青海高原藏系绵羊鼠疫菌系统发育关系和流行特征的研究

  目的  对青海高原藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情流行病学和相关鼠疫菌遗传特征进行研究,为制定出适合青海省藏系绵羊鼠疫防控提供科学依据。  方法  汇总分析青海省1958―2020年藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情资料,描述其时间、地区和人群分布及其他流行病学特征;对38株分离自人、藏系绵羊和喜马拉雅旱獭的鼠疫杆菌进行测序,再结合其他参考菌株的基因序列分析菌株的全基因组单核苷酸多态性特征,构建菌株之间的系统发育关系。  结果  1958―2020年共发生藏羊为疫情传染源的人间鼠疫疫情16起,发病69人,死亡42人,病死率60.86%。与藏系绵羊相关的鼠疫杆菌都位于系统发育树的同一进化分支1.IN2中,并具有明显的地域性特征。同一鼠疫事件中人、藏系绵羊和周边喜马拉雅旱獭分离菌株位于同一簇群,与流行病学调查资料相符。  结论  流行病学结合系统发育关系分析,证实了青海省人间鼠疫来自藏系绵羊,而藏系绵羊鼠疫则起源于旱獭。藏系绵羊是青海高原上重要的家畜,因此不应低估藏系绵羊鼠疫的危害。     

青海省人间鼠疫病原学研究及菌株溯源分析

目的　对1958--2012年青海省人间鼠疫流行期间自鼠疫患者和尸体中分离的129株鼠疫菌进行病原学研究。方法　采用常规方法和分子生物学技术对鼠疫菌进行病原学研究,同时采用差异区段（DFR）基因分型技术对2004年囊谦县、2009年兴海县人间肺鼠疫暴发疫情进行溯源分析。结果　119株鼠疫菌中,205株属青藏高原型菌株,6株属祁连山型菌株,8株菌具有特殊生化特性;84．03％（100／219）的鼠疫菌具有4个毒力因子（F1⁺、Pst I⁺、VW⁺、Pgm⁺）。测试的74株菌中,72株（97．30％）为强毒菌;携带大质粒52×10⁶、65X 10⁶、92×10⁶的菌株主要分布于海南、海北、海西、玉树、果洛、黄南6个州和湟源县;鼠疫菌DFR基因型以5、8型为主。其中5型占44．54％（53／119）,分布于都兰、湟源、玉树、杂多、治多、称多、曲麻莱、玛多、囊谦、祁连等地区;8型占32．77％（39／119）,分布于祁连山南北麓、青海湖环湖地区。2004年囊谦县肺鼠疫暴发分离株均为10型;2009年兴海县肺鼠疫暴发分离株（来自鼠疫患者、人尸和牧犬体内）的基因型均为8型。结论　本次试验菌株均具备青藏高原鼠疫病原体特性。菌株溯源分析显示,基于DFR的鼠疫菌基因分型与流行病学调查一致,可用于确定传染源。     

云南省鹤庆县2017年分离鼠疫菌分子溯源

目的 了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型,为该地的鼠疫防控提供科学依据。方法 采用差异片段（DFR）、规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPRs）和多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫菌进行分型,并将10株鼠疫菌及邻近疫源地鼠疫菌株93株纳入聚类分析。结果 鹤庆鼠疫菌株与丽江鼠疫疫源地菌株具有相同的DFR型（Genomovar 05型）及CRISPRs型（Ca7簇,22型）,在MLVA聚类分析中,鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫菌株位于同一个簇,两者之间仅有2个位点（N2117,M23）的差异。结论 2017年云南省鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫疫源地菌株具有很高的同源性,鹤庆县疫情可能是丽江鼠疫进一步向南扩散的结果。     

中国鼠疫耶尔森菌差异区段分型及其地理分布特征

目的 研究中国鼠疫耶尔森菌差异区段（DFR）分型及地理分布特征。方法 对分离自中国11个疫源地3 044株鼠疫菌,应用23个DFR和质粒验证（PMT1）PCR扩增,进行鼠疫菌DFR基因组分型及地理分布特征分析。结果 3 044株鼠疫菌共包括52个基因组型,其中19个为主要基因组型、33个为次要基因组型。在以往鉴定的31个基因组型基础上又增加了 21个新基因组型。其中增加的3个新基因组型均为主要基因组型,即青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地新增加32型、44型,内蒙古高原长爪沙鼠鼠疫自然疫源地新增加50型。结论 在新增加的 21个新基因组型中有3个为主要基因组型,中国鼠疫菌DFR主要基因组型具有明显的地理分布特征。     

