基于“异病同治”理念探讨丹栀逍遥散治疗干眼和抑郁症的网络药理学机制

目的：通过网络药理学和分子对接,探讨分析丹栀逍遥散治疗干眼和抑郁的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台搜索丹栀逍遥散,结合文献筛选,得到丹栀逍遥散的活性成分和靶点。在DrugBank、Therapeutic Target Database(TTD)、Online MendelianInheritancein Man Database(OMIM)、Gene Cards数据库分别搜索干眼和抑郁,得到干眼和抑郁相关的疾病靶点,运用Cytoscape3.9软件构建“丹栀逍遥散-干眼-抑郁”网络;使用STRING数据库构建靶蛋白相互作用（protein-proteininteraction,PPI）网络;利用R语言对关键靶点进行Gene Ontology(GO)富集和Kyoto EncyclopediaofGenesand Genomes(KEGG)富集分析,研究其作用机制。利用PyMOL和Auto DockVina等软件对丹栀逍遥散活性成分和核心靶蛋白进行分子对接。结果：共收集到丹栀逍遥散药物有效成分3095个以及对应成分靶点2727个;干眼疾病靶点3020个;抑郁疾病靶点366...     

青蒿治疗系统性红斑狼疮的网络药理学分析

目的:通过网络药理学方法研究青蒿治疗系统性红斑狼疮(SLE)的潜在作用机制.方法:通过中国传统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选青蒿的有效活性成分和作用靶点,运用Uniprot数据库将药物靶点进行基因名字标准化处理,在GeneCards、OMIM数据库中检索SLE相关靶点,使用R软件绘制Venny图找出青蒿与SLE共同作用靶点,String数据库构建蛋白质互作(PPI)网络,Cytoscape软件中进行PPI网络可视化,构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,并筛选出核心基因,对共同作用靶基因进行GO、KEGG富集分析.结果:筛选得到青蒿的有效活性成分22个,111个青蒿有效成分与SLE共同作用靶基因,30个核心基因.GO功能富集显示青蒿治疗SLE生物学过程和功能主要集中在细胞因子受体结合、细胞因子活性、核受体活性、转录因子活性、受体配体活性、类固醇激素受体等.KEGG通路富集显示,青蒿治疗SLE主要涉及TNF、IL-17、Toll样受体、Th17细胞分化等信号通路.结论:通过构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,阐释了青蒿多成分、多靶点、多条通路治疗SLE的作用机制,为深入研究青蒿治疗SLE的机制提供一定参考意义.     

附子汤治疗颈椎病的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术探讨附子汤治疗颈椎病潜在分子机制。方法：通过检索TCMSP数据库获得每味中药的化学活性成分及作用靶点,通过检索GeneCard、OMIM、DisGeNet等数据库获得颈椎病的相关治疗靶点;通过Venny平台获得核心作用靶点,再利用Metascape对核心作用靶点进行GO功能富集分析,利用KEGG Mapper进行KEGG通路分析,其次借助STRING数据库并结合Cytoscape软件构建附子汤治疗颈椎病的“药物-活性成分-疾病作用靶点”及作用靶点网络与蛋白互作关系。最后检索PDB及PubChem数据库获得小分子和蛋白质结构,利用Autodock Vina软件及PyMOL进行分子对接验证。结果：筛选出药物潜在活性成分38个,药物潜在作用靶点109个,潜在疾病治病靶点976个。其中主要的核心作用靶点是16个。GO功能富集分析获得283个条目,KEGG分析主要涉及NF-κB信号通路、TNF信号通路等55个通路。分子对接提示Fumarine、Stigmasterol、Frutinone A、Beta-sitosterol等与PTGS1、PTGS2靶点具有较强亲...     

基于网络药理学和分子对接探讨黑骨藤追风活络胶囊治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨黑骨藤追风活络胶囊（HZC）治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 通过ETCM数据库和文献查阅获得复方活性成分,运用Swiss Target Prediction平台进行靶点预测。用GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库筛选RA相关靶点,绘制韦恩图获取药物和疾病交集靶点。采用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.9.1软件中centiscape2.2插件筛选潜在关键靶点。用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,用Cytoscape3.9.1软件绘制药物-活性成分-靶点-通路网络图。最后选取核心成分与核心靶点进行分子对接。结果 共筛选出32个有效成分,药物与疾病交集靶点91个,主要活性成分为槲皮素、盐酸青藤碱和杠柳苷元,核心靶点为肿瘤坏死因子（TNF）、信号转导与转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体（EGFR）。作用机制可能与HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路等有关。分子对接显示主要活性成分与关键靶点具有很...     

