云南省2009年埃可病毒6型分离株KM57-09全基因序列分析

目的 对云南埃可病毒6型(Echo6)分离株KM57-09全基因序列进行分析和研究,了解其遗传特性.方法 设计针对Echo6引物,提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列.利用Mega 5.05、RDP 3和SimPlot 3.5.1等生物学软件分析全基因序列.结果 获得KM57-09全基因组核苷酸序列长度为7419 bp,编码含2191个氨基酸残基的多聚蛋白;与其他Echo6参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3％ ～ 80.2％和93.3％～ 94.4％,与原型株D' Amor核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3％和93 6％.在基因组各个区段上,Echo6KM57-09分离株的2C和3A区,与HN-2-E25核苷酸同源性最高,分别为86.3％和85.0％,而其5'UTR、VP4、3D和3'UTR区则与CoxB5-Henan-2010核苷酸同源性最高,分别为91.7％、81.2％、89.7％和96.9％.在VP1区上,与中国其他省份分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.0％～96.0％和95.8％～ 99.0％,而与其他国家分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为77.6％ ～ 96.0％和95.2％ ～ 99.0％.进化分析发现Echo6可分为5个分支,中国分离株分属C和E分支,其中KM57 09属于E分支,且5个分支之间核苷酸的差异为15.6％ ～23.3％.3D基因序列种系进化分析以及RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析发现KM57-09序列在非结构区可能存在重组.结论 Echo6可分为5个基因型,KM57- 09分离株属于E基因型;中国大陆曾存在不同 Echo6株传播链的流行.     

河南省肠道病毒Echo6型脑炎病毒分离株全基因组序列分析

2008年7-9月河南省多个地区出现以儿童为主的中枢神经系统感染性疾病暴发,证实为肠道病毒Echo6型感染[1]。本研究筛选2株脑脊液分离株进行全基因组序列测定。 1.材料与方法：（1）标本及毒株：2008年河南省开封市、洛阳市各1例病毒性脑炎患儿的脑脊液标本,经人横纹肌肉瘤细胞分离得到病毒,并经肠道病毒VP1区通用引物扩增,测序后鉴定为Echo6病毒,分别命名为Echo6/Henan/116/2008和Echo6/Henan/127/2008。     

河南省手足口病例肠道病毒71型分离株的全基因组序列分析

A16疏远.结论 HENAN08属EV71病毒的C4亚型,与AnhuiFY08、Zhejiang08和SHZH03进化途径类同.     

一株埃可病毒25型河南分离株全基因特征分析

埃可病毒25型(Echo25)是一种常见的肠道病毒,2008年河南省从病毒性脑炎患者脑脊液中分离出4株Echo25.鉴于目前除原型株JV-4外,尚未有Echo25全基因序列的测定,为了解其基因特征,本研究对其中1株进行全基因组序列测定.     

2010年与2011年流感病毒广州分离株全基因组序列分析

目的 研究2010与2011年广州地区流感病毒全基因组序列的特性与变异特点,为预防控制流感暴发提供参考.方法 参照GenBank流感病毒全基因组序列设计分段扩增引物,进行RT-PCR一次扩出全基因组序列后,再分段扩增病毒各基因片段,PCR产物直接进行序列测定,用ClustalW/X、DNASTAR、MEGA5.0等软件分析基因组序列.结果 克隆了4株广州株流感病毒全基因组序列,将4株广州株流感病毒与墨西哥株和中国四川株全基因组核苷酸序列进行ClustalW比较,发现除PB2片段为98％外,其他各片段均为99％,将基因组序列与北美地区和欧亚地区的猪流感进行CLUSTALW比较,广州株GZ49号基因组的第1、2、3、4、5和第8片段与北美和亚洲地区HIN2型猪流感具有94％～95％相似性,广州株GZ49号基因组的第6和7片段与欧亚大陆的H1N1型猪流感病毒同源性分别为90％～93％和94％～95％;对4株病毒PB2、PB1、PA片段进行了点突变分析,其中4株病毒在PB2基因均出现的位点突变为D195N,R293K,V344M,I354L,V731I.结论 4株广州株新甲流病毒(H1N1)与墨西哥株和中国四川株全基因组具有很高同源性,这4株流感病毒很可能是起源于同一株病毒;PB2基因变异相对较大,这些氨基酸点突变均是新出现的突变.     

