宁夏回族自治区2013年手足口病患者柯萨奇病毒A组10型分离株VP1区基因特征分析

目的 了解宁夏回族自治区(宁夏)手足口病(HFMD)患者中柯萨奇病毒A组10型(Cox A10)分离株的VP1区基因特征。方法 收集2013年real-time PCR 检测非EV71和非Cox A16肠道病毒标本280份,用RD细胞进行肠道病毒分离培养,分离到的毒株采用RT-PCR扩增其VP1区基因并进行核苷酸序列测定,测序结果利用BLAST进行型别鉴定。对鉴定为Cox A10的所有毒株进行VP1区基因同源性分析和进化分析。结果 从280份标本中共分离到肠道病毒36株,其中有6株鉴定为Cox A10,核苷酸和氨基酸同源性分别为97.0%~99.8%和99.0%~99.7%。与A、B、C、D各基因亚型代表株之间的核苷酸同源性分别为76.3%~77.2%、81.6%~83.1%、94.4%~98.9%和80.0%~82.3%,氨基酸序列同源性分别为92.3%~93.0%、94.0%~95.3%、98.0%~99.7%和90.6%~94.0%。系统进化显示,6株Cox A10宁夏株与C基因型代表株处于同一分支。结论 Cox A10是引起宁夏2013年HFMD的常见病原体,本次分离到的Cox A10均属于C基因型。     

2011年河南省脑炎患者柯萨奇病毒B5型分离株基因组序列分析

目的 分析河南省柯萨奇病毒B5(cvBs)分离株全基因序列,了解其遗传特性。方法 采集2例脑炎患者临床标本,分离病毒,提取病毒阳性分离物RNA,进行RT-PCR扩增,产物直接测序。利用DNAStar 5.01和Mega 5.05软件进行全基因序列拼接及亲缘进化分析。结果 获得2株CVB5分离株(03001N和17Y)全基因组序列,核苷酸长度分别为7408bP和7404 bP,两者核苷酸同源性为97%,同2010年河南CVB5分离株同源性最高,分别为98%和99%。5-UTR分别为747 bP和743 bP<;3-UTR区均为103 bP;病毒基因组编码区全长同为6558 bP,编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白,氨基酸同源性为99%。VPl区系统发生树分析显示,2株CVB5分离株进化关系较近,同近年来国内其他分离株成一簇,而2009年的河南省CVB5分离株同山东省CVB5分离株成一簇。结论河南省内存在不同CVB5株传播链的流行,此次分离株为近几年内的主要流行株。     

2009年云南省柯萨奇病毒B5分离株A210／KM／09全基因序列分析

目的分析柯萨奇病毒B5(cvB5)云南分离株A210／KIVI／09全基因序列及其遗传特性。方法设计针对CVB5引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列,利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。结果CVB5 A210／K1w09全基因组核苷酸序列长度为7 372 bp,编码含2 18,5个氨基酸残基的多聚蛋白;A210／KNU09全基因组核苷酸及所推导的氨基酸与CVB5／CCl0／10同源性最高,其同源性分别为92.5%和97.3%;而与其他CVB5毒株如17Y、19CSF、20CSF、1954／85,US、2000／CSF／KOR、03001N、CoxB5／Henard2010、CVB5／SD／09和Faulkner核苷酸和氨基酸同源性分别为80.1%一925%和95.0%一97.3%;A210／K_M／09与其他CVB5毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.3%～96.3%和85.3%,100.0%,其中与VP3、3D区段核苷酸的同源性最低。基于CVB5全长VPl基因序列进行种系进化分析,可将CVB5分为A、B、C和D4个基因型,其中C基因型可再分为CI～c4基因亚型,D基因型再分为D1。D4基因亚型。中国CVB5流行株主要聚集在C4基因亚型,国外流行株主要聚集在Dl、C2亚型。结论A2 10／KM／09分离株为C4：基因型。     

