江苏7地市汉族人群HLA-DQB1等位基因多态性分析

目的分析来自中华骨髓库江苏分库7地市汉族人群HLA-DQB1基因多态性。方法采用聚合酶联反应-直接测序分型(PCR-SBT)技术,对2010年1月—2017年12月中华骨髓库江苏分库4973名志愿者的HLA-DQB1位点进行基因分型,分别计算7地市DQB1基因频率并比较分析。结果江苏汉族人群共检测出24种DQB1等位基因,其中徐州16种,淮安18种,盐城19种,扬州19种,镇江20种,南京18种,常州13种。常见的DQB1等位基因分布在徐州为:DQB1~*06∶01、03∶01、06∶09等;淮安:DQB1~*03∶03、03∶01、06∶01等;盐城:DQB1~*02∶02、02∶01、06∶09等;扬州:DQB1~*02∶02、03∶03、06∶01等;镇江:DQB1~*03∶03、02∶02、03∶01等;南京:DQB1~*03∶03、03∶01、06∶01等;常州:DQB1~*03∶03、03∶01、06∶01等。结论徐州、淮安、盐城、扬州的DQB1基因多态性更偏向我国北方,常州的DQB1基因多态性更偏向我国南方,而镇江、南京介于南方、北方之间。由此为研究江苏汉族人群基因遗传学及DQB1与疾病相关性提供了重要的基础资料。     

中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1及-DQA1基因多态性的研究

目的调查中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1等位基因多态性。方法 2017年6月-12月应用PCR-SBT测序分型法对1 000名健康无血缘关系的南方汉族人群外周血样(于2016年8月-2017年5月收集)进行HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因测序分型。HLA-DPA1和-DPB1基因采用自行设计的引物同步扩增检测第2、3外显子,HLA-DQA1检测第1～4外显子。电泳序列导入uTYPE 7.2 HLA分析软件判定基因型。采用直接计数法计算等位基因的分布频率。结果在1 000人份南方汉族无关个体HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1测序分型所获的序列中,无背景信号和杂峰。共检出6种HLA-DPA1等位基因,频率由高到低依次为DPA1~*02∶02 (0.541)>DPA1~*01∶03 (0.340)>DPA1~*02∶01 (0.095)>DPA1~*04∶01 (0.021)>DPA1~*02∶07 (0.003)>DPA1~*01∶04 (0.002);共检出HLA-DPB1等位基因33种,频率较高的前4种等位基因依次为DPB1~*05∶01(0.401)、DPB1~*02∶01(0.165)、DPB1~*04∶01(0.085)、DPB1~*02∶02(0.071);共检出19种HLA-DQA1等位基因,频率较高的前4种等位基因依次为DQA1~*01∶02(0.196)、DQA1~*03∶02(0.144)、DQA1~*01∶03(0.087)和DQA1~*06∶01(0.085)。结论本文获得了南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因多态性数据,可为人类学、群体遗传学、疾病关联研究等提供重要参考数据。     

四川骨髓库汉族人群HLA-DPB1与rs9277534等位基因频率及其连锁关系的分析

目的探讨四川骨髓库汉族人群HLA-DPB1和rs9277534等位基因分布及其之间的连锁关系。方法从四川骨髓库中随机选取200例无血缘关系的四川汉族志愿者标本,采用PCR-SBT方法对其HLA-DPB1等位基因分型,Taq Man探针法对其rs9277534等位基因分型并通过测序验证结果。利用Arlequin 3.1软件计算HLA-DPB1与rs9277534之间的连锁不平衡参数。结果本组四川骨髓库汉族人群中的DPB1等位基因:以DPB1*05∶01∶01G频率为最高:0.412 5(165/400);rs9277534等位基因:A和G的频率分别为0.4(160/400)和0.6(240/400),AA、GG、AG基因型频率分别为0.165(33/200)、0.375(75/200)和0.46(92/200)。有10种HLA-DPB1等位基因型与rs9277534等位基因A、G之间存在连锁不平衡,DPB1*04∶02∶01G、DPB1*02∶01∶02G、DPB1*02∶02∶01G和DPB1*17∶01∶01G与rs9277534A完全连锁,DPB1*05∶01∶01G、DPB1*03∶01∶01G、DPB1*13∶01∶01G、DPB1*14∶01∶01G和DPB1*21∶01与rs9277534G完全连锁。DPB1*04∶01∶01G与rs9277534A等位基因之间呈高度连锁不平衡(|D'|=0.95,P0.01)。结论四川骨髓库汉族人群的HLA-DPB1部分等位基因与rs9277534A/G等位基因连锁,对临床选择造血干细胞移植供者有参考价值。     

