HIV—1基因变异和分子进化及其相互关系

自1981年美国报告首例艾滋病(AIDS),HIV-I已在全球迅速传播和扩散。其主要原因是HIV-1的基因高度变异和多样性。全面并深入了解HIV-1基因变异和分子进化及其相互关系有关方面的最新进展,将有助于我们更好理解基因变异和进化在HIV-1感染、传播和致病性的影响作用,并给我们正在进行的药物和疫苗研究提供新的思路。1 HIV-1基因的变异和多样性1.1 基因变异。基因的变异是HIV-1的主要特征。许多研究证实逆转录酶(RT)将病毒     

艾滋病痴呆综合征患者HIV-1 nef基因多样性分析

目的 研究艾滋病痴呆综合征(ADC)患者体内HIV-1 nef基因变异规律,为ADC发病机制的研究提供依据.方法 提取1例ADC病例尸检标本的外周(脾)和中枢神经系统(基底核、额叶灰质、脑膜、颞叶)共5个部位组织中的基因组DNA,PCR扩增HIV-1 nef基因,与pMD19-T克隆载体连接后,蓝白斑筛选挑取阳性菌落测序,序列经BLAST分析后,每个部位取5个序列,利用Bioedit、MEGA4等生物学软件进行基因距离、系统进化树以及同义/非同义替换值(ds/dn)等分析.结果 该ADC患者感染的是HIV-1 B亚型,与标准序列HXB2比较,该病例的HIV-1 nef基因存在变异,且外周组织与中枢神经系统各组织间以及中枢神经组织不同部位的基因变异不同,相同组织来源的nef序列基因距离较小,外周和中枢的nef基因距离差异较大,该病例H IV-1 nef基因在外周和中枢神经系统变异时均受到负向选择压力.结论 ADC患者体内HIV-1 nef基因存在多样性,且不同组织部位的基因变异不同,其导致的Nef蛋白某些氨基酸位点的改变对其生物学活性的影响有待进一步研究.     

早、中、晚孕期胎盘因子体外抗HIV-1的研究

目的 探讨早、中、晚孕期胎盘因子(PF)体外抗人免疫缺陷病毒-1(HIV-1)及在HIV-1垂直传播中的作用.方法 荧光染料Calcien-AM标记的H9/HIV-1ⅢB分别与早、中、晚孕期不同稀释浓度的PF作用后,与MT2细胞培养,荧光显微镜下观察合胞休的形成;用HIV-1ⅢB感染MT2细胞,并分别与早、中、晚孕期不同稀释浓度的PF作用后,用MTT法检测HIV-1感染细胞的存活率,用ELISA方法检测细胞培养上清中p24抗原水平.结果 各孕期PF并不能抑制MT2和H9/HIV-1ⅢB细胞的融合,但可以增加HIV-1感染细胞的存活率及减少HIV-1 p24抗原的表达,且效应以早孕期PF最大,中孕期PF其次晚孕期PF最小,并与剂量呈正相关.结论 PF在体外具有抗HIV-I的作用,并呈现孕期和剂量相关性,可能在阻断HIV-1垂直传播中具有一定作用.     

树突状细胞表达分子DC-SIGN在HIV-1感染传播中的作用

DC-SIGN是一种特异性表达于树突状细胞(DC)表面的Ⅱ型跨膜蛋白，它可以通过识别人HIV-1包膜糖蛋白gp120介导DC与HIV-1特异性粘附，并增强HIV-1感染力，在HIV-1水平和垂直传播过程中起重要作用。分析DC-SIGN影响HIV-1传播过程的分子机制有利于探讨HIV-1感染的免疫和基因治疗，本文拟就有关问题作一综述。     

