新型H1N1流感病毒HA基因特性分析

目的:了解新甲型H1N1流感病毒HA基因特性。方法:设计3对引物,对9株天津地区新甲型H1N1流感病毒阳性的咽拭子标本核酸进行RT-PCR扩增,后对产物测序,将测序结果通过软件进行拼接,得到HA基因全长,分析序列特征并绘制种系发生树。结果:9株新甲型H1N1流感病毒HA基因片段测序成功,经序列拼接后,长度为1778 bp,截取开放读码框内1702 bp核苷酸,绘制了种系发生树。新甲型H1N1流感病毒HA基因与经典的猪流感病毒亲缘关系最近,聚在一个分支上。天津地区新甲型H1N1流感病毒HA蛋白氨基酸与WHO推荐的疫苗株A/California/07/2009(H1N1)及中国的代表株A/Sichuan/1/2009(H1N1)相比,同源性很高,为98.8%～99.6%。氨基酸序列与WHO推荐的疫苗株A/California/07/2009(H1N1)相比,有4个位点发生变异,与中国的代表株A/Sichuan/1/2009(H1N1)相比,有3个位点不同。结论:新甲型H1N1流感病毒HA基因源于经典猪流感病毒,目前的新甲型H1N1流感病毒的HA蛋白变异还很小,但应密切关注该病毒的变异情况。     

四川省甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析

目的 了解四川省甲型H1N1流感病毒的抗原性和血凝素(HA)基因的变异情况.方法 对四川省2009-2011年分离的流感病毒采用单项血凝抑制试验鉴定毒株型别,在此基础上选取分离自中国内地首发甲型H1N1流感病例、首起甲型H1N1流感疫情、甲型H1N1流感死亡病例以及哨点医院流感样病例标本的甲型H1N1流感病毒株共计11株,进行HA基因核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特征分析.结果 与中国代表株A/四川/SWL1/2009(H1N1)相比,2009-2011年四川省甲型H1N1流感毒株单项血凝抑制效价均无4倍以上差异,与疫苗株A/California/7/2009(H1N1)相比,HA氨基酸具有高度同源性(96.6％ ～99.4％).结论 四川省甲型H1N1流感病毒的HA基因特性和抗原性没有发生明显变异.     

甲型流感病毒A/Lishui/01/2009(H1N1)株HA基因序列分析

目的:测定流感病毒HA基因序列,从分子水平分析丽水市输入性甲型H1N1流感病毒株HA基因特点。方法:Real-time PCR检测甲型H1N1流感病毒核酸,RT-PCR测定HA基因核苷酸序列。结果:测序获得位于流感病毒HA基因436 bp～1701 bp位置、长度为1266 bp的核苷酸片段。多序列比对显示A/Lishui/01/2009(H1N1)株与北美人感染猪流感A/California/04/2009(H1N1)株序列的相似性最高(nt/aa,99.8/99.3%);与其他甲型H1N1流感病毒株序列相似性均比较高(nt/aa,99.4～99.9%/99.1～99.8%),与季节性甲H1型流感代表株A/Brisbane/59/2007(H1N1)序列相似性最低(nt/aa,76.4/80.0%)。种系分析显示A/Lishui/01/2009(H1N1)株与其他甲型H1N1流感病毒,北美猪流感病毒均位于同一进化分支,亲缘关系最近,与季节性甲H1流感代表株A/Brisbane/59/2007(H1N1)进化关系最远。结论:丽水输入性流感病毒A/Lishui/01/2009(H1N1)株属于甲型H1N1流感病毒,与北美猪流感病毒同源并隶属于传统猪流感病毒。     

