马尔堡、埃博拉病毒双重荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立一种快速、敏感、特异的双重实时荧光定量PCR方法,可同时检测马尔堡病毒和埃博拉病毒.方法 通过序列比对挑选出两种病毒基因组中高度保守的序列,分别设计引物及Taqman探针,两条探针分别标记FAM和Texas Red荧光报告基因,建立双重实时荧光定量PCR反应体系.结果 双重荧光定量PCR方法检测两种病毒阳性标准品的灵敏度分别为30.5拷贝/μl和28.6拷贝/μl,通过检测日本脑炎病毒、黄热病毒、登革热病毒无交叉反应,有较好的灵敏度和特异性.结论 建立了马尔堡、埃博拉病毒双重荧光定量PCR检测方法,实现了两种病毒同时实时定量检测,在传染病防控领域有较好的应用前景.     

辛德毕斯病毒荧光PCR检测方法的建立

目的建立辛德毕斯病毒核酸的SYBRGREENΙ荧光PCR检测方法。方法根据辛德毕斯病毒基因组核苷酸序列特性设计引物。病毒在BHK21细胞上繁殖扩增后提取RNA和逆转录。以病毒cDNA为模板分别进行SYBRGREENΙ荧光PCR和常规RTPCR扩增,并对SYBRGREENΙPCR法的灵敏性、特异性、重复性等进行分析。结果最适退火温度为55℃,最适引物浓度为0.5μmol/L。用该方法检测2株SIN病毒株YN87448和XJ160结果均为阳性,而对其他虫媒病毒如甲病毒属Geta病毒、乙脑病毒、Batai病毒、Banna病毒、环状病毒及西方马脑炎病毒合成模板检测时结果均为阴性。根据病毒空斑形成实验结果,将YN87448病毒悬液进行连续10倍稀释后分别用常规PCR和SYBRGREENΙ荧光PCR方法进行检测。结果SYBRGREENΙ荧光PCR检测敏感性比常规PCR方法要高近100倍,检出下限可达0.1PFU/ml。对模拟感染的人血清标本检测结果表明人血清中成分对检测体系无明显影响。对151份不明原因发热和病毒性脑炎患者的血清或脑脊液标本进行检测,结果检测到6份标本阳性。结论本实验建立了辛德毕斯病毒特异性核酸的SYBRGREENΙ荧光PCR检测方法,实验结果显示了较好的特异性、广谱性,初步证实可应用于临床标本的检测,为将来用于临床和调查辛德毕斯病毒在我国的流行情况提供了新的技术手段。     

反转录酶活性检测实时荧光定量PCR方法的建立

目的 在传统产物增强性反转录酶(PERT)活性检测方法基础上建立检测反转录酶活性的实时荧光定量PCR方法.方法 以噬菌体MS2 RNA为模板,设计、合成引物和探针,并分别以连续10倍倍比稀释的AMV反转录酶(1×10-1～1×10-9 U/μl)标准品催化体外反转录反应合成相应cDNA.采用实时荧光定量PCR法检测底物cDNA模板量,并获得相应的PCR荧光值曲线,分析AMV反转录酶的相对活性.同时应用传统PERT方法对cDNA进行扩增,测定该方法的灵敏度.结果 将AMV反转录酶标准品连续10倍倍比稀释后催化反转录反应,实时荧光定量PCR分析所得的反转录产物cDNA,结果得到与理论值完全相符合的PCR标准荧光值曲线;定量分析结果显示,浓度为1×10-2～1×10-8U/μl的AMV反转录酶均可得到相应的荧光值.不同稀释度的AMV反转录酶,经传统PERT方法扩增后,结果显示浓度为1×10-3～1×10-7 U/μl的AMV反转录酶均可见大小为112 bp的阳性条带,检测灵敏度达到1×10-7U/μl.结论 成功建立了基于实时荧光定量PCR技术的检测反转录酶活性的新方法,实验操作简单,具有高精确性和无污染性,为生物制品外来污染尤其是反转录病毒污染的检测提供了参考指标.     