青海省1996～2000年鼠疫流行动态分析

青海省地处青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地的中心地带 ,自 195 4年判定为鼠疫疫源地以来的 40多年间 ,动物鼠疫连年不断 ,人间鼠疫时有发生。 1996～ 2 0 0 0年间开展的鼠疫防治工作中 ,分离鼠疫菌 87株 ,获鼠疫Ｆ1抗体阳性血清 12 1份 ,证实 8县 11个乡 34个点有鼠疫流行。5年间从玉树州的玉树、昂欠、曲麻莱县 ,海西州的乌兰、德令哈、格尔木、天峻等 7县 (市 )的人、旱獭及其体外寄生物、藏系绵羊体内分离出鼠疫菌 87株。其中玉树县 1996～1999年连续 4年从动物间分离到鼠疫菌 ,2 0 0 0年虽未分离到菌 ,但在该地区自毙旱獭体内检出…     

内蒙古自治区不同生态系鼠疫自然疫源地动物鼠疫流行现状及流行风险简析

内蒙古面临着多种类型疫源地鼠疫流行和复燃的风险。蒙古旱獭疫源地虽然暂未在国内发现动物间鼠疫流行,但过去检出过阳性血清,同时蒙古旱獭种群数量持续增加且分布范围不断扩大,毗邻的蒙古国和俄罗斯联邦的蒙古旱獭疫源地动物间鼠疫持续流行;达乌尔黄鼠疫源地动物间鼠疫时隐时现;长爪沙鼠疫源地动物间鼠疫流行猛烈,并频频波及人间。由于蒙古旱獭和达乌尔黄鼠鼠疫耶尔森菌菌株毒力明显高于长爪沙鼠鼠疫耶尔森菌菌株,且在历史上曾给当地带来深重灾难,因此内蒙古自治区鼠疫防控重点应在常规鼠疫监测的基础上,进一步加强蒙古旱獭和达乌尔黄鼠疫源地流行动态的监测,警惕该两个疫源地复燃并波及人间。     

内蒙古自治区不同生态系鼠疫自然疫源地动物鼠疫流行现状及流行风险简析

内蒙古面临着多种类型疫源地鼠疫流行和复燃的风险。蒙古旱獭疫源地虽然暂未在国内发现动物间鼠疫流行,但过去检出过阳性血清,同时蒙古旱獭种群数量持续增加且分布范围不断扩大,毗邻的蒙古国和俄罗斯联邦的蒙古旱獭疫源地动物间鼠疫持续流行;达乌尔黄鼠疫源地动物间鼠疫时隐时现;长爪沙鼠疫源地动物间鼠疫流行猛烈,并频频波及人间。由于蒙古旱獭和达乌尔黄鼠鼠疫耶尔森菌菌株毒力明显高于长爪沙鼠鼠疫耶尔森菌菌株,且在历史上曾给当地带来深重灾难,因此内蒙古自治区鼠疫防控重点应在常规鼠疫监测的基础上,进一步加强蒙古旱獭和达乌尔黄鼠疫源地流行动态的监测,警惕该两个疫源地复燃并波及人间。     

四川省新龙县鼠疫耶尔森菌差异区段分型研究

目的对四川省新龙县分离的鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)开展差异区段(DFR)分型研究,为鼠疫研究提供科学依据。方法选取新龙县和其他5个鼠疫县分离的鼠疫菌16株,按鼠疫菌DFR分型方法,使用23个DFR和pMT1的扩增引物,对被试菌株DNA进行PCR扩增,采用BioNumerics 6.6软件进行分型,确定新龙县鼠疫菌DFR基因型。结果石渠县鼠疫菌菌株聚为第1类,为Genomovar14型;新龙县鼠疫菌DFR基因型与德格、巴塘、理塘、雅江县相同,聚为第2类,均为Genomovar05型。结论新龙县分离到的鼠疫菌基因型为Genomovar05型,新龙县鼠疫自然疫源地属于青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地的一部分。     

一起肺鼠疫暴发流行的病原学研究及流行病学分析

[目的]研究一起人间肺鼠疫暴发流行的鼠疫菌分离株其生物学特性、基因特征等。拟从分子流行病学的角度分析传染源和传播关系。[方法]对8株于鼠疫患者(尸体)分离的鼠疫菌进行糖醇类酵解试验;检测其毒力、毒力因子、质粒、生物型、基因型;运用分子流行病学方法分析本次流行的传染源。[结果]8株鼠疫菌全部为甘油+、阿胶糖+、脱氮+,生物型为古典型。具备强毒鼠疫菌的4个毒力决定因子,为FraI+、VW+、PstI+、Pgm+;对小白鼠的最小致死量介于50～1000个菌,为强毒株;具备我国多数鼠疫菌所携带的6、45和65Mdal质粒;基因组型全部为10型。[结论]根据分子流行病学和现场流行病学调查结果证实,此次肺鼠疫暴发流行来自同一个传染源。     

