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1.
浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成:CRF07_BC 122例(44.2%),CRF01_AE 103例(37.3%),CRF08_BC 17例(6.1%),B亚型9例(3.2%),CRF55_01B 6例(2.2%),C亚型5例(1.8%),CRF59_01B 1例(0.4%),CRF67_01B 1例(0.4%),A1亚型1例(0.4%),URFs 11例(4.0%)。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群(76.5%)。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。  相似文献   

2.
目的了解大连地区HIV-1 CRF 01_AE亚型株的基因特征及其可能传播链。方法对2008—2012年新确认144份全血标本进行血浆分离和HIV RNA提取,巢式PCR扩增Env基因并进行序列测定,并对CRF 01_AE亚型毒株序列进行生物信息学分析。结果得到的HIV感染者有效基因序列中,CRF 01_AE亚型占62.14%(64/103),所有病例均为性接触途径传播。系统进化树分析大连CRF 01_AE存在2个簇,分别以男男同性传播和异性传播毒株为主,其中男男同性性接触人群(MSM)簇组内平均基因离散率小于异性性接触者(Hetero)簇;与其他地区的CRF 01_AE亚型株构建的系统进化树显示2簇内均无其他国家序列,MSM簇与辽宁(除大连地区,下同)、北京和吉林MSM人群的CRF 01_AE亚型株位于同一分支,Hetero簇毒株则与辽宁、北京的MSM流行株及东南沿海地区异性传播CRF 01_AE亚型株遗传距离相近。结论大连市HIV-1 CRF 01_AE株主要通过性接触传播,男男同性传播毒株占主导优势,毒株传入大连时间晚于异性性接触者簇流行株;MSM存在2个以上传播链,与北方部分地区MSM人群中CRF 01_AE亚型株存在多次传播。  相似文献   

3.
目的分析浙江省2004—2011年117名男男性接触者(MSM)HIV-1感染病毒的序列特征,了解HIV-1毒株类型和特征。方法从实验室留样的MSM HIV感染者血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、pol基因区片段,测定序列并分析。结果 117名MSM HIV感染者中,序列结果按户籍来源覆盖21个省(市、自治区),感染毒株包括CRF01_AE 99名(84.62%)、B亚型7名(5.98%)、CRF07_BC 6名(5.13%)、CRF08_BC和CRF59_01B各1名(0.85%)。3名(2.56%)疑似01_B重组毒株与安徽感染者在系统进化树上聚集成可靠的次级进化簇(99%),且具有类似重组断点模式。84个CRF01_AE毒株的pol区基因序列聚集成簇,形成多个可靠的次级进化簇(30个节点的bootstrap值高于70%)。结论浙江省MSM HIV感染者主要流行CRF01_AE毒株,该人群HIV感染率高,应加强监测。CRF59_01B和新的01B重组毒株在浙江首次检出。  相似文献   

4.
目的 了解2014-2017年天津市MSM人群HIV感染者(MSM感染者)原发性耐药(transmitted drug resistance,TDR)的流行特点和相关因素。方法 收集2014-2017年天津市未经抗病毒治疗的MSM人群中HIV感染者的血浆样本共225例,采用巢式PCR法扩增pol区基因片段,进行基因型耐药检测和相关因素分析。结果 205例样本获得pol区基因序列,完成HIV亚型和耐药检测。基因型依次为CRF01_AE占53.2%(109/205),CRF07_BC占28.8%(59/205),B亚型占10.2%(21/205),CRF55_01B亚型占4.9%(10/205),其他独特型二代重组亚型占2.9%(6/205)。75例样本成簇分布在20个传播簇内,62.5%(10/16)的TDR样本分布在5个传播簇中。耐药株的TDR流行率为7.8%,2014-2017年每年的TDR流行率逐年上升,分别为3.9%(2/51)、5.7%(3/53)、9.6%(5/52)和12.2%(6/49),但差异无统计学意义(χ2=2.504,P=0.127),CRF01_AE亚型和B亚型TDR流行率最高,分别为3.4%(7/205)和2.9%(6/205)。TDR突变以非核苷酸反转录酶抑制剂(NNRTIs)为主,TDR流行率为6.3%(13/205),核苷酸反转录酶抑制剂(NRTIs)和蛋白酶抑制剂(PIs)的TDR流行率分别为1.5%(3/205)和1.0%(2/205)。结论 天津市MSM感染者的TDR毒株的TDR流行形势较严重,需采取有针对性的预防和控制措施。  相似文献   

