生物信息学分析PDGFRB在胃癌中的表达及其临床意义

目的 应用生物信息学方法分析筛选胃癌患者差异表达基因,探讨其在胃癌发生发展及预后中的临床价值及意义.方法 在癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载胃癌基因表达相关的数据,利用Perl构建基因表达矩阵并提取患者临床病理信息;利用R语言中的edgeR程序包筛选表达差异基因;U...     

IGHG1在胃癌中的表达及其临床意义的生物信息学分析

目的：利用癌症基因图谱(TCGA)数据库中胃癌患者的临床特征和生存信息进行生物信息学分析,评估IGHG1在胃癌中的表达情况及其与临床病理特征的相关性,探讨IGHG1在胃癌患者中的临床预后意义。方法：利用Oncomine数据库、GEPIA数据库分析IGHG1在胃癌组织和正常胃组织中转录水平的表达差异;利用Kaplan MeierPlotter在线分析工具分析IGHG1的表达与胃癌患者的总体生存率之间的关系;利用DAVID在线网站分析IGHG1基因的生物学功能和参与的信号通路;利用R包进一步深入分析IGHG1在胃癌中的表达差异、临床相关性、生存分析、诊断价值以及免疫细胞浸润情况。结果：IGHG1在胃癌中高表达,与胃癌的肿瘤分期密切相关,可能与胃癌的晚期进展和转移相关,在胃癌中具有一定的诊断价值;富集分析结果显示IGHG1主要与质膜形成、细胞外基质、免疫反应以及调节免疫反应相关;免疫细胞浸润分析结果显示其与Treg细胞、细胞毒细胞、B细胞和T细胞的免疫浸润相关。结论：IGHG1在胃癌中呈高表达,并与胃癌的进展及免疫细胞浸润相关,是胃癌新型分子标志物。     

脊髓损伤分子机制的生物信息学分析

目的:探讨创伤性脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)的分子机制.方法:从GEO数据库下载SCI组和假手术组GSE45006基因芯片数据,通过GEO2R在线工具筛选差异表达基因(DEG).使用DAVID和Web-Gestalt数据库进行DEG的功能富集分析.从STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作...     

食管癌差异表达基因的生物信息学分析

目的:应用生物信息学技术挖掘食管癌差异表达基因,为食管癌治疗提供新靶点。方法:从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE20347、GSE92396和GSE1420,使用在线分析工具GEO2R筛选出食管癌组织与正常食管组织的差异表达基因。利用在线数据库DAVID和STRING分别进行功能、通路富集分析和蛋白互作分析,使用Cytoscape软件来筛选蛋白相互作用网络中的核心网络基因,并在TCGA数据库中验证其差异表达情况。结果:本实验共发现274个差异表达基因,269个基因有相同的表达趋势,其中96个上调基因,173个下调基因(调整后P<0.05,|log2FC|>1)。通过GO富集分析(P<0.05)发现它们主要参与了表皮发育、肽键交联结合、角质细胞分化、细胞外基质组织生成等生物学过程。分子功能包括细胞外基质结构组分、分子活性、钙离子及血小板源性生长因子结合等的功能;而细胞组成分析提示这些差异基因主要集中在细胞外基质。KEGG富集通路分析(P<0.05)显示主要的信号通路包括阿米巴病信号通路、细胞外基质作用信号通路、糖酵解和糖异生等信号通路过程。MCODE分析发现...     

神经母细胞瘤miRNA的差异表达及其生物信息学分析

目的 利用生物信息学分析神经母细胞瘤差异miRNA,并分析其生物学功能、相关信号通路.方法 通过GEO数据库获取神经母细胞瘤miRNA芯片GSE121513,获得95个神经母细胞瘤样本和正常胎儿肾上腺神经母细胞样本数据,筛选差异miRNA.对|logFC|≥4的差异miRNA进行靶基因预测,并行KEGG和GO分析,构建...     

