多重PCR检测毒力型艰难梭菌的方法学研究及应用

目的建立多重PCR方法检测毒力型艰难梭菌。方法设计艰难梭菌种特异tpi引物和毒力基因tcdA、tcdB特异性引物,建立多重PCR方法。利用已知菌株,验证方法的特异性和最低检出限。与厌氧培养法、ELISA法比较其检测临床菌株和其毒素分泌的准确性。结果多重PCR方法检测艰难梭菌的最低检出浓度为0.7 pg/μ1,特异性为100%。53株厌氧培养法鉴定的艰难梭菌临床分离株,多重PCR方法检测tpi基因均为阳性,其中tcdA+/tcdB+为39株,tcdA-/tcdB-为14株。ELISA法检测毒素A/B显示23株为阳性、30株为阴性。23株ELISA法毒素A/B阳性的艰难梭菌多重PCR方法检测结果均为tcdA+/tcdB+。结论多重PCR方法可用于检测毒力型艰难梭菌具有较高的临床应用价值。     

中国部分城市艰难梭菌携带毒素基因特征分析

目的了解中国5个城市艰难梭菌携带毒素基因特征,为中国艰难梭菌感染诊治提供试验依据。方法收集2013年6月-2015年6月中国上海、杭州、宁波、郑州和南京5个城市分离自住院患者和环境表面的艰难梭菌,采用多重PCR的试验方法,对所有菌株进行tcdA/tcdB/cdtA/cdtB4个毒素基因检测,分析所携带的毒素基因特征。结果中国5个城市共成功复苏出艰难梭菌408株,371株来自患者的艰难梭菌经多重PCR检测,tcdA+,tcdB+基因阳性299株,阳性率为80.59%,tcdA-、tcdB-阳性44株,阳性率为11.86%;37株来自环境的艰难梭菌经多重PCR检测,tcdA-、tcdB-阳性15株,阳性率40.54%;tcdA-、tcdB+阳性9株,阳性率24.32%;中国部分城市的艰难梭菌携带毒素基因以A+B+毒素基因为主,产双性毒素基因占1.08%。结论研究所揭示的艰难梭菌毒素基因特征应引起临床医师高度关注,尤其是在选择以检测毒素为主的诊断技术时,应考虑不同方法检测毒素基因的能力。     

江苏地区医院艰难梭菌流行病学研究

目的通过对江苏地区两所不同规模医院的高危人群进行艰难梭菌筛查,以了解医院内艰难梭菌的感染和定植,从而为预防艰难梭菌的流行提供参考数据。方法 2015年11月对A医院和B医院高危科室的所有住院患者进行肛门拭子采样,共采集122份标本,所有的标本经厌氧培养,VIDAS荧光酶联免疫技术检测艰难梭菌毒素A/B,同时利用多重PCR检测技术测定其毒素基因。结果 A医院接受检测的104例患者中艰难梭菌培养阳性29例,阳性率为27.88%,其中感染10例、定植19例;B医院的18例患者中艰难梭菌培养阳性9例,阳性率为50.00%,其中感染1例、定植8例;38株艰难梭菌中有25株艰难梭菌A/B毒素检测阳性;多重PCR结果显示,25株为tcdA和tcdB双阳性,4株tcdA阳性tcdB阴性,9株tcdA和tcdB双阴性,38株艰难梭菌均未检测到二元毒素基因。结论江苏地区不同规模医院的高危科室均存在艰难梭菌感染和传播的风险,对高危人群的腹泻患者进行艰难梭菌的检测,有利于病情的确诊和尽快采取有效的治疗。     

Taqman实时定量PCR检测产毒艰难梭菌方法的建立

目的 建立以毒素基因A/B为靶基因的产毒艰难梭菌的快速定量检测方法.方法 通过设计艰难梭菌毒素A/B基因的特异引物及探针,建立标准产毒菌株DNA(ng)含量与Ct值的标准曲线.结果 该方法仅对产毒艰难梭菌进行特异性扩增,11种其他常见的致病菌及非产毒艰难梭菌均不能扩增; tcdA和tcdB基因扩增标准曲线线性关系R值分别为0.9975、0.9984,检测低限均为2.5×10-3ng.结论 该研究建立的方法具有快速、灵敏、特异性高等优点,可用于艰难梭菌毒素基因的定量检测.     

