68例智力低下/发育迟缓患儿基因组拷贝数变异分析

目的应用单核苷酸多态性微阵列技术(single nucleotide polymorphism microarray technology, SNP array)对不明原因智力低下/发育迟缓患儿进行全基因组拷贝数变异(copy number variations, CNVs)分析, 明确致病性CNVs所致染色体失衡, 并分析CNVs的致病机制, 为遗传咨询及产前诊断提供理论基础。方法根据入组标准, 收集智力低下/发育迟缓患儿68例, 应用SNP array对患儿进行染色体基因组CNVs检测, 对检出的CNVs通过对比国际公认基因组数据库, 参考美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)变异分类指南(2019), 判断CNVs的临床意义。结果 68例不明原因智力低下/发育迟缓患儿中, 24例患儿明确诊断, 共检出27个致病性CNVs, 包括11个重复和16个缺失, 分布于16条染色体, 涉及11种综合征。SNP array技术对不明原因的智力低下/发育迟缓患儿的诊断率为35.3%(24/68)。结论染色体基因组CNVs是导致不明原因智力低下/发育迟缓发生的主要遗传学致病原因, SNP ar...     

拷贝数变异检测在产前诊断中的应用指南

致病性拷贝数变异(pathogenic copy number variation, pCNV)所导致的基因组病, 是出生缺陷的一类重要遗传学病因。目前用于检测CNV的技术主要包括染色体微阵列分析以及基于二代测序技术的拷贝数变异测序。近年来, CNV检测技术在产前诊断领域得到了广泛的应用。为规范这类技术的临床应用, 我们制订了将CNV检测应用于产前诊断的指南, 内容主要包括开展CNV分析进行产前诊断的基本要求、适用范围、临床检测及咨询流程、检测技术流程等, 以更好地为患者服务。     

基于二代测序技术的基因组拷贝数变异检测在产前诊断中的应用

目的探讨拷贝数变异测序(copy number variation sequencing, CNV-seq)在产前诊断中的应用价值。方法对2018年5月至2020年12月期间采用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP-array)进行羊水染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis, CMA)的结果进行重分析, 对具有临床意义的CNVs以及非整倍体低比例嵌合的样本进行CNV-seq检测。结果对16 488例羊水CMA结果进行分析, 选取343例存留羊水的DNA样本进行CNV-seq检测, 检测成功率为100%。与CMA检测结果相比, 完全符合314例(91.5%), 部分符合4例(1.2%), 漏检25例(7.3%)。对部分符合和漏检的病例的分析提示, CNV-seq的检测盲区为SHOX基因及AZFc区域。结论 CNV-seq在产前诊断中具有准确度高、基因组覆盖度好的特点, 可稳定检测低比例嵌合, 适宜在临床推广, 但应充分了解其局限性, 针对不同人群选择最适合的产前诊断方法。     

低深度全基因组测序拷贝数变异分析技术在性发育异常患儿诊断中的应用价值

目的探讨低深度全基因组测序拷贝数变异分析(CNV-seq)技术在性发育异常(DSD)患儿诊断中的应用价值。方法纳入2019年10月至2020年10月至郑州大学第一附属医院就诊的5例身材矮小或外阴发育异常的DSD患儿。在外周血染色体核型分析、全外显子组测序(WES)、SRY基因检测的基础上, 进行CNV-seq检测以明确病因。结果患儿1和2的社会性别为女性, 染色体核型均为46, XY, WES结果为阴性, CNV-seq结果分别为46, XY, +Y(1.4)和46, XY, -Y(0.75)。其余3例患儿均携带可疑的Y染色体, 综合分析发现其核型分别为45, X[60]/46, X, del(Y)(q11.221)[40]、45, X, 16qh+[76]/46, X, del(Y)(q11.222), 16qh+[24]和45, X[75]/46, XY[25]。结论联合运用CNV-seq等分子遗传学技术明确了46, XY DSD患儿的Y染色体拷贝数变异及45, X/46, XY DSD患儿可疑Y染色体的性质, 为其临床诊疗提供了重要的依据。     

拷贝数变异分析对于不明原因智力障碍/发育迟缓患儿的诊断价值

目的:评估拷贝数变异(copy number variations,CNVs)分析在智力障碍/发育迟缓(intellectual disability/developmental delay, ID/DD)患者遗传学病因诊断中的价值。方法:对2015年1月至2019年12月本院确诊为ID/DD的530例患儿进行核型分析...     

