应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因

目的:利用基因芯片技术筛选胃腺癌组织和癌旁正常组织间的差异表达基因．方法:分别抽取胃腺癌组织和癌旁正常组织的总RNA．采用逆转录的方法,制成cDNA链, 并以两种荧光Cy5和Cy3标记后作为探针,与含有14 784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交．以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,并用计算机处理和分析．结果:在14 784条基因中,4例胃腺癌组织和癌旁正常组织共同差异表达基因29条,其中上调基因10条,下调基因19条,上调的基因中有2 条功能信息不明．结论:胃腺癌发生过程中有多基因的参与,胃腺癌与癌旁正常组织共同差异表达的29条基因可能与胃癌的发生、发展有关．     

应用高通量基因表达谱芯片研究替米沙坦对成熟脂肪细胞的影响

目的应用基因表达谱芯片技术筛查替米沙坦独立干预下成熟脂肪细胞的差异表达基因,进而对替米沙坦作用下成熟脂肪细胞的功能变化进行预测。方法将3T3-L1前脂肪细胞诱导为成熟脂肪细胞并进行替米沙坦（0．1mg／L）干预,Trizol一步法提取总RNA并纯化,反转录合成荧光分子（Cy3／Cy5）标记的cDNA探针,分别与含有36000个基因或基因片段的高通量小鼠全基因组寡核苷酸微阵列芯片杂交,杂交信号经扫描和数字化处理,筛选替米沙坦干预组与对照组成熟脂肪细胞间的差异表达基因,进而通过生物信息学数据分析推测替米沙坦独立作用下对于成熟脂肪细胞功能的影响以及可能信号途径。结果共筛选157个差异表达基因,其中表达上调的基因86个,表达下调的基因71个,这些基因涉及脂质代谢、细胞分化及成脂过程以及脂肪细胞分泌,其基因功能可能参与替米沙坦对于脂肪细胞功能的独立影响。通过信号通路的生物信息学分析,包括细胞-细胞受体相互作用、细胞黏附分子、脂肪细胞因子信号途径、氧化应激等与脂肪细胞分泌有关的途径均受到影响。此外,替米沙坦还可能作用于脂肪细胞增殖、分化与成脂过程相关途径如Wnt信号途径、β-catenin相关途径以及Notch信号途径等。结论替米沙坦对成熟脂肪细胞可能具有独立于AT受体的特殊作用,并对细胞脂质合成、代谢产生影响。     

粘着斑激酶反义寡核苷酸与胃癌细胞生长及凋亡的关系

根据FAKcDNA序列设计合成与FAKmRNA碱基序列互补的FAK反义寡核苷酸,导入BGC－823胃癌细胞,通过MTT比色法、细胞免疫化学染色法、逆转录－聚合酶链反应（RT－PCR）、细胞周期及电镜等方法,检测FAK反义寡核苷酸对人胃癌细胞的影响。结果示：①胃癌细胞生长明显受到抑制,抑制效应呈浓度和时间依赖性。②细胞内P125蛋白和FAKmRNA表达均明显下降。③经FAK反义寡核苷酸处理后BGC－823胃癌细胞发生凋亡,FCM普上可见明显的凋亡峰,电镜观察呈现凋亡早期形态改变,认为FAK反义寡核甘酸导入BGC－823胃癌细胞后,使BGC－823胃癌细胞FAKmPNA及P125蛋白表达水平下降,抑制PGC－823胃癌细胞增列,同时诱导BGC－823胃癌细胞发生凋亡。     

胃、肠肿瘤凋亡治疗研究的现状及前景

胃肠道肿瘤是我国最常见的恶性肿瘤之一,尽管近10年对胃肠肿瘤的研究取得明显进展,但早期肿瘤的诊断率还很低,中晚期肿瘤目前尚缺乏有效的治疗手段,作为中晚期胃肠肿瘤的主要治疗手段的化疗和放疗,在杀灭肿瘤细胞的同时,也损伤正常的组织细胞,疗效低,毒副作用大,寻找新的治疗手段乃当务之急。诱导肿瘤细胞凋亡而不伤及或少伤及正常组织细胞,是肿瘤治疗的新思路。消化道肿瘤的发病与肿瘤细胞凋亡的异常有密切关系[1],消化道肿瘤的凋亡治疗研究方兴未艾,并已取得明显进展。一、胃癌诱导胃癌细胞凋亡的研究起步相对较晚,大多尚处于体外细胞的研…     

