多位点串联重复序列分析应用于中国肠炎沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）分型方法用于我国肠炎沙门菌分子分型的能力,建立我国肠炎沙门菌MLVA分型标准操作方法及数据库。方法 根据国际PulseNet公布的肠炎沙门菌PFGE和MLVA分型方案,对来自我国6个省（直辖市）的289株肠炎沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这两种分型方法对我国肠炎沙门菌分离株的分型能力。结果 289株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后获得55种带型,其分辨能力（D值）为0.8433。PFGE优势带型为JEGX01.CN0003及JEGX01.CN0001,带型频率分别为35.6%、25.6%,但二者仅表现两个条带的差异,其余型别均低于5%。采用MLVA分析,获得63种型别,分为2个群,D值为0.8608,说明MLVA分辨能力高于单酶切PFGE,但分型能力仍然有限。MLVA主要型别ST1包含了97株菌株,占37.5%,分布于各省及各年份。若联合PFGE及MLVA分型,则产生104种型别,D值为0.9058。对流行病学调查显示为肠炎沙门菌暴发病例菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,结果均显示这些菌株具有明显的聚集性,但不能与同期散发菌株完全区分开。结论 MLVA与PFGE分型方法的分辨能力在肠炎沙门菌中较低,在确认肠炎沙门菌引起的暴发事件时,需紧密结合流行病学调查资料,采用双酶切PFGE或MLVA进行分型分析。     

1995-2016年新疆维吾尔自治区伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型分析

目的 通过对新疆维吾尔自治区（新疆）1995-2016年伤寒沙门菌进行分子流行学特征分析,为今后监测和疫情预警提供依据。方法 利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对527株伤寒沙门菌进行分子分型和流行特征研究。结果 527株伤寒沙门菌分为145个PFGE带型,条带相似度为57.42%~100.00%。有部分带型多年持续存在,且出现在不同地区。共发现32组分子分型成簇性病例。结论 新疆伤寒沙门菌在基因型上存在高度多态性,同时也有优势带型长期连续存在,且存在分子分型成簇性病例,需要加强实验室监测。     

沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析

目的应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征。方法抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）。结果药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率最高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素（头孢噻肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋）均未产生耐药性。PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sal16位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别。结论分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发。目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化。     

肺炎克雷伯菌脉冲场凝胶电泳分型能力评价

目的 评价脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)技术用于肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)的分型能力。 方法 选用220株肺炎克雷伯菌,对PFGE方法的分型力、可重复性、分辨力、流行病学一致性及其与多位点序列分型(MLST)的分型一致性进行评价。挑选全部220株菌株进行实验,评价PFGE的分型力;挑选18株菌株重复2次实验评价PFGE的可重复性;分别挑选3组无流行病关联的碳青霉烯耐药临床株、腹泻患者肠道分离株、食品分离株,使用Simpson差异指数(D)评价PFGE的分辨力;挑选同一次暴发期间分离的34株菌株,评价PFGE的流行病学一致性及其与MLST对暴发菌株分型结果的一致性;挑选64株不同来源的菌株,评价PFGE和MLST分型对流行病学不相关菌株的分型一致性。用BioNumerics软件对所有实验菌株的PFGE图谱进行分析。 结果 220株肺炎克雷伯菌中有216株通过PFGE能够获得有效的图谱,其分型力为98.18%(216/220);18株菌株重复2次实验的图谱完全一致;PFGE对无流行病关联的50株碳青霉烯耐药临床株、34株腹泻患者肠道分离株、48株食品分离株分型的D值分别为0.9910、0.9964、1.0000;针对34株暴发期间分离菌株,PFGE能够很好地甄别出暴发菌株,高度相关菌株和不相关菌株,并且分型结果与菌株分离病区、分离时间具有一致性;针对暴发菌株,PFGE能够将相同MLST型别的菌株聚成一簇;针对流行病学不相关菌株,PFGE不能将相同MLST型别的菌株分成相同或相似的带型或者聚成一簇。 结论 PFGE对肺炎克雷伯菌分型具有很好的分型力、可重复性和分辨力;针对暴发菌株,PFGE能够将相同MLST型别的菌株聚成一簇;针对流行病学不相关菌株,PFGE和MLST分型一致性差。     

2014—2018年仙桃市伤寒沙门菌分子分型及耐药性分析

目的了解仙桃市伤寒沙门菌的耐药性及分子分型特征。方法收集2014—2018年分离的29株伤寒沙门菌开展药敏试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型及多位点序列分型(MLST)分析。结果药敏结果显示,29株伤寒沙门菌中27株菌对26种临床常见抗菌药物均为敏感/中度敏感,余2株菌有不同程度的耐药性,其中1株菌株耐药谱分布较广,对β-内酰胺/β-内酰胺抑制剂复合物类药物耐药。PFGE结果显示,29株伤寒沙门菌可分为6种PFGE型别,其中流行优势型为HuBXTSal003型别。MLST分型显示,29株菌株共有2种序列型,其中ST2为优势ST型。结论仙桃市伤寒沙门菌株存在优势PFGE带型及优势ST型,有多重耐药菌株出现。     

