基于网络药理学及分子对接技术的痰热清胶囊治疗新冠肺炎的物质基础及机制研究

目的运用网络药理学及分子对接技术分析痰热清胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础及潜在作用机制。方法通过文献检索痰热清胶囊化学成分,运用SwissADME平台对纳入的药物成分根据类药性及口服生物利用度筛选主要活性成分,并借助SwissTargetPrediction平台预测成分靶点信息,运用Cytoscape3.7.0软件构建药物-成分-靶点网络。在GeneCards平台检索冠状病毒肺炎的相关疾病靶点,通过STRING平台对药物成分与疾病的交集靶点构建PPI网络,同时将交集靶点导入Metascape平台获取GO基因功能注释及KEGG富集分析结果。最后借助AutoDock软件将药物成分与COVID-19 3CL水解酶进行对接。结果经筛选获得痰热清胶囊主要活性成分26个,对应靶点293个。PPI核心网络关键靶点15个;GO功能分析获得关键条目50条;KEGG富集分析得到相关信号通路19条;分子对接结果显示熊去氧胆酸、芦丁、鹅去氧胆酸、木樨草苷、汉黄芩苷、黄芩苷与COVID-19 3CL水解酶有较好的亲和力。结论痰热清胶囊主要成分可通过多靶点、多通路治疗新冠肺炎。     

基于网络药理学探讨黄芪—藿香—金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的机制研究

目的 通过网络药理学研究探讨黄芪—藿香—金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制.方法 应用中药系统药理学数据库及分析平台对黄芪、藿香、金银花的中药活性化合物进行检索、筛选.使用GeneCards数据库筛选新型冠状病毒肺炎疾病有关靶点,使用Cytoscape软件构建化合物—作用靶点网络关系图,应用STRING数据库...     

基于网络药理学的麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)作用机制探讨

目的通过网络药理学探讨麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其可能的作用机制。方法从TCMSP和TCMID数据库搜索麻杏石甘汤4味中药的活性成分及靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点;通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果从麻杏石甘汤4味药材中筛选获得127个化合物和相应靶点237个。将麻杏石甘汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到49个关键靶点。GO功能富集分析得到GO条目155个(P0.01),KEGG通路富集分析筛选得到90条信号通路(P0.01)。构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、木犀草素等活性化合物在整个网络中发挥着关键作用。结论麻杏石甘汤作用于COVID-19的PPI网络中IL-6、TNF、MAPK8、MAPK3、CASP3、TP53、IL-10、CXCL8、MAPK1、CCL2、IL-1β、IL-4、PTGS2等靶点起着关键作用,其中IL-6目前是COVID-19诊疗方案临床重症预警指标。这些靶点共同参与调节糖尿病并发症AGE-RAGE、IL-17和TNF等多条信号通路,发挥抗炎、抗病毒、免疫调节等作用,可能是麻杏石甘汤治疗新冠肺炎的潜在机制。     

基于网络药理学探讨柴胡-黄芩治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

基于网络药理学预测柴胡-黄芩药对治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选柴胡-黄芩药对有效成分及对应作用靶点,运用GeneGards数据库对疾病靶点进行预测,将两者进行映射,利用Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络并进行GO富集分析与KEGG通路分析。结果:根据筛选条件得到53个化合物、730个对应的作用靶点、247个疾病潜在靶点。GO功能富集分析得到GO条目1131个,其中生物过程(BP)条目1087个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目33个。KEGG通路富集筛选得到102条信号通路。结论:本研究预测出柴胡-黄芩药对治疗COVID-19的主要成分前六位是黄芩素、汉黄芩素、金合欢素、槲皮素、山柰酚、异鼠李碱。通过调节IL-6、IL1B、AKT1、IL1A、MAPK8、CASP8、STAT1、CCL2等靶点,调控TNF、IL-17等信号通路达到抑制炎症、调节细胞凋亡、减轻肺损伤的作用,从而达到治疗COVID-19的目的。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的分子机制