福建省2011-2014年手足口病相关病原柯萨奇病毒A组10型的分子流行病学研究

目的 了解2011-2014年福建省手足口病相关病原其他肠道病毒中优势血清型柯萨奇病毒A组10型(Cox A10)的分子流行病学特征。方法 对2011-2014年福建省确诊为其他肠道病毒感染的1525例手足口病病例咽拭子和肛拭子标本进行病毒培养和鉴定分型,扩增、测序并分析其中优势血清型Cox A10的完整VP1区基因片段。结果 共分型鉴定出407例其他肠道病毒病例,包括Cox A10病例103例(占25.3%)。Cox A10病例在2011-2014年福建省手足口病病原谱的年度构成比分别为11.0%、6.0%、18.4%和9.2%。与手足口病总体疫情相比,Cox A10病例在地区、性别、年龄组的分布上没有特异性,致重症率较高。VP1区基因序列分析显示,Cox A10福建分离株与原型株的核苷酸序列同源性较低(76.0%~77.1%),氨基酸序列同源性为91.9%~93.6%。进化分析显示,Cox A10福建分离株与原型株及国外地区分离株的亲缘关系远,与国内地区分离株的亲缘关系近。Cox A10福建分离株分布在进化树上的多个分支。结论 Cox A10为2011-2014年福建省手足口病的主要病原之一。Cox A10福建分离株与国内相应分离株同进化共循环。     

浙江省2008-2012年肠道病毒相关病毒性脑炎病原谱及分子流行病学特征分析

目的 了解2008--2012年浙汀省肠道病毒相关病毒性脑炎病原谱及分子流行病学特征。方法从监测点采集疑似病毒性脑炎患者脑脊液和粪便样本利用RD和HeP-2细胞分离病毒,采用肠道病毒标准血清定型,并对分离株VPI基因测序,进行同源性与进化分析。结果从610例患者616份样本中分离到人类肠道病毒(HEY)127株(20.6%),其中柯萨奇病毒(CV)60株,埃可病毒(ECHO：E)67株,病毒血清型分别为CVA9、CVBl、CVB3～5、E3、E4、E6、E9、E14、E25、E30。2008～2012年优势株分别为CVB3、CVB5、E6、E30和E30。各分离株VPl基因序列全长834～918个核苷酸,与相应原型株核苷酸(nt)和氨基酸(aa)的同源性分别为76.7%～85.0%和91.1%。97.9%；浙江分离株型内差异最大为E6,nt和aa差异分别为20.4%和4.8%。基于VPl基因的进化分析结果表明。浙江分离株均位于HEV-B分支上,并显示出一定地域和时问效应；E6血清型内部又分成2小分支。结论2008-2012年浙江省病毒性脑炎的主要病原为HEV-B,涉及12个血清型；不同年份优势流行株不断变化,E30为绝对优势株；浙江E6分离株存在2个亚类流行株。     

人埃可病毒20型KM/EV20/2010分离株的全基因组序列分析

目的 对人埃可病毒20型(ECHO20)KM/EV20/2010分离株全基因组进行序列测定, 并分析其分子变异和进化特点。方法 设计针对KM/EV20/2010引物, 提取病毒RNA, RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。结果 KM/EV20/2010病毒株基因组全长7 395 bp个核苷酸(nt), 5''端和3''端分别为744 nt和96 nt的非编码区, 5''和3''非编码区间为一个6 549 nt长的开放阅读框, 编码一个含2 183个氨基酸的多聚蛋白, 编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank中现有唯一1株ECHO20 JV-1原型株全基因组序列相比对, 核苷酸同源性为80.1%, 氨基酸同源性为96.7%;构建基于全长VP1基因序列的进化树图并进行基因分型分析, ECHO20可分为6个基因型, 中国分离株分属Ⅲ和Ⅳ基因型, 其中KM/EV20/2010属于基因型Ⅳ, 且6个基因型之间核苷酸的差异为9.4%～21.7%。基于全基因组序列的种系进化分析提示KM/EV20/2010分离株与ECHO20原型株JV-1遗传距离很远, 未与原型株JV-1聚簇分布, 而与ECHO30病毒株遗传距离较近。分析发现KM/EV20/2010序列在非结构区可能存在重组。结论 中国ECHO20可分为6个基因型, KM/EV20/2010分离株属于Ⅳ基因型。     

