用一对错配引物进行的PCR/酶解法检测β-地中海贫血-28(A→G)突变

1989年Haliassos等首先报道用误配碱基引物PCR检测点突变。其基本原理是,一个引物3′末端紧邻突变点,3′末端或近3′末端引入一个错配碱基,介导突变产物在此产生某内切酶酶切序列,而正常模板的PCR产物无该酶切序列;另一引物不含错配碱基。问题是当内切酶用量太少或失活时,突变模板PCR产物不能彻底酶解或完全不被酶解,易造成判一断错误。为避免上述情况,保证检测结果准确可靠,作者研究设计了用一对错配引物检测点突变方案,并     

3’末端碱基游移混合引物提高多变区基因片段PCR检测的阳性率

目的：通过使用3′末端碱基游移混合引物，减少引物末端错配，提高多变区基因片段的PCR检阅阳性率。方法：在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物)，在原型引物序列基础上将两根引物的3′末端分别截去1个或2个碱基，设计出两对参数与原型引物近似的突变引物。分别单独用原型引物和原型引物与突变引物组成的混合引物，在相同条件下对27份HBV DNA阳性标本行PCR，比较二者阳性率。用混合引物扩增4例拉米呋丁治疗无效患者血清HBV DNA，将扩增产物测序并评价3′末端错配对PCR的影响。结果：原型引物和混合引物检阅阳性率分别为70．4％(19／27)和85．2％(23／27)，两者差异非常显著(P＜0．05)。引物3′末端错配能导致PCR假阴性。结论：扩增保守性相对较差的基因片段，采用3′末端单个或多个碱基截短的引物，构成3′末端碱基游移混合引物，可以避免因3′末端错配产生的PCR假阴性，提高检测阳性率。     

用一对错配引物进行的PCR／酶解法检测β-地中海贫血-28（A→G）突变

1989年Haliassos等首先报道用误配碱基引物PCR检测点突变。其基本原理是，一个引物3’末端紧邻突变点，3’末端或近3’末端引入一个错配碱基，介导突变产物在此产生某内切酶酶切序列，而正常模板的PCR产物无该酶切序列，另一引物不含错配碱基。问题是当内切酶用量太少或失活时，     

3’末端碱基游移混合引物提高多变区基因片段PCR检测的阳性率(英文)

目的:通过使用3’末端碱基游移混合引物,减少引物末端错配,提高多变区基因片段的PCR检测阳性率。方法:在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物),在原型引物序列基础上将两根引物的3’末端分别截去1个或2个碱基,设计出两对参数与原型引物近似的突变引物。分别单独用原型引物和原型引物与突变引物组成的混合引物,在相同条件下对27份HBV DNA阳性标本行PCR,比较二者阳性率。用混合引物扩增4例拉米呋丁治疗无效患者血清HBV DNA,将扩增产物测序并评价3’末端错配对PCR的影响。结果:原型引物和混合引物检测阳性率分别为70.4％(19/27)和85.2％(23/27),两者差异非常显著(P<0.05)。引物3’末端错配能导致PCR假阴性。结论:扩增保守性相对较差的基因片段,采用3’末端单个或多个碱基截短的引物,构成3’末端碱基游移混合引物,可以避免因3’末端错配产生的PCR假阴性,提高检测阳性率。     

RNA加尾和引物延伸RT-PCR法实时定量检测microRNA

目的:用改进的RNA加尾和引物延伸RT-PCR法实时定量检测组织中的microRNAs(miRNAs),并评价其敏感性和特异性.方法:提取组织中的小于200 bp的RNA,用poly(A)聚合酶在其3'末端加尾,再用5'带40 nt延伸序列的单碱基锚定Olig-dT引物进行反转录,得到约80 nt的cDNA,然后用特异引物进行SYBR Green实时定量PCR扩增.结果:该法线性范围宽,可检测低丰度的miRNAs,能特异区分3'末端碱基不同的亚型,但对序列中间个别碱基不同的亚型不能鉴别.对15种miRNA在大鼠心、肝和大脑皮层的相对表达的检测验证了该法的可靠性.另外,海马组织中的miRNAs表达与大脑皮层组织有一定差异.熔解曲线的单一峰型和电泳检测到的单一条带都证明了扩增的特异性.结论:该法可快速、敏感地检测不同组织中大多数miRNAs的表达差异,可用于寻找组织特异及疾病相关的miRNAs.     