目的:从网络药理学角度探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制,为其临床治疗、新药开发提供参考。方法:在TCMSP数据库中筛选出化湿败毒方的药物有效活性成分,并提取其作用靶点,在GeneCards数据库检索COVID-19相关疾病靶点,将药物及疾病的共同靶点导入STRING数据库获取靶标蛋白互作网络关系,通过Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络、"中药-潜在活性成分-潜在靶标-疾病"网络,并利用Cytoscape3.7.2软件、R软件及相应程序包进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。同时进行分子对接验证。结果:检索得到269个药物活性成分和2 629个药物靶标,其中药物疾病共同靶标49个,GO功能富集分析涉及对脂多糖的反应、氧化应激反应及γ-干扰素介导的信号通路调控等条目,KEGG通路富集分析涉及AGE-RAGE通路、TNF信号通路、NF-κB通路、RIG-I样受体信号通路等。分子对接结果表明槲皮素、木犀草素和山柰酚与COVID-19相关蛋白及作用靶点具有较强的结合活性,可能起到类似于抗病毒药物的治疗效果。结论:化湿败毒方含槲皮素、木犀草素和山柰酚等多种活性成分,可能通过作用于多个靶点、多种通路,从抗炎、抗病毒、抗氧化、调节免疫等方面治疗COVID-19。     

基于网络药理学和分子对接的清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制探寻

目的初步探寻清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过文献检索及中药系统药理学分析平台(TCMSP)得到清开灵注射液组方药材栀子、板蓝根、金银花等的活性成分及靶标蛋白。借助Uniprot数据库查询活性成分对应靶点基因,应用Cytoscape 3.7.2构建药物-化合物-靶点网络。借助DAVID数据库进行KEGG通路富集分析,预测其作用机制。对核心活性成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)、3C类似蛋白酶(3CLpro)、RNA依赖性RNA聚合酶(Rd Rp)进行分子对接验证。结果药物-化合物-靶点网络共包含5种药物、62个化合物以及70个靶点。KEGG通路富集分析得到信号通路41条(P0.05),主要涉及细胞凋亡、Fc epsilon RI信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,刺槐素、丁香苷等与抗COVID-19药物潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清开灵注射液具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,其活性成分刺槐素等可通过作用于CASP3、CASP8、FASLG等靶点调节细胞凋亡通路及TNF通路,从而实现对COVID-19的潜在治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨半夏-藿香抗新型冠状病毒肺炎作用机制

目的:基于网络药理学筛选半夏-藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分、核心靶点、信号通路。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选半夏-藿香药对活性成分和靶点,与GeneCards、NCBI数据库中COVID-19基因集相互映射获取关键靶点,同时通过STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建关键靶点相互作用网络。利用DAVID数据库进行基因本体（GO）-生物过程(BP)及KEGG通路富集分析,获得分子对接证据支持。结果:半夏-藿香药对有效活性成分24个,关键靶点45个,共富集出生物过程、细胞组分和分子功能条目443条,通路103条。分子对接结果显示在半夏-藿香药对中,与3CLpro结合最好的是β-谷甾醇;与血管紧张素转换酶2结合最好的为槲皮素。结论:半夏-藿香药对关键化合物可能从结构上作用于严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)入侵及从多成分多靶点多通路抑制细胞因子风暴,广谱抗病毒、抑菌及免疫调节,干预网状激活系统起到治疗作用。     

基于网络药理学的党参干预肠易激综合征作用机制研究

目的基于网络药理学探讨党参治疗肠易激综合征的作用靶点和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出党参口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的化合物作为候选药效成分,利用HTDocking平台预测与候选药效成分匹配的靶蛋白,采用Cytoscape3.7.0软件构建化合物-靶点网络。通过GeneCards、NCBI和OMIM数据库查找肠易激综合征相关基因,利用Cytoscape3.7.0绘制疾病基因蛋白相互作用网络,并与党参化合物-靶点网络进行映射,发现党参治疗肠易激综合征的关键化合物和潜在作用靶点。使用Funrich3.1.3软件对潜在作用靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集,对党参治疗肠易激综合征的作用机制做出合理推测。结果共得到党参候选药效成分17个,预测作用靶点111个,肠易激综合征相关基因1368个,党参治疗肠易激综合征的关键化合物15个,潜在作用靶点55个(包括IL6、PTGS2、AKT1、EGFR、IL2、IL10、IL4等),靶点参与的功能主要有免疫应答、炎症反应等,主要富集通路有TRAILA信号通路、TNF信号通路等448条。结论党参可能通过调节PTGS2等炎症因子,参与TRAIL信号通路、TNF信号通路等途径,调节免疫反应,从而达到治疗肠易激综合征的目的。     

