河南省首起奥密克戎COVID-19疫情全基因组特征与溯源分析

目的对河南省首起本土奥密克戎COVID-19确诊病例的呼吸道标本进行SARS-CoV-2全基因组测序, 分析基因组突变及分子溯源情况。方法采用全基因组测序技术对2022年1月7日—1月29日疫情相关的COVID-19病例阳性样本进行全基因组测序和序列比对分析, 分析病毒全基因组序列的一致性和变异进化情况。结果通过SARS-CoV-2基因组高通量测序, 共获得120例病例的SARS-CoV-2全基因组序列, 占安阳COVID-19疫情总病例数的25.64%(120/468)。与武汉参考株(NC₀45512.2)相比, 120例病例的全基因组序列存在57～59个核苷酸突变位点, 在共享57个核苷酸位点的基础上增加1～2个核苷酸突变位点, 均属于VOC/Omicron变异株(BA.1.1进化分支), 基因组序列高度同源。其中, 首发病例A全基因组序列含有57个核苷酸突变位点, 首发病例B全基因组序列在含有57个相同的核苷酸突变位点基础上, 增加1个特有变异位点(C1594T), 提示二者为同一传播链。经中国疾病预防控制中心和河南省疾病预防控制中心与国内本土病例和输入病例...     

货车司机远距离传播新型冠状病毒肺炎事件的分子溯源

目的追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径, 证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术, 对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期间漳州市报告的5例货车司机COVID-19病例鼻咽拭子标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)全基因组测序, 应用在线分析平台判定病毒型别及突变位点, 利用进化分析软件构建系统发育树, 结合流行病学调查数据, 综合分析病例的感染来源及传播路径。结果成功从5例病例中获得2019-nCoV全基因组序列, 序列长度为29 770～29 839 bp, 基因组平均覆盖度为99.53%;病毒分型结果显示5株病毒均为Omicron变异株, 但分属3种BA.2亚分支;序列分析结果显示3例病毒与2022年3月福建省泉州市本土疫情流行的两种进化分支病毒高度相似, 另2例病毒则与该起疫情流行的病毒存在差异较大(核苷酸突变位点差异7～14个、氨基酸突变位点差异5～7个);进化分析结果表明3例病毒...     

一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情病毒全基因组特征分析

目的分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况, 为疫情防控和风险评估提供参考。方法收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本, 使用数字PCR方法对病毒载量进行测定, 使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析, 对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×104拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×104拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份, 均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇, 内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。结论该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成, 疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。     

新型冠状病毒奥密克戎变异株无症状感染者新冠病毒全基因组测序分析

目的:了解贵阳市 2022 年 9 月新型冠状病毒奥密克戎变异株引起的本土疫情中,无症状感染者新型冠状病毒(Sever acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的基因组特征.方法:采用新型冠状病毒全基因组靶向扩增结合Illumina二代测序技术,对 2022 年 9 月贵阳市本土疫情中的 6 例无症状感染者的新型冠状病毒核酸样本进行全基因组测序,采用 Nextclade和Pangolin平台判定病毒谱系及型别,分析病毒的变异特征.结果:成功从 6 例新型冠状病毒无症状感染者样本中获得新型冠状病毒全基因组序列,Nextclade分型结果显示这些序列均属于21L型(Omicron),Pangolin分型结果显示均属于BA.2.76.与新型冠状病毒武汉株(NC_045512.2)相比,感染者1、4有76个核苷酸突变位点,感染者2、5有78个核苷酸突变位点,感染者 3、6 有 77 个核苷酸突变位点,突变主要集中在S区(刺突蛋白区).6 条序列的氨基酸变异位点为分别为56、57个.结论:贵阳市持续开展新型冠状病毒全基因组测序,可及时监测和发现新型冠状病毒变异株,为今后我市新冠疫情精准溯源、风险研判与预警、毒株变异研究等方面提供关键数据支撑.     

2022年北京市新型冠状病毒分支BA.5.2的流行特征与基因组学特征分析

目的了解北京市2022全年新型冠状病毒分支BA.5.2流行特征与基因组学特征, 为科学监测和防控新冠病毒感染提供依据。方法收集北京市2022全年新冠病毒感染病例呼吸道标本, 过滤后采用高通量测序法进行全基因组测序, 测序数据进行比对、分析并构建系统发育树。结果截止2022年12月中旬累计获得2 881条新冠病毒全长序列, 其中BA.5.2占比12.22%, 与Wuhan-Hu-1参考基因组的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.2%和99.0%。352条BA.5.2新冠序列共发现271个氨基酸突变位点, 其中常见突变位点有ORF1ab区域的S135R和S蛋白区的D614G等35个;常见缺失位点有ORF1a基因的3 675～3 677位、ORF9b基因的27～29位和S基因的69～70位等;未发现插入变异。系统发育分析显示, 北京市2022全年的BA.5.2的病毒基因组均位于GR进化支, 与GISAID上的其他分支以及北京监测的其他分支存在一定的进化距离。结论北京市2022年BA.5.2变异株的流行规律基本与全球流行趋势相一致。352条新冠病毒序列由于时间跨度长、多波输入和本土局部传...     

