河南省2011-2015年非伤寒沙门菌病原学与耐药监测

目的 检测与分析2011-2015年自河南省腹泻多病原监测系统腹泻病例粪便中分离的1 351株非伤寒沙门菌血清型别及耐药表型。方法 采集河南省5家监测哨点医院肠道门诊及住院病例腹泻样本,进行沙门菌分离培养、生化鉴定与血清学分型;根据美国临床与实验室标准协会（CLSI）沙门菌K-B法药敏测试方案,对其进行8类12种抗生素的药敏测试与表型分析。结果 1 351株非伤寒沙门菌感染病例男女比例1.5：1（811：540）,以低龄儿童和青壮年为主;分离时间多集中于每年的5-10月,具有较典型的春夏季节特征。1 351株非伤寒沙门菌共分为58个血清型,以肠炎（S.enteritidis）、鼠伤寒（S.typhimurium）、阿贡那（S.agona）等7种血清型为主。药敏结果显示,其对广谱合成类青霉素氨苄西林（AMP）、三代头孢类抗生素头孢他啶（CAZ）、头孢噻肟（CTX）、四代头孢类抗生素头孢吡肟（FEP）、三代氟喹诺酮类抗生素环丙沙星（CIP）、氨基糖苷类抗生素庆大霉素（GEN）等12种抗生素均存在不同程度的耐药与多重耐药性。结论 河南省感染人群的非伤寒沙门菌血清型别众多;部分菌株对临床常用的12类抗生素具有较高的耐药率且多重耐药问题日益严重。     

2009-2013年全国伤寒/副伤寒流行特征及分子分型分析

目的 分析2009－2013年全国伤寒/副伤寒流行特征及分子分型特征,为伤寒/副伤寒的防控、监测策略制定及调整提供参考依据。方法 分析2009－2013年全国伤寒/副伤寒发病的流行特征及突发公共卫生事件情况。针对13个国家级监测点的伤寒/副伤寒病例,采用病原分离培养、血清学检测、药物敏感性试验、PFGE等方法进行病原学特征分析。结果 2009－2013年全国伤寒/副伤寒年均发病率为1.03/10万,报告发病数及报告发病率逐年下降。报告病例数较多的省份为云南省、贵州省、广西壮族自治区、湖南省、浙江省、广东省及新疆维吾尔自治区。0～4岁组为发病率最高。农民、散居儿童发病构成比自2009年逐年上升。7－8月及夏秋季为发病高峰。2009－2013年共报告25起伤寒/副伤寒暴发疫情。13个监测点的伤寒/副伤寒病例标本分离培养的阳性率为3.00%（940/31 322）,其中,甲型副伤寒沙门菌占68.19%（641/940）,伤寒沙门菌占31.60%（297/940）。伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌均对萘啶酸的耐药率最高,分别为50.22%和85.33%。伤寒沙门菌PFGE带型多而分散,甲型副伤寒沙门菌带型相对少而集中。结论 虽然我国伤寒/副伤寒发病处于低发水平,但时有暴发,应进一步加强以实验室为基础的伤寒及副伤寒病原确诊、暴发发现及应对能力,建立耐药监测系统,在新的高发省份加强监测并开展危险因素调查。     