5.
目的了解深圳市2010年男男性接触者(MSM)HIV-1耐药传播情况,监测2010年该地区MSM人群HIV毒株的流行情况。方法收集深圳市2010年专题调查的14例HIV-1抗体阳性的MSM血浆,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增pol区的基因片断,并对扩增片断进行序列测定和分析。结果 CRF01_AE亚型占45.39%(64/141),CRF07_BC亚型占39.71%(56/141),B亚型占14.89%(21/141)。3份出现NRTI耐药突变,突变的类型分别为:L210W,T215S,T215I;1份出现NNRTI耐药突变,突变的类型为:K103N,Y181C,P225H;无样本出现PI耐药突变,总体耐药突变率为2.8%。结论深圳地区MSM人群中耐药传播目前仍处于低度水平。感染株主要为CRF01_AE、CRF07_BC和B3种亚型,CRF01_AE仍是深圳市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07_BC重组亚型在深圳市MSM人群中增长迅速。  相似文献   

6.
目的 了解西安市MSM感染HIV-1毒株亚型分布。方法 采集2010--2012年西安市确证的经男男同性传播的HIV感染者外周静脉血5ml,抗凝后分离血浆,提取总RNA,利用巢式反转录PCR扩增HIulgag和env基因,利用Mega5.2软件与国际参考序列进行拼接、比对、计算基因离散率和构建系统进化树;同时进行流行病学问卷调查,行为学调查重点包括性行为特征、吸毒史、献血史等。结果 168份样本中,165例gag与env序列分型结果 一致,分别为79例(47.0%)CRF01AE、74例(44.o%)CRF07BC、12例(7.1%)B亚型。3例gag与env序列分型结果不一致,分别为2例(1.2%)CRF01AE/A1、1例(0.6%)CRF07BC/CRF01AE。结论 西安市MSM感染HIV-1毒株亚型主要为CRF01AE、CRF07BC。  相似文献   

7.
目的了解临沂市MSM人群新感染HIV-1病毒基因的流行亚型。方法收集2018年1~4月临沂市新感染的经男男性行为传播的未经治疗的HIV-1阳性血浆样本,应用巢式-聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增病毒基因的pol区片段,进行基因测序和亚型分析。结果收集到符合条件的样本31例,成功扩增出29例感染者病毒的有效序列,共检出4种基因亚型:CRF07_BC、CRF01_AE、C、CRF55_01B,优势毒株为CRF01_AE(62.07%)和CRF07_BC(20.69%)亚型。结论本时段内临沂市新确证的MSM感染者毒株以CRF01_AE亚型为主,监测临沂市MSM人群HIV-1感染者毒株亚型分子流行病学特征,对临沂市艾滋病防治非常必要。  相似文献   