2008年和2010年肠道病毒7l型广州分离株全基因组序列分析

目的 研究2008年和2010年广州地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)病毒全基因组序列的基因型与变异特点.方法 参照GenBank上EV71深圳株SHZH03(AY465356)基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增EV71病毒基因组,PCR产物直接进行序列测定,用Clustal W/X、DNASTAR、MEGA4.1等软件分析基因组序列.结果 克隆9株广州株EV71,病毒全基因组全长序列均为7405 bp,提交到GenBank上的序列号为HQ456305、HQ456306、HQ456307、HQ456308、HQ456309、HQ456310、HQ456311、HQ456312、HQ456313.将9株广州株EV71与EV71的A、B3、B4、B5、C1、C2、C3、C4型及阜阳株全基因组核苷酸序列进行Clustal W比较,发现与C4a型阜阳株等同源性为98%～99%,与C4b同源性为91%～93%,与C1～C3同源性为82%～83%,与B3～B5同源性为81%～83%,与A型同源性为80%.将9株广州分离株EV71的VP1基因与EV71病毒A、B、C型进行Clustal W比较,同样是与C4a为98%～99%,与C4b同源性为92%～94%,与C1～C3的同源性为88%～89%,与B1～B5型同源性为83%～84%,与A型同源性为81%～82%.将9株广州株与EV71的A、B、C型VP1基因氨基酸序列进行Clustal W比对,发现VP1基因22位点的谷氨酰胺转变为组氨酸(Q→H),聚合蛋白中213位点(S→T)和1764位点(V→(Ⅰ)也发生了氨基酸的点突变,P的213位点属于VP2基因,1764位点属于3D基因.结论 2008年和2010年分离的9株广州株EV71属于C4a型,与阜阳株同源性为98%～99%,VP1基因22位点发生了点突变,聚合蛋白中213位点和1764位点也发生了氨基酸的点突变.

Abstract：

Objective To study the genomic genotypes and variation of human enterovirus 71(EV71)infected infants in Guangzhou city,in 2008 and 2010.Methods Primers were designed on the basis of the genomic sequence of EV71 SHZH03 strain(AY465356)in the GenBank,and EV71genome amplified by RT-PCR.PCR-products were directly sequenced and the genomic nucleotide sequences were analyzed with the programs of Clustal W/X,DNASTAR and MEGA 4.1.Results 9strains of EV71 genome appeared to be 7405 bp in length.The genomic sequences of EV71Guangzhou strains were compared with those of EV71 in GenBank,which revealed that the homology with EV71 genotype C4a Fuyang strains ranged between 98%-99%.Homology with genotype C4b were 92%-94%,with genotypes C1,C2,C3 as 82%-83%,with genotypes B3,B4,B5 as 81%-83%and the homology with genotype A was 80%.When compared the VP1 genes of EV71 Guangzhou strains with genotypes A,B,C virus,we revealed that the highest homology was also with genotype C4a.When compared the VP1 amino acid sequences of EV71 Guangzhou strains with genotype A,B,C virus by Clustal W program,the results revealed that the amino acid residue Q at position 22 in VP1gene was transformed to H,while 213(S→T)and 1764(V→(Ⅰ))mutations in polyprotein were discovered.Conclusion Data from the sequences and phylogenetics analysis on those Guangzhou strains in 2008 and 2010 revealed that those isolates belong to genotype C4a,with the homology with Fuyang strains as 98%-99%.Mutation of amino acid residue H at position 22 in VP1 gene was discovered and the neutralizing antibody of EV71 might have been conversed by this residue.213(S→T)and 1764(V→Ⅰ)mutations in polyprotein were also discovered.     

肠道病毒71型宁波分离株全基因组特征研究

目的:研究2010年肠道病毒71型宁波分离株的全基因组序列特征。方法:收集宁波市手足口病患者的粪便标本进行特异性荧光定量RT-PCR鉴定,EV71阳性标本进行病毒分离和全基因组序列的测定。结果:2010NB65株全长7406 bp,与参考株EV71相比编码区没有核苷酸的缺失和插入。2010NB65株与2008年-2010年中国大陆EV71流行株的各区段核苷酸和氨基酸同源性均较高,分别为94.1%～98.8%和97.6%～100%;与A型和CoxA16核苷酸同源性较低,分别为75.0%～82.4%和63.0%～85.4%。VP1和全基因组亲缘进化分析表明,2010NB65株属于C4基因亚型的C4a进化分支,与浙江株、阜阳株、北京株亲缘关系近。2010NB65株P2、P3区与CoxA16的进化途径相近。结论:宁波市HFMD患者粪便中分离得到EV71属于C4基因亚型的C4a进化分支,与我国其他地区的EV71存在共同进化趋势,全基因组序列提供了完整的分子生物学背景,为EV71病毒性疾病的防控提供参考价值。     

