基于网络药理学和分子对接研究黄芩治疗白癜风的作用机制

目的 利用网络药理学方法研究黄芩治疗白癜风的作用靶点和机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到黄芩中的活性成分及其作用靶点,通过SwissTargetPrediction数据库检索补充各个活性成分的作用靶点;通过OMIM、GeneCards数据库获取白癜风的相关靶点,与活性成分作用靶点取交集;将黄芩活性成分和白癜风的交集靶点导入String数据库构建靶点间的蛋白相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape 3.9.1软件,构建"黄芩-活性成分-白癜风靶点"网络并筛选核心靶点;使用Metascape数据库对潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDockTools 1.5.7软件进行分子对接验证并使用PyMol软件对结果进行可视化处理。结果 共筛选得到黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮等36个活性成分,作用于3 868个潜在靶点,白癜风相关靶点1 349个,黄芩-白癜风的交集靶点113个;PPI网络分析得到肿瘤蛋白P53(TP53)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、胱天蛋白酶3(CASP3)、雌激素受体(ESR1)共8个核心作用靶点;GO和KEGG富集分析显示,黄芩治疗白癜风主要涉及胰腺癌、内分泌抵抗、神经营养素信号通路、细胞凋亡、乙型肝炎、细胞衰老等信号通路。分子对接结果显示黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮7个核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论 黄芩可能通过调控内分泌、神经、细胞衰老和凋亡以及炎症等方面发挥治疗白癜风的作用,为后续研究黄芩治疗白癜风提供参考。     

基于网络药理学和分子对接技术探究健神糖浆治疗失眠症的作用机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接技术分析健神糖浆治疗失眠症的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、中医药整合药理学网络计算研究平台（Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP）、中国知网（China National Knowledge Infrastructure,CNKI）检索搜集健神糖浆所含中药的化学成分和潜在作用靶点,借助Genecards数据库和OMIM数据库检索失眠症的人类相关靶点基因。使用Cytoscape 3.8.2软件构建网络图,筛选出核心成分。利用STING数据库制作蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络图,并使用Cytoscape-Cyto NCA拓扑分析筛选核心靶点基因。基于Metascape数据库进...     

平喘止咳方治疗慢性阻塞性肺疾病的网络药理学与分子对接研究

目的 基于网络药理学探讨平喘止咳方治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的分子机制。方法 以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为筛选条件,通过TCMSP数据库获取平喘止咳方的主要活性成分及其作用靶点;通过GeneCards,OMIM,DisGeNET数据库获取COPD的主要作用靶点;通过Venn 2.0. 2数据库得到平喘止咳方和COPD的共有靶点,并通过Cytoscape 3.8. 0软件构建活性成分-共有靶点网络,根据度值筛选核心成分;利用String数据库进行蛋白互作网络（PPI）分析,并借助Cytoscape 3.8. 0软件,根据度值筛选核心靶点;利用DAVID数据库对共有靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后,采用Autodock Vina软件对核心成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到平喘止咳方的活性成分216个及相应靶点286个,与586个COPD靶点取交集,得到89个共有靶点。其中,核心成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-胡萝卜素、汉黄芩素、黄芩素等;核心靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白细胞介素6(IL-6)、信号...     

