基于TCGA数据库筛选乳腺癌不良预后相关miRNAs及风险评估

目的基于公用数据库,寻找可作为乳腺癌生物标记物的miRNAs。方法利用人类肿瘤基因组(TCGA)数据库下载乳腺癌相关数据集,分析肿瘤组织与正常组织之间miRNAs的差异表达。Cox单因素回归分析与不良预后相关的miRNAs;对差异表达中上调的有意义的miRNAs进行Cox多因素回归分析,建立风险评估模型。结果与正常组织比较,乳腺癌组织中有370个差异表达miRNAs,其中108个miRNAs表达下调,262个miRNAs表达上调。20个miRNAs的高表达与预后不良相关。进一步建立Cox回归模型筛选出10个miRNAs组合(包括hsa-mir-148b、hsa-mir-449c、hsa-mir-106a、hsa-mir-181d、hsa-mir-9-3、hsa-mir-549a、hsa-mir-556、hsa-mir-618、hsa-mir-466、hsa-mir-135a-1)预测乳腺癌不良预后。结论筛选的10个miRNAs组合(ten-miRNAs)的高评分可成为预测乳腺癌不良预后的生物标记物。     

基于GEO数据库筛选川崎病的差异表达基因及通路的研究

目的 应用生物信息学方法分析与川崎病发病可能相关的基因及蛋白信号通路。方法 从综合基因表达数据库中下载川崎病基因表达数据集GSE18606和GSE68004。利用GEO2R工具对数据集进行预处理，筛选差异基因，将两者进行交集，得到差异表达基因（DEGs）。利用R软件富集分析DEGs的生物学功能和信号通路，利用STRING数据库和cytoscape软件构建并改进蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络，在mirdip数据库中预测核心基因对应的靶miRNAs。结果 在GSE18606和GSE68004数据集中共筛选出269个DEGs;DEGs的生物学功能主要包括免疫反应、中性粒细胞活化、细胞因子产生的正向调控、免疫反应T细胞活化、分泌颗粒膜和葡萄糖结合免疫受体活性等；信号通路主要包括造血细胞系、白细胞内皮细胞迁移、Toll样受体信号通路、胰岛素信号通路和T细胞受体信号通路；PPI网络包含218个DEGs和674对互相作用关系，其中STAT3、FGR、IL7R、HOOK3、MAPK14、LILRB2、CD2、CSF3R、SOCS3、GZMA、H2AC20、GZMK、H2BC5、ITK共14个为网络中...     

miR-141-3p对卵巢癌的作用及其机制

目的:探究miR-141-3p在卵巢癌中的作用及其相关的分子机制.方法:实时荧光定量PCR检测30例卵巢囊肿和30例卵巢癌组织中miR-141-3p和表皮生长因子受体(EGFR)的表达水平.将SKOV3细胞分为NC组(无转染的SKOV3细胞),miR-141-3p组(SKOV3细胞转染miR-141-3p),LV-EG...     

卵巢癌组织中miR-574-5p的表达及其下调后对SKOV-3细胞增殖与侵袭的影响

目的观察miR-574-5p在卵巢组织中的表达及下调miR-574-5p表达对卵巢癌细胞株SKOV-3增殖与侵袭的影响。方法实时PCR检测41例卵巢癌组织及对应癌旁正常卵巢组织miR-574-5p的表达;随机将SKOV-3细胞分为空白对照组、阴性对照组和miR-574-5p抑制物组,分别用MTT方法与Transwell细胞侵袭实验检测各组SKOV3细胞的增殖与侵袭能力变化。结果卵巢癌组织中miR-574-5p相对表达量为1.29±0.18,显著高于癌旁正常卵巢组织的0.51±0.07(P0.01);转染miR-574-5p抑制物后,SKOV3细胞的增殖能力明显下降,穿膜能力亦明显减弱(P0.01)。结论卵巢癌组织中miR-574-5p的表达水平异常增高,抑制miR-574-5p的表达能够降低SKOV3细胞的增殖与侵袭。     