江苏省2012-2015年伤寒/副伤寒沙门菌耐药及分子分型研究

目的 回顾性分析2012-2015年江苏省伤寒/副伤寒沙门菌的耐药表型和分子分型特征。方法 采集江苏省伤寒/副伤寒监测病例的血液和粪便标本,分离培养伤寒/副伤寒沙门菌后进行生化鉴定和血清分型;采用Kirby-Bauer纸片法检测菌株对抗菌药物的敏感性;应用PFGE技术对伤寒和甲型副伤寒沙门菌进行分子分型。结果 134株伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌对萘啶酸的耐药率最高,分别为61.2%和86.7%,其余抗生素的耐药率均低于15.0%。伤寒和甲型副伤寒沙门菌中只耐1种抗生素的菌株最多,多重耐药菌在伤寒沙门菌中占2.6%,而在甲型副伤寒沙门菌中占13.3%。2015年伤寒沙门菌的全敏感菌株构成比较2012年增加了44.3%,同年副伤寒沙门菌中出现了耐5种和6种抗生素的多重耐药株。甲型副伤寒沙门菌可分为8种PFGE型别,多重耐药株与其他菌株条带相似性低,不同型别与耐药谱有对应关系;伤寒沙门菌可分为68种PFGE型别,不同型别间变异度较大,与耐药谱无对应关系。结论 2012-2015年江苏省伤寒/副伤寒沙门菌对抗生素的耐药性总体随时间降低,耐药种类数有所增加。伤寒沙门菌株PFGE带型呈现多样性,无耐药谱对应性;而甲型副伤寒菌株PFGE带型较少,有耐药谱对应性。需要加强重点地区重点型别菌株的监测。     

广东省2009-2011年鼠伤寒沙门菌监测及菌株分子分型的研究

目的 了解广东省鼠伤寒沙门菌监测现况及菌株分子分型特点,并初步建立数据库,为食源性疾病暴发追踪污染源及传播途径提供基线数据。方法 参考国际PulseNet公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方案及 7 个位点的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）方法,分析广东省2009-2011年10个市275株鼠伤寒沙门菌分型特点,利用BioNumerics软件建立分子分型数据库。结果 2009-2011年广东省沙门菌年均检出率为4.03%;鼠伤寒沙门菌年均检出率和构成比分别为1.38%和34.29%,均呈双峰形分布趋势,流行高峰为5和9月。275株鼠伤寒沙门菌经XbaⅠ酶切和PFGE分析,获得124种带型,其分型D值为 0.928 6,而MLVA分型获得143种型别,D值为0.966 5,分辨能力高于单酶切的 PFGE分型。对其中>3株的相同带型进一步采用PFGE-XbaⅠ- BlnⅠ双酶切分型,获得分型共174种,D值为0.989 1,与采用MLVA方法相同,即对同一菌株的分辨结果具有较高一致性。结论 广东省鼠伤寒沙门菌具有遗传多样性。初步建立的菌株分子分型数据库显示采用MLVA 分型方法可完成菌株聚集性分析,以确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发。     

贵州省伤寒、副伤寒高发区发热症状监测分析

目的 了解贵州省伤寒、副伤寒高发区的发病水平,为综合干预及效果评价提供依据.方法 选取安顺市平坝县6乡镇为干预区,贵阳市开阳县6乡镇为对照区,将示范区内各级各类医疗机构按照类别、实验室检测条件分为A、B、C三类监测点,开展以人群为基础,覆盖各级医疗卫生机构的发热症状监测进行伤寒、副伤寒的监测分析.结果 对两县12 944例不明原因发热者进行血培养,检出沙门菌200株(伤寒16株,甲型副伤寒184株),总检出率为1.55％,干预前检出率均高于干预后.A类点血培养2039例,分离沙门菌39株占19.50％ (39/200),检出率为1.91％;B类点血培养4315例,分离沙门菌82株占41.00％(82/200),检出率为1.90％;C类点血培养6590例,分离沙门菌79株占39.50％ (79/200),检出率为1.20％,C类点未使用抗生素者检出率明显高于使用者(P＜0.05).春季和秋季为检出高峰,个别地方发生暴发或流行,农民和学生为高发人群,青壮年发病居多.伤寒、副伤寒症状不典型.结论 覆盖基层医疗卫生机构的发热症状监测是伤寒高发区开展伤寒、副伤寒监测的可靠方法,能真实反映伤寒、副伤寒疾病负担.     