采用人基因表达谱芯片筛选肺癌转移相关基因的初步研究

目的应用基因芯片技术分析人高、低转移肺巨细胞癌细胞株的基因差异表达谱，筛选与肺癌转移相关基因。方法提取人高转移肺巨细胞株95D和人低转移肺巨细胞株95C的mRNA，通过逆转录，制备分别用cy5-dUTP和cy3-dUTP进行标记的cDNA探针，并与芯片杂交。经过ScanArray3000扫描仪扫描，获取图象及对杂交信号进行数据分析，筛选出95D和95C细胞表达差异的基因谱，并对其中部分基因进行RT—PCR分析、验证。结果在所检测95C和95D细胞中，466条基因有表达差异，其中具有同-Genebank量的有108对，上调基因47对，下调基因61对。对其中KIAA1108、PGR1、JWA、S182、Jab1部分差异表达基因，经RT-PCR技术验证，结果与基因芯片基本符合。结论肺癌转移过程与多种基因作用有关，基因芯片技术可为肺癌转移相关基因的筛选，提供有效方法。     

反义寡核苷酸转染对SGC-7901胃癌细胞端粒酶活性及细胞凋亡的影响

目的：探讨端粒酶反义寡核脱氧核苷酸（PS－ASODN）对SGC－7901胃癌细胞端粒酶活性及细胞凋亡的影响。方法：脂质体介导的PS－ASODN作用于SGC－7901细胞后，台盼蓝拒染法计算细胞生长抑制剂，采用半定量TRAP－银染法检测端粒酶活性，用流式细胞仪观察细胞凋亡率及细胞周期变化，采用光镜及电镜观察细胞凋亡形态。结果：终浓度为3、2及1μM的PS－ASODN对SGC－7901细胞均有抑制作用，抑制率与对照组比较，差异有显著性（P＜0．01）；PS－ASODN转染后48h，端粒酶活性明显降低（P＜0．05）。以上抑制作用呈剂量依赖性及序列特异性。流式细胞仪检测到凋亡峰，细胞受阻于G0/G1期；光镜及电镜显示典型的细胞凋亡形态改变。对照寡核苷元上述作用。结论：以端粒酶RNA模板区为靶点的反义寡核苷不但明显抑制胃癌细胞的增殖，降低端粒酶活性，而且具有促凋亡作用，对胃癌具有重要治疗价值。     

DNA微阵矩技术研究肝纤维化差异基因表达谱变化

应用DNA微阵矩技术研究乙型肝炎肝硬化组织差异基因表达谱改变,以寻找肝纤维化相关基因,探讨肝纤维化的发病机理。抽提正常肝组织和肝硬化组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机扫描分析正常肝组织和肝硬化组织基因表达谱的差异情况。在10000个候选基因中,筛选出99条差异表达基因,表达上调的有45条,表达下调的有54条。其中未知基因9条。因此基于DNA微阵矩技术的肝纤维化基因表达谱分析能够高通量筛选与肝纤维化发生发展相关的基因。     

人胃腺癌分化相关基因的克隆与鉴定

差异显示技术可用于研究多种组织中ｍＲＮＡ的表达差异。荧光差异显示技术 (ＦＤＤ)是在放射性差异显示技术基础上发展起来的一种新的识别基因差异表达的方法 ,我们使用此方法用来筛选与胃癌分化过程中相关表达的基因。材料与方法一、细胞系人胃腺癌ＭＫＮ 2 8(高分化 )细胞 ,ＭＫＮ 45 (低分化 )细胞 ,购自日本ＲｉｋｅｎＣｅｌｌＢａｎｋ (ＲＣＢ) ,ＲＰＭＩ 16 40 ,10 %ＦＢＳ常规培养。二、ＲＮＡ提取ＭＫＮ 2 8和ＭＫＮ 45细胞按常规培养至对数生长期 ,待细胞融合约 6 0 %～ 70 %时 ,用Ｔｒｉｚｏｌ试剂 (ＧｉｂｃｏＢＲＬ公司 )处理 ,…     

