变性高效液相色谱法对恶性肿瘤患者血浆DNA p53突变的检测

目的:探讨扩增恶性肿瘤患者血浆DNA的可行性,建立一种快速检测血浆DNA突变的新方法。方法:选取恶性肿瘤患者40例,提取血浆DNA,采用聚合酶链反应(PCR)扩增p53基因外显子7,用变性高效液相色谱法(DHPLC)对产物进行突变分析,并与测序结果比较。结果:40例恶性肿瘤患者血浆提取的DNA均能扩增出目的片断,DHPLC检测到有8例突变,与DNA直接测序结果一致。结论:对恶性肿瘤患者血浆DNA扩增是可行的,DHPLC可作为一种快速简便的突变检测方法。     

变性高效液相色谱检测恶性肿瘤患者血浆DNA p53突变

目的 探讨扩增恶性肿瘤患者血浆DNA的可行性，建立一种快速检测血浆DNA突变的新方法。方法 选取恶性肿瘤患者共40例，采用Qiagen column柱抽提法提取血浆DNA，采用聚合酶链反应（PCR）扩增p53基因外显子7，用变性高效液相色谱法（DHPLC）对产物进行突变分析，并与测序结果比较。结果 40例恶性肿瘤患者血浆提取的DNA均能扩增出目的片断，DHPLC检测到有8例突变，随机送检的8份DHPLC未检测到突变者测序也未发现突变存在，与DNA直接测序结果相一致。结论 对恶性肿瘤患者血浆DNA行PCR扩增是可行的，DHPLC可作为一种快速，简便和经济的突变筛选方法，运用此方法检测血浆中p53等基因的突变有望应用于恶性肿瘤高危人群的预警和早期诊断以及作为预后参考。     

肌萎缩侧索硬化症家系铜锌超氧化物歧化酶基因突变位点的检测

目的：检测一个具有特殊临床表型的肌萎缩侧索硬化症（ALS）家系的铜、锌超氧化物歧化酶（SOD1）基因突变位点,同时比较单链构象多态性（SSCP）和变性高效液相色谱法（DHPLC）的实用价值.方法：采用SOD1基因的5对引物对部分家系成员基因组DNA进行PCR扩增,分别采用SSCP和DHPLC分析各外显子的多态性,异常样本进行DNA直接测序.结果：①两种方法均发现家系成员Ⅱ5、Ⅲ1、Ⅲ3、Ⅲ13、Ⅲ20、Ⅳ1、Ⅳ20的第2外显子和家系成员Ⅲ1、Ⅲ11、Ⅲ20第5外显子存在突变,直接测序证实第2外显子编码区和第5外显子非编码区均插入了一个碱基A.②DHPLC还发现家系成员Ⅲ1的第4外显子有杂合子色谱,直接测序证实其第4外显子存在杂合子,发生了GAA→GGA错义突变.结论：①该家系SOD1基因第2、4、5外显子均存在突变,第2外显子的突变可能是引起该家系发病的原因.②DHPLC技术与PCR-SSCP相比有更高的敏感性,可作为大样本筛查突变位点的一种便捷、可靠的手段.     

变性高效液相色谱法在FALS突变位点检测中的应用

目的检测一个肌萎缩侧索硬化症(amyotrophic lateral sclerosis,ALS)家系的铜、锌超氧化物歧化酶(Cu/Zn su-peroxide dismutase,SOD1)基因的突变位点,同时观察变性高效液相色谱法(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)的实用价值.方法对PCR-SSCP检测阴性的外显子,应用DHPLC法及DNA直接测序技术,再次进行SOD1基因的突变位点检测.结果经DHPLC检测,家系成员Ⅲ1SOD1基因的第4外显子有突变峰,DNA直接测序证实存在杂合子,发生了GAA→GGA错义突变,使编码的氨基酸由谷氨酸变为甘氨酸.结论DHPLC技术与PCR-SSCP相比有更高的敏感性,可作为大样本筛查突变位点的一种便捷可靠手段.     