广西造血干细胞骨髓库HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因多态性研究

目的研究广西地区人群造血干细胞捐献志愿者的HLA-A、B、DRB1位点在高分辨水平上的等位基因多态性、基因频率及单体型分布特征。方法应用PCR-直接测序法(PCR-SBT)对中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)广西分库,3 431名无个体血缘关系健康供者的HLA-A、B、DRB1等位基因进行高分辨分型。结果共检出HLAA等位基因43个,B等位基因80个和DRB1等位基因42个,HLA-A-B-DRB1单体型检测到1507种。其中频率0.05的常见等位基因,包括5种HLA-A∶A~*11∶01,A~*24∶02,A~*02∶03,A~*02∶07,A~*33∶03;6种HLA-B∶B~*46∶01,B~*40∶01,B~*15∶02,B~*58∶01,B~*13∶01,B~*38∶02;7种HLA-DRB1∶DRB1~*15∶01,DRB1~*16∶02,DRB1~*09∶01,DRB1~*03∶01,DRB1~*12∶02,DRB1~*14∶54,DRB1~*15∶02。487条HLA-A-B单体型中,79条单体型呈现显著的正连锁不平衡(ALD0,HF≥1.09×10-4,χ23.84),5条表现为强连锁不平衡(RLD0.40),18条单体型的频率0.01;597条HLA-B-DRB1单体型中,68条单体型呈现显著的正连锁不平衡(ALD0,HF≥1.09×10-4,χ23.84),8条表现为强连锁不平衡(RLD0.40),16条单体型的频率高于0.01;1 507条HLA-A-B-DRB1单体型中,统计分析三座位单体型最常见的是A~*33∶03-B~*58∶01-DRB1~*03∶01(0.058 8)。结论广西地区人群HLA-A、B、DRB1位点在高分辨水平上获得等位基因频率、单体型分布数据及相关遗传参数,为今后开展临床造血干细胞移植、中国人群CWD表的制订和骨髓库最适库容的评估等研究及相关疾病研究提供本地区信息。     

1914名河北地区汉族人群HLA-DQB1基因多态性分析

目的探讨河北汉族人群人类白细胞抗原-DQB1(HLA-DQB1)基因型遗传特性。方法对1914名河北地区汉族人群献血者采用聚合酶链反应-基于测序的分型技术(PCR-SBT)进行HLA-DQB1位点高分辨基因分型,采用直接计数法计算等位基因频率,并与中国其他地区人群基因频率进行比较。结果 1914名河北汉族献血者中共检出21个HLADQB1等位基因,其中频率大于0.0500的常见等位基因共6个,分别为DQB1*03∶01、DQB1*03∶03、DQB1*06∶02、DQB1*02∶02、DQB1*06∶01和DQB1*05∶01。结论河北地区汉族人群DQB1具有丰富的多态性,基因分布有明显的地区特性,了解河北汉族人群HLA-DQB1的分布状况,有利于帮助临床寻找HLA匹配的造血干细胞无关供者,同时为我国人群群体遗传学研究等提供有价值的背景资料。     

四川骨髓库汉族人群HLA-B*07∶10的HLA-A,-B,-C,-DRB1,-DQB1 5座位单体型研究

目的 了解中华骨髓库四川分库中HLA-B* 07∶10的HLA-A,-B,-C,- DRB1,-DQB1 5座位高分辨单体型构成及其分布特点.方法 在中华骨髓库四川分库2010～2011年入库数据中,查询含有HLA-B* 07∶10的标本,补充其HLA-C,-DQB1高分辨资料;采集家系进行5座位高分辨分型,推导其单体型.以HaploStats查询该单体型在全球的分布.结果 筛选到含有HLA-B* 07∶10的标本16例.这14名捐献者均携带单体型HLA-A* 02∶ 01-B*07∶ 10-C*07∶02-DRB1* 03∶01-DQB1* 02∶01;另2例标本包含HLA-A*02∶ 01-B*07∶ 10-C* 07∶02,但HLAⅡ类不含有DRB1*03∶01-DQB1* 02∶01.HLA-A*02∶ 01-B* 07∶10-DRB1* 03∶013座位单体型仅在奥地利常见(P ＞0.001).结论 HLA-B*07∶10在四川骨髓库汉族人群中有独特的分布,其单体型以HLA-A* 02∶01-B* 07∶10-C* 07∶02-DRB1* 03∶ 01-DQB1* 02∶01为主.     

