基于TCGA数据挖掘的乳腺癌预后相关mRNA研究

目的:寻找可作为乳腺癌生物标志物的mRNA.方法:利用癌症基因组图谱和基因表达数据库的转录组测序数据集进行差异分析和功能富集分析,构建蛋白相互作用(Protein Protein Interaction,PPI)网络,然后采用Lasso回归构建风险预后模型,以鉴别高风险和低风险病例.结果:共鉴定出176个上调mRNA和...     

基于上皮-间质转化标记的循环肿瘤细胞表型检测对原发性乳腺癌的预后评估意义

目的 探讨基于上皮-间质转化(EMT)标记的循环肿瘤细胞(CTCs)表型检测对原发性乳腺癌的预后评估意义.方法 回顾性分析16例具有化疗前后两次Canpatrol CTCs分型与计数结果的乳腺癌患者的临床病理及生存资料.结果 肿瘤直径越大者(P=0.021)、淋巴结有转移者(P=0.017)、TNM分期越高者(P=0....     

基于ESTIMATE算法探究TCGA数据库免疫相关基因在乳腺癌中的预后价值

目的 根据ESTIMATE算法探究TCGA数据库中免疫相关基因在乳腺癌中的预后价值。方法 从TCGA数据库获取606例乳腺癌患者的临床信息和肿瘤样本的转录组数据,采用edgeR方法对转录组数据进行差异表达分析,通过ESTIMATE算法筛选出基于免疫分数或间质分数高低分组的差异表达基因;使用R软件绘制差异表达基因的聚类分析热图;使用韦恩图对基于免疫分数和间质分数得到的差异表达基因进行交集分析;运用STRING数据库,搜索并预测表达显著差异基因编码蛋白质之间的相互作用;通过单因素Cox回归分析评估差异表达基因的预后作用;运用DAVID数据库对差异表达基因进行GO富集分析以及KEGG通路富集分析。结果 生存分析结果显示,高免疫分数组患者的总生存期中位值943天,而低分组患者总生存期中位值860天,显著高分组患者总生存期显著高于低分组患者(P<0.05);而间质分数与乳腺癌患者总生存期之间无差异(P>0.05)。进一步对免疫分数高分组和低分组患者表达上调的951个差异表达基因进行生存分析,发现160个基因与乳腺癌患者的总生存期显著相关;对上述160个基因进行蛋白质互作分析,富集出与...     

上皮间质转化在乳腺癌中的研究进展

上皮间质转化（epithelial - mesenchymal transition,EMT）是上皮细胞通过特定程序转化为具有间质表型细胞的生物学过程,是一种重要的病理生理现象。EMT 的发生涉及多种信号转导通路,与诱导因子、转录因子等有关。而乳腺癌的发生、发展受多个因素影响和多个信号传导途径调控,近年研究发现 EMT 在乳腺癌的原位浸润和远处转移中发挥重要作用。本文就 EMT 与乳腺癌涉及的信号通路、浸袭转移及耐药的最新研究进展作一综述。     

雄黄外用对三阴性乳腺癌上皮间质转化的调控作用研究

目的 研究中药雄黄外用对三阴性乳腺癌上皮间质转化的作用及调控机制。方法 采用人三阴性乳腺癌MDA-MB-231细胞构建裸鼠人乳腺癌移植瘤模型后,将裸鼠随机分为模型组、雄黄外用组、卡培他滨片组,干预6周后取材。通过HE染色、免疫组化、Western blot、qPCR等方法观察雄黄外用对乳腺癌肿瘤上皮间质转化的调控作用,同时对动物血常规,肝、肾功能指标进行检测。结果 雄黄外用可使乳腺癌组织出现一定程度的坏死,抑瘤率为30.2%;与模型组比较,雄黄外用组裸鼠肝、肾功能及血常规检测等未见明显异常;肿瘤组织免疫组化结果提示,雄黄外用可增强上皮钙黏蛋白(E-cadherin)表达,降低波形蛋白(Vimentin)表达;Western blot和qPCR结果提示：与模型组比较,雄黄外用可上调肿瘤组织中E-cadherin表达,减弱Vimentin、Twist1、TGF-β1的表达,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论 雄黄外用可抑制人三阴性乳腺癌移植瘤在体生长,其机制与增强E-cadherin表达,降低Vimentin、Twist1、TGF-β1的表达,实现对乳腺癌上皮间质转化的调控相关...     