河南省2009-2011年伤寒副伤寒沙门菌分子分型与耐药研究

目的 分析2009-2011年河南省伤寒副伤寒沙门菌临床分离株耐药状况与PFGE分型特征。方法 根据PulseNet公布的伤寒副伤寒沙门菌PFGE分型操作规程与美国临床实验室标准协会(CLSI)沙门菌K-B法药敏测试方案,对2009-2011年分离自河南省监测哨点医院78株伤寒副伤寒沙门菌进行抗生素药敏测试与PFGE分子分型。结果 78株伤寒副伤寒沙门菌对8类13种抗生素均有不同程度的耐药,62株为多重耐药菌株(79.5%),其中耐2～3种4株(5.1%),耐5～8种41株(52.6%),耐9～10种14株(17.9%),耐11～12种3株(3.8%);菌株对头孢类、喹诺酮类等5类抗生素耐药率总体呈上升趋势。经XbaⅠ酶切与PFGE后,获得14种带型,每种带型包含菌株数1～47株不等,相似度为66.03%～100.00%。结论 2000-2011年河南省临床分离的伤寒副伤寒沙门菌耐药状况普遍比较严重,PFGE带型呈现多样性的同时又具有较显著的优势带型特点,部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性和聚集性。     

江苏省伤寒/副伤寒流行现况、菌株耐药及其分子分型

目的 掌握江苏省伤寒/副伤寒流行现况、病原菌耐药性以及分子分型特征,以确定监测重点.方法 对2007-2011年江苏省伤寒/副伤寒疫情采用描述流行病学回顾性分析;210株伤寒/副伤寒沙门菌耐药性测定采用K-B纸片扩散法;81株伤寒沙门菌分子分型运用脉冲场凝胶电泳(PFGE).结果 近5年江苏省伤寒/副伤寒年均报告发病率为0.47/10万,呈总体下降趋势.人群年龄别发病以0岁组(1.70/10万)高发.病原谱以伤寒沙门菌为主(66.19%),其次为甲型副伤寒沙门菌(23.81%).伤寒/副伤寒沙门菌对萘啶酸耐药率最高(66.19%),对环丙沙星等6种抗生素耐药率低于10.00%,多重耐药率为30.00%.近3年伤寒沙门菌分属4个克隆群37个PFGE型,优势带型为JPPX01.JS0027(11.11%),JPPX0 1.JS0001为地区独特性菌型,JPPX01.JS0014、JPPX01.JS0018和JPPX01.JS0024为扩散性菌型.特征菌型成簇分析发现3起病例具有聚集性特征.结论 江苏省伤寒/副伤寒发病率维持在较低水平,婴儿高发.菌株对多数抗生素较敏感,但部分药物耐药性在增加.由于近年伤寒呈现高度散发状态,未出现占绝对优势的菌型,推测近期发生大规范流行的可能性较小.     

波摩那沙门菌耐药及分子流行病学特征研究

目的 研究波摩那沙门菌的耐药分子流行病学特征。方法 基于上海市网络实验室连续性监测腹泻病例和环境食品及广西地区爬行动物监测的波摩那沙门菌进行抗菌药物耐药和脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析。结果 2005－2012 年上海市网络实验室诊断临床病例分离沙门菌4 553 株, 居前10 位的20 个血清型均为A～F 群, 波摩那沙门菌在少见的非A～F 群中仅次于旺兹沃思沙门菌排第2 位, 并对低年龄组人群普遍易感, 症状有血样便和二次感染现象。确认食源环境沙门菌1 805 株, 前10 位血清型明显比人源株更具多样性, 波摩那沙门菌在少见型中列第3位, 多源自甲鱼、海水贝壳类和爬行动物。波摩那沙门菌非人源分离株耐药性显著高于人源株, PFGE结果分属A和B不同克隆簇。克隆A为非流行株的多重耐药株, 菌株多源自淡水养殖鱼类;克隆B为不耐药的流行株, 分为B-Ⅰ（分离自低年龄组）和B-Ⅱ（分离自成年组）2 个亚簇, 前者与海水贝壳类动物、陆龟、蜥蜴分离株同源, 后者与海水贝壳类动物分离株同源, 其中1 例人源株对8种抗生素呈多重耐药。结论 波摩那沙门菌属少见菌型, 但对婴幼儿有较高致病性。上海市近期分离的波摩那沙门菌与2005 年病例菌株存在遗传进化关系, 需要对致病克隆加强监测并预警进食海鲜和爬行动物的感染风险。     

