中国两地旋毛虫分离株COX1序列分析

目的:分析广西南丹和河南两地旋毛虫分离株COX1序列,鉴定两地旋毛虫的虫种.方法:分别提取2个分离株基因组DNA,PCR扩增COX1片段,并对扩增产物进行T-A克隆测序;应用相关软件分析序列的同源性、遗传距离,同时构建系统发生树,并与GenBank中已知旋毛虫种相应基因序列比较.结果:我国2个旋毛虫分离株和T.spiralis的COX1序列长度相同,为419 bp;南丹和河南分离株与T.spiralis的相似度分别为99.0%和98.8%.南丹与河南分离株之间为99.8%;两地分离株与其它旋毛虫种的相似度低于90.8%.南丹和河南分离株与T.spiralis遗传距离分别为0.005、0.003.两地分离株之间的遗传距离为0.003,与其它旋毛虫的遗传距离均＞0.101.2个系统发生树中,我国2个分离株与T.spiralis 位于同一分支,自引导值分别为100和99.结论:推断广西、河南两地旋毛虫分离株均为T.spiralis.     

广西首次发现野生果子狸感染旋毛虫

目的对广西龙州果子狸旋毛虫分离株进行虫种研究,确定当地是否存在新虫种。方法对龙州果子狸旋毛虫分离株进行囊包形态学、毒力和保姆细胞形成时间进行实验观察。提取并且扩增该旋毛虫及从德保、南丹野鼠体内分离的旋毛虫、河南旋毛虫分离株细胞色素氧化酶1（COX1）基因,分析同源性及遗传距离,构建系统发生树,并且与Genbank已知的旋毛虫相应基因序列进行对照比较。结果龙州旋毛虫分离株原代囊包的平均大小为328.72μm×236.42μm。小鼠接种旋毛虫（2 000条/只）后,半数死亡天数为24～25d,死亡率为84.62%。小鼠感染后第18d开始形成保姆细胞,第34d后保持在较高水平波动,至56d实验结束时仍可见少量游离幼虫,未见钙化死亡囊。龙州旋毛虫分离株和南丹旋毛虫分离株、河南分离株之间COX1的同源性为99.8%～100.0%,遗传距离为0.000～0.003。龙州旋毛虫分离株、南丹旋毛虫分离株及河南分离株与基因库中T.spiralis COX1基因的同源性为98.8%～99.0%,遗传距离为0.003～0.005。构建的系统发生树显示,果子狸分离株与德保、南丹分离株及Genbank中的T.spiralis在同一分枝,与其它旋毛虫种在不同的分枝。结论广西龙州发现果子狸自然感染旋毛虫,与广西德保、南丹两县野鼠体内分离旋毛虫为同一虫种,即T.spirilas,广西未发现新的旋毛虫种株。     

广西南丹县旋毛虫COX1基因和5S rRNA基因分析

目的分析广西壮族自治区南丹县旋毛虫（Trichinella spiralis）COX1和5SrRNA基因特点,阐述该分离株的系统发生关系及基因变异规律。方法PCR扩增南丹旋毛虫分离株COX1和5SrRNA基因片段并对扩增产物进行测序;应用Blast和ClustalX软件计算其碱基组成,分析该分离株与GenBank中相应序列的同源性及遗传距离,同时应用UPGMA方法分析聚类关系。结果扩增后COX1基因片段长419bp,5SrRNA基因片段长695bp。南丹旋毛虫分离株与Trichinella spiralis（T.spiralis）的同源性最高,分别为99.0%和99.1%,遗传距离最小,分别为0.005和0.014。采用UPGMA法构建的2个系统发生树,南丹分离株和T.spiralis具有高度同源性,位于同一分枝,与无囊包旋毛虫（T.papuae和T.zimbabwensis）分枝较远,后者独成一枝,与T.spiralis相比,2个基因均存在变异,且变异位点均为4个,分别占相应基因序列的1.19%和0.57%。2个基因均富含A和T碱基,A＋T含量分别占相应基因的61.8%和66.4%。COX1变异存在转换和颠换,但均发生在密码子第三位点。5SrRNA基因变异位点分散,但变异均为转换,无颠换。结论南丹旋毛虫分离株与T.spiralis具有高度的亲缘关系,其COX1和5SrRNA基因的碱基组成、变异位点及变异类型均具有偏好现象。     