基于 TCGA 数据库确定低级别胶质瘤免疫 相关lncRNA并构建预后模型

目的 筛选低级别胶质瘤(LGG)预后相关的免疫lncRNA,构建免疫相关lncRNA 预后风险模型。方法 从 公共数据库 TCGA 下载 LGG转录组数据及相应的临床信息,用 R 语言以共表达法获取免疫相关lncRNA,单因素和多 因素 Cox回归分析筛选得到有预后价值的免疫相关lncRNA,并以其构建风险模型。根据风险值将患者划分为高风险 组和低风险组,采用 Kaplan-Meier法进行生存分析并绘制生存曲线图,使用 ROC曲线对风险模型的准确性进行评估。 同时采用单因素和多因素 Cox回归法分析风险评分和其它临床因素与 LGG患者生存预后的关系。通过 Cibersort软件 计算22种免疫浸润细胞在高、低风险分组中的相对比例。最后对风险模型中4个lncRNA 与主要的免疫检查点分子进 行相关性分析。结果 通过免疫基因-lncRNA 共表达网络筛选出79个免疫相关lncRNA,利用单因素 Cox回归筛选出 8个有预后价值的免疫相关lncRNA,基于 多 因 素 Cox回 归 分 析 最 终 确 定 4 个 关 键lncRNA(RFPL1S、AC145098.1、 AC090559.1、TGFB2-AS1),并构建风险模型。根据中位风险值将患者分为高风险组和低风险组,生存分析显示两组生 存时间存在显著差异(P<0.01),预后风险模型曲线 AUC值为0.788。多因素 Cox回归分析显示患者年龄、肿瘤级别和 风险分数均是预后不良的独立危险因素。Cibersort法分析结果显示高风险组 LGG 患者肿瘤中有较多的单核细胞和 M2型巨噬细胞浸润。相关性分析显示模型中的4个lncRNA 与 PD1、PD-L1、CD47及 CTLA4之间存在较强的相关性 (均P<0.05)。结论 通过生物信息分析技术成功构建基于lncRNA 表达水平的 LGG患者预后模型,所确定的4个关键lncRNA 有望成为判断 LGG患者预后的指标和潜在治疗靶点。     

双氢青蒿素逆转乳腺癌细胞MCF-7上皮-间质转化的分子机制

目的:探讨上皮-间质转化(EMT)参与乳腺癌细胞侵袭和转移的过程;双氢青蒿素(DHA)在逆转乳腺癌细胞上皮-间质转化(EMT)过程中的作用,并探讨NF-κB信号分子可能参与逆转EMT过程。方法:利用DHA处理脂多糖(LPS)诱导的乳腺癌细胞株MCF-7,观察细胞形态变化;Western Blot实验及RT-PCR检测DHA干预前后钙黏蛋白(E-cad以及波形蛋白Vimentin)表达水平的变化;Transwell实验检测DHA干预前后乳腺癌细胞侵袭能力的变化;通过Western Blot免疫印迹检测DHA干预前后核转录因子Snail以及P65蛋白的表达变化。结果:DHA可逆转LPS诱导的乳腺癌细胞MCF-7EMT发生,使LPS诱导的EMT相关蛋白E-cad表达上调、Vimentin表达下调;并下调Snail蛋白及NF-κB P65的表达。DHA可抑制发生EMT的乳腺癌细胞运动及侵袭。结论:1LPS可诱导乳腺癌细胞系发生EMT,并增强细胞侵袭能力;2DHA逆转乳腺癌细胞EMT,抑制NF-κB信号通路进而下调核转录因子Snail的表达。     

