应用基因芯片检测喉鳞状细胞癌甲醛固定石蜡包埋组织microRNA表达谱

目的 建立以甲醛固定石蜡包埋组织为材料、基于基因芯片技术的microRNA(miRNA)表达谱的分析方法 ;筛选与喉鳞状细胞癌(简称喉癌)生物学特征密切相关的差异表达miRNA.方法 从喉癌甲醛固定石蜡包埋组织中制备总RNA,经质量鉴定后进行荧光标记.采用Agilent公司的容纳723条人类miRNA探针的基因芯片完成杂交实验,以获得喉癌的miRNA表达谱.以GeneSpring GX和R-Project软件处理分析基因芯片实验数据,筛选与喉癌转移相关的差异表达miRNA.结果 从24例甲醛固定石蜡包埋组织标本中获得了符合基因芯片实验质量标准的RNA样品,并完成了基因芯片杂交及数据分析.从中共鉴定到319个miRNA,有96个miRNA在24例喉癌中均有表达,其中与淋巴结转移密切相关的(检错率<0.05)差异表达miRNA有5个,分别为miR-23a* 、miR-28-5p、miR-15a、miR-16和miR-425.结论 甲醛固定石蜡包埋组织可以提供符合基因芯片分析质量要求的miRNA,是研究miRNA的重要样品资源.从喉癌的miRNA表达谱中筛选出的转移相关差异表达miRNA(miR-23a*、miR-28-5p、miR-15a、miR-16和miR-425)有可能成为评估喉癌转移风险的新型分子标志.     

应用基因芯片检测喉鳞状细胞癌甲醛固定石蜡包埋组织microRNA表达谱

目的 建立以甲醛固定石蜡包埋组织为材料、基于基因芯片技术的microRNA(miRNA)表达谱的分析方法 ;筛选与喉鳞状细胞癌(简称喉癌)生物学特征密切相关的差异表达miRNA.方法 从喉癌甲醛固定石蜡包埋组织中制备总RNA,经质量鉴定后进行荧光标记.采用Agilent公司的容纳723条人类miRNA探针的基因芯片完成杂交实验,以获得喉癌的miRNA表达谱.以GeneSpring GX和R-Project软件处理分析基因芯片实验数据,筛选与喉癌转移相关的差异表达miRNA.结果 从24例甲醛固定石蜡包埋组织标本中获得了符合基因芯片实验质量标准的RNA样品,并完成了基因芯片杂交及数据分析.从中共鉴定到319个miRNA,有96个miRNA在24例喉癌中均有表达,其中与淋巴结转移密切相关的(检错率<0.05)差异表达miRNA有5个,分别为miR-23a* 、miR-28-5p、miR-15a、miR-16和miR-425.结论 甲醛固定石蜡包埋组织可以提供符合基因芯片分析质量要求的miRNA,是研究miRNA的重要样品资源.从喉癌的miRNA表达谱中筛选出的转移相关差异表达miRNA(miR-23a*、miR-28-5p、miR-15a、miR-16和miR-425)有可能成为评估喉癌转移风险的新型分子标志.     

应用基因芯片检测喉鳞状细胞癌甲醛固定石蜡包埋组织microRNA表达谱

目的 建立以甲醛固定石蜡包埋组织为材料、基于基因芯片技术的microRNA(miRNA)表达谱的分析方法 ;筛选与喉鳞状细胞癌(简称喉癌)生物学特征密切相关的差异表达miRNA.方法 从喉癌甲醛固定石蜡包埋组织中制备总RNA,经质量鉴定后进行荧光标记.采用Agilent公司的容纳723条人类miRNA探针的基因芯片完成杂交实验,以获得喉癌的miRNA表达谱.以GeneSpring GX和R-Project软件处理分析基因芯片实验数据,筛选与喉癌转移相关的差异表达miRNA.结果 从24例甲醛固定石蜡包埋组织标本中获得了符合基因芯片实验质量标准的RNA样品,并完成了基因芯片杂交及数据分析.从中共鉴定到319个miRNA,有96个miRNA在24例喉癌中均有表达,其中与淋巴结转移密切相关的(检错率<0.05)差异表达miRNA有5个,分别为miR-23a* 、miR-28-5p、miR-15a、miR-16和miR-425.结论 甲醛固定石蜡包埋组织可以提供符合基因芯片分析质量要求的miRNA,是研究miRNA的重要样品资源.从喉癌的miRNA表达谱中筛选出的转移相关差异表达miRNA(miR-23a*、miR-28-5p、miR-15a、miR-16和miR-425)有可能成为评估喉癌转移风险的新型分子标志.     