反转录酶活性检测实时荧光定量PCR方法的建立

目的在传统产物增强性反转录酶（PERT）活性检测方法基础上建立检测反转录酶活性的实时荧光定量PCR方法。方法以噬菌体MS2RNA为模板,设计、合成引物和探针,并分别以连续10倍倍比稀释的AMV反转录酶（1×10-1～1×10-9U/μl）标准品催化体外反转录反应合成相应cDNA。采用实时荧光定量PCR法检测底物cDNA模板量,并获得相应的PCR荧光值曲线,分析AMV反转录酶的相对活性。同时应用传统PERT方法对cDNA进行扩增,测定该方法的灵敏度。结果将AMV反转录酶标准品连续10倍倍比稀释后催化反转录反应,实时荧光定量PCR分析所得的反转录产物cDNA,结果得到与理论值完全相符合的PCR标准荧光值曲线;定量分析结果显示,浓度为1×10-2～1×10-8U/μl的AMV反转录酶均可得到相应的荧光值。不同稀释度的AMV反转录酶,经传统PERT方法扩增后,结果显示浓度为1×10-3～1×10-7U/μl的AMV反转录酶均可见大小为112bp的阳性条带,检测灵敏度达到1×10-7U/μl。结论成功建立了基于实时荧光定量PCR技术的检测反转录酶活性的新方法,实验操作简单,具有高精确性和无污染性,为生物制品外来污染尤其是反转录病毒污染的检测提供了参考指标。     

建立人微小病毒B19的PCR检测方法

人微小病毒Ｂ１９是微小病毒科中唯一能感染人的病毒。能够提供Ｂ１９抗原的病毒体外培养系统尚未建成，因此限制了血清学实验的开发和普及。为此作者建立起Ｂ１９病毒的ＰＣＲ检测方法。设计引物在表达外壳蛋白ＶＰ１基因区，扩增长度为４００ｂｐ。     

实时荧光定量PCR检测常见性传播疾病病原体基因

目的;用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)技术准确定量检测常见性病病原体基因,为临床治疗提供依据.方法采用实时FQ-PCR技术,检测了临床送检标本3641份.结果淋球菌(NGH)1416份、沙眼衣原体(CT)1165份、解脲支原体(UU)765份,人乳头瘤病毒(HPV6.11)214份、梅毒螺旋体(TP)81份,阳性率分别为26%(368/1416)、27%(315/1165)、36.5%(279/765)、77%(165/214)、21%(17/81).阳性率差异有高度显著性(P＜0.001).NGH、CT、UU、HPV6.11、TP阳性标本DNA平均拷贝数2.3×106、8.5×105、2.4×104、5.6×107、3.8×105.146例治疗后复查,其转阴率为NGH63.9%(39)、CT70%(33)、UU44.7%(17).治疗后复查转阴率差异有显著性(P＜0.05),其DNA拷贝平均数有明显下降.结论实时FQ-PCR技术检测常见性病病原体基因,具有简便、快捷、特异性高、定量准确等优点,对其诊断和治疗有指导意义.     

人类疱疹病毒6型荧光定量PCR检测方法的建立和应用

目的 建立人类疱疹病毒6型(HHV-6)荧光定量PCR检测方法,并检测临床样本.方法 根据文献合成HHV-6 U65-66基因片段的特异性引物和TaqMan探针,构建质粒制备标准品,评估该方法的特异性、灵敏度和重复性;并用该方法检测93份临床诊断为病毒性脑炎的脑脊液标本.结果 本实验检测HHV-6的灵敏度为3×10(0)拷贝/μl;标准曲线间线性关系(R2)为0.999,扩增效率为97.9％;同一样本重复检测3次,组内Ct值的变异系数最大为0.61％,组间为3.13％;特异性检测中只有HHV-6阳性标本出现扩增曲线.93份临床标本中检出HHV-6阳性2例,检出率为2.15％.结论 本实验所建立的荧光定量PCR检测HHV-6的方法特异强、灵敏高、重复性好,具有应用于临床检测的潜在价值.     

鼠艾滋病病毒荧光定量PCR标准品RNA的构建

目的合成构建鼠艾滋病病毒（FLV）荧光定量检测标准品,明确核糖核酸（RNA）标准品体外合成的基本原则。方法通过序列对比,找到FLV最为保守的区段作为RNA标准品的合成目标,进行逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）扩增,克隆于T载体,测序,设计带有T7启动子的引物,PCR扩增,将所得的PCR产物凝胶回收纯化,用T7RNA聚合酶进行体外合成RNA,最后用PCR和电泳检测验证。结果成功合成了FLV荧光定量PCR标准品。结论FLV荧光定量标准品的成功合成必须遵守以下4条基本原则：①选择保守序列;②设计引物时将潜在的终止密码或起始密码排除在PCR目标产物之外;③将启动子（如T7启动子）挂在适当的引物上,保证所合成的RNA模板与所要定量检测的RNA模板一致,而不是互补;④合成RNA后必须检测,以保证不含其他RNA或者未消化完的DNA。     