广西、云南、河南三省旋毛虫系统发生关系研究

目的分析广西、云南和河南三地旋毛虫核糖体大亚基（mt—lsr RNA）基因差异,确定三个分离株的系统发生关系。方法分别提取三地旋毛虫分离株基因组,特异性扩增mt—lsr RNA基因。对三地旋毛虫及Genbank已知的旋毛虫相应基因序列进行对比研究。构建系统发生树,分析4株旋毛虫系统发生树的拓扑结构,同时收集三地的地理气候等信息,分析三地旋毛虫系统发生关系。结果广西旋毛虫分离株和云南旋毛虫分离株、河南分离株的mt—lsrRNA基因高度相似,在407个碱基对中,三地旋毛虫分离株与Genbank中T．spiralis序列相比,基因序列相似度很高,三个分离株在同一个位点发生T—C变异,此外,河南旋毛虫分离株在376位发生1个T—A变异。构建的系统发生树显示,广西分离株与云南、河南分离株及Genbank中的T．spiralis在同一分枝,进化距离为0．0000,自引导值为100,高度同源。三地旋毛虫与其它种类旋毛虫分于不同分枝,相距较远。结论三地旋毛虫分离株均为同一虫种,即T．spirilas,虽然宿主、地理环境及气候等因素不同,但进化差异小,亲缘关系近。     

湖南狂犬病毒P基因和M基因分子遗传特征

目的了解湖南省狂犬病毒的分子流行病学特征以及其与疫苗株的差异。方法对4株湖南狂犬病病毒P和M基因同时进行了RT-PCR扩增、克隆和测序。结果同源性分析表明，4株湖南街毒P和M基因核苷酸同源性分别为97．3％-99．4％和98．4％-99．8％；与其它I型狂犬病病毒和疫苗株核苷酸同源性比较，P基因分别为78．4％-90．2％和81．8％-86．8％；M基因的分别为81．8％-92．1％和84．7％-90．6％。4株野毒P和M基因氨基酸同源性分别为98．0％-99．3％和98．5％-99．0％。结论4株病毒P基因和M基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与我国现用的人用及兽用疫苗株存在一定差异。进化关系表明，4株病毒均为基因I型狂犬病毒；与我国宁夏分离株最近；与其它I型毒株分离自菲律宾和泰国等东南亚的毒株亲缘关系较近；而与翼手目的毒株关系最远。     

河南猪株旋毛虫分子鉴定

目的：通过分析河南猪株旋毛虫18SrRNA基因同源性序列,对旋毛虫进行分子鉴定及分类。方法：收集旋毛虫成虫,提取总RNA,反转录合成cDNA,经特异引物扩增获得18SrRNA基因片段,将此目的基因与pMD18-T载体进行连接,转化大肠杆菌感受态细胞。阳性克隆经酶切鉴定后进行序列测定及分析。结果：河南猪株旋毛虫与亲缘关系较近虫株Trichinellanativa（AY487254.1）的同源性达99%。结论：河南猪株旋毛虫归属于T.nativa。     

广州地区呼吸道合胞病毒分离株G蛋白基因序列分析

目的：探讨广州地区呼吸道合胞病毒(RSV)G蛋白基因变异的生物学意义，为研究广州地区BSV感染特点及RSV疫苗提供依据。方法：用PT—PCR的方法从广州地区呼吸道合胞病毒分离株98159株的细胞培养物中扩增出编码其表面蛋白G的基因片段，克隆至pGEM—T载体中并进行序列测定。结果：序列测定结果与A亚型原型株A2抹、1990年中国北京地区分离株B79G蛋白的核苷酸序列比较核苷酸同源率分别为92．7％及98．4％；由核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源率分别为88.3％及97．0％。一些重要的免疫反应位点发生了变异。结论：RSVG蛋白抗原结构变异大，在研制疫苗时应注意选用株的地区性。     