miR-195-5p通过靶向STAT3调控免疫抑制基因PD-L1参与卵巢癌增殖和侵袭的机制研究

目的探究微小RNA(microRNA,miR)-195-5p通过靶向STAT3调控免疫抑制基因程序性死亡受体-配体1(programmed cell death-ligand 1,PD-L1)参与卵巢癌增殖和侵袭的机制。方法通过双荧光素酶报告基因检测方法验证miR-195-5p靶向STAT3。将卵巢癌细胞系SKOV-3分为4组:对照组、mimic组、mimic+STAT3组和STAT3组。通过质粒转染技术过表达miR-195-5p和STAT3。qPCR和Western blot检测RNA或蛋白的表达水平。分别通过CCK-8法、Transwell实验检测各组的细胞活力、侵袭能力。通过荷瘤裸鼠实验在体内验证过表达miR-195-5p对肿瘤生长、STAT3和PD-L1的影响。结果 miR-195-5p直接靶向STAT3。过表达miR-195-5p抑制STAT3 mRNA和蛋白的表达水平(P<0.05),过表达STAT3显著逆转miR-195-5p对STAT3的抑制作用(P<0.05)。Mimic组的细胞活力和细胞迁移能力显著低于对照组(P<0.05),STAT3组的细胞活力...     

基于TCGA数据的浆液性卵巢癌预后相关miRNAs筛选

目的通过TCGA数据库中浆液性卵巢癌(serous ovarian carcinoma,SOC)miRNA芯片表达谱数据分析,寻找与SOC预后显著相关的miRNAs,为后续研究提供可靠依据。方法下载TCGA数据库中SOC miRNAs表达数据及临床数据,应用SPSS20. 0软件进行数据合并及标准化处理,首先运用Spearman秩相关分析筛选miRNAs表达数据,再对筛选结果进行单因素Cox分析。结果 Spearman秩相关分析筛选出20个预后相关的miRNAs,再经单因素Cox分析筛出9个与SOC患者预后密切相关的miRNAs,经Kaplan-Meier生存曲线和ROC曲线分析验证,这些miRNAs的差异表达均与SOC预后相关。结论经Spearman秩相关分析和单因素Cox分析筛选出SOC预后相关的miRNAs的可信度较高,这些miRNAs可作为评价患者预后的新指标。     

鼻咽癌EMT相关基因的筛选及生物信息学分析

目的利用生物信息学方法挖掘鼻咽癌上皮间充质转化（epithelial-mesenchymal transition,EMT）发生的潜在分子机制。方法从公共基因芯片数据库GEO（gene expression omnibus）中寻找并下载鼻咽癌的相关基因芯片数据,并使用Genclip软件对下载的数据进行分析,寻找鼻咽癌公共基因芯片数据中与EMT相关的基因,并用生物信息学方法对筛选出来的基因作进一步分析。结果在公共的鼻咽癌芯片数据中找到35个与EMT相关的差异表达基因,这些基因功能大致与细胞组分、细胞粘附、通信、信号转导、分化、运动、迁移以及细胞表面受体相关的信号转导等有关,这些功能往往都被认为与肿瘤的侵袭和转移有关。结论利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息。鼻咽癌EMT是由于多种基因表达改变所致,这为确定鼻咽癌早期转移诊断标志与预后的预示开辟了新的思路。     

CircCRIM1调节miR-129-5p/MDM2轴对卵巢癌细胞紫杉醇耐药性的影响

目的 研究环状RNA半胱氨酸丰富跨膜BMP调节因子1(CircCRIM1)调节miR-129-5p/鼠双微体基因2(MDM2)轴对卵巢癌细胞紫杉醇耐药性的影响。方法 以实时荧光定量PCR检测人卵巢癌细胞株SKOV3及其紫杉醇耐药细胞株SKOV3-TR30中miR-129-5p与CircCRIM1、MDM2表达。体外培养的SKOV3-TR30细胞随机分为对照组、紫杉醇组、紫杉醇+阴性对照组、紫杉醇+CircCRIM1敲低组、紫杉醇+CircCRIM1敲低+miR-129-5p inhibitor组，分组转染处理后，以实时荧光定量PCR检测各组细胞miR-129-5p及CircCRIM1、MDM2、多药耐药相关蛋白3(MRP3)、P-糖蛋白（P-gp）表达；以MTT法和流式细胞实验检测各组细胞增殖率、凋亡率；以免疫印记法检测各组细胞MDM2、P-gp、MRP3及凋亡蛋白（Bcl-2、Bax、caspase-3）表达；以双荧光素酶报告基因实验检测SKOV3-TR30中CircCRIM1对miR-129-5p的靶向调节及miR-129-5p对MDM2的靶向调节。结果 与SKOV3细胞相比，SK...     