HLA-B和-DRB1、HLA-DQB1和-DPB1座位基因重组的分析

目的：探讨2个家系人类白细胞抗原(HLA)座位的重组情况。方法：采集家系成员的外周血，提取基因组DNA，采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)和二代测序技术检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1座位，通过家系遗传分析确定个体HLA单体型。结果：家系1中单体型HLA-A*11:01～C*03:04～B*13:01～DRB1*12:02～DQB1*03:01～DPB1*05:01:01G与HLA-A*03:01～C*04:01～B*35:03～DRB1*12:01～DQB1*03:01～DPB1*04:01:01G在HLA-B和HLA-DRB1座位间进行了交换，形成HLA-A*11:01～C*03:04～B*13:01～DRB1*12:01～DQB1*03:01～DPB1*04:01:01G。家系2中单体型HLA-A*02:06～C*03:03～B*35:01～DRB1*08:02～DQB1*04:02～DPB1*13:01:01G与HLA-A*11:01～C*07:02～B*38:02～DRB1*15:02～DQB1*05:01～DPB1*...     

四川骨髓库汉族人群HLA-A~* 02等位基因分布

目的研究四川骨髓库汉族人群HLA-A* 02等位基因分布,分析HLA-A和HLA-B、-DRB1的单体型。方法在中华骨髓库四川分库8934名四川汉族造血干细胞志愿者4508份HLA-A* 02阳性样本中随机筛选110份,采用PCR-SBT分型技术对HLA-A* 02等位基因进行测序分析,用χ2检验比较四川骨髓库汉族与亚洲5个不同国家和地区以及美国亚裔人群A* 02等位基因分布的差异,并采用最大似然法计算HLA-A、-B和-DRB1的3位点单体型频率。结果共检出5种A* 02等位基因,A* 0207(49.59%)是优势等位基因,其余依次是A*02 0101(25.62%),A*02 0301(19.01%),A*02 0601(4.96%),A*02 05(0.83%)。同其它6个亚裔人群的相比,四川骨髓库汉族人群的HLA-A* 02等位基因分布与台湾人群的比较无统计学意义(P>0.05),而与香港,北京,美国亚太裔,日本,韩国等人群的比较均有统计学意义(P<0.01)。HLA-A* 0207-B*46-DRB1*09是四川骨髓库汉族人群最常见的单体型。结论四川汉族人群HLA-A* 02等位基因的分布符合南方汉族人群的分布特点,但更为集中。     

基于二代测序的HLA-Ⅱ类等位基因多态性研究及等位基因丢失防范策略

目的：研究二代测序技术（NGS）检测深圳地区随机健康无关汉族人群HLA-DRB1、DQB1、DQA1、DRB3、DRB4、DRB5、DPA1、DPB1等位基因多态性的精确性,探讨HLA-DRB1等位基因丢失的原因及室内关键质控体系建立策略。方法：采用Mi Seq DxTM NGS平台对1 012例样本完成HLA-II类等位基因分型。对质控体系软件提示的疑难样本和HLA-DRB1纯合子样本采用PCR-SSOP法或PCR-SBT法进行确认。结果：检出HLA-DRB1、DRB3、DRB4、DRB5、DQA1、DQB1、DPA1、DPB1等位基因分别有45、7、5、7、17、21、10、27种。常见等位基因（频率>10%）有HLA-DRB1*09:01(17.09%)、15:01(10.72%);DRB3*02:02(25.99%)、03:01(10.18%);DRB4*01:03(36.46%);DRB5*01:01(15.42%);DQA1*01:02(20.01%)、03:02(17.19%);DQB1*03:01(19.47%)、03:03(17.98%)、05:02(11.66...     