Versican与胃癌上皮-间质转化相关蛋白的表达及意义

目的 探讨胃癌组织中Versican与上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)相关蛋白E-钙黏蛋白(E-cadherin)和N-钙黏蛋白(N-cadherin)的表达及其相关性,并分析其临床意义。方法 用免疫组织化学EliVision法和qRT-PCR检测胃癌组织和相应癌旁正常胃黏膜组织中Versican、E-cadherin和N-cadherin蛋白和mRNA的表达情况,分析上述蛋白表达与胃癌临床病理特征的关系及蛋白之间的相关性,利用Kaplan-Meier法评估Versican蛋白表达与胃癌患者预后的关系,用COX比例风险模型分析影响胃癌患者的预后因素。结果 胃癌组织中Versican和N-cadherin蛋白表达的阳性率显著高于癌旁胃黏膜(P<0.001),而E-cadherin蛋白表达的阳性率显著低于癌旁胃黏膜(P<0.001)。qRT-PCR结果显示,胃癌中Versican和N-cadherin mRNA水平高于癌旁胃黏膜,E-cadherin mRNA水平低于癌旁胃黏膜(P<0.05)。Versican...     

乳腺癌中ZNF217通过激活上皮间质转化通路分子对骨转移的促进作用

目的:ZNF217是否通过激活上皮间质转化(EMT)的分子,参与促进恶性肿瘤细胞的迁徙,导致骨转移。方法:培养不同生物学行为的SUM-159和MDA-MB231乳腺癌细胞,以及移植瘤小鼠。检测ZNF217过表达与EMT相关基因(Snail1和Twist)表达的关系,探索ZNF217过表达癌细胞骨转移的发生率,随访49例Ⅳ期(或复发)乳腺癌中发生骨转移患者,进一步验证ZNF217过表达与骨转移的关系。结果:乳腺癌SUM-159细胞较MDA-MB231细胞的ZNF217表达水平高,并对阿霉素耐药,且高表达ZNF217的SUM-159侵袭性更高。SUM-159和MDA-MB231移植瘤小鼠中,前者的骨转移发生率更高,骨转移组织检测显示ZNF217过表达,而且EMT相关基因表达(Snail1和Twist)也存在明显上调。随访乳腺癌患者中,ZNF217过表达患者骨转移发生率更高(31%vs 18%,χ2=4. 3,P=0. 038),而且生存时间更短,无进展生存时间(PFS)为10. 7个月(9. 5～11. 8月),ZNF217低表达患者PFS为12. 7个月(11. 7～13. 6月)(Log Rank=4. 8,P=0. 029)。结论:ZNF217可能通过促进EMT通路相关基因的激活,增加细胞迁徙能力,导致乳腺癌骨转移,可能是预测乳腺癌患者骨转移和预后的生物标志物。     

乳腺癌中Nestin与CD133的表达与上皮间质转化的关系

目的 探讨乳腺癌中巢蛋白(Nestin)与CD133的表达与上皮间质转化(EMT)的关系.方法 收集复旦大学附属中山医院青浦分院2010年1月至2013年6月67例乳腺癌病理标本,使用免疫组织化学染色,观察Nestin、CD133与E-cadherin在乳腺癌中的表达.结果 Nestin的总体阳性率为73.13%(49/67),CD133的总体阳性率为40.30%(27/67).Nestin在三阴性乳腺癌和非三阴性乳腺癌中的阳性率分别为90.48%(19/21)和65.22%(30/46),差异无统计学意义(P>0.05),而CD133的分别为71.43%(15/21)和26.09%(12/46),差异有统计学意义(P<0.01).Nestin和CD133在E-cadherin阴性组中的阳性率为95.83%(23/24)和58.33%(14/24),高于在E-cadherin阳性组中的60.47%(26/43)和30.23%(13/43),差异均有显著统计学意义(P<0.01).结论 Nestin能够用以特异性检测乳腺癌干细胞的表达,CD133能够用以特异性检测三阴性乳腺癌中干细胞的表达,乳腺癌组织表达干细胞标记可能与肿瘤细胞发生EMT有关.     

基于生物信息学分析的乳腺癌4-miRNAs预后模型

目的 构建乳腺癌患者微小RNA(miRNA)预后模型,为其个体化管理提供理论依据.方法 从TCGA(the Cancer Genome Atlas)数据库下载乳腺癌的miRNA、mRNA表达谱及临床数据,通过单因素和多因素COX回归分析构建miRNA预后模型,采用受试者工作特征曲线(ROC)及曲线下面积(AUC)检验模...     

