人Fas抗原表位预测

采用可及性和可塑性方案,结合抗原性方案、二级结构方案及综合位点预测方案对人Ｆａｓ抗原的Ｂ细胞表位进行预测,结果显示：人Ｆａｓ抗原Ｂ细胞表位可能位于Ｎ－末端残基５１－７８,１０２－１１０,１４５－１５７等区域内或附近。由于残基１０２、１２０位有２个潜在的Ｎ－糖基化位点（Ａｓｎ－Ｘ－Ｓｅｒ／Ｔｈｒ）,对表位的形成有一定影响,人Ｆａｓ抗原的Ｂ细胞表位可能位于５１－７８,１００－１５７区域内。     

旋毛虫抗原分子克隆及其T细胞和B细胞表位预测

目的 克隆旋毛虫肌幼虫Mr21 000抗原蛋白基因(Ts21),预测其T细胞和B细胞表位.方法 旋毛虫(河南地理株)感染小鼠后收集肌幼虫,提取肌幼虫总RNA,应用RT-PCR技术获取目的基因Ts21,构建重组质粒pUC18-Ts21并测序,应用生物信息分析软件预测其T细胞和B细胞表位.结果 成功构建克隆载体pUC18-Ts21.旋毛虫Mr21 000抗原的T细胞表位位于第9～23、135～150位氨基酸位点;B细胞表位位于第31～35、53～56、98～104、124～130、133～157、160～172位氨基酸位点.结论 成功克隆了旋毛虫河南地理株肌幼虫Mr21 000抗原的编码基因,T细胞和B细胞表位预测结果表明该抗原蛋白具有较好的抗原性,可作为旋毛虫病免疫诊断和预防的候选抗原.     

人类肝素酶B细胞表位的预测和免疫原性鉴定

目的 预测并鉴定肝素酶(heparanase)蛋白B细胞表位免疫原性.方法 以肝素酶蛋白的氨基酸序列为基础,采用DNAStar分析软件以及Bcepred在线二级结构分析工具分析其蛋白二级结构并预测B细胞表位.根据预测结果 ,采用8分支多抗原肽结构合成针对该表位的抗原肽,将后者与通用型T辅助表位人IL-1β线性短肽(VQGEESNDK,氨基酸163～171)联合免疫日本白毛黑眼兔,检测免疫血清效价,鉴定其特异性和免疫原性.结果 软件预测显示,肝素酶蛋白大亚基的第1～15位(MAP1)、第279～293位(MAP2)及175～189位(MAP3)氨基酸序列最可能为其优势B细胞表位.间接酶联免疫吸附试验、免疫印迹及免疫组化分析,证实MAP1、MAP2及MAP3均能诱导机体产生高滴度抗体,但仅MAP1、MAP2抗体具有高特异性,MAP2抗体与肝癌组织的结合力最强.结论 肝素酶大亚基的第1～15位、第279～293位氨基酸为其优势B细胞表位,其中第279～293位氨基酸的免疫原性最强,这为肝素酶多肽抗体及B细胞优势短肽疫苗研制提供了理论依据.     

肿瘤抗原MAGE-A亚家族共同B细胞表位预测及分析

目的预测肿瘤抗原MAGE-A亚家族的B细胞表位,为基于多靶点的肿瘤疫苗设计提供依据。方法基于MAGE亚家族各成员蛋白质序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案,Emini方案,Karplus方案和Jameson-wolf抗原指数方案,并辅以MAGE蛋白的二级结构柔性区域分析,预测MAGE基因家族的B细胞共同表位。结果共预测出了5条共同表位,且部分B细胞表位高度相似或一致。结论二级结构与B细胞表位相结合的预测方法为一种高效、准确的表位预测方法,可为肿瘤治疗性疫苗的设计提供实验依据。     

幽门螺杆菌UreB抗原表位预测及其有效表位噬菌体展示的筛选

目的 筛选幽门螺杆菌（Hp）尿素酶B亚单位（UreB）分子中的抗原表位，为研制多抗原肽（MAP）疫苗奠定基础。方法 采用生物信息学技术对UreB的T细胞和B细胞表位进行预测和分析。构建ureB基因原核表达系统，Ni-NTA亲和层析法提纯目的重组表达产物rUreB，常规皮内免疫法制备兔抗血清。选择UreB主要T细胞和B细胞联合表位肽并构建其噬菌体展示系统，PEG／NaCl沉淀法提纯重组噬菌体，SDS-PAGE鉴定目的重组PⅢ蛋白（rPⅢ）。分别以商品化抗跏全菌IsG和rUreB抗血清为一抗，采用Western blot对上述表位肽进行鉴定和筛选。结果 与GenBank中相关序列比较，所克隆的ureB基因核苷酸和氨基酸相似性分别为96％～99．5％和96％～100％。rUreB表达量约为细菌总蛋白的52％，提纯后仅见单一蛋白条带。预测的4个主要表位肽UreB230、UreB322、UreB479和UreB527在M13噬菌体中获得成功表达，采用不同一抗的Westernblot均显示相似的阳性结果，但UreB322和UreB527反应强度明显高于UreB230和UreB479。结论 本研究成功地构建ureB基因高效原核表达系统和UreB主要T细胞和B细胞联合表位肽噬菌体展示系统。所采用的生物信息学技术可有效地预测抗原表位。UreB322和UreB527是UreB有效抗原表位，可作为幽门螺杆菌MAP疫苗的候选表位。     