8.
目的 了解广西壮族自治区低档场所中老年嫖客与暗娼的HIV-1感染者病毒基因亚型特征及传播规律。方法 采用方便抽样的方法,于2012年对广西壮族自治区4个城市和9个县(区)低档场所的嫖客(年龄≥50岁)与暗娼开展分子流行病学调查,进行HIV-1抗体筛查,对HIV-1抗体阳性者血浆进行pol区基因片段扩增和序列测定,对获得的基因序列进行系统进化树构建并鉴定毒株的基因亚型,分析毒株亚型分布特征及传播规律。结果 共招募4 048例中老年嫖客和784例低档暗娼,共发现116例HIV-1抗体阳性,中老年嫖客与暗娼的HIV-1抗体阳性检出率分别为2.5%(103/4 048)、1.7%(13/784),对其中84例HIV-1抗体阳性者进行基因扩增和序列测定,53例获得基因序列(中老年嫖客48例、暗娼5例)。发现3种基因亚型,均为重组株,CRF01_AE占90.6%(48/53),CRF08_BC占7.5%(4/53),CRF07_BC占1.9%(1/53)。经系统进化树分析发现,48例CRF01_AE流行毒株聚集成2个传播簇Cluster 1和2;4例CRF08_BC聚集成1个传播簇。在CRF01_AE Cluster 1中又形成4个亚簇C1-SC1、2、3、4,各亚簇对象来源于同一处或相邻低档场所、或与同一省道毗邻乡镇的低档场所。结论 广西壮族自治区低档场所中老年嫖客与暗娼HIV-1感染者流行毒株仍以CRF01_AE为主,以同一处或相邻低档场所或毗邻乡镇呈小范围聚集,当地HIV-1阳性的中老年嫖客与暗娼可能是该人群易感者毒株快速传播的重要传染源。  相似文献   

9.
目的 分析郑州市男男性行为者(MSM)中HIV感染者的毒株变异特点及其与当地有偿供血者中流行毒株的关系.方法 以郑州市2010年确证的31例MSM的HIV感染者和41例既往有偿供血HIV感染者为研究对象,采集血标本并收集流行病学信息.RT-PCR法扩增全部研究对象的HIV-1 gag、pol全长基因(分别为1584 bp和3147 bp)及env基因的C2V3片段(558 bp)并测序,使用LosAlamosHIV Database在线工具确定病毒基因亚型、绘制系统进化树并分析可能的传播关系.结果 在72例研究对象中,获得全长gag序列53条、pol序列38条、env(C2V3)序列48条;31例MSM的HIV感染者中,CRF01 AE亚型14例、CRF07_BC亚型5例、B亚型12例(B'亚型11例、B亚型1例),41例既往有偿供血的HIV感染者均为B'亚型.MSM人群的CRF01 AE亚型毒株与河北、辽宁省的毒株关系密切、CRF07 BC毒株与河北省石家庄和北京市的毒株关系密切.在MSM人群中的12条HIV-1 B亚型中,有8条聚集成簇并与1例有偿供血感染者的序列距离最近、2条形成可靠的进化簇且与02HNseq4的序列距离最近,提示MSM人群中的B'毒株可能来自有偿供血员,且在MSM人群中存在传播关系.结论 郑州市MSM人群中流行的HIV-1毒株遗传背景复杂、有多个来源.首次发现目前MSM人群中流行的HIV-1 B亚型毒株主要是B'亚型,可能来自当地的有偿供血人群.  相似文献   

10.
目的 分析柳州市1998-2012年新发现HIV基因亚型变化,比较HIV感染者首次CD4+T淋巴细胞计数(CD4),为艾滋病防治提供参考依据。方法 选取我国艾滋病综合防治信息系统中1998-2012年柳州市新发现HIV感染者,对其血浆进行RNA提取、扩增、测序和分型。采用Coharan-Armitage趋势检验法分析HIV基因亚型变化的趋势,采用Wilcoxon秩和检验法分析比较HIV感染者的首次CD4结果 研究对象共有1 877例HIV感染者。1998-2012年,CRF01_AE、CRF01_AE(Cluster 1)和CRF07_BC亚型构成比分别从78.4%(76/97)上升至91.5%(1 441/1 574)、63.9%(62/97)上升至74.0%(1 164/1 574)和17.5%(17/97)下降至4.6%(72/1 574),趋势性检验差异均有统计学意义(Z=4.632,P<0.001;Z=2.455,P=0.014;Z=-5.943,P<0.001)。CRF01_AE(Cluster 1)、CRF01_AE(Cluster 2)、CRF07_BC和CRF08_BC亚型HIV感染者首次CD4的中位数及四分位数间距分别是230(83~375)、215(48~351)、365(254~503)和334(206~479)个/μl。CRF01_AE(Cluster 1)和CRF01_AE(Cluster 2)亚型HIV感染者的首次CD4Z=-4.795,P<0.001;Z=-4.238,P<0.001)。结论 1998-2012年柳州市新发现HIV感染者以CRF01_AE亚型为主并呈上升趋势,其首次CD4较低,且新发现CRF01_AE亚簇的种类在增加,其亚簇构成比存在变化趋势。  相似文献   

