卵巢癌基因表达的cDNA微阵列研究

目的应用基因表达谱芯片研究人卵巢癌组织和正常卵巢组织中差异表达的基因,筛选出与卵巢癌发生发展相关的基因,并对这些基因的功能进行初步分析.方法采用cDNA芯片技术从有关癌基因和抑癌基因、细胞周期和细胞凋亡相关、DNA合成、转录和修复以及细胞信号传递等肿瘤相关的2304个基因中,分析研究卵巢癌基因表达谱,即寻找出不同于正常卵巢组织而只在卵巢癌实体瘤中上调或下调的特殊基因.结果与正常卵巢组织比较,卵巢浆液性囊腺癌组织表达有明显差异的基因92个,卵巢粘液性囊腺癌差异表达基因110个,卵巢浆液性囊腺癌和粘液性囊腺癌均呈差异表达的基因65个,卵巢浆液性囊腺癌和粘液性囊腺癌中不同的差异表达基因共有173个.结论与卵巢癌有关的基因涉及多种细胞生物学过程,说明卵巢癌的发生是一个多步骤、多基因调控的过程.基因芯片技术实现了基因分析的快速、高通量、微型化和自动化,它为同时分析几百个基因状况提供了一个有效的方法,所获得的差异基因表达谱为深入研究特异相关基因提供了参考.     

共生菌对荷瘤小鼠肺泡巨噬细胞基因表达的调控作用

目的探讨共生菌群对荷瘤小鼠肺泡巨噬细胞(AM)基因表达的调控作用。方法分离纯化共生菌缺失的荷瘤小鼠及共生菌正常的荷瘤小鼠AM,利用基因芯片技术筛选差异表达的基因并进行生物信息学分析。结果分选后的AM细胞纯度可达98%,共生菌缺失荷瘤小鼠与正常荷瘤小鼠相比较,AM细胞中差异性表达基因共有353个(变化倍数≥2),上调基因171个,下调基因182个;差异表达基因的基因分类(GO)主要为细胞凋亡、细胞增殖、细胞分化、信号传导、血管生成等;KEGG通路主要为氮素代谢、趋化因子信号、TGF-β信号及肿瘤通路等;M2型巨噬细胞特异性基因CCL24、Arg1、Retnla及IL-13等在共生菌缺失荷瘤小鼠AM细胞中表达上调。结论共生菌可以调控荷瘤小鼠AM细胞的基因表达,包括CCL24、Arg1、Retnla及IL-13等基因,差异表达基因与多个GO分类和KEGG通路密切相关。     

慢性阻塞性肺疾病模型大鼠肺组织差异基因的表达:正常组、模型对照组及中药治疗组的比较

背景:许多疾病都伴有基因表达的改变,能够为认识疾病的发病机制及治疗提供有价值的线索。目的:采用基因芯片技术筛查慢性阻塞性肺疾病模型大鼠肺组织中差异基因的表达情况。设计:开放性实验。单位:山东中医药大学附属医院,解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所,山东中医药大学。材料:实验于2005-04/10在山东中医药大学附属医院中心实验室进行。①选取SPF级健康雄性50d龄Wistar大鼠15只,随机数字表法分为正常组、模型对照组、中药治疗组,5只/组。②基因芯片类型为大鼠BiostarR-40S(上海博星基因芯片有限公司,批号G050510010052)。方法:①模型对照组、中药治疗组大鼠采用改良烟熏 气管滴加脂多糖的方法建立慢性阻塞性肺疾病模型。光学显微镜下观察大鼠气道病理改变,若出现气道黏膜充血水肿,上皮细胞变性坏死,肺内支气管的管腔及周围慢性炎性细胞浸润,管壁周围平滑肌和纤维细胞增生;间隔变薄、断裂,肺泡扩大融合;小动脉血管壁增厚,管腔变小,周围炎性细胞浸润,说明造模成功。②造模成功后第30天,中药治疗组灌服浓度为0.65g/mL的自制中药合剂(麻黄,杏仁,黄芪等),2mL/次,1次/d,连续给药14d。模型对照组每天给予2mL生理盐水灌胃。正常组不做任何干预,相同室内环境下自由饮食饮水。③给药完毕后处死各组大鼠,进行总RNA提取、探针的标记与杂交、洗片,采用芯片图像分析软件分析芯片灰度扫描图,得到芯片上每个基因点的原始信号值(包括前景信号值和背景信号值),从而进行差异表达基因的判定。检验水准是Ratio值大于2.0为上调基因,小于0.5为下调基因。为了提高检验的可靠性,本实验将检验水准设为Ratio值>2.5为上调基因,Ratio值<0.375为下调基因。主要观察指标:①与正常组比较模型对照组的差异表达基因。②与正常组比较中药治疗组的差异表达基因。③与模型对照组比较中药治疗组的差异表达基因。结果:15只大鼠全部进入结果分析。①模型对照组的基因表达情况较正常组有明显变化,差异表达基因达57个,涉及免疫、代谢、信号转导、基因表达调控、细胞周期、细胞转运、细胞迁移及纤维化等。②中药治疗组的基因表达大多恢复到正常组水平,与正常组比较差异表达基因减少到11个,涉及应激反应、信号转导及细胞骨架等。③与模型对照组比较,中药治疗组的差异表达基因有7个,涉及免疫及神经递质的分泌。结论:大量的基因表达改变可能是慢性阻塞性肺疾病发病机制的原因之一,而经药物治疗后,大多数差异表达基因能够恢复到正常水平,有利于纠正慢性阻塞性肺疾病的病理改变。     

