基于网络药理学探讨牛蒡子治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:基于网络药理学分析中药牛蒡子治疗糖尿病肾病作用机制。方法:依托TCMSP数据库筛选得到中药牛蒡子的有效成分,并结合Uniprot数据库进一步预测对应靶点。通过GeneCards数据库收集与糖尿病肾病相关的基因,将疾病与中药牛蒡子靶点取交集,而后导入String数据库,构建蛋白质-蛋白质互作网络,进而分析得到核心靶点。最后通过David数据库对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:预测筛选出牛蒡子8个有效成分和108个不重复的作用靶点,糖尿病肾病相关基因3 513个。中药牛蒡子与疾病共有靶点68个。通过PPI网络分析,TNF、AKT1、JUN、PTGS2、ESR1等可能是中药牛蒡子治疗糖尿病肾病的关键靶点。TNF信号通路、VEGF信号通路、HIF-1信号通路等很可能为中药牛蒡子治疗糖尿病肾病的关键通路。结论:网络药理学系统阐述了中药牛蒡子治疗糖尿病肾病的潜在药理机制与多个靶点、多种信号通路有关。     

基于网络药理学探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:采用网络药理学预测六味地黄丸治疗糖尿病肾病(DN)的作用靶点。方法:检索TCMSP、HIT、Swiss Target Prediction、Drugbank、Dis Ge NET等数据库挖掘六味地黄丸的活性成分、作用靶点和糖尿病肾病相关基因;借助Cytoscape3. 2. 1软件构建中药化合物成分-靶点网络,根据网络拓扑参数获得该网络中较重要的节点;通过STRING数据库构建化合物靶点PPI网络;利用Cytoscape 3. 2. 1中的插件Reactome FI对化合物靶点进行通路富集。结果:六味地黄丸治疗糖尿病肾病的关键节点有:PI3K调节亚基1(PIK3R1),PI3K催化亚基(PIK3CA),丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1),c-Jun氨基端激酶(JUN),丝裂原活化蛋白激酶1和3 (MAPK1、MAPK3),转录因子p65 (RELA),酪氨酸蛋白激酶1 (JAK1),核因子NF-κBp105亚基(NFKB1),白介素4、10和13,血小板活化、信号传导和聚集,胶原蛋白降解,基质金属蛋白酶的活化等。结论:六味地黄丸可能降低肾脏过度的炎症反应和免疫应答、改善血流动力学、促进基质金属蛋白酶活化、降解胶原蛋白积累等多途径、多信号通路共同发挥对于DN的早期治疗作用。     

基于网络药理学研究冬虫夏草治疗糖尿病肾病的机制

目的:基于网络药理学研究冬虫夏草治疗糖尿病肾病(DKD)的潜在作用靶点及机制.方法:通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、GAD等数据库查找冬虫夏草治疗DKD相关的靶点.利用Cytoscape软件构建冬虫夏草作用靶点与有效成分之间的关系网络,通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEG...     

经典名方二至丸基于网络药理学治疗糖尿病肾病机制探讨

目的:二至丸是临床上治疗糖尿病肾病(DN)的常用中药经方,本研究采用网络药理学方法对二至丸治疗DN的药效成分分子机制进行了初步研究。方法:首先,采用中国知网、Scifinder、TCMSP等数据库,收集二至丸单味药材所含化学成分,采用BATMAN-TCM数据库进行靶标预测,再通过DAVID数据库对靶标进行KEGG通路分析,筛选与DN相关的靶标,最后,采用Cytoscape软件构建"成分-靶标-通路"网络关系图,筛选关键药效成分及靶标,并对二至丸治疗DN的用机制进行初步探讨。结果:二至丸中13个化合物在治疗DN中起重要作用。二至丸主要通过调节肾脏炎症反应及纤维增生相关通路干预DN,主要调节MAPK、Insulin signaling pathway、Regulation of actin cytoskeleton、Gap junction等通路。结论:该研究采用网络药理学方法初步揭示了二至丸药效物质基础及作用机制,为该经方药效标志物及作用机制的进一步深入研究提供了必要的理论依据。     