变性高效液相色谱法筛选XRCC4基因突变

目的应用变性高效液相色谱技术（DHPLC）-异源双链分析对鼻咽癌患者XRCC4基因突变进行筛查与鉴定,研究鼻咽癌患者XRCC4的基因突变情况,探讨DHPLC在筛查相关基因突变、预测放疗敏感性方面的应用。方法采用聚合酶链反应（PCR）和DHPLC筛查88例鼻咽癌患者XRCC4基因的突变。结果对DHPLC图形异常的PCR扩增片断进行DNA测序鉴定突变位点及性质,检测出28例XRCC4基因8号外显子第377位C变成T,导致126号密码子的ser→phe,导致氨基酸残基的替代变化（丝氨酸→苯丙氨酸）。结论用PCR—DHPLC筛查结合测序分析检测XRCC4突变是一种高效、经济、简便、可靠的方法。     

脑血管狭窄患者Nf1全基因的DHPLC分析(附5例报告)

目的 探讨脑血管狭窄患者Nf1基因的突变热点及突变方式.方法 从全血中提取DNA,采用变性高效液相色谱分析(DHPLC)对5例脑血管狭窄病例进行Nf1全基因突变筛查;对DHPLC检测有差异洗脱峰型的区域进行测序分析.结果 5例无危险因素的脑血管狭窄患者Nf1全基因筛查发现:①1例出现5号外显子无义突变位点,c.541C-T;②5例均有14号和15号外显子之间内含子的基因突变;③4例有7号外显子c.702G-A的同义突变位点;④1例出现32号(c.4177G-A,Val-Ile)和46号外显子(c.6918T-G,Asn-Lys)的错义突变.结论 在目前无其他基础疾病的脑血管狭窄患者体内的Nf1基因并非以稳定野生型存在,而是具有不同类型的突变,这些突变集中在第5、7、14、32和46等外显子上.     

家族性腺瘤性息肉病患者APC基因胚系突变的初步研究

目的:探讨国人家族性腺瘤性息肉病(FAP)患者APC基因胚系突变的特点.方法:对我院2004年3月至2005年3月收治的6例FAP患者运用PCR变性高效液相色谱技术检测APC基因,对可疑突变者进行测序.结果:变性高效液相色谱检测共发现3个可疑突变片段,经DNA测序证实3个片段均存在突变.其中,15号外显子2例,14号内含子1例.结论:国人FAP患者相同基因型APC基因突变可有不同表现型.     

肺腺癌患者血浆线粒体DNA D-LOOP高变区基因突变的研究

目的探讨检测线粒体DNA D-LOOP高变区基因突变对于肺腺癌诊断的参考价值。方法选取肺腺癌患者31例,分别提取血浆和癌组织DNA,用聚合酶链反应扩增血浆和癌组织线粒体DNA的D环HVR1,然后用变性高效液相色谱法进行突变筛选。直接测序法测定D环HVR1序列,确定肺腺癌患者组织和血浆中的D环HVR1区的基因突变。结果与对照组相比,肺腺癌患者的血浆和癌组织DNA的扩增率有显著差异(P<0.05),D-LOOP高变区HVR1存在点突变。结论线粒体基因D环高变区HVR1在肺腺癌肿的突变在肺腺癌的诊断中可能有一定作用。     

非小细胞肺癌中表皮生长因子受体基因突变的筛查

目的检测非小细胞肺癌患者的表皮生长因子受体(EGFR)基因外显子的突变情况。方法收集24例肺腺癌和25例肺鳞癌手术标本,抽提组织DNA,对EGFR基因的1-28号外显子进行扩增并测序,筛查EGFR基因的突变。结果在8例肺腺癌患者中检出EGFR突变,在肺鳞癌患者中未检测到突变。检测到的突变位点位于19-21号外显子内,且均为非吸烟患者,占非吸烟肺腺癌患者的61.5%(8/13)。结论 EGFR基因突变在非吸烟的肺腺癌患者具有较高的发生率,突变主要集中发生于19-21号外显子。     