BCL11A相关智力障碍一个家系的遗传学分析

目的探讨1家系中2例BCL11A相关智力障碍(BCL11A-ID)患者的遗传学病因。方法选取2020年6月19日, 于临沂市人民医院遗传咨询门诊就诊的1个BCL11A-ID家系为研究对象。分析先证者及家系成员的临床资料, 并进行染色体核型分析、家系全外显子组测序(trio-WES)、拷贝数变异测序(CNV-seq), 可疑变异经Sanger测序验证并进行致病性评估。结果先证者及其母亲表现为智力障碍及语言发育迟缓, 二者的胎儿血红蛋白(HbF)显著升高。WES发现先证者BCL11A基因第4外显子存在c.1327_c.1328delTC(p.Ser443Hisfs*128)杂合变异, 导致编码蛋白截短表达, Sanger测序验证该变异遗传自母亲。检索相关数据库未见报道, 为新变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)指南判定为致病性变异(PVS1+PM2+PP1)。先证者及其父母、哥哥的染色体核型分析未见异常, 先证者及其父母的CNV-seq未见异常。结论本研究确诊了先证者及其母亲为BCL11A-ID患者, c.1327_c.1328delT...     

应用CNV-Seq技术分析163例肠管回声增强胎儿的染色体拷贝数变异

目的评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing, CNV-seq)在胎儿肠管回声增强(echogenic fetal bowel, EB)孤立型及合并其他超声软指标(合并型)中的诊断价值及遗传病因分析, 为临床遗传咨询提供指导。方法以2017年12月至2021年6月就诊于本中心共163例为研究对象。采集羊水(162例)或绒毛(1例)进行CNV-Seq检测, 结合生物信息学分析其致病性CNVs情况。结果 163例中共检出13例(8.0%)阳性, 包括9例(5.5%)非整倍体及4例(2.4%)CNVs。其中孤立型EB组和合并型EB组阳性率分别为1.7%(1/58)和11.4%(12/105), 经卡方检验, 两者存在显著差异(P<0.05)。两组中各发现一例Xp22.1重复, 为女性DMD携带者, 后健康出生。合并型EB组中发现9例非整倍体及2例致病性/疑似致病性CNVs, 均引产。结论合并型EB胎儿的非整倍体及致病性CNVs阳性率远高于孤立型EB, 且大部分终止妊娠。这提示在临床上相对于孤立型EB, 需要更加关注合并型EB...     

无义变异所致X连锁精神发育迟缓患儿的基因分析

目的报道1例由IQSEC2基因变异所致的X连锁精神发育迟缓患儿,并分析IQSEC2基因的致病变异。方法先证者为男性,1岁6月龄,以"精神发育迟缓伴双眼内斜视"为主要表现。提取患儿及其双亲外周血DNA物,应用全外显子基因组测序法检测相关基因变异,并通过Sanger测序法验证。对可疑变异进行生物信息学预测。结果经全外显子基因组测序分析发现,患儿IQSEC2基因第12外显子存在一个c.3163C>T (p. Arg1055*)杂合无义变异,该变异为国内未见报道的新发变异。c.3163C>T(p.Arg1055*)变异经Mutation Taster、PROVEAN、SIFT等变异预测软件预测,结果均提示为有害变异,并经HomoloGene及BLAST系统分析IQSEC2基因编码蛋白第1055位Arg在哺乳动物及无脊椎动物中均高度保守,该氨基酸的提前终止编码可严重影响PH结构域(951-1085)的形成进而导致IQSEC2蛋白完整性严重破坏。同时经UCSF chimera软件对蛋白3D结构建模分析发现,该氨基酸的提前终止编码可导致编码蛋白结构中α螺旋、β折叠及无规卷曲等蛋白二级结构...     