基于网络药理学和指纹图谱的安宫牛黄丸质量标志物预测与分析

目的 通过网络药理学与指纹图谱预测安宫牛黄丸中的潜在质量标志物（Q-Marker）。方法 应用网络药理学筛选和分析安宫牛黄丸活性成分及临床适应证（卒中、高热昏迷、脑炎、脑出血及癫痫）的作用靶点和通路，并寻找关键活性成分；应用超高效液相色谱（UPLC）构建安宫牛黄丸的指纹图谱，结合网络药理学预测其潜在的Q-Marker，并使用AutoDock Vina软件对潜在的Q-Marker与关键靶点进行分子对接验证。结果 收集得到安宫牛黄丸活性成分128个，经过筛选得到10个核心靶点（STAT3、AKT1、MAPK1等）和7个关键活性成分（小檗碱、槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、熊果酸、黄芩苷及麝香酮），涉及炎症反应、细胞免疫、脂质代谢等相关机制。安宫牛黄丸的UPLC指纹图谱，标定22个共有峰，并指认出15个色谱峰，结合网络药理学筛选出的关键活性成分初步预测4个成分为其潜在的Q-Marker，分别是小檗碱、黄芩苷、黄芩素、汉黄芩素，涉及的关键生物通路包括AGEs-RAGE通路、PI3K-Akt通路以及MAPK通路等。结论 借助网络药理学结合UPLC指纹图谱分析预测得到安宫牛黄丸潜在的Q-Marker分别为小檗碱、黄芩苷、黄芩素、汉黄芩素，为其全面质量控制提供依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨黄芩治疗糖尿病的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接探讨黄芩治疗糖尿病的作用机制。方法 从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库中筛选黄芩的主要生物活性成分及其作用靶点,在GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb等数据库中获取与糖尿病相关的疾病靶点。构建糖尿病与黄芩的作用靶点韦恩图,获得两者之间的共有靶点。借助STRING数据库生成黄芩治疗糖尿病的蛋白互作网络（PPI）,导出核心靶点,并通过Cytoscape 3.9.1软件绘制“疾病–药物–有效成分–作用靶点”网络图。结合Bioconductor数据库和R 4.3.2软件,对黄芩与糖尿病的交集基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。为了进一步验证药物与靶点之间的相互作用关系,采用分子对接技术进行深入研究。结果 经过筛选,成功识别了36个黄芩主要活性成分,19 201个与疾病相关的靶点基因,96个药物靶点以及94个共有靶点,核心靶点主要涵盖蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-6（IL-6）、JUN、环加氧酶2（PTGS2）和雌激素受体1（ESR1）等关键蛋白。GO富集结果显示有1 368个生物过程、165个分子功能、29个细胞组成。KEGG富集分析得到150条通路。分子对接结果显示,黄芩主要活性成分为汉黄芩素、黄芩素、豆甾醇,与疾病核心靶点Akt1、IL-6、JUN对接情况良好。结论 黄芩可能通过主要活性成分汉黄芩素、黄芩素、豆甾醇调节Akt1、IL-6、JUN等靶点治疗糖尿病,初步阐明了黄芩治疗糖尿病可能的作用机制,为糖尿病的临床治疗及预防提供理论依据。     

基于网络药理学-分子对接探析灭幽汤“异病同治”慢性萎缩性胃炎和胃溃疡的作用机制（英文）

本研究旨在运用网络药理学分析方法与分子对接技术研究灭幽汤异病同治慢性萎缩性胃炎和胃溃疡的作用机制。运用TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选出灭幽汤的有效成分,Genecards、OMIM、Disgenet、Drugbank数据库筛选出慢性萎缩性胃炎和胃溃疡的相关靶点;采用Cytoscape 3.9.1软件绘制“方剂-药物-活性成分-核心靶点-疾病”的网络拓扑图;采用STRING数据库构建蛋白互作网络;运用David数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路分析;采用Auto Dock4软件进行分子对接预测药物与疾病靶点的结合性,通过Py MOL2.2软件实现对接结果可视化。结果得到灭幽汤有效成分73个, CAG相关靶点761个, GU相关靶点640个,通过Venny图取交集后得到54个靶点, Cytoscape筛选后得核心靶点37个。分子对接结果显示,TP53、IL6等5种蛋白与木犀草素(luteolin)、金合欢素(acacetin)、柚皮素(naringenin)、黄芩苷(baicalein)、汉黄芩素(wogonin)有较好的结合活性;KEGG富集分析主要得到癌症通路、...     