基于生物信息学分析CILP2基因在结直肠癌中表达及其与预后的相关性

目的：探究CILP2基因在结直肠癌中的表达,分析CILP2基因的表达与临床病理特征、预后的关系,探索CILP2基因在结直肠癌发生发展中的作用机制。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库官方网站上下载结直肠癌的RNA-seq数据及患者的临床病理信息,提取CILP2在结直肠癌组织和正常组织样本中的表达量数据,使用Mann-Whitney U检验分析两组之间的表达差异。根据CILP2在结直肠癌样本中表达水平的中位数,将结直肠癌患者划分为高、低表达两组,使用χ2检验分析CILP2表达与患者临床病理特征的联系,利用Kaplan-Meier法分析CILP2表达与患者预后的相关性。使用单因素和多因素Cox回归分析CILP2表达与结直肠癌患者临床预后相关性。利用基因富集分析(GSEA)探索CILP2在结直肠癌中参与的信号途径。结果：结直肠癌样本中CILP2表达水平显著高于正常组织中CILP2的表达水平,差异具有统计学意义（P<0.05）;CILP2的表达与患者的原发肿瘤分期（P=0.014）和淋巴结转移分期（P=0.016）显著相关。CILP2高表达组患者的总体生存率显著低于低表达组患者,且差...     

乙型肝炎病毒对miR-10b表达的影响及其生物信息学分析

目的 应用生物信息数据库分析和分子生物学方法检测乙型肝炎病毒(HBV)对微小RNA(miR-10b)表达的影响,以及生物信息学方法探讨HBV影响的miR-10b异常表达在肝脏疾病中的作用.方法 以GEO2R分析miRNA表达芯片GSE19980中miR-10b的表达水平,荧光定量聚合酶链反应(PCR)验证分析结果.Targetscan、miRTarBase、miRDB和DIANA TOOLS分析miR-10b的靶基因并用韦恩图进行筛选.应用DAVID数据库对miR-10b靶基因数据集进行基因本体(GO)功能富集分析.采用STRING分析软件进行KEGG信号通路分析.GEO2R分析HBV诱导的肝细胞癌及其邻近正常组织的差异表达基因,并与miR-10b靶基因进行韦恩图筛选以获得交集靶基因,然后用STRING分析蛋白质的相互作用,得到miR-10b靶基因的核心蛋白基因.结果 miR-10b在稳定表达HBV的HepG2.2.15细胞中表达明显上调,差异有统计学意义(P<0.05);miR-10b靶基因主要富集在转录调控、转录因子活性、参与转录因子复合体等相关蛋白基因;miR-10b的靶基因富集在蛋白多糖、miRNA、cAMP信号通路;miR-10b靶基因编码蛋白的相互关系分析获得CREB1、NCOA6、NCOR2、PIK3CA、GATA3、MAPRE1、TIAM1等核心蛋白,其功能涉及糖稳态调节、炎症、肿瘤发生和发展.结论 HBV上调miR-10b表达,高表达的miR-10b对其靶基因的沉默可能在HBV感染的肝脏疾病中发挥着重要作用.     

MIER3在结直肠癌中的表达及其相关蛋白的生物信息学分析

目的 构建基因真核表达载体并探讨MIER3对结直肠癌细胞生物学特性的影响,应用生物信息学方法对MIER3及其相互作用蛋白进行预测分析.方法 应用Real-time PCR及Western blot方法检测MIER3在8例结肠癌及相应癌旁正常组织中mRNA和蛋白表达水平的差异表达;通过构建真核表达载体pcDNA3-MIER3,应用CCK8增殖实验、Transwell侵袭实验检测过表达MIER3对结直肠癌细胞株生物学特性的影响,进一步应用生物信息学方法对MIER3及其相互作用蛋白进行预测和分析.结果 MIER3在8例结肠癌组织中其mRNA及蛋白水平的表达明显低于相应正常癌旁组织;酶切及测序结果显示成功克隆构建pcDNA3-MIER3真核表达载体;CCK8增殖实验、Transwell侵袭实验结果显示过表达MIER3可明显抑制结直肠癌细胞株的增殖及侵袭能力;应用模式生物果蝇相互作用蛋白数据库DIP和基于保守的蛋白相互作用分析方法,预测NAT9可能是MIER3的潜在相互作用蛋白,提示MIER3可能与肿瘤的易感性相关.结论 MIER3与结直肠癌增殖、侵袭密切相关,为进一步深入阐明MIER3在结直肠癌发生发展中的作用奠定基础.     

