的应用

目的探讨女性生殖道人乳头瘤病毒（HPV）各种基因分型感染情况。方法采用HPV分型基因芯片检测系统．同时检测5种低危型和18种高危型HPV亚型。结果808例标本中共检出HPV阳性212例（26．2％），共检出15种HPV亚型，其中单纯低危型HPV亚型感染50例（6．2％），单纯高危型HPV亚型感染138例（17．1％），高危、低危亚型共同感染24例（3．0％）；检出感染单一HPV亚型160例（19．8％），感染两种亚型以上52例（6．4％）。低危型主要为HPV6、11，其次为HPV43；高危型主要为HPV16、18、58、33、59等亚型。结论HPV分型基因检测对于同源性很差的多种型别和HPV多型别混合感染的检测有其独特的优势，对于生殖道感染以及子宫颈癌的早期发现、预防及治疗具有重要意义。     

随机引物PCR方法在霍乱弧菌基因型分析中的应用

随着分子生物学的迅速发展，霍乱弧菌的检测和基因分型出现了更加快速、有效的手段。随机引物PCR又称随机扩增多态性DNA（RAPD）是在PCR的基础上发展起来的一种实验技术。不需先了解目的基因的核酸序列等优点，可用于细菌的分子分型。我们采用RAPD方法，对2005年收集的福州市霍乱弧菌菌株分子特征进行检测，现将结果报告如下。     

重庆地区婴幼儿轮状病毒腹泻VP7型别分析

目的：研究重庆地区1998－2000年度秋冬季婴幼儿轮状病毒腹泻分子流行病学,方法：采用逆转录－聚合酶链反应（RT－PCR）扩增婴幼儿腹泻便样中的编码轮状病毒VP7蛋白的全基因片段（1062bp),再用巢式－聚合酶链反应（net-PCR)对扩增得到的VP7基因进行分型,同时利用核苷酸序列分析方法进行分型。结果：在1998－1999年度130例婴幼儿腹泻便样中VP7基因阳性者50例（38．46％）,其中G1型占88％（44／50）,G3型占8％（4／50）,混合型占4％（2／50）,均为G1＋G3型,而1999－2000年度轮状病毒流行季节采集的112 标本中VP7基因扩增阳性者38例（33．93％）,其中G3型占78．95％（30／38）,G1型占13．16％（5／38）,混合型占7．89％（3／38）,均为G1＋G3型,苷酸序列分型结果与PCR分型结果一致。结论：重庆地区 1998－1999年度轮状病毒流行季节中流行的轮状病毒以G1型为主,而1999－2000年度轮状病毒流行季节中G3型为主,在连续两年的监测中出现轮状病毒血清型的转变。     

泸州市新报告HIV-1感染者基因亚型及分子传播特征研究

目的 分析四川省泸州市2021年新发现人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus, HIV）感染者传播情况,了解HIV-1传播网络的危险因素和特点,为本地区艾滋病疫情防控提供数据。方法 收集2021年363份泸州市新报告的HIV-1感染者血样及人口学信息。通过巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因序列,根据pol区基因序列进行病毒亚型和传播性耐药分析,基于最适基因距离（d=1.5%）构建分子网络,分析分子传播网络特征及其影响因素。结果 共获得有效序列346份,包括CRF07＿BC亚型113例（32.66%）,CRF01＿AE亚型107例（30.92%）,CRF08＿BC亚型99例（28.61%）,CRF105＿0108亚型18例（5.20%）,其他亚型9例（2.60%）。HIV-1传播性耐药率为15.03%(52/346),4份样本检出双重耐药。以1.5%作为基因阈值构建分子传播网络,共形成34个分子簇,簇内病例数分别在2～25例,入网病例148例,入网率为42.77%。不同年龄、文化程度、感染途径、基因亚型和户籍入网差异有统计学意义（P<0.05...     