黄芪-生地治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的:应用网络药理学方法探讨黄芪-生地干预糖尿病肾脏疾病(diabetic kidney disease, DKD)的物质基础及作用机制。方法:应用TCMSP及TCMID数据库及结合相关文献筛选黄芪、生地药物成分,运用Swiss Target Prediction分析平台获取活性成分关键靶点,GeneCards数据库获取疾病靶点信息;利用韦恩图获取药物和疾病交集靶点,String数据库对交集靶点进行PPI分析;将交集靶点上传至Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape3.8.2软件构建“成分-靶点-信号通路”网络。结果:共查找符合筛选条件药物成分33个,活性药物靶点263个,疾病靶点756个,药物和疾病交集靶点67个,设定条件下,GO功能富集分析共得到53个条目,涉及分子功能、细胞组成及生物过程,KEGG富集分析筛选18条信号通路,关键靶点VEGFA、JUN、MET、EGFR、IGF等主要富集在肿瘤信号途径、c型凝集素受体信号通路、白介素17信号途径等相关信号通路。结论:黄芪-生地可通过多靶点、多途径干预DKD进展,预测中药潜在作用机制,为进一步...     

基于网络药理学探究肾康栓治疗糖尿病肾病作用机制

目的:应用网络药理学探究肾康栓治疗糖尿病肾病的药物作用机制。方法:通过TCMSP现有数据库查询肾康栓的活性成分及靶点,在GeneCards数据库查询糖尿病肾病的靶点,制作韦恩图得到二者共同靶点。利用Cytoscape3.9.1软件制作药物-活性成分-靶点-疾病网络,在String平台得到PPI网络并进行拓扑分析,利用Metascape平台做GO和KEGG富集分析。结果:肾康栓活性成分117个,活性成分靶点226个,糖尿病肾病靶点1 191个,二者交集靶点108个,918条成分与靶点相互作用。JUN、STAT3、AKT1、RELA、MAPK1为肾康栓治疗糖尿病肾病关键靶点,AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤信号通路等为重要通路。结论:肾康栓在多成分、多靶点、多通路的机制上治疗糖尿病肾病,为后续研究奠定理论基础。     

基于网络药理学的木丹颗粒治疗糖尿病肾病的作用机制研究

目的:基于网络药理学方法探讨木丹颗粒治疗糖尿病肾病的作用机制。方法:利用TCMSP、TCMID和Swiss Target Prediction数据库筛选木丹颗粒的活性成分及其作用靶点。通过Genecards、OMIM数据库检索糖尿病肾病相关靶点。通过Venny 2.1获得的交集靶点利用Cytoscape 3.8.0构建PPI网络图。通过DAVID数据库对关键靶点进行GO及KEGG富集分析。结果:筛选出木丹颗粒的活性成分174个,其中治疗糖尿病肾病的核心活性成分22个,包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、黄芩素与甘草查尔酮A等;木丹颗粒治疗糖尿病肾病的核心靶点24个,包括PTGS2、RELA、AKT1、MAPK1、TNF等;KEGG共富集到126条信号通路,包括PI3K-AKT、TNF、HIF-1等信号通路。结论:木丹颗粒可能通过抑制氧化应激、炎症反应等机制治疗糖尿病肾病,为其后续基础研究提供参考。     

基于网络药理学探讨扶正抑瘤方治疗前列腺癌的作用机制和分子靶点

目的:扶正抑瘤方为临床治疗前列腺癌的自拟复方,疗效确切,已获中国发明专利授权,其药效机制尚未阐明.本文通过网络药理学方法分析初步研究扶正抑瘤方治疗前列腺癌的潜在作用机制和分子靶点,为实验研究提供思路和参考.方法:利用TCMSP数据库收集扶正抑瘤方的化合物及其靶点,利用Gencards数据库收集前列腺癌相关疾病靶点,利用...     

基于网络药理学的济生肾气丸治疗糖尿病肾病的机制研究

目的:采用网络药理学方法预测济生肾气丸治疗糖尿病肾病(DN)的活性成分和作用机制。方法:利用TCMSP平台获得济生肾气丸药物活性成分及基因靶点,利用GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD和DrugBank等数据库获取DN相关的基因靶点,利用Venny 2.1绘制共同靶点韦恩图;采用Cytoscape 3.9软件构建“药物-成分-靶点”相互作用网络;利用STRING构建PPI网络并进行拓扑分析;通过R/BioConductor对共同靶点进行GO及KEGG富集分析。结果:共获得济生肾气丸生物活性成分72个,筛选到济生肾气丸治疗DN的潜在靶点167个,核心靶点为AKT1、INS、PTGS2、IL6、CASP3等,主要富集在脂质与动脉粥样硬化、AGE-RAGE、流体剪切应力、HIF-1等信号通路。结论:济生肾气丸通过抗氧化应激、抗炎、抗凋亡、抗增殖等作用修复DN受损的肾脏微血管系统,保护肾功能。     

