内蒙古地区2010年柯萨奇病毒A组1 6型VPl区序列测定及系统进化分析

分析测定2010年自内蒙古地区分离的柯萨奇病毒A组16型(CoxAl6)毒株VPl区序列及其基因型,为研究内蒙古地区CoxAl6的流行、进化、变异积累资料。     

宁夏地区2008年柯萨奇病毒A组16型VP1区基因特征分析

目的 研究宁夏地区2008年引起手足口病(HFMD)暴发的柯萨奇病毒A组16型(CVA16)的基因特征.方法 对宁夏地区2008年HFMD患者临床标本中分离到的CVA16,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)进行VP1编码区基因扩增,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析.根据VP1区核苷酸序列与国内其他省份以及国际报道的CVA16株序列(来源于基因库)构建基因亲缘关系树.结果 共分离到70株CVA16,其在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.8%～100.0%和98.9%～100.0%.亲缘进化树显示全部CVA16株可分为A和B两个基因型,B基因型又可分为B1和B2两个基因亚型.宁夏地区CVA16全部属于B1基因亚型,同时包含B1a和B1b两条进化分支,提示存在两大传播链.结论 宁夏地区分离的CVA16株与国内其他地区CVA16株类似,有B1a和B1b两个进化分支在共同循环,且与周边国家和地区流行的CVA16在基因亲缘关系和流行时间关系上都很接近,存在共同进化和循环.     

广东省2012-2016年柯萨奇病毒A组16型感染手足口病病例流行特征分析

目的 了解2012－2016年广东省柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）感染手足口病病例流行特征。方法 在广东省8个城市共选取8家哨点医院开展手足口病普通病例Cox A16感染监测,结合手足口病个案及暴发数据,估算Cox A16感染手足口病发病情况并分析人群和时间分布特征。结果 ①广东省Cox A16感染手足口病估算发病率以2014年（113.0/10万）最高,其次为2016年（86.4/10万）、2012年（79.1/10万）;2015年（29.0/10万）和2013年（28.8/10万）较低。②暴发以Cox A16感染（54.6%,89/163）为主,高流行年份年均暴发数（28起）是低流行年份（2.5起）的11.2倍。③估算发病率随年龄升高呈下降趋势（趋势χ²=853 905.63,P<0.01）,高发年龄组依次为1～（1 449.2/10万）、3～（1 097.0/10万）、2～（1 083.5/10万）、4～（687.8/10万）和0～岁（604.9/10万）;随月龄增加呈上升趋势（趋势χ²=5 541.77,P<0.01）,高发月龄依次是11～（2 105.1/10万）、10～（1 448.6/10万）、9～（938.3/10万）、8～（703.3/10万）和6～月龄（664.6/10万）。④高发月份是5月（143.9/10万）和6月（131.5/10万）。结论 2012－2016年广东省Cox A16感染手足口病在各年份流行强度不同;Cox A16感染水平高时,暴发疫情增多,主要发生在托幼机构,5－6月常见,0～4岁儿童是Cox A16感染手足口病高危人群,6～11月龄为高发月龄。     

2008年柯萨奇病毒A组1 6型北京地区分离株全基因组序列分析

中国近年的手足口病(HFMD)流行中呈柯萨奇病毒16(CA16)和肠道病毒EV71交替或共同流行的趋势,目前GenBank数据库中CA16全基因组序列较少,本研究对北京地区2008年的1株CA16全基因组序列进行测定.     

济南市柯萨奇病毒A组6型手足口病流行病学特征分析

摘要:目的　分析济南市柯萨奇病毒A组6型手足口病（HFMD）的流行病学特征,为该病的诊治与防控提供科学依据。方法　选取2013年济南市临床诊断为HFMD的病例为对象,采集患者发病1周内的粪便、咽拭子等标本,实时荧光定量聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行病原学鉴定;对判定为柯萨奇病毒A组6型（CVA6）的手足口病确诊病例,采用描述流行病学方法进行流行病学特征分析。结果　2013年接受病原学检测的HFMD患儿共计848例（包括19例重症病例）,670例检测到肠道病毒（79.01%）。CVA6阳性141例（包括2例重症）,占阳性病例的21.04%（141/670）,在HFMD确诊病例的病原构成中居第3位;其中包括2起暴发、7起聚集性手足口病疫情。141例感染CVA6的HFMD患儿中,男女比例为1.71∶1（89/52）;病例年龄主要集中于3岁以下儿童（73.76%）,尤其是1岁以下患儿（26.95%）,两例重症病例均不到1岁;全市各县（市、区）全年均有发病,流行高峰期集中于7-11月（69.59%）。结论　CVA6是手足口病的重要病原体之一,可引起重症、暴发及聚集性疫情,应加强监测与研究。     