中国六省伤寒沙门菌的脉冲场凝胶电泳分析及数据库的建立

目的对中国六省分离的伤寒沙门菌进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析,初步建立中国伤寒沙门菌的数据库。方法采用PFGE技术,对中国1979-2005年六省分离的伤寒沙门菌用XbaⅠ酶切,用BioNumerics软件对PFGE图谱进行分析,并且建立中国分子分型数据库。结果收集的417株菌株共有288种不同的PFGE带型,相似性系数在55.2%～100%之间,不同的省份和年份之间有交叉带型。结论中国伤寒沙门菌的菌株变异较大,不同的省份可能存在不同克隆系的伤寒沙门菌菌株的流行。 通过建立中国伤寒沙门菌PFGE带型数据库,对中国以后伤寒沙门菌的监测具有重要的意义。     

鼠伤寒沙门菌分子分型及耐药性特点

目的了解广州市鼠伤寒沙门菌的分子分型以及耐药性特点。方法利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术对鼠伤寒沙门菌进行分子分型,采用纸片扩散(K-B)法进行药敏试验,且采用WHONET 5.6软件对药敏结果进行耐药分析。结果 PFGE结果聚类分析将44株鼠伤寒沙门菌分为15型,其中PFGE9型、PFGE8型、PFGE3型为广州市的优势菌型,菌株比例为54.5%(24/44)。耐药表型分型可将其分为21型,多重耐药菌占61.4%(27/44)。结论广州市鼠伤寒沙门菌分子分型呈多样性,分离株的多重耐药较为严重。     

应用脉冲场凝胶电泳分型技术对江西省伤寒菌株的分析

目的 分析江西省1986年以来伤寒爆发疫情菌株的分子分型特征.方法 对所收集的伤寒沙门菌株利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行菌株的分子分型.结果 40株伤寒菌株分离自1986、1987、2000和2003年的伤寒患者和带菌者,利用PFGE可分为16个型.不同年份、不同地点爆发的伤寒菌株带型不同,同一年份同一地点爆发的伤寒菌株带型也有差异.结论 基于PFGE的分子分型能很好地应用于菌株特征的分析,伤寒杆菌在不同年份变异较大.常规的疫苗是否能应对不同PFGE型菌株的流行值得关注.     

中国肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型数据库的分析

目的 了解近几年我国肠炎沙门菌临床分离株的流行病学及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型特点,为以实验室为基础的食源性疾病暴发的发现及疫情控制提供依据。 方法 根据PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案,对2004-2012年分离自我国13个省(直辖市)的981株肠炎沙门菌进行流行病学及PFGE分子分型分析。 结果 981株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE获得126种带型,其分辨能力(D值)为0.8336。优势带型为JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001、JEGX01.CN0002、JEGX01.CN0005和JEGX01.CN0016。暴发相关带型是JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001和JEGX01.CN0150。肠炎沙门菌优势带型PFGE的共有条带分别为(0.8%)655、325、310、245、178和110 kbp。 结论 我国肠炎沙门菌临床分离株存在PFGE优势型别,PFGE对于肠炎沙门菌XbaⅠ单酶切分型能力有限,用于暴发确认或发现时需多种酶切联合使用,提高分辨能力。     

2017年四川省内江市鼠伤寒沙门菌监测与分子分型研究

目的 了解四川省内江市食源性鼠伤寒沙门菌分子分型结果与流行情况,为该菌的防控提供参考依据。方法 收集内江市所有哨点医院食源性疾病病例资料,并采集粪便标本进行沙门菌分离培养,使用脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型,使用Bionumerics 6.6软件进行电泳图谱分析。结果 2017年共分离到48株鼠伤寒沙门菌,主要分离自儿童。5-10月是发病高峰,病例占全年的89.6%（43/48）,7月发病最多（17/48）。PFGE分型结果获得39种带型,每种带型包含菌株1~5株不等,相似度区间（65%~100%）,有5组相似度100%的菌株,但病例之间无密切接触史,其中1组均有皮蛋暴露史。结论 内江市鼠伤寒沙门菌在儿童中流行较广,夏秋季节感染患者多,皮蛋可能是潜在的感染来源。分子分型结果提示菌株之间有一定的关联性,少数菌株具有引起暴发的潜力,应加强该菌的监测和防控。     

