基于GEO数据库的可卡因使用障碍潜在关键基因筛选及生物信息学验证

目的 应用生物信息学方法筛选可卡因使用障碍的核心基因和信号通路。方法 从基因表达综合数据库下载基因表达数据集GSE54839。应用R软件筛选差异表达基因。使用DAVID数据库进行基因富集分析。使用STRING数据库构建蛋白互作网络,使用cytoscape筛选核心基因。结果 共筛选出51个差异表达基因,主要参与MAPK信号通路调控。4个核心基因ATF3,FOS,FOSB,JUN均属于转录因子基因。结论 MAPK信号通路和转录因子可能在可卡因使用障碍中起到重要作用。     

糖尿病肾病发展为终末期肾病潜在机制的生物信息学研究

目的利用生物信息学方法探讨糖尿病肾病发展为终末期肾病的差异基因表达和潜在机制。方法检索获取美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库并获取糖尿病肾病和终末期肾病外周血单核细胞的基因表达芯片GSE142153数据集,筛选样本差异表达基因数据进行富集分析并筛选核心靶点,利用基因集富集分析方法筛选糖尿病肾病和终末期肾病差异表达基因富集的生物学功能。结果糖尿病肾病发展为终末期肾病的过程中,差异基因以上调表达为主,显著富集于氮素代谢信号通路;涉及蛋白质-谷氨酰胺γ-谷氨酰转移酶活性等分子功能、血红蛋白复合物等细胞组分和红细胞分化等生物学过程。结论糖尿病肾病发展为终末期肾病差异基因异基因富集于氮素代谢信号通路;涉及蛋白质-谷氨酰胺γ-谷氨酰转移酶活性等分子功能、血红蛋白复合物等细胞组分和红细胞分化等生物学过程。     

基于生物信息学方法筛选骨关节炎进展相关关键基因

目的 利用生物信息学方法筛选骨关节炎进展相关的差异表达基因(DEGs)。方法 在基因表达组学数据库(GEO)下载GSE206848数据集，运用GEO₂R在线工具进行分析，并筛选DEGs;利用R语言绘制火山图和热图。然后对DEGs进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析；将获得的DEGs数据导入STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI),并通过CytoHubba插件以5种算法取交集筛选关键基因(Hub gene)。结果 经GEO₂R筛选，从GSE206848数据集中获得DEGs 1 592个(545个上调基因、1 047个下调基因)。GO功能富集分析发现，DEGs的生物学过程主要富集在DNA代谢过程的调节、超分子纤维组织的调控、细胞器组织的负调控；细胞定位主要富集细胞边缘、肌动蛋白细胞骨架、核散斑；分子功能主要富集微管蛋白结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性。KEGG通路富集分析结果主要涉及PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架调控等。应用CytoHubba插件筛选得到3个关键基因(PIK3CA、EGFR...     

基因表达差异谱数据的显著性分析方法

cDNA微阵列实验的基因表达差异水平的检测,在癌症诊断中鉴别肿瘤特异性基因分型的方法,可采用比较条件下的两个基因的表达差异,发现与疾病相关的基因的特异性表达。在实验中对相同样品通常有两次或多次的重复,来提高实验数据的可靠性、稳定性,但是不能重复足以满足对实验数据的分析的要求,因为cDNA微阵列费用仍然比较昂贵,对实验数据的表达差异分析就是要识别在不同条件下有显著表达差异的基因,因此需要采用分析这些数据的统计方法,这样有助于揭示生命体的奥秘,而且还可以为基因诊断与基因治疗提供重要的科学依据和为复杂疾病的发病机制研究提供重要的方法。     

基于生物信息学分析膝关节和指间关节软骨细胞的基因组学差异：机械应力对膝骨关节炎病情发展的影响

目的 通过分析膝关节和指间关节软骨细胞的基因组表达差异,探讨机械应力影响膝骨关节炎（knee osteoarthritis,KOA）发生发展的分子机制。方法 (1)从公共数据库（GSE68038）下载并整合膝关节和指关节软骨细胞基因表达矩阵,进一步筛选差异表达基因（differential expressed genes,DEGs）,进行富集分析和蛋白互作分析。(2)再提取KOA相关微阵列基因数据（GSE117999）,与上述软骨细胞基因表达矩阵进行遗传交集分析,筛选枢纽基因,并进行富集分析与蛋白互作分析。(3)对遗传交集中枢纽基因进行mi RNA调控网络和相关通路分析,初步为KOA提供可能的治疗靶点。结果 在膝关节和指关节软骨细胞基因表达矩阵中共鉴定出213个DEGs,主要参与细胞增殖的正/负调控、细胞分裂的正调控、细胞凋亡的正调控以及胚胎肢体形态发育;两个微阵列矩阵共有122个交叉基因,这些基因主要参与DNA复制、细胞分裂、钙离子结合以及细胞凋亡过程的正调控等生物学进程。结论 机械应力对软骨细胞有多种影响,在生理上有助于维持软骨细胞稳态和促进软骨发育,病理上通过促进软骨细胞分化和肥...     

