68例智力低下/发育迟缓患儿基因组拷贝数变异分析

目的应用单核苷酸多态性微阵列技术(single nucleotide polymorphism microarray technology, SNP array)对不明原因智力低下/发育迟缓患儿进行全基因组拷贝数变异(copy number variations, CNVs)分析, 明确致病性CNVs所致染色体失衡, 并分析CNVs的致病机制, 为遗传咨询及产前诊断提供理论基础。方法根据入组标准, 收集智力低下/发育迟缓患儿68例, 应用SNP array对患儿进行染色体基因组CNVs检测, 对检出的CNVs通过对比国际公认基因组数据库, 参考美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)变异分类指南(2019), 判断CNVs的临床意义。结果 68例不明原因智力低下/发育迟缓患儿中, 24例患儿明确诊断, 共检出27个致病性CNVs, 包括11个重复和16个缺失, 分布于16条染色体, 涉及11种综合征。SNP array技术对不明原因的智力低下/发育迟缓患儿的诊断率为35.3%(24/68)。结论染色体基因组CNVs是导致不明原因智力低下/发育迟缓发生的主要遗传学致病原因, SNP ar...     

拷贝数变异检测在产前诊断中的应用指南

致病性拷贝数变异(pathogenic copy number variation, pCNV)所导致的基因组病, 是出生缺陷的一类重要遗传学病因。目前用于检测CNV的技术主要包括染色体微阵列分析以及基于二代测序技术的拷贝数变异测序。近年来, CNV检测技术在产前诊断领域得到了广泛的应用。为规范这类技术的临床应用, 我们制订了将CNV检测应用于产前诊断的指南, 内容主要包括开展CNV分析进行产前诊断的基本要求、适用范围、临床检测及咨询流程、检测技术流程等, 以更好地为患者服务。     

应用CNV-Seq技术分析163例肠管回声增强胎儿的染色体拷贝数变异

目的评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing, CNV-seq)在胎儿肠管回声增强(echogenic fetal bowel, EB)孤立型及合并其他超声软指标(合并型)中的诊断价值及遗传病因分析, 为临床遗传咨询提供指导。方法以2017年12月至2021年6月就诊于本中心共163例为研究对象。采集羊水(162例)或绒毛(1例)进行CNV-Seq检测, 结合生物信息学分析其致病性CNVs情况。结果 163例中共检出13例(8.0%)阳性, 包括9例(5.5%)非整倍体及4例(2.4%)CNVs。其中孤立型EB组和合并型EB组阳性率分别为1.7%(1/58)和11.4%(12/105), 经卡方检验, 两者存在显著差异(P<0.05)。两组中各发现一例Xp22.1重复, 为女性DMD携带者, 后健康出生。合并型EB组中发现9例非整倍体及2例致病性/疑似致病性CNVs, 均引产。结论合并型EB胎儿的非整倍体及致病性CNVs阳性率远高于孤立型EB, 且大部分终止妊娠。这提示在临床上相对于孤立型EB, 需要更加关注合并型EB...     

应用CNV-seq技术分析217例鼻骨发育不良胎儿的基因组拷贝数变异

目的评估低深度全基因组测序技术(copy number variations sequencing, CNV-seq)在鼻骨发育不良胎儿遗传学病因中的诊断价值。方法选择2017年12月至2020年12月本院发现的217例鼻骨发育不良胎儿为研究对象, 分为孤立型鼻骨发育不良组及合并其他异常组, 进行CNV-Seq检测, 并分析拷贝数变异(copy number variations, CNVs)的情况。结果在217例胎儿中共检出40例异常, 异常率为18.4%, 其中包括31例非整倍体(14.3%, 31/217)和9例CNVs(4.1%, 9/217)。孤立组共检出5例21三体(3.5%, 5/144)和2例临床意义未明CNVs(1.4%, 2/144)。合并组检出26例非整倍体(35.6%, 26/73), 包括19例21三体、6例18三体及1例13三体, 另发现5例致病性CNVs(6.8%, 5/73)以及2例临床意义未明CNVs(2.7%, 2/73)。经卡方检验, 两组差异具有统计学意义(P<0.01)。结论 CNV-Seq技术对于鼻骨发育不良的胎儿的染色体异常具有较高的...     