2017-2018年湖州市柯萨奇病毒A6型流行情况及VP1区基因特征分析

目的 了解2017-2018年湖州市手足口病疑似病例中的柯萨奇病毒A组6型(coxackievirus A6,CVA6)的流行情况及基因特征.方法 2017-2018年收集774份手足口病疑似病例样本,采用荧光定量RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,并对检出的CVA6进行VP1全长基因序列的扩增和序列测定,利用Meg...     

柯萨奇病毒A组16型

柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A Group 16 Strain,CVA16）是手足口病（Hand,Footand Mouth Disease,HFMD）的主要致病原之一,对其生物学特征、致病机理、临床表现、实验室诊断、流行病学和分子流行病学的认识,有助于提高HFMD及其它相关疾病的防治水平。研发CVA16的诊断方法和疫苗,建立健全CVA16的流行病学和实验室监测网络,可以对CVA16引起的HFMD的流行进行预测和预警,对预防CVA16引起的HFMD有重要的意义。     

宁夏回族自治区2013年手足口病患者柯萨奇病毒A组10型分离株VP1区基因特征分析

目的 了解宁夏回族自治区(宁夏)手足口病(HFMD)患者中柯萨奇病毒A组10型(Cox A10)分离株的VP1区基因特征。方法 收集2013年real-time PCR 检测非EV71和非Cox A16肠道病毒标本280份,用RD细胞进行肠道病毒分离培养,分离到的毒株采用RT-PCR扩增其VP1区基因并进行核苷酸序列测定,测序结果利用BLAST进行型别鉴定。对鉴定为Cox A10的所有毒株进行VP1区基因同源性分析和进化分析。结果 从280份标本中共分离到肠道病毒36株,其中有6株鉴定为Cox A10,核苷酸和氨基酸同源性分别为97.0%~99.8%和99.0%~99.7%。与A、B、C、D各基因亚型代表株之间的核苷酸同源性分别为76.3%~77.2%、81.6%~83.1%、94.4%~98.9%和80.0%~82.3%,氨基酸序列同源性分别为92.3%~93.0%、94.0%~95.3%、98.0%~99.7%和90.6%~94.0%。系统进化显示,6株Cox A10宁夏株与C基因型代表株处于同一分支。结论 Cox A10是引起宁夏2013年HFMD的常见病原体,本次分离到的Cox A10均属于C基因型。     

柯萨奇病毒A组16型研究进展

柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A Group 16 Strain,CA16）是手足口病（Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD）主要致病原之一。自1948年从脊髓灰质炎患儿的粪便中分离出该病毒以来,已在全世界引起多次爆发或流行,累及地域广、人口多,受到人们的广泛关注。本研究对CA16病毒生物学特征、分子流行病学、实验室诊断等方面的研究进展作一概述。     

甘南县四起家庭成员患肾综合征出血热的特点分析

1994～ 2 0 0 0年我县共发生肾综合征出血热病例 1388例 ,在进行个案流行病学调查中发现 ,有四起属家庭成员患病 ,共计 9例 ,现将其特点分析如下。1.基本情况 :第一起于 1994年 11月 19日、2 0日、2 2日发生在长吉岗乡巨强村一户村民家中 ,父女 3人因在野外劳动时食用被鼠污染的食物而感染 ,父亲死亡。第二起于 1999年 12月 12日、18日发生在长吉岗乡巨一村一户村民家中 ,母女相继发病 ,母亲死亡。第三起于 1999年 12月 5日、2 1日发生在东阳镇和平村一户村民家中 ,母子 2人发病 ,儿子为 3个月的婴儿。第四起于 2 0 0 0年 12月 17日、2 5日…     

