毒力相关基因芯片分析感染单核细胞的贝氏柯克斯体毒力相关基因表达

目的 建立贝氏柯克斯体感染单核-巨噬细胞的细胞模型,利用建立的贝氏柯克斯体毒力相关基因芯片分析感染不同时期细菌的转录变化,尝试在分子水平上阐述感染早期贝氏柯克斯体的致病机制. 方法 选择贝氏柯克斯体九里株的166个毒力相关基因进行PCR扩增,制备贝氏柯克斯体毒力相关基因芯片.宿主细胞采用单核-巨噬细胞THP-1,用贝氏柯克斯体九里株感染细胞,在感染后的各时间点提取RNA,逆转录成cDNA,时间零点样品设定为参照组.采用双色荧光标记,待测DNA(即各感染后的各时间点得到cDNA)用Cy5标记,参照基因组DNA用Cy3标记.芯片杂交后,采用软件GenePixPro4.1,辅助以软件Excel,进行图片处理和数据分析. 结果 芯片分析发现贝氏柯克斯体16个基因在感染单核细胞的24h内得到显著表达. 结论 感染单核细胞得到显著表达的贝氏柯克斯体毒力相关基因与细胞内入侵、削弱吞噬细胞内杀菌抑菌作用、适应吞噬体/吞噬溶酶体内生存环境、增强菌体复制有关.     

贝氏柯克斯体毒力相关基因芯片对其他胞内寄生菌基因组DNA检测结果分析

目的用建立的贝氏柯克斯体毒力相关基因芯片研究贝氏柯克斯体与其致病性相似的专性胞内寄生菌(立克次体、埃立克体、新立克次体),以及与其密切相关的兼性胞内寄生菌(巴通体和肺炎军团菌)等病原菌的毒力基因的差异。方法贝氏柯克斯体国际标准株-九里株作为本研究参考株,从全基因序列中选取166个毒力及毒力相关基因进行PCR扩增,纯化后的产物制备基因芯片。采用双色荧光标记,待测DNA(即用于分析的各菌株基因组DNA)用Cy5标记,贝氏柯克斯体九里株参照基因组DNA用Cy3标记。芯片杂交后,采用软件GenePixPro4.1,辅助以软件Excel,进行图片处理和数据分析。结果芯片的166个基因片段中有165个存在于所有贝氏柯克斯体属的6个分离株中,另一锚定蛋白(AnkI)基因(CBU1213)仅存在于九里株及Grita株;立克次体属的5株菌株均与CBU1631和CBU1125杂交;埃立克体属的3种菌株与新立克次体属的3种菌株均含有基因CBU1125;东方属的1株菌株具有基因CBU1449,而巴通体属的菌株,军团菌和大肠杆菌与基因芯片均无杂交。结论贝氏柯克斯体种内基因组具有高度保守性,它的专性细胞内寄生菌的毒力相关基因与胞外寄生菌的毒力相关基因有非常显著差异。     

死亡相关蛋白激酶基因启动子甲基化特异性PCR法的建立与初步应用

目的:建立甲基化特异性PCR(MSP)技术检测死亡相关蛋白激酶(DAPK)基因启动子甲基化.方法:设计针对DAPK基冈启动子的MSP引物,建立MSP检测体系对甲基化阳性模板进行检测,评价其特异性、重复性和灵敏性,并经测序鉴定.结果:所建市的甲基化MSP方法仅能扩增出甲基化阳性模板.不能扩增出未甲基化阳性模板和未硫化处理的DNA模板;对不同梯度稀释的甲基化阳性模板进行检测,其最大敏感性可达2%;在不同时间进行甲基化MSP检测的结果均一致.结论:成功建立的DAPK基因启动子甲基化MSP检测方法具有良好的特异性、灵敏性和重复性,可用于肿瘤标本的批量检测.     

淋巴瘤Bcl-2/IgH融合基因实时定量PCR检测方法的研究

目的建立Bcl-2/IgH融合基因实时定量PCR检测方法。方法以淋巴瘤患者Bcl-2/IgH融合基因的纯化DNA作为标准品,淋巴瘤患者骨髓和外周血为样本,建立SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量PCR（Real-time Quantitative PCR,RQ-PCR）,并对方法的灵敏性、稳定性、重复性进行测定。结果构建的RQ-PCR方法检测Bcl-2/IgH融合基因的敏感性达10^-7水平;标准曲线的斜率和相关系数分别为-3.13,0.99;管间变异和批间变异分别为6.54%,6.73%,1.90%和3.59%,6.30%,5.49%。结论建立的SYBR GreenⅠ荧光染料RQ-PCR方法灵敏,标准曲线的相关性好,方法的稳定性和重复性较好。     