恶性血液病患者造血干细胞移植前PRA、MICA抗体水平分析

目的分析恶性血液病患者造血干细胞移植前PRA-Ⅰ、Ⅱ类及MICA抗体阳性率和特异性频率。方法应用LSA方法检测恶性血液病患者PRA-Ⅰ、Ⅱ类及MICA抗体,并以已发表文献天然抗体阳性率及特异性频率作为参考,比较分析。结果男性恶性血液病患者抗体阳性率分别为Ⅰ类(56.1%,37/66)、Ⅱ类(45.5%,30/66)、MICA(12.1%,8/66);女性患者阳性率分别为Ⅰ类(77.6%,52/67)、Ⅱ类(53.7%,36/67)、MICA(16.5%,11/67)。恶性血液病患者抗体特异性频率与天然抗体相比明显升高的分别为:A~*23∶01,A~*68∶02,B~*44∶03,B~*57∶01,B~*58∶01,C~*03∶04,DRB1~*16∶01,DRB1~*16∶02,DRB1~*04∶03,DRB1~*04∶01,DQA1~*02∶01,DQB1~*03∶01,DQA1~*03∶02,DQB1~*03∶03,DPA1~*02∶02,DPB1~*05∶01,DPA1~*01∶03和DPB1~*01∶01。结论恶性血液病男性患者PRA-Ⅱ类、MICA抗体阳性率显著高于天然抗体组;女性患者PRA-Ⅰ、Ⅱ类、MICA抗体阳性率均显著高于天然抗体组。从抗体特异性来看,恶性血液病患者既存在天然抗体,也存在非天然抗体,而后者更容易成为DSA。因此,恶性血液病患者在造血干细胞移植前检测PRA-Ⅰ、Ⅱ类和MICA抗体有重要意义。     

4082名上海骨髓库汉族无关供者HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究

目的 了解上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1在高分辨分型水平上的等位基因及单体型频率分布特征.方法 采用PCR-测序分型技术(Sequence-based typing,SBT)对4 082名随机、无血缘关系、健康的中华骨髓库上海分库汉族造血干细胞捐献者进行HLA-A、B、DRB1高分辨基因分型,利用计数法和最大似然性原理方法分别计算HLA-A、B 、DRB1等位基因及单体型频率.结果 4082例样本中,共观察到204个HL4等位基因,其中频率＞0.1的HLA-A、B、DRB1等位基因分别有A*11:01、A*24:02、A*02:01、B*46:01、DRB1* 09:01、DRB1* 15:01.841条A-B单体型中,70条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD ＞0,HF≥3.67 ×10-4,x2 ＞3.84),8条表现为强连锁不平衡(RLD ＞0.40),17条单体型的频率高于0.01;1 027条B-DRB1单体型中,99条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD＞0,HF≥3.67×10-4,x2＞3.84),12条表现为强连锁不平衡(RLD＞0.40),12条单体型的频率高于0.01;3 344条A-B-DRB1单体型中,681条单体型是“可靠的”(频率≥3.67×10-4),单体型频率高于0.001有135条.结论 获得上海地区汉族人群HLA-A 、B、DRB1高分辨等位基因频率和单体型分布数据及相关遗传参数,为临床移植供者的选择、中国人群CWD表的制订、骨髓库最适库容的评估及人类遗传学研究提供参考数据.     

直接测序法用于四川骨髓库汉族人群HLA-C等位基因分布的研究

目的建立HLA-C等位基因通用引物直接测序法,研究中华骨髓库四川分库(简称四川骨髓库)中川籍汉族人群HLA-C等位基因分布。方法在四川骨髓库已获HLA-A/B/DRB1高分辨分型结果的600余份川籍汉族街头无关自愿捐献者标本中,随机选择244份标本,采用PCR-SBT对HLA-C位点测序分型,通用引物测序后产生的模棱两可分型结果,分别采用加测相应外显子和组特异性测序方法确认;获得所有标本确切的高分结果后,计算HLA-C各等位基因分布频率,并与其他人群比较。结果 244份标本中直接出HLA-C位点高分辨结果的比例为27.87%(68/244),须加测外显子1、5、6和7的为61.07%(149/244),须组特异性测序的为47.54%(116/244);共检出HLA-C等位基因25个,其中等位基因频率>10%的3个:C*01∶02、C*07∶02和C*03∶04,等位基因频率>1%的12个,累计频率95.69%;四川汉族人群HLA-C等位基因的分布与中国南方人群最为接近,与美国高加索人群和黑人的差异最大。另外,发现了1例新等位基因C*06∶45,它与同源性最高的C*06∶02在第187位碱基存在1个点突变:G>T,使密码子39由GAC>TAC,导致编码的氨基酸由天门冬氨酸(Asp)>酪氨酸(Tyr);此位点在此之前尚未发现过碱基突变。结论建立了针对HLA-C基因第2—4外显子的通用引物直接测序法,并提出了模棱两可结果的解决策略,所测标本均获得确切高分结果;四川汉族人群中HLA-C等位基因呈现多样性并存在自身特点。     