喉癌组织中的microRNA差异表达谱及miR-125a-5p抑制喉癌细胞增殖的初步研究

 目的：筛选并分析喉癌组织与周围正常喉黏膜的微小RNA(microRNAs,miRNAs) 之间的表达谱差异,为进一步研究miRNA与喉癌发生、发展的关系提供线索。方法：收集喉癌组织和癌旁正常喉黏膜标本共42对,随机选取10对标本进行miRNA微阵列基因芯片分析, 另选取32对标本进行实时荧光定量PCR （qRT-PCR）验证,获得喉癌组织中的miRNA差异表达谱。应用MTT法和克隆形成实验检测miR-125a-5p对喉癌Hep2细胞增殖的影响。结果：喉癌组织中的let-7f-5p、miR-10a-5p、miR-125a-5p、miR-144-3p、miR-195-5p、miR-203等6个miRNA在基因芯片以及qRT-PCR中表达均显著下调。与对照组相比,转染miR-125a-mimics组的喉癌Hep2细胞增殖能力受到抑制,而转染miR-125a-inhibitor组Hep2细胞增殖能力增强。结论：基因芯片与qRT-PCR结果一致;喉癌与正常喉黏膜之间存在明显的miRNA差异表达,这些miRNA的差异性表达可能与喉癌的发病、侵袭等相关。miR-125a可以抑制喉癌Hep2细胞的增殖,可能作为喉癌生物治疗的新靶点。     

microRNA作为脓毒症早期诊断生物标志物的研究进展

microRNA(miRNA)是一类长度约为22 nt的内源性非编码RNA,其表达异常可能导致炎性反应失衡。在脓毒症期间,miR-146a、miR-223和miR-150表达水平降低,而miR-15a和miR-16表达增高。脓毒症患者外周血中miRNA表达水平的异常与患者病情密切相关,因此,miRNA能否作为脓毒症早期诊断的生物标志物备受关注,并已初步取得可喜成果。     

miR-18a、miR-17和miR-20在结直肠癌组织中表达增高

目的 MicroRNAs(miRNAs)是一类在转录后调控基因表达的非编码RNA,越来越多的证据显示:一些在肿瘤中异常表达的miRNAs,有做为肿瘤诊断分子标记和判断预后的潜在价值.该研究应用miRNAs芯片技术筛选结直肠癌组织中差异表达的miRNAs,探索与结直肠癌相关的miRNAs.方法 从3对手术切除的结直肠癌和相配对的正常结直肠组织中提取总RNA,miRNA芯片检测miRNA表达情况,然后在90例配对的结直肠癌和正常结直肠组织中,用Real-time RT-PCR(Taqman)对部分差异表达miRNA进行验证.结果 与配对的正常结直肠组织相比,有22个miRNAs在结直肠癌中异常表达,其中miR-18a、miR-17和miR-20经Real-time RT-PCR(Taqman)验证,在结直肠癌组织中表达显著增高(P=0.006,0.023,0.034).结论 miR-18a、miR-17和miR-20可能参与了结直肠癌的发生过程.     

