基于网络药理学及分子对接技术探讨药食两用中药栀子致肾损伤的毒理机制

目的：通过网络药理学和分子对接探索栀子导致肾损伤的毒理机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药综合数据库筛选栀子活性成分和潜在靶点，同时用Swiss Target Prediction平台预测活性成分的潜在靶点。利用NCBI临床突变数据库、人类基因注释数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库检索肾损伤的靶点。通过Venny软件对药物相关靶点与疾病靶点取交集，认为是栀子导致肾损伤的潜在靶点。在Cytoscape 3.8.0中构建“中药-化学成分-潜在靶点-疾病”网络并进行拓扑分析。在STRING平台构建潜在靶点的蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks, PPI)。通过Metascape平台对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。运用Cytoscape 3.8.0构建“关键通路-潜在靶点-化学成分”网络，并进一步筛选栀子导致肾损伤的关键靶基因及有效...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨半夏泻心汤治疗胃食管反流病的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨半夏泻心汤治疗胃食管反流病(gastroesophageal reflux disease, GERD)的作用机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索半夏泻心汤组方中药活性成分,并通过Swiss Target Prediction数据库筛选活性成分相关作用靶点。在DisGeNET数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)和GeneCards数据库中检索疾病相关靶点及潜在作用靶点。将潜在作用靶点与其对应的活性成分导入Cytoscape 3.9.0软件构建“半夏泻心汤-活性成分-靶点”网络并进行拓扑分析筛选核心活性成分,构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,拓扑分析筛选关键靶点,并构建关键靶点的PPI网络筛选核心靶点。将关键靶点导入DAVI...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压(pulmonary hypertension, PH)的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台、本草组鉴数据库、中医综合数据库、中国知网检索红花的活性成分,并采用Swiss Target Prediction数据库预测相关靶标。在GeneCards数据库、DrugBank数据库、TTD数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、DisGeNET数据库中检索PH疾病靶标。采用STRING数据库构建红花活性成分靶点及PH疾病靶标的蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2软件获得红花治疗PH的潜在靶点的PPI网络,拓扑分析筛选红花治疗PH的潜在核心靶点。应用DAVID数据库及Metascape数据库对潜在核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析,并构建“红花-活性成分-靶点-通路-PH”网络...     

基于网络药理学探讨生脉散治疗病毒性心肌炎的作用机制

目的：基于网络药理学探讨生脉散治疗病毒性心肌炎(VMC)的主要活性成分及其潜在作用机制。方法：运用本草组鉴数据库(HERB)初步获取生脉散的活性成分，结合SwissADME和SwissTargetPrediction平台筛选其中的主要活性成分，并预测其靶点。通过GeneCards及DisGeNET数据库筛选VMC相关靶点。取药物靶点与疾病靶点交集，获得生脉散治疗VMC的潜在治疗靶点。运用STRING数据库构建潜在治疗靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图，并通过Cytoscape 3.7.1软件挖掘PPI网络中的核心靶点。运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-活性成分-靶点-疾病”相互作用网络图，将潜在治疗靶点导入DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：本研究共筛选出生脉散治疗VMC的有效活性成分151个，涉及55个潜在治疗靶点，405个生物过程，36个细胞组分，55个分子功能和147条代谢通路。结论：生脉散可通过调控细胞因子、蛋白激酶、天然免疫基因等多靶点、多途径干预VMC的进程，为其临床应用提供了理论...     

基于网络药理学与实验验证探讨资木瓜治疗类风湿关节炎的作用机制

运用网络药理学方法探讨资木瓜治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的物质基础和作用机制,并通过分子对接和实验验证资木瓜抗RA的潜在靶点。从中药系统药理学数据库与分析平台筛选资木瓜中的活性成分及靶点。利用GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库获取RA相关靶点,两者取交集,即资木瓜治疗RA的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件,构建“中药-活性成分-共同靶点-疾病”网络。利用STRING建立蛋白相互作用(PPI)网络,运用RStudio 4.1.0软件对核心基因进行可视化。运用DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析,预测其富集的信号通路并进行可视化展示。将筛选出来的活性成分作为配体,与筛选得到的RA核心靶点进行分子对接分析,最后通过动物实验进一步验证实验结果。资木瓜的主要活性成分4种、对应靶点137个,药物疾病共同靶点37个;GO富集分析得到239个条目(P<...     