基于网络药理学探讨新冠肺炎初期用药清肺排毒汤的作用机制

目的：利用网络药理学方法研究清肺排毒汤（QFPDT）治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的物质基础和作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库,GeneCards数据库获得药物有效成分、靶点蛋白及相关疾病,运用Uniprot数据库查询靶点蛋白对应的基因名称。借助Cytoscape 3.7.2软件构建药物活性成分-潜在靶点,主要作用靶点-相关疾病的网络模型;运用Cytoscape 3.7.2软件中的ClueGo插件对主要潜在靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果:经筛选得到278个化合物,177个QFPDT调控的靶点蛋白。根据度(Degree)值得到QFPDT主要有效成分为槲皮素、豆甾醇、β-谷固醇和山柰酚。相关疾病较多的靶点为PTGS2、PPARG、MAPK14和CDK2,与COVID-19相关的疾病包括炎症、哮喘、肺癌、发热、病毒感染等。QFPDT作用的主要通路为IL-17信号通路,雌激素信号通路,血小板活化通路及小细胞肺癌等通路。结论:对QFPDT的物质基础和作用机制进行了初步预测,为QFPDT在COVID-19的临床治疗中提供了依据。     

基于”温病在下其郁热”探究大黄在新型冠状病毒肺炎的作用及潜在机制

目的:基于"温病在下其郁热",探讨大黄在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)治疗中的作用及潜在作用机制。方法:使用网络药理学方法,在TCMSP数据库获取大黄的活性成分和作用靶点,并通过Uniprot数据库将获得的靶蛋白名称转换成Gene Symbol;使用Cytoscape3.7.1软件,构建大黄的"化学成分-作用靶点"网络;使用STRING数据库构建作用靶标的蛋白互作网络,并导入Cytoscape中进行网络优化,再通过"MCODE"插件进行聚类分析;使用"ClueGo"插件对大黄的核心靶标进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,结果使用R软件进行可视化。结果:共筛选得到β-谷甾醇、芦荟大黄素等7个有效化合物,对应靶标49个;靶标PPI网络聚类分析得到2个子网络,涉及JUN、CASP3、IL-1β、CASP8、CASP9等18个靶标;GO分析得到G蛋白偶联胺受体活性、核受体的活动、配体激活的转录因子活性、组蛋白磷酸化和类固醇激素受体活性等296个生物学功能(P<0.01);KEGG富集得到p53信号通路、IL-17信号通路、VEGF信号通路、c型凝集素受体信号通路和TNF通路等31条通路(P<0.01)。结论:大黄可以通过多成分-靶点-通路的途径,发挥抗病毒、抗炎、抗氧化应激、抗细胞凋亡和调节机体免疫等功能,从而起到治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术研究复方芩兰口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制＊

目的 通过网络药理学方法和分子对接技术研究复方芩兰口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在靶点和作用机制，为其临床应用及科研提供理论依据。方法 利用TCMSP数据库和Swiss数据库筛选复方芩兰口服液中活性化学成分及作用靶点；通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点；成分靶点与COVID-19靶点映射后应用Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点”（herb-component-target， H-C-T）调控网络；使用STRING数据库构建PPI网络并筛选出核心靶点；采用Omicshare软件进行GO和KEGG分析，进一步挖掘复方芩兰口服液对COVID-19的多维药理作用机制；采用SYBYL-X 2.1.1软件将关键活性成分与治疗COVID-19的潜在靶点进行分子对接；最后，采用实时荧光RT-PCR技术检测复方芩兰口服液对肺损伤小鼠肺组织TP53基因表达的影响，进一步证实网络药理学分析的结果。结果 从复方芩兰口服液中筛选出82个活性成分和309个靶点，获取新型冠状病毒肺炎靶点259个，复方芩兰口服液与COVID-19有20个共表达靶点，主要核心靶点为TP53、CCND1、JUN、EGFR、MAPK3。GO富集分析得到886个生物过程（P value<0.01且FDR<0.01），KEGG分析得到112条信号通路（P value<0.01且Q value<0.01）。分子对接表明，复方芩兰口服液中汉黄芩素为degree最高的活性成分与5个主要核心靶点均具有较强的结合能力。实时荧光定量RT-PCR结果显示复方芩兰口服液能显著降低肺损伤小鼠TP53的表达（P<0.05）。结论 复方芩兰口服液可能作用于病毒感染、抑制细胞因子风暴和炎症反应相关靶点及通路，以多成分、多靶点、多通路发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学从“湿邪”探讨中医药治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制