T淋巴细胞抗原表位的预测

Ｔ淋巴细胞抗原表位，就是抗原蛋白中经抗原提呈细胞处理由主要组织相容性抗原分子提呈由给Ｔ淋巴细胞受体的多肽片断。确定Ｔ淋巴细胞抗原原位，对于研究细胞免疫的机理，过程，对于研制针对病毒的亚单位多肽及基因疫苗具有重要意义。随着对ＭＨＣ分子的构象的阐明，ＡＰＣ细胞提呈抗原过程的逐步了解及试验资料的积累，有可能对Ｔ淋巴细胞抗原表位进行初步预测。     

T细胞表位预测研究进展

T细胞表位是指抗原经过抗原提呈细胞加工后，由MHC分子提呈给T细胞受体的短肽。随着分子生物医学和分子免疫学技术的发展，尤其是计算机在生物学中的广泛应用，对T细胞表位可以进行初步预测。本文就T细胞表位预测的分子基础、CTL抗原表位和Th抗原表位预测研究进展作一简要综述。     

人衰变加速因子的二级结构与B细胞表位预测

目的分析预测人衰变加速因子的二级结构特征及B细胞表位。方法比较Chou&Fasman经典方案和基于多重序列比较的PHDsec二级结构预测方案的预测准确率,应用较优方案对DAF的二级结构进行预测分析;运用Hopp&Woods的亲水性方案及PHDacc可及性方案预测DAF的亲水性和可及性,结合DAF的二级结构特征,分析预测DAF的B细胞表位。结果PHDsec方案对SCR的预测准确率明显高于Chou&Fasman方案,DAF的SCR1-4中无α螺旋,仅包含β折叠及袢;推测最可能的抗原表位位于Pro73-Val79、Arg130-Leu139及Glu156-Cys163;SCR1、SCR2与SCR3、SCR4在亲水性及二级结构分布方面具有较大差异。结论研究的分析预测结果将有助于确定DAF的B细胞表位及其生物学活性部位。     

T淋巴细胞抗原表位的预测

Ｔ淋巴细胞抗原表位，就是抗原蛋白中经抗原提呈细胞处理由主要组织相容性抗原分子提呈给Ｔ淋巴细胞受体的多肽片断。确定Ｔ淋巴细胞抗原表位，对于研究细胞免疫的机理、过程，对于研制针对病毒的亚单位多肽及基因疫苗具有重要意义。随着对ＭＨＣ分子构象的阐明，ＡＰＣ细胞提呈抗原过程的逐步了解及试验资料的积累，有可能对Ｔ淋巴细胞抗原表位进行初步预测。     

抗原表位预测的免疫信息学方法研究进展

表位是抗原分子中由特殊的化学基团组成的结构，根据与抗原受体结合的不同可分为B细胞表位和T细胞表位。B细胞表位是抗原中可被B细胞抗原受体或抗体特异性识别并结合的线性片段或空间构象性结构。B细胞表位只有很少的一部分是线性表位，而绝大部分（约90％）是构象性表位。定位构象性表位最直接的方法是分析抗原蛋白-单克隆抗体的结晶复合物，但这个实验耗时很长，而且实验所需的单克隆抗体以及纯抗原蛋白．单克隆抗体的结晶复合物制备都有很大的困难。因此通过生物信息学方法准确预测B细胞表位，不仅有助于基础免疫学研究，而且也有助于疫苗和抗体的研究与开发。     

人类偏肺病毒F蛋白的B细胞表位预测

目的 预测人类偏肺病毒F蛋白的B细胞表位。方法综合分析二级结构、亲水性、表面可及性与抗原性指数，预测F蛋白的抗原表位。结果B细胞表位位于F蛋白N段15-28、88-102、161-189、195-202、206-213、245-257、290-299、302-309、318-334、410-419、515-526区段。结论应用多参数预测F蛋白的B细胞表位，为进一步研究蛋白特征、单克隆抗体制备及表位疫苗研制奠定了基础。     