基于网络药理学探究“酸枣仁-柏子仁”药对治疗失眠的作用机制

目的：通过网络药理学方法探讨“酸枣仁-柏子仁”药对治疗失眠(insomnia)的作用机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索酸枣仁、柏子仁的活性成分及相关靶点。在GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)中检索失眠相关靶点。通过在线软件Venn 2.1.0将失眠相关靶点与“酸枣仁-柏子仁”活性成分相关靶点取交集,即为“酸枣仁-柏子仁”治疗失眠的潜在靶点,绘制韦恩图,并利用Cytoscape 3.8.2软件构建“中药-活性成分-疾病靶点”网络。将潜在靶点导入STRING平台,得到潜在靶点蛋白的互作关系,利用Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络图,并使用“Network Analyzer”插件进行拓扑分析筛选核心靶点。将潜在靶点导入David 6.8数据库进行基因本体(gene ontology, G...     

基于网络药理学与分子对接探讨四妙丸“异病同治”强直性脊柱炎和高尿酸血症的作用机制

目的：以网络药理学与分子对接为基础分析四妙丸“异病同治”强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis, AS)和高尿酸血症(hyperuricemia, HUA)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选四妙丸的药物活性成分和作用靶点。利用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、GeneCards数据库和DrugBank数据库检索AS与HUA的疾病靶点。通过在线工具Venny 2.1.0得到药物相关靶点与疾病相关靶点的交集靶点，即四妙丸治疗AS和HUA的潜在作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-有效成分-潜在靶点-疾病”网络。借助STRING数据库构建潜在靶点蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)并筛选核心靶点。运用DAVID数据...     

基于网络药理学和分子对接探讨山楂叶治疗2型糖尿病的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术分析山楂叶治疗2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus, T2DM)的作用机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)、BATMAN、HERB、SymMap、TCM-ID等数据库筛选山楂叶中的化学成分，构建山楂叶化学成分库并导入SwissADME数据库筛选山楂叶的活性成分，从Swiss Target Prediction数据库检索相关文献并获取山楂叶的潜在靶点。利用DrugBank、TTD、GeneCards、CTD、OMIM数据库检索T2DM相关靶点，绘制韦恩图得到两者的交集靶点。借助STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络，进行拓扑分析从而筛选关键靶点和核心成分，并采用AutoDock 4.2.6软件进行分子对接验证。在DAVID 6.8数据库中进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与...     

基于网络药理学探讨痛泻要方治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的：运用网络药理学探讨痛泻要方对腹泻型肠易激综合征(diarrhea predominant irritable bowel syndrome, IBS-D)的潜在作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获得痛泻要方中四味中药的药物活性成分，并通过TCMSP、Swiss Target Prediction及Pharmapper数据库得到各活性成分的潜在作用靶点。使用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、Gene Cards数据库获取IBS-D疾病对应的靶点，将疾病靶点与药物靶点取交集，获得痛泻要方治疗IBS-D的潜在作用靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-活性成分-潜在靶点”网络图，并进行拓扑分析筛选关键成分。利用String数据库对潜在作用靶点进行蛋白质相互作用分析，构建蛋白质相互作用(protein-p...     