杂合突变的PCR产物中包含异源双链DNA片段的研究

目的:验证杂合突变的PCR产物中包含异源双链DNA片段.方法:采用PCR、PAGE电泳和变性高效液相色谱分析的方法,对中国人表皮松解性掌跖角化症致病基因KRT9第1外显子的杂合的碱基插入/缺失突变(497delAinsGGCT)进行实验验证.结果:KRT9基因第1外显子碱基插入/缺失突变(497delAinsGGCT)杂合子的PCR产物,本身包含2种异源双链DNA片段和2种同源双链DNA片段,不需要经过额外的变性、退火处理.结论:在用DGGE、TGGE、DHPLC和HA等需要形成杂合双链体的基因突变检测技术进行突变检测时,如果突变为杂合子,则PCR产物可以直接进行突变检测,不需要预先加热/冷却等预处理以形成异源双链DNA分子.     

Comparison of three methods for detecting epidermal growth factor receptor mutations in plasma DNA samples of Chinese patients with advanced non-small cell lung cancer

Background  Epidermal growth factor receptor (EGFR) mutations can predict tumor response to tyrosine kinase inhibitors (TKIs). Detecting EGFR mutations in plasma DNA samples in patients with advanced non-small cell lung cancer is challenging and promising. We compared three methods for detecting plasma EGFR mutations, including direct DNA sequencing, denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC) and Scorpions Amplification Refractory Mutation System (Scorpions ARMS).

Methods  Plasma DNA samples from 73 patients with stage IIIB to IV adenocarcinoma were analyzed for EGFR mutations in exons 19 (deletion mutation) and 21 (L858R mutation) using direct DNA sequencing, DHPLC and Scorpions ARMS. Sensitivities of the three methods were compared and the relationship between EGFR mutations and patients’ survival was analyzed.

Results  In 73 patients, we detected EGFR mutations in 5 samples (6.9%) by direct DNA sequencing, in 22 samples (30.1%) by DHPLC, and in 28 samples (38.4%) by Scorpions ARMS. EGFR mutations were found in 13 samples in exon 19 and in 9 samples in exon 21 by DHPLC, while we found mutations in 15 samples in exon 19 and in 13 samples in exon 21 by Scorpions ARMS. Among the 73 patients, there was 90.4% concordance between DHPLC and Scorpions ARMS (66/73, κ=0.79, P=0.07). Of the 73 patients, 46 patients were treated with gefitinib, including 18 patients with mutations and 28 patients without mutations as determined by Scorpions ARMS. The 18 patients with mutations had a significantly longer progression-free survival (PFS) time (median PFS was 21.0 months) than the 28 patients without mutations (median PFS was 7.0 months) (P=0.022).

Conclusions  Among the three methods for detecting EGFR mutations in plasma DNA samples of patients with advanced lung adenocarcinoma, direct gene sequencing had the lowest sensitivity, while Scorpion ARMS showed the highest mutation detecting capability. DHPLC is slightly less sensitive than Scorpion ARMS. EGFR mutations in exons 19 (deletion mutation) and 21 (L858R mutation) predict a longer PFS.

     