结肠癌与正常结肠组织基因表达谱的差异性研究

目的:研究结肠癌与正常结肠黏膜组织的基因表达谱差异.方法:收集经病理证实的结肠腺癌组织和正常结肠黏膜组织各2例,抽提、纯化mRNA,制戍荧光标记cDNA探针,与含有17 101个cDNA的SBC人16K基因表达谱芯片杂交,计算机软件筛选差异表达基因.结果:与正常结肠组织比较,共筛选出1 714条差异表达基因,其中表达上调有992条(57.88%),下调有722条(42.12%),差异表达最多的基因为与蛋白结合相关的基因,约占27.13%,其余还与代谢(18.49%)、细胞凋亡(16.74%)、细胞周期(9.92%)、信号特导(7.88%)及物质运输(4.96%)等多种作用有关.结论:基因表达谱芯片技术可以有效地筛选出结肠癌组织和正常结肠组织的差异表达基因,可应用于结肠肿瘤发病机制的研究.     

慢性阻塞性肺疾病模型大鼠肺组织差异基因的表达：正常组、模型对照组及中药治疗组的比较

背景：许多疾病都伴有基因表达的改变，能够为认识疾病的发病机制及治疗提供有价值的线索。 目的：采用基因芯片技术筛查慢性阻塞性肺疾病模型大鼠肺组织中差异基因的表达情况。 设计：开放性实验。 单位：山东中医药大学附属医院，解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所，山东中医药大学。 材料：实验于2005-04／10在山东中医药大学附属医院中心实验室进行。①选取SPF级健康雄性50d龄Wistar大鼠15只，随机数字表法分为正常组、模型对照组、中药治疗组，5只／组。②基因芯片类型为大鼠BiostarR-40S（上海博星基因芯片有限公司，批号G050510010052）。 方法：①模型对照组、中药治疗组大鼠采用改良烟熏＋气管滴加脂多糖的方法建立慢性阻塞性肺疾病模型。光学显微镜下观察大鼠气道病理改变，若出现气道黏膜充血水肿，上皮细胞变性坏死，肺内支气管的管腔及周围慢性炎性细胞浸润，管壁周围平滑肌和纤维细胞增生；间隔变薄、断裂，肺泡扩大融合；小动脉血管壁增厚，管腔变小，周围炎性细胞浸润，说明造模成功。②造模成功后第30天，中药治疗组灌服浓度为0．65g／mL的自制中药合剂（麻黄，杏仁，黄芪等），2mL/次，1次／d，连续给药14d。模型对照组每天给予2mL生理盐水灌胃。正常组不做任何干预，相同室内环境下自由饮食饮水。③给药完毕后处死各组大鼠，进行总RNA提取、探针的标记与杂交、洗片，采用芯片图像分析软件分析芯片灰度扫描图，得到芯片上每个基因点的原始信号值（包括前景信号值和背景信号值），从而进行差异表达基因的判定。检验水准是Ratio值大于2．0为上调基因，小于0．5为下调基因。为了提高检验的可靠性，本实验将检验水准设为Ratio值〉2．5为上调基因。Ratio值〈0．375为下调基因。 主要观察指标：①与正常组比较模型对照组的差异表达基因。②与正常组比较中药治疗组的差异表达基因。③与模型对照组比较中药治疗组的差异表达基因。 结果：15只大鼠全部进入结果分析。①模型对照组的基因表达情况较正常组有明显变化，差异表达基因达57个，涉及免疫、代谢、信号转导、基因表达调控、细胞周期、细胞转运、细胞迁移及纤维化等。②中药治疗组的基因表达大多恢复到正常组水平，与正常组比较差异表达基因减少到11个，涉及应激反应、信号转导及细胞骨架等。③与模型对照组比较，中药治疗组的差异表达基因有7个，涉及免疫及神经递质的分泌。 结论：大量的基因表达改变可能是慢性阻塞性肺疾病发病机制的原因之一，而经药物治疗后，大多数差异表达基因能够恢复到正常水平，有利于纠正慢性阻塞性肺疾病的病理改变。     