湖南省岳阳地区汉族人群造血干细胞捐献志愿者HLA-A*02亚型等位基因分布

目的 研究中华骨髓库湖南分库岳阳地区汉族人群造血干细胞捐献志愿者HLA-A* 02亚型基因多态性分布特点.方法 采用序列特异性寡核苷酸聚合酶链反应技术(PCR-SS0P)和聚合酶链反应-直接测序技术(PCR-SBT),对2010年1月～2011年12月采集的6 000名湖南省岳阳地区汉族人群造血干细胞捐献志愿者进行HLA-A高分辨率分型.结果 在6 000例HLA-A基因分型结果中,共检出3 124例A*02阳性,A* 02低分辨基因频率为0.349,检出的等位基因达到10个,分别为A* 02∶01(0.124),A*02∶02(0.001),A* 02∶03(0.036),A*02∶05(0.001),A* 02∶06(0.034),A* 02∶ 07(0.106),A* 02∶ 10(0.003),A* 02∶11(0.001),A* 02∶249(0.001)和A* 02∶ 256(0.001).其中A*02∶01为优势基因,A*02∶07,A* 02∶03和A*02∶06为常见基因,该研究人群中还检出东南亚人群罕见型基因A*02∶02,A* 02∶05,A*02∶10和A*02∶11及新近发现的罕见基因A*02∶249和A*02∶256.其基因频率分布与中华骨髓库湖北分库的基因频率分布比较差异无统计学意义,而与台湾慈济血库、日本、北爱尔兰、亚裔美国人的基因频率分布比较,差异有统计学意义.此人群A* 02低、高分辨杂合度分别为82.0％和95.8％,其高分辨率纯合子呈现规律性分布.结论 中华骨髓库湖南分库岳阳地区志愿者HLA-A* 02亚基因频率呈高度多态性,与中华骨髓库湖北分库志愿者两个群体间A*02基因频率分布比较差异无统计学意义(x2=7.75,P＞0.05),而与台湾慈济血库、日本、北爱尔兰、亚裔美国人群的A*02基因频率分布比较差异有统计学意义(x2=48.54,340.45,655.63,484.9,P＜0.01).     

HLA-DRB1,-DQB1,-DPB1等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(非M_3型)的关联性研究

目的探讨HLAⅡ类(-DRB1,-DQB1,-DPB1)等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)的易感相关性。方法以824名正常非亲缘造血干细胞捐献者(2016年1月—2019年9月)为对照,应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS-ION S5~(TM))技术、基于LABScan~? 3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等方法对308例AML(非M_3型)患者进行HLAⅡ类(-DRB1,-DQB1,-DPB1)基因高分辨分型,用Arlequin 3.5.2.2软件计算HLA基因频率和单体型频率,计算疾病优势比(odds ratio,OR)进行病例对照研究。结果经χ~2检验、连续校正显示非M_3型AML患者的HLA-DRB1~*07∶01(14.61%vs 9.53%,P0.01)、HLA-DQB1~*02∶02(12.82%vs 8.31%,P0.01)、HLA-DQB1~*06∶02(11.53%vs 8.74%,P0.05)和HLA-DPB1~*17∶01(5.84%vs 3.16%,P0.01)基因频率显著高于对照组,经Bonferroni校正后HLA-DRB1~*07∶01(Pc0.05)、HLA-DQB1~*02∶02(Pc0.05)和HLA-DPB1~*17∶01(Pc0.05)频率仍高于对照组,与AML呈强相关,OR分别为1.62(95%CI=1.23～2.14)、1.62(95%CI=1.21～2.18)和1.91(95%CI=1.23～2.94);AML患者的2座位单体型HLA-DRB1~*07∶01-DQB1~*02∶02频率经Bonferroni校正后仍高于对照组(12.66%vs 8.19%,Pc0.05);3座位单体型HLA-DRB1~*07∶01-DQB1~*02∶02-DPB1~*17∶01频率高于对照组,与AML呈强相关,是AML的易感单体型。结论本研究首次获得HLAⅡ(-DRB1,-DQB1,-DPB1)基因及单体型多态性与北方汉族AML相关性的资料,HLA-DRB1~*07∶01、HLA-DQB1~*02∶02、HLA-DPB1~*17∶01及单体型HLA-DRB1~*07∶01-DQB1~*02∶02-DPB1~*17∶01是北方汉族发生AML的风险基因及易感单体型,基于HLA单体型的风险预测可能比基于单个等位基因的风险计算更为精确。     

