2009年云南省柯萨奇病毒B3型分离株A103/KM/09全基因序列分析

目的 分析2009年云南省脑炎患儿粪便标本分离的柯萨奇病毒B3型分离株A103/KM/09全基因序列,了解其遗传特性。方法 设计针对柯萨奇病毒B3型引物,提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列,利用Geneious和Mega 5.05软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析,应用RDP 3和SimPlot 3.5.1重组软件对序列进行重组分析。结果 该分离株全基因组核苷酸序列长度为7389 bP。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Nancy的同源性分别为81.O%和95.7%;与其他柯萨奇病毒B3型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81.0%~88.0%和95.7%~98.0%;进化分析发现CVB3可分为5个分支(I~V),核苷酸之间的差异为16.2%~24.3%;中国分离株属V分支,又可分为A～D亚分支,核苷酸之间的差异为4.3%~11.4%。并发现A103/KM/09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论柯萨奇病毒B3型分为5个基因型,云南分离株A103/KM/09属于V-D亚型,而中国分离株已经发生一定进化。     

2009年云南省柯萨奇病毒B5分离株A210／KM／09全基因序列分析

目的分析柯萨奇病毒B5(cvB5)云南分离株A210／KIVI／09全基因序列及其遗传特性。方法设计针对CVB5引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列,利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。结果CVB5 A210／K1w09全基因组核苷酸序列长度为7 372 bp,编码含2 18,5个氨基酸残基的多聚蛋白;A210／KNU09全基因组核苷酸及所推导的氨基酸与CVB5／CCl0／10同源性最高,其同源性分别为92.5%和97.3%;而与其他CVB5毒株如17Y、19CSF、20CSF、1954／85,US、2000／CSF／KOR、03001N、CoxB5／Henard2010、CVB5／SD／09和Faulkner核苷酸和氨基酸同源性分别为80.1%一925%和95.0%一97.3%;A210／K_M／09与其他CVB5毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.3%～96.3%和85.3%,100.0%,其中与VP3、3D区段核苷酸的同源性最低。基于CVB5全长VPl基因序列进行种系进化分析,可将CVB5分为A、B、C和D4个基因型,其中C基因型可再分为CI～c4基因亚型,D基因型再分为D1。D4基因亚型。中国CVB5流行株主要聚集在C4基因亚型,国外流行株主要聚集在Dl、C2亚型。结论A2 10／KM／09分离株为C4：基因型。     

2011年河南省脑炎患者柯萨奇病毒B5型分离株基因组序列分析

目的 分析河南省柯萨奇病毒B5(cvBs)分离株全基因序列,了解其遗传特性。方法 采集2例脑炎患者临床标本,分离病毒,提取病毒阳性分离物RNA,进行RT-PCR扩增,产物直接测序。利用DNAStar 5.01和Mega 5.05软件进行全基因序列拼接及亲缘进化分析。结果 获得2株CVB5分离株(03001N和17Y)全基因组序列,核苷酸长度分别为7408bP和7404 bP,两者核苷酸同源性为97%,同2010年河南CVB5分离株同源性最高,分别为98%和99%。5-UTR分别为747 bP和743 bP<;3-UTR区均为103 bP;病毒基因组编码区全长同为6558 bP,编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白,氨基酸同源性为99%。VPl区系统发生树分析显示,2株CVB5分离株进化关系较近,同近年来国内其他分离株成一簇,而2009年的河南省CVB5分离株同山东省CVB5分离株成一簇。结论河南省内存在不同CVB5株传播链的流行,此次分离株为近几年内的主要流行株。     

云南省2009年埃可病毒6型分离株KM57-09全基因序列分析

目的 对云南埃可病毒6型(Echo6)分离株KM57-09全基因序列进行分析和研究,了解其遗传特性.方法 设计针对Echo6引物,提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列.利用Mega 5.05、RDP 3和SimPlot 3.5.1等生物学软件分析全基因序列.结果 获得KM57-09全基因组核苷酸序列长度为7419 bp,编码含2191个氨基酸残基的多聚蛋白;与其他Echo6参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3％ ～ 80.2％和93.3％～ 94.4％,与原型株D' Amor核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3％和93 6％.在基因组各个区段上,Echo6KM57-09分离株的2C和3A区,与HN-2-E25核苷酸同源性最高,分别为86.3％和85.0％,而其5'UTR、VP4、3D和3'UTR区则与CoxB5-Henan-2010核苷酸同源性最高,分别为91.7％、81.2％、89.7％和96.9％.在VP1区上,与中国其他省份分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.0％～96.0％和95.8％～ 99.0％,而与其他国家分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为77.6％ ～ 96.0％和95.2％ ～ 99.0％.进化分析发现Echo6可分为5个分支,中国分离株分属C和E分支,其中KM57 09属于E分支,且5个分支之间核苷酸的差异为15.6％ ～23.3％.3D基因序列种系进化分析以及RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析发现KM57-09序列在非结构区可能存在重组.结论 Echo6可分为5个基因型,KM57- 09分离株属于E基因型;中国大陆曾存在不同 Echo6株传播链的流行.     