基于网络药理学分析黄芩-槐花药对治疗高血压的作用机制

目的 采用网络药理学方法筛选"黄芩-槐花"药对治疗高血压的作用靶点,明确降压作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库(TCMSP)中黄芩和槐花的所有化学成分并筛选作用靶点,与TTD、OMIM、CTD和Genecards数据库中的高血压相关靶点取交集,并采用Cytoscape 3.6.0软件绘制相应的"活性成分-作用靶点...     

基于生物信息学和分子对接分析栀子柏皮汤治疗炎症性肠病的作用机制

目的 基于生物信息学和分子对接,探讨栀子柏皮汤治疗炎症性肠病(Inflammatory bowel disease, IBD)的主要活性成分及作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform, TCMSP)和本草组鉴(HERB)数据库筛选“栀子”“甘草”“黄柏”三味药材的有效成分和作用靶点,构建“中药-成分-靶点”网络图。通过基因表达数据库(GEO)和DisGeNET数据库筛选炎症性肠病的相关基因,并用R软件进行数据分析和可视化。通过String平台构建药物和疾病交集靶点的蛋白互作网络(PPI),并利用Cytoscape的MCODE插件筛选核心靶点。使用DAVID平台对核心靶点进行GO和KEGG富集分析。使用AutoDock将核心靶点与活性成分进行分子对接。结果 栀子柏皮汤与炎症性肠病共同作用的目标靶点有13个,GO富集分析得到相关条目49个,KEGG通路富集得到35条信号通路。结论 初步探究了栀子柏皮汤治疗炎症性肠病的潜在靶点和相关通路,栀子柏皮汤中的槲皮素、小檗碱等活性...     

阿魏酸治疗骨关节炎的网络药理学研究

目的 基于网络药理学技术对阿魏酸(FA)治疗骨关节炎(OA)进行多靶点预测分析,探讨其可能的作用机制.方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Genecards数据库收集整合与FA相关的靶点数据,利用Genecards数据库和DrugBank数据库收集筛选与OA相关的靶点数据等.结果 共筛选出61个共同靶点,发...     

基于网络药理学结合分子对接技术分析血平片治疗月经不调的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨血平片治疗月经不调的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索血平片有效成分的活性靶点,GeneCard和Disgenet数据库检索与“irregular menstruation”相关的疾病靶点,筛选出交集靶点并输入String数据库构建蛋白互作网络,利用Cypscape数据库分析并筛选出核心靶点,构建疾病–通路–靶点–化学成分网络。使用David数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和京东基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 通过网络拓扑关系图筛选出了柚皮素、大黄酚、山柰酚、甲基异茜草素、大黄素和大黄素甲醚6个主要成分与丝苏氨酸特异性蛋白激酶(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)、雌激素受体1(ESR1)、表皮生长因子受体(EGFR)和过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)6个核心靶点进行分子对接验证。结果显示,血平片活性成分大黄素、甲基异茜草素、山柰酚等与Akt1、TNF、SRC、ESR1、EGFR、PPARG均有较好的结合活性。结论 血平片可通过多成分作用多靶点治疗月...     

基于网络药理学和分子对接探讨“海藻-昆布”治疗甲状腺结节的作用机制

目的： 运用网络药理学探讨"海藻-昆布"治疗甲状腺结节作用机制。方法： 利用中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）筛选海藻、昆布的活性成分和相关靶点,通过UniProt数据库进行靶点标准化;运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络;通过Genecards数据库检索甲状腺结节相关基因;利用String数据库构建蛋白互作网络图;通过R语言和Bioconductor数据库对潜在靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析;最后通过分子对接技术将核心活性成分与核心靶点进行对接。结果： 筛选后得到海藻、昆布共11个活性成分,194个相关靶点,核心靶点有AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3等;GO分析得到129个相关过程,KEGG分析得到155条信号通路,分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论： "海藻-昆布"治疗甲状腺结节是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果,为"海藻-昆布"的临床应用以及甲状腺相关疾病临床研究提供一定的理论依据。     