中国汉族人群HLA-DM多态性与强直性脊柱炎疾病关联分析

目的比较中国汉族人群强直性脊柱炎(AS)与健康对照HLA-DMA/HLA-DMB各SNP位点及等位基因多态性,分析可能的AS疾病易感位点及基因。方法选取110名AS患者和1 000名健康无关献血者,利用Taq-Man PCR技术对7个DMA和DMB SNPs(single nucleotide polymorphisms)位点进行了基因分型,运用SPSS软件及Arlequin3.1软件统计基因频率和单体型相关参数。结果 AS组DMA*01∶02基因频率(19.55%)显著低于对照组(28.05%),AS组DMA*01∶02-DMB*01∶01单体型频率(17.51%)也显著低于对照组(26.87%);AS组与对照组DMA p496和DMB p590 SNP位点多态性、DMA*01∶02等位基因以及DMA*01∶02-DMB*01∶01单体型分布差异有统计学意义(P0.05)。结论 DMA*01∶02等位基因和DMA*01∶02-DMB*01∶01单体型可能对于AS疾病具有保护性作用,未来有必要在其他人群中进一步确认并研究其基因功能。     

鼻咽癌高发区非癌人群HLA-A~* 02分子多态性及分布

目的了解中国南方鼻咽癌高发区非癌人群HLA-A*02等位基因多态性及其分布特点。方法采用PCR-SSOP方法对来源于广西鼻咽癌高发区的342例非癌对照标本作HLA-A基因分型;等位基因频率统计采用直接计数法,并应用卡方检验将其与已报道的中国南方及北方汉族群体HLA-A*02等位基因频率作比较。结果所检测的广西鼻咽癌高发区非癌人群的HLA-A*02等位基因分布频率为33.77%(231/684),共检测出5种HLA-A*02等位基因亚型,检出比例依次为:A*02∶03占48.92%(113/231)、A*02∶07占33.77%(78/231)、A*02∶01占9.52%(22/231)、A*02∶06占7.36%(17/231)和A*02∶11占0.05%(1/231);对比分析显示A*02∶01、A*02∶03、A*02∶06及A*02∶07在不同地区汉族人群中呈现出明显的分布差异(P<0.05)。结论中国南方鼻咽癌高发区非癌人群HLA-A*02等位基因中以A*02∶03最为常见、A*02∶07次之,其HLA-A*02等位基因亚型与中国其地域的汉族人群相比存在明显的差异分布特征,提示该等位基因亚型是人群分析中较好的多态性标志。     

广东汉族HLA-A、C、B、DRB1和DQB1基因的高分辨多态性及连锁不平衡分析

目的研究广东汉族人群的人类白细胞抗原(HLA)-A、C、B、DRB1和DQB1基因的高分辨多态性和等位基因间的连锁不平衡关系。方法PCR-测序分型方法(sequence-based typing,SBT)对144名随机广东汉族造血干细胞捐献者的HLA-A、C、B、DRB1和DQB1基因进行序列分析,并采用PyPop软件计算等位基因频率、单体型频率和连锁不平衡参数。结果发现1个新等位基因HLA-Cw*0340;HLA-Ⅰ类基因中,A、C、B基因座分别检出27、24和54个等位基因,其中频率>0.05常见等位基因包括A*1101、A*2402、A*0207、A*0201、A*3303、A*0203、Cw*0102、Cw*0702、Cw*0304、Cw*0801、Cw*0302、B*4601、B*4001、B*1301、B*5801和B*1502;HLA-Ⅱ类基因中,总共观察到30个DRB1和15个DQB1等位基因,频率>0.05的常见等位基因见于DRB1*0901、DRB1*0301、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0803、DRB1*1101、DRB1*1602,DQB1*0303、DQB1*0301、DQB1*0502、DQB1*0601、DQB1*0201、DQB1*0302和DQB1*0501;除A-DQB1最常见单体型为A*1101-DQB1*0301外,其它所有两座位单倍型以及A-C-B、A-B-DRB1和A-C-B-DRB1-DQB1扩展单体型的最常见型均由A*0207、Cw*0102、B*4601、DRB1*0901和DQB1*0303组合而成。任意2个HLA基因间均具有强的连锁不平衡,而21.99%—31.63%的有价值连锁不平衡单倍型具有统计学意义(χ2>3.84,P<0.05),其中频率≥0.01的有156条。结论获得了广东汉族人群HLA-A、B、C、DRB1和DQB1基因的等位基因和单体型多态性及连锁不平衡分析数据,为HLA基因的相关研究和应用提供了更加详细的参考资料。     

