应用于PCR及实时荧光定量PCR的细菌DNA提取方法

目的建立特异灵敏的适应于PCR及实时荧光定量PCR的细菌DNA提取方法.方法于细菌样本离心所得沉淀中加入提取液(25% Chelex-100,0.5%NP40,TE配制,pH=9.0);56℃孵育30 min;100℃水浴10 min;离心后所得上清即为DNA.电泳、PCR及Real-time PCR扩增评价该方法的特异性及灵敏度.结果本方法所提细菌DNA电泳条带清晰,未见假阳性,D(260)/D(280)=(1.79±0.03);PCR及Real-time PCR扩增未见假阳性及假阴性,灵敏度达101/ml细菌浓度.结论本研究细菌DNA提取方法特异灵敏,适应于PCR及Real-time PCR.     

实时荧光PCR检测乙肝病毒DNA的临床意义

目的对实时荧光定量PCR测定的472例HBV-DNA结果进行分析,以探讨其临床价值。方法对472份临床血清标本用ELISA法进行定性检测,并依据乙肝两对半定性结果进行归类分组,再用实时荧光PCR定量检测。结果92份HBsAg(+)、HBeAg(+)、HBcAb(+)标本中有89份HBV-DNA为阳性,阳性率为96.7%,其PCR定量拷贝数为(3.23±1.45)×107/ml;168份HBsAg(+)、HBeAb(+)、HBcAb(+)标本有118份HBV-DNA阳性,阳性率达到70.2%,PCR定量拷贝数为(4.65±2.10)×105/ml;32份HBsAg(+)、HBcAb(+)标本中有11份HBV-DNA为阳性,阳性率为34.4%,PCR定量拷贝数为(1.92±1.54)×104/ml;62份HBsAb(+)的标本HBV-DNA阳性2例,阳性率为3.2%,PCR定量拷贝数为(5.45±1.14)×103;60份全阴性的标本HBV-DNA阳性1例,阳性率为1.7%,PCR定量拷贝数为(2.36±1.12)×104/ml。结论PCR定量测定HBV-DNA可以真实反映体内乙肝病毒感染和复制及病毒载量情况,更有利于临床治疗和疗效观察。     

实时荧光定量PCR检测HBV DNA与ELISA检测HBV M结果的关系

目的:探讨实时荧光定量PCR(FQ-PCR)检测HBV DNA与ELISA检测HBV M结果的关系.方法:采用实时FQ-PCR和ELISA方法分别对240例乙肝患者进行HBV DNA定量测定和HBV M检测.结果:240例HBsAg阳性血清中HBV DNA阳性率为74.58%.HbsAg、HbeAg、HBcAb和HbsAg、HbeAg阳性组的HBVDNA含量及HBV DNA阳性率均明显高于HbsAg、HbeAb、HBcAb和HbsAg、HBcAb组(P＜0.05,P＜0.01).122例HBeAg阳性的血清中97.54%的HBV DNA阳性;118例HBBeAg阴性的血清中有50.85%HBV DNA阳性.结论:实时FQ-PCR检测HBV DNA准确灵敏,是HBV感染及复制的直接证据.HBV M和HBV DNA的检测各有其独特的临床检测意义,在乙型肝炎的诊断治疗中均具有重要的临床价值.     

乙肝病毒DNA荧光定量PCR检测及其意义

目的 探讨荧光定量PCR法检测的乙型病毒DNA与乙肝病毒标志物之间的关系。方法 362例血清标本同时进行乙肝病毒标志物和HBV DNA的检测,按照不同的乙肝病毒标志阳性情况分级后,进行乙肝病毒DNA与乙肝病毒标志物的分析研究。结果 乙肝病毒标志物HBsAg HBeAg HBcAb阳性组HBV DNA阳性率97.7%,拷贝数在10^4-10^8之间;HBsAg HBeAb HBcAb阳性组阳性率56％,拷贝数在10^2－10^7之间;HBsAg HBcAb阳性组阳性率54％,拷贝数在10^2－10^7之间;HBsAg HBeAg组阳性率100％,拷贝数在10^7之间;HBeAb HBcAb组3例,有1例阳性,拷贝数10^2;HBsAb组阳性率14.3%,拷贝数在10^3－10^7之间;189例全阴性有2例阳性（1.06%）,拷贝数在10^4－10^5之间。结论 HBV DNA在各种模式的HBV标志阳性血清甚至全阴性的血清中均可检出,但检出率相差甚大,从1.06%－100％;HBV DNA乙肝病毒标志中HBeAg阳性者其HBV DNA阳性率及拷贝数较高;HBsAg及其抗体阳性者仍可检出HBV DNA,说明仅仅依靠乙肝病毒标志进行早期诊断以及判断病人是否具有传染性是不够的。     

