QF-PCR联合array-CGH在流产组织遗传学分析中的应用

目的应用定量荧光PCR技术(QF-PCR)与微阵列比较基因组杂交技术(array-CGH)联合检测流产组织的全基因组拷贝数变异,探讨其联合检测在流产及胎停胚胎遗传学病因诊断中的应用价值。方法对2016年1月至2019年6月到我院就诊的流产和胎停患者,收集其胚胎流产组织样本594例。首先对流产组织进行QF-PCR检测,然后对QF-PCR检测未发现异常的样本进行array-CGH检测。对检测结果进行回顾性分析。结果 594例流产组织进行QF-PCR检测共检出染色体非整倍体297例,异常率为50.0%。QF-PCR检测结果未见异常样本进行array-CGH检测后,又检出异常132例。两种方法联合检测的异常检出率为72.2%。结论染色体数目异常是导致胚胎流产及胎停的重要原因。QF-PCR与array-CGH联合检测流产组织的全基因组拷贝数变异可互相补充,全面分析流产及胎停胚胎的遗传学信息,对患者的病因诊断和再生育风险评估具有较高的临床价值和指导意义。     

高通量测序染色体拷贝数变异检测在359例羊膜腔穿刺产前诊断中的临床研究

目的探讨高通量测序染色体拷贝数变异检测在产前诊断中的临床价值。方法对359例有相关产前诊断指征行经羊膜腔穿刺的孕妇行细胞培养染色体核型分析和染色体拷贝数变异检测,比较两种方法的检测结果,分析其临床应用价值。结果核型分析共发现11例染色体异常,阳性率为3.1%(11/359);染色体拷贝数变异检测共发现26例染色体异常,阳性率7.2%(26/359)。细胞培养染色体核型分析正常的15例标本中,经染色体畸变技术检测3例存在微缺失/微重复。结论染色体拷贝数变异检测技术对染色体非整倍体和微缺失/微重复具有高准确性、可靠性和可重复性,对产前诊断胎儿异常具有重要临床意义。     

母源性染色体内插入致18q21.2-q22.3重复和缺失后代家系的遗传学分析

目的为1例具有全面发育障碍患儿生育史的孕妇提供产前诊断、家系分析和遗传咨询。方法选取2021年8月在西南医科大学附属医院接受产前诊断的孕妇作为研究对象, 采集先证者、孕妇及其丈夫的外周血样以及胎儿的羊水样本, 对其进行G显带染色体核型分析以及基因组拷贝数变异测序(CNV-seq), 根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南判读变异的致病性, 通过家系分析对变异进行溯源, 并评估其再发风险。结果孕妇、胎儿、先证者的染色体核型依次为46, XX, ins(18)(p11.2q21q22)、46, X?, rec(18)dup(18)(q21q22)ins(18)(p11.2q21q22)mat和46, XY, rec(18)del(18)(q21q22)ins(18)(p11.2q21q22)mat, 孕妇丈夫染色体核型未见异常。CNV-seq检测提示胎儿18q21.2-q22.3区存在19.73 Mb重复, 先证者18q21.2-q22.3区存在19.77 Mb缺失。重复和缺失片段均与孕妇染色体的插入片段相同。根据ACMG指南, 均评估为致病性变异。结论孕妇携带的18q21....     

染色体微阵列分析技术在流产或死胎原因分析中的应用

目的探讨染色体微阵列分析技术(chromosomal microarray analysis,CMA)在流产或死胎原因分析中的应用价值及流产或死胎与染色体异常的关系。方法采用CMA技术对流产绒毛或死胎组织进行全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)检测。结果824例流产或死胎样本检测成功率100%,染色体异常381例(46.2%),其中数目异常312例(81.9%),结构异常66例(17.3%),单亲二倍体(uniparental disomy,UPD)3例(0.8%)。数目异常中占比最大的为非整倍体,共287例(92.0%),以16-三体和Turner综合征最为多见,分别为41例(13.1%)和63例(20.2%)。66例染色体结构异常中,26例(39.4%)发生拷贝数重复,20例(30.3%)发生拷贝数缺失,20例(30.3%)发生拷贝数重复伴缺失,其中33例检出临床致病的可能性大。结论CMA是诊断流产或死胎病因的一种可靠、稳定、高分辨的技术。胚胎染色体数目异常是引起临床流产的主要遗传因素,其中以非整倍体变异最为常见。     