一起新型冠状病毒暴发疫情的基因组特征与溯源分析

目的:了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征,分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法:收集病例急性期咽拭子标本,应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸阳性样本进行高通量基因序列测定和全基因组序列比对...     

新冠病毒感染者病毒RNA脱落时间的影响因素研究

目的了解新冠病毒感染者病毒RNA脱落时间与病毒单核苷酸突变和感染者人口、基础疾病等因素的关系, 为新冠病毒感染动力学的研究提供更多线索。方法收集江苏省2021年7月至9月暴发的一起新冠肺炎聚集性疫情感染者流行病学、临床表现、基础疾病等资料, 采集病例鼻咽拭子样本, 采用二代测序技术对样本进行病毒全基因组测序。利用在线分析平台判断病毒型别、分析突变位点, 利用Cox比例风险模型分析新冠病毒RNA脱落时间与各研究因素的关系。结果本起新冠疫情最终获得病毒全基因组序列的人员350例, 其中女性占60.3%, 年龄中位数49岁[四分位数间距(IQR, 37～65岁)], 中位病毒RNA脱落时间33天(IQR, 26～44天)。全基因组测序分析显示, 同武汉参考株序列相比, 感染者序列存在34～41个核苷酸突变位点, 属于VOC/Delta变异株(B.1.617.2进化分支), C346T、C1060T、T2803C、T7513C、A29681C为本起疫情350例病例新冠病毒基因组序列主要单核苷酸变异位点(SNP)。单因素Cox回归分析显示, 年龄、基础疾病、临床分型、疫苗接种情况、SNP T28...     

Nanopore高通量测序检测呼和浩特市4例SARS-CoV-2感染者病毒基因组

目的对呼和浩特市6例确诊为SARS-CoV-2感染患者进行全基因组测序, 了解病毒特征, 追溯病毒来源。方法采用Nanopore三代高通量测序技术对6份咽拭子样本进行病毒基因组测序, 基于ARTIC病毒基因组组装流程, 使用生物信息学软件将病毒序列与参考序列进行比对, 分析进化情况。结果获得4份样本的全基因组序列, 均属于SARS-CoV-2变异株Delta (B.1.617.2-like), Pangolin分型为AY.122。测序时长1.5 h/样本, 测序长度27 009～29 560 bp, 覆盖度90.32%～98.85%。共鉴定出50个碱基位点突变、46处氨基酸变异, 错义突变占比74%(37/50), 错义突变中以ORF1ab基因占比最高45.95%(17/37)。结论 Nanopore单分子测序技术在病毒全基因组测序中具有读长长、测序时间短的特点。与武汉参考株比对发现, 该病毒的核苷酸位点变异存在多态性, 要密切关注病毒变异情况, 切实做好防控措施。     

天津滨海新区本土疫情新型冠状病毒全基因组测序和溯源分析

目的:对引起天津滨海新区本土新型冠状病毒肺炎(COVID-19,简称新冠肺炎)疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2,简称新冠病毒)进行全基因组溯源及变异情况分析。方法:对2020年11月7日至12月5日采集的天津滨海新区新冠肺炎疫情1例本地无症状感染者和5例确诊病例咽拭子样本进行全基因组高通量测序,De novo拼...     

扬州市境外输入4例病例新冠病毒基因特征分析

目的基于高通量测序技术对2022年1月至2022年10月扬州市4例境外输入新冠肺炎病例的咽拭子标本进行全基因组分析, 了解其序列变异情况, 为后续防控策略的调整提供科学依据。方法利用Illumina iseq100和Oxford nanopore平台对扬州市4例境外输入新冠肺炎病例的咽拭子标本分别进行二代及三代高通量测序, 获取全基因组序列, 分析病毒变异位点与谱系型别。结果基于二代测序平台, 4例输入性病例序列长度为29 758 bp～29 861 bp, 全基因组覆盖度为99.46%～99.90%。基于三代测序平台, 4例输入性病例序列长度为29 778 bp～29 831 bp, 全基因组覆盖度为99.65%～99.83%。与武汉参考株(NC₀45512.2)相比, 4例病例序列分别检出核苷酸突变数为66、72、73、76。选取二代测序结果进行系统进化分析表明, 4条序列均与当时流行的新冠病毒变异株奥密克戎亚型相似(BA.1.1、BA.2、BA.2.3和BA.5.2)。结论两种测序平台分析结果基本一致, 4例输入性新冠肺炎患者感染病毒均与奥密克戎变异株相似,...     