荧光定量PCR检测手足口病患者血浆循环DNA及其临床意义

目的：利用实时荧光定量PCR技术检测手足口病患者血浆循环DNA水平。方法分别收集健康人和手足口病患者的血浆样本,用实时荧光定量PCR方法检测样本中的血浆循环DNA。结果手足口病患者的血浆循环DNA的CT值为（23.58±1.18）,显著低于健康对照组的（35.66±1.32）（P<0.001）。结论实时荧光定量PCR技术检测血浆循环DNA可以作为诊断手足口病的一种方法。     

实时荧光定量PCR在肝炎检测中的应用

目的:探讨实时荧光定量PCR在肝炎尤其是乙型肝炎(乙肝)检测中的应用。方法:对450例急、慢性乙肝患者,采用经酶联免疫吸附试验检测血清,并按血清学标志分为三组,并对所用患者血清实时荧光定量PCR检测。结果:不同血清学标志模式的实时荧光定量PCR检测阳性率分别为95.95%、31.47%、52.20%,三组之间差异均有统计学意义(P<0.01)。结论:实时荧光栋梁PCR检测可以为乙肝病毒感染诊断、治疗及预后判断提供客观依据。但对于病毒非复制感染不能有效检测,不可在肝炎检测中完全替代血清标志物检测。     

实时荧光定量TaqMan-PCR检测小鼠多瘤病毒方法的建立

目的 建立一种快速、特异、敏感的小鼠多瘤病毒 (murine polyomavirus, MPyV)荧光定量 TaqMan PCR检测方法, 用于MPyV核酸的检测。 方法 根据GenBank中小鼠多瘤病毒基因组序列设计了一对特异性引物及TaqMan探针, 扩增长度为69 bp的片段, 通过优化反应体系和反应条件, 对构建的重组质粒标准品进行检测, 并绘制标准曲线, 进行特异性、敏感性和重复性试验。最后用建立的方法对人工感染MPyV的肺脏、脾脏和粪便, 及86 份小鼠临床样本进行检测, 验证在临床应用中的效果。 结果 所建立的检测方法特异性强, 只能在小鼠多瘤病毒DNA中检出荧光信号, 检测灵敏度达到100拷贝, 批内和批间重复性好, 检测结果变异系数(CV)均小于1.13%, 人工感染MPyV小鼠的肺脏、脾脏和粪便均为阳性, 对86份临床样本进行检测, 有3份样本呈阳性(阳性率为3.5%)。 结论 建立的MPyV荧光定量TaqMan-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好, 适合用于MPyV临床诊断、日常监测和流行病学调查。     

应用实时荧光定量PCR检测母血浆胎儿DNA进行RhD基因型产前诊断

目的建立实时荧光定量PCR(real time PCR)技术检测RhD阴性孕妇血浆中游离胎儿DNA进行无创性产前诊断胎儿RhD基因型的方法。方法通过微量DNA抽提技术提取母血浆中胎儿游离DNA,利用Real time PCR检测22例妊娠15～40周的单胎RhD阴性孕妇血浆中胎儿游离DNA,进行男性性别决定基因(SRY)和RhD基因外显子7、10和内含子4的特异性扩增,基因型结果与血清学RhD定型结果对比,评价该技术方法的准确性。结果孕妇血浆中存在游离胎儿DNA。19例RhD真阴性孕妇血浆中,14例均检测到胎儿游离DNA的RhD基因外显子7、10和内含子4的特异性扩增,判断为RhD阳性,基因定型结果与血清学表型相符。3例未检测到胎儿游离DNA的RhD基因特异性扩增,结果与胎儿血清学表型相符。因此检测胎儿游离DNA的RhD基因型准确率达到89.5%。另外2例只检测到RhD基因外显子10扩增,通过新生儿脐血血清学吸收放散试验确定为RhDel型。3例RhDel型孕妇血浆中检测到RhD基因扩增,不适于胎儿RhD基因型的分型。结论实时荧光定量PCR方法检测RhD阴性孕妇血浆中游离胎儿DNA进行无创性诊断胎儿RhD基因型...     