运用网络药理学方法探讨心痛方治疗冠心病的作用机制

目的:运用网络药理学的研究方法分析心痛方,探讨心痛方治疗冠心病的潜在靶点及作用机制,为后续研究提供理论指导.方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查询柴胡、桃仁、郁金、川芎、白芥子、石菖蒲、瓜蒌、蒲黄、甘草、九香虫10味药物的有效成分及靶点信息,采用Swiss Target Prediction服务器进行补充,在Uniprot平台上对靶点进行标准化命名.通过OMIM、GeneCards、DrugBank数据库检索冠心病靶点基因.对心痛方靶基因和冠心病靶基因进行映射后,获得药物与疾病的共同基因.运用Cytoscape3.7.2绘制药物-成分-疾病-靶点网络,筛选关键成分;在String平台构建PPI网络,获得核心靶基因;运用Metascape平台对核心基因进行GO分析和KEGG通路分析.结果:通过TCMSP数据库检索及其他方法补充,获得心痛方有效成分417个,发现心痛方治疗冠心病的91个可能的重要靶点,经GO富集分析得到657个细胞生物学过程、33个细胞组分、68个分子功能;经KEGG富集分析得到245个相关通路.结论:心痛方对冠心病的治疗作用是多成分、多靶点、多通路的.并可以推测心痛方是通过花生四烯酸、槲皮素、山奈酚等成分介导IL6、AKT1、TNF、VEGFA、CCL2等靶点调节细胞黏附、细胞迁移、氧化应激反应、炎症反应等基因功能和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、液体剪切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等通路发挥治疗冠心病的作用.     

基于网络药理学的治伤风颗粒治疗感冒的作用机制探讨

目的应用网络药理学技术探讨治伤风颗粒治疗感冒的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶点信息数据库(DrugBank)检索治伤风颗粒的化学成分及作用靶点;基于GeneCards数据库检索“感冒”的靶点,取药物与疾病靶点交集,应用Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-疾病”网络。应用STRING数据库建立蛋白质互作(PPI)网络,应用R软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果通过筛选共得到治伤风颗粒有效成分146种,药物靶点280个,疾病靶点1 418个,提取出两者的共同靶点117个。将药物与靶点导入Cytoscape软件,分析得出槲皮素、山奈酚和木犀草素等为中药中度值较高的活性成分,无水咖啡因为西药中度值最高的活性成分。STRING数据库分析得出IL-6、AKT1、INS、VEGFA、MAPK8等属于感冒的关键靶点。GO分析显示生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3个方面的富集条目。KEGG通路富集分析筛选得出TNF信号通路、IL-17信号通路等20条信号通路,并绘制了“通路-靶点”关系图。结论基于网络药理学分析筛选出了治伤风颗粒治疗感冒的活性成分、作用靶点和通路,初步得出了其作用机制,为该药的深入研究提供了一定的依据。     

菊花-密蒙花药对治疗角膜损伤的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨菊花-密蒙花药对治疗角膜损伤的作用机制。方法：选用中草药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出菊花-密蒙花的有效活性成分及相关作用靶点;在Genecards、OMIM、PharmGkb、DrugBank等疾病数据库检索出角膜损伤的靶点基因;再利用R软件将疾病的靶点基因与菊花-密蒙花的靶点基因进行交集分析并绘制韦恩图;运用Cytoscape构建“药物-成分-靶点”网络图;通过STRING网络平台和cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络（PPI）,并用插件CytoNCA筛选核心靶点;利用metascape平台对角膜损伤治疗关键靶点进行GO(Gene Ontology)和KEGG(KyotoEncyclo pediaof Genesand Genomes)富集分析。通过PyMOL和Auto DockVina等软件,将菊花-密蒙花药对的活性成分和核心靶点进行分子对接,并根据其结合能判断亲和力大小。结果：共收集17个有效成分及586个药物靶点;角膜损伤疾病靶点2797个;药物成分和疾病的共有靶点146个;最终得到14个核心靶点：JUN、TP53、M...     