CNV检测在流产组织遗传学诊断中的临床应用

目的比较染色体核型分析方法与染色体拷贝数变异(CNV)检测技术在流产组织遗传学诊断中的应用价值。方法 2017年3月到2018年12月,在我院确诊为稽留流产患者201例,对流产组织进行绒毛染色体核型分析和CNV检测。结果 (1)CNV检测成功率较高并且阳性检出率明显高于核型分析;(2)CNV检测与核型分析比较发现10例标本除染色体数目异常外还存在染色体片段的拷贝数变异,显示其在染色体亚显微结构上的检测优势;(3)CNV检测34例拷贝数变异共发现10个具有致病性,与早期流产相关,表明拷贝数变异也是早期流产及胚胎停止发育的重要原因;(4)流产绒毛组织染色体异常以数目异常为主,其中16三体占比最高,约为22.47%。结论 CNV检测技术在染色体亚显微结构水平上具有明显优势,可以作为核型分析的补充手段在临床中广泛应用。     

染色体微阵列分析在中枢神经系统异常胎儿产前诊断中的研究

目的应用染色体微阵列分析技术(chromosomal microarray analysis,CMA)在全基因组水平分析中枢神经系统(Central nervous system,CNS)异常胎儿的遗传学病因。方法对3850例孕妇进行产前诊断,发现中枢神经系统超声异常胎儿12例,并进行胎儿染色体核型分析及全基因组拷贝数变异(copy number variation,CNVs)筛查,筛检有无CNV。针对发现的CNV,通过比对国际基因组CNV多态性数据库排除良性CNV,结合基因组异常拷贝数变异数据库及相关文献,判断CNV的临床意义。结果 12例中枢神经系统异常胎儿中共检出8例CMA异常,其中携带有10个临床致病性CNV,2个临床意义不明确CNV,检出率为66.7%;2例为18三体综合征,其余临床致病性CNV涉及2号、6号、7号、9号、16号、22号及性染色体的拷贝数缺失或重复。结论拷贝数变异是导致胎儿中枢神经系统异常的一个重要遗传学病因,SNP-array技术可作为中枢神经系统异常胎儿产前诊断的一线检测方法。     

染色体微阵列技术在自然流产遗传学病因诊断中的应用CSCD

目的应用染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)技术探讨自然流产的遗传学病因。方法收集106例自然流产样本,取胎儿组织行CMA检测,分析基因组拷贝数变异。结果检测成功94例,成功率为88.68%。共检出染色体异常54例(57.45%),其中染色体数目异常44例,以非整倍体为主,其次为三倍体和嵌合体。检出致病性拷贝数变异4例,其中两例累及猫叫综合征区域。另检出染色体嵌合体6例。结论染色体数目异常及拷贝数变异是早期自然流产的重要原因。CMA能够快速明确其遗传学病因。本研究显示孕10~11+6周自然流产胎儿染色体异常检出率最高,可为临床咨询提供依据。     

染色体微阵列分析技术在411例自然流产原因分析中的应用

目的探索染色体微阵列分析技术(chromosomal microarray analysis,CMA)在自然流产原因分析中的应用价值。方法采用CMA技术对411例自然流产标本进行全基因组拷贝数变异(copy number variants,CNVs)进行检测。结果 411例流产标本,检测成功389例,成功率94.6%。染色体异常标本202例(49.1%),其中染色体数目异常180例,结构异常22例。结论 CMA技术能检测出染色体拷贝数变异,可以为流产物检测提供较为全面的评估,为患者解释临床表现并评估预后。     

全基因组测序用于肾脏异常胎儿的产前诊断

目的应用全基因组测序技术对4例肾脏异常胎儿进行遗传学检测, 以寻找其可能的遗传学病因。方法对4例肾脏异常胎儿的孕妇抽取羊水及胎儿父母外周血进行DNA提取, 行全基因组测序检测, 根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)原则对数据进行判定, 拷贝数变异结果与SNP-array结果进行比对, 致病性点变异行Sanger测序验证。结果全基因组测序技术检测2例胎儿为拷贝数变异致病, 分别为染色体17q12缺失1.45 Mb和1q21.1-21.2重复1.85 Mb;2例胎儿为基因变异致病, 分别为PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.4481del(p.Asn1494Thrfs*6)复合杂合变异和BBS12: c.1372dup(p.Thr458Asnfs*5)纯合变异。SNP-array和Sanger测序结果与全基因组测序数据一致。根据ACMG遗传变异分类标准与指南, PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.448...     