2008年柯萨奇病毒A组16型昆明分离株KMM08全基因组序列分析

目的 分析柯萨奇病毒A组16型(CA16)昆明分离株KMM08全基因序列,了解其遗传特性.方法 设计针对CA16引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列.利用Mega 4.1,RDP3和SimPlot 3.5.1等软件分析全基因序列.结果 获得KMM08全基因组核苷酸序列长度为7409bp,编码含2193个氨基酸残基的多聚蛋白;与其他CA16参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.0％～ 98.2％和94.5％ ～ 99.3％,其中SZ-HK08-3与国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别79.1％和94.8％;而与肠道病毒71型(EV71)标准株BrCr同源性分别为78.7％和89.0％.在各个区段上,KMM08与SZ-HK08-3的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.0％～99.0％和98.0％～100.0％,同源性最高;与G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为74.2％ ～ 86.9％和90.9％ ～97.0％;与EV71 BrCr核苷酸和氨基酸同源性分别在65.0％ ～ 84.9％和71.0％～95.2％.进化分析发现KMM08属于B基因型的一个分支.RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析发现Tainan-5079-98序列发现重组信号,而KMM08未发现.结论 KMM08分离株为B基因型;CA16与EV71在非结构区发生重组.     

肠道病毒71型福建分离株(FJ08089)全基因组序列分析

[目的]分析2008年福建省手足口病患儿标本肠道病毒71型(EV71)分离株FJ08089全基因组序列特征。[方法]应用RD细胞,从患者疱疹液标本分离EV71,用RT-PCR方法扩增分离株病毒的全基因组,分析其基因组特征。[结果]FJ08089株的基因组长度为7 404 bp,其中包括5′端非编码区(5′UTR)长743 bp,病毒基因组编码区(ORF)全长6 576个核苷酸及3′端非编码区(3′UTR)长81 bp。ORF编码含2 192个氨基酸残基的多聚蛋白。[结论]FJ08089株基因组的结构与安徽地方株ANHUI703814十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为93.8%,氨基酸同源性为92.6%,均属于C4亚型,而与Cox.A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为77.9%,氨基酸同源性为84.0%。     

新疆猪戊型肝炎病毒株CHN-XJ-SW33全基因组序列分析

目的测定从新疆南部地区分离的猪戊型肝炎病毒(HEV)株全基因组序列,并在此基础上分析猪HEV与人源HEV的关系。方法设计HEV基因4型通用PCR引物,用逆转录巢式聚合酶链反应法(RT-nPCR)分段扩增猪HEV株CHN-XJ-SW33的全基因组序列;用cDNA末端快速扩增法(RACE)扩增其末端序列;对扩增的目的片段进行克隆测序,并对拼接后的基因组进行序列比对和进化分析。结果除3′poly(A)尾外,CHN-XJ-SW33基因组全长为7 238 nt,由3个开放读码框(ORF1-3)组成,分别编码1 706、674和114个氨基酸。CHN-XJ-SW33全基因组序列与HEV基因1-3型病毒株同源性仅为72.1%~74.9%,而与HEV基因4型病毒株同源性高达82.8%~95.5%,其中与日本人源中国输入型HEV株JKO-ChiSai98C同源性最高,为95.5%。基因进化分析显示,CHN-XJ-SW33属于HEV4a基因亚型。结论猪HEV与人HEV在全基因组核苷酸序列上高度同源,提示基因4型HEV可能由猪传染给人。     