学龄前患儿艰难梭菌毒素基因分型及患儿临床特点分析

目的探讨学龄前患儿艰难梭菌毒素基因分型及患儿临床特点。方法选取2017年10月—2020年10月在嘉兴市第二医院儿科住院的148例腹泻患儿为研究对象,所有患儿均留取48 h内粪便,将粪便标本置于-80℃冰箱中,进行艰难梭菌培养,实时荧光定量PCR完成DNA提取及毒素基因检测,酶联免疫吸附法测毒素A/B。结果148例腹泻患者的粪便标本培养出24株艰难梭菌,分离率16.21%。发现粪便标本培养阳性及培养阴性患儿近2个月抗生素使用情况、血红蛋白含量、白蛋白含量及粪便性状差异有统计学意义(P<0.05)。用PCR法对24株艰难梭菌毒素基因检测,tcdA和tcdB均为阳性菌株9株(37.50%),均为阴性3株(12.50%)。tcdA或tcdB阳性有12株(50.00%),其中tcdA^(-)tcdB^(+)菌株9株,tcdA^(+)tcdB^(-)菌株3株。酶联免疫吸附法检测,测得毒素阳性21例,阳性率为87.50%,其中毒素A^(+)B^(-)9例,毒素A^(+)B^(+)6例,毒素A^(-)B^(+)6例。建立logistic回归模型分析,抗生素过去2个月、白蛋白与粪便性状是艰难梭菌感染的危险因素(P<0.05)。结论艰难梭菌培养以产毒株tcdA^(-)tcdB^(+)、A^(+)B^(-)为主,艰难梭菌感染与抗生素过去2个月、白蛋白与粪便性状体有关,为艰难梭菌监测、预防具有指导价值。     

腹泻患儿艰难梭菌感染的调查研究

目的调查苏州市腹泻患儿艰难梭菌感染(CDI)的状况并分析其相关因素,为降低其感染率提供参考依据。方法以2013年6-10月在苏州大学附属儿童医院消化科住院的腹泻患儿共176例作为研究对象,采用实时荧光PCR方法检测艰难梭菌看家基因tpi及A/B毒素基因tcdA/tcdB进行艰难梭菌初筛及致病性诊断,探讨其危险因素。结果在176例腹泻患儿中初筛艰难梭菌阳性34例,阳性率为19.32%,确诊CDI 22例,感染率12.50%,其中男性占59.09%、女性占40.91%;统计分析表明年龄、性别、城乡分布及有无抗菌药物应用史差异均无统计学意义。结论腹泻患儿中艰难梭菌感染率较高,艰难梭菌感染率与患儿年龄、性别、城乡分布及抗菌药物应用史无显著相关。     

郴州市住院腹泻患者艰难梭菌感染状况及其基因特征

目的 通过对住院腹泻患者粪便中艰难梭菌的分离培养和毒力基因检测及分型,了解郴州市住院腹泻患者艰难梭菌感染状况。方法 收集2020年10-12月湘南学院附属医院、郴州市第一人民医院和郴州市第三人民医院住院腹泻患者粪便标本306例,厌氧培养法分离艰难梭菌菌株,采用荧光聚合酶链反应(RT-PCR)检测A、B毒素基因tcdA、tcdB及二元毒素基因cdtA、cdtB,并对分离的艰难梭菌菌株进行多位点序列分型(MLST)。结果 郴州市住院腹泻患者产毒艰难梭菌核酸阳性率为8.17%(25/306),>60岁患者感染风险更高(χ²=5.499,P=0.019); 306份标本中分离出17株艰难梭菌,粪便标本荧光PCR检测有25份阳性,二者比较有统计学差异(P=0.008),毒力基因检测均为tcdA⁺tcdB⁺,未检出二元毒素;选取7株艰难梭菌进行MLST分型,分出5个ST型,ST54型(3株)、ST129型(1株)、ST98型(1株)、ST53(1株)和ST631(1株)。结论 郴州市住院腹泻患者艰难梭菌感染率较低,感染毒素类型...     