小学生伤害的流行病学特征分析

20 0 1年 9月在杭州市区对随机抽取的 3所小学进行有关伤害的调查和流行特征分析 ,结果报告如下。1.对象与方法 :采用分层、多阶段抽样方法 ,随机抽取 3个城区 ,每城区抽取 1所小学 ,再从每个年级抽取 1个班。共抽取 3所学校 ,18个班 ,96 4人。采用一人一表的问卷调查方式 ,询问 2 0 0 0年 9月至 2 0 0 1年 9月期间的伤害发生情况。在向学生和家长讲清调查目的、填表方法及注意事项后 ,由经过统一培训的防疫医师、校医及班主任在家长的协助下指导学生完成。凡有下列情况之一者纳入伤害统计范围 :①到医院或校医务室诊治 ;②由家长或老师作过…     

2015年昆明市柯萨奇病毒A16型VP1区基因特征分析

目的 研究昆明市2015-2016年手足口病患儿肠道病毒分子流行病学及探讨柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CVA16）VP1基因遗传变异与其时间和空间分布模式的相关性。方法 采集患儿的咽拭子和肛拭子样本,采用逆转录聚合酶链式反应分子鉴定法分别扩增肠道病毒71型和CVA16的VP1基因全长,随机选取2015年9份CVA16阳性样本进行测序并与数据库参考株构建系统进化树。对不同年份来源的CVA16病毒株间遗传距离与分离年份时间进行相关性和回归分析,并分析不同地理群体间的遗传距离与地理距离的相关性（Mantel检测）。结果 采样年度中大多数患儿为CVA16感染（咽拭子和肛拭子检出率分别为29.41%和15.69%）,其与肠道病毒71型感染的比率分别为2.5 ∶1和2.0 ∶1。VP1基因系统进化分析显示9株CVA16昆明分离株均属于B基因型B1b亚型,且进一步划分成两个亚簇;种系进化及统计学分析显示VP1基因变异与时间推移和地理距离均具有正相关关系（均有P<0.05）。结论 2015年昆明市9株CVA16分离株为新生成的变异毒株,提示CVA16在昆明存在一定的地域流行特点。     

2010-2013年江苏省泰州市非EV71和非CoxA16型手足口病肠道病毒病原谱及CoxA6VP1基因特征分析

肠道病毒（EV）71型和柯萨奇病毒（Cox）A16型是导致手足口病的主要病毒,也有部分非EV71和非Cox A16型病毒导致手足口病,针对这部分病毒的研究较少。本研究对泰州市各监测哨点医院诊断为手足口病患儿的1509份临床咽拭子和肛拭子混合标本进行研究。     

北京地区柯萨奇病毒A组6型、肠道病毒EV71型和柯萨奇病毒A组16型手足口病流行特征及临床特点比较

目的 了解柯萨奇病毒A组6型、肠道病毒71型和柯萨奇A组16型手足口病流行特征、临床特点,为指导临床诊断,调整手足口病防控策略提供科学依据.方法 采用前瞻性调查的方法,采集2013年8月至2015年9月在北京市儿童医院诊断的手足口病临床确诊病例的咽拭子,将手足口病原核酸检测阳性的病例分为CA6、EV71、CA16 3组,分析比较3组的临床特点、流行特征、预后及影响因素.结果 共采集HFMD临床诊断病例574例患儿咽拭子,CA6入组122例,EV71入组107例,CA16入组124例.①3组年龄、性别分布一致,差异无统计学意义.②不同年份流行主要毒株不同,但3种病原体引起的手足口病高峰均在夏季.③CA6组发热比例高达78.69％,明显高于EV71组(35.51％)和CA16组(37.90％) (P ＜0.001),平均体温约为38.78℃.CA6组表现大疱疹(9.01％)、结痂(8.20％)、皮疹部位疼痛(29.51％)、恢复期脱皮(38.52％)、脱甲(35.25％)、色素沉着(11.47％)比例高于EV71组、CA16(P ＜0.001).④3组在卫生学指标方面差异无统计学意义.结论 CA6、EV71和CA16感染所致的HFMD发病高峰季节一致;与EV71、CA16感染相比,CA6感染引起的高热比例较高,部分病例可表现为大疱疹,疼痛、脱皮、脱甲、色素沉着、结痂发生率高,预后较好.     