Sybr green 1实时定量PCR检测乙型肝炎病毒DNA的探索

目的寻找一种能广泛用于临床快速、简便、灵敏度和特异性较好、价格低廉的乙型肝炎病毒(HBV)DNA定量诊断方法.方法以Sybr green 1作为荧光指示剂,做样品血清DNA的实时定量聚合酶链反应(PCR),并结合溶解曲线结果,与Taqman荧光定量方法结果进行了对比.结果 Taq man法较好地检出体内HBV DNA载量.Sybr法测得样品的病毒拷贝数5.3×104 copies/ml与Taqman法所得数值9.6×104 copieslml相近,但检出率偏低.结论 Sybr green 1荧光实时定量方法简便、便宜,但检出率偏低.     

荧光定量PCR检测活检组织EB病毒感染的临床意义

目的　建立检测EBV感染的新方法并观察EBV与鼻咽癌的关系。方法　鼻咽部活检组织和石蜡包埋标本6 6例 ,采用荧光定量聚合酶链反应 (FQ -PCR)和原位杂交 (ISH)两种方法检测EBV ,其检测结果与病理诊断对照。结果 :FQ-PCR检测EBV -DNA阴性 5 2例 ,其中 5 1例为炎性病变 ,另 1例为腺癌 ;EBV -DNA阳性 14例 ,其中 13例为鳞状细胞癌 ,另 1例虽为炎症。但部分上皮细胞呈不典型增生。ISH检测EBV阳性 4 9例 ,其中 4 7例为炎性病变 2例为癌。EBV阳性 17例 ,其中 12例为癌 ,5例为炎性病变。FQ -PCR和ISH检测EBV结果 ,经卡方检测差异无显著性 (P >0 .0 5 )。结论　EBV感染与鼻咽癌有高度相关性。FQ -PCR检测EBV具有方法简单、快速、定量准确等优点。     

聚合酶链反应检测致瘤性人类疱疹病毒6型方法的建立及应用

目的　建立致瘤性人类疱疹病毒 6型 (HHV 6 )荧光定量聚合酶链反应 (FQ PCR)检测方法 ,为快速、准确地定量检测HHV 6奠定基础。方法　根据HHV 6型基因序列 ,设计并合成引物、荧光标记探针。先用特异性引物筛选HHV 6 ,其PCR片段克隆入载体 ,再对重组质粒进行筛选、测序及鉴定。确证后的HHV 6DNA片段制成标准品并作为阳性模板 ,开发HHV 6FQ PCR检测系统。用该系统测定研究样品。结果　重组质粒获得的HHV 6DNA产物经 1∶10梯度稀释后 ,制作定量曲线的循环阈值 (Ct)与模板浓度具有良好的线性关系 ,相关系数为 0 99。经本反应系统检测的临床标本共135份 ,检测到 16份HHV 6DNA阳性。结论　建立了检测致瘤性HHV 6的FQ-PCR方法 ;此方法较定性PCR技术更为简便、快速、准确 ,且具有很好的应用前景和推广价值     

狂犬病毒5aG株核蛋白基因的克隆及序列分析

用ＲＴ、ＲＡＣＥ、ＰＣＲ等方法，从中国狂犬疫苗株（５ａＧ）病毒感染的鼠脑组织中扩增病毒核蛋白基因，用双链测序法进行了全基因核酸序列分析。结果表明：该基因开放阅读框架全长１３５３ｂｐ，编码４５０个氨基酸。与其它３株狂犬病毒核蛋白相比，核酸序列同源性为９０％～９６％，氨基酸序列同源性为９５％～９６％。表明核蛋白保守性较好。     