胃癌与癌旁组织miRNA差异表达谱的研究

目的 研究胃癌中表达失调的miRNA及其生物学功能,从而进一步阐明miRNA在胃癌发生中的分子机制.方法 将总RNA加ploy(A)尾后进行反转录PCR扩增特异miRNA,使用QuantityOne软件进行定量分析,计算每对样本胃癌与癌旁组织比值(T/N Ratio),使用SAM软件进行统计分析.MTT法检测miR-21和miR-17-5p对胃癌细胞系生长的影响.结果 在8对胃癌及癌旁组织样本中对237个miRNA进行了表达谱分析.对于检测到表达的161个miRNA,使用SAM软件进行统计分析,确认22个在胃癌中表达上调,2个在胃癌中表达下调(FDR=0.0963).进一步通过生长抑制试验证实在胃癌组织中表达异常增高的miR-21和miR-17-5p对胃癌细胞的生长有明显的促进作用.结论 这些在胃癌中异常表达的miRNAs具有成为新一代胃癌标记物的潜力,能够为胃癌的精确诊断分型提供依据,同时针对这些靶点可以开发新的核酸治疗技术,通过抑制或增强其功能来达到治疗胃癌的目的.     

乳腺癌相关成纤维细胞miRNA表达的检测和分析

目的研究人乳腺癌微环境癌相关成纤维细胞(CAF)与正常成纤维细胞(NF)miRNA表达的差异及其对CAF的生物学功能的影响。方法运用1型胶原酶消化法分别处理临床乳腺癌患者的癌组织和对应癌旁组织标本,原代分离培养CAF和NF细胞;利用免疫荧光法和Western blot法分析CAF和NF细胞成纤维细胞分泌蛋白(FSP)的表达情况,对所分离培养的细胞进行纯度和特性鉴定;利用TranswellTM实验比较CAF与NF细胞的侵袭能力;利用miRNA芯片和芯片结果显著性差异(SAM)分析法分析CAF与NF细胞miRNA表达的差异;对差异miR-205和miR-221,在原代培养的CAF和NF进行实时定量PCR(qRT-PCR)验证;利用多种生物信息学软件预测差异miRNA的靶基因;利用DAVID软件对靶基因进行信号通路富集度分析。利用ELISA检测TGF-β和IL-6信号通路的核心蛋白基质金属蛋白酶1(MMP-1)、MMP-2和MMP-9的表达差异。结果成功分离得到原代培养的CAF与NF细胞,纯度大于95%;与NF细胞相比,CAF细胞的侵袭能力明显增强;miRNA芯片分析结果显示,CAF有10个变化倍数1.5的异常表达miRNA(P0.05),其中3个上调表达(miR-221-5p、miR-31-3p、miR-221-3p),7个下调表达(miR-205、miR-200b、miR-200c、miR-141、miR-101、miR-342-3p、let-7g)。信号通路富集度分析发现,miRNA靶基因与细胞分化、细胞黏附、细胞迁移、细胞增殖、细胞分泌和细胞间相互作用等密切相关,其中,异常表达的miR-200b/c和miR-141等miRNA通过抑制其靶基因,影响TGF-β信号通路、IL-6信号通路,进而影响CAF的侵袭和转移。结论人乳腺癌微环境CAF的miRNA表达谱发生显著变化,CAF细胞中异常表达miRNA可能参与了NF向CAF的转化,并与CAF细胞的增殖、黏附、侵袭、转移有密切关系。     

肝癌耐药细胞的形态学及微小RNA表达谱分析

目的 比较3株肝癌耐药细胞(Huh-7/ADM、Huh-7/CBP、Huh-7/MMC)与亲本肝癌细胞Huh-7的形态学差异;分析这3株肝癌耐药细胞及Huh-7的miRNA表达谱,筛选3株耐药细胞中异常表达的微小RNA(miRNA).方法 光学显微镜下观察各细胞株细胞形态学特点、透射电镜下观察各细胞株细胞内超微结构特点.miRNA芯片检测各细胞株miRNA表达谱,real-time定量PCR(qPCR)法验证芯片结果.结果 镜下见肝癌耐药细胞比亲本肝癌细胞Huh-7更具多形性,核异型性亦增加;细胞周边微绒毛减少;胞质增多,胞质内细胞器含量增加,并出现脂滴、糖原等成分.miRNA表达谱分析显示:与Huh-7相比,有32个miRNA在3种肝癌耐药细胞株中表达同时上调,有22个miRNA在3种耐药细胞株中表达同时下调.real-time qPCR检测证实miR-15a、miR-16、miR-27b、miR-30b、miR-146a、miR-146b-5p、miR-181a、miR-181d、miR-194在各肝癌耐药细胞中表达同时上调.结论 耐药细胞异型性增加,筛选出的肝癌耐药细胞中异常表达miRNA,可为研究肝癌多药耐药与miRNA的相关性提供依据.     