甲型H1N1流感(2009)病毒福州株全基因组序列分析

目的:分析福州地区甲型H1N1流感病毒株的全基因序列和遗传特征。方法:采用MDCK细胞培养法和Real-time RT-PCR法对A/Fuzhou/721/2009(H1N1)进行病毒分离、鉴定。测定该株的全基因组序列,并进行基因进化树分析。结果:分离株的8个基因片段核苷酸和推导氨基酸序列与其他地区新甲型H1N1参考株的同源性都在99%以上;与参考株A/California/04/2009相比,HA蛋白有4个氨基酸发生了突变,分别位于83、1972、03和321位点上,HA1蛋白都有6个潜在糖基化位点;对耐药性位点分析发现,对金刚烷胺类药物耐药,但仍然对神经氨酸酶抑制剂类药物敏感。结论:该毒株与2009年大流行株高度同源;相对于以往古典型猪流感代表株出现了HA蛋白抗原性漂移,但HA蛋白保留了古典猪H1的特点。对福州地区甲型H1N1(2009)流感病毒全基因序列和分子遗传特征的详细研究,为监测病原变异、致病性及流行规律提供科学依据。     

泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的 了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析.结果 1 020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移.     

2012年甲型H1N1流感病毒HA基因特征及抗原性分析

目的了解2012年甲型H1N1流感病毒HA基因和抗原性特征。方法对2012年分离的5株甲型H1N1流感病毒的血凝素(HA)进行测序,用软件进行基因种系进化树分析;对2株2012年的甲型H1N1和A/Sichuan/1/2009(H1N1)及2株2010年甲型H1N1流感病毒抗原性比较分析;1株2012年毒株与2009年我国代表毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)一起对2012年采集的169份血清进行HI试验,比较其HI抗体水平。结果 2012年甲型H1N1流感病毒的血凝素(HA)基因的碱基序列发生了1.11%的变异,氨基酸序列发生2.0%残基替换,主要是抗原性位点Sb和Ca1的变异为主。与我国代表株A/Sichuan/1/2009(H1N1)和成都的2011年的2株甲型H1N1HI实验比较,抗原性有差异。结论 2012年甲型H1N1的HA发生了一定程度的变异,主要在抗原性位点Sb和Ca1处发生了氨基酸替换,使得2012年甲型H1N1流感病毒的抗原性与2009年相比已经也发生了改变。     

输入性甲型H1N1流感病毒M、NP、PB1基因进化特征

目的 分析口岸输入性甲型H1N1流感病毒的M、NP和PB1基因进化特征,及时发现变异株.方法 对广东口岸2009-2011年检测的甲型H1N1流感阳性病例进行M、NP和PB1基因的RT-PCR扩增和核苷酸序列测定.以2009年甲型H1N1流感代表株A/California/04/2009/H1 N1的M、NP和PB1基因作为参考序列,分析输入性病例的系统进化树、核苷酸及氨基酸序列同源性和变异位点.结果 M基因系统进化树分为4个分支,2009年病毒与2010年病毒主要分布在第Ⅰ分支,2011年检出的多数病毒聚集于第Ⅳ分支.同源性结果显示M基因高度保守,仅有5个核苷酸位点发生显著变异,对应的蛋白序列仅在氨基酸V80I位点出现突变.所有病毒NP蛋白均出现V100I突变,同时零星出现K452R突变.PB1蛋白氨基酸序列在G154D、I397M和I435T等位点发生较明显突变.结论 2009-2011年输入性甲型H1N1流感病毒M、NP、PB1基因已发生一定程度的变异,对口岸和国内流感防控提供了重要的理论依据.     

甲型H_1N_1流感病毒株的HA和NA基因分析

目的研究2009年湖州市流感的病原甲型H1N1分离株A/Huzhou/09(H1)的HA和NA基因特征。方法采用MDCK细胞对患者咽拭子和漱口液标本进行病毒分离,逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因并进行序列测定,用DNAstar和MegAlign等软件分析处理。结果湖州市甲型H1N1分离株的HA和NA基因为1706个核苷酸和1401个核苷酸,与其他地区分离株核苷酸同源性在99.5%～100.0%和99.7%～100.0%。进化树分析显示,湖州市甲型H1N1分离株(A/Huzhou/09)的HA和NA基因与其他地区分离株变化不大,几乎完全一致。结论甲型H1N1分离株的变异特征及亲缘进化,分析对流感的流行病学研究具有重要意义。     