4种致泻性大肠埃希菌分子诊断方法的评估及其在监测中的应用

目的评估和建立用于常规监测4种致泻性大肠埃希菌(DEC)的分子诊断方法,并应用于上海市腹泻人群DEC的监测.方法使用丹麦SSI分子诊断试剂盒对DEC参考菌株进行验证试验及制定DEC-PCR诊断、分离的操作规程(DEC-PCR-SOP),并检测2012年6-9月上海市3家临床医院腹泻病例粪便标本.结果经26株DEC参比菌株验证,SSI分子诊断试剂盒的特异性为100%; 1887份腹泻病例标本共分离得到218株DEC(乳糖阳性181株,乳糖阴性37株),其中致病性大肠埃希菌(EPEC) 118株、产毒性大肠埃希菌(ETEC)90株、侵袭性大肠埃希菌(EIEC)9株、产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)1株、志贺菌18株,总阳性率为l1.6%;监测地区DEC腹泻病例中以EPEC占优势,而EPEC腹泻病例中又以2岁以下婴幼儿为主;外籍DEC病例以ETEC占优势,新生儿ETEC病例占5岁以下低年龄组腹泻病例的1/3.结论经评估DEC-PCR-SOP用于4种DEC常规监测的数据结果可信.国内食源性监测网络实验室应不断完善4种DEC诊断和参比能力.     

上海市2014-2017年成年人感染性腹泻门诊病例的季节分布及病原学特征分析

目的 了解上海市成年人感染性腹泻病例的季节分布等流行特征及病原学特征。方法 对2014-2017年22家上海市成人腹泻病监测点医院肠道门诊的腹泻病例进行主动监测,通过访谈形式开展流行病学调查,并间隔抽样采集病例的粪便标本。由监测点医院所在区CDC开展12种细菌和5种病毒的病原学检测。分析感染性腹泻的病原谱特征,采用集中度值及圆分布方法分析不同病原感染性腹泻的季节分布特征。结果 2014-2017年,上海市腹泻病综合监测系统共监测≥ 18岁成年人腹泻病例96 067例,共采集9 573例病例的粪便标本,标本检测阳性率46.44%。流行特征上,成年人感染性腹泻共有夏、冬季2个发病高峰,夏季以致泻性大肠埃希菌和副溶血性弧菌等细菌感染为主,冬季以诺如病毒等病毒感染为主。细菌感染和病毒感染均有季节集中倾向（雷氏检验P<0.001）,细菌感染季节性强于病毒感染。病原学检测显示病毒感染占比达60.19%,病原谱分析显示前5位优势病原依次为诺如病毒、轮状病毒、致泻性大肠埃希菌、副溶血性弧菌和沙门菌。结论 上海市成年人感染性腹泻门诊病例以病毒感染为主,主要为诺如病毒,发病具有季节性,呈现夏季的细菌感染高峰和冬季的病毒感染高峰。对腹泻病开展持续监测可掌握流行特征和病原学特征及流行趋势,进而采取针对性防控措施。     