肾综合征出血热患者流产胎儿分离毒株84FLi的全基因序列分析

目的：克隆和测定汉滩病毒疫苗生产株84FLi的全基因组序列,了解其分子基础。方法：采用逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）,分节段扩增84FLi株L、M和S基因片段的cDNA,直接用PCR产物或克隆人pMD18-T载体后进行测序。结果：84FLi株L、M、S3个片段的全基因组序列为6533,3616和1688个核苷酸,分别编码2151,1135,429个氨基酸。A、C、G、T4种核苷酸分别为3830,2050,2510和3447个,GC含量为38．52％,AT含量为61．48％。序列同源性分析表明84FLi株与分离自广州的RG9株和分离自安徽的Chen4株高度同源。S片段核苷酸的同源性99．6％。与HTNV的国际标准毒株76－118的3个片段核苷酸同源性分别为83．7％、84．0％和87．2％,氨基酸同源性分别为97．5％、96．0％和97．9％。结论：84FLi株属于汉滩型病毒,并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高,与中国株Chen4株和RG9株属于同一亚型。     

漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征分析

目的了解漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征。方法对2010年漳州市的5株肠道病毒71型分离株进行VP1区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4．0软件构建系统发生树。结果5株肠道病毒71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891bp,且与2008年安徽阜阳流行株Fuyang．Anhui．P．R．C-17．08-2的VP1区核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性最高,分别为98．2％-98．8％和99．7％-100．0％。5株肠道病毒71型分离株间的核苷酸序列同源性为97．2％-99．8％．氨基酸序列同源性为99．3％～100．0％。氨基酸在98位和218位这两个位点发生了特异性变异。VP1区基因遗传进化分析表明,漳州市所有分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论5株肠道病毒71型分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支．与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型完全-致。     

人巨细胞病毒地方分离株的鉴定及其UL83序列分析

目的鉴定从合肥市某医院先天性脑瘫患儿尿标本中分离的4株人巨细胞病毒（HCMV）毒株并对其UL83基因序列进行分析，为HCMV感染的预防及pp65蛋白疫苗的研制提供参考依据。方法应用细胞培养法复苏病毒，间接免疫荧光法检测pp65蛋白表达，并用特异性引物对UL73基因进行PCR，扩增的产物经凝胶纯化后测序；序列结果运用DNAMAN软件和GenBank登录的3株代表性HCMV毒株进行核苷酸和氨基酸序列比对。结果HCMV AD169株与HCMV-1分离株的UL83基因核苷酸及编码氨基酸序列的同源性均为100％，与其余3株的同源性也达99．26％～99．69％；4株HCMV分离株与Merlin株、Towne株在相应基因片段核苷酸及氨基酸的同源性最低的分别为98．95％，99．06％。结论UL83序列分析结果表明，HCMV UL83编码pp65蛋白的优势抗原决定簇氨基酸序列无变化。     

不同地理株旋毛虫细胞色素氧化酶Ⅰ基因多态性的PCR-单链构象多态性分析

目的:观察不同地理株旋毛虫细胞色素氧化酶Ⅰ(COX Ⅰ)基因片段的多态性.方法:根据旋毛虫mtD-NA COX Ⅰ设计引物,应用PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对我国7个猪源旋毛虫(Trichinella spiralis,T1)地理株(河南、湖北、云南、西安、天津、黑龙江同江及哈尔滨株)与1个波兰猪源旋毛虫(T1,编号ISS3)地理株进行COX Ⅰ基因片段多态性进行分析.结果:我们7个猪源旋毛虫地理株与波兰地理株COX Ⅰ基因均扩增出约400 bp的片段,PCR扩增产物经SSCP检测发现有3种基因型(AA、AB和BB),波兰地理株为AA型,黑龙江同江、哈尔滨、西安、云南、湖北及河南株均为AB型,天津株为BB型,其中以AB基冈型频率最高(0.75),AA与BB基因型均为0.125;A和B等位基因频率均为0.5;旋毛虫不同地理株COX Ⅰ基因的多态性信息含量为0.375.为中度多态性.结论:8个不同地殚株猪源旋毛虫的COX Ⅰ基因为中度名杰件.     