一个 MECP2重复综合征家系的遗传学病因分析

目的对1个以智力发育落后、肌张力低下为主要表现的家系进行遗传学分析, 明确其遗传学病因。方法抽取该家系两例男性患者及其家系成员的外周血, 提取基因组DNA;先对1例患儿行拷贝数变异测序(copy number variation sequencing, CNV-seq), 然后用荧光定量PCR验证重复片段;随后对另1例患者及其家系成员行CNV-seq或单核苷酸多态性徽阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP array)检测。结果 2例男性患者均表现为严重肌张力低下, 运动、智力发育落后, 特别是语言发育障碍。CNV seq及SNP array分析结果提示2例男性患者存在染色体Xq28重复, 片段大小分别为0.26 Mb及0.42 Mb, 重复区间内包含MECP2基因, 确诊为MECP2重复综合征, CNV seq验证显示先证者母亲及一姐均存在Xq28区域重复, 为MECP2重复女性携带者, 1名正常男性家系成员不携带Xq28区域重复。结论染色体Xq28区域重复可能为该家系智力发育落后、肌张力低下患者的遗传学病因, 确诊为MECP2重复综...     

一例Potocki-Lupski综合征患儿的遗传学分析

目的应用全外显子组测序技术(whole exome sequencing, WES)探讨1例因染色体17p11.2重复所致的Potocki-Lupski综合征(Potocki-Lupski syndrome, PTLS)患儿的临床表型及遗传学特点。方法分析1例PTLS患儿的临床资料, 先证者为2个月男性患儿, 临床表现为纳奶差, 体重增长缓慢。应用WES对先证者的基因组DNA进行测序及数据分析, 并应用基因拷贝数变异检测(copy number variation sequencing, CNV-seq)进行验证, 同时对其父母进行CNV-seq以明确变异来源。结果 WES结果提示先证者17号染色体p11.2位置存在3.92 Mb杂合重复, 覆盖了PTLS全部区域, 经CNV-seq验证证实该杂合重复, 先证者父母CNV-seq结果正常, 表明先证者为PTLS新发变异致病。结论本研究运用WES检测了1例新发的17p11.2杂合重复所致PTLS患儿, 进一步了解PTLS的临床表型, 同时基于WES测序数据对CNV分析进一步提高了WES在罕见遗传性疾病的分子诊断能力, 为家系的遗传咨询和产...     

应用CNV-seq技术分析217例鼻骨发育不良胎儿的基因组拷贝数变异

目的评估低深度全基因组测序技术(copy number variations sequencing, CNV-seq)在鼻骨发育不良胎儿遗传学病因中的诊断价值。方法选择2017年12月至2020年12月本院发现的217例鼻骨发育不良胎儿为研究对象, 分为孤立型鼻骨发育不良组及合并其他异常组, 进行CNV-Seq检测, 并分析拷贝数变异(copy number variations, CNVs)的情况。结果在217例胎儿中共检出40例异常, 异常率为18.4%, 其中包括31例非整倍体(14.3%, 31/217)和9例CNVs(4.1%, 9/217)。孤立组共检出5例21三体(3.5%, 5/144)和2例临床意义未明CNVs(1.4%, 2/144)。合并组检出26例非整倍体(35.6%, 26/73), 包括19例21三体、6例18三体及1例13三体, 另发现5例致病性CNVs(6.8%, 5/73)以及2例临床意义未明CNVs(2.7%, 2/73)。经卡方检验, 两组差异具有统计学意义(P<0.01)。结论 CNV-Seq技术对于鼻骨发育不良的胎儿的染色体异常具有较高的...     