SNP-array技术在流产组织染色体检测方面的应用

目的应用SNP-array芯片技术对自然流产组织进行检测, 并评估在分析染色体整倍体异常方面的应用价值。方法收集孕早期流产组织761例, 进行SNP-array芯片技术检测。结果应用SNP-array技术在孕早期自然流产患者中总体染色体异常检出率为53.35%(406/761), 其中三倍体4.99%(38/761)、近三倍体1.05%(8/761)、全基因组单亲二倍体0.26%(2/761)、嵌合型全基因组单亲二倍体0.26%(2/761), 其余染色体异常主要为三体、单体、片段缺失及重复。结论 SNP-array技术不仅能检出非整倍体异常如三体、单体、微缺失微重复等, 还能有效检出三倍体、全基因组单亲二倍体。相对于CNV-seq检测, SNP-array技术能检测孕早期染色体整倍体异常导致的流产, 并且联合STR分析能区分以上异常的来源, 进一步鉴别是否为完全性葡萄胎、部分性葡萄胎或非葡萄胎水肿性流产, 减少漏诊, 对于分析自然流产的病因, 进行葡萄胎后续治疗、指导再次生育及遗传咨询有重要的意义。     

应用微阵列一比较基因组杂交检测复发性流产的原因

目的 应用微阵列一比较基因组杂交技术(a CGH),对复发性流产胎儿组织进行基因组染色体微小畸形(CMA)检查,探讨染色体微小畸形与复发性流产的关系。方法 对23例复发性流产胎儿运用Agilent 8×60K DNA芯片筛查染色体拷贝数异常情况,之后查询中国人类染色体异常核型目录数据库,并结合临床资料分析染色体拷贝数异常与复发性流产的关系。结果 14例复发性流产胎儿染色体核型正常;a CGH检测结果表明有9例患者存在不同程度的染色体DNA拷贝数的扩增或缺失,其中2例染色体变异被认为是正常多态性;另外7例染色体区段的变异可能与复发性流产相关。结论 a CGH技术检测染色体的DNA拷贝数的变化,为由DNA拷贝数异常引发的胎儿复发性流产临床诊断提供分子依据,同时为继续追踪下次怀孕提供指导意见。     

罕见的8p部分缺失伴重复患儿1例的临床及遗传学分析

目的明确1例智力低下、语言发育迟缓及自闭症患儿的遗传学病因。方法选取2019年6月30日于泉州市妇幼保健院就诊的1例罕见8p部分缺失伴重复患儿为研究对象。采集患儿及其父母的外周血样, 进行G显带染色体核型分析以及单核苷酸多态性微阵列(SNP-array)检测。结果患儿核型为46, XX, dup(8p?), 其父母均未见明显异常。SNP-array检测显示患儿染色体8p23.3p23.1区存在6.8 Mb的片段缺失, 8p23.1p12区存在21.8 Mb的片段重复, 上述拷贝数变异均为新发, 并判断为致病变异。结论患儿的临床表型与染色体8p部分缺失重复相关, SNP-array检测对智力低下的患儿的诊断具有一定的价值。     