miR-338在肿瘤中的研究进展

microRNA(miRNA)是一类高度保守的内源性小型非编码调控核糖核酸,是肿瘤发生和发展的关键调节因子。miR-338在大多数肿瘤中异常表达,其异常表达能够影响肿瘤细胞的增殖、侵袭、转移和血管发生等生理活动,并通过靶向调控一个或多个靶基因发挥作用。     

食管鳞癌组织中miRNAs差异表达谱的筛选及研究

目的 筛选并鉴定在食管鳞癌（ESCC）及癌旁组织中miRNAs的差异表达,为进一步阐明其在ESCC发病机制中的作用奠定基础。方法 选取在邯郸市第一医院行食管癌切除术患者新鲜的鳞癌组织及癌旁正常组织,各3例,抽提总RNA,利用miRNAs芯片筛选其中差异表达的miRNAs,并对miR-106b-3p通过进一步RT-qPCR 技术进行验证。结果 miRNAs芯片从配对组织中共筛检出62个差异表达的miRNAs,其中41个miRNAs表达上调,21个miRNAs表达下调,鳞癌组织与癌旁正常组织中差异表达的miRNAs比较,差异有统计学意义（P＜0.05）。miR-106b-3p在ESCC组织中的表达高于癌旁组织,差异有统计学意义（P＜0.05）,与芯片结果一致。结论 食管鳞癌组织中miRNAs的差异表达为进一步研究miRNAs在ESCC发病中的作用奠定了基础;miR-106b-3p的高表达可能与ESCC的发生、发展有关。     

Differential Expression Profiling and Functional Analysis of microRNAs through Stage I-III Papillary Thyroid Carcinoma

Objective: To elucidate the mechanisms undergoing the pathogenesis of PTC, this study try to find stage specific microRNAs (miRNAs) using microarray chip in stage I, II and III papillary thyroid carcinoma (PTC) tissues as well predict miRNAs binding target genes and their molecular functions.Methods: PTC specimens of stage I, II, and III and their paired adjacent non-tumor tissue (one patient for each stage) were collected. The expressions of miRNAs were examined using miRNA microarray chip. The most significant changed miRNAs from microarray were verified by using quantitative RT-PCR. The Potential miRNAs regulating target genes and their preliminary biological functions were forecasted with variety function prediction software.Results: Ten miRNAs exhibited sequential up regulation expression profiles and five miRNAs performed sequential down regulation throughout stage I to III (p<0.05). After normalization, Fifteen miRNAs showed significant different compared to adjacent non-tumor tissues (p<0.05). Among of them, the most significant up regulation and down regulation miRNAs were miR-146b-5p and miR-335, respectively. Both of them were verified with qRT-PCR. 34 target genes for miR-146-5p and 36 target genes for miR-335 was predicted.Conclusion: MicroRNA profile assay successfully detected a branch of differential expression miRNAs between PTC and normal tissue. Some of them also showed stage specific. Biological function analysis showed that target genes were involved in five aspects including cell proliferation, differentiation, apoptosis, cycle, and signaling transduction pathway, suggesting the regulatory role of abnormal expression of critical miRNAs in the pathogenesis of PTC.     