末端标记引物延伸反应对核酸单碱基辨认的实验研究

目的 探讨高保真DKA聚合酶的校正机制在核酸序列单碱基识别中的可能性。方法 采用三末端氚标记的引物与配对及不完全配对的模板进行引物延伸反应，对延伸产物片段进行放射性活性的检测。结果 当引物与模板配对时，其延伸产物含有可探测标记信号。当引物三末端与模板在单碱基水平不配对时，其延伸产物则不含可探测标记信号，表明引物三末端带有标记信号的碱基在高保真酶的错配纠正过程中被切除。结论 高保真酶的错配纠正机制与引物的三末端标记结合，能够有效辨认核酸序列单碱基，提示该方法可用于单碱基多态性检测。     

兼并PCR技术反应条件的探索

[目的]探索兼并PCR技术反应的条件。[方法]依据过氧化物酶N-末端氨基酸序列设计的兼并引物,提取幼龄梨果实的DNA和RNA并将RNA反转录为cDNA,分别以DNA、cDNA和PCR产物为模板,利用PCR和琼脂糖电泳分析的方法,在不同的退火温度和引物添加量的配比下,对PCR条件进行优化。[结果]优化了PCR反应的条件,并且得到目的基因。[结论]优化后的兼并PCR技术可以更好地应用于新基因的克隆、病毒的检测等研究领域。     

实时定量PCR阵列检测小鼠大脑组织microRNA表达谱

目的：分析小鼠大脑组织microRNA(miRNA)表达谱,为研究特定miRNA及其靶基因、中枢神经系统miRNA相关的调节网络,以及miRNA在中枢神经系统疾病中的作用提供参考。方法：采用RNA加尾和引物延伸序列RT-PCR法,将精心设计的特异引物按Tm值排成阵列,用梯度实时PCR仪在不同的退火温度扩增每一个miRNA,并计算出每种miRNA相对于内参的表达量。结果：共检测了285个miRNA,阳性者260个,它们丰度不同,频数分布图大致呈正态。大部分miRNA的表达水平与已发表的芯片结果一致,而阳性率高于芯片结果。源自同一miRNA前体的2个成熟miRNA表达量,有些相差无几,有些则相差甚多。同簇相邻miRNA的丰度有些相近,有些则差异明显,提示miRNA转录后的归宿决定其丰度。结论：采用实时定量PCR阵列法,分析了小鼠大脑组织的miRNA表达谱,特别是获得了一些低丰度miRNA在小鼠大脑中表达的数据,这将有助于对这些低丰度miRNA的功能研究。     

AS-PCR方法检测中国人群CYP2C19基因多态性

目的:建立一种快速、灵敏的细胞色素氧化酶P4502C19基因多态性检测方法。方法:分离外周血淋巴细胞基因组DNA,分别用一对等位基因特异性(allele-specific,AS)的反向引物与共用正向引物进行PCR扩增,通过电泳分析对应的PCR产物来判断CYP2C19基因型。在AS引物3′端倒数第三位或第二位引入错配碱基改进特异性。采用优化后方法对278例健康人进行CYP2C19基因型分析。结果:AS-PCR可检测CYP2C19基因多态性,引入第二个错配碱基可提高检测特异性。经直接测序验证结果完全一致。结论:建立和优化的AS-PCR方法适用于CYP2C19基因多态性快速检测。     

长链PCR在中国汉族人多囊肾病1型致病基因突变检测中的应用

目的:研究特异性分离中国汉族人多囊肾病1型致病基因(polycystic kidney disease gene 1,PKD1)多拷贝区的方法,以排除同源序列对该基因突变检测的干扰.方法:利用与同源序列间的个别碱基差异设计8对能涵盖PKD1多拷贝区的长链PCR引物,分别对两例健康汉族人基因组DNA进行PCR,其扩增产物通过巢式PCR进行序列测定.结果:通过优化PCR体系,尤其是以高质量基因组DNA为模板,适当提高退火温度,经巢式PCR测序证实扩增产物序列与PKD1多拷贝区一致.结论:该研究采用的长链PCR体系可克服同源序列的影响,适用于中国汉族人PKD1多拷贝区的特异性扩增,为进一步通过单链构象多态性分析检测汉族人PKD1突变位点奠定基础.     