食源性金黄色葡萄球菌致病分离株RAPD分子分型研究

肠毒素（血清学）分型方法可将金黄色葡萄球菌分为A、B、C、D、E、G、H、I、J、K10种型，其中C型抗原根据等电点不同又分为3个亚型（C1、C2、C3），正确的肠毒素分型可为流行病学调查和临床用药提供依据。但此法只能大概区分不同地区和来源的菌株，并且由于抗原位点受环境等因素的影响易发生突变，当出现新的肠毒素型时就可能给食源性疾病流行病学调查和溯源带来困难，因此有必要采用分子分型方法对金黄色葡萄球菌进行分子分型。目前应用的细菌分子分型方法主要有泳冲场凝胶电泳分型（PFGE）、核糖体基因分型（Ri—botyping）、随机扩增多态性分析（RAPD）、扩增片段长度多态性分析（RFLP）等心，其中，RAPD方法因其简便、快速、无须预先了解被测基因组的相关分子生物学背景等优点而广泛应用于微生物的分子分型与鉴定，因此，本研究拟采用RAPD方法对近年从食源性疾病中分离出的金黄色葡萄球菌进行分子分型，了解广州地区食源性金黄色葡萄球菌致病分离株的基因多态性，为食源性疾病等突发性公共卫生事件提供实验依据；也为进一步对金黄色葡萄球菌等食源性致病菌进行脉冲场凝胶电泳分型、核糖体基因分型、扩增片段长度多态性分析奠定了基础。     

杭州市库蚊复组抗性相关酯酶Estβ基因类型和频率及动态分布

目的 了解杭州市尖音库蚊复组有机磷抗性相关酯酶基因类型、频率和动态分布,为蚊虫防制提供对策。方法 采用聚合酶链反应-限制性内切酶长度多态性（PCR-RFLP）方法进行抗性相关酯酶的基因分型,对2003-2005年杭州市自然种群库蚊酯酶基因的频率进行动态监测。同时结合酯酶淀粉凝胶电泳技术检测抗性酯酶基因表型监测。结果 连续3年用PCR-RFLP法对酯酶等位基因的分子分型结果表明,杭州市存在4种酯酶基因类型,主要存在世界范围内广泛分布的酯酶Estβ1（50％～54％）纯合型,其次是Estβ2（29％～34％）纯合型,Estβ1／B2（5％～10％）杂合型和一种新的EstβN（3．13％）纯合型等位基因型。用淀粉凝胶电泳分析2005年杭州市库蚊种群的抗性酯酶基因表型,主要是Estβ1型（61％）,其次是Estα2／β2型（12％）,Estαβ／β8型（7％）,敏感表型（29％）。结论 杭州市自然种群尖音库蚊复组存在多种抗性酯酶基因型,2003-2005年来Estβ1型为主,其次是Estα2／β2型,在2005年发现EstβN,是一个新的酯酶基因型,但是比例较低,仅占3．13％。该新的酯酶基因可否引起新的杀虫药剂的抗性,尚有待进一步的跟踪研究。扩增酯酶基因分子分型与抗性酯酶表型,也都表明了一致性。     

广东地区丙型肝炎患者几种常见HCV基因型的快速检测

目的快速准确检测广东地区广泛分布的主要HCV基因型，为HCV的临床诊断和治疗提供依据。方法收集53例HCV—RNA阳性血清标本，选取丙型肝炎病毒（HCV）基因组保守序列为扩增靶序列，设计通用引物和特异型别探针（1，2，3，6型），通过逆转录将RNA逆转录为cDNA后，利用通用引物对cDNA进行PCR扩增，将扩增产物利用反向点杂交（RDB）技术进行基因分型。结果HCVRNA阳性血清53例，共检出标本52例，4种基因型所占的比例为1b型32例占60．38％，2a型4例占7．55％，3b型8例占15．09％，6a型8例占15．09％。结论所测患者的HCV基因型分布以1b为主，6a和3b次之，2a相对较低；反向点杂交技术能对其进行快速分型，符合率高达98．11％。     