Real-time PCR与常规PCR在Q热立克体检测中的比较

目的比较与评价Real-time PCR与常规PCR,寻求适合于Q热患者早期诊断的方法。方法应用Taq Man探针定量PCR、SYBR Green染料定量PCR、巢式PCR和普通PCR四种方法分别对T-A克隆的Q热立克次体基因htp AB片断进行灵敏性、特异性和重复性检测及评价。结果 Taq Man PCR方法的灵敏度分别为SYBR Green PCR、巢式PCR和普通PCR的10倍、10倍和100倍。重复性测试Taq Man法Ct变异系数CV:0.2%~3.0%,SYBR Green法的CV:0.3%~6.0%。Taq Man和SYBR Green PCR均耗时约1h,巢式PCR耗时约2.5h,普通PCR耗时约1.5h。四种方法检测25种相关病原菌结果均为阴性。结论 Taq Man探针定量PCR方法具有很好的特异性、灵敏性、重复性和可操作性,可用于Q热患者临床早期诊断。     

人类mdr1基因新型Taq Man-MGB探针实时定量PCR检测方法的建立

目的建立一种比现有方法敏感、特异性高、重复性好的实时荧光定量PCR检测的新方法检测人类mdr1基因。方法以含有目的基因mdr1cDNA的质粒pHaMDR1/A为阳性模板,用Primerexpress2.0引物设计软件设计引物和TaqMan-MGB探针,建立荧光定量PCR检测方法。结果当待扩增DNA浓度在3.601×103cps/ml～3.601×109cps/ml范围时,模板浓度与循环阈值(Ct)之间的相关性良好,相关系数r2大于0.98。结论应用TaqMan-MGB探针的实时荧光定量PCR方法检测人类mdr1基因,具有灵敏度高、特异性高和精确度高等优点,可作为进一步研究人类mdr1基因的方法。     

MDA-PCR检测痕量结核分枝杆菌核酸方法的建立

目的 建立基于多重置换扩增及PCR （MDA-PCR）技术检测痕量结核分枝杆菌（M.tb）核酸的方法。方法 制备含有M.tb插入序列IS6110和IS1081的不同稀释浓度的质粒DNA标准品。MDA-PCR分别通过检测质粒DNA标准品和其他细菌标准株基因组DNA来验证该方法的敏感度及特异性。另外，通过对模拟结核性脑膜炎（TBM）患者脑脊液（CSF）标本检测，评价该方法检测临床标本的可行性。结果 MDA-PCR方法对质粒DNA标准品IS6110、IS1081基因的最低检测下限分别为10、25拷贝，其检测敏感度是ST-PCR方法的40～100倍。另外，该方法对5种其他细菌标准株基因组DNA的检测结果均为阴性，无非特异性反应发生。MDA-PCR对模拟TBM患者CSF中M.tb IS6110及IS1081基因的最低检测下限均为1 CFU,其检测敏感度是ST-PCR的10⁴～10⁵倍。结论 MDA-PCR方法可提高对CSF中痕量M.tb核酸的检测效率，为TBM早期诊断提供了一种新的研究策略。     

实时定量PCR检测内质网应激相关基因方法的建立

从人外周血白细胞中扩增目的基因片段,构建标准品质粒,应用SYBR GreenⅠ荧光染料进行实时定量PCR,检测内质网应激相关基因的拷贝数。所建立的实时定量PCR方法在起始模板量106～1013拷贝/μl范围内,荧光信号达到阈值的循环数Ct值与模板浓度线性关系良好(R2=0.991 9),是检测内质网应激相关基因有效的手段。     

隐孢子虫PCR检测体系的建立及其应用

目的建立快速检测隐孢子虫卵囊的PCR检测体系,以期在人群和食品及其饮用水腹泻原虫监测中推广应用。方法以隐孢子虫小亚基SSU r RNA和卵囊壁蛋白(COWP)为靶基因,设计巢式PCR和荧光PCR的引物和探针;以分离纯化后的微小隐孢子虫卵囊基因组DNA为模板进行扩增,分别进行两种检测方法的敏感性和特异性试验;再用某水牛养殖场采集的58份牛粪样考核检测体系的应用价值。结果设计的巢式PCR引物和荧光PCR引物探针特异性都很高,巢式PCR对隐孢子虫DNA的检测最低OD阈值为2 pg隐孢子虫DNA;实时荧光PCR显示最低检测阈值为200 fg隐孢子虫DNA,灵敏性都比较高,实时荧光PCR的灵敏性比巢式PCR高1个数量级(10倍);58份检测样本中,有一份为阳性样本,PCR产物经序列分析显示为微小隐孢子虫。结论巢式PCR和实时荧光PCR检测隐孢子虫的特异性和灵敏性均高,操作简便,能为隐孢子虫感染的诊治和预防提供有效的技术手段和方法依据。奶牛感染人兽共患微小隐孢子虫基因亚型,具有人兽共患传播的可能性。     

Quantitative PCR detection of endoplasmic reticulum stress associated genes

从人外周血白细胞中扩增目的 基因片段,构建标准品质粒,应用SYBR GreenⅠ荧光染料进行实时定量PCR,检测内质网应激相关基因的拷贝数.所建立的实时定量PCR方法在起始模板量106～1013拷贝/μl范围内,荧光信号达到阈值的循环数Ct值与模板浓度线性关系良好(R2=0.991 9),是检测内质网应激相关基因有效的手段.     