旋毛虫河南株TspE1基因克隆及多态性分析

目的：构建旋毛虫河南成囊前期幼虫编码相对分子质量为31000的蛋白原结构基因（TspE1）的重组质粒（pUC18－TspE1)，测定TspE1基因序列，分析旋毛虫河南株的基因多态性。方法：根据TspE1基因已知序设计合成一对引物，采用RT－PCR技术获取旋毛虫成囊前期幼虫目的基因，PCR产物经纯化后用BamHI、HindⅢ进行双酶切，定向克隆入pUC18质粒，转化在肠杆菌JM109；重组质粒用BamHI＋HindⅢ酶切有PCR扩增鉴定。用Sanger双脱氧链终止法进行了DNA序列测定，应用DNASIS软件进行同源性比较。结果：RT－PCR扩增获得成囊前期幼虫TspE1基因（871bp），EcoRI酶鉴定正确；筛选出7个阳性克隆，对目的基因的测序结果显示旋毛虫河南株TspE1基因有5种类型，但都与GenBank中的TspE1基因序列及其由其推测的氨基酸序列不完全相同。结论：应用RT－PCR技术手增出旋毛虫河南株成囊前期成幼虫编码相对分子质量为31000的抗原结构基因，证实TspE1基因在成囊前期幼虫已有表达，结果还提示旋毛虫河南株可能存在有基因多态性。     

日本血吸虫中间宿主湖北钉螺遗传变异的空间相关分析

目的探讨湖北钉螺的空间遗传结构。方法采用扩增片段长度多态性（AFLP）分子标记技术对10省或自治区（云南、四川、广西、福建、湖南、湖北、江西、安徽、江苏和浙江）25个钉螺种群基因组DNA进行扩增，分析钉螺种群问的遗传距离与地理距离的相关性。结果25个钉螺种群间的遗传距离D和Nei无偏遗传距离，都与其地理距离存在明显的正相关性（P〈0．001），相关系数分别为0．5234和0．5622；湖北钉螺指名亚种种群问的遗传距离与地理距离也存在正相关（P〈0．001），遗传距离D的相关系数为0．5276，Nei无偏遗传距离的为0．5770；无论是肋壳钉螺还是光壳钉螺，钉螺种群间的遗传距离都与地理距离存在正相关（P〈0．001），肋壳钉螺种群间的遗传距离D和Nei无偏遗传距离与地理距离的相关系数分别为0．3612和0．3916，光壳钉螺的相关系数分别为0．7535和0．7500。结论在我国大陆广泛分布的湖北钉螺种群间具有明显的空间遗传结构。     

新疆2011-2013年肠道病毒71型VP1区基因特征分析简

目的了解新疆肠道病毒71型（EV71）分离株VP1区基因特征。方法选取2011-2013年新疆部分地州手足口病病例标本,临床标本或其病毒培养物经实时荧光PCR鉴定后,通过RT—PCR法进行VP1区编码基因扩增,并对扩增产物进行序列测定,所得序列用ChromasPro1．7．4,BioEdit7．1．11和MEGA5．1软件进行序列校正、拼接、整理和分析,并与EV71各型及亚型参考序列构建基于VPl序列的系统进化树。结果新疆EV71分离株之间核苷酸和氨基酸序列同源性在92．8％～100．0％和97．9％～100．0％,22株病毒株与安徽阜阳和山东临沂C4a基因参考株最为相近,核苷酸和氨基酸序列序列同源性在93．9％～98．6％和98．6％～99．6％。而与A、B基因型参考株差异较大,核苷酸和氨基酸序列序列同源性在82．1％～84．8％和95．9％～98．3％。直接用临床标本进行核酸提取、扩增和序列测定的阳性率为30．0％,低于用病毒培养物的阳性率（100．0％）。结论2011—2013年新疆EV71分离株均为C4a基因型,与安徽和山东分离的EV71毒株可能有相同的起源。直接用临床标本进行核酸提取、扩增和序列测定可用于肠道病毒的分型鉴定。     

广东流行的三株登革1型病毒包膜蛋白基因的序列测定与分析

目的通过对广东省不同地区、不同流行期间分离的三株登革1型病毒(DVI)的结构蛋白E基因进行序列测定及分析．了解各流行株之间的遗传差异，追踪其可能的传染来源：方法应用RT-PCR技术扩增病毒的结构蛋白E基因，克隆到PMD18-T载体．转化JM109宿主菌，挑取阳性克隆进行鉴定及序列测定，应用计算机软件与国内外参考及流行株进行同源性分析．并绘制基因系统发生树：结果3株DVI病毒E基因序列长度均为l485bp，编码495个氨基酸，核苷酸序列同源性在91％～98％之间、推测的氨基酸序列同源性在94％～99％之间：GD23／95与A88核苷酸(氨基酸)同源性为95％(98％)，与其他株的同源性相对较低，2株属同一基因型；GD14／97和GD05／99与Cambodia共享序列非常接近．3株同属另一基因型。结论广东省1997、1999和1995年流行的登革热可能来自境外不同的疫源地。     