我国首起新型冠状病毒英国变异株类似株相关聚集性疫情病毒全基因组特征分析

目的:分析2021年1月北京市某区一起新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组特征及变异情况,为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情相关呼吸道样本和外环境样本26份,使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析,对基因组数据拼接整理后进行一致性分析、变异位点分析及系统发生分析。结果:共测定获...     

SARS-CoV-2和其突变毒株表面S蛋白修饰的生物信息学分析

目的通过生物信息学手段对SARS-CoV-2不同变异株的S蛋白进行研究, 分析不同病毒株S蛋白的氨基酸突变位点, 预测变异株的突变能否改变S蛋白修饰, 判断S蛋白修饰是否会对病毒结合并融合宿主细胞产生影响。方法从NCBI Virus的SARS-CoV-2数据库中下载病毒S蛋白的氨基酸序列, 并进行系统进化分析, 挑选其中代表不同进化分支的病毒毒株, 分别利用NetNGlyc-1.0-Services等软件对S蛋白的糖基化和磷酸化进行预测分析。结果 S蛋白上主要有17个潜在的N-糖基化位点, 受变异株序列改变影响的修饰位点是第17和654位点。S蛋白上潜在的O-糖基化位点有15个, 变异株中发生了第12、71、255和686位点的修饰改变。潜在的43个磷酸化修饰位点中受氨基酸突变影响的位点主要位于S1亚基上, 只有一个位点位于S2亚基。结论不同变异毒株的氨基酸序列改变会造成S蛋白糖基化和磷酸化修饰的明显改变, S蛋白的修饰改变可能与变异病毒的致病性和其在人群中传播感染密切相关, 今后需要通过实验研究和流行病分析进行进一步验证。     

我国首例输入性裂谷热病例病毒全基因组测序分析

目的 对我国首例输入性裂谷热病例病毒进行全基因组测定,分析其进化来源及潜在变异.方法 提取样本核酸,非特异性反转录扩增病毒基因组RNA,使用Ion Torrent二代测序仪进行病毒全基因组测定.对获得的基因组数据进行序列拼接、比对、进化树构建和关键位点分析.结果 通过测定获得了病毒全基因组11 979nt,该测定病毒属E基因分支,序列与先前南非分离株Kakamas相似度最高(＞98％).病毒Gn蛋白C端信号肽区存在1个氨基酸突变.结论 本研究分析测定的裂谷热病毒全基因组与目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出现明显变异.     

云南省一株柯萨奇病毒B组5型分离株的全基因组解析

目的对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CVB5)病毒株进行全基因组测序, 并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株, 应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定, 采用MEGA、RDP4及SimPlot软件, 解析病毒基因组学特征。结果分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%, 属GⅠ.C1分支, 与国内大多其他CVB5流行株相似度低(≤90.3%), 揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变(T246A和T275A), 但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株, 重组位点发生在P1区VP4(940)和P2区2A(3 540)。结论本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型, 存在特异的核苷酸分歧, 也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作, 持续追踪病毒进化规律, 不断提高相关...     

新型冠状病毒Omicron变异株BA.5进化分支研究进展

全球新型冠状病毒肺炎疫情仍处于大流行状态, Omicron变异株BA.5进化分支具有更高的传播性和一定的免疫逃逸能力, 已导致大量再感染和突破性感染, 在2022年4月成为全球优势株。本文就Omicron变异株BA.5进化分支的流行病学特征、基因突变特征及免疫逃避等方面的研究进展进行综述, 以期为Omicron变异株BA.5进化分支所致疫情的防控工作提供参考。     

新型冠状病毒Omicron变异株突变位点研究进展

新型冠状病毒Omicron(B.1.1.529)株于2021年11月在南非首次被发现, 随后逐渐成为全球范围内主流毒株, 并于11月26日被世界卫生组织定义为第5种关切变异株(variants of concern, VOCs)。本文从新型冠状病毒基因组和蛋白质结构、核酸位点突变和氨基酸位点突变等方面总结了Omicron株的突变趋势, 从Omicron株与其他VOCs的序列比较、Omicron株各子代分支序列比较两方面阐述了Omicron株的突变位点特点, 并进一步从免疫逃逸、毒力和传播能力等方面阐述了Omicron株位点突变后的影响, 最后对小分子抗病毒药物、抗体和疫苗的研发方向进行综述, 以期对接下来的相关研究提供参考。     