一例先天型佩梅病的基因组拷贝数变异分析

目的探讨1例先天型佩梅病的基因型与表型特征。方法回顾性分析1例先天型佩梅病患儿的临床、影像学及遗传学特点。结果患儿生后四肢肌张力显著减低, 眼球水平震颤渐明显, 运动发育落后, 6月龄头颅MRI提示脑白质未见髓鞘化。临床全外显子检测未发现致病性变异, 捕获测序拷贝数变chrX:102 192 246-103 045 526区域检测到大小约853 kb的片段重复, 在DECIPHER数据库中被报道与佩梅病相关, 经QPCR验证该变异来源于母亲, 为致病性变异, 确诊先天型佩梅病。结论生后四肢肌张力低、眼球震颤、运动发育落后、头颅MRI提示脑白质未见髓鞘化应考虑到先天型佩梅病可能, 进行基因检测时注意单基因点变异及拷贝数变异, 以明确诊断有利于遗传咨询。     

基于二代测序技术的基因组拷贝数变异检测在产前诊断中的应用

目的探讨拷贝数变异测序(copy number variation sequencing, CNV-seq)在产前诊断中的应用价值。方法对2018年5月至2020年12月期间采用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP-array)进行羊水染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis, CMA)的结果进行重分析, 对具有临床意义的CNVs以及非整倍体低比例嵌合的样本进行CNV-seq检测。结果对16 488例羊水CMA结果进行分析, 选取343例存留羊水的DNA样本进行CNV-seq检测, 检测成功率为100%。与CMA检测结果相比, 完全符合314例(91.5%), 部分符合4例(1.2%), 漏检25例(7.3%)。对部分符合和漏检的病例的分析提示, CNV-seq的检测盲区为SHOX基因及AZFc区域。结论 CNV-seq在产前诊断中具有准确度高、基因组覆盖度好的特点, 可稳定检测低比例嵌合, 适宜在临床推广, 但应充分了解其局限性, 针对不同人群选择最适合的产前诊断方法。     

全基因组测序用于肾脏异常胎儿的产前诊断

目的应用全基因组测序技术对4例肾脏异常胎儿进行遗传学检测, 以寻找其可能的遗传学病因。方法对4例肾脏异常胎儿的孕妇抽取羊水及胎儿父母外周血进行DNA提取, 行全基因组测序检测, 根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)原则对数据进行判定, 拷贝数变异结果与SNP-array结果进行比对, 致病性点变异行Sanger测序验证。结果全基因组测序技术检测2例胎儿为拷贝数变异致病, 分别为染色体17q12缺失1.45 Mb和1q21.1-21.2重复1.85 Mb;2例胎儿为基因变异致病, 分别为PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.4481del(p.Asn1494Thrfs*6)复合杂合变异和BBS12: c.1372dup(p.Thr458Asnfs*5)纯合变异。SNP-array和Sanger测序结果与全基因组测序数据一致。根据ACMG遗传变异分类标准与指南, PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.448...     

低深度全基因组测序拷贝数变异分析技术在性发育异常患儿诊断中的应用价值

目的探讨低深度全基因组测序拷贝数变异分析(CNV-seq)技术在性发育异常(DSD)患儿诊断中的应用价值。方法纳入2019年10月至2020年10月至郑州大学第一附属医院就诊的5例身材矮小或外阴发育异常的DSD患儿。在外周血染色体核型分析、全外显子组测序(WES)、SRY基因检测的基础上, 进行CNV-seq检测以明确病因。结果患儿1和2的社会性别为女性, 染色体核型均为46, XY, WES结果为阴性, CNV-seq结果分别为46, XY, +Y(1.4)和46, XY, -Y(0.75)。其余3例患儿均携带可疑的Y染色体, 综合分析发现其核型分别为45, X[60]/46, X, del(Y)(q11.221)[40]、45, X, 16qh+[76]/46, X, del(Y)(q11.222), 16qh+[24]和45, X[75]/46, XY[25]。结论联合运用CNV-seq等分子遗传学技术明确了46, XY DSD患儿的Y染色体拷贝数变异及45, X/46, XY DSD患儿可疑Y染色体的性质, 为其临床诊疗提供了重要的依据。     