丽水地区健康体检女性人乳头状瘤病毒感染情况分析

目的 了解浙江省丽水地区健康体检女性生殖道人乳头状瘤病毒(HPV)感染情况和基因分型的分布特征.方法 采用HPV分型基因芯片检测系统对2013年1月至2015年12月间在浙江省丽水市人民医院体检的7 895例女性生殖道标本进行基因分型检测,分析其总体感染率、重叠感染率、年龄的分布特点.结果 7 895例女性检出 HPV感染者1 787例,感染阳性率为22.63%,其中HPV高危亚型1 513例,检出率为19.16% ,占阳性感染者的84.67%,居前4位的高危亚型分别为HPV52(14.21%) 、HPV58(13.60%) 、HPV53(10.91%)、HPV16(10.30%);HPV低危亚型274例,检出率为 3.47%,占阳性感染者的 15.33%,居前2位的低危亚型分别为CP8304(9.79%)和HPV6(2.01%).所有HPV阳性病例中单一亚型病毒株感染者占84.56%,双重亚型病毒株感染者占13.15%,三重及三重以上亚型病毒株感染者占2.29%.多重感染时随着合并感染的亚型数增加,所占比例逐渐降低.≥61岁年龄组和51~60岁年龄组的感染率较高,分别达到30.96%和28.38%.结论 浙江省丽水地区健康体检女性人群HPV感染常见亚型为HPV52型、HPV58型、HPV53型,HPV16型,≥61岁年龄组和51~60岁年龄组人群HPV感染率较高,相关部门应加强此类人群HPV的预防控制.     

Surveillance and clinical relevance of vacA genotypes of Helicobacter pylori infecting dyspeptic patients in mid-Essex

The Helicobacter pylori vacuolating cytotoxin is a putative pathogenicity factor encoded by vacA, a mosaic gene with a global distribution. The vacA type prevalence and diversity of H. pylori isolated from antral gastric biopsies of 360 dyspeptic patients in mid-Essex, and of 79 patients from other locations, were investigated in order to test for links with disease severity. Mid (m)-region genotyping and subtyping by vacA HaeIII RFLP (restriction fragment length polymorphism) analysis showed that the m1 and m2 alleles were diverse, with 191 different subtypes. Variation in 44% of strains was accounted for by ten subtypes of which subtype v-1 represented a conserved core (33%) of the m1 form. Prevalence rates for combined mid and signal (s)-region genotypes were 40% for s1/m1, 46% for s1/m2, and 11% for s2/m2. Overall, vacA genotyping provided high typability and discrimination, but no specific RFLP markers could reliably predict a clinically significant presentation due to an H. pylori infection.     

PCR-RFLP analysis of the coagulase gene of Staphylococcus aureus: application to the differentiation of epidemic and sporadic methicillin-resistant strains.

Preventing cross-infection with epidemic strains of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) requires effective control measures. These call for simple, rapid, discriminatory and reproducible methods for typing this pathogen. In this study 140 isolates/strains from 105 hospitals in England and Wales, representing 72 diverse phage types, were analysed by bacteriophage typing and PCR coagulase (coa) gene restriction fragment length polymorphism (RFLP). Isolates gave a coa gene PCR product that was either 660 base pairs (bp), 603 bp or 547 pb in size. The PCR products were digested with Alu I and Cfo I, and the fragments separated by gel electrophoresis. Eight coa gene RFLP patterns, numbered 1 to 8, were observed. Pattern 3 was most common (N = 25 isolates), followed by patterns 2 and 5 (18 isolates each), pattern 1 (14 isolates), pattern 4 (11 isolates), pattern 7 (10 isolates), pattern 8 (eight isolates) and pattern 6 (six isolates). Isolates of the same phage type often gave different coa gene RFLP patterns, and the patterns within the epidemic types EMRSA-03, EMRSA-15 and EMRSA-16 were heterogeneous. Thus, representatives of EMRSA-03 were subtyped to coa RFLP patterns 1 and 2, those of EMRSA-05 to coa RFLP patterns 1, 2, 7 and 8, and those for EMRSA-16 to coa RFLP patterns 2, 3, 4, 5 and 6. The range of patterns within single phage types of S. aureus could help to discriminate between isolates/strains, and in a hierarchical approach coa gene RFLP could occupy an intermediate position between phage typing and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE).     