目的采用网络药理学方法从"湿邪"角度探讨中医药治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法用Cytoscape软件构建《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第七版)》中治疗COVID-19轻型和普通型阶段4个方剂寒湿郁肺方、湿热蕴肺方、寒湿阻肺方、湿毒郁肺方的"方剂-中药"网络;利用TCMSP数据库预测筛选相关中药的有效活性成分并分别整理出每个方剂的成分;借助Omic Share平台绘制4个方剂成分的韦恩图;在Swiss Target Prediction平台预测各方剂共有成分的靶点,并在GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,将二者绘制为韦恩图,筛选出共有靶点;用STRING平台分析共有靶点和血管紧张素转化酶II(ACE2)的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;用DAVID数据库对共有靶点进行KEGG通路和GO富集分析,以及所有预测靶点与HIV病毒蛋白的相互作用分析;通过OmicShare平台和Cytoscape软件对结果进行可视化处理。结果筛选出4个方剂的22个共有成分,预测到的268个靶点中有31个与COVID-19相关,其中3个靶点与ACE2有直接的相互作用,有129个靶点与4个HIV蛋白存在相互作用,通过KEGG通路和GO富集分析,分别筛选出87条通路和141条条目。结论确定了治疗COVID-194个方剂的共有成分与湿邪的联系;推断中医药从"湿邪"治疗COVID-19的作用机制可能包括抗病毒、抗炎症、调控免疫系统、负向调节宿主细胞凋亡、消血栓、修复肺部损伤等;2-羟基异氧丙基-3-羟基-7-异戊烯-2,3-二氢苯并呋喃-5-羧酸具有较大的潜在抗疫活性。     

Network analysis and molecular docking of the mechanism of Shengmai decoction in treating patients with severe novel coronavirus pneumonia

Background:Studies have shown that, Shengmai injection (Shengmai decoction) which has been included in the diagnosis and treatment of coronavirus disease 2019 (COVID-19), is effective in the early treatment of patients with severe COVID-19. However, the mechanism of its intervention in severe stage of COVID-19 at molecular level is still unclear. Therefore, it is necessary to further explore the mechanism of Shengmai decoction in the treatment of patients with severe COVID-19 based on network pharmacology. Methods:The Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology, BATMAN, UniProt databases and the published literatures which contain the reported compounds that have therapeutic effects on COVID-19 were used to screen out the active ingredients and targets of Shengmai decoction, and the"drug-active compound-target"network was constructed. The GeneCards database was used to screen out the targets of COVID-19. The protein-protein interaction network map was constructed by mapping two genes, and the network of active ingredients, targets and disease was constructed using Cytoscape software. Thereafter, Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes enrichment analyses of the key targets were performed using the Metascape Site Maintenance website and David databases. The Gene Ontology function and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway enrichment of the mapping targets were analyzed. Results: The active component-target network contained 73 main compounds and 457 targets. The first five main active components (hydroquinone, guanosine, ophiopogon C, ophiopogon B, ophiopogon D) were obtained by topological analysis of 33 common targets. Using the Matthews correlation coefficient algorithm, the key targets included albumin, tumor necrosis factor, and cyclic adenosine response element binding. Compounds in Shengmai decoction were found to have good binding effect and strong interaction with caspase-8, caspase-3, apoptosis regulator Bcl-2, tumor necrosis factor, C-C motif chemokine 3, to inhibit the inflammatory response and improve lung injury. Additionally, 31 biological processes were obtained by Gene Ontology enrichment, mainly related to lipopolysaccharide response and cytokine-mediated signal pathways, and 71 biological processes were obtained by Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes enrichment, mainly related to pulmonary tuberculosis, hepatitis B, and mitogen-activated protein kinase signal pathways. Conclusion:Shengmai decoction has multicomponent, multitarget and multichannel characteristics, which can provide an important theoretical basis to treat patients with severe COVID-19.     