手足口病相关柯萨奇病毒A组8型全基因组序列特征分析

目的 研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型（CV-A8）全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法 对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列,采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果 序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间,与原型株比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%;与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析,可将CV-A8分为5个基因型：A、B、C、D和E,本研究11株CV-A8分属于C（1株）、D（2株）、E（8株）3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%,P2区进化树图显示,本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近,P3区进化树图显示,本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论 本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性,非衣壳区呈现重组多样性,提示CV-A8正在经历变异动态变化;CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体,因此需要进一步加强监测CV-A8。     

四川省德阳市柯萨奇病毒A组4型基因特征分析

目的分析四川省德阳市柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)的基因特征。方法对2014-2015年德阳市手足口病咽拭子标本进行病毒分离和核苷酸测序,VP1区序列与世界各地的CV-A4参考株序列构建进化树并分析基因特征。结果德阳市5株CV-A4分离株之间,VP1区核苷酸序列一致性91.5%~96.8%(推导氨基酸序列一致性97.7%~99.3%);同CV-A4原型株(High Point)比较,核苷酸序列一致性≥84.0%(推导氨基酸序列一致性≥97.0%);进化树分析显示,德阳市CV-A4分离株均为G1B基因亚型,分别与云南、上海和浙江分离株有较近的亲缘关系。G1B基因亚型内的平均核苷酸遗传距离为10.4%。结论德阳市CV-A4为G1B基因亚型,为中国大陆的优势基因亚型;VP1区核苷酸变异较大,形成不同的进化分支并在德阳市循环传播。     

云南省2009年埃可病毒6型分离株KM57-09全基因序列分析

目的 对云南埃可病毒6型(Echo6)分离株KM57-09全基因序列进行分析和研究,了解其遗传特性.方法 设计针对Echo6引物,提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列.利用Mega 5.05、RDP 3和SimPlot 3.5.1等生物学软件分析全基因序列.结果 获得KM57-09全基因组核苷酸序列长度为7419 bp,编码含2191个氨基酸残基的多聚蛋白;与其他Echo6参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3％ ～ 80.2％和93.3％～ 94.4％,与原型株D' Amor核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3％和93 6％.在基因组各个区段上,Echo6KM57-09分离株的2C和3A区,与HN-2-E25核苷酸同源性最高,分别为86.3％和85.0％,而其5'UTR、VP4、3D和3'UTR区则与CoxB5-Henan-2010核苷酸同源性最高,分别为91.7％、81.2％、89.7％和96.9％.在VP1区上,与中国其他省份分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.0％～96.0％和95.8％～ 99.0％,而与其他国家分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为77.6％ ～ 96.0％和95.2％ ～ 99.0％.进化分析发现Echo6可分为5个分支,中国分离株分属C和E分支,其中KM57 09属于E分支,且5个分支之间核苷酸的差异为15.6％ ～23.3％.3D基因序列种系进化分析以及RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析发现KM57-09序列在非结构区可能存在重组.结论 Echo6可分为5个基因型,KM57- 09分离株属于E基因型;中国大陆曾存在不同 Echo6株传播链的流行.     

金山区柯萨奇病毒A组6型基因特征分析

目的分析上海市金山区2017—2018年分离的柯萨奇病毒A组6型(Cox A6) VP1基因特征和氨基酸位点突变,为手足口病防控提供依据。方法对金山区2017—2018年采集并分离到16株Cox A6分离株VP1全长基因进行扩增、测序、序列比对,构建系统发生树,分析核苷酸和氨基酸同源性以及氨基酸位点突变。结果金山区16株Cox A6分离株均属于E2亚型同一个进化分支,16株间VP1基因核苷酸同源性为92.3%～97.7%,氨基酸同源性为98.4%～100.0%。与金山区16株分离株同源性最高的是2018年山东分离株MK357081/CHN/SD/JN/2018,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7%～99.3%和98.7%～99.7%。13株Cox A6分离株VP1氨基酸序列存在氨基酸位点变异,涉及8个氨基酸变异位点,但在抗原表位重要位点201D、243H、245R、247Y、248M和249R均未检测到抗原漂移。结论 16株Cox A6分离株核苷酸和氨基酸序列高度同源且位于E2亚型同一进化分支;Cox A6 E2亚型可能是金山区2017—2018年流行的主导基因型,金山区Cox A6 VP1存在氨基酸突变位点但未涉及关键的抗原表位。