全基因组测序用于肾脏异常胎儿的产前诊断

目的应用全基因组测序技术对4例肾脏异常胎儿进行遗传学检测, 以寻找其可能的遗传学病因。方法对4例肾脏异常胎儿的孕妇抽取羊水及胎儿父母外周血进行DNA提取, 行全基因组测序检测, 根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)原则对数据进行判定, 拷贝数变异结果与SNP-array结果进行比对, 致病性点变异行Sanger测序验证。结果全基因组测序技术检测2例胎儿为拷贝数变异致病, 分别为染色体17q12缺失1.45 Mb和1q21.1-21.2重复1.85 Mb;2例胎儿为基因变异致病, 分别为PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.4481del(p.Asn1494Thrfs*6)复合杂合变异和BBS12: c.1372dup(p.Thr458Asnfs*5)纯合变异。SNP-array和Sanger测序结果与全基因组测序数据一致。根据ACMG遗传变异分类标准与指南, PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.448...     

一例重度智力障碍患儿的基因变异分析

目的 对1例不明原因智力障碍患儿进行遗传学分析,明确导致常染色体隐性智力障碍-27(mental retardation, non-syndromic, autosomal recessive, MRT27)的遗传学病因。方法 应用单核苷酸多态-微阵列比较基因组杂交技术以及目标基因捕获测序法对患儿进行智力障碍/发育迟缓相关基因外显子检测。结果 排除患儿基因组微缺失/微重复。目标基因捕获测序法检测到患儿的LINS1基因c.722delA(p.Asp241fs)纯合变异,父母均携带c.722delA(p.Asp241fs)杂合变异,符合常染色体隐性遗传方式。结论 LINS1基因c.722delA(p.Asp241fs)变异导致了患儿MRT27的发生。     

基因拷贝数变异与智力障碍病因学研究进展

基因拷贝数变异(copy number variations,CNVs)是指DNA片段大小从1 kb至Mb的亚微观结构变异,已成为探讨与疾病相关遗传变异的研究热点,特别是神经认知系统的遗传病,如精神分裂症、智力障碍等综合征、本文综述了基因拷贝数变异与智力障碍的关联关系和基因拷贝数变异检测技术进展在智力障碍诊断中的应用,这对揭示智力障碍发病机制有着重要意义.     

高通量测序技术在胎儿染色体拷贝数变异检测中的应用

目的探讨高通量测序技术对于除21、18、13等常见的染色体非整倍体异常外染色体拷贝数变异检测的临床意义。方法选取自愿参与无创产前检测(non-invasive prenatal test,NIPT)的孕妇37 306例,对NIPT结果提示存在基因组拷贝数变异(copy number variation,CNV)并愿意接受产前诊断的52例孕妇进行羊水穿刺,进行羊水细胞染色体核型分析及染色体微阵列芯片分析(chromosomal microarray analysis ,CMA),并对所有NIPT提示存在CNV的病例进行随访。结果在37 306份NIPT样本中共检测到CNV 78例,阳性率为2.09‰。其中52例孕妇行进一步产前诊断,共检出与NIPT结果较一致的拷贝数变异15例,阳性率达28.85%。此外,对未进行诊断的26例孕妇进行了随访,其中自然流产2例,超声提示胎儿结构畸形后选择引产2例,新生儿多发畸形1例(CMA检测结果与NIPT较为一致),异常率高达19.23%,明显高于正常活产儿的异常率。结论 NIPT提示胎儿拷贝数缺失或重复是胎儿染色体异常的高危指征,联合应用染色体核型分析及...     