昆明地区2018-2020年腹泻患者中艰难梭菌感染特征分析

目的对2018-2020年昆明地区腹泻患者中艰难梭菌感染特征进行分析, 为后续监测和防治提供数据支持。方法收集2018-2020年云南省4家哨点医院腹泻患者粪便标本共388份, 使用实时荧光定量PCR方法进行艰难梭菌粪便毒素基因检测, 对结果阳性的粪便标本进行菌株的分离, 用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴定菌株。提取分离菌株的基因组DNA进行多位点序列分型(MLST)。分析毒素阳性和菌株分离阳性与患者的临床特征以及艰难梭菌阳性与其他病原共感染的情况。结果 388份粪便标本中, 艰难梭菌内参tpi基因阳性标本47份, 总阳性率为12.11%。其中, 非产毒艰难梭菌4份(8.51%), 产毒艰难梭菌43份(91.49%)。47份阳性标本分离得到18株艰难梭菌, 阳性标本的分离率为38.30%。其中tcdA、tcdB、tcdC、tcdR和tcdE基因均为阳性的菌株14株。18株艰难梭菌的二元毒素均为阴性。所有分离菌株的MLST结果共形成10种序列型(ST), 其中ST37型5株(27.78%);ST129、ST3、ST54和ST2型各2株;ST35、ST532、ST48、ST27和ST3...     

中美艰难梭菌A-B+株毒力编码区域转录及B毒素表达的研究

目的研究中国艰难梭菌A-B+型分离株BJ08和美国艰难梭菌A-B+型暴发流行株US1的毒力编码区域PaLoc各基因转录及B毒素的表达,为预防和控制中国可能暴发的艰难梭菌感染提供理论支持。方法每隔3 h提取BJ08与US1艰难梭菌和培养上清,用荧光定量聚合酶链反应（PCR）法测定各时间段两菌株毒力编码区域PaLoc各基因（tcdA、tcdB、tcdC、tcdR、tcdE）的表达;用酶联免疫吸附试验（ELISA）法检测BJ08和US1各时间段的细胞和培养液上清中B毒素的含量。结果US1的生长速率稍快于BJ08,衰退速率显著快于BJ08（P＜0.05）;它们都不表达A毒素,但是都检测到tcdA基因的转录,而且tcdA转录没有明显差异。BJ08的tcdB、tcdC和tcdE基因的转录要比US1早3 h。B毒素在两种菌株的胞内和胞外合成或分泌没有明显差异。结论中国艰难梭菌A-B+型高分离株BJ08与美国艰难梭菌A-B+型暴发流行株US1相比,有相似的毒力表达或更强的基因调控能力,要警惕中国艰难梭菌BJ08暴发流行的可能。     

多重聚合酶链反应方法检测艰难梭菌毒素基因研究

目的探讨同时检测艰难梭菌毒素A、B基因和二元毒素基因的多重聚合酶链反应(PCR)方法。方法收集2014年1-9月医院120例住院腹泻患者的粪便标本,用艰难梭菌选择性培养基CCFA分离培养艰难梭菌;采用法国生物梅里埃公司厌氧菌鉴定试剂盒鉴定;采用酶免夹心与终点荧光检测相结合技术(ELFA),检测艰难梭菌毒素A、B基因,并分析其毒素特征;将艰难梭菌纯培养出的菌落用多重PCR方法测定艰难梭菌的毒素A、B基因和二元毒素基因。结果 120例腹泻患者送检粪便标本中,分离培养出19株艰难梭菌,艰难梭菌分离率达15.8%;应用免疫学方法检测毒素检出率为52.63%;用多重PCR方法艰难梭菌A、B毒素基因检出率为94.7%;15例患者送检粪便标本检测艰难梭菌A、B毒素阳性中,10株分离培养并鉴定出艰难梭菌;105例患者送检粪便标本检测艰难梭菌A、B毒素阴性中,有9例分离培养并鉴定出艰难梭菌。结论利用多重PCR检测艰难梭菌毒素A、B基因和二元毒素基因,较传统的免疫学方法敏感性高,能够准确地区分艰难梭菌毒素基因的类型,多重PCR是一种快速、特异的一步筛选艰难梭菌毒素基因的方法。     

基于降噪风险基因网络的生存风险基因筛选

目的 对基于降噪风险基因网络的生存风险基因筛选算法CoxLASSO-ISIS-N的表现作出评价,并与其他5种算法进行比较,分析算法的优劣,以期为高维基因表达数据的生存风险基因筛选提供一种新的思路.方法 针对带有噪声的高维基因表达数据的生存风险基因筛选问题,分别利用模拟数据和真实数据,对6种算法(CoxLASSO、Cox...     