心力衰竭相关新基因的筛选和分析

目的 分析心力衰竭潜在的相关基因以及相关机制。方法 从基因表达综合数据库中下载数据集GSE18703,使用R软件中“limma”包分析差异表达基因（DEGs）。对DEGs进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,以探索心力衰竭相关的生物学功能和信号通路。使用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络,识别心力衰竭发病机制相关的关键基因,用荧光定量聚合酶链反应（qPCR）法对血管紧张素Ⅱ（AngⅡ）诱导的大鼠H9C2心肌细胞模型进行转录水平的验证。通过h TFtarget数据库分析关键基因的转录因子网络,以探究心力衰竭的发生机制。结果 共筛选出292个DEGs,其中上调基因140个,下调基因152个。GO分析显示,DEGs主要富集于细胞外区、细胞外空间、血液微粒等细胞成分以及嗅觉转导、血管平滑肌收缩、代谢途径等通路。KEGG通路分析发现,DEGs主要富集于环磷酸鸟苷（cGMP）-蛋白激酶G(PKG)信号通路、肥厚型心肌病和扩张型心肌病等信号通路。通过PPI网络,筛选出6个关键基因,分别是Gprc6a、C3、Anxa1、Oxt、Gpr4和Avpr...     

原核移植技术对子代小鼠脑组织mRNA表达谱的影响

目的 探讨原核移植（PNT）技术对子代小鼠脑组织 mRNA 表达谱的影响。 方法 将 SPF 级 ICR（CD-1）雌鼠超促排卵并与雄鼠交配受精后, 收集雌鼠受精卵进行原核移植, 获得重构胚胎, 将其移植到假孕小鼠输卵管内获得原核移植子代小鼠（PNT 组）, 未经原核移植操作的受精卵经过胚胎移植后获得子代小鼠（对照组）。 提取 2 组小鼠脑组织 RNA, 逆转录为 cDNA 后荧光染料标记, 利用 Agilent 小鼠 mRNA 芯片检测 2 组 mRNA 表达谱差异, 筛选差异表达的 mRNA 并进行 GO 和信号通路分析。 结果 PNT 组与对照组表达差异倍数在 2 倍以上的 mRNAs 有 392 个, 占所有 mRNAs 的 1.7%, 其中 366 个表达升高, 26 个表达降低;表达差异倍数在 4 倍以上的共 11 个。 上述差异表达的 mRNAs 经 GO 分析结果显示靶基因富集于 mRNA 可变剪接、小 GTP 酶介导的信号转导、胰岛素受体信号通路调节等生物学过程以及水解酶活性、跨膜转运蛋白活性、焦磷酸酶活性等分子功能。 信号通路富集分析结果显示靶基因集中在离子通道转运、脂肪酸代谢、丁酸甲酯代谢、三酰甘油和酮体代谢等信号通路。 结论 原核移植可能会对小鼠脑组织一些关键代谢过程产生影响。     

基于生物信息学筛选乙型肝炎差异表达基因及其在预测肝癌预后中的作用

目的:应用生物数据库及生物信息分析技术探索乙型肝炎病毒(HBV)感染肝细胞的差异表达基因,分析其在肝癌预后中的预测价值。方法:登录基因芯片公共数据库(GEO)下载数据并检测基因芯片品质,应用R软件甄选差异基因,富集分析对差异基因进行分类注释,构建蛋白质相互作用网络筛选核心基因,运用基因表达谱数据动态分析(GEPIA)验证核心差异表达基因,分析5年生存率。结果:合计1041个基因在乙型肝炎病毒感染肝细胞中存在表达差异,基因本体(GO)富集分析显示差异基因主要与细胞外间隙、胞外区、胞外外泌体、环氧化酶P450通路、受体结合相关。京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析显示差异基因主要参与补体及凝血级联反应、糖酵解/糖异生、视黄醇代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、碳代谢、代谢途径、初级胆汁酸生物合成、癌症中的蛋白聚糖、胆汁分泌等信号通路。蛋白互作网络筛选出10个关键基因。GEPIA数据库验证结果显示其6个基因高表达于肝癌组织,而生存分析验证激肽原基因1(KNG1)高表达组肝癌患者5年生存率更高。结论:生物信息学技术能有效筛选HBV感染肝细胞中的核心差异基因,并具有预测肝癌预后的作用。     