老年晚期非小细胞肺癌EGFR基因突变情况的研究

目的 通过检测非小细胞肺癌(NSCLC)的人表皮生长因子受体(EGFR)基因突变,以探讨老年晚期患者的EGFR突变类型及突变特征。方法 45例经CT引导下经皮肺穿刺术的NSCLC的病理组织标本,经基因测序法检测其EGFR基因突变情况,并对EGFR基因各外显子的突变类型进行统计分析。结果 45例NSCLC标本,EGFR基因突变率为37.8%,其中外显子19约占52.9%;外显子21占41.2%,两者合占基因总突变数的94.1%。外显子19突变主要发生在DNA链上的碱基序列第746～753位密码子上,均为碱基删除突变,其中,最常见的突变类型是del E746-A750;外显子20突变1例,突变发生在DNA链上的碱基序列第768位密码子上的错义突变;外显子21突变发生在DNA链上的碱基序列第848、858、861位密码子上的错义突变,而L858R是最常见类型。突变阳性率,男性22.7%,女性52.2%;吸烟者15.4%,非吸烟者46.9%;鳞癌14.2%,腺癌48.4%;Ⅲ期26.5%,Ⅳ期36.8%,EGFR基因突变率在性别比例、吸烟情况以及病理类型之间的比较,差异均有显著性学意义(P&lt;0.05);在肺癌分期的比较,差异无意义(P&gt;0.05)。结论 (1)EGFR基因突变约占NSCLC总数的37.8%, 以外显子19、21突变为主。(2)EGFR主要突变类型为碱基删除突变、错义突变,大部分突变发生在女性、非吸烟、腺癌患者,其中,半数以上存在复合突变。     

腹膜间皮瘤组织体细胞突变的分析

［摘要］目的：探讨临床标本全基因组测序中体细胞突变测定技术的应用。方法：对1例手术切除的腹膜间皮瘤肿瘤组织和其癌旁组织进行了第二代全基因组测序,并将结果与人类基因组数据库的参考序列进行比对。结果：发现639 717个肿瘤组织和癌旁组织细胞共有的单核苷酸变异（single nucleotide variation,SNV）,20 302个肿瘤组织独有的SNV和2 185个癌旁组织独有的SNV,还有223个位点,在肿瘤组织和癌旁组织以及人类基因组参考序列三者之间均不相同。结论：仅仅对个体2种组织样本和人类基因组参考序列比对,尚不能准确定位病变细胞的所有体细胞突变。因此,建立个体出生时的全基因组序列或预留出生时的DNA样本有助于排除正常组织体细胞突变的干扰。     

血浆循环核酸p53突变诊断原发性肝癌的价值

目的　研究肝脏良恶性疾病患者血浆循环核酸 p5 3基因突变 ,探讨其突变检测诊断肝癌的可行性和价值 .方法　肝脏疾病患者 6 1例 ,其中原发性肝癌 36例 ,良性组为肝血管瘤、肝囊肿和乙型肝炎肝硬化患者共 2 5例 ,提取血浆DNA,采用 PCR扩增 p5 3基因外显子 5 & 6 ,7和 8(E5 & 6 ,E7和 E8) ,用变性高效液相色谱法 (DHPL C)对产物进行突变筛选 .结果　肝恶性肿瘤患者 36例血浆提取的 DNA扩增出E5 & 6 ,E7和 E8例数分别为 10 ,36和 35 ,良性组对应为 0 ,6和 4例 . DHPL C检测到 4 / 36例 E5 & 6突变 ,12 / 36例 E7突变 ,未检测到 E8突变 ,良性组检测到 2 / 2 5例 E7突变 .结论　良恶性组间扩增阳性率有明显差异 (P<0 .0 5 ) ,p5 3基因突变与乙型肝炎感染有关 ,HBs Ag+肝癌患者 p5 3基因突变率明显高于 HBs Ag- 肝癌患者 (P<0 .0 5 ) ,循环核酸 p5 3突变检测有望成为肝癌高危人群特别是乙型肝炎感染和携带者预警或早期诊断的参考指标     