基于pJFH-1的HCV全基因组扩增方法的建立

目的基于pJFH-1建立能稳定扩增HCV全基因组的长链PCR方法。方法以pJFH-1为测试模板,通过优化PCR扩增中各个重要环节,包括引物的选择、甘油和/或DMSO最适浓度的筛选、循环条件的摸索等,建立能稳定扩增HCV全基因组的长链PCR方案。结果高Tm值(>65℃)的引物更有利于HCV全基因组的扩增;5%、10%甘油或5%DMSO可显著提高PCR扩增的特异性和扩增效率,且甘油的促进作用优于DMSO;双温法较三温法能获得更高产量的PCR产物。结论通过优化长链PCR反应体系及条件,成功实现HCV基因全长的扩增。     

随机引物PCR检测人DNA指纹条件的优化

【目的】探讨随机引物PCR检测人DNA指纹技术的最优化条件。【方法】应用随机引物PCR技术,用一对经筛选的短引物,对扩增人DNA指纹的条件进行了优化。【结果】实验结果显示DNA模板应新鲜,质量浓度在50～550mg/L均有扩增产物。dNTP的浓度0.2mmol/L最宜。Mg2+浓度5.0mmol/L效果最佳。循环参数以两个三步PCR,变性温度分别用94℃、90℃,时间各为30s,退火温度用43℃、48℃,时间分别为40s、50s,延伸温度用72℃,时间分别为1min、1min20s。【结论】按照优化的实验条件,得出的DNA指纹图重复性好,个体特异性高,为APHDF的推广提供了实验基础。     

多重降落PCR检测痰标本肺炎链球菌与b型流感嗜血杆菌

目的:建立可同时检测痰标本中肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae,Sp)与b型流感嗜血杆菌(Hae-mophilus influenzae type b,Hib)的多重降落PCR。方法:以Sp cpsA基因、Hib capⅡ区为靶标设计引物,并用Primer-BLAST在线软件检测其特异性,多重降落PCR检测492份痰标本,并以标准菌株作为对照,结果与细菌培养法进行比较。结果:所建立的多重降落PCR对Sp、Hib的检测下限分别达6.3 pg、0.2 pg;与细菌培养法相比,灵敏度及总灵敏度均达100%,检测Sp、Hib特异性分别为94%、98%,总特异性达92%。结论:所建立的多重降落PCR具有高灵敏度与特异性,可作为Sp、Hib感染的快速诊断与流行病学研究的备选手段。     

微小核糖核酸荧光定量聚合酶链反应检测方法的建立及其在急性肺损伤中的表达分析

目的探讨微小核糖核酸(miRNA)荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测方法的建立条件,并运用这一方法对急性肺损伤中miRNAs的表达进行分析。方法设计miRNA特异的颈环结构反转录引物,对miRNA进行反转录,得到miRNA的环状脱氧核糖核酸(cDNA)。分析miRNA cDNA定量PCR过程中的标准曲线和熔解曲线,确定该检测方法的检测灵敏性和特异性。应用miRNA的荧光定量PCR检测方法分析脂多糖(LPS)诱发的急性肺损伤小鼠中miRNA的表达。结果 miRNA特异的颈环结构反转录引物实现了miRNA长度的延长。通过对心肌特异表达的miRNA-1进行实时荧光定量PCR检测,表明miRNA-1是心肌组织特异表达的miRNA。通过该方法对LPS诱发的急性肺损伤小鼠(急性肺损伤组)进行分析,发现与对照组比较,急性肺损伤组的miRNA-23a的相对表达量显著降低(P<0.05),miRNA-155、miRNA-451的相对表达量显著升高(P值均<0.01),miRNA-21的相对表达量未发生改变(P>0.05)。结论本实验建立的miRNA实时荧光定量PCR具有较高的精确性和特异性,通过该方法发现多种miRNA在LPS...     