基于网络药理学探究补阳还五汤治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:采用网络药理学方法探究补阳还五汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用机制.方法:通过TCMSP、PubChem和SwissTargetPrediction网站检索补阳还五汤的活性成分及靶标基因,通过TTD、OMIM、DrugBank、DisGENT数据库获取DN的相关靶标基因,将药物靶标与疾病靶标进行映射,以VENN...     

基于分子对接和网络药理学探讨肾复康治疗IgA肾病的潜在机制

目的:采用分子对接与网络药理学的方法,探讨肾复康治疗IgA肾病(IgAN)的有效成分及作用靶点.方法:本研究通过TCMSP数据库获得肾复康的化学成分,并利用GEO数据库收集IgAN相关靶基因.利用STRING数据库建立药物和疾病的共有蛋白相互作用网络.通过GO和KEGG途径富集分析,进一步探讨肾复康的IgAN机制和治疗...     

基于网络药理学探讨黄芪-当归治疗糖尿病足的作用机制

目的:采用网络药理学方法分析黄芪-当归(HQ-DG)治疗糖尿病足,促进溃疡愈合的作用机制.方法:检索中药系统药理学数据库与分析(TCMSP)数据库,查阅文献获得黄芪-当归潜在活性成分及作用靶点,通过GeneCards数据库、OMIM数据库、DDT数据库和Drugbank数据库获得糖尿病足的疾病潜在靶点;应用Metasc...     

基于网络药理学探讨骨碎补治疗骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学筛选骨碎补有效成分治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路。方法首先借助TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、疾病及相应的靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病共同靶标并构建中药-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络,筛选核心靶点基因。最后将中药-疾病共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路。结果筛选得到骨碎补治疗骨质疏松症的18个有效成分和98个中药-疾病共同靶标,并推断其作用机制可能与糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、Th17细胞分化信号通路等有关,且白介素-6基因、JUN基因、丝裂原活化蛋白激酶-1基因和表皮细胞生长因子基因可能起着关键性作用。结论基于网络药理学探讨了骨碎补治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路,为中药现代化研究提供了思路。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗骨质疏松症的分子机制

目的基于网络药理学方法探讨黄芪治疗骨质疏松症的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库进行黄芪潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneC ards及OMIM数据库预测筛选与骨质疏松症相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配。通过Cytoscape软件进行药物-成分-靶点-疾病可视化网络建立,借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建,采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过筛选共得到黄芪主要化合物20种,药物靶点218个,与骨质疏松症相关的靶点22个,主要影响转录因子活性、配受体活性、细胞因子活性、类固醇激素受体活性等生物过程,涉及类风湿关节炎通路、破骨细胞分化通路、IL-17因子通路、AGE-RAGE信号通路、雌激素通路等。结论研究结果证实黄芪具有多成分、多靶点、多过程的作用特征,不仅直接参与骨代谢,还间接通过消化系统、循环系统、内分泌系统等影响骨微环境,调节骨代谢,治疗骨质疏松症; Toll样受体信号通路、炎症性肠病、PI3K-Akt信号通路等与消化系统、脾脏相关通路的富集,可能是黄芪从脾治疗骨质疏松症的重要证据。     

基于网络药理学的水陆二仙丹治疗肾病综合征的机制探索

目的:运用网络药理学方法探讨水陆二仙丹治疗肾病综合征的药理机制.方法:通过中药系统药理学数据库及分析平台、Swiss Target Prediction数据库分别获取水陆二仙丹药物主要活性成分和作用的靶点,在Genecard数据库中查找NS对应的靶点,将最终筛选的靶点建立靶点相互作用网络,并用DAVID数据库对靶点进行...     