11.
目的 了解浙江省MSM中的HIV-1新近感染者的毒株亚型组成和传播特征.方法 233例2011年新报告的MSM感染者经BED捕获酶免试验(BED-CEIA)检测为新近感染,其中107例纳入分子流行病学研究,收集血浆样本提取RNA核酸,用反转录/巢式PCR扩增HIV病毒的pol基因片段,测序后进行生物信息学分析.结果 107例研究对象与当年MSM新近感染者在社会人口学特征上差异无统计学意义.序列获得率为94.4%(101/107),CRF01 AE占比最高(62.4%),其次是CRF07 BC(31.7%),另有3例B亚型,1例CRF55_01B和2例独特重组型.毒株在系统进化树上主要分为CRF01 AE的簇1、簇2和CRF07_BC的簇3,杭州地区的毒株散播于各个进化分支.共发现10个传播簇,80%涉及≥2个的地市,90%与现住址为杭州的病例有关; 共发现有3个样本各存在一个监测性耐药突变,分别为M46I、T215S和G190A,传播性耐药率为2.97%.结论 浙江省MSM的HIV亚型呈现复杂性趋势,但传播性耐药处于低度流行水平;HIV的跨地区传播较为普遍,杭州在地域上可能发挥着核心传播作用,全省已形成混杂交织的复杂网络.  相似文献   

12.
Men who have sex with men (MSM) have become one of the populations with severely HIV prevalence in China. However, very few genetic studies have been done on HIV-1 spreading in this population. In this study, the genetic characterization of HIV-1 strains prevalent in the MSM in Shijiazhuang, China, was analyzed basing on the HIV-1 full-length gag, pol, and partial env gene. 21 drug-naïve HIV-1 sero-positive patients were enrolled into the study. Full length gag, pol, partial env genes and some near full length genomes were amplified with nest RT-PCR followed by sequencing. Multiple subtypes, including CRF01_AE (52.9%), subtype B (35.3%) and CRF07_BC (11.8%), were found in the population. Phylogenetic analysis showed close relationship between our strains with those from Beijing MSM but not those from paid blood donors of local area. Drug resistance surveillance evaluation showed no transmitted drug resistance (TDR). However, some drug-resistance related polymorphism sites (V181I and V106I) were popularly found in B subtype strains. The findings will contribute to understanding the distribution and evolution of HIV-1 in MSM and also help the behavior change intervention.  相似文献   

13.
目的 了解2018年昆明市MSM的HIV-1基因型及耐药特征。方法 收集昆明市2018年1-12月新报告HIV-1感染的MSM的血浆样品193份,提取病毒RNA,采用巢式PCR扩增gagpolenv区基因片段,进行基因分型和耐药分析,通过Bayesian Markov Chain Monte Carlo(MCMC)方法分析昆明市MSM感染者中CRF55_01B和CRF68_01B的进化特征。结果 193份样品中发现多个HIV-1基因型,包括CRF07_BC(39.4%,76/193)、CRF01_AE(34.2%,66/193)、独特型重组(20.2%,39/193)、CRF08_BC(3.1%,6/193)、CRF55_01B(1.6%,3/193)、B亚型(1.0%,2/193)和CRF68_01B(0.5%,1/193)。Bayesian进化分析结果显示CRF55_01B从外省进入昆明市后已开始在本地传播,而CRF68_01B可能来自于我国东部地区。2018年昆明市MSM抗病毒治疗前的HIV-1耐药株流行率为2.6%(5/190),对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变发生率最高(2.1%,4/190)。结论 昆明市MSM的HIV-1基因型多样性逐年增加。MSM未接受抗病毒治疗HIV-1感染者耐药发生率虽然较低,但存在抗病毒治疗一线药物的多重耐药株。  相似文献   