89株山夫登堡沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型及耐药性分析研究

目的 分析2005-2011年杭州市下城区89株山夫登堡沙门菌的脉冲场凝胶电泳(pulse-field gel electrophoresis,PFGE)分子型别和耐药性,建立杭州市沙门菌指纹图谱数据库。 方法 89株山夫登堡沙门菌用XbaⅠ酶切、PFGE获得电泳图谱,使用BioNumerisc统计软件聚类分析比较同源性。采用K-B法测定菌株对抗生素敏感性。 结果 以相似度85%为判定标准,89株山夫登堡沙门菌可分为10个PFGE带型,其中68株集中在一个PFGE基因型内。不同年份基因型无明显规律性。89株山夫登堡沙门菌对所选11种抗生素敏感性85.19%。 结论 杭州市下城区2005-2011年分离的89株山夫登堡沙门菌有明显的克隆株优势带型存在,对抗生素敏感性较高。     

2010-2015年深圳市龙岗区肠产毒性大肠埃希菌感染的流行特征及脉冲场凝胶电泳分子分型

目的 了解广东省深圳市龙岗区腹泻患者中产毒性大肠埃希菌（ETEC）的流行状况及菌株的分子特征。方法 对2010-2015年来自深圳市龙岗区散发腹泻病例的1204份粪便标本进行ETEC分离培养、生化、血清分群及PCR毒力基因（estIa、estIb、elt）鉴定,并采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对阳性菌株进行分子分型。结果 腹泻人群中ETEC的阳性率为5.8%;年龄分布上检出率差异有统计学意义,以19~25岁成年人感染多见;季节分布上检出率差异无统计学意义。70株ETEC共检出14种血清型,以O159和O148多见,分别占25.7%和18.6%;携带毒力基因以estIb为主,占65.7%。PFGE共分为60个型别,共存在10个克隆群组,C、G为地区内的优势克隆株。结论 2010-2015年深圳市龙岗区腹泻患者中ETEC的检出率较稳定,流行具有年龄分布特征,感染呈高度散发状态,但存在优势克隆菌株的感染流行。     

儿童患者耐甲西林金黄色葡萄球菌的耐药特征及分子流行病学分型

目的分析儿童患者耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)耐药性及分子流行病学分型特征。方法采用Vitek 2自动仪对2010—2016年无锡市儿童医院各类临床标本分离出的91株MRSA进行鉴定,并分析MRSA耐药表型模式;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对MRSA菌株做分子流行病学分型。结果根据试验菌株对庆大霉素、克林霉素等6种抗菌药物的药敏结果差异,按照将药敏结果完全相同的菌株分为一型,共将91株MRSA分为12个型别;所有MRSA菌株均可进行PFGE基因分型,得到A～I等共9个PFGE基因型别。当MRSA的耐药谱相同或相似时,其PFGE的基因型也相同或相近,符合率达到80%以上;当PFGE的基因型相同或相近时,耐药谱也相同或相似,符合率达到90%以上。结论儿童医院MRSA暴发感染期间MRSA耐药特征相同或相似的菌株之间存在PFGE基因型别内在联系。     

副溶血弧菌分子分型数据库建立与分析

目的 对我国8个省（直辖市）分离的副溶血弧菌使用脉冲场凝胶电泳（PFGE）开展分子分型工作进行回顾性分析;建立副溶血弧菌PFGE分型数据库,分析其特征。方法 对2005-2014年期间分离自8个省（直辖市）的617株副溶血弧菌使用SfiⅠ酶切后进行PFGE实验,使用BioNumerics 5.01软件分析菌株的PFGE图谱并建立副溶血弧菌分子分型数据库。结果 本研究所建立的副溶血弧菌分子分型数据库共包含617条副溶血弧菌的分子分型信息。这些副溶血弧菌的PFGE图谱可以分为360个PFGE型别,按照PulseNet China的规则对这些PFGE型别进行编码。不同PFGE型别的相似系数介于35.8%~99.6%。237株外环境和食品分离菌株有221个PFGE型别,345株患者分离株有127个PFGE型别。相同血清型的副溶血弧菌具有相同或者非常相似的PFGE型别,而不同血清型之间的副溶血弧菌的PFGE型别差异则较大。大流行血清型（如O3:K6和O4:K8）具有多个优势PFGE型别,对于某些血清型,地理位置相近省份分离菌株的PFGE图谱相似性更高。结论 分离自患者菌株的PFGE图谱克隆化程度高,而分离自食品和外环境的菌株,PFGE图谱多态性较大。PFGE在发现病例成簇中能够发挥作用;对于患者相关PFGE图谱成簇的菌株应加强流行病学调查和溯源工作。     

Trends in phage types of Salmonella enterica serovars Enteritidis and Typhimurium isolated in Slovakia from 1995 to 2009

The phage typing of 3900 isolates of Salmonella Enteritidis and 1741 isolates of Salmonella Typhimurium has been carried out in the period 1995-2009. Among Salmonella Enteritidis in individual years, the most prevalent phage type (PT) was 8. The most predominant PTs of Salmonella Typhimurium were DT104 and U302.