miR-129-5p靶向HMGB1对卵巢癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响及分子机制

为探讨miR-129-5p对卵巢癌(ovarian cancer,OC)细胞增殖、侵袭和迁移的影响及分子机制,qRT-PCR检测不同OC细胞株和正常人卵巢上皮细胞株中miR-129-5p的表达水平;在SKOV3细胞中分别转染miR-129-5p模拟物或无关序列,qRT-PCR检测转染后细胞中miR-129-5p的表达情况。生物信息学软件TargetScan预测miR-129-5p与高迁移率族蛋白B1(high mobility group box 1 protein, HMGB1)基因靶向结合位点,qRT-PCR、Western blotting和双荧光素酶报告基因实验分析miR-129-5p对HMGB1的靶向调控作用。分别采用MTT和Transwell实验检测SKOV3细胞增殖、侵袭和迁移能力。将miR-129-5p模拟物和HMGB1 siRNA或siRNA Control共转染至SKOV3细胞,MTT和Transwell实验检测其对细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响。结果显示,SKOV3细胞中miR-129-5p的表达量显著低于正常人卵巢上皮细胞(P0.05)。在SKOV3细胞中转染miR-129-5p模拟物可显著提高miR-129-5p的表达量(P0.05)。miR-129-5p与HMGB1 3’非翻译区存在靶向结合位点,且过表达miR-129-5p可抑制HMGB1的表达,miR-129-5p模拟物转染后相对荧光素酶活性显著下降(P0.05)。过表达miR-129-5p后,SKOV3细胞增殖能力明显减弱,侵袭和迁移能力明显受到抑制(P0.05)。而转染HMGB1 siRNA后,miR-129-5p模拟物对SKOV3细胞增殖、侵袭和迁移的抑制作用明显减弱(P0.05)。以上结果表明miR-129-5p通过靶向调控HMGB1的表达抑制SKOV3细胞增殖、侵袭和迁移。     

miR-129-5p靶向KLK7对卵巢癌SKOV3细胞增殖和侵袭的影响及分子机制

目的 探讨高表达miR-129-5p对卵巢癌SKOV3细胞增殖和侵袭的影响及分子机制。方法 采用实时荧光定量PCR方法检测卵巢癌SKOV3细胞与人正常卵巢上皮细胞株中miR-129-5p的表达。在卵巢癌SKOV3细胞中瞬时转染miR-129-5p模拟物及无意义序列,采用CCK8法及Transwell实验检测各组细胞的增殖能力和侵袭能力;实时荧光定量PCR检测miR-129-5p和KLK7的相对表达水平;Western blot检测各组细胞中KLK7蛋白表达;Targetscan 7.2和双荧光素酶实验分析miR-129-5p与KLK7的靶向关系。结果 miR-129-5p在卵巢癌SKOV3细胞中的表达低于人正常卵巢上皮细胞(P<0.05),过表达miR-129-5p降低SKOV3细胞中KLK7 mRNA和蛋白的表达,Targetscan 7.2网站分析及双荧光素酶实验证实KLK7为miR-129-5p的靶基因,过表达miR-129-5p抑制SKOV3细胞增殖和侵袭能力(P<0.05)。结论 过表达miR-129-5p可通过靶向调控KLK7抑制卵巢癌SKOV3细胞增殖和侵袭。     

circAGFG1/miR-487a-3p轴调控卵巢癌SKOV3细胞增殖、迁移、侵袭及EMT的实验研究

目的 探讨circAGFG1对卵巢癌SKOV3细胞增殖、迁移、侵袭及上皮间质转化（EMT）的影响和作用机制。方法 RT-qPCR检测31例卵巢癌患者的癌组织和对应的癌旁组织中circAGFG1和miR-487a-3p表达。体外培养SKOV3细胞,分别转染circAGFG1小干扰RNA、miR-487a-3p模拟物或抑制剂后,CCK-8法检测细胞增殖,Transwell法对细胞迁移和侵袭进行检测,Western blot对细胞中Ki-67、MMP-2、MMP-9、Vimentin和E-cadherin蛋白表达进行检测。双荧光素酶报告基因实验验证circAGFG1和miR-487a-3p调控关系。结果 circAGFG1在卵巢癌组织中表达升高,miR-487a-3p表达降低。下调circAGFG1或上调miR-487a-3p阻碍SKOV3细胞增殖、迁移、侵袭及EMT。circAGFG1在SKOV3细胞中靶向负调控miR-487a-3p表达。敲减miR-487a-3p逆转下调circAGFG1对SKOV3细胞增殖、迁移、侵袭及EMT的影响。结论 下调circAGFG1可能通过靶向上调miR-...     