高通量实时荧光定量RT-PCR方法验证FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物处理的差异表达基因

目的验证由寡核苷酸微阵列检出的FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物(BPDE)处理的差异表达基因。方法FL细胞分别经0.1%二甲亚砜(DMSO)和0.5μmol.L-1BPDE处理,以高通量实时荧光定量RT-PCR方法(TaqMan(低密度芯片)平行检测185个目标基因的相对表达水平。结果BPDE处理组相对DMSO对照组,51个基因表达有差异,12个基因表达上调,39个基因表达下调,(n=3,P<0.05),涉及细胞增殖,分化,凋亡调控基因,转录调节基因和代谢酶基因等。结论高通量实时荧光定量RT-PCR可迅速对微阵列数据进行验证,差异表达谱有助于研究BPDE的毒理机制和细胞的应答反应。     

多靶点激酶抑制药GNF-7对白血病细胞表达谱的影响

目的探索多靶点激酶抑制药GNF-7对白血病细胞表达谱的影响。方法从基因表达公共数据库下载表达谱数据集GSE49534,用BRB-Array Tools软件包筛选差异表达基因(DEGs),分别对差异基因进行基因本体(GO)功能分析、通路富集分析、基因互作网络分析和通路互作网络分析。结果共筛选出847个差异基因,其中上调表达基因426个,下调表达基因419个。DEGs发挥的分子功能集中在结合、蛋白激酶活性和信号转导因子活性等,主要参与信号转导、小分子代谢和细胞凋亡等生物学过程。DEGs显著富集的通路有核糖体合成、代谢通路、Janus激酶-信号转导和转录激活因子(JAK-STAT)信号通路等。网络分析挖掘出的核心基因有多核糖核苷酸核苷酸转移酶1(PNPT1)、腺苷酸激酶4(AK4)、Janus激酶2(JAK2)、信号转导和转录激活因子2(STAT2)、MYC,核心pathway包括丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、凋亡、细胞周期和肿瘤通路等。结论 GNF-7通过诱导凋亡和细胞周期阻滞等抑制白血病细胞。     

多肽药物分析方法研究进展

介绍多肽药物的生物活性分析、结构分析、纯度分析的发展状况。     

Methods of analysis and physiological relevance of rhythms in sympathetic nerve discharge

• 1 Like virtually all other physiological control systems, the sympathetic nervous system controlling cardiovascular function is characterized by the presence of rhythmic activity. Despite the prevalence of rhythms, their function is often not obvious, which leads to the question, what can one learn about the neural control of autonomic function by studying sympathetic nervous system rhythms?
• 2 Sympathetic nerve discharge (SND) is characterized by a mixture of periodicities ranging between approximately 0.04 and 10 Hz, depending on the physiological conditions, type of nerve being analysed and the species. The present article illustrates why frequency domain (power density spectral) analysis is more suitable than time domain (autocorrelation) analysis to quantify a complex signal (i.e. one with multiple frequency components) such as SND.
• 3 The present article entertains the possibilities that rhythmic activity may lead to more effective activation of sympathetic neurons than randomly occurring activity, that rhythmicity is important for coordinating activity in different sympathetic nerves and in formulating complex cardiovascular response patterns and that sympathetic rhythmicity may help maintain homeostasis.

     

固相微萃取技术及其在医学分析中的应用

固相微萃取 (ｓｏｌｉｄｐｈａｓｅｍｉｃｒｏ ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ,ＳＰＭＥ)技术是加拿大Ｗａｔｅｒｌｏｏ大学Ｐａｗｌｉｓｚｙｎ研究小组 1990年首创 ,美国Ｓｕｐｅｌｃｏ公司于 1993年推出了商品化的ＳＰＭＥ装置 ,在分析化学领域引起极大的反响。该技术有别于传统的样品预处理方法[1～ 5] ,与液 液萃取技术和固液萃取技术相比 ,不再使用常规的大量高纯有毒的有机溶剂 ,而是在一根熔融的石英纤维表面涂渍各种不同的色谱固定相或吸附材料构成萃取头 ,选择性的富集痕量有机化合物。该技术装置简单、操作方便、富集效率高 ,已实现自动…     

The impact of tricyclic antidepressants and selective serotonin re-uptake inhibitors on handwriting movements of patients with depression