实时荧光定量PCR检测乙型肝炎病毒DNA的临床应用价值

目的: 探讨实时荧光定量PCR(F Q-PCR)检测乙型肝炎病毒DNA的临床应用价值。方法: 采用FQ-PCR方法检测196例患者血清中HBV-DNA。结果: 112例HBeAg(+)/HBeAb(-)标本中FQ-PCR均阳性,HBV-DNA拷贝数1.08×107/ml;68例HBeAg(-)/HBeAb(+)标本中,平均拷贝数6.12×105/ml,其阳性率为66.2%;16例HBeAg(-)/HBeAb(-)标本中,平均拷贝数为2.72×104/ml。结论: 实时FQ-PCR可以实现准确定量,是了解HBV在体内复制和判断疗效的有利手段。     

两种HBV-DNA荧光定量PCR检测比较

目的优化HBV—DNA特异性定量检测方法。方法采用荧光定量PCR检测法，用10份正常血清、10份HBV高滴度（10^6 IU／mL）血清和梯度稀释的HBV克隆质粒标准品，验证两种检测方法的重复性、特异性和灵敏度；并将结果进行配对检验。结果10份正常血清标本均无假阳性HBV—DNA检测结果，特异性极好；10份HBV高滴度血清中检出1份YMDD变异，灵敏度均可达到10^3 IU／mL，重复性和灵敏度两者之间无显著性差异（t=0．702，P〉0．05）。结论该方法特异性和灵敏度高，可用于HBV的临床检测和科学研究。     

实时荧光定量PCR 法在检测血浆结核杆菌DNA 的应用

目的:探讨实时荧光定量PCR 法在检测血浆结核杆菌DNA 的应用及价值.方法:以我院确诊为结核病且未经治疗的患者392 例作为实验组,同时选取健康体检人群100 例作为对照组.分别对两组患者取静脉血,并对其血浆中结核分枝杆菌DNA 采用实时荧光定量PCR 法进行检测,同时对实验组患者进行痰涂片检查.结果:对照组患者实时荧光定量PCR 法检测全为阴性;实验组患者采用痰涂片检查,结果显示有80 例为阴性,其实时荧光定量PCR 法检测结果显示,痰涂片阳性的患者全为阳性,其阴性患者中有24 例为阳性,在对阳性患者抗痨治疗后有12 例患者转为阴性.实验组患者MTB DNA 为1.76×109 copies/mL.结论:本实验表明结核患者血浆中存在MTB DNA,采用实时荧光定量PCR 法可有效的对痰涂片阴性以及无痰患者进行诊断,有较好的利益价值.     

荧光实时定量PCR的研究进展

生物机体的生长、发育、衰老和病变通常由基因在不同阶段和部位的差异表达来决定。基因表达差异最终表现为蛋白质合成量上的差异,并在一定程度上决定细胞的激活、增殖、分化、病变和凋亡。定量mRNA表达是了解机体生长发育调控和病理病变机理的一个重要方面,因此准确定量mRNA表达成为了生物医学研究中的一个重要内容。     

实时荧光定量PCR在检测人ANP基因表达的应用

目的 建立心房钠尿肽(ANP)基因mRNA表达水平的实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行初步评价.方法 以基因表达产物为模板,建立实时荧光定量PCR检测方法,对样本中的心房钠尿肽含量进行相对定量,比较不同样本组的基因表达水平.结果 所建立的实时荧光定量PCR方法熔解曲线中熔解峰单一.肺癌患者胸腔样本的ANP含量为对照样本的4.68倍,血清样本为对照样本的16.03倍.结论 所建立的ANP实时荧光定量PCR检测方法具有较高的特异性.肺癌患者胸腔液和血清中ANP的含量明显增高.     

荧光定量PCR检测病毒性心肌炎患者血浆循环DNA及其临床意义

目的:利用实时荧光定量PCR技术来检测病毒性心肌炎患者血浆循环DNA水平。方法:分别收集健康人和病毒性心肌炎患者的血浆样本,用实时荧光定量PCR方法检测样本中的血浆循环DNA。结果:病毒性心肌炎患者的血浆循环DNA的CT值为25.22±1.26,明显低于健康人30.66±1.52,有显著性差异(P<0.01)。结论:实时荧光定量PCR技术检测血浆循环DNA可以成为诊断病毒性心肌炎的一种方法。     

实时荧光定量PCR的研究进展及其应用

随着PCR(聚合酶链反应)技术的飞速发展,实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR)技术以其特异性强、灵敏度高、自动化和重复性好、定量准确、污染少等优点,成为分子生物学和其它领域的重要技术工具,并广泛应用于遗传病、病原体和肿瘤等方面的检测和诊断.本文就实时荧光定量PCR技术的主要原理、定量方法及目前在研究领域中主要的应用进行了概述.     