患者血清microRNA表达谱及相关生物信息学分析

探讨慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者血清中microRNA(miRNA)的差异性表达谱,并通过生物信息学探索其意义。方法 下载GEO数据库开源数据集（GSE70080）,分析慢阻肺患者与正常人血清的miRNA差异性表达谱,分析其对慢阻肺的诊断价值,运用miRTarbase、Target Scan、PicTar 、miRDB等软件预测和筛选miRNAs的靶基因,并将得出的上述靶基因功能富集、信号通路及蛋白质互作网络分析。 结果 该数据集中慢阻肺与健康对照组血清差异表达的miRNA共62个(P＜0.05) ,其中较对照组上调8个,下调54个,上调miRNA和下调miRNA诊断慢阻肺的受试者曲线下面积分别为0.938和0.969。靶基因预测显示差异性表达miRNA共有15099个靶基因,GO功能分析显示上述靶基因主要涉及Wnt、MAPK、NF-κB等重要生物学过程,KEGG分析主要富集于Wnt、NF κB、MAPK等信号通路。miRNA和mRNA的网络图显示SLC4A8与多个miRNA相关。蛋白质互作网络显示靶基因编码蛋白质间存在复杂的相互作用,ACVR1B、ACVRL1、KRT2、KRT74、KRT82在互作网络中具有核心地位。结论 慢阻肺患者的血清miRNA存在差异性表达,miRNA可能通过调控靶基因参与调控相关的生物功能和通路参与慢阻肺发病机制调控     

膜相关蛋白Numb在结肠癌中的表达和意义

目的探讨膜相关蛋白Numb在结肠癌组织中的表达和生物学意义。方法对63例结肠癌和20例正常结肠组织的组合组织芯片进行常规免疫组化染色,检测Numb蛋白的表达,结合临床病理资料进行分析。采用免疫荧光染色和Westen blot检测结肠癌SW480、SW620细胞系中Numb的表达。结果低分化的结肠癌组织较正常结肠组织和中、高分化的结肠癌组织胞浆中Numb的表达阳性率下降(P<0.05),Numb表达强度与结肠癌分化程度相关。Westen blot结果显示,结肠癌细胞系中Numb的表达强度,SW480较SW620细胞系高(P<0.05)。激光共聚焦免疫荧光染色观察,Numb呈点状分布于胞质和包膜,SW480较SW620细胞系在胞浆中分布更密集。结论 Numb可能在肿瘤进展过程中起保护作用,对肿瘤的发生发展有重要调控。     

Numb蛋白在上皮性卵巢癌中的表达及其与CD117、CD133、ALDH1的关系

目的 探讨膜相关蛋白Numb在上皮性卵巢癌中的表达及其与卵巢癌干细胞标志物CD117、CD133、乙醛脱氢酶1（ALDH1）的关系。方法 选择四川大学华西第二医院妇科住院的136例卵巢肿瘤患者及无卵巢肿瘤患者22例为研究对象,根据摘除卵巢的病理组织学检查结果,将其分为上皮性卵巢癌组（n=92）、交界性卵巢肿瘤组（n=23）、良性卵巢肿瘤组（n=21）及正常卵巢组（n=22）。采用免疫组化SP法检测患者卵巢组织中Numb、CD117、CD133及ALDH1蛋白的表达水平,统计分析几种蛋白的表达差异及相关性。结果 ①Numb蛋白在上皮性卵巢癌组阳性表达率高于良性卵巢肿瘤组及正常卵巢组,交界性卵巢肿瘤组Numb蛋白阳性表达率高于正常卵巢组,且差异均有统计学意义（P<0.05）。②Numb蛋白阳性表达率在上皮性卵巢癌患者中FIGO分期为Ⅰ～Ⅱ期患者低于Ⅲ～Ⅳ期患者,无淋巴结转移患者低于有淋巴结转移患者,且阳性表达率差异均有统计学意义（P<0.05）;而不同年龄、组织病理学类型、病理分级及残留灶大小之间比较,差异则无统计学意义(P>0.05)。③上皮性卵巢癌患者卵巢组织中Numb蛋白与CD117及CD133阳性表达无相关性（r=0.116,P=0.261;r=0.083,P=0.425）;而Numb蛋白阳性表达与ALDH1表达呈正相关关系（r=0.296,P=0.003）。结论 Numb蛋白的表达与上皮性卵巢癌的发生、侵袭和转移有关,与卵巢癌干细胞标志物ALDH1表达呈正相关,有可能影响患者的预后。     