CAR菌TaqMan MGB探针法实时荧光定量PCR快速检测方法的建立与应用

目的建立特异、敏感、快速检测CAR菌的TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法。方法针对CAR菌16S rRNA基因序列设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性。对2008～2012年期间采集的1 344份临床标本中的CAR菌进行检测,同时进行普通PCR检测作为对照。结果 CAR菌TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有高度特异性,与肺炎支原体、侵肺巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、肺炎链球菌间无交叉反应,检测灵敏度达2.7拷贝。标准曲线显示各浓度范围内具有良好线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.22,TaqMan MGB探针荧光定量PCR效率为104.432%。对1 344份标本进行检测,结果 TaqMan MGB探针荧光定量PCR检出510份CAR菌阳性样本。TaqMan MGB探针荧光定量PCR能够直接从标本中检出CAR菌DNA,检测时间仅为40 min。结论 TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有可靠、特异、敏感的特点,适用于CAR菌的快速检测。     

新型HBV-DNA实时荧光定量PCR试剂盒的应用

目的:观察新型HBV-DNA荧光定量PCR试剂盒的临床应用价值。方法:采用荧光定量PCR检测法,用10份正常血清、10份HBV高滴度(106 IU/ml)血清和梯度稀释的HBV克隆质粒标准品,验证该试剂盒检测结果的重复性、特异性和灵敏度;并将该10份HBV高滴度(106 IU/ml)血清结果与同时用传统方法所测结果进行配对检验。结果:10份正常血清标本均无假阳性HBV-DNA检测结果,特异性极好;灵敏度可达到103 IU/ml,重复性和准确性两者之间差异无显著性(t=1.15,P>0.05)。结论:该方法特异性和灵敏度高,方便、快捷,可替代传统试剂盒用于HBV的临床检测和科学研究。     

多重实时荧光定量PCR检测急性肝炎患者HBV和HCV方法的建立与意义分析

目的建立一种新的可以快速筛查急性肝炎患者HBV和HCV感染的多重实时荧光定量PCR方法。方法收集596例急性肝炎患者血清或血浆样本,应用自主构建的多重实时荧光定量PCR方法同时检测HBV和HCV,同时应用HBV和HCV单管检测试剂进行检测分析。结果新建立的多重实时荧光定量PCR体系,可以有效地检测HBV和HCV的阳性质控品及阳性样本。多重实时荧光定量PCR体系特异性较好,检测HBV和HCV时,两者之间无交叉反应,且以多种血浆病毒的核酸样品为模板进行检测时结果全为阴性;多重实时荧光定量PCR体系检测HBV、HCV的灵敏度分别为20 IU/ml、50 IU/ml;多重实时荧光定量PCR体系精密度好,检测HBV、HCV的CV值分别为0.11%、0.096%。在检测临床样本时,多重复合体系检测血清或血浆中HBV和HCV的检出率与单独检测HBV和HCV具有很好的一致性,且HBV和HCV的一致率分别达到97.7%(k=0.952)、98.8%(k=0.976);同时有6例样本出现HBV和HCV共感染。结论新型多重实时荧光定量PCR方法对快速检测及筛查HBV和HCV较快捷,而且特异性好、灵敏度高、精密度好。因此多重实时荧光定量PCR方法对2种肝炎病毒的检测具有重要意义。     

利用荧光定量RT-PCR和PCR方法检测结核分枝杆菌复合群

目的 建立一种新的检测结核分枝杆菌复合群的荧光定量试验方法 （R/P分析）,探讨R/P分析检测临床标本中结核分枝杆菌复合群的应用价值.方法 根据结核分枝杆菌复合群基因保守序列设计引物和探针构建质粒标准品.运用R/P分析检测54例确诊结核病人临床样本,检测的结果 同时与培养法、荧光定量PCR法进行比较.结果 不同临床标本用R/P分析诊断结核病,其敏感性高于荧光定量PCR法和培养法,阳性检出率分别为96.3%、83.3%和55.6%.结论 R/P方法 是一种快速、特异的直接检测方法,它可以区分结核分枝杆菌复合群的死菌与活菌,因此可以更好的指导医生进行治疗,更准确地做出公共卫生决策.     