丹参酮ⅡA治疗增生性瘢痕的网络药理学研究

目的利用网络药理学技术对丹参酮ⅡA(TanⅡA)治疗增生性瘢痕(HS)进行生物分子网络分析,预测其作用靶点及机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Genecards数据库收集整合TanⅡA相关靶点数据,经Genecards数据库和DisCeNET数据库收集筛选HS靶点数据;采用Cytoscaβe 3.6.1软件构建TanⅡA治疗HS的"成分-靶点"网络、"疾病-靶点"网络以及"成分-靶点-疾病"网络;利用STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,根据度值和介数筛选出关键靶蛋白;利用BINGO和MCODE插件对潜在靶点进行Gene Ontology(GO)生物过程富集和聚类分析;利用R软件3.5.3版中的clusterProfiler 3.8程序包对靶点进行KEGG信号通路富集分析。结果共筛选出56个潜在作用靶点,发现其中IL-6、VEGFA、TNF、TGF-β1、AKT1、TP53、EGFR等19个关键靶点;GO生物进程分析共包含1 085条富集结果,聚类分析后得到蛋白激酶级联反应、毛囊发育、内环境稳态等40个子簇;KEGG信号通路富集主要涉及TNF、PI3K-Akt、MAPK等137条信号通路。结论 TanⅡA可能通过多靶点、多途径对HS发挥治疗作用,可为丹参治疗HS提供候选靶标和候选药物。     

基于网络药理学的疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制探析

目的探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索疏风解毒胶囊有效活性成分及作用靶点。运用GeneGards等数据库对疾病靶点进行筛选,使用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络,通过DAVID数据库对靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果共得到疏风解毒胶囊有效活性成分共207个,其中作用于COVID-19的60个活性成分可通过46个潜在靶标作用于COVID-19。富集得到GO中1 343个生物过程条目和6条KEGG通路,涉及内分泌抵抗、MAPK信号通路、精氨酸生物合成路径等。结论疏风解毒胶囊主要通过黄酮类和植物甾醇类活性成分调节IL6、IL1B、CCL2、MAPK8、MAPK1、MAPK14、CASP3、FOS、ALB等关键靶点,调控炎症反应、氧化应激损伤、细胞凋亡、肺纤维化增生等过程减轻肺损伤来治疗COVID-19。     

基于网络药理学和分子对接探讨寒湿阻肺方治疗COVID-19 的作用机制

目的利用网络药理学数据挖掘分析和分子对接的方法,探讨寒湿阻肺方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法在中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)等获取寒湿阻肺方的有效成分和靶点,使用GeneCards等数据库检索冠状病毒肺炎的靶点,借助Cytoscape软件构建和分析有效成分-靶点网络,开展基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,使用Autodock Vina进行分子对接。结果筛选出寒湿阻肺方治疗冠状病毒肺炎的48个有效成分和48个潜在作用靶点;GO富集主要集中在脂多糖反应、细胞因子受体结合等条目;KEGG主要涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素17(IL-17)等信号通路;分子对接显示柚皮素等多个有效成分与刺突糖蛋白及血管紧张素转化酶2(ACE2)的亲和力高于参考药物。结论寒湿阻肺方治疗COVID-19主要通过调控AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路,抑制过度的炎症反应,减轻肺损伤。     