河南省2011-2014年D群宋内志贺菌病原学监测与分子流行病学研究

目的 分析2011-2014年河南省腹泻患者粪便中分离的216株D群宋内志贺菌毒力基因携带情况、耐药谱及代表性菌株的PFGE指纹图谱特征,为志贺菌病的病原学监测及暴发溯源提供基线数据与方法学参考。方法 采集腹泻患者粪便样本,SS平板分离培养18~24 h,采用克氏双糖铁(KIA)/动力-吲哚-尿素(MIU)与API20E系统进行生化鉴定,利用志贺菌分型血清进行玻片凝集;使用热裂解法制备DNA模板,采用多重PCR鉴定毒力基因种类。根据国际PulseNet细菌性传染病分子分型监测网络公布的宋内志贺菌PFGE分型技术方案进行PFGE分子分型与聚类分析。结果 216株D群宋内志贺菌中,98株为宋内Ⅰ型,118株为宋内Ⅱ型;各菌株均携带不同的毒力因子编码基因,包括SHET-1B、SHET-2、ial、ipaH,具有4种毒力基因组合类型;216株宋内志贺菌均为耐2种以上抗生素的多重耐药菌株,其中耐2~4种为34株(15.7%),耐5~8种为147株(68.1%),耐9~10种为24株(11.1%),耐11种为7株(3.2%),耐13种为4株(1.9%)。100株宋内志贺菌经XbaⅠ酶切与PFGE后共分为31种不同带型,相似度为68.6%~100.0%,各带型包含菌株数为1~13株不等。结论 2011-2014年河南省宋内志贺菌均携带致病性毒力基因,菌株耐药现象比较严重,其PFGE指纹图谱呈现多样性的同时又具有较显著的优势带型特点,部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性与相同的聚集性。     

青海省2004年人间鼠疫分离株基因分型及流行病学意义

目的探讨鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）基因分型在鼠疫暴发中的流行病学意义.方法根据已经证实的23个差异区段设计引物,对2004年青海省人间鼠疫流行期间分离到的13株鼠疫菌进行PCR扩增.结果13株鼠疫菌可分为4个基因组型,即Genomovar 8、10、15和16.其中囊谦的8株菌全部为Genomovar 10;乌兰的2株菌分别为Genomovar 8和15;祁连、曲麻莱、称多的3株鼠疫菌的基因组型均为Genomovar 16.结论鼠疫菌基因分型是鼠疫疫情暴发流行病学调查的有力工具.     

云南省德宏傣族景颇族自治州1950－2019年鼠疫流行病学分析

目的 分析1950－2019年德宏傣族景颇族自治州（德宏州）鼠疫流行情况及影响因素,为制定有效的防控策略提供理论依据。方法 收集1950－2019年德宏州动物和人间鼠疫疫情资料和监测数据资料,进行描述性流行病学方法分析,采用SPSS 20.0软件建立多重线性回归方程,分析动物间鼠疫与鼠密度和蚤指数的相关关系,以及人间鼠疫与动物间鼠疫的相关关系。结果 1950－2019年德宏州鼠疫经历了流行-静息-再流行-再静息的循环流行,在5个县（市）的36个乡（镇）共判定疫点数614个,人间鼠疫流行15个年次,发现1 153例病例,死亡379例。1982－2019年捕获鼠类261 319只,黄胸鼠占70.95%（185 421/261 319）;共检获蚤类70 124匹,印鼠客蚤占76.65%（53 752/70 124）;印鼠客蚤指数为0.57,游离蚤指数为0.22;从285 091份动物标本及60 119组蚤类分离出鼠疫菌1 577及418株;从64 157份血清中检出255份F1抗体阳性标本;2008年后未分离出鼠疫菌,也未发现鼠疫疫情。动物间鼠疫与鼠密度、人间鼠疫与动物间鼠疫回归分析均存在相关关系。结论 德宏州鼠疫呈现长期性、顽固性、稳定性的特点,虽然目前鼠疫处于静息期,但其流行受多种因素的影响,故暴发的不确定性仍然存在。因此,加强动物间疫情的监测对预防人间鼠疫发生至关重要。     