四川骨髓库四川籍汉族人群MICA等位基因分布

目的研究四川骨髓库四川籍汉族志愿者MICA等位基因分布特点。方法采用PCR-SBT和PCR-SSP方法,对四川骨髓库119名无关汉族志愿者标本作MICA等位基因分型和MICA基因缺失型分析。结果共检测到13种已知MICA等位基因和2种新MICA等位基因,频率依次为MICA*010(25.2%)、MICA*008:01/04(23.1%)、MICA*002:01(16.0%)、MICA*019(10.5%)、MICA*012:01(8.8%)、MICA*049(4.2%)和MICA*009:01(3.8%),这7种等位基因占所有MICA等位基因的91.6%。与浙江汉族相比,仅MICA*027分布的差异有统计学意义(P<0.05);与内蒙古汉族、韩国人、美国白人及非洲裔美国人相比,MICA*004和MICA*019分布的差异有统计学意义(P<0.05)。所发现的3例2种MICA新等位基因,已被世界卫生组织HLA因子命名委员会分别命名为MICA*064N和MICA*010:02。连锁不平衡分析发现,四川骨髓库汉族人群中B*1301-MICA*045,B*4801-MICA*Del紧密连锁;最常见的4位点单体型是A*0207-B*4601-MICA*010-DRB1*0901。结论四川籍汉族人群MICA等位基因表现出较丰富的多态性,具有其自身的特点。     

自身免疫性甲状腺病与个体携带HLA-DQA1等位基因的相关性分析

目的探讨AITD与个体携带HLA-DQA1*0301、HLA-DQA1*0501、DQA1*0201等位基因的相关性。方法对自身免疫性甲状腺病的GD患者194例、HT患者118例和非自身免疫性甲状腺病的SG患者85例以及健康者148例,采用PCR-SBT方法扩增HLA-DQA1*0301、HLA-DQA1*0501、DQA1*0201目的基因片段,进行率的χ2检验,计算OR值,对比分析他们等位基因分布频率的差异,探讨他们之间的相关性。结果 194例GD患者和118例HT患者的HLA-DQA1*0301、HLA-DQA1*0501等位基因分布频率均显著高于对照组,OR值均>1;HLA-DQA1*0201等位基因分布频率则明显低于对照组,OR值均<1。而非自身免疫性的SG患者的HLA-DQA1*0301、HLA-DQA1*0501、DQA1*0201与对照组之间无显著性差异。结论携带HLA-DQA1*0301、HLA-DQA1*0501等位基因的个体与GD患者和HT患者的发病易感性有相关性,而携带DQA1*0201等位基因的个体则与该病保护性相关。     

青海地区藏族HLA-DQA1基因多态性与慢性阻塞性肺疾病相关性研究

目的探索青海地区藏族HLA-DQA1基因多态性与慢性阻塞性肺疾病的相关性。方法回顾性选取2016年7月至2017年8月于接受治疗的30例藏族慢性阻塞性肺疾病患者为观察组,另收集30例身体健康的藏族人外周血为对照组。收集两组患者的一般资料进行比较,统计并记录两组患者的等位基因频率分布情况,进行独立危险因素分析。结果观察组患者DQA1*0301的等位基因频率36. 36%显著高于对照组9. 09%,DQA1*0102的等位基因频率6. 82%显著低于对照组40. 91%,差异具有统计学意义(P 0. 05)。DQA1*0301是造成HLA-DQA1等位基因人群患慢性阻塞性肺疾病的独立危险因素(P 0. 05)。结论青海地区藏族HLA-DQA1基因多态性与慢性阻塞性肺疾病具有显著相关性,DQA1*0301等位基因与慢性阻塞性肺疾病的发生具有直接联系。