胃癌组织中microRNA的差异表达

目的 检测胃癌组织和癌旁组织中microRNA (miRNA)的差异表达.方法 收集经病理确诊为胃癌进行外科手术切除的25例患者的胃癌组织及距离胃癌病灶5 cm以上的癌旁组织,选取其中7例标本提取总RNA,应用Illumina miRNA芯片检测胃癌和癌旁组织中差异表达的miRNA.应用定量实时PCR技术验证25例胃癌和癌旁组织标本中差异表达的miRNA,并分析25例患者的临床病理与胃癌组织中miRNA差异表达的关联.结果 Illumina miRNA芯片检测显示,HS-138,HS-153,HS-157在胃癌组织中表达下调,miR-181a,miR-21,miR-21*,miR-27a,miR-584,miR-93在胃癌组织中表达上调.定量实时PCR显示,与癌旁组织比较,胃癌组织中miR-181a表达上调(56.848±135.551比3.950±12.101,P＜0.05),而miR-584在胃癌和癌旁组织中的表达差异无统计学意义(P＞0.05).胃癌组织miR-181a表达与患者胃癌淋巴结转移及年龄有关联(rp=0.462、0.414,P=0.009、0.023),与性别和病理分型无关联(P=0.220、0.106).结论 应用miRNA芯片技术和荧光定量PCR技术发现了胃癌组织中差异表达的miRNA.     

miR-122a 抑制人喉癌细胞株Hep2 细胞增殖的研究

目的:研究miR-122a 对人喉癌细胞株Hep2 细胞增殖、细胞周期以及相关蛋白表达量的影响。方法:人喉癌细胞株Hep2 细胞分别转染miR-122a 寡聚核苷酸(A 组)和miR-122a inhibitor(阻遏物)(B 组),同时设立阻遏物阴性对照( inhibitor negative control,miR-NC inhibitor)(C 组)和空白对照(D 组)。用RT-PCR、MTT 法、流式细胞仪和Western blot 技术评价各组细胞增殖和细胞周期的生物学特征。结果:转染miR-122a 寡聚核苷酸后,Hep2 细胞中miR-122a 表达显著增加。同D 组相比,A 组细胞增殖水平明显受到抑制,miR-122a 寡聚核苷酸能够有效诱导Hep-2 细胞周期阻滞在G1/ G0 期,A 组细胞分裂周期蛋白42 表达水平明显下调,细胞周期调控因子蛋白CDK4 及细胞周期素D1 蛋白表达水平明显降低。结论:miR-122a 寡聚核苷酸能够显著抑制喉癌细胞Hep2 的增殖,miR-122a 是潜在的人喉癌细胞基因治疗的候选靶点。     

Predicting microRNA modulation in human prostate cancer using a simple String IDentifier (SID1.0)

To make faster and efficient the identification of mRNA targets common to more than one miRNA, and to identify new miRNAs modulated in specific pathways, a computer program identified as SID1.0 (simple String IDentifier) was developed and successfully applied in the identification of deregulated miRNAs in prostate cancer cells. This computationally inexpensive Fortran program is based on the strategy of exhaustive search and specifically designed to screen shared data (target genes, miRNAs and pathways) available from PicTar and DIANA-MicroT 3.0 databases. As far as we know this is the first software designed to filter data retrieved from available miRNA databases. SID1.0 takes advantage of the standard Fortran intrinsic functions for manipulating text strings and requires ASCII input files. In order to demonstrate SID1.0 applicability, some miRNAs expected from the literature to associate with cancerogenesis (miR-125b, miR-148a and miR-141), were randomly identified as main entries for SID1.0 to explore matching sequences of mRNA targets and also to explore KEGG pathways for the presence of ID codes of targeted genes. Besides genes and pathways already described in the literature, SID1.0 has proven to useful for predicting other genes involved in prostate carcinoma. These latter were used to identify new deregulated miRNAs: miR-141, miR-148a, miR-19a and miR-19b. Prediction data were preliminary confirmed by expression analysis of the identified miRNAs in androgen-dependent (LNCaP) and independent (PC3) prostate carcinoma cell lines and in normal prostatic epithelial cells (PrEC).