鼠疫耶尔森菌和假结核耶尔森菌基因鉴别方法的建立及评价

目的 建立鼠疫耶尔森菌和假结核耶尔森菌基因鉴别方法。方法 依据鼠疫菌、假结核菌特有的基因组序列["疫岛(PeI)"和"假岛(PsI)"], 与已公布的12株鼠疫菌和4株假结核菌全基因序列进行比对, 设计特异性的引物, 对鼠疫菌、假结核菌和其他肠道细菌进行鉴定。结果 用52株鼠疫菌、57株假结核菌和其他肠道菌株进行验证, 结果显示, 5对鼠疫菌的鉴定引物中, 2对(PeI2和PeI11)仅在52株鼠疫菌中扩出目的条带, 另3对引物(PeI1、PeI3和PeI12)除鼠疫菌外在部分假结核菌株中也扩出目的条带;5对假结核菌鉴定引物中, 1对引物(PsI1)在52株鼠疫菌和57株假结核菌株中扩出目的条带, 4对引物(PsI7、PsI16、PsI18和 PsI19)仅在57株假结核菌株中均扩出目的条带, 在鼠疫菌中未扩出目的条带。结论 用鼠疫菌和假结核菌共有的PsI1序列、鼠疫菌特有的PeI2和PeI11序列及假结核菌特有的PsI7、PsI16、PsI18和 PsI19序列组成的基因鉴别方法, 可以用于鼠疫菌和假结核菌的基因快速鉴别。     

Pneumonic Plague Outbreak,Northern Madagascar, 2011

Yersinia pestis, the causative agent of plague, is endemic to Madagascar, particularly to the central highlands. Although plague has not been previously reported in northern Madagascar, an outbreak of pneumonic plague occurred in this remote area in 2011. Over a 27-day period, 17 suspected, 2 presumptive, and 3 confirmed human cases were identified, and all 15 untreated 20 patients died. Molecular typing of Y. pestis isolated from 2 survivors and 5 Rattus rattus rat samples identified the Madagascar-specific 1.ORI3-k single-nucleotide polymorphism genotype and 4 clustered regularly interspaced short palindromic repeat patterns. This outbreak had a case-fatality rate of 100% for nontreated patients. The Y. pestis 1.ORI3-k single-nucleotide polymorphism genotype might cause larger epidemics. Multidrug-resistant strains and persistence of the pathogen in natural foci near human settlements pose severe risks to populations in plague-endemic regions and require outbreak response strategies.     

Comparison of serological and bacteriological methods in the confirmation of plague infections

A recent, defined outbreak of bubonic plague in a remote area of the central highlands of Viet-Nam provided an opportunity to undertake studies of antibody production during the course of infections with Pasteurella pestis (Yersinia pestis). The haemagglutination (HA) test of Chen & Meyer, modified to a microtechnique, was used in studies of patients with clinical plague, and in studies of unvaccinated, asymptomatic contacts of plague patients.     

Subcutaneous vaccination with a live attenuated Yersinia pseudotuberculosis plague vaccine

A single oral inoculation to mice of the live attenuated Yersinia pseudotuberculosis VTnF1 strain producing an F1 pseudocapsule protects against bubonic and pneumonic plague. However oral vaccination can fail in humans exposed to frequent intestinal infections. We evaluated in mice the efficacy of subcutaneous vaccine injection as an alternative way to induce protective immunity, while reducing the dose and avoiding strain release in nature. A single subcutaneous dose of up to 10⁸ CFU induced dose-dependent antibody production. At the dose of 10⁷ CFU, i.e. 10 times less than via the oral route, it caused a modest skin reaction and protected 100% against bubonic and 80% against pneumonic plague, caused by high doses of Yersinia pestis. Bacteria migrating to lymph nodes and spleen, but not feces, were rapidly eliminated. Thus, subcutaneous injection of VTnF1 would represent a good alternative when dissemination in nature and human intestinal responsiveness are limitations.     

青藏高原鼠疫耶尔森菌基因型分布

目的研究青藏高原鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）基因组型分布特征.方法对分离到的青藏高原鼠疫菌297株,根据已经证实的22个差异区段设计引物,每株鼠疫菌的每个基因差异区段都采用PCR技术进行验证.结果在喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地中,鼠疫菌基因组型有9种,分别为1、5、6、7、8、10、11、新基因组型和Ype-ancestor型,其中以5、8和10型为主,3种基因组型合计所占比例为80.6%（204/253）,而且不同地区鼠疫菌基因组型的分布也不一致.青藏高原青海田鼠鼠疫疫源地鼠疫菌基因组型全部为14型.结论青藏高原鼠疫菌基因组型分布具有明显的地理特征.根据基因组型的分布状况推测出了鼠疫菌在青藏高原的传播路径.