基于GEO数据库的结肠癌差异基因筛选及其生物信息学分析

目的:筛选结肠癌(Colorectal cancer,CRC)癌组织与正常癌旁组织之间差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),分析结肠癌的发病机制和可能的生物标志物.方法:在基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中以"colon cancer"作为搜索词,检索关于CRC的基因表达芯片数据.采用R语言对获取的芯片数据进行基因的差异表达分析,对所得DEGs进行基因本(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路的富集分析,并对DEGs的编码蛋白进行蛋白互作分析,筛选其中的关键基因(hub gene).结果:在芯片GSE44861中共筛选出241个DEGs,包括74个上调DEGs和167个下调DEGs.GO和KEGG分析显示,DEGs分别在8条生物过程(Biological Process,BP)、5条细胞组成(Cellular Component,CC)、13条分子功能(Molecular Function,MF)注释和2条KEGG通路中富集.所有互作蛋白中筛选出10个hub基因,除P2RY14外,其余主要分布于MF注释的"CXCR趋化因子受体结合"、"趋化因子受体结合"、"趋化因子活性"、"受体配体活性"、"信号受体激活剂活性"、"激素活性",以及BP注释的"抗菌肽介导的抗菌体液免疫应答"、"抗菌体液反应"、"体液免疫反应".结论:CRC的发生可能与CXCR趋化因子受体结合以及肠道感染和免疫应答密切相关,P2RY14有可能成为CRC的筛查、诊断、预后的分子生物标志物.     

结肠癌中差异表达miRNA的筛选及在结肠癌中的临床意义分析

目的 基于生物信息学分析筛选结肠癌中异常表达的miRNA及关键miRNA对结肠癌细胞生物学功能的影响.方法 利用R语言中的limma程序包对miRNA表达谱数据进行差异miRNA筛选.将log2 FC的绝对值大于1且P<0.05的miRNA筛选出来作为显著差异的miRNA.利用miRTarBase数据库对miRNA下游...     

靶向调控c-SKI的microRNA的筛选及验证

目的筛选和验证靶向调控c-SKI并与纤维化相关的microRNA(miRNA)。方法生物信息学方法预测并结合文献报道,筛选出靶向c-SKI的候选miRNAs,RT-qPCR检测人心肌成纤维细胞(HCFBs)中候选miRNAs和c-SKI的表达,筛选出抑制作用最显著的miRNA;构建c-SKI-3′-UTR野生型(c-SKI-wt)和突变型(c-SKI-mut)载体,分别与miR-155a-5p/miR-17a-5p的模拟物、抑制剂及对照在人胚肾上皮细胞(HEK293T)中共转染,双萤光素酶报告系统检测各组荧光素酶活性;接着,分别将miR-155a/miR-17a-5p mimics和inhibitor转染至人心肌成纤维细胞(HCFBs),Western blot检测各组细胞c-SKI的表达。结果 1)经筛选miR-155a-5p和miR-17a-5p对c-SKI的抑制作用最明显(P<0.01);2)与NC组相比,miR-155a-5p/miR-17a-5p mimics组萤光素酶活性均显著下降(P<0.05),miR-155a-5p/miR-17a-5p inhibitor组萤光素酶活性均明显增强(P<0.05);3)与NC组相比,miR-155a-5p/miR-17a-5p mimics组中c-SKI蛋白表达显著下调,miR-155a-5p/miR-17a-5p inhibitor组中c-SKI的表达显著上调(P<0.01)。结论 miR-155a-5p和miR-17a-5p可分别靶向结合c-SKI的3′-UTR,在HCFBs中负性调控c-SKI的表达。     

基于TCGA数据库分析FHOD1在结肠腺癌中表达的诊断及预后评估价值

目的 基于癌症基因图谱(TCGA)数据库分析Formin家族同源结构域1基因(FHOD1)在结肠腺癌(COAD)组织中的表达水平及其对COAD患者的诊断及预后评估价值.方法 以TCGA数据库为发现数据库(检索时间段为2006年1月1日至2021年2月1日),以基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库为外部验证的数据库...     