基于网络药理学研究小儿升麻方对流感病毒性肺炎小鼠的治疗作用机制

目的研究小儿升麻方对流感病毒性肺炎小鼠的治疗作用,并通过网络药理学方法探究其抗流感病毒性肺炎的作用机制。方法小鼠随机分为对照组,模型组,小儿升麻方低、中、高剂量(1.75、3.50、7.00g/kg)组和生理盐水组,给药第2天,经鼻滴入0.03 m L FM1流感病毒尿囊液建立流感病毒性肺炎模型,第7天测定小鼠肺指数。采用网络药理学方法在TCMIP数据库查找小儿升麻方各药材化学成分和靶点信息,在Genecards数据库中查找流感病毒性肺炎相关靶点,通过韦恩图筛选小儿升麻方与流感病毒性肺炎的共同靶点,借助Omicsbean分析系统与STRING数据库对共同靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路分析。结合STRING数据库与Cytoscape 3.7.0软件将共同靶点进行可视化处理,筛选核心靶点,构建"药材-成分-靶点-通路"网络。结果小儿升麻方高剂量组显著降低流感病毒性肺炎小鼠的肺指数(P<0.05)。小儿升麻方与流感病毒性肺炎有69个共同靶点,通过蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络筛选出24个核心靶点,对应29个化学成分,86条主要通路。结论小儿升麻方对流感病毒性肺炎小鼠有潜在的治疗作用,可通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗流感病毒性肺炎作用。     

基于网络药理学与化学成分研究的连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）作用机制探讨＊

目的 通过网络药理学与分子对接的方法，根据最新研究进展，探讨连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 纳入相关化学成分研究，从中明确连花清瘟胶囊内所含有的化学成分与入血成分信息；于TCMSP、STITCH数据库搜索药物作用靶点蛋白后使用UniProt数据库进行相关转化；通过GeneCards、DisGeNET、UniProt数据库筛选COVID-19相关靶点，同时利用PubMed数据库搜索SARS-CoV-2病毒全基因组信息；将药物有效成分作用靶点与疾病靶点比对筛选后构建连花清瘟内有效化合物治疗COVID-19的核心成分-靶点相互作用网络图；利用STRING平台对核心靶点进行PPI网络分析，找出关键靶点信息；使用CytoScape插件ClueGo对核心靶点进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析；将核心成分与相关受体通过Autodock Vina软件进行分子对接分析。结果 筛选出连花清瘟胶囊中25个活性成分和146个潜在靶点，新冠肺炎相关靶点为122个，经比对后选出与连花清瘟胶囊治疗新冠肺炎核心作用靶点为26个；通过PPI网络数据选出IL6、IL10、TNF、CCL2、DPP4等核心靶点，KEGG通路与GO富集分析筛选出17条信号通路，7个相关的生物进程；分子对接结果显示大黄素、芦荟大黄素、山奈酚、芦丁等成分同与ACE2结合的SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域结合能较强。结论 通过网络药理学证实了连花清瘟胶囊多成分、多靶点、整体调节的作用特点，预测了LQC治疗COVID-19的主要可能的作用机制，为其活性成分研究和实验研究提供理论依据，并有助于阐明连花清瘟胶囊对新冠肺炎的治疗原理。     

Possible mechanisms underlying treatment of Alzheimer's disease with Traditional Chinese Medicine: active components,potential targets and synthetic pathways of Bulao Elixir

OBJECTIVE: To elucidate the mechanisms underlying the treatment of Alzheimer's disease(AD) with Traditional Chinese Medicine(TCM), by examining the active components, potential targets and synthetic pathways of Bulao Elixir(BLE).METHODS: The Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion(ADME)/Toxicology(T) calculation was used to screen the active components of Bulao Elixir. Based on the TCM Systems Pharmacology Analysis Platform(TCMSP database) and a text mining tool(GoPubMed database), we predicted and screened the active components of Bulao Elixir and its therapeutic targets for AD. Using the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery(DAVID), we obtained the targets for AD. Cytoscape software was used to establish a network map of the active component-target and target-pathway of Bulao Elixir. Gene function, related biological processes and signaling pathways were analyzed using the DAVID database.RESULTS: Twelve active components were selected from 196 components of Bulao Elixir. Among 2209 targets, 102 effective targets were selected, and 30 important targets were identified via matching with the disease targets. After further analysis, 14 core targets were identified. Enrichment analysis revealed that most of these important targets were involved in multiple biological processes, including apoptosis, inflammatory reactions, and cell regulation cycles. The synthetic pathways for AD treatment were identified after analyzing and confirming the relevant pathways, providing potentially useful information for diagnosis and treatment methods for AD.CONCLUSION: The current study elucidated the potential treatment mechanisms of Bulao Elixir in AD using network pharmacology, providing a foundation for further clarification of its treatment targets.