高通量测序技术在胎儿染色体拷贝数变异检测中的应用

目的探讨高通量测序技术对于除21、18、13等常见的染色体非整倍体异常外染色体拷贝数变异检测的临床意义。方法选取自愿参与无创产前检测(non-invasive prenatal test,NIPT)的孕妇37 306例,对NIPT结果提示存在基因组拷贝数变异(copy number variation,CNV)并愿意接受产前诊断的52例孕妇进行羊水穿刺,进行羊水细胞染色体核型分析及染色体微阵列芯片分析(chromosomal microarray analysis ,CMA),并对所有NIPT提示存在CNV的病例进行随访。结果在37 306份NIPT样本中共检测到CNV 78例,阳性率为2.09‰。其中52例孕妇行进一步产前诊断,共检出与NIPT结果较一致的拷贝数变异15例,阳性率达28.85%。此外,对未进行诊断的26例孕妇进行了随访,其中自然流产2例,超声提示胎儿结构畸形后选择引产2例,新生儿多发畸形1例(CMA检测结果与NIPT较为一致),异常率高达19.23%,明显高于正常活产儿的异常率。结论 NIPT提示胎儿拷贝数缺失或重复是胎儿染色体异常的高危指征,联合应用染色体核型分析及...     

产前遗传学诊断拷贝数变异和纯合区域的数据分析解读及报告规范化共识

由致病性基因组拷贝数变异(pathogenic copy number variation, pCNV)导致的染色体微缺失、微重复综合征是胎儿出生缺陷的一个重要遗传学病因。近年来随着染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis, CMA)和基于二代测序(next generation sequencing,NGS)的基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing, CNV-seq)在产前诊断领域广泛应用,规范CNV分析流程和报告的重要性日益彰显。同时,对基因组纯合区域(regions of homozygosity,ROH)的分析和报告流程国内也亟需专业的指导意见。基于此,本组专家就CNV、ROH的数据分析流程、报告标准及报告内容等达成共识,以期规范CMA/CNV-seq等技术在产前诊断中的应用。     

采用ACMG－ClinGen新指南对单中心拷贝数变异的大样本进行回顾性分析

目的通过对单中心拷贝数变异(copy number variations, CNVs)的大样本进行回顾性分析, 探讨2019年美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)和临床基因组资源(Clinical Genome Resource, ClinGen)共同提出的《拷贝数变异解读和报告的技术标准指南》对CNVs评级以及临床实验室CNVs解读一致性的影响。方法对本中心2018年8月至2019年12月行单核苷酸多态性微阵列分析、按2011年ACMG指南评估为致病性以及不明临床意义(包括可能致病、临床意义不明和可能良性)的235例CNVs进行重新分析。4名工作人员根据2019年最新指南的解读标准重新进行分类。结果 4名工作人员重新进行CNVs临床意义分类的一致性达91%, α检验系数为0.98。对比2011年和2019年版ACMG指南对于CNVs分类的结果显示, 原致病性和临床意义不明确的变异解读基本保持一致;原可能致病和可能良性的变异重分析后90%(45/50)被分类为临床意义不明确, 差异...     

孤立型室间隔缺损胎儿的基因组拷贝数变异分析及文献回顾

目的评估拷贝数变异(CNVs)检测对于孤立型室间隔缺损(VSD)胎儿遗传学病因的诊断价值。方法选取2017年12月至2020年12月郑州大学第一附属医院超声检查发现的69例孤立型VSD胎儿, 同时检索万方、万方医学、中国知网等数据库, 2016年1月1日至2021年1月1日以室间隔缺损拷贝数变异以及产前为关键词, 连同文献报道的839例胎儿, 共计908例孤立型VSD胎儿作为研究对象。对69例胎儿进行低深度全基因组测序, 并合并文献数据进行回顾性分析。结果在908例样本中, 共检出33例致病性异常, 总体检出率为3.63%。其中包括11例(1.21%)非整倍体以及22例(2.42%)致病性CNVs。后者涉及12种综合征, 具体包括5例22q11.21缺失、2例4q末端缺失以及1例9q亚端粒缺失, 均与心脏发育相关。22例致病性CNVs胎儿中, 15例具有已知的妊娠结局, 12例为自主终止妊娠, 3例出生后室间隔自然闭合, 但其中1例具有其他异常。结论孤立型VSD的胎儿具有较高的染色体异常检出率, 因此建议对其进行CNV-seq检测。     