miR-150-5p抑制TLR-5/NF-κB p65信号通路对大脑中动脉阻塞模型大鼠的神经保护效应

文题释义： 缺血性脑梗死：临床常见的一种中枢神经系统疾病,是由于脑组织局部供血动脉血流的减少或停止,造成脑组织缺血、缺氧导致脑组织坏死,具有较高的死亡率和致残率,严重威胁人类的健康和生存质量。 微小RNA：是一类长度为18-25 nt的非编码单链小分子RNA,广泛存在于从病毒到人类的各种生物中,能够与mRNA互补结合调控蛋白编码基因的表达,与细胞的生物学行为密切相关。 背景：缺血性脑梗死的病变组织中发生炎症反应,且miR-150-5p表达明显下降,miR-150-5p是否经Toll样受体5/核因子κB途径抑制炎症因子释放并减轻缺血性脑梗死组织损伤尚不清楚。 目的：探讨微小RNA-150-5p(miR-150-5p)在大鼠缺血性脑梗死中的作用及初步机制。 方法：①构建大脑中动脉阻塞模型大鼠,建模后将大鼠分为5组：对照组、miR-150-5p agomir 组、agomir control、miR-150-5p antagomir组和antagomir control组;②对照组大鼠给予生理盐水脑室注射,后4组大鼠脑室分别给予miR150-5p agomir(miR150-5p激动剂)、agomir阴性对照、miR150-5p antagomir (miR150-5p抑制剂)和antagomir阴性对照;③干预7 d后进行神经功能缺损程度(mNNS)评分,磁共振检测法测量脑梗死体积,苏木精-伊红染色观察脑组织病理学变化,qRT-qPCR法、ELISA法和免疫印迹法检测分别检测脑组织中miR-150-5p、白细胞介素6、肿瘤坏死因子α、Toll样受体5和核因子κB p65表达情况,通过检索生物信息学网站Targetscan预测miR-150-5p与Toll样受体5的结合位点,荧光素酶试验验证二者的靶向关系。 结果与结论：①与对照组比较,miR-150-5p agomir组大鼠神经功能损伤评分、脑组织中白细胞介素6、肿瘤坏死因子α水平及Toll样受体5、核因子κB p65蛋白表达明显降低(P < 0.05);miR-150-5p antagomir组生理评分及生化指标均明显升高(P < 0.05);②苏木精-伊红染色显示,对照组神经细胞排列紊乱、轮廓模糊不清,神经细胞明显变性坏死;上述病理变化在miR-150-5p agomir组明显减轻,而在miR-150-5p antagomir组中明显加重。而agomir control 组和antagomir control组与对照组各指标比较差异均无显著差异(P > 0.05);③TargerScan网站预测结果和荧光素酶报告基因分析显示,miR-150-5p与Toll样受体5存在靶向结合位点;④结果证实,miR-150-5p可抑制缺血所致脑损伤过程中Toll样受体5/核因子κB p65炎性信号通路,降低炎性反应,从而减轻神经功能损害,发挥保护作用。 ORCID: 0000-0003-4635-0842(谢媛媛) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于TCGA数据库的结直肠癌差异表达基因筛选及CCDC78新基因验证

目的:通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中大样本结直肠癌组织基因表达谱RNA测序(RNA-Seq)数据进行生物信息学分析,挖掘与结直肠癌预后密切相关的新基因,并对筛选出的新基因进行验证和功能研究。方法:从TCGA数据库下载结直肠癌RNA-Seq数据筛选差异表达基因,采用R-survival包对差异表达基因进行生存分析,筛选出与结直肠癌预后相关的基因,并从中挑选尚未在肿瘤研究中报道的表达上调最显著的新基因进行验证。采用RT-qPCR检测新基因在人结肠癌细胞、人正常结肠上皮细胞、人结直肠癌组织及配对的癌旁组织中表达水平的变化。采用慢病毒载体构建稳定沉默新基因表达的结肠癌细胞,以转染阴性对照慢病毒的结肠癌细胞为对照,采用CCK-8和Transwell实验研究稳定沉默新基因表达对结肠癌细胞活力、迁移和侵袭的影响。结果:(1)筛选出结直肠癌差异表达基因4 017个,Kaplan-Meier生存分析显示69个基因与结直肠癌患者预后差密切相关(P<0. 01),其中表达上调基因36个,这36个基因中有11个尚未在肿瘤研究中被报道。(2)表达上调倍数前3位的基因为CCDC78、PGGHG及T...