贵州省2009～2011年度新型H1N1流感病毒HA1基因序列分析

目的 建立并完善贵州省新型甲型H1N1流感病毒基因分析检测技术平台,了解2009～2010年度贵州省新型H1N1流感病毒HA1片段与WHO公布的流行株是否有发生变异.方法 收集10株新型H1N1流感病毒毒株,提取病毒核酸RNA,通过RT-PCR扩增HA1片断,用电泳观察PCR产物目的条带的大小,经过纯化、测序,用Biodeit、MEGA4相关软件进行序列比对,同源性及差异性分析,构建系统发育树.结果 与古典猪流感病毒株相比,贵州省2009年、2010年、2011年流感病毒株同源性分别为72.0％～74.6％、72.0％、67.8％～68.3％.与其他4株亚洲株H1N1流感病毒代表株相比,贵州省2009年、2010年、2011年流感病毒株同源性分别为92.3％～95.8％、91.5％～92.4％、89.8％～90.8％.2009年度组内同源性为93.2％～100％; 2010年组内高度同源,为100％; 2011年组内同源性为98.3％.贵州省流感毒株与中俄代表株A/Habarovak/01/2009 (H1N1)的HA1基因同属一个谱系,在同一个分支上,同时,与墨西哥第一株甲型H1N1流感A/Mexio City/001/2009 (H1N1)亲缘关系也较近,在同一个大分支上.结论 贵州省新型H1N1流感病毒代表株HA1基因与WHO公布的流行株在核苷酸水平有一定持续水平的变异.     

2009甲型H1N1亚型流感病毒血凝素重链(HA1)基因分析

[目的]从基因层面初步探讨近8个月甲型H1N1流感病毒HA1基因变异情况。[方法]收集19株2009年5～12月欧美及亚洲最新上传的甲型H1N1流感流行株血凝素重链(HA1)区域的氨基酸序列,分析其与墨西哥城第一株流感病毒分离株A/MexicoCity/001/2009在HAl以及HAl抗原决定簇区域的氨基酸差异。[结果]与A/Mex-icoCity/001/2009比较,HA1区氨基酸序列的同源性为96.98%～99.7%;并且,A/Pennsylvania/09/2009、A/Fukuoka-C/1/2009和A/Milan/UHSR1/20093株流感流行株HA1区抗原决定簇B区197位氨基酸出现了A﹥T替换。[结论]2009甲型H1N1流感流行的近8个月HA1基因存在一定的变异。     

输入性甲型H1N1流感病毒HA基因进化特征

目的分析输入性甲型H1N1流感病毒的HA基因进化特征,及早发现变异株。方法选取广东口岸入境人群中检出的53份输入性甲型H1N1流感阳性样本,扩增其病毒HA基因并测序,与2009年甲型H1N1流感代表株A/California/04/2009/H1N1比较,对甲型H1N1流感病毒的HA基因进行系统进化分析。结果 HA基因进化树可分为4个分支,2009年、2010年病毒共同位于第Ⅰ、Ⅱ分支,2011年病毒位于第Ⅲ、Ⅳ分支,其中第Ⅰ、Ⅱ分支与Ⅲ、Ⅳ分支距离较远。HA核苷酸序列有11个碱基位点变异较为显著。HA蛋白5个抗原决定簇位点S202T、A203T、D204N、S220T和R222K发生变异,受体结合位点、糖基化位点氨基酸较保守。通过三维构象看出,大部分氨基酸变异位于HA1分子表面。结论甲型H1N1流感病毒HA基因已发生一定程度的变异。随着突变的不断积累,病毒极可能会通过改变其抗原性,从而引起新的流行。     

亳州市2013年甲型H1N1流感病毒基因分析

目的分析亳州市2013年一所学校流感暴发疫情甲型H1N1流感病毒基因及抗原变异情况。方法从132名具有流感症状的学生当中随机采集10份标本,用Realtime RT-PCR方法鉴定甲型H1N1流感病毒,对阳性标本接种MDCK细胞,分离流感病毒,并对甲型H1N1流感病毒株进行血凝素（HA）作基因测序,分析基因及氨基酸位点变异情况。结果 10份标本中Realtime RT-PCR鉴定有8份为甲型H1N1流感病毒核酸阳性,病毒分离培养6份阳性,并对其进行基因测序,HA基因与疫苗株同源性为98.4%,HA基因氨基酸变异分析显示,有多个位点发生变异。结论此次暴发的甲型H1N1流感病毒的基因组HA序列与我国及其他国家的甲型H1N1流感病毒具有较高的同源性,HA基因氨基酸序列发生变异情况,需密切关注甲型H1N1的流行状况。     