核糖核酸干扰沉默生长抑制因子1基因表达对胃腺癌AGS细胞凋亡的影响

目的 探讨RNA干扰沉默生长抑制因子1(ING1)基因表达对胃腺癌AGS细胞凋亡的影响。方法人胃腺癌细胞株AGS经常规培养后分为空白对照组、阴性对照组[转染阴性对照小干扰RNA(siRNA)序列]、siRNA组（转染特异性ING1 siRNA序列）。应用免疫荧光、定量PCR和免疫印迹方法检测转染后不同时间的ING1基因表达沉默效果。应用流式细胞技术检测ING1基因表达沉默对AGS细胞凋亡的影响。结果ING1主要在AGS细胞胞质中表达。在荧光定量PCR技术检测中将空白对照组的ING1基因表达量设为1,则转染后24和40 h阴性对照组的ING1基因相对表达量分别为0.88±0.16和0.92±0.13,siRNA组ING1基因相对表达量分别为0.38±0.09和0.17±0.06。空白对照组和阴性对照组比较,P值分别=0.78和0.82。空白对照组和siRNA组比较,P值均=0.01。阴性对照组和siRNA组比较,P值分别=0.02和0.01。免疫印迹技术检测结果显示,转染后40 h AGS细胞中ING1蛋白表达水平明显下调。空白对照组AGS细胞凋亡率为11.06％±0.97％,阴性对照组、siRNA组转染40 h后AGS细胞凋亡率为11.82％±0.69％和 6.70％±0.41％。空白对照组与siRNA组比较P=0.024。空白对照组与阴性对照组比较P=0.76。阴性对照组与siRNA组比较P=0.019。结论ING1在人胃癌细胞凋亡过程中发挥重要作用,可能成为胃癌基因治疗的新靶点。     

cDNA微阵列技术检测胃肠安复方对人胃癌细胞基因表达谱的影响

目的:观察健脾类中药胃肠安复方对人胃癌细胞裸小鼠移植瘤的抑瘤作用,探讨基因表达谱芯片在中药复方对胃癌细胞多基因表达影响研究中的应用.方法:采用人胃癌细胞SGC-7901裸小鼠皮下移植瘤模型.造模1周后选瘤块直径1.5 mm以上者共16只,随机分为胃肠安复方组及0.85%氯化钠溶液对照组,每组8只.造模后41 d处死动物.通过RT-PCR反转录、同位素标记、全基因表达谱芯片方法研究胃肠安复方组与对照组人胃癌移植瘤细胞mRNA的表达差异.结果:胃肠安复方组瘤重低于对照组[(0.99±0.49)g:(1.93±0.52) g,P<0.05],胃肠安复方组抑瘤率为48.64%.全基因表达谱芯片检测比较分析示,胃肠安复方组与对照组样品间共有45个显著性差异表达基因,其中上调表达24个,下调表达21个,35个已克隆基因,10个表达序列标签.结论:健脾中药胃肠安复方抑制人胃癌细胞裸小鼠移植瘤生长,并可能对肿瘤细胞多基因表达有影响.     