浙江省2008-2012年肠道病毒相关病毒性脑炎病原谱及分子流行病学特征分析

目的 了解2008--2012年浙汀省肠道病毒相关病毒性脑炎病原谱及分子流行病学特征。方法从监测点采集疑似病毒性脑炎患者脑脊液和粪便样本利用RD和HeP-2细胞分离病毒,采用肠道病毒标准血清定型,并对分离株VPI基因测序,进行同源性与进化分析。结果从610例患者616份样本中分离到人类肠道病毒(HEY)127株(20.6%),其中柯萨奇病毒(CV)60株,埃可病毒(ECHO：E)67株,病毒血清型分别为CVA9、CVBl、CVB3～5、E3、E4、E6、E9、E14、E25、E30。2008～2012年优势株分别为CVB3、CVB5、E6、E30和E30。各分离株VPl基因序列全长834～918个核苷酸,与相应原型株核苷酸(nt)和氨基酸(aa)的同源性分别为76.7%～85.0%和91.1%。97.9%；浙江分离株型内差异最大为E6,nt和aa差异分别为20.4%和4.8%。基于VPl基因的进化分析结果表明。浙江分离株均位于HEV-B分支上,并显示出一定地域和时问效应；E6血清型内部又分成2小分支。结论2008-2012年浙江省病毒性脑炎的主要病原为HEV-B,涉及12个血清型；不同年份优势流行株不断变化,E30为绝对优势株；浙江E6分离株存在2个亚类流行株。     

浙江省2002--20 1 0年急性出血性结膜炎暴发疫情病原体CA24v的全基因组序列分析

目的 分析2002--2010年浙江省急性出血性结膜炎(AHC)暴发疫情病原柯萨奇病毒A组24型变种(CA24v)流行株的全基因组序列与遗传特性。方法 选取浙江省不同年份的CA24v流行株,采用RT-PCR扩增基因序列,并与国内外流行株进行全基因组及VPl、3C区序列比较分析。结果 浙江省2002年和2010年CA24v全序列为7456～7458 bp,编码含2214个氨基酸残基的多聚蛋白,2010年的Zhejiang／08／10较2002年的毒株在5’端非编码区的第97、119位各存在一个T碱基插入,Zhejiang／08／10与2002年以来的分离株各区段氨基酸同源性为94．7％～100．0％,与近60年来CA24流行代表株全序列中各区段氨基酸的平均差异率以2A区与3A区最大,分别达8．4％和7．3％。3D区最小,仅为1．9％。1987年与2002年以来的CA24v毒株在全序列上共存在38个和20个氨基酸的稳定变异。2002--2010年CA24v的组间遗传距离分析表明,3c区较VPl区更为稳定,CA24v的早年流行株Jamaica／10628／87在3D区上可能存在重组,而在近年流行株中未发现该现象。结论 CA24v以时间序列为主逐年进化,地域间虽存在差异,但影响较小。自2002年起,由CA24v引起的AHC一直在浙江省本地散在流行。     

一株埃可病毒25型河南分离株全基因特征分析

埃可病毒25型(Echo25)是一种常见的肠道病毒,2008年河南省从病毒性脑炎患者脑脊液中分离出4株Echo25.鉴于目前除原型株JV-4外,尚未有Echo25全基因序列的测定,为了解其基因特征,本研究对其中1株进行全基因组序列测定.     

肠道病毒71型宁波分离株全基因组特征研究

目的:研究2010年肠道病毒71型宁波分离株的全基因组序列特征。方法:收集宁波市手足口病患者的粪便标本进行特异性荧光定量RT-PCR鉴定,EV71阳性标本进行病毒分离和全基因组序列的测定。结果:2010NB65株全长7406 bp,与参考株EV71相比编码区没有核苷酸的缺失和插入。2010NB65株与2008年-2010年中国大陆EV71流行株的各区段核苷酸和氨基酸同源性均较高,分别为94.1%～98.8%和97.6%～100%;与A型和CoxA16核苷酸同源性较低,分别为75.0%～82.4%和63.0%～85.4%。VP1和全基因组亲缘进化分析表明,2010NB65株属于C4基因亚型的C4a进化分支,与浙江株、阜阳株、北京株亲缘关系近。2010NB65株P2、P3区与CoxA16的进化途径相近。结论:宁波市HFMD患者粪便中分离得到EV71属于C4基因亚型的C4a进化分支,与我国其他地区的EV71存在共同进化趋势,全基因组序列提供了完整的分子生物学背景,为EV71病毒性疾病的防控提供参考价值。     

四川省木里县1株C/D基因型重组乙型肝炎病毒基因组序列分析

目的 分析四川省木里县1株乙型肝炎病毒基因组特征.方法 从HBsAg阳性的血清标本11B18中提取病毒DNA,经多聚酶链反应和核苷酸片段测序后,用Mega4软件和Simplot软件做进化树分析和重组分析.结果 S基因和C基因核苷酸序列进化树分析显示11B18分别属于D基因型和C基因型,全基因组核苷酸序列进化树分析显示此株与C1基因亚型参考株在同一进化分枝上;重组分析证实此株为C/D基因型重组株,与D基因型的重组位点大约在nt140～nt740.结论 与我国西部地区的CD1和CD22种C/D基因型重组株比较,11B18属于C1基因亚型,其与D基因型的重组位点也有差异.     