14.
目的 了解2018年广东省珠海市新确诊且未接受抗病毒治疗的HIV-1抗体阳性病例不同感染途径病毒亚型分布和耐药情况。 方法 收集研究对象血浆标本207份,提取病毒RNA,采用巢氏RT-PCR扩增HIV -1多聚酶pol区,测序定型和耐药分析。 结果 在男男性行为者中流行基因型为CRF07_BC(43.3%)、CRF01_AE(36.1%)和CRF55_01B(13.4%);在异性性感染人群优势基因型为CRF01_AE(52.5%)、CRF07_BC(31.1%)和CRF08_BC(6.6%);在3例注射吸毒感染人群检出CRF01_AE;有1例血源性感染病例检测基因型为H亚型;在MSM和异性性感染人群产生低度耐药,低度耐药率分别为4.1%和4.9%;在注射吸毒和血源性传播感染人群未检出耐药病例。 结论 在经性传播途径感染HIV-1多种基因型共同流行,以CRF01_AE和CRF07_BC基因型为主;在四类人群未检出低度以上耐药病例,总体传播性耐药呈低度流行。  相似文献   

15.
16.
目的 了解我市男男性行为人群(men who have sex with men,MSM)人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染者毒株的亚型分布和成簇特点。方法 收集2013-2017年MSM随访研究中新发现和队列中阳转的未经抗逆转录病毒治疗(antiretroviral therapy,ART)的HIV感染者血浆样本,经RNA提取和扩增,共获得100份pol区序列,进行基因型、耐药突变和分子进化分析,并与人口学和行为学资料相结合分析其成簇特点。结果 HIV感染者流行的亚型依次为CRF01_AE占60.0%(60/100),CRF07_BC占28.0%(28/100),B亚型占6.0%(6/100),CRF55_01B亚型占4.0%(4/100),其他独特型二代重组亚型占2.0%(2/100)。传播性耐药(transmitted drug resistance,TDR)流行率为7%(7/100),其中不同亚型的流行率依次为B亚型3.0%(3/100)、CRF01_AE 2.0%(2/100)、CRF07_BC 1.0%(1/100)和CRF55_01B 1.0%(1/100)。耐药突变以NNRTIs突变为主,占4.0%(4/100),其次为NRTIs突变占2.0%(2/100),PIs突变占1%(1/100)。成簇样本占31.0%(31/100),共分布在13个传播簇内,成簇和非成簇的感染者的亚型、户籍和性病史差异均有统计学意义(均有P<0.05)。结论 天津市MSM感染者中HIV毒株亚型分布情况日趋复杂,新型重组和耐药毒株不断出现并传播,应引起高度重视。  相似文献   

17.
目的 了解广州市未接受抗病毒治疗的MSM人群HIV感染者(MSM感染者)耐药株流行状况。方法 收集2008-2015年新确证HIV-1抗体阳性、现住址为广州市、传播途径为男男性行为传播、确证时未接受过抗病毒治疗的MSM感染者血清样本,提取HIV-1 RNA,采用巢式PCR法扩增HIV-1 pol区全部蛋白酶(PR)和部分反转录酶(RT)基因片段,测序后提交到美国斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药分析。结果 2 283例MSM感染者中,共有1 986例血清样本成功获得pol区基因片段,年龄16~84(30.18±8.24)岁;未婚者占74.17%(1 473/1 986);汉族占90.64%(1 800/1 986);大专及以上占49.65%(986/1 986),高中及中专占27.14%(539/1 986),初中及以下占20.89%(415/1 986)。HIV-1亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,分别为38.22%(759/1 986)和34.49%(685/1 986)。总耐药率为3.32%(66/1 986),对蛋白酶抑制剂(PIs)耐药率为1.36%(27/1 986)),对核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)耐药率为0.65%(13/1 986),对非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)耐药率为1.61%(32/1 986)。B亚型对3类药物的耐药率均较高,CRF55_01B对NNRTIs耐药率高于其他亚型。B亚型对司他夫定(D4T)、依非韦仑(EFV)、奈韦拉平(NVP)的耐药率最高,均为4.17%(5/120);其次是那非那韦(NFV)、齐多夫定(AZT)、利匹韦林(RPV),均为3.33%(4/120)。CRF55_01B对EFV、NVP的耐药率最高,均为5.50%(16/291);其次是依曲韦林(ETR)、RPV,均为5.15%(15/291)。结论 广州市未接受抗病毒治疗的MSM感染者耐药率处于低水平,现有抗病毒药物在总体上仍是有效的。但B亚型和CRF55_01B亚型耐药率相对较高,值得关注。  相似文献   