基因拷贝数变异检测在胚胎流产物遗传学检测中的应用

目的探讨基于高通量测序技术的基因拷贝数变异检测(NGS-CNVs)在胚胎流产物遗传学诊断中的价值。方法选取2015年6月至2016年2月在唐山市妇幼保健院产前诊断中心确诊为稽留流产,流产原因不明,要求遗传学检测的样本105例。在知情同意的前提下行绒毛细胞培养染色体核型分析检查和NGS-CNVs检测。分析两种诊断方法的检测结果。结果 (1)NGS-CNVs成功检测101例(96.0%),失败4例(4.0%)。诊断染色体异常53例(50.5%),其中包括数目异常36例(34.3%)、结构异常(微缺失或重复)17例(16.2%)、48例未见异常(45.7%)。(2)染色体核型分析成功检测89例(84.8%),失败16例(15.2%)。诊断染色体异常38例(36.2%),其中包括数目异常32例(30.5%)、结构异常(平衡易位及多态性)6例(5.7%)、51例未见异常(48.6%)。(3)两种技术相比,NGS-CNVs检测成功率明显高于绒毛细胞培养染色体核型分析,差异具有统计学意义(P=0.005);NGS-CNVs检测出更多的染色体结构异常,差异具有统计学意义(P=0.015)。NGS-CNVs检测染色体数目异常结果与绒毛细胞培养染色体核型分析结果一致。结论 NGS-CNVs检测用于胚胎流产物遗传学检测切实可行。NGS-CNVs可以快速准确的检测出染色体数目异常,同时能够检测出常规染色体核型分析无法发现的大量微缺失或重复,其临床意义有待进一步证实。     

染色体微阵列芯片检测22号染色体微缺失微重复并文献回顾

目的确定B超产前筛查结构异常胎儿的遗传学基础,分析胎儿的分子核型,及病理性基因组不平衡与表型的关系。方法抽取B超提示结构异常胎儿的脐带血及其双亲的外周血,分别进行培养和提取DNA,结合染色体核型及染色体微阵列芯片高分辨扫描,分析胎儿表型相关性基因组变异。结果脐血细胞染色体G显带核型结果显示22号环状染色体,染色体微阵列芯片结果显示22q11.1、22q11.2微重复,22q11.3微缺失,胎儿的异常表型与其基因组变异的临床意义部分吻合。结论与细胞遗传学分析比较,染色体微阵列基因芯片具有高分辨率,高通量分析基因组拷贝数变异的特点,为染色体微缺失、微重复的最佳检测方法。     

无创产前筛查检测胎儿染色体缺失或重复的应用价值分析

目的探讨无创产前检测(NIPT)在胎儿染色体微缺失/微重复检测中的应用价值。方法对26例NIPT提示存在染色体缺失和/或重复的孕妇行羊膜腔穿刺术,进行染色体核型分析及低覆盖度全基因组测序技术检测拷贝数变异。结果NIPT提示存在染色体信号异常的26例孕妇中,经染色体核型分析及拷贝数变异检测确诊11例,符合率42.31%(11/26)。其中18例NIPT明确提示存在染色体的缺失或重复,经验证后确诊9例,符合率50.00%(9/18),且缺失和/或重复的位置及片段大小与NIPT结果基本一致。结论将NIPT的筛查范围扩大到胎儿全基因组拷贝数变异的检测,从技术上来说是可行的。     

68例智力低下/发育迟缓患儿基因组拷贝数变异分析

目的应用单核苷酸多态性微阵列技术(single nucleotide polymorphism microarray technology, SNP array)对不明原因智力低下/发育迟缓患儿进行全基因组拷贝数变异(copy number variations, CNVs)分析, 明确致病性CNVs所致染色体失衡, 并分析CNVs的致病机制, 为遗传咨询及产前诊断提供理论基础。方法根据入组标准, 收集智力低下/发育迟缓患儿68例, 应用SNP array对患儿进行染色体基因组CNVs检测, 对检出的CNVs通过对比国际公认基因组数据库, 参考美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)变异分类指南(2019), 判断CNVs的临床意义。结果 68例不明原因智力低下/发育迟缓患儿中, 24例患儿明确诊断, 共检出27个致病性CNVs, 包括11个重复和16个缺失, 分布于16条染色体, 涉及11种综合征。SNP array技术对不明原因的智力低下/发育迟缓患儿的诊断率为35.3%(24/68)。结论染色体基因组CNVs是导致不明原因智力低下/发育迟缓发生的主要遗传学致病原因, SNP ar...     