基因芯片研究卵巢癌细胞系HO-8910差异基因表达

目的用基因芯片技术研究人卵巢癌细胞系HO-8910和正常卵巢上皮的基因表达谱,分析其基因表达变化,探讨卵巢癌发生、发展过程中与肿瘤相关的基因群及其功能,有助于从分子水平全面了解细胞癌变机理,为卵巢癌的临床诊断和治疗提供分子标记和靶基因.方法用一步法抽提人卵巢癌细胞和对照正常卵巢组织的总RNA并纯化mRNA;将等量的人卵巢癌细胞及对照组织的mRNA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,混合后在含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交.经洗片后用ScanArray 3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用ImaGene 3.0软件对扫描图像进行数字化处理,分析高低转移人卵巢癌细胞系之间及与正常卵巢上皮基因表达谱差异.结果人卵巢癌细胞系HO-8910细胞与正常卵巢上皮比较,差异3倍以上共有355个基因,其中表达上调＞3倍有88个,表达下调＜0.33有267个.差异6倍以上共有75个基因,其中表达上调＞6倍有13个,表达下调＜0.17有62个.结论通过基因谱平行比较表明:人卵巢癌细胞系与正常卵巢上皮细胞基因表达谱存在差异:人卵巢癌细胞系HO-8910细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有355个基因.提示这些基因与卵巢癌的发生和发展有关.本实验说明利用基因芯片对基因表达谱的检测可以为人体卵巢癌的基因诊断、治疗和预防提供新的方向.     

不同氧体积分数对人胚胎干细胞基因表达谱的影响

背景:低氧培养人胚胎干细胞的相关研究主要集中在干细胞多能性的维持及分化方面,而低氧对人胚胎干细胞基因表达水平的影响研究甚少。目的:观察不同氧体积分数对人胚胎干细胞基因表达谱的影响。方法:分别在低氧(体积分数5%O2)和常氧(体积分数21%O2)的条件下持续培养FY-hES-7细胞,收集晚期(第52代)细胞,运用全基因组表达谱芯片技术检测不同氧体积分数组FY-hES-7细胞的基因表达谱,并进行差异基因的功能富集分析及通路分析。结果与结论:与常氧组相比,低氧组表达上调(>2倍)的基因1840个,表达下调(>2倍)的基因1676个。利用基因本体分析发现低氧组表达上调基因与细胞表面受体信号转导、免疫反应、离子转运、生物代谢及细胞活动等功能相关,而表达下调基因则与转录调控,依赖DNA的转录调控、神经分化、细胞形态、胚胎形态、胚胎器官及各系统发育等功能相关。通路分析发现低氧组表达上调的基因与细胞因子受体的相互作用、免疫反应以及造血系统等通路的改变相关,而表达下调的基因则多与胚胎发育及肿瘤通路改变相关。不同氧体积分数下长期培养的人胚胎干细胞基因表达谱存在明显的差异,低氧组出现差异表达基因的功能分析表明低氧有助于人胚胎干细胞的自我更新,防止分化及降低成瘤性。     

CLU基因干扰肾癌786-O细胞差异基因表达的研究

目的:观察CLU基因干扰前后肾癌细胞株786-O的基因表达谱差异,探讨肾细胞癌与CLU基因相关基因及传导通路。方法:CLU基因干扰慢病毒载体及空病毒载体转染肾癌786-O细胞样本与RocheNimbleGen表达谱芯片杂交,比较干扰前后基因表达谱差异,并行GO分析及Pathway分析。结果:六份样本中,共筛选出差异表达基因1731个,其中共同上调基因1154个,共同下调基因577个。差异表达基因中生物进程、细胞成分、分子功能方面均以下调为主。通路分析显示29条通路上调,如细胞黏附、异体排斥、吞噬体。31条通路下调,如mTOR、MAPK、非小细胞肺癌。结论:采用全基因组芯片检测CLU基因干扰后肾癌786-O基因表达谱获得差异表达基因,为以CLU基因为靶点的肾癌基因研究提供了实验依据。     