基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制

目的基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制。方法借助TCMSP和Uniprot数据库筛选二仙汤活性成分和作用靶标;通过TTD、Genecards、OMIM、DisGeNET在线数据库搜索骨质疏松症基因;运用Cytoscape3.7.0软件构建“二仙汤药物-活性成分-交集靶标基因”网络图;使用STRING数据库构建PPI网络并基于CytoHubba插件中的MCC算法筛选获得关键基因;运用g:Profiler对关键基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,并使用Omicshare工具绘制高级气泡图,使用R软件绘制通路机制图。结果二仙汤活性成分有104种,二仙汤作用靶标与骨质疏松症基因的交集靶标基因有145个,基于MCC算法得到关键基因50个。GO分析结果显示,生物途径主要包括信号转导、生物过程的阳性调节等;细胞组分包括胞内细胞器腔、核浆等;分子功能主要包括酶结合、信号受体结合等。KEGG富集通路结果显示关键基因主要富集在PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路。结论二仙汤中的淫羊藿苷、槲皮素、山柰酚等活性成分可能通过PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路,作用于JUN、TNF-α、IL6、AR等多个关键基因,起到调节骨代谢,促进成骨细胞生成和抑制破骨细胞分化,治疗骨质疏松症的目的。     

复方黄柏液涂剂治疗糖尿病足溃疡的网络药理学及实验研究

目的 利用网络药理学和实验研究探讨复方黄柏液涂剂对糖尿病足溃疡的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索复方黄柏液中药有效成分及相关靶点,应用GeneCards和OMIM数据库搜索糖尿病足溃疡疾病靶点,使用Cytoscape 3.9.1构建“活性成分-靶点”网络图,利用Venny 2.1.0选取药物成分和疾病交集靶点,将交集靶点导入STRING 11.0平台构建蛋白互作网络(PPI);通过DAVID 数据库进行GO生物功能和KEGG通路富集分析。实验研究选取30只SD大鼠,随机分为正常溃疡组、糖尿病溃疡组及复方黄柏液治疗组,每组10只。ELISA法检测各组大鼠血清中白细胞介素(IL)-1β、IL-6、肿瘤坏死因子(TNF)-α、血管内皮生长因子(VEGF)和表皮细胞生长因子(EGF)表达情况,HE染色法观察足部溃疡愈合情况。结果:网络药理学共检索到复方黄柏液88种有效成分,有效成分作用靶点518个;检索到药物和疾病交集靶点225个;通过分析得到TNF-α、IL-6、VEGFA、IL-1β、EGF、CXCL8等15个关键靶点;GO功能富集分析主要包括细胞因子活性、生长因子活性等多种功能途径;KEGG通路富集分析主要包括MAPKA信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、AGE-RAGR信号通路等。动物实验结果显示,复方黄柏液可显著降低血清中TNF-α、IL-6、IL-1β的含量,提高VEGF和EGF的表达;HE染色结果表明复方黄柏液治疗后足溃疡中肉芽组织及成纤维细胞含量显著增加。结论:复方黄柏液可通过多途径、多靶点、多通路治疗糖尿病足溃疡,复方黄柏液通过降低血清中炎性因子TNF-α、IL-6、IL-1β的含量,提高血清中VEGF和EGF表达量,加速肉芽组织生成,促进糖尿病足溃疡的愈合。     

基于网络药理学和分子对接探讨顾步汤治疗糖尿病足作用机制的研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法,预测顾步汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库获取顾步汤各中药有效成分并预测其作用靶点;通过检索TTD数据库和CTD数据库筛选DF的靶点,并将成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape...     

基于网络药理学预测玉屏风散通过改善免疫功能治疗肾病综合征的机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术预测玉屏风散通过改善免疫功能治疗肾病综合征的分子作用机制。方法:通过TCMSP平台检索玉屏风散化学成分及对应靶蛋白;运用GeneCards数据库预测疾病靶点;利用可视化软件Cytoscape 3.8.0绘制中药-成分-靶点-疾病的可视化网络;将方药与疾病的交集靶点输入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;借助R软件进行生物学信号功能通路富集分析;最后利用Pymol及AutoDock1.5.6软件对成分与靶点进行分子对接,进一步验证其结合性。结果:玉屏风散中含槲皮素、汉黄芩素、山奈酚、β-谷固醇和芒柄花黄素等185个活性成分,将方药靶点与疾病靶点映射后得到蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)和胱天蛋白酶3(CASP3)等86个共同靶点,共涉及AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路等224条信号通路。结论:玉屏风散治疗肾病综合征涉及多种黄酮类化合物,可能与AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3等蛋白有关,并可能通过AGE-RAGE信号通路、流体剪切...