新一代焦磷酸测序平台在HIV／AIDS研究中的应用

Ⅰ型人类免疫缺陷病毒（ human immunodefi-ciency virus type 1, HIV-1）是引起全世界范围艾滋病（ AIDS）流行的最主要病原体。 HIV-1属逆转录病毒科,其基因组由两条相同的正链RNA构成。要完成自身的复制（增殖）,必须经历由基因组RNA逆转录形成cDNA （ complementary DNA ）的过程,故每复制一代都会向基因组中引入一定频率的新的变异,从而导致了HIV-1在传播与进化过程中产生了众多亚型（ subtype ）及复杂的重组型（ circulating re-combinant form ,CRF）,而它们之间又可发生共感染（ coinfection ）与超感染（ superinfection ）。再加之抗逆转录治疗过程中产生的各种抗药性突变准种,最终为AIDS的诊断、治疗及疫苗的研发带来了极大的障碍。因此准确分析各HIV-1亚型、重组型及抗药性准种的基因组序列,对于深入了解HIV-1的传播、进化特点和AIDS的有效诊断、防控甚至攻克,具有极其重要的意义。但与此同时,也对基因测序技术的通量、速度、准确度等提出了更高的要求。     

河北省保定市HIV-1感染者毒株基因亚型和耐药研究

目的:了解河北省保定地区2020年全部新诊断的HIV-1感染者中,HIV-1毒株基因型和耐药发生情况。方法:使用自建的方法扩增HIV-1 pol区全长基因并测序,系统进化分析鉴定HIV-1亚型,将基因序列上传至美国斯坦福大学的HIV耐药数据库,分析耐药突变位点发生情况。 结果:共收集新诊断HIV...     

2015—2019年南京市HIV-1 CRF07BC毒株流行特征及分子进化分析

目的了解2015—2019年南京市HIV-1 CRF07_BC的流行史、进化模式和传播特征, 为精准防控该毒株的传播提供科学依据。方法对南京市319例HIV-1 CRF07_BC患者的pol区基因序列扩增测序并构建最大似然树。使用MCMC(Markov Chain Monte Carlo)算法生成MCC树(Maximum Clade Credibility tree), 使用BSP(Bayesian Skyline Plot)法重塑有效人口规模数变化趋势。采用成对基因距离法构建分子网络探究其传播特征。结果 319名HIV-1 CRF07_BC感染者中, 95.0%为男性, 多性伴(2个及以上)比例达82.8%, 仅4.4%病例自报一直使用安全套, 男男同性性行为(MSM)为最主要的感染途径(77.4%)。进化树结果显示, HIV-1 CRF07_BC呈现两大流行簇:Cluster1和Cluster2, Cluster1以MSM感染病例为主, Cluster2以异性性行为感染病例为主。Cluster1和Clu...     

DC-SIGN在树突状细胞传播HIV-1中作用的实验研究

目的探讨DC—SIGN在树突状细胞（DC）传播HIV-1中的作用。方法用M嗜性或T嗜性HIV-1原代分离株分别刺激未成熟DC（immature DC，iDC））和成熟DC（mature DC，mDC），数量与DC相同的CD4^T细胞作为对照组，与活化的CD4^＋T细胞共培养，用ELISA方法定量检测第4、7、10、14天共培养上清中p24抗原，观察Dc在传播HIV-1的作用。预先加入抗DC—SIGNMcAb和，或抗ICAM-3McAb，观察抗DC-SIGNMcAb和抗ICAM-3McAb对DC传播HIV-1作用的影响。结果用M嗜性HIV-1刺激的iDC以及用M和T嗜性HIV-1刺激的mDC的共培养上清中p24含量均随培养时间延长逐渐增加，显著高于对照组（P=0．001）。加入抗DC．SIGNMcAb后，共培养上清p24抗原明显降低；加入抗ICAM-3McAb后上清中p24抗原并不减少。用T嗜性HIV-1刺激的iDC共培养上清中p24含量不随培养时间延长逐渐增加，与对照组相比差异无统计学意义。结论iDC具有传播M嗜性HIV-1的作用，但不具有传播T嗜性HIV-1的作用；mDC既能将M嗜性也能将T嗜性HIV-1传播给CD4^T细胞。抗DC-SIGN McAb能够抑制DC传播HIV-1的作用，提示DC-SIGN在DC向T细胞播散HIV-1过程中可能发挥重要作用。     