弥漫型胃癌基因表达谱聚类分析

目的:从转录组水平识别弥漫型胃癌与正常胃黏膜间的基因表达差异,探讨胃癌分子发生、发展的机制。方法:收集22例弥漫型胃癌患者的胃癌组织及其相应远切端的正常胃黏膜。采用含14592个点的cDNA表达谱芯片建立胃癌基因表达谱。差异表达基因筛选标准为该基因在50%以上样本中肿瘤比正常组织荧光强度大2倍或以上(P<0.05)。采用系统聚类、方差分析(P<0.05)等方法进行差异表达分析,实时定量RT-PCR方法验证芯片结果。结果:胃癌组织与正常胃黏膜间的差异表达基因共357个,其中表达上调者153个;表达下调者204个。上调基因的功能主要与细胞骨架运动、基质重建和细胞黏附、细胞周期调控及信号传导相关;下调基因主要与消化功能、细胞免疫防御、代谢、凋亡抑制及电子传递相关。实时定量PCR验证结果与芯片结果一致。结论:运用cDNA芯片进行弥漫型胃癌基因表达谱分析,有助于从分子水平全方位理解弥漫型胃癌发病机制及生物学特性,也有助于发现新的分子诊断指标和基因治疗靶标。     

强直性肌营养不良1个家系基因表达谱分析

目的对天津市1个强直性肌营养不良（myotonicdystrophia,DM）家系进行基因型鉴定并筛查差异表达基因（differentiallyexpressedgenes,DEGs）,探讨其与DM发病及临床表现的关系。方法采用PCR及基因测序鉴定基因型;cRNA微阵列技术对基因表达情况进行检测和比较,找出DEGs并进行基因本体论（geneontology,GO）和京都基因与基因组百科全书通路分析;实时荧光定量PCR验证芯片结果。结果该家系为DM2型,基因芯片共筛选出391个共同表达的DEGs,其中139个表达上调,252个表达下调;GO分析发现DEGs涉及生物学过程、分子功能、细胞组分等多项功能;京都基因与基因组百科全书分析显示DEGs参与趋化因子、神经活性配体受体相互作用、细胞周期等多个生化代谢途径和信号转导途径,其中细胞因子及其受体交互作用通路与基因表达的变化最相关（P〈0．05,Q〈0．05）,涉及16个DEGs。结论天滓该DM2家系成员基因表达谱与正常人存在明显差异,每个基因在DM2中的作用有待于进一步研究。     

肺干细胞、肺癌干细胞与肺癌

背景:随着肿瘤干细胞理论的出现,近年来通过杀死肿瘤干细胞而治疗肿瘤的研究逐渐兴起,并取得一定的进展。目的:综述肺干细胞、肺癌干细胞及肺癌的研究进展。方法:应用计算机检索中国全文期刊数据库及PubMed相关文献,检索词分别为"肺癌干细胞、肺癌、肺干细胞","lung stem cell,lung cancer stem cell,lungcancer,cancer stem cell",并限定语言为英语和中文,最终入选32篇文章进行综述。结果与结论:肺癌干细胞可能起源于正常肺组织干细胞,而肺癌干细胞可能是肺癌发生的重要因素。随着对肺癌干细胞研究的深入,肺癌治疗将会进入一个崭新的阶段。     

成体干细胞与肺重建

背景：肺组织结构复杂,病变周期长,具有主动归巢与调控功能的干细胞植入的治疗手段具有巨大的应用前景。目的：全面了解成体干细胞治疗肺疾病与损伤的研究进展。方法：由第一作者检索Pubmed数据库中2011年前发表的有关成体干细胞与肺损伤,多系分化及组织重建等方面的文章,排除重复性研究。结果与结论：共检索到135篇相关文献,保留其中50篇进行综述。研究表明以骨髓来源的间充质干细胞为代表的成体干细胞具有较强的多系分化潜能,可用于治疗肺部疾病,可参与损伤修复甚至组织再生。其治疗机制及相关影响因素还有待进一步研究。     