基于网络药理学的黄芩治疗鼻咽癌分子机制研究

目的 通过网络药理学的方法,筛选黄芩Scutellariae Radix的主要活性成分,构建药物-成分-疾病-靶点网络,探讨其治疗鼻咽癌分子机制。方法 采用TCMSP、String及Genecard等数据库,获取黄芩化学成分及其相关靶点、鼻咽癌疾病的靶点,并制作蛋白互作网络。通过Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-疾病-靶点网络。基于生物信息学开源软件Bioconductor以及R统计程序设计语言对黄芩作用的生物学过程以及KEGG进行富集分析。结果 黄芩的36个有效成分通过调控48个靶点和99条通路对鼻咽癌进行治疗,4个关键的化合物为汉黄芩素、黄芩素、刺槐素及β-谷甾醇,可通过AKT1、JUN、CASP3、VEGFA等关键靶蛋白介导AGE-RAGE、乙型肝炎、白细胞介素17等信号通路发挥抗鼻咽癌作用。结论 黄芩可以通过多靶点、多途径参与鼻咽癌的治疗。     

当归六黄汤质量标志物的发现及其作用机制解析研究

目的：基于中药质量标志物（Q-marker）“五原则”和网络药理学，为当归六黄汤的质量控制研究提供参考，并为其临床应用提供科学依据。方法：根据Q-marker“五原则”对当归六黄汤的质量标志物进行筛选，再利用中药系统药理学数据库（TCMSP）、ChEMBL与Swiss Target Prediction平台获取功效标志物的潜在作用靶点，构建当归六黄汤质量标志物的蛋白互作网络。利用拓扑、GO、KEGG富集分析构建“关键靶点-信号通路-生物过程”网络，进而阐释当归六黄汤质量标志物的作用机制。结果：根据“五原则”和网络药理学综合分析，筛选阿魏酸、黄芪甲苷、梓醇、汉黄芩素、地黄苷D、黄芩苷、黄柏碱、汉黄芩苷、小檗碱作为当归六黄汤的质量标志物，这些标志物可能通过作用于MAPK、雌激素、PI3K-Akt等通路从而调节MAPK级联、基因表达、一氧化氮生物合成过程抑制炎症。结论：本研究初步探究当归六黄汤的质量标志物及其作用机制，为当归六黄汤的机制研究和临床应用提供更有利的科学依据与理论基础。     

网络药理学结合分子对接探讨烧伤酊治疗烧烫伤的机制

目的 以网络药理学为主要研究手段，结合分子对接技术，分析烧伤酊治疗烧烫伤的分子机制。方法 利用中药整合药理学研究平台(integrative pharmacology-based research platform of traditional Chinese medicine, TCMIP)及中药系统药理学数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选烧伤酊(榆树皮、黄柏或关黄柏)的相关靶点及其活性成分，采用UniProt数据库标准化靶点，并利用Cytoscape可视化软件构建活性成分-靶点网络，在数据库Gene Cards中检索与烧烫伤有关的基因，利用数据库STRING构建蛋白质的相互作用网络，并同时进行基因本体论(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析，最后采用分子对接技术对接核心的活性成分和靶位置。...     

基于网络药理学和分子对接技术的化滞柔肝颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制研究

目的:基于网络药理学和分子对接技术,探讨化滞柔肝颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药百科全书数据库对药物化合物靶点进行筛选,利用GeneCards数据库、DigSee数据库等对NAFLD疾病靶点进行筛选,进而构建相关网络.运用R语言对共有靶点进行基因本体功...     