18.
ObjectiveTo investigate the evolutionary dynamics and characteristic of the molecular transmission networks of HIV-1 CRF01_AE in Nanjing.MethodsViral samples were collected from 580 newly diagnosed HIV-1-infected patients. HIV-1 pol sequences were obtained and used for for molecular evolutionary analyses. The ML trees were constructed by MEGA 6.0 using under GTR+ G + I model with 1000 bootstrap replicates. The emergence and estimation of tMRCA and the evolutionary rate of the different CRF01_AE clusters were inferred using Bayesian phylogenetic analysis approaches implemented in the BEAST package. Pairwise genetic distances were calculated under the Tamura-Nei 93 model, a genetic distance threshold of ≤1.2% was used to identify potential transmission clusters. Network diagrams were plotted using Cytoscape 3.3.0.ResultsOf these HIV-1-infected patients, 551 (91.5%) were males. The largest number of infections were attributed to homosexual (462, 79.7%). A total of 518 full-length pol genes were successfully amplified, based on the phylogenetic analysis CRF01_AE was the most predominantly circulating strain (45.0%, 233/518). As shown in the ML tree, three distinct clusters were observed. The ‘Nanjing lineage’ 1, 2, 3 has an estimated tMRCA around1996.61, 1993.61, 1984.61 respectively. Of 233 Nanjing sequences, 123 (55.2%) distributed in 30 molecular clusters, average Links/node was 7.8 with range (1−33), most of Nanjing strains shared links with local strains.ConclusionHIV-1 CRF01_AE was the most predominantly circulating strain, the epidemic of CRF01_AE in Nanjing was driven by multiple clusters of HIV-1 strains, and most CRF01_AE stains in our study were estimated to have originated in China in the 1990s.  相似文献   

19.
目的 分析研究夫妻双方艾滋病毒(HIV)感染病毒株亚型特征和夫妻间传播关系.方法 以浙江省艾滋病疫情报告中双方均感染HIV的夫妻为研究对象,基因序列分析结合个案危险行为史分析,采用巢式PCR扩增gag基因区,分析亚型特征、夫妻间基因距离,并做系统进化树分析夫妻间传播关系.结果 获得46对夫妻(92例)的样本检测结果,其中39例CRF01_AE、10例CRF07_BC、18例CRF08_BC、18例B、5例C、2例CRF02_AG六种亚型,分别占42.4%、10.9%、19.6%、19.6%、5.4%和2.2%.夫妻双方亚型一致的为44对(95.7%).经系统树分析,41对夫妻序列中,33对(80.5%)提示有夫妻间直接传播关系,其中CRF01_AE、CRF08_BC和CRF02_AG主要为非婚性行为感染后经婚内性行为传播,B亚型和CRF07_BC主要为经血传播感染后经婚内性行为传播.结论 浙江省夫妻双方感染HIV的病毒株亚型呈现多样性,CRF01_AE是主要类型.一方高危行为感染后经婚内性传播是夫妻人群感染的主要模式.  相似文献   

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