基于网络药理学探讨芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制探讨

目的 采用网络药理学探究芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库、文献挖掘整理芍药甘草汤化学成分;利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库收集CAG的相关靶点;利用Venn图筛选交集靶点,由Cytoscape软件构建“活性成分-疾病靶点”网络,由String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock软件进行分子对接。结果 筛选出芍药甘草汤有效活性成分103个,与CAG相关靶点76个,重要活性成分包括槲皮素、山奈酚、柚皮素、甘草查尔酮A,核心靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤抑制因子p53(TP53)、肿瘤坏死因子（TNF）等,KEGG通路主要富集于白细胞介素-17(IL-17)、TNF、缺氧诱导因子1(HIF-1)等通路。分子对接结果显示化合物与关键靶点有较好的结合能力。结论 芍药甘草汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥对CAG的治疗作用。     

基于网络药理学-分子对接技术探讨泽泻 抗炎作用的分子机制

摘要：目的：应用网络药理学方法及分子对接技术，探讨泽泻发挥抗炎作用的活性成分及其对应靶点和相关通路。方法：通过TCMSP筛选出泽泻的活性成分，运用SwissTarget Prediction 数据库预测活性成分相关靶标，同时采用GeneCards数据库得到炎症相关靶点，再将获得的活性成分靶点和炎症靶点导入VENNY2.1得到药物治疗疾病的潜在靶点；再运用STRING数据库、Cytoscape3.7.1软件构建简化后的药物治疗疾病的靶蛋白互作图（PPI）并筛选关键靶点。利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析，再用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点-通路”图并筛选核心成分与核心靶点。最后运用AutoDock Vina和Pymol将核心成分与核心靶点进行分子对接。结果：获得10个药物活性成分，得到相关潜在靶点284个，疾病潜在靶点11414个，药物治疗疾病的相关靶点260个，有SRC、HSP90AA1、PIK3CA、MAPK1、AKT1、LCK、FYN、JAK1、PLCG1、JAK1等关键靶点58个；涉及PI3K-Akt信号通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路等133条通路。结论：泽泻发挥抗炎的作用机制可能是一方面通过调控PIK3、AKT、m-TOR等相关蛋白，激活PI3K-Akt信号通路，从而抑制细胞凋亡；另一方面可能通过调控EGFR相关蛋白，介导ErbB信号通路，从而干预炎症细胞生长。本研究基于网络药理学方法和分子对接技术，阐释了泽泻通过多种成分、多靶点、多信号通路发挥抗炎作用与机制，为该药的进一步研究提供了有益参考和科学依据。     

基于网络药理学探讨益气化瘀补肾方治疗骨延迟愈合的作用机制

目的：应用网络药理学方法探究益气化瘀补肾方治疗骨延迟愈合的潜在药效作用机制。方法：在TCMSP数据库中获取益气化瘀补肾方的主要化学成分，通过String数据库获取药物作用靶点并在Genecards数据库、OMIM数据库及TTD数据库中获取骨延迟愈合的疾病靶点后使用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-靶点网络，使用拓扑学分析此网络获得核心活性成分，使用String数据库绘制靶点蛋白交互作用网络，使用拓扑学分析此网络获得核心靶点，采取Bioconductor数据库对潜在作用靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析，探讨潜在作用靶点可能具有的生物学功能及通路。结果：从益气化瘀补肾方中筛选出251个活性成分，核心成分56个，治疗延迟愈合的靶点84个，核心靶点24个；GO分析结果显示生物过程1980个、细胞组分60个和分子功能128个，KEGG分析结果显示信号通路133条。结论：本研究初步证实益气化瘀补肾方治疗骨延迟愈合具有多成分、多靶点的特点，为进一步阐释其药理作用机制奠定了理论基础。     

甘麦大枣汤治疗产后抑郁的相关靶点/通路预测

目的 通过网络药理学方法探寻甘麦大枣汤治疗产后抑郁的作用靶点,阐明其相关作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集甘麦大枣汤的化学成分,并筛选出活性成分及作用靶点.通过GeneCards数据库检索与产后抑郁相关的靶点.利用Venny 2.1软件筛选、收集药物与疾病的共有靶点.将筛选出的药物和疾...     

基于网络药理学的黑地黄丸治疗肾性贫血机制探究

目的:基于网络药理学方法探究黑地黄丸治疗肾性贫血的作用机制.方法:运用网络数据库对黑地黄丸成分及肾性贫血靶点进行检索筛选;运用Cytoscape软件,构建中药成分-靶点网络,运用STRING数据库构建黑地黄丸治疗肾性贫血的蛋白互作网络图,进行拓扑分析,找出核心靶点,最后用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行G...     