我国艰难梭菌核糖体分型库的标准化及应用

目的 建立中国艰难梭菌核糖体分型的标准操作流程并补充和验证核糖体分型数据库,为提高各级网络实验室数据间可比性和建立我国艰难梭菌监测网络提供解决方案。方法 参照国外和本实验室已有的核糖体分型操作流程制定实验室标准核糖体分型操作程序,建立基于BioNumerics 7.6软件分析的数据库使用方法,应用此分型程序和数据库使用方法分析54株欧洲地区及美国标准菌株来评价该数据库,对我国2010-2018年13个城市收集的374株艰难梭菌分离菌株进行分型以补充数据库信息,采用Kappa一致性检验方法分析验证实验一致性强弱。结果 欧洲地区及美国标准菌株的毛细管电泳结果条带清晰、位置稳定,聚类结果快速准确;补充分型结果显示,此次分离株中共出现84种型别,其中25种RT型别与国外标准菌株型别一致,而其余的58种型别不同,并且在40种国外标准菌株型别中,有15种型别本次分型未出现;两次验证结果一致性检验Kappa值为0.891（P<0.01）,两次测定结果具有一致性,其一致性强度为极强。结论 应用基于QIAxcel毛细管电泳仪建立的标准实验室分型操作流程,所获得的电泳结果具有条带清晰、位置稳定的特点,标准化后的核糖体分型库具有良好的实验室间数据可比性和数据共享便捷性。     

上海市2013年8月至2014年7月腹泻病例病原学监测研究

目的 了解2013年8月至2014年7月上海市腹泻病例的病原谱和流行病学特征。方法 随机抽取23所不同级别医院,对在其肠道门诊就诊的腹泻病例按一定的抽样间隔进行调查,并采集粪便标本,进行细菌培养和病毒检测。结果 从3 467例病例粪便标本中检出至少1种病原体阳性者1 561例,阳性率为45.02%。检出细菌6种、病毒5种。细菌阳性率为13.46%,主要为副溶血性弧菌(172例)、沙门菌(143例);病毒阳性率为27.75%,主要为诺如病毒(471例)、轮状病毒(312例)。阳性例数呈较明显的夏季高峰和秋冬季高峰,秋冬季病毒阳性率高于细菌,夏季细菌阳性率高于病毒,差异均有统计学意义(P<0.05)。分层分析显示,病毒阳性组中,各年龄组均以11月至次年2月阳性数构成比最高,但各年龄组阳性数构成比差异无统计学意义(P>0.05)。细菌阳性组中,各年龄组均以6-9月阳性数构成比最高,且各年龄组阳性数构成比差异有统计学意义(P<0.05)。发热比例细菌阳性组(19.06%)高于病毒阳性组(10.91%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论 上海地区腹泻病原谱较为广泛,季节高峰明显,应针对重点人群在不同季节对病原体加强相应的监测与防控。     

Morbidity and Mortality Associated with Typhoid Fever Among Hospitalized Patients in Hyderabad District,Pakistan, 2017-2018: Retrospective Record Review

BackgroundHyderabad, Pakistan, was the first city to witness an outbreak of extensively drug resistant (XDR) typhoid fever. The outbreak strain is resistant to ampicillin, chloramphenicol, trimethoprim-sulfamethoxazole, fluoroquinolones, and third-generation cephalosporin, thus greatly limiting treatment options. However, despite over 5000 documented cases, information on mortality and morbidity has been limited.ObjectiveTo address the existing knowledge gap, this study aimed to assess the morbidity and mortality associated with XDR and non-XDR Salmonella serovar Typhi infections in Pakistan.MethodsWe reviewed the medical records of culture-confirmed typhoid cases in 5 hospitals in Hyderabad from October 1, 2016, to September 30, 2018. We recorded data on age, gender, onset of fever, physical examination, serological and microbiological test results, treatment before and during hospitalization, duration of hospitalization, complications, and deaths.ResultsA total of 1452 culture-confirmed typhoid cases, including 947 (66%) XDR typhoid cases and 505 (34%) non-XDR typhoid cases, were identified. Overall, ≥1 complications were reported in 360 (38%) patients with XDR typhoid and 89 (18%) patients with non-XDR typhoid (P<.001). Ileal perforation was the most commonly reported complication in both patients with XDR typhoid (n=210, 23%) and patients with non-XDR typhoid (n=71, 14%) (P<.001). Overall, mortality was documented among 17 (1.8%) patients with XDR S Typhi infections and 3 (0.6%) patients with non-XDR S Typhi infections (P=.06).ConclusionsAs this first XDR typhoid outbreak continues to spread, the increased duration of illness before hospitalization and increased rate of complications have important implications for clinical care and medical costs and heighten the importance of prevention and control measures.     