磁珠法提取核酸检测丙肝病毒RNA载量及其临床研究

目的 探讨磁珠法提取核酸检测丙肝病毒RNA载量的方法学评价及其临床应用.方法 采用精密度、检测下限、线性分析和干扰实验对磁珠法提取核酸进行方法学评价,采用磁珠法和柱抽提法对283份标本进行检测,进行相关性分析.结果 磁珠法的高值质控血清的批内精密度为6.64±0.11,CV为1.65％,批间精密度为6.68±0.14,CV为2.09％;低值质控血清的批内精密度为4.60±0.12,CV为2.66％,批间精密度为4.56±0.19,CV为4.10％;检测下限为用磁珠法检测20份500IU/L HCV血清标本,20份标本均扩增出曲线,阳性率为100％（20/20）.磁珠法线性评估结果呈明显线性,相关系数r=0.999,P＜0.05,回归方程y=0.982x＋ 0.092.磁珠法和柱抽提法提取核酸检测HCV-RNA载量的比较,磁珠法与柱抽提法的相关系数r=0.990,P＜0.05,回归方程y=0.965x ＋0.247.结论 磁珠法提取核酸检测丙肝病毒RNA载量的方法具有较高的特异性和灵敏度,较强的抗干扰能力,且方法简便易于自动化操作,是理想的实验室核酸提取方法.     

荧光定量PCR技术在α地中海贫血基因筛查与诊断中的研究

目的 了解本地区孕妇α地中海贫血基因携带情况及其血液学特点,为预防地中海贫血出生缺陷提供科学数据.方法 采用荧光定量PCR技术,对1000例孕妇进行α地中海贫血基因筛查与诊断,阳性标本用传统地中海贫血基因诊断方法进行验证;并同时用血红蛋白电泳技术对该1000例孕妇样本进行α地中海贫血筛查.结果 1000例孕妇中α地中海贫血基因携带16例,携带率为1.6％,基因型分别是：缺失型16例,突变型0例;传统α地中海贫血基因诊断方法验证：基因型分别是：缺失型16例,突变型0例,结果全部吻合;血红蛋白毛细管电泳筛查提示有α地中海贫血者5例.结论 本地区α地中海贫血基因携带率为1.6％,采用合理的方法进行育龄孕妇普遍筛查对预防出生缺陷的发生有积极意义.     

套式PCR和原位杂交技术检测肝病患者单个核细胞内TTV DNA

目的　了解慢性乙型肝炎(中度)和原发性肝癌(HBsAg阳性)患者PBMC内TTVDNA存在情况。方法　采用套式PCR以及原位杂交技术检测外周血单个核细胞(PBMC)内TTVDNA。结果　套式PCR检测26例慢性乙型肝炎(中度)患者PBMC内TTVDNA阳性7例,阳性率269%,非常显著高于健康对照(χ2=143,P<0.001);21例原发性肝癌(HBsAg阳性)患者PBMC内TTVDNA阳性4例,阳性率190%,显著高于健康对照(χ2=486,P<0.05)。7例PBMC内TTVDNA阳性的慢性乙型肝炎(中度)患者PBMC原位杂交,其中4例细胞内阳性。结论　慢性乙型肝炎(中度)和原发性肝癌(HBsAg阳性)患者PBMC细胞浆内存在TTVDNA,且阳性率相当高。     

应用单一和双重荧光定量PCR法快速检测军团菌

目的 建立单一和双重荧光定量PCR方法分别和同时进行军团菌属及嗜肺军团菌的检测.方法 利用军团菌属16 S rRNA基因和嗜肺军团菌mip基因设计引物和探针,两条基因探针分别标记FAM和HEX,并将相关反应体系和条件进行优化.分别应用单一基因探针(单一荧光定量PCR)和双重基因探针(双重荧光定量PCR)对嗜肺军团菌、非嗜肺军团菌及非军团菌进行检测,并验证两种方法的特异度、敏感度.应用双重荧光定量PCR检测空调水样滤膜样品和DNA提取样品,比较两者结果的一致性.结果 针对军团菌属及嗜肺军团菌,应用荧光定量PCR,16 S rRNA基因和mip基因均能较好的检出,16S rRNA和mip的最低检出限分别为8和10个拷贝.经优化得到了最佳反应体系.单一荧光定量PCR方法所检的8株嗜肺军用菌及4株非嗜肺军团菌16 S rRNA基因均为阳性,嗜肺军团菌mip基因阳性,非嗜肺军团菌mip基因阴性.双重荧光定量PCR方法所检的23株嗜肺军团菌中有2株为假阴性,9株非嗜肺军团菌和非军团菌属中有1株为假阳性.49份空调水样滤膜直接检测和提取DNA后检测的结果一致,其中26份水样军团菌阳性,20份为嗜肺军团菌,6份为非嗜肺军团菌;1份弗朗西斯菌检测HEX阳性(假阳性),占实际培养分离的1/26.结论 单一及双重荧光定量PCR法特异、快速、敏感,一次同时检测嗜肺与非嗜肺军团菌,满足对空调和环境水样军团菌监测的要求.