alkB基因在胃癌和萎缩性胃炎黏膜组织中的表达改变

背景:DNA或RNA分子异常甲基化导致的抑癌基因沉默、突变或其他功能性障碍是胃癌发生的关键机制之一。最近研究发现alkB基因产物具有修复DNA和mRNA碱基异常甲基化、纠正基因突变、复制转录障碍等功能,但对其在胃癌及其癌前病变组织中的表达情况尚不了解。目的:探讨alkB基因在胃癌及其癌前病变组织中的表达改变。方法:收集11例胃癌、癌旁和远离癌灶正常黏膜组织以及107例慢性萎缩性胃炎和121例非萎缩性胃炎患者的内镜活检黏膜,应用基因表达谱芯片实验评估alkB基因在各组织中的表达。以逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检验上述结果。结果:与远离癌灶正常黏膜组织相比,alkB基因在胃癌中的表达降低(Ratio值为0.208);与非萎缩性胃炎黏膜组织相比,alkB基因在萎缩性胃炎黏膜组织中的表达降低(Ratio值为0.378);而alkB基因在癌旁和远离癌灶正常黏膜组织中的表达无显著差异(Ratio值为0.726)。结论:alkB基因在胃癌和萎缩性胃炎黏膜组织中的表达下调,可能参与了胃癌发生过程中基因甲基化紊乱的机制。alkB基因是有潜在研究价值的分子靶标。     

全基因组寡核苷酸芯片筛选与胰腺癌相关的基因信号通路

背景：胰腺癌的发病率有所上升,且缺乏诊断标记物和治疗措施。近年研究表明,基因信号通路在胰腺癌发病中起重要作用。目的：探讨与胰腺癌相关的基因信号通路。方法：6例经病理证实的胰腺癌及其癌旁组织纳入研究。抽提总RNA．合成两种组织探针,探针荧光标记和纯化后,与Agilent全基因组寡核苷酸芯片进行杂交,对差异基因进行生物信息学分析,筛选与胰腺癌相关的信号通路。结果：差异基因的KEGG Pathway分析发现肾细胞癌通路分类对胰腺癌最具生物学意义,其中TGFβ3、EPASI、PIK3R3、EGLN1、PGF、ETS1、VEGFB、CREBBP和PIK3R5九个关键基因的表达有显著差异（P〈0．05）。结论：胰腺癌发病与肾细胞癌通路激活密切相关,可能为胰腺癌的研究提供新的思路。     

基因芯片技术在食管癌研究中的应用进展

基因芯片技术是近几年发展起来的前沿生物技术，其高通量、快速、平行化采集生物信息的特点更是优于其他传统的技术方法，为研究肿瘤细胞生长各期与肿瘤生长相关基因的表达模式提供了强有力的工具。基因芯片技术不断应用于食管癌及其癌前疾病的研究中，为揭示食管癌发生发展的分子机制起到了巨大的促进作用．其特异的靶分子可以成为食管癌血清学诊断标记和基因治疗的靶标。现对基因芯片技术在食管癌研究中的应用进展作一简要概述。     

Periostin基因过表达对顺铂和5-氟尿嘧啶诱导人胃癌细胞凋亡的影响

背景：肿瘤细胞耐药性的产生是肿瘤化疗失败的主要原因之一。Periostin是一种基质特异性细胞黏附分子。既往研究发现,periostin除参与胃癌细胞的生长、侵袭、转移外,还能降低其对化疗药物的敏感性。目的：明确periostin基因过表达对顺铂和5-氟尿嘧啶（5．Fu）诱导人胃癌细胞凋亡的影响及其可能机制。方法：将表达人periostin全长序列的重组质粒稳定转染人胃癌细胞株SGC7901,同时设置空载体稳定转染组和未转染对照组,加入不同浓度顺铂或5-Fu处理24h,以流式细胞术检测细胞凋亡。以蛋白质印迹法检测经5μmol／L顺铂或10μmol／L5-Fu处理的SGC7901细胞的凋亡相关蛋白表达。结果：顺铂和5-Fu均能剂量依赖性地诱导SGC7901细胞凋亡,促进细胞色素c由线粒体释放至胞质,同时easpase-3激活,easpase-3底物PARP剪切增强。periostin稳定转染组SGC7901细胞对顺铂和5-Fu诱导的细胞凋亡具有显著抗性,细胞凋亡率显著低于经相同剂量化疗药物处理的空载体稳定转染组（P〈0．05）,胞质细胞色素C、cleavedcaspase-3、cleavedPARP蛋白表达亦明显下调。结论：过表达periostin基因可增强SGC7901细胞对顺铂和5-Fu诱导的细胞凋亡的抵抗能力,其抗凋亡活性与抑制线粒体依赖性凋亡途径有关。     