基于Web of Science数据的生物信息学同被引聚类分析

以web of Science网络数据库中2007年的生物信息学文献为源文献,对高频被引论文进行同被引聚类分析,同时应用多维标度技术获得同被引论文的二维散点图,结合生物信息学和情报学知识总结该领域的学科结构和研究热点。     

基于生物信息学分析的TPX2在肺腺癌中的表达及意义

目的 利用多种肿瘤生物信息数据库分析TPX2在肺腺癌样本中的表达及临床意义,并在临床病理标本中进行验证.方法 通过检索Oncomine生物信息基因数据库,分析TPX2在不同肺腺癌数据集中mRNA表达情况;利用cBioportal生物信息基因数据库分析TPX2的突变频率、突变位点,并分析TPX2基因突变与预后的关系;利用...     

miR-363靶基因预测及生物信息学分析

目的:初步明确hsa-miR-363潜在的生物学功能?方法:首先通过miRbase?UCSC等在线数据库对hsa-miR-363的碱基序列?基因位点及序列保守性进行分析;其次选择miranda?miRDB?PicTar及TargetScan四个在线数据库预测hsa-miR-363的靶基因并取交集,筛选后的靶基因用于后续分析;最后通过基因GO功能注释?富集分析和KEGG信号转导通路富集分析,初步阐明hsa-miR-363靶基因参与调控的细胞功能与信号通路?结果:根据生物信息学分析的结果显示,hsa-miR-363的功能较广泛,其多个潜在靶基因均参与子宫内膜异位症发生?发展过程中的多个生物学进程?结论:hsa-miR-363很可能与子宫内膜异位症的发病机制密切相关,并有可能为临床的靶向治疗提供潜在的新靶点?     

人类8型疱疹病毒小衣壳蛋白ORF65基因的原核表达及其生物信息学分析

目的：构建人类8型疱疹病毒（HHV-8）小衣壳蛋白（ORF65）基因重组原核表达质粒并诱导表达,获得其重组融合蛋白。方法：软件设计引物,在引物两端添加特异性酶切位点,以pGEM-Teasy/ORF65为模板,PCR扩增基因序列,克隆入原核表达载体pET-41a中,构建原核表达质粒pET41a-ORF65,转化大肠杆菌（E.coli）DH5x,经酶切、测序鉴定其插入序列的正确性,转入E.coli BL21（DE3）,并诱导表达,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）方法以及序列分析软件DNAMAN 5.0、Vector NTI Suite 6、Primer Primier 5对表达蛋白进行生物信息学分析。结果：测序结果表明所构建pET41a-ORF65原核表达质粒连接正确,SDS-PAGE表明ORF65基因获得成功表达,生物信息学分析显示该蛋白含有1个N糖基化位点,2个蛋白激酶C磷酸化位点,4个胆碱激酶Ⅱ磷酸化位点,4个N肉豆蔻酰化位点,1个酰胺化位点。BlastP数据库的相似性检索发现有与之有较高同源性的蛋白。结论：成功表达HHV-8病毒小衣壳蛋白ORF65,该蛋白与疱疹病毒衣壳蛋白的同源性较高,是疱疹病毒衣壳蛋白家族中的一员。     