基于TCGA数据库构建雌激素受体阳性乳腺癌患者的预后风险模型

目的:构建微小RNA(miRNA)表达的预测雌激素受体(ER)阳性乳腺癌患者预后的风险模型.方法:分析了TCGA数据库下载的ER阳性乳腺癌患者的miRNA表达数据和临床资料,筛选出与ER阳性乳腺癌特异性相关的miRNA并构建了miRNA-临床的预测ER阳性乳腺癌患者3年和5年生存率的预测模型.受试者工作曲线(ROC)和...     

BCRP在浸润性乳腺癌中的表达及其与上皮间质转化相关蛋白的相关性

目的:探讨乳腺癌耐药蛋白（BCRP）在浸润性乳腺癌组织中的表达情况及其与上皮间质转化相关蛋白的相关性。方法:采用免疫组织化学方法检测80例浸润性乳腺癌组织、40例癌旁组织、40例乳腺纤维腺瘤组织中BCRP蛋白的表达情况,分析其与临床病理参数的关系,进一步研究BCRP蛋白与上皮性钙黏蛋白、神经性钙黏蛋白的相关性。结果:BCRP蛋白在浸润性乳腺癌中的阳性表达率为57.5%。BCRP蛋白阳性表达率在组织学分级、淋巴结转移和TNM分期间差异均有统计学意义（P<0.05~P<0.01）。BCRP与HER-2、神经性钙黏蛋白表达均呈正相关关系（P<0.01）,与上皮性钙黏蛋白呈负相关关系（P<0.01）。结论:在浸润性乳腺癌中,BCRP蛋白可能与乳腺癌的发生、发展密切有关,同时与上皮间质转化存在一定的相关性。     

上皮间质转化和内皮间质转化在肾纤维化中的研究进展

上皮间质转化（EMT）和内皮间质转化（EndMT）参与各种纤维化疾病的发病机制,EMT和EndMT已经成为器官纤维化研究的一个重点课题。EMT和EndMT在肾的纤维化过程中起到至关重要的作用。越来越多细胞内外分子可控制EMT和EndMT的表达,尤其是microRNA（miRNA）在EMT和EndMT中的调控作用,已被确定可利用于开发治疗纤维化。本文综述了EMT和EndMT在肾纤维化中的研究进展,了解EMT和EndMT参与肾病纤维化过程的机制,这将会给人类肾纤维化疾病的治疗提供一种新的靶点和方法。     

上皮间质转化与肝癌微环境变化的关系

通过对上皮间质转化理论基础的回顾,探讨上皮间质转化、间质上皮转化与肝脏纤维化及肝癌干细胞转化的关系,从而寻找肝癌干细胞的相关基因、抗体标记物及关键通路,这不仅有利于肝细胞癌分期的诊断,提示预后,更为寻找医治肝癌的方法提供更多的研究方向。     

上皮间质转化分子机制研究进展

上皮间质转化（Epithelial-mesenchymal transition,EMT）,是上皮细胞失去上皮特性获得间质细胞表型的一种生物现象,发生EMT后,细胞E-钙黏蛋白、角蛋白等上皮标记基因表达降低,波形蛋白、纤维连接素、N-钙黏蛋白等间质标记基因表达升高。已证实EMT参与肿瘤侵袭转移,在肿瘤转移过程中,癌细胞通过EMT而获得问质细胞表型和侵袭性,实现对周围组织的浸润;在种植部位,     

榄香烯在肿瘤细胞上皮间质转化中调控作用

目的 肿瘤转移是导致肿瘤进展、患者病死的主要原因,上皮间质转化则是肿瘤细胞发生转移的首要条件.探究逆转肿瘤细胞上皮间质转化的机制及药物已成为医学研究的热点.方法 利用榄香烯作用于人肿瘤细胞系,主要为H1299细胞系、MCF7细胞系和SW480细胞系,并利用克隆形成实验及Transwell实验检测榄香烯作用后,各组肿瘤细...