一起食源性疾病暴发事件分离的2种血清型沙门菌的病原学分析

目的 对一起食源性疾病暴发事件中分离的2种血清型沙门菌进行病原学分析。方法 采集2022年9月8日某学校暴发事件中病例肛拭子11件、可疑污染食品13件和环境样本10件；对病例肛拭子分别使用亚硒酸盐煌绿增菌液和脑心浸液肉汤（BHI）进行增菌培养，在完成常见肠道病原菌荧光PCR检测后，根据结果开展相应致病菌的分离培养；对可疑污染食品参照食品安全国家标准进行检测；每份肛拭子样本和食品样本均挑取多个疑似沙门菌菌落进行血清学凝集和全基因组测序；根据全基因组测序结果确定沙门菌血清型，基于菌株核心基因组单核苷酸多态性（SNP）进行聚类分析。结果 病例肛拭子和可疑污染食品沙门菌检出率分别为9/11和5/13，其中4例病例肛拭子和4件可疑污染食品样本均分离到2种血清型沙门菌（乌干达沙门菌和伊迪坎沙门菌），其余阳性样本分离沙门菌均为单一乌干达沙门菌血清型或单一伊迪坎沙门菌血清型。11件病例肛拭子样本接种BHI增菌液后12 h和24 h沙门菌荧光PCR检出率均为9/11，与分离培养结果一致。2种血清型沙门菌在基于核心基因组SNP构建的聚类树中形成2个相互独立且遗传距离较远的分支，而每一种血清型沙门菌也表现出基因组多态性，乌干达沙门菌之间SNP差异个数介于0~14个，伊迪坎沙门菌之间SNP差异个数介于0~23个。结论 本次事件为乌干达沙门菌和伊迪坎沙门菌共同导致食源性疾病暴发事件，基于BHI对病例肛拭子增菌并进行沙门菌荧光PCR检测的方案可在暴发中应用。     

安徽省感染性钉螺村级分布的时空聚集性分析

目的分析2006--2012年安徽省感染性钉螺分布的时空分布特点。方法收集整理2006-2012年安徽省钉螺分布监测数据,采用ArcGIS 9.3软件建立村级空间数据库,再导入SaTScan 9.1.1软件进行时空扫描聚类分析,确定感染性钉螺发生的时空热点区域。结果2006-2012年全省有8个热点区域为感染性钉螺的聚集区,分布于长江安徽段及其支流流域,从上游至下游均有分布;其中2006年、2006-2008年、2007-2009年和2009-2011年分别出现了1、5、1和1个区域。感染螺环境出现率由2006年6.2%下降到2012年o.5%。结论2006-2012年安徽省感染性钉螺呈现聚集性分布并有下降态势,探测的热点区域为血吸虫防制的重点区域。     