趋化性细胞因子CCL3L1与HIV-1易感性

影响HIV-1易感性的因素很多,宿主基因变异的作用不容忽视。人们由早期对HLA Ⅰ等位基因、CCR5和CCR2基因变异的关注,转向CCR5结合细胞因子水平的不同。本文阐明了趋化性细胞因子CCL3L1基因拷贝数与HIV-1的易感性和疾病进程密切相关。低于同种族CCL3L1平均基因拷贝数的人,更容易感染HIV／AIDS。此发现有助于监测个体对HIV-1的易感性,使临床医生制定更有效的治疗方案,并且对于监测疫苗的有效性具有重要意义。     

趋化性细胞因子CCL3L1与HIV-1易感性

影响HIV-1易感性的因素很多,宿主基因变异的作用不容忽视。人们由早期对HLAⅠ等位基因、CCR5和CCR2基因变异的关注,转向CCR5结合细胞因子水平的不同。本文阐明了趋化性细胞因子CCL3L1基因拷贝数与HIV-1的易感性和疾病进程密切相关。低于同种族CCL3L1平均基因拷贝数的人,更容易感染HIV/AIDS。此发现有助于监测个体对HIV-1的易感性,使临床医生制定更有效的治疗方案,并且对于监测疫苗的有效性具有重要意义。     

人绒毛膜促性腺激素在HIV-1感染中作用的体外研究

HIV-1是感染人类病毒的特殊类型。早孕期HIV-1母婴传播率相对较低，而此时人绒毛膜促性腺激素（human chorionic gonadotropin，hCG）水平最高，为此对这种较低的HIV-1母婴传播率与高浓度的hCG相关性进行了研究。     

性激素对天然免疫的调节改变女性生殖道HIV-1易感性

<正>性传播已经成为HIV-1传播的主要途径。HIV-1性传播过程中,女性作为易感群体,在HIV-1感染者中占据越来越高的比例,中低收入国家中女性感染者占到了52%的比例,而在HIV-1盛行的撒哈拉以南非洲,这一比例甚至达到了57%[1]。女性生殖道(Female reproductive tract,FRT)有一个复杂的免疫微环境,主要免疫成分包括:子宫颈阴道黏     

保定市男男性行为人群HIV-1基因亚型和传播网络研究

目的:了解河北省保定市经男男同性性行为（men who have sex with men,MSM）途径感染HIV-1（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）的患者中,HIV-1亚型分布和分子传播网络情况。方法:使用In-house方法扩增HIV-1 pol区目的基因序列,...     

2006年北京市外来人口中HIV-1感染者流行毒株gag基因序列测定和亚型分析

目的了解北京市外来人口中HIV-1亚型的特点和流行规律。方法随机采集北京市2006年外来人口中新确证HIV-1感染者的抗凝全血标本80份，分离血浆，提取病毒RNA，用套式聚合酶链反应扩增病毒gag基因，并进行序列测定和亚型分析。结果系统进化分析确定北京市外来人口HIV-1毒株属于8个亚型，分别为B亚型4份，泰国B亚型15份，C亚型1份，CRF01-AE亚型5份，CRF02-AG亚型1份，CRF07-BC亚型29份，CRF08-BC亚型3份，CRFl5—01B亚型1份。结论北京市外来人口中己存在8种HIV-1亚型和流行重组型，应该加强对HIV-1亚型变异的监测。     

辅助受体CCR5、CCR2及细胞趋化因子SDF1基因多态性与HIV-1异性传播的关系

目的 进一步阐述CCR5、CCR2和SDFl基因多态性与HIV-1异性传播的关系。方法 通过PCR／RFLP技术分析CCR5、CCR2和SDF1基因的多态性，继而分析基因多态性与HIV-1异性传播的关系。结果 在收集到的70对异性配对病例中，未能在汉族人群发现CCR5基因缺失突变，维吾尔族人CCR5Δ32基因频率为6．5％(6／92)，未发现纯合突变。有暴露史而未感染HIV-1者CCR2-64I基因频率明显高于受暴露后感染病毒者，说明CCR2-64I对异性传播可能具有一定保护作用。对SDFl基因的多态性研究发现，将病毒传播给配偶的指标病例(先感染：HIV-1一方)SDF-3′A的基因频率高于未发生传播者(较接近于统计学检验水准)，SDFl-3′A似乎是危险因素。结论 CCR5Δ32对汉族人群的HIV-1异性传播无明显意义，CCR2-64I对HIV-1异性传播可能具有一定的保护作用，而SDFl-3′A则有可能是危险因素，但有必要扩大样本量对后二者作进一步的深入研究。     