一例Potocki-Lupski综合征患儿的遗传学分析

目的应用全外显子组测序技术(whole exome sequencing, WES)探讨1例因染色体17p11.2重复所致的Potocki-Lupski综合征(Potocki-Lupski syndrome, PTLS)患儿的临床表型及遗传学特点。方法分析1例PTLS患儿的临床资料, 先证者为2个月男性患儿, 临床表现为纳奶差, 体重增长缓慢。应用WES对先证者的基因组DNA进行测序及数据分析, 并应用基因拷贝数变异检测(copy number variation sequencing, CNV-seq)进行验证, 同时对其父母进行CNV-seq以明确变异来源。结果 WES结果提示先证者17号染色体p11.2位置存在3.92 Mb杂合重复, 覆盖了PTLS全部区域, 经CNV-seq验证证实该杂合重复, 先证者父母CNV-seq结果正常, 表明先证者为PTLS新发变异致病。结论本研究运用WES检测了1例新发的17p11.2杂合重复所致PTLS患儿, 进一步了解PTLS的临床表型, 同时基于WES测序数据对CNV分析进一步提高了WES在罕见遗传性疾病的分子诊断能力, 为家系的遗传咨询和产...     

无创产前检测对于鉴定胎儿染色体数目结构异常及拷贝数变异的价值

目的探讨无创产前检测(NIPT)在胎儿染色体数目与结构异常及拷贝数变异(CNV)中的应用价值。方法选取2018年1月至2021年12月于郴州市第一人民医院产前诊断中心收治的46 197例孕妇为研究对象。采集孕妇外周血行NIPT, NIPT阳性孕妇经羊水细胞核型分析及拷贝数变异测序(CNV-seq)进一步鉴定, 并分析3种检测结果的一致性。结果常见染色体非整倍体异常主要来自高龄孕妇, 性染色体非整倍体异常主要来自高龄和血清学筛查临界风险或高风险孕妇, 罕见常染色体非整倍体及CNV异常主要来自血清学筛查临界风险或高风险孕妇。NIPT检测胎儿染色体异常的阳性预测值(PPV)由高到低依次为:T21(92.37%, 109/118)、T18(53.85%, 14/26)、性染色体非整倍体(45.04%, 59/131)、T13(34.62%, 9/26)、CNV(29.17%, 14/48)、罕见常染色体非整倍体(2.60%, 2/77)。结论 NIPT对于T21、T18、T13和性染色体非整倍体异常有较高的检出率, 对于罕见常染色体非整倍体及CNV异常有一定的检测价值, 能够提示一些染色体罕见...     

CNV-seq在高危孕妇产前诊断中的应用价值

目的探讨低深度全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)在高危孕妇产前诊断中的应用价值。方法选取2018年7月至2019年11月于本院就诊的271例高危孕妇为研究对象。根据无创产前检测(NIPT)的结果, 将271例高危孕妇分为NIPT阳性组(n=83)和其他异常组(高龄、唐筛高风险、NIPT两次检测失败、不良孕产史、超声提示异常、自身表型异常)(n=188), 应用CNV-seq技术对两组孕妇进行羊水细胞DNA的拷贝数变异(CNVs)检测, 同时进行羊水细胞染色体核型分析, 将二者的结果进行比对。结果在271例孕妇中, CNV-seq共检出致病性CNVs 56例(20.66%), 核型分析共发现染色体畸变52例(19.19%), 二者差异有统计学意义(P<0.05)。CNV-seq检测发现两组的CNVs的分型和分布差异具有统计学意义(P<0.05)。与NIPT阳性组相比, 其他异常组的可能致病和意义未明CNVs的占比[2.41%(2/83)vs. 5.32%(10/188)]显著偏高(P<0.05)。结论可将CNV-seq作为高危孕妇的一线产前诊断方法, 并作为羊水细...     

7q21.3微缺失致手足裂畸形一例

目的 对1例手足裂畸形(split-hand /split-foot malformation,SHFM)患儿进行分子遗传学分析。方法 应用低深度全基因组高通量测序技术(copy number variation sequencing,CNV-seq)对患儿进行染色体拷贝数变异分析,对检测到的微小基因组拷贝数变异通过实时荧光定量PCR进行验证。结果 患儿染色体7q21.3区存在一个约3.37 Mb的杂合缺失,对缺失区域内的DLX6基因应用实时荧光定量PCR技术验证,结果显示DLX6基因杂合缺失,与CNV-seq结果相符。结论 7q21.3区域内约3.37 Mb缺失可能是导致该患儿患病的原因。CNV-seq技术可为临床基因检测和产前诊断提供更有价值的信息。     