肺癌干细胞与肺癌的发生

背景：肺癌具有高度异质性,能够抵抗化疗药物治疗,5年生存率小于15%,目前难以确定肺癌的异质性和耐药性的发病基础。肿瘤干细胞模型近年来吸引了相当多的关注,通过这种模型可以解释各种肿瘤的异质性、耐药性、休眠、复发和转移的机制。目的：通过综述各类肺癌的组织学类型和肿瘤生长部位的特征,概括肺癌干细胞与各种肺癌发生的关系,从而为消灭肺癌干细胞攻克肺癌提供理论依据。方法：以英文检索词为“lung cancer,cancer stem cel ,lung cancer stem cel ,lung cancer occur,tumor heterogeneity, drug resistance,gene mutation,signal pathways”由第一作者检索1990至2014年Sciencedirect/PubMed 数据库,查阅近年肺癌干细胞对肺癌发生的影响的相关文献,最终保留48篇文献。结果与结论：肿瘤干细胞模型近年来吸引了相当多的关注,通过这种模型可以解释各种肿瘤的异质性、耐药性、休眠、复发和转移。肺癌干细胞被认为是一类异质的细胞群,多种信号通路可以有针对性的有效的消除他们,从而有助于增强治疗效果。目前多学科通力合作,正在进行肺癌干细胞表征和靶定,这将给肺癌治疗领域带来显著的治疗受益。     

成体干细胞与肺重建

背景:肺组织结构复杂,病变周期长,具有主动归巢与调控功能的干细胞植入的治疗手段具有巨大的应用前景.目的:全面了解成体干细胞治疗肺疾病与损伤的研究进展.方法:由第一作者检索Pubmed数据库中2011年前发表的有关成体干细胞与肺损伤,多系分化及组织重建等方面的文章,排除重复性研究.结果与结论:共检索到135篇相关文献,保留其中50篇进行综述.研究表明以骨髓来源的间充质干细胞为代表的成体干细胞具有较强的多系分化潜能,可用于治疗肺部疾病,可参与损伤修复甚至组织再生.其治疗机制及相关影响因素还有待进一步研究.     

骨髓间充质干细胞对衰老模型大鼠肺损伤的修复作用

背景：研究发现外源性骨髓间充质干细胞能够定居于肺脏组织,参与肺组织的再生,但其修复衰老肺损伤方面的报道较少。目的：观察骨髓间充质干细胞减轻D-半乳糖所致肺脏组织损伤的作用。方法：选择SD大鼠30只,随机分为3组,包括对照组、衰老模型组、细胞治疗组,每组10只。衰老模型组和细胞治疗组大鼠每日皮下注射D-半乳糖,连续4个月制备衰老模型。细胞治疗组通过尾静脉输注3×10^6个骨髓间充质干细胞,每周1次,连续4周;对照组和衰老模型组给予同等剂量的细胞培养液。采用表达绿色荧光蛋白的慢病毒载体标记骨髓间充质干细胞,以确定骨髓间充质干细胞在大鼠肺脏的植入情况。测定3组大鼠肺脏组织中超氧化物歧化酶活性和丙二醛水平;苏木精-伊红染色观察3组大鼠肺脏组织结构的差异。结果与结论：绿色荧光蛋白标记的骨髓间充质干细胞移植给大鼠后,能向肺脏组织迁移并存活。与衰老模型组相比,细胞治疗组肺脏的超氧化物歧化酶活性明显升高,丙二醛水平明显降低。各组大鼠的组织病理切片显示,模型组大鼠的正常肺泡结构破坏,出现气腔扩大、肺气肿改变;而细胞治疗组大鼠的肺脏损伤有明显修复。结果可见骨髓间充质干细胞对衰老大鼠的肺脏损伤有修复作用,从而发挥其抗衰老作用。     

Endogenous lung stem cells for lung regeneration

Introduction: Lifelong maintenance of a healthy lung requires resident stem cells to proliferate according to tissue requirements. Once thought to be a quiescent tissue, evolving views of the complex differentiation landscape of lung stem and progenitor cells have broad implications for our understanding of how the lung is maintained, as well as the development of new therapies for promoting endogenous regeneration in lung disease.

Areas covered: This review collates a large body of research relating to the hierarchical organization of epithelial stem cells in the adult lung and their role in tissue homeostasis and regeneration after injury. To identify relevant studies, PubMed was queried using one or a combination of the terms ‘lung’, ‘airway’, ‘alveoli’, ‘stem cells’, ‘progenitor’, ‘repair’ and ‘regeneration’.