基因拷贝数变异与智力障碍病因学研究进展

基因拷贝数变异(copy number variations,CNVs)是指DNA片段大小从1 kb至Mb的亚微观结构变异,已成为探讨与疾病相关遗传变异的研究热点,特别是神经认知系统的遗传病,如精神分裂症、智力障碍等综合征、本文综述了基因拷贝数变异与智力障碍的关联关系和基因拷贝数变异检测技术进展在智力障碍诊断中的应用,这对揭示智力障碍发病机制有着重要意义.     

智力障碍患儿基因起始密码c．1A>G变异的遗传学分析

目的 对1例智力障碍患儿进行基因变异分析,明确其遗传学病因。方法 对1例智力障碍患儿进行目标区域捕获测序,将测序结果与GenBank提供的标准序列进行对比,寻找基因序列的变异。对于检出的可能致病性变异,应用Sanger测序法,对患儿双亲进行验证,并分析患儿的临床遗传学特点。结果 检测出患儿ARX基因c.1A>G半合子变异;双亲验证后,证实母亲为ARX基因c.1A>G杂合变异携带者,因此患儿的变异遗传自母亲。通过检索公共数据库及本地数据库该变异未收录、也未见文献报道,ARX基因c.1A>G变异为未报道过的新变异,临床意义为"可能致病性变异"。结论 ARX基因c.1A>G(pMet1？)变异可能与患儿的智力障碍的发生相关。     

基因拷贝数变异与智力障碍病因学研究进展

基因拷贝数变异(copy number variations,CNVs)是指DNA片段大小从1 kb至Mb的亚微观结构变异,已成为探讨与疾病相关遗传变异的研究热点,特别是神经认知系统的遗传病,如精神分裂症、智力障碍等综合征、本文综述了基因拷贝数变异与智力障碍的关联关系和基因拷贝数变异检测技术进展在智力障碍诊断中的应用,这对揭示智力障碍发病机制有着重要意义.     

高通量基因测序检测染色体拷贝数变异与染色体核型分析在产前诊断中联合应用的价值

目的探讨高通量基因测序检测染色体拷贝数变异(copy number variation sequencing, CNV-seq)与染色体核型分析在产前诊断中联合应用价值。方法收集2016年1月至2018年12月在枣庄市妇幼保健院进行产前诊断的905例羊水标本的G显带核型分析和CNV-seq结果, 并对CNV-seq提示可疑致病性或临床意义未明的拷贝数变异(copy number variants, CNVs)进行变异来源的亲本分析。结果除罗氏易位引起的染色体数目异常外, CNV-seq对G显带核型分析确诊的70例染色体数目异常, 9例染色体嵌合体异常和7例染色体非平衡性结构异常均成功确诊并且额外多发现10例致病性明确的染色体微缺失/微重复。CNV-seq与G显带核型联合使用能将染色体异常阳性率从11.27%(102/905)提高到12.38%(112/905)。对33例存在可疑致病性CNVs或临床意义未明CNVs (variats of uncertain significance, VUS)胎儿样本的亲本验证分析表明, 81.82% (27/33)的胎儿可疑致病性CNVs或VUS源于...     

一例先天型佩梅病的基因组拷贝数变异分析

目的探讨1例先天型佩梅病的基因型与表型特征。方法回顾性分析1例先天型佩梅病患儿的临床、影像学及遗传学特点。结果患儿生后四肢肌张力显著减低, 眼球水平震颤渐明显, 运动发育落后, 6月龄头颅MRI提示脑白质未见髓鞘化。临床全外显子检测未发现致病性变异, 捕获测序拷贝数变chrX:102 192 246-103 045 526区域检测到大小约853 kb的片段重复, 在DECIPHER数据库中被报道与佩梅病相关, 经QPCR验证该变异来源于母亲, 为致病性变异, 确诊先天型佩梅病。结论生后四肢肌张力低、眼球震颤、运动发育落后、头颅MRI提示脑白质未见髓鞘化应考虑到先天型佩梅病可能, 进行基因检测时注意单基因点变异及拷贝数变异, 以明确诊断有利于遗传咨询。