基于网络药理学与分子对接探讨小儿豉翘清热颗粒治疗甲型流感的作用机制

目的 探讨小儿豉翘清热颗粒治疗甲型流感的网络药理学的作用机制。方法：运用TCMSP数据库筛选药物成分及靶点,并借助GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb数据库检索疾病靶点,利用Cytoscape 3.9.1构建“药物-活性成分-靶点”网络图,借助STRING构建蛋白互作网络图,筛选出核心靶点,通过DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,借助AutoDockTool运算分子对接结合能。结果 筛选出245种药物活性成分,269个药物靶点,2 045个疾病靶点,交集靶点131个。确定槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷甾醇、豆甾醇、黄芩素、汉黄芩素、柚皮素为药物的关键成分,确定核心靶点为蛋白激酶B1（AKT1）、肿瘤坏死因子（TNF）、TP53、白细胞介素-6（IL-6）、IL-1B、血管内皮生长因子A（VEGFA）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、胱天蛋白酶3（CASP3）。分子对接结果显示各活性成分与潜在靶点结合能力良好。结论 小儿豉翘清热颗粒作用机制复杂,可能与Toll样受体信号通路相关,可通过联合多靶点、多通路、多效应达到治疗甲型流感的作用。     

基于网络药理学探究黄芪辅助治疗肺结核的作用机制

目的 通过网络药理学方法探究黄芪治疗肺结核的作用机制.方法 运用TCMSP数据库筛选黄芪的活性成分及其作用靶点;借助GeneCard数据库筛选肺结核疾病靶点,并获得交集靶点;利用STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络;将交集靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto ...     

金钱草治疗胆囊相关疾病作用机制的网络药理学研究

目的:采用网络药理学方法探究金钱草治疗胆囊相关疾病的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),以"类药五原则"和"口服吸收利用度(OB)>30%"为标准筛选金钱草活性成分,预测相关靶点,并利用Cytoscape 3.2.1软件构建活性成分-靶点网络;在数据库TTD、OMIM、PharmGKB、DrugBank和GAD中,以"胆石症""胆结石""胆囊炎"和"胆管炎"为关键词预测相关靶点,构建疾病-靶点网络,并与活性成分作用靶点融合,获得治疗靶点,使用数据库DAVID对靶点进行通路富集分析,以靶点与活性成分进行分子对接,以此筛选出金钱草发挥治疗作用的主要成分。结果:筛选获得金钱草中具有类药性、口服吸收较好的27种成分;通过网络构建、融合得到金钱草作用靶点33个,通路富集分析得到相关通路7条,主要涉及癌症通路、ABC转运体通路等;金钱草活性成分中对接得分排序前4位的分别是山柰酚、金合欢素、橙皮素和异鼠李素,主要作用于ABCC3、ABCB1、ABCC2、ABCB4靶点。结论:金钱草主要通过ABC转运体通路发挥治疗胆囊相关疾病的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的潜在作用机制。方法 基于中药系统药理学数据库与分析平台TCMSP获取温阳抗寒汤有效活性成分及其靶点,通过Gene Cards、OMIM、Pharm GKB、TTD、Drug Bank数据库获取哮喘相关靶点,将药物靶点与疾病靶点映射得到温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的预测靶点。使用Cytoscape软件绘制药物活性成分-靶点网络图,使用String数据库构建蛋白互作网络,使用R语言进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的作用机制,使用Auto Dock Tools、Autodock vina、Pymol软件进行分子对接预测和部分对接结果可视化。结果 筛选得到温阳抗寒汤作用于支气管哮喘的有效活性成分115个,检索得到支气管哮喘相关的靶点4 802个,温阳抗寒汤与支气管哮喘的交集靶点86个,关键有效成分包括槲皮素、山奈酚、木犀草素、汉黄芩素、黄芩苷、柚皮素等,涉及的核心靶点包括HIF1A、TP53、AKT1、ESR1等。通过GO分析（P <0.05）得到GO条目1 866个,其中包括生物过程（BP）...     

基于网络药理学探讨薏苡附子败酱散治疗肝细胞癌的作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨薏苡附子败酱散治疗肝细胞癌的作用机制.方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取薏苡仁、附子、败酱草的活性成分和作用靶点,从GeneCards数据库中获取肝细胞癌候选靶点,并筛选出中药与疾病的交集靶点;采用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,g:Profi...