survivin基因shRNA真核表达载体的构建及其对人胃癌细胞株中survivin表达的影响

背景:胃癌是我国最常见的恶性肿瘤之一,survivin是凋亡抑制蛋白家族的新成员,在胃癌组织中高表达。目的:构建survivin基因短发夹RNA(shRNA)真核表达载体并观察其对人胃癌细胞株BGC823和SGC7901中survivin表达的影响。方法:根据GenBank中survivin基因序列设计并合成能转录shRNA的双链DNA序列,插入含有绿色荧光蛋白(GFP)基因和U6启动子的真核表达载体pRNAT-U6.3中,构建重组载体pRNA-shSUR。重组载体经鉴定后转染胃癌细胞株BGC823和SGC7901,以转染pRNA-shControl作为阴性对照。荧光显微镜下观察转染情况,蛋白质印迹法检测survivin蛋白表达,Annexin V-FITC/PI双染法检测胃癌细胞凋亡情况。结果:成功构建了针对survivin基因的shRNA表达载体。转染胃癌BGC823和SGC7901细胞48 h后,与阴性对照组相比,pRNA-shSUR组GFP表达增强,survivin蛋白表达受到明显抑制(P<0.05),胃癌细胞早期凋亡率明显增加。结论:成功构建靶向survivin基因的特异性shRNA真核表达载体,转染胃癌细胞后可抑制survivin蛋白表达并促进细胞凋亡,为进一步研究survivin基因与胃癌生物学行为以及化疗耐药等的相关性奠定了基础。     

稳定干扰鸟苷酸环化酶C基因表达的人胃腺癌细胞株的筛选和建立

背景：正常胃黏膜组织不表达肠上皮细胞特异性受体鸟苷酸环化酶C（GC-C）,但肠化生、异型增生和胃腺癌组织存在GC-C异位表达。目的：筛选并建立GC-C特异性短发夹RNA（shRNA）稳定转染的胃腺癌细胞株。方法：构建靶向GC-C基因的shRNA表达载体,以脂质体法转染胃腺癌细胞株SGC-7901．实时荧光定量RT-PCR和蛋白质印迹法分别检测GC—CmRNA和蛋白表达。G418筛选阳性克隆并建立GC—CshRNA稳定转染的SGC．7901细胞株．并行RT-PCR鉴定。结果：GC—CshRNA可抑制SGC-7901细胞株的GC—C基因表达．以GC—Csh3的抑制效果最佳．转染48h后的GC—CmRNA和蛋白沉默率分别为77．0％和62．2％。有效筛选并建立了GC-CshRNA稳定转染的SGC-7901细胞株．GC-CmRNA沉默率为65-3％。结论：成功建立了GC-CshRNA稳定转染的SGC-7901细胞株．为下一步研究奠定了基础。     

己酮可可碱对非酒精性脂肪性肝炎大鼠肝脏基因表达谱的影响

己酮可可碱（PTX）可减轻高脂饮食大鼠脂肪性肝炎和肝纤维化的程度,但其作用机制尚未明确.目的：探讨PTX对非酒精性脂肪性肝炎（NASH）大鼠肝脏基因表达谱的影响.方法：24只Spragu-Dawley大鼠在高脂饮食4周后随机分为模型组（n=12）和PTX干预组（n=12,PTX每天100 mg/kg）,并继续予高脂饮食;6只普通饮食饲养大鼠作为对照组.于实验第24周处死大鼠,应用含15 650条基因的大鼠U230A芯片检测肝脏基因表达的改变.结果：与模型组相比,PTX干预组共出现370条差异表达基因,其中模型组较对照组上调而PTX干预后下调的基因57条,主要包括炎症/免疫反应相关基因、细胞信号转导相关基因、细胞外基质和细胞黏附分子基因、代谢酶和生物转化相关基因、离子通道/运输蛋白基因等;模型组较对照组下调而PTX干预后上调的基因25条,其功能涉及细胞信号转导、脂质代谢、生物转化等.结论：PTX可能通过影响NASH大鼠肝脏多种结构和功能基因的表达而有助于NASH和肝纤维化的防治.     