河南省分离的HIV-1 B-Thai亚型流行株全基因组克隆及序列分析

目的 克隆、鉴定自河南省分离的HIV-1 B-Thai亚型流行株并进行系统发育分析。方法收集河南省1份HIV-1感染者全血后分离的淋巴细胞，在植物血凝素存在下与健康献血员淋巴细胞共培养，从培养的淋巴细胞中提取前病毒DNA。在HIV-1基因的长末端重复序列的保守区设计引物，利用LA Tag长链扩增系统扩增HIV-1全长基因，纯化的PCR产物与pWSK29-T载体连接，成功克隆CNHN24株。对鉴定的3个克隆进行全长测序，利用局部同源法计算同源率，同时采用Phylip软件绘制HIV-1 Env、Gag和Pol基因的进化树。结果 V3V4环序列分析表明：本次克隆的CNHN24株病毒为HIV-1 B-Thai亚型，V3环区氨基酸序列比对发现在9个位点发生氨基酸替换。在含有9010bp，全长HIV-1基因的CNHN24株克隆中未发现明显的缺失、插入和重排现象，Gag、Pol、Vpr和Vif基因与RL42株的同源率达到95．42％～97．08％，进化分析显示，CNHN24株与RL42株的遗传距离最近。结论 HIV-1 CNHN24株为国内实验室完成的HIV-1全长基因克隆，为进一步研究HIV-1流行特征提供了基础。     

中国HIV-1感染疾病长期不进展者CCR2-64I、SDF1-3′A和CCR5△32的基因变异研究

目的探讨CCR2-64I、SDF1-3′A、CCR5△32基因变异对中国HIV-1感染疾病长期不进展者(long-term nonprogressors,LTNPs)疾病进程的影响.方法收集17例中国HIV-1感染LTNPs和39例中国HIV-1感染疾病典型进展者(typical progressors,TPs)的抗凝全血标本,用全自动核酸提取仪提取基因组DNA,采用PCR/RFLP技术对CCR2、SDF1、CCR5基因进行检测分析.结果LTNP组的CCR2-64I、SDF1-3′A基因突变率分别为50%和62.5%,TP组的CCR2-64I和SDF1-3′A基因突变率分别为23.08%、33.33%,LTNP组CCR2-64I、SDF1-3′A基因突变率明显高于TP组(P＜0.05);LTNP组有1例CCR5△32杂合突变,未发现纯合变异,而TP组未发现CCR5△32突变.结论CCR2-64I、SDF1-3′A和CCR5△32基因突变可能是中国HIV-1感染者疾病长期不进展的保护性因素之一.     

江西省部分吸毒人群HIV-1分子流行病学调查

目的对江西省吸毒人群进行HIV-1分子流行病学调查研究,了解HIV-1流行情况、亚型种类、毒株来源、变异情况等,为政府部门制定预防控制决策提供技术资料。方法传统流行病学与分子流行病学相结合,对江西省9例吸毒人员进行流行病相关因素分析和基因序列、系统进化分析。结果江西省部分吸毒人群不仅共用注射器,同时伴有不洁性交史。流行毒株主要为HIV-1 CRF01-AE,序列分析表明与越南和我国广西吸毒人群流行毒株相似性较高,与越南株U90087平均基因距离为9.00±2.27。系统进化分析表明,江西省吸毒人群的毒株来源完全一致。结论目前江西省吸毒人群中HIV流行已从局部向全省蔓延,流行毒株为HIV-1CRF01-AE。为阻止蔓延,应加强对吸毒人群和性乱人群的行为干预。     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.