广东省2007-2016年人源沙门菌流行现状及病原学特征

目的 了解广东省人源沙门菌1,4,[5],12：i：-的流行现状、耐药性与分子特征。方法 对2007－2016年广东省沙门菌腹泻病例监测检出的人源沙门菌1,4,[5],12：i：-进行药物敏感试验、PCR检测和PFGE分型。结果 2007－2016年广东省共检出人源沙门菌1,4,[5],12：i：-2 960株,检出率逐年增多,至2015年成为广东省人源沙门菌中最主要的血清型。病例中男女性别比为1.58∶1,发病年龄以婴幼儿为主。沙门菌1,4,[5],12：i：-除对亚胺培南100%敏感外,对其他17种抗生素均有不同程度的耐药。2011－2016年对头孢他啶、头孢噻肟和环丙沙星的耐药率呈上升趋势。多重耐药现象严重,具有ASSuT多重耐药的有70.62%（435/616）,具有ACSuGSTTm多重耐药的有27.11%（167/616）。第Ⅱ相鞭毛蛋白不表达主要（75.53%）是缺失fljA、fljB和hin基因,但保留了iroB、STM2740、STM2757基因,共有8种不同的缺失方式。2 347株菌有934种PFGE谱型别,表现出较大的指纹图谱多态性,最主要的优势PFGE谱型为JPXX01.GD0226型（97株菌,4.13%）。168株沙门菌1,4,[5],12：i：-的PFGE图谱与鼠伤寒沙门菌PFGE图谱一致。结论 沙门菌1,4,[5],12：i：-已成为广东省人源沙门菌中最主要的血清型,且多重耐药现象严重,第Ⅱ相鞭毛蛋白不表达主要由缺失fljA、fljB和hin基因引起,其PFGE型别多样,呈遗传多态性。     

Molecular Typing in Public Health Laboratories: From an Academic Indulgence to an Infection Control Imperative

Using three Austrian case studies, the variegated applications of molecular typing in today''s public health laboratories are discussed to help illustrate preventive management strategies relying on DNA subtyping. DNA macrorestriction analysis by pulsed field gel electrophoresis has become the gold standard for subtyping of food borne pathogens like listeria, salmonella, campylobacter and Bacillus cereus. Using a Salmonella Mbandaka outbreak from the year 2010 as example, it is shown how the comparison of patterns from human isolates, food isolates, animal isolates and feed isolates can allow to identify and confirm a source of disease. An epidemiological connection between the simultaneous occurrence of tuberculosis in cattle and deer with cases of human tuberculosis due to Mycobacterium caprae in 2010 was excluded using mycobacterial interspersed repetitive units variable-number tandem repeats subtyping. Also in 2010, multilocus sequence typing with nonselective housekeeping genes, the so-called sequence based typing protocol, was used to elucidate connections between an environmental source (a hospital drinking water system) and a case of legionellosis. During the last decades, molecular typing has evolved to become a routine tool in the daily work of public health laboratories. The challenge is now no longer to simply type microorganisms, but to type them in a way that allows for data exchange between public health laboratories all over the world.     

山东省聊城市2020-2021年小肠结肠炎耶尔森菌食品分离株分子特征分析

目的了解 2020-2021年山东省聊城市小肠结肠炎耶尔森菌(Y.e)食品分离株分子特征。方法对聊城市市售生肉与肉制品中Y.e开展分离培养、药敏试验、毒力基因检测、PFGE和全基因组测序(WGS)。利用微生物基因组注释系统对全基因组数据进行拼接组装, 对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)和核心基因组多位点序列分型(cgMLST), 并应用基于WGS的单核苷酸多态性(wg-SNPs)分型方法与美国生物技术信息中心上获取的14株国内外Y.e的基因组进行遗传进化分析。结果 165份样品中共检出21株Y.e, 检出率为12.73%, 20株Y.e测序成功。Y.e携带多种耐药基因和毒力基因, 出现多重耐药现象, 毒力基因PCR检测显示21株Y.e呈现2种毒力基因特征;PFGE、MLST和cgMLST聚类分析显示, 21株Y.e呈高度多样性;wg-SNPs遗传进化分析显示20株Y.e可分为2个进化主分支。结论聊城市生肉与肉制品中分离的Y.e携带多种耐药基因和毒力基因, 且分子分型呈现高度多样性, 应加强生肉与肉制品中Y.e分子生物学监测, 开展基因组测序及分子分型检测工作, 为预防由Y.e引...