mRNA差异显示方法的建立及条件优化

目的 研究大鼠皮肤肌肉特异性基因的表达,探讨引物的不同、退火温度变化与扩增产物特异性之间的关系. 方法 12只健康雄性Sprague-Dawley大鼠分为正常对照组与实验组(挫伤4 h).分别提取总RNA,反转录成cDNA,通过不同引物、退火温度及反应体系进行PCR产物扩增,比较不同条件下差异条带的情况. 结果 总RNA量在2～4 μg时,扩增条带最亮;提高反转录温度有利于长片段cDNA的合成;使用TaKaRa公司带有T7启动子的Oligo dT12 NM和M13的随机引物时,可最大限度地减少非特异性条带;先使用低严谨的退火温度,再使用高严谨的退火温度可显著地增强差异条带重复性和敏感性. 结论 差异显示技术方法简便、灵敏、高效,适用于一般性的基因差异表达研究.     

基于多重PCR技术检测蜡样芽胞杆菌3种毒素基因方法的建立及评价

目的：基于多重PCR技术,建立一种快速检测蜡样芽胞杆菌nhe、cytK和entFM 3种毒素基因的方法,并评价其效能。方法：煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,以蜡样芽胞杆菌nhe、cytK和entFM特异性毒素基因作为靶基因,采用NCBI primer-BLAST 5.0软件设计特异性引物,优化反应体系。建立三重PCR检测体系,并检测其特异性、灵敏度和稳定性。结果：煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,浓度为227 mg·L^-1,纯度为1.50～1.60。采用多重PCR体系同时检测蜡样芽胞杆菌3种毒素致病基因,于退火温度56℃时,蜡样芽胞杆菌基因引物nhe499的扩增片段为499 bp,基因引物cytK191的扩增片段为191 bp,基因引物entFM363的扩增片段为363 bp。PCR体系扩增蜡样芽胞杆菌3种毒素基因后条带清晰明亮,且无非特异性条带,与金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌和铜绿假单胞菌均无扩增,表明蜡样芽胞杆菌基因引物nhe499、cytK191和entFM363特异性强;3种引物在同一反应体系中互不干扰。灵敏度检测,多重PCR体系最低检测限可同时达到10^...     

双链置换探针实时荧光定量PCR结合融解曲线特性分析检测高危型人乳头瘤病毒16、58亚型

目的:建立一种准确、快速、实用的检测人乳头瘤病毒(HPV)16、58亚型的方法。方法:根据HPV16和HPV58亚型的序列特异性各设计一对引物和一对型特异性双链置换探针,采用实时荧光PCR扩增后,通过非高分辨的融解曲线分析在同一荧光通道内有效区分两种HPVDNA基因亚型。结果:1ng/μl、0.1ng/μl和0.01ng/μlHPV16和HPV58模板荧光PCR扩增及融解曲线分析显示,融解曲线分析较定量扩增更灵敏、特异。HPV16和HPV58融解曲线对应的Tm值分别为83.5°C和87°C。结论:所建双链置换探针实时荧光定量PCR结合融解曲线分析检测HPV16、58亚型的方法灵敏、特异,有临床应用价值。     

基于AllgloTM探针检测IL-1单核苷酸多态性检测方法的建立

目的：探讨AllgloTM探针检测IL-1单核苷酸多态性的实用性。方法：采用AllgloTM 探针实时荧光PCR对IL-1β基因SNP进行基因分型。设计其3954C＆gt;T位点AllgloTM探针序列和PCR扩增引物,按照PCR产物特异性和扩增效率,对退火温度、引物浓度等条件进行优化。结果：结果显示AllgloTM探针实时荧光PCR检测体系最适引物浓度为0.4μM,退化温度为58.9℃两步法PCR。在同一条件体系下,检测100例健康体检者IL-1β基因3954C＆gt;T位点,并进行基因分型,测序验证其分型结果。结论：AllgloTM探针实时荧光PCR检测IL-1β基因SNP是一种值得推广的高通量、低成本、常规化的基因分型方法。