PCR及Real-time PCR评价细菌DNA提取方法

目的:比较几种不同的细菌DNA提取方法,建立一种适于PCR和Real-time PCR的细菌DNA提取方法.方法:分别用蛋白酶K法、碱裂解法、Chelex-100 NP40、Chelex-100 TritonX-100法和水煮法提取同种浓度大肠杆菌DNA,测定OD260/280;用不同方法提取不同浓度的大肠杆菌DNA,进行PCR和实时荧光定量PCR扩增,比较灵敏度.结果:5种方法提取细菌DNA,其中Chelex-100 NP40 法纯度(OD260/280=1.79±0.03)最高,此方法所提取的DNA产物进行PCR及Real-time PCR扩增未见假阳性及假阴性,其灵敏度为10个/ml细菌浓度.结论:Chelex-100 NP40的细菌DNA提取方法纯度及灵敏度高,且适应于PCR及Real-time PCR.     

实时荧光定量PCR检测限的统计推断

检测限是检测方法的重要性能指标,用Poisson分布的概率函数分式计算一次抽样检测出现的结果推论总体出现该结果的概率。以实时荧光定量PCR(FQ-PCR)检测乙型肝炎病毒DNA结果为例,计算可知,一次抽样反应管的检测结果≥4时,才可推论总体与0(空白)差异有显著性(P<0.05)。因而检测血清中病原体时扩增反应管中的检测限是4拷贝/ul计算也可知,1拷贝/ul表示一次抽样的结果为0的概率可达0.368,结果在0拷贝/ul～4拷贝/ul的概率为0.996,而1000拷贝/ml表示一次抽样结果为0的概率为0。结果在905拷贝/ml～1095拷贝/ml的概率为0.997;而100000拷贝/L表示一次抽样结果在997000拷贝/L～1003000拷贝/L的概率为0.997。抽样单位ul不能随意放大为ml甚至L。     

胃癌组织Twist基因的荧光实时定量PCR检测

目的探讨Twist基因在人胃癌组织、癌旁组织、胃癌转移灶组织中表达及临床意义。方法应用Trizol法提取总RNA，以总RNA为模板经逆转录合成cDNA，用实时荧光定量PCR的方法检测8例正常胃粘膜，27例胃癌原发灶，19例胃癌转移灶组织中Twist mRNA的表达情况并分析其与临床病理指标的关系。结果荧光实时定量PCR扩增结果显示，Twist基因在正常胃粘膜组织中表达量很低，而在原发性胃癌组、转移性胃癌组中均有较高的表达，原发性胃癌组织及腹膜转移组织中的表达明显高于正常胃粘膜组织（P〈0．05）；Twist基因在淋巴转移组织中的表达与原发组中的表达差异显著（P〈0．05）。结论Twist基因在胃癌中过度表达可能促进胃癌的发生与发展，并与胃癌转移密切相关，又可能成为预测胃癌转移潜能的分子基础。     

鸭疱疹病毒1型实时荧光定量PCR方法的建立

目的建立检测鸭疱疹病毒1型(鸭瘟病毒)的实时荧光定量PCR方法,为快速诊断、致病机理研究及抗病毒药物筛选等奠定基础。方法根据病毒DNA聚合酶基因的序列,设计引物和探针,采用TaqMan探针技术进行实时荧光定量PCR,用含有125bp扩增产物的pMD18-T载体质粒为阳性对照,构建标准曲线,对该方法的特异性、可重复性、敏感性进行评价,同时与传统PCR方法进行比较研究。结果标准曲线表明在2.3×105~2.3×10拷贝数之间有很好的线性关系(r=0.999);实时荧光定量PCR最少可检测到23个阳性质粒,说明有很好的敏感性;试验内及试验间变异系数分别为1.22~6.69以及2.09~8.84,说明有较好的重复性;对非鸭瘟病毒DNA无扩增,说明有很好的特异性;在对病毒DNA的检测方面,比传统PCR的敏感性高出104倍。结论成功建立了针对鸭瘟病毒的特异、敏感、重复性强且可准确定量的实时荧光定量PCR方法。