RATIONALE: Psychomotor retardation is a common symptom of patients with major depressive disorder. While a variety of clinical examinations using different techniques have been undertaken to assess the motor component of psychomotor retardation in depression, the effects of antidepressants on psychomotor functions have been examined less extensively. OBJECTIVE: The aim of the present study was to examine the effect of various pharmacological treatments on handwriting movements of patients with depression. METHODS: Kinematic data of automated handwriting movements of 18 depressed patients receiving tricyclic antidepressants (TCAs), 18 patients on selective serotonin re-uptake inhibitors (SSRIs) and 18 healthy subjects was recorded and analysed. Groups were matched according to age, sex, handedness and education level. For the assessment of fine motor movements, a digitising tablet was used. Subjects were asked to perform a simple writing task. Movement time, velocity and acceleration of the handwriting movements were measured. RESULTS: Statistical analysis of writing movements revealed motor slowing in patients receiving TCAs. In comparison with both healthy subjects and patients receiving SSRIs, the TCA group displayed an increased movement time, reduced automation of handwriting, lower maximum velocities and reduced acceleration of descending strokes. CONCLUSIONS: The results suggest either that TCAs have adverse effects on motor functioning or that they are less effective in the treatment of motor retardation than SSRIs.     

3种高血压治疗方案的药物经济学评价

目的 对单独使用拜新同、拜新同与科素亚合用或与海捷亚合用治疗中重度原发性高血压的3组方案进行药物经济学评价.方法 选择45例中重度原发性高血压患者,随机分成3组,每组各15例.拜新同组:单用拜新同30mg,qd;拜新同与科素亚合用组:拜新同30mg,qd,加科素亚50 mg,qd;拜新同与海捷亚合用组:拜新同30mg,qd,加海捷亚62.5mg,qd;3组疗程均为12周,观察3组治疗疗效.结果 3组治疗方案在治疗中、重度高血压上治疗效果有显著差异,成本也有显著差异.结论 拜新同联合海捷亚疗效高且更为经济.     

订单分析方法在自动化药房建设中的应用

目的:了解订单分析方法在医院药房处方分析中的作用,为改善药品管理和建设自动化药房提供理论依据。方法:利用EIQ(Entry,Item,Quantity)分析结合ABC分类分析、订单频次分析等对某"三甲"医院门诊药房的发药处方进行分析,获得医院药房日常发药量的大小及其一定周期内的波动规律等相关数据。结果:分析数据可知,该门诊药房应按发药处方顺序依次进行分拣;可将门诊药房盒装药品按单个品项发药量的大小分类,A类药品76种,B类药品184种,C类药品332种,并引入相应的自动化分拣设备;1天之内发药高峰时段在上午9:00-11:30和下午2:00-4:30,1周之内周二至周五发药数量较多。结论:订单分析方法适用于医院处方的分析,可为自动化药房的规划和建设提供有价值的参考数据。     

物理分析技术在中药研究中的应用

目的:介绍物理分析技术在中药分析和研究开发中的应用。方法:运用X射线谱分析和原子光谱分析技术在中药研究中的方法。结果:认为这些方法可以用于中药的分析鉴定。结论:物理分析技术在中药分析和鉴定领域具有广阔的应用前景。     

Systematic review of the pharmacoeconomics of Parkinson disease medications

ABSTRACT

Introduction: Parkinson’s disease (PD) causes progressive motor symptoms including tremor, rigidity, and bradykinesia, along with non-motor symptoms such as dementia, orthostatic hypotension, and depression. Over time, PD can lead to falls, disability, institutionalization, and caregiver burden. Its treatment is symptomatic and can be associated with high costs.

Areas covered: The authors performed a literature search of PubMed, Web of Science, and Cochrane Library Current for English language PD pharmacoeconomic evaluations starting from 1 January 2000. The authors found 26 papers covering treatment of motor symptoms (n = 24), dementia (n = 1), and orthostatic hypotension (n = 1). The scope of literature was limited in that there were few articles overall.

Expert opinion: Overall, the authors found a scarcity of primary PD pharmacoeconomic literature in the 21st Century. Given the myriad of PD motor and non-motor treatments, only 24 papers evaluating motor treatments and two papers evaluating non-motor treatments met our search criteria. More studies are clearly needed to better define the pharmacoeconomics of PD therapeutics.     

Flow injection analysis: a new approach to pharmaceutical determinations

A review is presented in which the fundamental principles, instrumentation and practical aspects of flow injection analysis (FIA) are discussed. A particular focus is put on applications in pharmaceutical chemistry, which offers a wide scope to the new technique.     

Applications of X-ray diffractometric techniques in the analysis of drugs

The principles underlying the diffraction of X-rays by crystals and the strategy of determining crystal structure are discussed; special attention is given to results obtained by X-ray crystallography. Examples illustrate how detailed study of the topographical characteristics of drug molecules of a particular pharmacological class may furnish a set of structural parameters that are helpful in understanding a given pharmacological response.