Taqman PCR检测人博卡病毒的阳性率

目的：建立核酸特异、快速、敏感的Taqman探针实时定量PCR检测方法筛选疑似人博卡病毒（HBoV）感染者鼻咽拭子临床样本中的阳性样本。方法：比对编码HBoV—sh9的基因序列,选取保守区序列设计引物和探针,建立Taqman PCR检测人博卡病毒的阳性率的方法,进行特异性实验,检测214例临床样本。结果：所建立的Taqman PCR方法可以用于检测人博卡病毒的阳性率,对所收集得到的214例急性上呼吸道感染者的咽拭子标本进行检测,结果显示,荧光定量PCR检测出8例阳性,其阳性率为3．74％。结论：建立了HBoV TaqMan探针实时定量PCR检测方法,可以快速灵敏的检测出阳性人博卡病毒,为临床治疗提供快速可靠的诊断依据。     

乌鲁木齐市2011年呼吸道感染患儿病原检测分析

目的了解2011年乌鲁木齐地区小儿呼吸道感染中,肺炎支原体,沙眼衣原体,呼吸道合胞病毒,腺病毒,甲型流感病毒,乙型流感病毒,副流感病毒1、2和3型,Q热立克次体,嗜肺军团菌的感染情况。方法对2011年1月～12月在新疆自治区人民医院门诊、病房诊断为呼吸道感染的患儿1 026例,采用间接免疫荧光法,测定患儿血清中上述9种病原特异性IgM抗体。采用EXECL2003和SPSS13.0软件,分析9种病原体感染在小儿呼吸道感染者中的年龄、性别、民族等方面的分布情况以及感染发生的季节特点。结果1 026例呼吸道感染患儿中,九种病原特异性IgM抗体总阳性率为39.5%（405/1 026）,肺炎支原体为31.0%（318/1 026）,沙眼衣原体为0.2%（2/1 026）,呼吸道合胞病毒为4.7%（48/1 026）,腺病毒为1.4%（14/1 026）,甲型流感病毒为0.3%（3/1 026）,乙型流感病毒为2.6%（27/1 026）,副流感病毒1型、2型和3型为4.5%（46/1 026）,Q热立克次体为0.0%（/1 026）,嗜肺军团菌为4.2%（43/1 026）。肺炎支原体IgM抗体阳性率明显高于其它病原体（χ2=1 527.967,P〈0.01）。9种病原总检出率秋冬季高于春夏季（χ2=12.184,P〈0.01）。3岁以上儿童组肺炎支原体检出率明显高于其它年龄组（χ2=57.923,P〈0.01）。结论乌鲁木齐地区小儿呼吸道感染者中,肺炎支原体感染达31.0%,尤其以3岁以上儿童多见;其次为呼吸道合胞病毒感染占4.7%,而副流感病毒1、2、3型感染率为4.5%。呼吸道感染患儿中九种病原体检出率秋冬季高于春夏季。     

细胞培养过程中支原体污染的检测及预防

目的对细胞培养过程中的支原体污染进行检测并探讨相应的预防措施。方法通过DNA荧光染色和聚合酶链反应(PCR)来检测细胞培养过程中的支原体污染,分别对有支原体污染细胞、未污染细胞、小牛血清及培养基进行了实验研究。结果支原体污染细胞能被Hoechst 33342染色且PCR产物在280 bp处有特异性阳性条带。结论通过两种实验方法联合检测为判断细胞是否为支原体污染提供准确依据,并能对支原体污染做出相应预防措施。     

诺瓦克样病毒实时荧光定量PCR检测方法研究

目的建立贝类中GⅡ型诺瓦克样病毒的实时荧光定量PCR检测方法。方法针对GⅡ型诺瓦克样病毒保守序列,设计出简并引物与探针,建立GⅡ型诺瓦克样病毒实时荧光定量PCR检测方法。并用该方法和常规PCR法对127份贝类标本进行检测。结果研究方法对GⅡ型诺瓦克样病毒检测准确和重复性好,灵敏度为10拷贝。标准曲线的线性范围为101~105拷贝,相关系数为0.9986,并且对贝类标本的检出率显著高于常规PCR。结论本研究建立了GⅡ型诺瓦克样病毒的实时荧光定量PCR检测方法,可用于贝类中GⅡ型诺瓦克样病毒污染状况及其突发事件的快速定量检测。     

双重实时荧光PCR快速检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌方法的建立

目的:建立一种能快速检测金黄色葡萄球菌,同时能快速鉴别是否具有耐甲氧西林基因的双重实时荧光PCR方法.方法:以金黄色葡萄球菌特异NUC基因的保守区为靶区域设计特异引物和TaqMan荧光探针,同时针对耐甲氧西林特异MecA基因设计另一对引物和探针;2条探针的5′端标记不同荧光报告基团(FAM和HEX),3′端标记荧光淬灭...