An ancestry‐based approach for detecting interactions

1 Background

Epistasis and gene‐environment interactions are known to contribute significantly to variation of complex phenotypes in model organisms. However, their identification in human association studies remains challenging for myriad reasons. In the case of epistatic interactions, the large number of potential interacting sets of genes presents computational, multiple hypothesis correction, and other statistical power issues. In the case of gene‐environment interactions, the lack of consistently measured environmental covariates in most disease studies precludes searching for interactions and creates difficulties for replicating studies.

2 Results

In this work, we develop a new statistical approach to address these issues that leverages genetic ancestry, defined as the proportion of ancestry derived from each ancestral population (e.g., the fraction of European/African ancestry in African Americans), in admixed populations. We applied our method to gene expression and methylation data from African American and Latino admixed individuals, respectively, identifying nine interactions that were significant at . We show that two of the interactions in methylation data replicate, and the remaining six are significantly enriched for low P‐values ().

3 Conclusion

We show that genetic ancestry can be a useful proxy for unknown and unmeasured covariates in the search for interaction effects. These results have important implications for our understanding of the genetic architecture of complex traits.     

维生素D受体和雌激素受体的基因与骨质疏松

骨质疏松症是以低骨量和骨组织微结构退化为特征的全身性疾病,与众多因素有关,而遗传是其中的重要决定因素。在目前研究的若干侯选基因中,维生素D受体基因与雌激素受体基因最受瞩目。该文就维生素D受体基因,雌激素受体基因与骨质疏松的关系及这两个基因之间的协同作用进行综述,从而阐明维生素D受体基因与雌激素受体基因在骨质疏松症发病机制中的作用。     

基因芯片技术及其在遗传毒理中的应用

基因芯片 (genechip)也被称之为DNA微阵列 (DNAarray) ,寡核苷酸微芯片 (oligonucleotidemicro chip)或寡核苷酸微阵列 (oligonucletidearray)。基因芯片技术是近年来发展起来的一项新技术 ,在生命科学研究中有着广泛的应用前景 ,可用于基因测序、基因表达、基因诊断、基因多态性分析等研究。本文介绍基因芯片的原理、类型、制备、工艺流程及其在遗传毒理上的应用     

纳米级与微米级二氧化硅粉尘对小鼠胚胎毒性的比较研究

目的比较研究纳米级(nm-)与微米级二氧化硅粉尘(μm-SiO2)对小鼠胚胎的影响,并观察胚胎Connexin32(Cx32)和Cx40基因有无点突变改变。方法5个实验组(零剂量粉尘组、μm-SiO250mg/m3组、μm-SiO2200mg/m3组、nm-SiO250mg/m3组、nm-SiO2200mg/m3组)共25只雌性小鼠,妊娠0日(E0)至E17日连续呼吸道染尘,观察妊娠期间母鼠体重变化,E18日取出胚胎,观察胚胎发育情况,并采用常规聚合酶链式反应(PCR)、聚合酶链式反应-单链构像多态性(PCR-SSCP)技术对胚胎的Cx32和Cx40基因进行点突变检测。结果E18日,各染尘组的母鼠体重均显著低于对照组;各染尘组的胚胎数、活胎数、胚胎体重显著低于对照组,nm-SiO2200mg/m3组活胎数显著低于nm-SiO250mg/m3组和μm-SiO2200mg/m3组,nm-SiO2200mg/m3组胚胎体重显著低于μm-SiO2200mg/m3组;nm-SiO2200mg/m3组死胎率和吸收胎率均显著高于对照组。Cx32和Cx40基因经检测未发现有突变者。结论SiO2粉尘具有小鼠胚胎毒性,微米级粒子粒径改变为纳米级后,毒性作用增强,且纳米级SiO2粉尘对小鼠胚胎有致死作用。两种粒径的二氧化硅粉体均未发现有致Cx32和Cx40基因点突变。     