Cycle control with oral contraceptives containing 20 micrograms of ethinyl estradiol. A multicenter, randomized comparison of levonorgestrel/ethinyl estradiol (100 micrograms/20 micrograms) and norethindrone/ethinyl estradiol (1000 micrograms/20 micrograms).

A randomized, open-label, multicenter study was undertaken to compare the effects of oral contraceptives (OC) containing 100 micrograms levonorgestrel (LNG)/20 micrograms ethinyl estradiol (EE) (Aless/Loette) and 1000 micrograms norethindrone acetate (NETA)/20 micrograms EE (Loestrin Fe 1/20) on menstrual cycle control over four cycles of use. A total of 84 evaluable women provided 274 cycles of exposure in the LNG/EE group, and 89 women provided 289 cycles of exposure in the NETA/EE group. Overall, the LNG/EE group achieved a consistently higher percentage of normal menstrual cycles as well as a lower rate of intermenstrual bleeding and amenorrhea than the NETA/EE group. In cycle 4, 63.8% of cycles were normal in the LNG/EE group compared with 41.9% in the NETA/EE group (p < 0.005). Of the total cycles in the NETA/EE group, 10% were amenorrheic, compared with 1.1% in the LNG/EE group. The occurrence of bleeding and/or spotting was significantly lower in cycles 2 and 3 in the LNG/EE group (41.7% and 34.8%, respectively) compared with the NETA/EE group (62.3% and 56.3%; p < 0.05). Other cycle variables were generally similar between groups, as was the incidence of adverse events. These results demonstrate that good cycle control was achieved with an OC containing 20 micrograms EE and that 100 micrograms LNG/20 micrograms EE produces better cycle control than 1000 micrograms NETA/20 micrograms EE.     

Multicenter, comparative study of cycle control, efficacy and tolerability of two low-dose oral contraceptives containing 20 microg ethinylestradiol/100 microg levonorgestrel and 20 microg ethinylestradiol/500 microg norethisterone

A comparison of cycle control, efficacy and tolerability of two oral contraceptive preparations containing 20 microg ethinylestradiol combined with either 100 microg levonorgestrel (EE/LNG 20/100) or 500 microg norethisterone (EE/NET 20/500) was conducted. These results were compared to a standard reference preparation, containing 30 microg ethinylestradiol combined with 150 microg levonorgestrel (EE/LNG 30/150). Efficacy data from 8,544 treatment cycles were obtained from 767 women. Good cycle control and effective contraception was achieved with the two LNG preparations, however, the cycle control results were less favorable with EE/NET 20/500. The cumulative incidence of women with at least one episode of intermenstrual bleeding from cycles 2 to 7 (primary target variable) was 43.9% for EE/LNG 20/100, 72.7% for EE/NET 20/500, and 15.7% for the standard EE/LNG 30/150. The difference between the 2 20 microg of EE preparations, which favored EE/LNG 20/100, was statistically significant (p = 0.001). The overall spotting rates (cycles 1-13) were 9.3% for EE/LNG 20/100, 21.7% for EE/NET 20/500, and 3.3% for the standard EE/LNG 30/150. Amenorrhea was reported in 7.1% (EE/LNG 20/100), 20.6% (EE/NET 20/500), and 0.9% (standard EE/LNG 30/150), respectively. Intermenstrual bleeding episodes were shorter with EE/LNG 20/100 and EE/LNG 30/150 of the 13 treatment cycles. The study Pearl indices were 0.9 for EE/LNG 20/100, 1.9 for EE/NET 20/500, and 0.0 for EE/LNG 30/150. All three treatments were well tolerated. However, tolerability was somewhat less favorable with EE/NET 20/500. A total of 160 women prematurely discontinued the study for various reasons (EE/LNG 20/100: 7%; EE/NET 20/500: 18%; EE/LNG 30/150: 4%). The overall adverse event incidence rate during the trial was low in all groups. Blood pressure remained largely unaffected. Thirteen serious adverse events were recorded for all treatment groups, all but one were assessed as not related to the treatments. There were no remarkable treatment related differences in mean body weight throughout the study and the laboratory values were largely unaffected in all three treatments groups.