基于网络药理学探究枸杞子-菊花药对治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

目的：基于网络药理学探究枸杞子-菊花药对治疗糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy, DR)的干预机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索枸杞子、菊花的活性成分及相关靶点。利用Cytoscape 3.9.1绘制“药对-活性成分-作用靶点”网络图，并进行拓扑分析筛选枸杞子-菊花药对治疗DR的主要活性成分。利用GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库及药物靶标数据库检索DR相关靶点。将活性成分相关靶点与疾病靶点导入Venny 2.1在线平台，绘制韦恩图，交集靶点即为枸杞子-菊花药对治疗DR的潜在靶点。将潜在靶点上传至STRING数据库构建PPI网络关系，导入Cytoscape 3.9.1软件进行可视化，PPI网络拓扑分析筛选枸杞子-菊花药对治疗DR的核心靶点。将核心靶点输入Metascape在线平台进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析及京都基因与基因组百...     

基于网络药理学和分子对接探讨消炎利胆片治疗急性胆囊炎的作用机制

目的：基于网络药理学方法和分子对接技术探讨消炎利胆片治疗急性胆囊炎的潜在作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、化学专业数据库及ETCM数据库检索获取消炎利胆片的化学成分,通过Swiss ADME数据库进一步筛选活性成分并导入Swiss Target Prediction数据库预测药物相关靶点。利用Gene Cards数据库和OMIM数据库检索急性胆囊炎相关靶点,通过Venny 2.1在线平台获取“药物-疾病”交集靶点,并将“药物-疾病”共同靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对“药物-疾病”共同靶点进行基因本体论（GO）功能注释和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析。运用Cytoscape软件构建“药物成分-靶点-信号通路”网络,计算网络拓扑学参数并筛选消炎利胆片发挥治疗急性胆囊炎作用的重要活性成分及核心靶点,通过Auto Dock平台进行分子对接验证。结果：共获得44个消炎利胆片活性成分及186个药物相关靶点,获得823个急性胆囊炎潜在靶点,取交集后得到“药物-疾病”共同靶点33个,这些靶点主要涉及磷脂酰...     

基于网络药理学探讨藤梨根治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学的研究方法探讨中药藤梨根治疗结直肠癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及中医药整合药理学研究平台(TCMIP)获取藤梨根的主要活性成分和药物作用靶点,通过GeneCards数据库和OMIM数据库获取结直肠癌的疾病靶点,再通过R语言及VennDiagram作图数据包映射筛选得出药物与疾病的交集靶点,即为藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件、String数据库分别构建藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点的“药物-成分-疾病-靶点”网络图和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。最后通过David数据库对潜在治疗靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并将富集结果可视化。结果 筛选到藤梨根药物主要活性成分6个,药物作用靶点154个,结直肠癌相关疾病靶点10 622个,两者取交集得到藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点145个;藤梨根的6种活性成分芦荟大黄素(aloe-emodin)、ent-表儿茶素(ent-Epicatechin)、(+)-儿茶素[(+)-cat...     

基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨

目的：采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMANTCM）筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果：银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A～D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS...     

基于网络药理学和分子对接技术研究川芎治疗三叉神经痛的作用机制

目的:研究川芎治疗三叉神经痛的有效成分并从分子层面揭示其作用机制。方法:检索中国知网、PubMed数据库,筛选川芎活性成分;利用PubChem数据库获取活性成分结构,并将其导入Swiss Target Prediction获取作用靶点;使用在线数据库GeneCards、OMIM、DrugBank获取三叉神经痛的相关靶点;将川芎作用靶点与三叉神经痛相关靶点通过映射获取川芎治疗三叉神经痛的潜在靶点,构建药物-成分-靶点-疾病网络。将潜在靶点导入STRING数据库,建立潜在靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape 3.9.1软件对其绘图进行优化及筛选核心靶点,并进行聚类分析;通过Metascape数据库对潜在靶点进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;运用Auto Dock软件对川芎活性成分和核心靶点进行分子对接,评价其结合能力。结果:共收集川芎活性成分21种、作用靶点728个、三叉神经痛相关靶点394个、川芎治疗三叉神经痛潜在靶点51个;绘制药物-成分-靶点-疾病网络,得到14种有效成分作用于三叉神经痛相关靶点。由蛋白质-蛋白质相互作用网络得到5...     