13号环状染色体1例的产前遗传学诊断

目的对1例无创产前检测(NIPT)提示的胎儿13号染色体复杂环状结构异常进行细胞及分子遗传学分析。方法选择2021年5月11日就诊于中国医科大学附属盛京医院的1例孕妇作为研究对象, 抽取其外周血样进行NIPT筛查, 对羊水细胞及孕妇夫妇的外周血样进行G显带染色体核型分析。对孕妇外周血样和羊水细胞同时进行基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)、染色体微阵列分析(CMA)和荧光原位杂交(FISH)检测。结果 NIPT检测提示胎儿13号染色体存在单体嵌合或片段缺失。G显带分析提示胎儿与孕妇的染色体核型均为47, XX, der(13)(pter→p11::q22→q10), +r(13)(::p10::q22→qter::), 孕妇丈夫核型未见异常, FISH证实了上述结果。CNV-seq和CMA检测胎儿和孕妇均未见明显异常。结论本研究胎儿的13号环状染色体遗传自孕妇, 但未合并缺失、重复、嵌合体等异常。孕妇本人及胎儿产前超声诊断均未见明显异常。     

高通量基因测序检测染色体拷贝数变异与染色体核型分析在产前诊断中联合应用的价值

目的探讨高通量基因测序检测染色体拷贝数变异(copy number variation sequencing, CNV-seq)与染色体核型分析在产前诊断中联合应用价值。方法收集2016年1月至2018年12月在枣庄市妇幼保健院进行产前诊断的905例羊水标本的G显带核型分析和CNV-seq结果, 并对CNV-seq提示可疑致病性或临床意义未明的拷贝数变异(copy number variants, CNVs)进行变异来源的亲本分析。结果除罗氏易位引起的染色体数目异常外, CNV-seq对G显带核型分析确诊的70例染色体数目异常, 9例染色体嵌合体异常和7例染色体非平衡性结构异常均成功确诊并且额外多发现10例致病性明确的染色体微缺失/微重复。CNV-seq与G显带核型联合使用能将染色体异常阳性率从11.27%(102/905)提高到12.38%(112/905)。对33例存在可疑致病性CNVs或临床意义未明CNVs (variats of uncertain significance, VUS)胎儿样本的亲本验证分析表明, 81.82% (27/33)的胎儿可疑致病性CNVs或VUS源于...     

等位基因映射识别技术在胚胎植入前遗传学检测中的应用

目的探讨在胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing, PGT)中, 等位基因映射识别技术(mapping allele with resolved carrier status, MaReCs)对于鉴别染色体平衡易位携带者胚胎易位携带状态的价值。方法采用MaReCs技术对25例相互易位和15例罗氏易位携带者的囊胚进行检测, 经过遗传咨询后择期移植可移植的囊胚, 孕16～20周行羊水穿刺检查胎儿染色体, 比较MaReCs检测与羊水检查结果的一致性。结果相互易位组和罗氏易位组囊胚的染色体拷贝数变异(copy number variations, CNVs)的正常率差异无统计学意义(28.6%vs. 32.0 %, P>0.05);分别有12例(48%)相互易位和8例(53.3%)罗氏易位携带者获得了胚胎易位携带状态的结果。已妊娠的11例羊水穿刺检测结果均与MaReCs结果一致。结论 MaReCs是一种区分平衡易位携带者胚胎易位携带状态的可靠方法, 可帮助一定比例的携带者选择完全正常的胚胎移植, 减少平衡易位向子代的传递。     

5p缺失综合征胎儿1例的产前诊断

目的对1例超声影像提示左足足内翻的胎儿进行遗传学分析, 探讨其染色体拷贝数变异与临床表型的相关性。方法选取2020年10月14日于台州医院就诊的1例5p缺失综合征胎儿为研究对象。采集胎儿的羊水及其父母的外周血样, 进行G显带核型分析, 应用拷贝数变异测序(CNV-seq)检测胎儿染色体的微缺失与微重复, 进一步用荧光原位杂交(FISH)技术进行家系验证。结果胎儿及其父母的G显带核型分析均未见明显异常, CNV-seq发现胎儿5号染色体存在23.12 Mb的拷贝数缺失, 7号染色体存在21.46 Mb的拷贝数重复, FISH进一步验证胎儿母亲为隐匿性t(5;7)(p14.3;q33)携带者, 胎儿的拷贝数变异遗传自母亲。结论 CNV-seq联合FISH技术能有效诊断出隐匿性5p缺失综合征, 避免患儿的出生, 为产前遗传咨询提供理论依据。