川芎治疗腰椎间盘退行性病变潜在作用机制的网络药理学分析

目的 基于网络药理学分析川芎治疗腰椎间盘退行性病变(LIDD)的潜在作用机制.方法 通过检索TCMSP数据库、查阅相关文献筛选川芎有效成分,并查询其相对应的靶点.采用GeneCards、OMIM数据库检索LIDD的靶点,将其与川芎预测的靶点进行映射以获得川芎潜在治疗LIDD的交集靶点.采用Cytoscape v3.8....     

基于网络药理学对清肺排毒汤中射干-麻黄治疗新型冠状病毒肺炎的机制分析

通过网络药理学研究射干-麻黄治疗COVID-19的成分、靶点及通路,研究其中的机制。在TCMSP数据库中检索射干、麻黄的化学成分以及靶点信息,在GeneCards数据库和OMIM数据库和NCBI基因数据库中筛选出疾病的靶点。在Bioinformatics Evolutionary Genomics 数据库中筛选出射干-麻黄作用于疾病的靶点,用String数据库进行PPI网络的构建,将PPI网络导入Cystoscap 3.7.2中,通过NetworkAnalyzer工具进行拓扑分析, 应用 ^{Cytoscape 3. 7. 2} 软件构建中药-成分-疾病-靶点网络图,应用R语言进行GO富集及KEGG富集分析。结果：射干-麻黄筛选获得40个活性成分,218个药物靶点,与COVID-19共同靶点48个；射干-麻黄中的鼠李黄素、异鼠李素成分在治疗COVID-19中起主要作用。射干-麻黄治疗COVID-19的主要靶点蛋白是IL6、CASP3、MAPK3、MAPK8、IL10、CCL2等。射干-麻黄中的有效成分主要通过对脂多糖反应、对细菌源分子反应、细胞对内毒素的反应、细胞对细菌源分子反应等生物过程作用于COVID-19,射干-麻黄治疗COVID-19的主要信号通路有AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、恰加斯病(美国锥虫病)、利什曼病等。体现了射干-麻黄治疗COVID-19多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于整合药理学平台预测黄芩-黄连对溃疡性结肠炎的作用靶点

目的:基于网络药理学,预测黄芩-黄连药对治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative Colitis, UC)的有效活性成分及其潜在的作用机制。方法:以"黄芩-黄连"药对为检索词,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中按条件查找,逐步筛选出相应活性成分及潜在作用靶点;然后在GeneCards数据库中查找出UC的疾病靶基因;通过软件分析,得出活性成分与靶点之间,以及疾病各靶点蛋白之间的相互关系,并通过GO和KEGG富集分析获得黄芩-黄连药对治疗UC的潜在作用靶点和通路。结果:通过查找有效成分,分析出黄芩-黄连药对中有效活性成分共51个,其中与UC密切相关的靶点共136个;通过GO富集分析得到2 226条与生物过程相关的条目,采用KEGG通路富集分析得到165条潜在信号通路。结论:磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)和AKT蛋白酶b (PI3K-AKT),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)可能是黄芩-黄连药对治疗UC调控的主要通信号通路,涉及的靶点包括肿瘤蛋白53(TP53)、丝/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、转录因子JUN、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、肿瘤坏死因子(TNF)等,为实验验证该药对治疗UC的作用机制提供了证据。     

基于网络药理学探讨扶正抗癌方治疗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法研究扶正抗癌方治疗肝癌的有效成分、作用靶点及可能作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选扶正抗癌方的生物活性成分,并预测其靶点,构建药效分子-靶点网络,进行蛋白相互作用分析,进一步寻找潜在靶点,最后通过KEGG通路、GO富集分析可能的分子机制.结果 从TCMSP中获得...     