基于网络药理学的黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化作用机制探析

目的：运用网络药理学方法研究黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化(pulmonary fibrosis,PF)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME、SwissTargetPrediction预测和筛选出黄芪和水蛭的活性成分及作用靶点。通过TTD、GeneCards、OMIM和DrugBank等数据库获取PF相关靶基因。采用Venny平台对药物靶基因和疾病靶基因映射筛选,得到黄芪-水蛭药对治疗PF的潜在靶标,进而用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络。通过STRING 10.0数据库和Cytoscape 3.7.2软件筛选并构建疾病靶点相互作用网络。采用DAVID数据库对黄芪-水蛭的作用靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果：筛选出黄芪-水蛭药对潜在活性成分共60个,治疗PF的活性成分44个,作用靶点95个,关键靶点18个,涉及血管内皮生长因子受体、表皮生长因子受体、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、白细胞介素-1、基质金属蛋白酶等;潜在调控通路包括磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B (PI3K...     

基于网络药理学和分子对接探讨浙贝母-夏枯草药对治疗甲状腺结节的作用机制

目的：基于网络药理学探讨浙贝母-夏枯草治疗甲状腺结节(thyroid nodules)的作用机制。方法：在中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索浙贝母、夏枯草的化学成分，利用PharmMapper数据库获取化学成分靶点，并采用Cytoscape 3.7.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。基于Genecards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库获得甲状腺结节相关靶点。将有效成分相关靶点与疾病靶点导入韦恩图网站进行在线分析，获得交集靶点，并利用STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)模型，利用Cytoscape 3.7.1软件构建PPI网络并筛选核心靶点。将药物及其活性成分、交集靶点及疾病导入Cytoscape 3.7.1软件绘制成“药物-活性成分-交集靶点-疾病”网络图。利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于网络药理学及实验验证探究通关藤治疗卵巢癌的作用机制

通过网络药理学、分子对接技术和体外细胞实验，探究通关藤Marsdenia tenacissima治疗卵巢癌(ovarian cancer, OC)的主要活性成分和潜在作用机制。文献检索获取通关藤中活性成分，利用SwissTargetPrediction数据库获得药物的潜在靶点；借助Therapeutic Target Database(TTD)、Online Mendelian Inheritance in Man Database(OMIM)、GeneCards、PharmGKB等数据库检索OC相关靶点，并利用韦恩在线分析工具将药物靶点和疾病靶点取交集；运用Cytoscape软件构建“成分-靶点-疾病”网络，依据其节点度值筛选出核心成分；根据筛选出来的药物与疾病交集靶点，利用STRING平台和Cytoscape软件构建交集靶点的蛋白相互作用(PPI)网络，依据节点度值筛选出核心靶点；借助DAVID数据库对潜在治疗靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析；并采用AutoDock等软件对部分活性成分与潜在靶点进行分子对接验证；最后选用SKOV3细胞在体外对通关藤提取物的抗卵巢癌活性进行验证...     

基于网络药理学与分子对接探讨运脾化湿清肺汤治疗特应性皮炎的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨运脾化湿清肺汤治疗特应性皮炎(atopic dermatitis, AD)的作用机制。方法：运用中药网络药理学分析系统(TCM network pharmacology analysis system, TCMNPAS)v1.0获取运脾化湿清肺汤(陈皮、枳壳、桑叶、菊花、金银花、黄芩、土茯苓、白鲜皮、白术、甘草)的活性成分和作用靶点。运用GeneCards数据库、DrugBank数据库检索相关文献获取AD疾病靶点,并借助jvenn平台得到运脾化湿清肺汤与AD的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络。通过Cytoscape 3.8.0软件进行拓扑分析,从而筛选核心靶点。采用Metascape数据库进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-活性成分-作用靶点”网络、“...     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...