基于生物信息学筛选甲状腺癌关键基因和通路

目的探讨甲状腺癌(TC)发生发展的潜在生物学功能,筛选TC的关键基因和通路。方法从GEO数据库中下载3组基因芯片数据集,分析TC组织与正常组织差异表达基因(DEGs),利用多种在线分析软件对DEGs进行功能富集、通路分析、构建蛋白质互作网络、筛选关键基因,然后采用TCGA数据库对关键基因进行验证及生存分析。结果3组数据集分析得出410个共同DEGs,其中159个基因上调,251个基因下调。DEGs与癌症中的蛋白聚糖、P53信号通路、ECM-受体相互作用、细胞周期等信号通路有密切关系。筛选出14个关键基因,分别是CCNB2、FN1、MMP9、TIMP1、CXCL8、VCAN、EVA1A、LGALS1、KIF15、KIF20A、KIF4A、TOP2A、JUN和SDC2,其中MMP9、SDC2、KIF15和VCAN影响患者生存率,提示可以作为TC的潜在预后标志物。结论利用生物信息学方法筛选出14个关键基因和通路,可能有助于甲状腺癌的早期分子诊断与基因靶向治疗。     

利用生物信息学分析人ZUP1基因在乳腺癌中的表达及机制

目的 探讨ZUP1在乳腺癌(BC)发生发展中的临床价值及上下游机制。方法 通过使用GEO,TCGA和GTEx数据库,探索ZUP1在乳腺癌中表达水平与临床应用价值。利用单因素回归分析乳腺癌患者数据库临床信息,比较乳腺癌组织中ZUP1 表达与临床病理因素的关系。将乳腺癌患者分为ZUP1高表达组和ZUP1低表达组,使用Kaplan-Meier分析乳腺癌患者生存状况。用生物信息学方法预测潜在调控ZUP1的miRNA和泛素连接酶,最后进行基因集富集分析。结果 以GEO数据库为基础的ZUP1在乳腺癌组织中的表达高于正常对照组织。ZUP1高表达组患者的预后显著低于低表达组(P=0.031)。Hsa-miR-10b-3p和hsa-miR-499a-5p表达水平与ZUP1表达呈负相关,包括MARCH1,MARCH8,Mdm2,synoviolin和MIB1在内的E3泛素化蛋白连接酶可能调节ZUP1的蛋白表达。GSEA结果说明ZUP1主要在乳腺癌中参与“基础转录因子”, “泛素介导的蛋白质水解”, “卵母细胞减数分裂”, “RNA降解”和 “极光B通路”等通路。结论ZUP1在乳腺癌中表达上调,与病人预后具有相关性,可能是一种具有前瞻性的诊断和预后的乳腺癌生物标志物。     

冬虫夏草中虫草素相关基因的克隆及生物信息学分析

目的：虫草素是冬虫夏草和蛹虫草的有效成份之一,根据野生型虫草菌的虫草素相关基因片段,利用PCR技术在冬虫夏草中扩增获取相似基因片段。方法：根据已公开专利报道的野生型虫草菌的虫草素相关基因片段,设计引物在冬虫夏草DNA中PCR扩增目的序列,测序并用生物信息学分析相关片段。结果：在冬虫夏草的DNA中利用PCR扩增到一条613 bp虫草素相关基因片段,与NCBI基因数据库比对显示,与蛹虫草的中ATCC34164序列相似性达到96%。利用ORF Finder共查询到6个ORF片段,其中最大的为294 bp;利用ProtScale分析最大ORF序列翻译成的蛋白质,发现该翻译蛋白质为亲水性蛋白;利用TMpred预测到该翻译蛋白质存在2种跨膜模型,推荐相对膜的取向由内到外,N端处在膜外。结论：本研究为冬虫夏草中虫草素相关基因功能的后续研究提供了可靠基础数据。     

弓形虫PRU株BSR4基因的体外扩增及生物信息学分析

目的:克隆弓形虫Prugniaud(PRU)株表面抗原BSR4基因,并进行序列测定和生物信息学分析.方法:根据BSR4基因已知序列(ME49株)设计合成一对引物,应用PCR技术从弓形虫PRU株基因组DNA中扩增BSR4基因,克隆入pET28a(+)载体并进行序列测定.用生物信息学方法对BSR4的理化性质、结构和功能进行...