南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征研究

目的了解南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征。方法随机选取4株从哨点医院分离到的季节性H1N1流感毒株,进行核酸提取和RT-PCR扩增,获得HA1基因片段,测定核苷酸序列,分析其基因特征。结果 4株季节性H1N1流感病毒与A/California/01/2009（H1N1）高度同源,同源性高达99.1%;相对于当前疫苗代表株A/Brisbane/59/2007（H1N1）,其HA1区出现V131A、S141N、I184V、G185A、N186D、A189T和F260Y的氨基酸位点的改变;糖基化位点未发生改变。结论南平市2009年分离的季节性H1N1流感病毒抗原性发生一定的突变,但变异程度不大,应密切关注疫苗株对毒株的免疫效果。     

金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离及HA基因序列分析

目的分离甲型H1N1流感病毒,分析金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因序列特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其HA基因片段,测定核苷酸序列;利用GeneBank中相关序列对病毒分离株A/Jinhua/01/2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从3份咽拭子样本中分离出1株甲型H1N1流感病毒。HA基因序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧亚地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。结论金华市首例甲型H1N1流感死亡病例分离病毒株与北美流行株高度同源,可能是由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能不敏感。     

输入性甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因变异分析

目的分析口岸输入性甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因特征及变异趋势,及早发现变异株。方法选取广东口岸入境人员中检出的64份输入性甲型H1N1流感阳性样本,对其病毒NA基因进行核苷酸序列测定。与2009年甲型H1N1流感代表株A/California/04/2009/H1N1的NA基因序列进行对比,对甲型H1N1流感病毒的NA基因进化树、核苷酸序列同源性、氨基酸序列的变异及蛋白分子结构变化等进行分析。结果 NA基因进化树分为3个分支,其中2009年、2010年病毒聚集成簇位于分支1,2011年病毒则与部分2010年检出的病毒位于较远距离的分支2和3。检出的1例病毒NA氨基酸的抗原决定簇上发生Y155H的变异,部分病毒NA蛋白在42位点上新增了一个糖基化位点,在68、386位点出现了糖基化位点的缺失。氨基酸G41R、V106I、V241I、N248D、I365T、N369K等位点的变异较为显著,但未见耐奥司他韦病毒的出现。结论甲型H1N1流感病毒NA基因已发生一定程度的变异。随着突变的不断积累,病毒极可能会通过改变其抗原性和耐药性,从而引起新的流行。     

2015年盐城市甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因分子进化特征分析

目的了解盐城市2015年甲型H3N2流感病毒分离株表面血凝素HA1基因分子进化特征。方法对哨点医院流感样病例标本进行核酸检测、病毒分离;选取甲型H3N2毒株,采用一步法RT-PCR扩增其HA1区,并进行序列分析,采用DNAStar软件包中MegAlign进行核苷酸及氨基酸同源性分析,以MEGA6.0软件进行序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2015年盐城市流感样病例(ILI)监测样本中流感病毒核酸阳性率为8.36%,乙型、甲型H3N2、新甲H1N1型交替流行。抽取的7株甲型H3N2分离株,其HA1基因核苷酸同源性为98.7%~100.0%,氨基酸同源性为97.9%~100.0%;其HA1区氨基酸位点变异呈散在性分布,均未发生氨基酸的丢失和插入,氨基酸突变主要位于抗原决定簇的A、B和C区。除A/JSYC/11025/2015外,其余6株新增2个糖基化位点,其中158aa位点位于抗原决定簇B区。结论 2015年盐城市流感流行以甲型H3N2和乙型Yamagata系为主,具有典型的冬、夏双高峰特点。病毒HA1区基因特性逐渐发生变异,可能导致抗原变化,应进一步加强流感病原学监测。     