分型基因芯片检测疟原虫的研制及应用

目的 研制快速检测间日疟原虫和恶性疟原虫等并可进行分型的基因芯片。方法 筛选疟原虫高度保守而且具有种属特异性的瓣RNA基因片断为探针，制备疟原虫诊断和分型的基因芯片；检测时提取标本中的疟原虫核酸，用不对称PCR技术进行扩增和荧光标记，然后与检测芯片杂交，进行扫描和分析。结果 建立的疟原虫检测芯片能特异和敏感的对间日疟原虫和恶性疟原虫诊断及分型。结论 成功制备用于疟原虫快速侦检和分型的基因芯片，对疟疾的预防和控制具有重要意义。     

二噁英对HepG2和SPC-Al细胞P53和P38 MAPK基因表达的影响

[目的] 探讨二(口恶)英(TCDD)对人体肝癌细胞株(HepG2)和肺腺癌细胞株(SPC-A1)中P53基因和P38 MAPK基因表达的影响,并研究剂量与效应的关系.[方法] 用常规的细胞培养方法,利用RT-PCR方法对2种基因进行表达,并以β-actin作为内对照.对基因表达的强度进行比较分析.[结果] P38 MAPK基因在2种细胞中都有表达,在HepG2中,P38 MAPK基因表达随浓度1、 5、 10、 20 nmol/L增加先抑后扬(表达值分别为0.900、 0.820、 1.260、 0.898,P＜0.05),而在SPC-A1中差异无显著性(表达值分别为0.898、 0.919、 0.808、 0.846,P＞0.05).P53基因在人体肝癌细胞株(HepG2)中有表达,并随浓度增加而上调(表达值分别为0.764、 0.890、 1.099、 1.218、 1.405,P＜0.05)而在肺腺癌细胞株(SPC-A1)中未见表达.[结论] 二英对人体肝癌细胞株(HepG2)中P53基因和P38 MAPK基因有诱导作用,在肺腺癌细胞株(SPC-A1)中仅见对P38 MAPK基因有诱导作用,P53蛋白未见阳性表达.     

HLA-DM基因多态性与子痫前期的相关性

目的 探讨HLA-DM基因多态性与子痫前期的相关性.方法 用序列特异性寡核苷酸探针杂交聚合酶链反应方法分别测定35例子痫前期患者及63例正常孕妇的HLA-DM基因型.结果 HLA-DMB*0103基因频率在子痫前期组比正常妊娠组明显升高,差异有显著性(x2=4.38,P＜0.05),其他各等位基因频率在两组间差异无显著性(P＞0.05).结论 HLA-DMB*0103频率在子痫前期患者中明显增多,提示HLA-DMB*0103可能为子痫前期的易感基因.     

基因芯片在妊娠相关疾病研究中的应用

基因芯片技术以信息量大、处理速度快、所需样品少、污染少等优点被广泛用于药物的筛选、新药的研制开发、疾病的诊断。该文通过几个方面对基因芯片在妊娠相关疾病中的应用加以综述。     

胶东地区金黄色葡萄球菌消毒剂抗性基因的研究

目的 了解胶东地区临床分离的金黄色葡萄球菌中消毒剂抗性基因携带情况,为临床选择合适消毒剂提供理论依据.方法 采用VITEK-2 Compact自动微生物分析仪鉴定金黄色葡萄球菌；聚合酶链反应(PCR)检测509株金黄色葡萄球菌中mecA、qacA/B和qacC基因的分布.结果 509株金黄色葡萄球菌mecA、qacA/B和qacC基因的阳性率分别是57.9％、36.9％、8.8％;而在金黄色葡萄球菌mecA基因阳性(耐甲氧西林金黄色葡萄球菌)和阴性(甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌)中,qacA/B基因的阳性率分别为50.5％和18.2％,qacC基因的阳性率则分别为9.2％和8.4％.结论 胶东地区分离的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌中,qacA/B基因的携带率较高,且分布广泛,应引起感染控制部门的重视.