2009—2017年柯萨奇病毒A组4型贵州分离株的基因特征分析

目的 分析贵州省柯萨奇病毒A组4型（coxsackievirus A4,CVA4）分离株的基因特征。方法 对2009—2017年贵州省急性弛缓性麻痹（acute flaccid paralysis, AFP）病例中分离到的19株CVA4,采用反转录-聚合酶链反应（RT - PCR）方法进行VP1区扩增并对扩增产物测序,通过MEGA 7.0软件采用邻位相接法（neighbor joining method）构建遗传进化树进行基因特征分析,可靠性通过1 000 Bootstrap值评估。结果 19株CVA4贵州分离株之间的的核苷酸同源性为92.0%～100.0%,氨基酸同源性为96.1%～100.0%,与原型株high point株之间的核苷酸同源性为83.3%～85.7%,氨基酸同源性为95.1%～98.4%; 19株CVA4均为C2基因亚型,主要聚集在Cluster1和Cluster 2分支,其中Cluster1是2009年后贵州地区持续传播的优势群体。结论 2009—2017年贵州省AFP病例中CVA4贵州分离株为C2基因亚型。     

2008年柯萨奇病毒A组16型昆明分离株KMM08全基因组序列分析

目的 分析柯萨奇病毒A组16型(CA16)昆明分离株KMM08全基因序列,了解其遗传特性.方法 设计针对CA16引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列.利用Mega 4.1,RDP3和SimPlot 3.5.1等软件分析全基因序列.结果 获得KMM08全基因组核苷酸序列长度为7409bp,编码含2193个氨基酸残基的多聚蛋白;与其他CA16参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.0％～ 98.2％和94.5％ ～ 99.3％,其中SZ-HK08-3与国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别79.1％和94.8％;而与肠道病毒71型(EV71)标准株BrCr同源性分别为78.7％和89.0％.在各个区段上,KMM08与SZ-HK08-3的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.0％～99.0％和98.0％～100.0％,同源性最高;与G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为74.2％ ～ 86.9％和90.9％ ～97.0％;与EV71 BrCr核苷酸和氨基酸同源性分别在65.0％ ～ 84.9％和71.0％～95.2％.进化分析发现KMM08属于B基因型的一个分支.RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析发现Tainan-5079-98序列发现重组信号,而KMM08未发现.结论 KMM08分离株为B基因型;CA16与EV71在非结构区发生重组.     

柯萨奇A6型手足口病耦合脊髓灰质炎疫苗衍生株感染一例调查

目的调查广州市l例柯萨奇A6型(CA6)手足El病合并脊髓灰质炎病毒(pv)1I型疫苗衍生株(VDPV II)感染病例,明确其感染病原及特征。方法通过现场调查获取病例相关流行病学资料,收集病例标本及其密切接触者粪便标本共16份进行肠道病毒(EV)分离鉴定。对病例就诊医院当月收集手足口病病例标本共21份,采用实时荧光RT-PCR检测手足口病相关病原,并用RT-PCR方法检测PV,CA6及PV阳性标本用RT-PCR方法扩增其VPl区基因片段进一步测序分析。结果该病例临床仅表现为手足13病症状,无急性弛缓性麻痹(AFP)。16份病例及其密切接触者粪便标本均未检出EV,人户主动搜索调查未发现类似病例。在该病例当月就诊医院收集的手足口病病例标本中,EV71阳性4例,CAl6阳性2例,包括该病例在内的其余15例均为CA6阳性,但仅该病例同时检出VDPVlI。对包括该病例在内的9例CA6阳性标本的VPI区扩增测序并进行同源性分析,9株病毒核苷酸同源性为98.9％一100.0％,推导的氨基酸同源性为96.0％～100.0％。遗传进化分析显示该9株属于同一分支。对该病例VDPV株VPl区扩增测序分析,与SabinⅡ相比,有包括U2909A在内的6个位点发生突变,其中2个位点发生氨基酸突变。遗传进化分析显示,该病例VDPV分离株不同于以往发现的VDPV。结论该病例为CA6手足口病合并VDPVII感染,其手足口病症状由CA6感染引起,推测该病例无AFP症状可能是接种脊髓灰质炎疫苗所致。分离的VDPV为当地新发现毒株,但未造成VDPV循环。