IL-17A在胃癌中的表达及其对胃癌细胞增殖、凋亡的影响~

背景:白细胞介素-17A(IL-17A)在炎症反应中发挥重要作用。既往研究发现IL-17A基因多态性与某些亚型胃癌的发生风险增加有关。目的:探讨IL-17A在胃癌中的表达及其对胃癌细胞增殖、凋亡的影响。方法:以免疫组化法和RT-PCR法分别检测胃癌组织、相应癌旁非癌组织以及胃癌细胞株的IL-17A表达。以不同浓度重组人IL-17A处理胃癌细胞株SGC7901,以MTT法检测细胞增殖,以流式细胞术检测细胞凋亡,以real-time RT-PCR检测细胞中的IL-6、基质金属蛋白酶-13(MMP-13)mRNA表达。结果:胃癌组织中IL-17A阳性细胞数较相应癌旁非癌组织显著增多(P0.05),且主要表达于炎性细胞和血管内皮细胞,在胃癌细胞株中无表达。重组人IL-17A可刺激SGC7901细胞增殖,抑制H_2O_2诱导的细胞凋亡,并上调其IL-6、MMP-13 mRNA表达。结论:IL-17A可直接或通过诱导炎症信号通路分子间接促进胃癌进展。     

氧化型低密度脂蛋白诱导血管内皮细胞基因表达谱的改变

通过对氧化型低密度脂蛋白诱导血管内皮细胞基因表达谱改变的研究，为阐明氧化型低密度脂蛋白致内皮细胞功能障碍及动脉粥样硬化形成的分子机制提供科学依据。采用含有4000条全长已知人类基因cDNA以及96条参照基因cDNA克隆制作的基因表达谱芯片，筛查氧化型低密度脂蛋白（100mg/L)作为24h对人脐静脉血管内皮细胞的基因表达谱改变的影响。结果显示，氧化型低密度脂蛋白可诱导1条基因表达下调（泛肽激活酶），3条基因表达上调（血清和糖皮质激素诱导的蛋白激酶、热休克蛋白70和KDRF）。结果发现，在氧化型低密度脂蛋白作用的早期阶段可诱导内皮细胞相关基因的表达改变；首次发现氧化型低密度脂蛋白可诱导内皮细胞KDRF、泛肽激活酶和血清和糖皮质激素诱导的蛋白激酶基因表达改变，为揭示氧化型低密度脂蛋白引起血管内皮细胞功能障碍的机制提供了研究成果。     

生存素反义寡脱氧核苷酸对人胃癌细胞株凋亡的影响

背景：生存素（survivin）是凋亡抑制蛋白（IAP）基因家族成员之一，在多数肿瘤组织中高表达。目的：观察生存素反义寡脱氧核苷酸（ASODN）对人胃癌细胞株凋亡的影响。方法：将体外培养的人胃癌细胞株SGC-7901分为不同浓度生存素ASODN组、无关寡脱氧核苷酸（N-ODN）组和对照组。以四甲基偶氮唑蓝（MTT）试验检测生存素ASODN对SGC-7901细胞生长的影响；通过形态学观察、DNA电泳和流式细胞仪分析反映细胞凋亡情况；以端粒重复序列扩增-酶联免疫吸附测定（TRAP-ELISA）方法检测端粒酶活性。结果：生存素ASODN能抑制SGC-7901细胞生长，诱导细胞凋亡，抑制端粒酶活性。凋亡细胞形态学上表现为细胞膜起泡、染色质固缩、核碎裂、凋亡小体形成；DNA电泳呈现凋亡特征性阶梯状条带；流式细胞仪分析显示G1期前出现亚二倍体凋亡峰。结论：生存素ASODN能诱导人胃癌细胞株SGC-7901凋亡，抑制细胞生长及其端粒酶活性。