Expert opinion: This review discusses how new technologies and injury models have challenged the demarcations between stem and progenitor cell populations.     

人脐带间充质干细胞移植治疗大鼠急性肺损伤

背景：间充质干细胞具有免疫调节特性,脐带间充质干细胞因其特有的优势,将在急性肺损伤和急性呼吸窘迫综合征的临床应用中有着光明的前景。目的：探讨脐带间充质干细胞移植对内毒素性大鼠急性肺损伤模型的保护作用。方法：将48只健康雄性SD大鼠随机均分为正常对照组、急性肺损伤组和脐带间充质干细胞移植组。后两组采用经气管内滴注内毒素建立急性肺损伤模型。成功造模1h后,脐带间充质干细胞移植组,经气管内滴注脐带间充质干细胞混悬液,正常对照组和急性肺损伤组同法予以等量生理盐水。分别在干预后24,72h,观察肺组织病理改变,检测病理组织评分、肺组织干湿质量比、髓过氧化物酶活性及血浆白细胞介素6、白细胞介素10及肿瘤坏死因子α水平。结果与结论：脐带间充质干细胞移植可以减轻内毒素诱导的急性肺损伤模型的损伤程度;脐带间充质干细胞移植组在各时间点与急性肺损伤组比较,病理损伤评分、肺干湿质量比、肺组织髓过氧化物酶活性、血浆白细胞介素6和肿瘤坏死因子α水平均明显降低,血浆白细胞介素10水平明显升高。说明脐带间充质干细胞对内毒素性急性肺损伤模型有保护作用;其保护机制可能为脐带间充质干细胞移植维持肺内炎性递质和抗炎递质平衡。     

Type 2 alveolar cells are stem cells in adult lung

Gas exchange in the lung occurs within alveoli, air-filled sacs composed of type 2 and type 1 epithelial cells (AEC2s and AEC1s), capillaries, and various resident mesenchymal cells. Here, we use a combination of in vivo clonal lineage analysis, different injury/repair systems, and in vitro culture of purified cell populations to obtain new information about the contribution of AEC2s to alveolar maintenance and repair. Genetic lineage-tracing experiments showed that surfactant protein C–positive (SFTPC-positive) AEC2s self renew and differentiate over about a year, consistent with the population containing long-term alveolar stem cells. Moreover, if many AEC2s were specifically ablated, high-resolution imaging of intact lungs showed that individual survivors undergo rapid clonal expansion and daughter cell dispersal. Individual lineage-labeled AEC2s placed into 3D culture gave rise to self-renewing “alveolospheres,” which contained both AEC2s and cells expressing multiple AEC1 markers, including HOPX, a new marker for AEC1s. Growth and differentiation of the alveolospheres occurred most readily when cocultured with primary PDGFRα⁺ lung stromal cells. This population included lipofibroblasts that normally reside close to AEC2s and may therefore contribute to a stem cell niche in the murine lung. Results suggest that a similar dynamic exists between AEC2s and mesenchymal cells in the human lung.     

肺腺癌中关键RNA结合蛋白预后评估模型的构建

目的 基于生物信息学方法,评估肺腺癌中关键RNA结合蛋白的表达及预后作用.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载526例肺腺癌组织、59例正常组织,以及从基因型-组织表达(GTEx)数据库中下载288例正常组织的RNA测序数据,筛选差异表达RNA结合蛋白;单因素和多因素Cox回归分析筛选关键RNA结合蛋白并构建...     

Oncogenic and sorafenib-sensitive ARAF mutations in lung adenocarcinoma

Targeted cancer therapies often induce “outlier” responses in molecularly defined patient subsets. One patient with advanced-stage lung adenocarcinoma, who was treated with oral sorafenib, demonstrated a near-complete clinical and radiographic remission for 5 years. Whole-genome sequencing and RNA sequencing of primary tumor and normal samples from this patient identified a somatic mutation, ARAF S214C, present in the cancer genome and expressed at high levels. Additional mutations affecting this residue of ARAF and a nearby residue in the related kinase RAF1 were demonstrated across 1% of an independent cohort of lung adenocarcinoma cases. The ARAF mutations were shown to transform immortalized human airway epithelial cells in a sorafenib-sensitive manner. These results suggest that mutant ARAF is an oncogenic driver in lung adenocarcinoma and an indicator of sorafenib response.