两株GI.1型札如病毒全基因组测序及初步分析

目的对GI.1型札如病毒进行全基因组扩增测序尝试并开展初步分析。方法利用本研究设计的GI组札如病毒全基因组5’末端通用引物及杯状病毒3’末端引物, 对本实验室保存的两株GI.1型札如病毒标本进行全基因组扩增, 然后进行文库构建、上机测序及序列组装。通过BioEdit软件进行序列比对分析, 采用MEGA 7.0软件构建进化树进行进化分析。结果两个标本测序质量优异, 测序方法具有可行性;在全基因组(WGS)、NSP基因、VP1基因及VP2基因进化树中, 均归类为GI.1型;位点变异分布于各个基因片段, 但VP1基因的N端保守性较好, 熵值较低;大部分基因的核苷酸突变尤其是NS3、NS5及VP1基因的核苷酸突变以同义突变为主, 未形成相应氨基酸的突变。结论成功地开展了对GI.1型札如病毒全基因组扩增测序及相关进化分析, 为札如病毒的检测提供了新的思路。     

病毒载量对SARS-CoV-2测序准确性的影响

目的评估病毒载量对严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)全基因组测序准确性的影响, 为新冠病毒基因监测提供技术支撑。方法提取3例新冠病毒阳性病例的核酸进行4个梯度稀释处理, 同时提取83例新冠病毒阳性病例的核酸进行验证, 通过测序深度、基因组覆盖率和测序深度均一性等指标对测序结果进行评价。结果病毒载量的改变不能影响原始测序数据的质量, 病毒载量对测序数据的准确性具有一定的影响:当Ct值≤32时, 病毒载量变化对测序深度和基因组覆盖率的影响并不显著, 能够达到全基因组测序目的;当Ct达到38时, 覆盖率急剧下降至50%以下, 无法测到病毒的基因组全长。结论通过评估病毒载量对SARS-CoV-2的测序准确性的影响, 我们建议选取Ct值≤32的样本, 产生的测序数据的全基因组覆盖率能够满足后续分析要求。     

Omicron变异株BA.1引起的新型冠状病毒感染本土首起疫情流行特征及防控对策分析

目的了解奥密克戎变异株BA.1引起的新型冠状病毒感染本土首起疫情的流行特征及防控对策。方法采用描述流行病学研究, 对Omicron变异株引起的本土首次疫情官方通报的阳性感染者信息及防控对策进行描述和分析。结果本次疫情关联地区包括天津、河南安阳、辽宁大连和河北衡水故城县四地, 天津和安阳病例数最多;根据报告日期本次疫情持续31 d, 累计报告906例感染者, 无症状感染者10例, 轻型及普通型892例, 重型4例, 危重型0例, 无死亡病例;男性390例, 女性516例;年龄最小为3个月, 最大为90岁, 以0～18岁为主;学生群体为393人。结论本次疫情奥密克戎变异株传染性强, 感染人数多, 涉疫地区采取的综合防控对策迅速有效遏制住疫情的发展蔓延。     

野生型SARS-CoV-2感染康复者血清中SARS-CoV-2 Omicron突变株BA.1.1.529、BA.2和BA.3的中和抗体评估

目的 分析野生型SARS-CoV-2(2019新型冠状肺炎病毒)感染康复者血清中SARS-CoV-2 Omicron变异株BA.1.1.529、BA.2和BA.3的中和抗体滴度。方法 以8名已从SARS-CoV-2新冠肺炎中恢复的康复者血清为研究对象,采用ELISA方法检测野生型SARS-CoV-2感染康复者血清中SARS-CoV-2 Omicron变异株BA.1.1.529、BA.2和BA.3的中和抗体滴度,并将其与野生株SARS-CoV-2的中和抗体滴度进行对比分析。结果 在野生型SARS-CoV-2感染康复者血清中,SARSCoV-2 Omicron变异株BA.1.1.529中和抗体滴度显著低于野生株SARS-CoV-2中和抗体滴度（P<0.001）,而SARS-CoV-2Omicron的BA.1.1.529、BA.2和BA.3 3个亚系之间的中和抗体滴度无差异。结论 野生型SARS-CoV-2感染康复者血清中SARS-CoV-2 Omicron变异株BA.1.1.529、BA.2和BA.3的中和抗体滴度均较少。提示感染野生株SARS-CoV-2患者康复后可能对Omicro...