2009年云南省柯萨奇病毒B3型分离株A103/KM/09全基因序列分析

目的 分析2009年云南省脑炎患儿粪便标本分离的柯萨奇病毒B3型分离株A103/KM/09全基因序列,了解其遗传特性。方法 设计针对柯萨奇病毒B3型引物,提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列,利用Geneious和Mega 5.05软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析,应用RDP 3和SimPlot 3.5.1重组软件对序列进行重组分析。结果 该分离株全基因组核苷酸序列长度为7389 bP。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Nancy的同源性分别为81.O%和95.7%;与其他柯萨奇病毒B3型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81.0%~88.0%和95.7%~98.0%;进化分析发现CVB3可分为5个分支(I~V),核苷酸之间的差异为16.2%~24.3%;中国分离株属V分支,又可分为A～D亚分支,核苷酸之间的差异为4.3%~11.4%。并发现A103/KM/09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论柯萨奇病毒B3型分为5个基因型,云南分离株A103/KM/09属于V-D亚型,而中国分离株已经发生一定进化。     

苏北地区2003年病毒性脑膜炎爆发病原分离株Echo30的序列分析

目的测定2003年苏北地区无菌性脑膜炎爆发的病毒分离株部分基因序列，了解该流行株的分子生物学特点及遗传变异规律。方法随机选取3株分离的病毒株，用能特异性扩增肠道病毒VP1区3’段序列的两对引物012／011、040／011进行逆转录聚合酶链反应，扩增产物经凝胶纯化后测序。将序列输入GenBank用BLAST程序进行核苷酸和氨基酸序列比对；选取部分肠道病毒序列，经CLUSTALX1．83对齐后，在PHYLIP3．5c中构建进化树，了解分离毒株Echo30的进化关系。结果3株病毒测序结果均为Echo30型肠道病毒。进化树分析显示分离的Echo30毒株与国外1999年和2000年分离株的亲缘关系最近；但3株分离株自成一簇，与国外毒株存在地区差别。结论利用VP1区3’段序列可以快速正确区分肠道病毒分离株的型别，分离株与国外同型流行株在比较区段的遗传变异规律类似。     

Analysis of the complete genome sequences of one swine and two human hepatitis E virus genotype 4 strains isolated in Beijing,China

Full-length sequences were determined and analyzed for two human (MO and W3) and one swine (W2–5) hepatitis E virus (HEV) isolates from Beijing, China. The genomes of the three strains were composed of 7242, 7239, 7239 nucleotides, respectively, excluding the poly (A) tails, and were 84% identical to each other. All were classified into genotype 4. Sequence analysis shows that the 2 human isolates have up to 91–94% nucleotide identity in full length genome with swine strains isolated in China, while the swine isolate share 92% identity with the human strain T1 from Beijing. At the amino acid level, the three strains share 94%, 97% and 89–92% identity in the ORF1, ORF2 and ORF3, proteins respectively. The human strains MO and W3 have the highest identity, 97%, 98–99% and 96–98% in ORFs 1–3, respectively, to swine strains CHN-XJ-SW13 and CHN-XJ-SW33 from Xinjiang, China, while swine strain W2–5 has highest identity with the human strain HE-JA2, 96%, 99% and 91% in ORFs 1–3, respectively. Genotype specific amino acid substitutions were found at a single site in all three ORFs by sequences alignment, and genotype specific short sequences (5–10aa in length) were found in ORF1 and the C-terminus of ORF3. However, no difference was found at any amino acid position that discriminates between human and swine HEVs within genotype 4 for any of the three ORFs. These results indicated that the genotype 4 HEV strains from humans and pigs in China may evolve from the common ancestor.     

Genome characterization of a GII.6 norovirus strain identified in China

Noroviruses (NoVs) are the primary cause of non-bacterial acute gastroenteritis worldwide. Most NoV infections are caused by GII.4, but GII.6 is also an important genotype with a long-term persistence in human populations. In this study, the complete genome sequence of a NoV strain GZ2010-L96 isolated in China was identified and analyzed phylogenetically. The viral genome comprised 7550 nucleotides, and its phylogenetic analysis revealed that the strain belonged to GII.6 genotype. All reported GII.6 NoV capsid protein sequences were also collected for comparative analysis, and GZ2010-L96 was clustered into GII.6-b with other 8 strains. Meanwhile, it was found that 53 spots on viral capsid showed subcluster specificity according to multiple alignments. Moreover, homologous modeling of GZ2010-L96 based on comparison with GII.4 VA387 strain showed a different antigen distribution pattern. In summary, the genome of the GII.6 strain GZ2010-L96 detected in China was extensively characterized, and phylogenetic analyses of GII.6 NoVs based on the capsid proteins may reveal a different evolution process from the predominant genotype GII.4.