383例稽留流产胚胎绒毛的高通量测序分析

目的应用高通量测序技术对孕早期胚胎稽留流产绒毛进行遗传学诊断分析。方法 2017年4月至2019年4月在江门市妇幼保健院门诊经超声检查,确诊为胚胎停育的患者,在知情同意的前提下,对流产绒毛组织进行高通量测序检测。结果应用高通量测序技术检测383例的流产标本,成功检测380例,成功率为99.2%,检测出染色体异常202例,异常率53.2%,其中:结构异常11例、数目异常159例,嵌合体10例,意义不明17例。结论高通量测序技术作为早期稽留流产查找病因的遗传学检测方法之一,不仅可以检测染色体数目和结构异常,还覆盖100Kb以上的染色体微缺失及微重复。采用高通量测序技术检测流产组织,可有效提高临床诊断的准确性,减少误诊,帮助临床医生为患者提供更科学的再生育风险评估指导。     

5p缺失综合征胎儿1例的产前诊断

目的对1例超声影像提示左足足内翻的胎儿进行遗传学分析, 探讨其染色体拷贝数变异与临床表型的相关性。方法选取2020年10月14日于台州医院就诊的1例5p缺失综合征胎儿为研究对象。采集胎儿的羊水及其父母的外周血样, 进行G显带核型分析, 应用拷贝数变异测序(CNV-seq)检测胎儿染色体的微缺失与微重复, 进一步用荧光原位杂交(FISH)技术进行家系验证。结果胎儿及其父母的G显带核型分析均未见明显异常, CNV-seq发现胎儿5号染色体存在23.12 Mb的拷贝数缺失, 7号染色体存在21.46 Mb的拷贝数重复, FISH进一步验证胎儿母亲为隐匿性t(5;7)(p14.3;q33)携带者, 胎儿的拷贝数变异遗传自母亲。结论 CNV-seq联合FISH技术能有效诊断出隐匿性5p缺失综合征, 避免患儿的出生, 为产前遗传咨询提供理论依据。     

基于高通量测序的染色体组拷贝数分析技术在自然流产组织遗传学诊断中的应用价值

目的探讨基于高通量测序(next generation sequencing,NGS)技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术在自然流产物遗传学诊断中的应用价值。方法采用CNV-seq检测技术对我院407例自然胚胎停育样本进行染色体拷贝数变异(copy number variations,CNVs)的检测。采用SPSS 21.0 软件进行统计学分析。计数资料采用例数和百分数描述,组间比较采用χ~2检验。P0.05为差异有统计学意义。结果 407例胚胎停育样本检出染色体异常结果175例(43%),其中染色体数目异常133例(76%),染色体结构异常29例(16.57%),嵌合体13例(7.43%)。年龄35岁流产绒毛组织染色体异常发生率显著高于≤35岁患者(P0.05)。133例染色体数目异常,其中染色体非整倍体异常122例(91.73%,122/133),染色体三倍体异常11例(8.27%,11/133),异常核型比例前3位依次为16-三体(19.55%,26/133),45,X(15.04%,20/133),22-三体(10.53%,14/133)。染色体基因组CNVs共检出29例,携带40个拷贝数变异,其中致病性CNVs 24个(60%),临床意义不明的CNVs 8个(20%),良性CNVs8个(20%)。CNVseq技术检出嵌合体13例(7.43%),其中性染色体嵌合6例(46.15%),常染色体嵌合7例(53.85%)。结论染色体异常是胚胎停育的最重要原因,基于高通量测序(NGS)技术的基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)技术在自然流产组织遗传学诊断中有较高的应用值,有助于判断流产的遗传学病因,为再次妊娠提供遗传学咨询提供服务。     

微阵列比较基因组杂交技术诊断9q部分三体患者一例

目的对1例患者衍生的9号染色体进行基因组拷贝数分析,明确其遗传物质的来源并推测其发生机制。探讨微阵列比较基因组杂交技术(array-based comparative genomic hybridization,array-CGH)在临床分子遗传学诊断中的应用及其优越性。方法对患者外周血进行常规G显带分析,进一步应用array-CGH对患者进行全基因组扫描检测,应用Real-time Quantitative PCR对异常拷贝数区域进行验证检测,确定其衍生染色体片段的来源。结果患者外周血染色体核型分析提示为46,XX,der(9)(p?)。array-CGH分析提示患者9q22和9q34之间插入了16p13.3约3.68M的重复片段、14q32.3约3.37M的重复片段以及9q33.3约25Kb的重复片段。RT-q PCR证明array-CGH的结果是正确的。结论患者衍生的9号染色体来源于16p、14q及9q部分片段的重复,是导致患者多次流产的主要原因。array-CGH应用到临床具有高分辨、高通量和高准确性的优点,适用于全基因组拷贝数变异分析。