Rb2/p130寡核苷酸基因芯片的制备及肺癌手术标本的检测

目的：用基因芯片方法检测肺癌标本中Rb2/p130基因的点突变情况,为肺癌诊断探索快速、准确的基因检测途径。方法：收集肺癌患者的手术标本,提取基因组DNA,检索Rb2/p130基因的DNA序列后,设计并合成探针和引物序列,将探针按一定顺序点样于醛基化玻片,制备成基因芯片。用荧光标记引物对肺癌标本DNA进行PCR扩增,扩增产物与基因芯片杂交,通过对杂交信号的检测判断是否发生热点突变,并用测序方法对突变位点进行验证。结果：在30例用寡核苷酸基因芯片的方法检测的肺癌标本中,Rb2/p130基因突变的检出率为16.67%,其中肺腺癌的突变率为20%（4/20）,肺鳞癌的突变率16.67%（1/6）;在检测过程中发现PCR产物浓度和杂交温度是影响结果的关键因素,对突变位点的测序证实了基因芯片的结果。结论：基因芯片法检测出中国人肺癌组织标本存在Rb2/p130基因突变,但突变率（16.67%）低于西方人（78.5%）。未能检测全部突变位点、标本量小和人种差异可能是低突变率的原因。     

肺腺癌表皮生长因子受体基因突变及临床意义

目的研究肺腺癌组织中表皮生长因子受体(EGFR)第18、19、21外显子基因突变频率和类型及其与临床特征的关系。方法收集90例肺腺癌患者肿瘤组织石蜡包埋标本,提取DNA,聚合酶链反应扩增EGFR外显子18、19、21序列,进行基因测序分析,结合患者临床资料分析EGFR基因突变频率和类型以及临床特点。结果 90例肺腺癌组织中未检测到18外显子突变;检测到19外显子突变11例(12.2%),其中碱基缺失突变10例,包括2 235核苷酸到2 249核苷酸缺失3例,2 240核苷酸到2 248核苷酸缺失1例,2 240核苷酸到2 253核苷酸缺失2例,2 240核苷酸到2 257核苷酸缺失3例,1例同时检测到2 240核苷酸到2 248核苷酸和2 251核苷酸到2 262核苷酸2个片段碱基的缺失,另1例为P741L错义突变;21外显子突变18例(20.0%),表现为碱基的替换突变,其中14例为L858R,L858M、A722V、K875R、Q787Q各1例。不同性别、年龄、肿瘤直径、临床分期、分化程度及有无淋巴结转移者之间比较,EGFR基因19、21外显子突变率比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论肺腺癌肿瘤组织中EGFR外显子突变热点集中在19、21外显子,不同外显子的突变频率和类型不同;EGFR基因突变与患者的性别、年龄、肿瘤直径、临床分期、分化程度及淋巴结转移等临床特征无相关性。     

Associations Between Epidermal Growth Factor Receptor Gene Mutation and Serum Tumor Markers in Advanced Lung Adenocarcinomas:A Retrospective Study

Objective To investigate the associations between epidermal growth factor receptor （EGFR） gene mutations and serum tumor markers in advanced lung adenocarcinomas. Methods We investigated the association between EGFR gene mutations and clinical features, including serum tumor marker levels, in 97 advanced lung adenocarcinomas patients who did not undergo the treatment of EGlaR tyrosine kinase inhibitors. EGFR gene mutation was detected by real-time PCR at exons 18, 19, 20, and 21. Serum tumor marker concentrations were analyzed by chemiluminescence assay kit at the same time. Results EGFR gene mutations were detected in 42 （43%） advanced lung adenocarcinoma patients. Gender （P=0.003）, smoking status （P=0.001）, and abnormal serum status of carcinoembryonic antigen （CEA, P=0.028） were significantly associated with EGFR gene mutation incidence. Multivariate analysis showed the abnormal CEA level in serum was independently associated with the incidence of EGFR gene mutation （P=0.046） with an odds ratio of 2.613 （95% Ch 1.018-6.710）. However, receiver operating characteristic （ROC） curve analysis revealed CEA was not an ideal predictive marker for EGFR gene mutation status in advanced lung adenocarcinoma （the area under the ROC curve was 0.608, P=0.069）. Conclusions EGFR gene mutation status is significantly associated with serum CEA status in advanced lung adenocarcinmoas. However, serum CEA is not an ideal predictor for EGFR mutation.