Carcinoembryonic antigen like antigen in granular cell myoblastomas

Summary A series of granular cell myoblastomas (GCM) and other benign and malignant tumours of soft tissue were examined for cytoplasmic content of carcinoembryonic antigen (CEA) by the two-layer conjugated immunoperoxidase technique. Using a commercial rabbit anti-CEA serum only granular cell myoblastomas showed positive cytoplasmic reaction. Pretreatment with periodic acid made this reaction less intense, but when the commercial rabbit anti-CEA serum was absorbed with tissue powder from normal human spleen the positive reaction was totally abolished. It is concluded that the positivity of GCM for CEA using commercial rabbit anti-CEA serum is due to the content of non-specific cross-reacting antigen (NCA) and maybe other cross-reacting glycoproteins in this tumour, and not to CEA as claimed in a previous study.     

Correlation of carcinoembryonic antigen in tissue sections with spread of mammary carcinoma

An immunoperoxidase technique for the histological demonstration of Carcinoembryonic Antigen (CEA) was applied to paraffin sections from 74 breast carcinomas and 43 benign breast lesions. Sixty-six per cent of the carcinomas and the only case of granular cell myoblastoma examined were CEA positive. Two examples of mammary dysplasia (7%) showed foci of CEA positive acini. All tumour tissue found in lymphatics and in metastases in lymph nodes was CEA positive, including two cases where the primary tumour was CEA negative, and all the metastases examined from CEA positive tumours. A significant relationship was found between CEA positivity of the primary tumour and the presence of lymph node metastases.     

人偏肺病毒黏附蛋白的二级结构及B细胞表位初步预测

目的预测人偏肺病毒G蛋白的二级结构及B细胞表位。方法分别采用SOPMA方法及HMMTOP程序预测G蛋白的二级结构和跨膜区域；综合分析蛋白的柔性结构、亲水性、表面可及性与抗原性指数，预测G蛋白的抗原表位。结果G蛋白的二级结构主要为柔性区域，占62．1％；廿螺旋占22．37％；β-折叠占15．53％；N端第32～51位氨基酸残基为跨膜区。B细胞表位位于G蛋白N端55—77、80-104、111～126、130～167、178—210区段。结论应用多参数预测G蛋白的二级结构与B细胞表位，为进一步研究蛋白特征、单克隆抗体制备及表位疫苗研制奠定了基础。     

嗜肺军团菌MompS抗原二级结构分析及表位预测

目的分析嗜肺军团菌MompS抗原的二级结构并预测其B细胞表位,初步判断其活性多肽所在区域。方法联合运用多种方法对MompS的二级结构和表面特性,如亲水性、理化性质、可及性、免疫原性和可塑性等方面进行分析,预测其抗原表位。结果 MompS存在多个潜在抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位分布于三个区域：M1（353-546）、M2（1-215）、M3（216-399）。体外实验证明,所预测抗原表位区域基本能与免疫血清发生抗原特异性反应。结论应用DNA Star和胞外区在线分析软件能够成功预测MompS抗原的B细胞表位,M3区域可用于后续的活性肽表位筛选区域。     

血清CEA水平在EGFR-TKI治疗非小细胞肺癌的应用价值

目的：探讨血清癌胚抗原(carcino-embryonic antigen,CEA)在表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)治疗非小细胞肺癌的价值。方法：回顾性收集确诊非小细胞肺癌并使用EGFR-TKI治疗患者的治疗前后CEA水平、一般资料、病理亚型、分期、分子标记物和CEA对治疗决策的影响,并定期影像学评价,随访至进展生存期(progression-free survival,PFS)和总生存期(overall survival,OS)。通过Kaplan-Meier绘制生存曲线,log-rank检验比较不同CEA组间的生存差异, Cox回归分析预后因子。结果：本研究纳入2002年6月至2011年8月广东省肺癌研究所使用EGFR-TKI的非小细胞肺癌患者209例。分为3组：L组(CEA≤5,n=54),M组(520,n=103)。L组、M组和H组的中位PFS分别为19、17和13月(95% CI,14.61~19.39;P=0.018);中位OS分别为32、31和24月(95% CI,25.14~30.86;P=0.010)。治疗前低CEA的患者有显著延长的PFS和OS。CEA升高同时伴有影像学进展的45例,CEA升高无影像学进展证据的27例,两组的中位PFS分别为13月和14月(95% CI,10.51~15.49,P=0.195);中位OS分别为23月和28月(95% CI,19.81~30.19,P=0.156)。CEA升高无影像学进展的27例患者均随访至进展才改变治疗策略,中位无进展时间为24.3月(3~111月)。结论：治疗前血清CEA水平和EGFR-TKI治疗晚期非小细胞肺癌的预后呈负相关;治疗过程中CEA升高时,需结合影像学和症状来决定是否改变治疗策略。