湖州市甲型H1N1流感病毒株的HA基因分析

目的:研究2010年湖州市甲型H1N1流感分离株(A/Huzhou/2010(H1N1))的HA基因特征。方法:采用MD-CK细胞对患者咽拭子和漱口液标本进行病毒分离,逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA基因并进行序列测定,用DNAstar和MegAlign等软件分析处理。结果:湖州市2010年甲型H1N1分离株的HA基因为1739个核苷酸,与湖州市2009年的分离株及WHO2010/2011推荐的甲型H1N1疫苗株相比,没有核苷酸的插入与丢失,氨基酸同源性分别为99.0%和98.9%。进化树分析显示,本次分离株与湖州市2009年的分离株及WHO2010/2011推荐的疫苗株非常相似。结论:甲型H1N1流感分离株的分子生物学特征及变异特征分析,对制定科学有效的防控策略具有重要意义。     

2009年-2011年江西省新型甲型H1N1流感病毒HA1基因进化分析

目的分析江西省2009年-2011年新型甲型H1N1流感病毒HA1基因的特点,了解江西省流感病毒变异情况及WHO推荐疫苗株对人体的保护作用,为新型甲型H1N1流感的监测和防控提供理论依据。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,从江西省流感监测网中随机选择19株新型甲型H1N1流感病毒,经核酸提取和one-step RT-PCR扩增HA1基因片段,双向序列测定,采用DNAStar 5.0和MEGA 3.0软件分析HA1基因特征。结果 2009年-2011年江西省新型甲型H1N1流感病毒HA1基因序列与疫苗推荐株具有高度同源性,但毒株变异位点逐年增加,部分变异在抗原决定簇位点。结论目前的疫苗仍对人群有保护作用,但存在新型甲型H1N1流感再次流行的风险。     

2014-2016年镇江地区甲型H1N1流感病毒分子进化特征研究

目的 了解镇江地区甲型H1N1流感病毒流行和变异特点。方法 收集2014-2016年镇江地区哨点医院流感样病例标本,进行核酸检测和病毒分离。在病毒流行期按月随机抽取13株甲型H1N1毒株,设计特异性的引物扩增血凝素（hemagglutinin,HA）、神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因,进行测序并分析其遗传进化特征。结果 13株分离株与疫苗株A/California/07/2009的HA基因核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.3%~100.0%和96.6%~100.0%;NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为95.6%~97.5%和93.8%~96.6%。系统进化分析表明,13株病毒HA和NA基因分属于不同的进化谱系。分子特征表现为12株HA氨基酸序列均发生了抗原位点Sa区K173Q突变,1株同时发生了Sa区K181E突变;3株还发生了Ca1区V183I突变。受体结合位点和糖基化位点的氨基酸序列均未发生变异。结论 2014-2016年镇江地区甲型H1N1流感病毒与疫苗株相比,其HA、NA基因出现了一定程度的变异,但是抗原性并未发生改变,需进一步加强监测。     

2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化与变异

目的 分析2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因进化特征及抗原表位变异特征。方法 收集流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本,通过MDCK细胞对标本进行病毒分离。按时间顺序选取19株云浮地区新甲型H1N1流感毒株,对HA基因进行测序。与Genbank中13株参考毒株相应序列比较,用BioEdit5.0、MEGA6.0软件构建HA基因系统进化树,进行核苷酸序列同源性和氨基酸位点变异分析。结果 19株毒株HA核苷酸序列高度相似;进化树可分为三大分支,各具基因特征。在19株毒株HA中发现45个氨基酸位点变异,其中有6个高频变异位点:P100S 、S202T/N、S220T、I338V、E391K、S468N;发生在抗原决定簇上的变异位点有位于Sa区的N142S、G172E、S179N、K180Q,Sb区的S202T/N和Ca区S220T;2016年分离的3株毒株中,抗原决定簇发生了Sa区S179N和K180Q、Sb区S202T和Ca区S220T变异。结论 云浮地区新甲型H1N1流感病毒HA蛋白在某些氨基酸位点发生了突变,抗原决定簇Sa、Sb 和Ca区的氨基酸位点发生了变异,2016年云浮地区可能出现了新甲型H1N1流感新变异株。