2006年湖南省流行性感冒病原学监测结果与分析

目的了解湖南省流感监测地区的流感流行状况及流感毒株的型别分布,分析其流行趋势,为流感防制提供科学依据。方法采集流感样病例(ILI)的咽拭子标本,用传代狗肾细胞(MDCK)进行病毒分离,采用血凝抑制实验(HI)进行流感病毒型别鉴定。分离的毒株再送国家流感中心(NIC)进行复核鉴定。结果全省12家哨点医院3499份ILI咽拭子标本,分离到毒株258株,分离阳性率为7.37%,经NIC最后复核鉴定的结果为:A(H1N1)亚型202株,A(H3N2)亚型11株,B型43株,另有2株送NIC后转阴;流感及ILI暴发疫情病例咽拭子标本179份,分离到流感病毒75株,分离阳性率为41.90%,分型鉴定为A(H1N1)亚型12株,B型62株,1株送国家流感中心后转阴。结论2006年湖南省流感监测地区全年均有流感活动,A(H1N1)亚型、A(H3N2)亚型和B型均能被分离到,A(H1N1)亚型为优势株,而暴发疫情则以B型为主。     

HIV基因亚型检测方法研究进展

艾滋病病毒(HIV)具有高度变异性,根据基因序列的同源性,HIV被分为多个亚型,HIV亚型检测对艾滋病的预防与控制具有重要意义。基于核酸分析的亚型检测方法近些年出现了快速发展,出现了异源双链核酸泳动实验、限制性片度长度多态性分析、DNA酶联免疫技术、基因芯片技术(DNA microassay)和多重PCR等多种亚型检测新方法。     

北京市2006年HIV一1流行毒株的gag和env基因序列测定及亚型分析

目的监测2006年北京市北京户籍HIV感染者中HIV-1型流行病毒株的亚型分布特点和变化规律。方法采集北京市2006年新确认北京户籍HIV-1感染者的抗凝全血样品32份,分离血浆,提取病毒RNA,用巢式聚合酶链反应方法扩增病毒gag和env基因,并进行序列测定和亚型分析。结果系统进化分析表明北京户籍HIV-1感染者样品分别属于5个亚型,分别为B亚型9份,泰国B亚型2份、C亚型2份,流行重组型CRF07 BC亚型5份,流行重组型CRF01．AE亚型4份。结论北京市居民中已存在多种HIV-1亚型和流行重组型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

云南省2014―2018年HIV-1流行毒株遗传变异及基因亚型分布

  目的   调查云南省2014―2018年人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）毒株基因亚型和重组型流行分布情况及其原始传播溯源。   方法   收集2014―2018年云南省16个州（市）2 604例在定点医院随访的HIV感染者或艾滋病患者的血样及流行病学信息,扩增HIV-1pol区基因,应用Genotyping和BLAST在线分析工具及软件MEGA 6.06确定毒株亚型,通过计算基因距离和系统进化树分析鉴定HIV-1重组型,阐明云南省HIV-1基因亚型的地区和人群分布特征。   结果   经扩增后共获得1 843条pol区序列,云南省HIV-1毒株主要亚型占比为CRF08_BC 55.8%,CRF07_BC 13.4%,CRF01_AE 14.3%,C亚型3.1%,B（B'）亚型2.6%,独特重组型（unique recombinant forms,URFSs）8.1%,其他2.7%。其中,CRF08_BC为最常见亚型。HIV-1基因型分布在年龄,感染途径,民族上的差异均有统计学意义（均有P < 0.05）。16个州（市）各亚型的分布均有差异（均有P < 0.05）。其中,德宏、保山和怒江主要以CRF01_AE为主,丽江和迪庆主要以CRF07_BC为主,其余地州主要以CRF08_BC为主。   结论   云南省16个州（市）HIV-1亚型以CRF08_BC流行为主,各种常见亚型均存在,仍有新型流行重组型（circulating recombinant forms,CRFs）出现,与2012―2014年的资料相比较,在地区、民族、年龄和感染途径方面有变化,应密切监测。     