基于网络药理学探讨肝积汤治疗肝癌的分子机制

目的 探讨基于网络药理学的肝积汤活性成分、治疗靶点及分子机制。方法肝积汤的活性成分及作用靶点从TCMSP数据库筛选,肝癌相关靶点从GeneCard数据库获取,运用String数据库对共同靶点做蛋白互作网络分析,GO和KEGG富集分析采用Bioconductor生物信息软件包进行,“成分－靶点－通路”网络图采用Cytoscape制作。结果 从 TCMSP 中获得肝积汤有效活性成分 80种以及249 个药效分子靶点。与检索到的885 个肝癌相关靶点取交集,得到95个共同靶点。蛋白互作网络分析显示有TP53、VEGFA、AKT1等15个核心靶点。GO 功能分析表明,这些靶点主要富集在细胞对化学应激的反应,细胞对氧化应激的反应,对脂多糖反应等；涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物,蛋白络氨酸激酶等,主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合。KEGG 富集分析结果显示,肝积汤作用靶点富集在相关肝癌发生与发展的通路上,如PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎病毒信号通路、人巨细胞病毒感染信号通路。结论 槲皮素、木犀草素、山柰酚等可能为肝积汤治疗肝癌的关键成分,TP53、VEGFA、AKT1等为核心靶点,PI3K-Akt、乙型肝炎病毒、人巨细胞病毒感染等通路为主要作用的通路。     

The possible mechanism of Hippophae fructus oil applied in tympanic membrane repair identified based on network pharmacology and molecular docking

ObjectiveThis study aimed to explore the mechanisms of Hippophae fructus oil (HFO) in the treatment of tympanic membrane (TM) perforation through network pharmacology‐based identification.MethodsThe compounds and related targets of HFO were extracted from the TCMSP database, and disease information was obtained from the OMIM, GeneCards, PharmGkb, TTD, and DrugBank databases. A Venn diagram was generated to show the common targets of HFO and TM, and GO and KEGG analyses were performed to explore the potential biological processes and signaling pathways. The PPI network and core gene subnetwork were constructed using the STRING database and Cytoscape software. A molecular docking analysis was also conducted to simulate the combination of compounds and gene proteins.ResultsA total of 33 compounds and their related targets were obtained from the TCMSP database. After screening the 393 TM‐related targets, 21 compounds and 22 gene proteins were selected to establish the network diagram. GO and KEGG enrichment analyses revealed that HFO may promote TM healing by influencing cellular oxidative stress and related signaling pathways. A critical subnetwork was obtained by analyzing the PPI network with nine core genes: CASP3, MMP2, IL1B, TP53, EGFR, CXCL8, ESR1, PTGS2, and IL6. In addition, a molecular docking analysis revealed that quercetin strongly binds the core proteins.ConclusionAccording to the analysis, HFO can be utilized to repair perforations by influencing cellular oxidative stress. Quercetin is one of the active compounds that potentially plays an important role in TM regeneration by influencing 17 gene proteins.     

Exploring the potential therapeutic effect of Eucommia ulmoides–Dipsaci Radix herbal pair on osteoporosis based on network pharmacology and molecular docking technology

Eucommia ulmoides–Dipsaci Radix (EU–DR) is a commonly used herbal pair for the treatment of osteoporosis (OP) in China. The purpose of this study was to investigate the potential mechanism of EU–DR on OP through network pharmacology and molecular docking approaches. Combining data from multiple open-source databases and literature mining, the active compounds and potential targets of EU–DR were screened out. The OP related targets were identified from the interactive web tool GEO2R. The shared targets were obtained by intersecting the targets of EU–DR and OP. The protein–protein interaction (PPI) network was constructed via the STRING database and Cytoscape 3.7.2 software. GO and KEGG enrichment analysis were conducted using R 3.6.3 software with adjusted p-value < 0.05. Sybyl-x 2.1.1 and Autodock Vina 1.1.2 software were used to cross validate the affinity between active compounds and target proteins. Our results showed that a total of 50 active compounds were screened, corresponding to 895 EU–DR targets, 2202 OP targets and 144 shared targets. The flavonoids in EU–DR played an important role in anti-OP. The enrichment analysis of GO and KEGG suggested EU–DR exerted a therapeutic effect on OP mainly by regulating the osteoclast differentiation related signaling pathway. Meanwhile, molecular docking results showed that most active compounds in EU–DR had strong binding efficiency to the target proteins. In conclusion, this study elaborated the multi-component, multi-target, and multi-pathway interaction mechanism of the EU–DR herbal pair in the treatment of OP for the first time, which also provided a pharmacological basis for treating OP.

This study elaborated the multi-component, multi-target, and multi-pathway interaction mechanism of Eucommia ulmoides-Dipsaci Radix herbal pair in the treatment of osteoporosis.