2016 - 2017年银川市手足口病CVA16亚型序列特征及分子流行病学分析

目的 分析银川市2016 - 2017年手足口病（HFMD）CVA16亚型的序列特征及分子流行病学特征,为银川市HFMD的防治提供科学依据。方法 使用qPCR技术,检测2016 - 2017年银川市哨点医院送检的880份疑似标本,进行肠道病毒通用型和CVA16型核酸检测。随机选取每年5份CVA16标本,分离病毒,扩增VP1区基因片段病测序,对CVA16型的同源性进行分析,并构建系统进化树进行基因进化分析。结果 880份疑似标本中,阳性率为79.5%（700/880）,其中CVA16阳性率为21.0%（147/880）,2016年CVA16阳性率为40.3%（124/308）;2017年CVA16阳性率为5.9%（23/392）。2016 - 2017年CVA16亚型发病高峰集中在2016年7月 - 12月,占全年CVA16阳性总数的86.3%（107例/124例）,CVA16在2016年为优势亚型,而在2017为劣势亚型（P＜0.01）。进化分析显示,10株CVA16与原型株（CVA16 - G10 - 1951）核苷酸序列同源性为75.9%～80.1%,10株间同源性为95.2%～99.7%,均集中于B2亚型进化分支,与中国大陆近年来CVA16流行的基因型一致。与同时期国内广东、福建、南京、云南等地的毒株序列亲缘关系较近,处于同1分支。结论 银川市HFMD CVA16亚型流行年龄集中于＜5岁儿童,流行时间分布特征明显。2016 - 2017年银川市CVA16毒株未出现独立进化,而是与国内其他省份处于1个共循环状态。     

Molecular typing of Cryptosporidium parvum associated with a diarrhoea outbreak identifies two sources of exposure

An outbreak of cryptosporidiosis associated with exposure to outdoor swimming-pool water affected an estimated 800-1000 individuals. PCR products were obtained from faecal specimens from 30 individuals who tested positive for Cryptosporidium oocysts. RFLP and sequencing analyses showed that all individuals were infected with Cryptosporidium parvum. Among the infected individuals, five had just swum in an adjacent indoor pool during the same period, and had no identified contact with individuals linked to the outdoor pool. With the use of subgenotyping based on analysis of three mini- and microsatellite loci, MS1, TP14, and GP15, we could identify two sources of exposure. One subtype was associated with the outdoor pool and another with the indoor pool. These data demonstrate that the use of mini- and microsatellite loci as markers for molecular fingerprinting of C. parvum isolates are valuable in the epidemiological investigation of outbreaks.     

上海市奉贤区妇女子宫颈HPV感染的检测

目的:对上海市奉贤区妇女进行子宫颈人乳头瘤病毒(HPV)亚型感染的筛查,以探讨其分布规律。方法:采用HybriM ax技术,对2009年1~12月上海市奉贤地区20~67岁有性生活的妇女进行子宫颈HPV基因分型检测。结果:从5 729例中筛选出HPV亚型阳性患者952例(HPV亚型阳性率16.62%),其中HPV亚型单一感染689例,多重感染263例(包括双重感染182例,三重感染54例,四重感染18例,五重感染2例,六重感染4例,七重感染2例,八重感染1例)。居前6位的是:HPV 16亚型(27.00%)、52亚型(23.32%)、58亚型(10.19%)、53亚型(9.77%),6亚型(7.46%)、18亚型(6.93%)。未检测到44亚型。结论:HPV亚型检测用于子宫颈病变的筛查,不仅可确定具体HPV型别,还可判断多重感染,以高危型HPV 16型感染最多,HPV感染亚型分布有一定的区域性,有利于预测病变的转归。