伊宁市19例HIV-1感染者gag基因序列分型研究

目的：通过扩增伊宁市维吾尔族HIV-1感染者gag基因片段,确定该民族HIV-1感染者流行株的基因亚型。方法：抽提20例新疆伊宁市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段。将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型。结果：在20例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增19例gag基因片段,扩增率为95％。经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,19例感染者感染的HIV毒株序列中,发现18例为CRF07_BC亚型,1例为C亚型。19例毒株之间的平均基因距离为0．043±0．003,与3例CKF07_BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在0．034±0．004-0．039±0．005之间。结论：新疆伊宁市HIV-1感染者以CRF07_BC亚型为主要流行株。19例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性。     

新疆传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌的分子生物学鉴定

目的：对新疆阿勒泰牧区哈萨克传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌进行分子生物学鉴定。方法采用 DNA 提取、PCR 扩增、16S rDNA 产物测序和数据分析对该菌株进行系统发育分析鉴定。结果16S rD-NA 产物测序结果通过 Eztaxon 数据库比对,保守基因 rpoA、pheS 的扩增产物通过 NCBI 数据库比对,发酵驼乳中乳酸菌菌株的序列和已报道的乳酸菌菌株16S rDNA、rpoA、pheS 的序列分别用 MEGA 5．2软件进行系统发育分析表明：此菌株（10号）的16S rDNA 序列与 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）、Lactobacillus plantarum subsp． Argentoratensis （DKO 22T ）、Lactobacillus paraplantarum （DSM 10667T ）和 Lactobacillus plantarum subsp． Plantarum （ATCC 14917T ）的相似率分别为100％、99．87％、99．8％和99．74％。结论10号乳酸菌菌种经分子生物学鉴定为 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）。     

旋毛虫不同地理株冷冻耐力的观察

目的观察旋毛虫不同地理株的冷冻耐力。方法将75只雄性昆明小鼠随机分为3组（每组25只）,每组分别感染-18℃保存不同时间的旋毛虫河南株、云南株及乡土旋毛虫,每只小鼠经口接种300条肌幼虫。感染后42d剖杀,将全身骨骼肌消化后收集肌幼虫,测定其生殖力指数（Reproductivecapacityindex,RCI）。结果旋毛虫河南株-18℃保存0、6、12h后的RCl分别为91．4、0．03及0（X2=26．453,P〈0．05）,云南株-18℃保存0、6、12、24h后的RCl分别为235．6、0．04、0．01及0（x≮21．115,P〈0．05）;乡土旋毛虫-18℃保存0、6、12、24、48h后的RCl分别为34．6、26．8、21．9、10．8及7．4（F=8．505,P〈0．05）。结论旋毛虫河南株与云南株对低温的抵抗力较低,-18℃分别保存12、24h感染性已完全丧失;乡土旋毛虫对低温抵抗力较强,一18℃保存48h仍有较强的感染性。     

河南省庚型肝炎病毒感染情况和基因变异的研究

目的：为了探讨河南省庚型肝炎病毒的感染情况和河南株庚型肝炎病毒基因的变异特征。方法：利用逆转录——巢式——聚合酶链反应检测庚型肝炎病毒ＲＮＡ。将扩增产物克隆入Ｔ载体，进行测序和分析。结果：非甲－非成型肝炎中庚型肝炎病毒ＲＮＡ阳性率为３．３３％（１／３０），在丙型肝炎患者中阳性率为６％（３／５０），献血员中阳性率为０．５％（１／２００），对河南株庚型肝炎病毒ＲＮＡ阳性扩增、克隆、测序，与ＧｅｎＢａｎｋ中ＨＧＶ对应位置序列的同源性为９０％～９８．８％。结论：河南省存在反型肝炎病毒的感染者，ＨＧＶ与ＨＣＶ有重叠感染的现象，献血员中有ＨＧＶ携带者。河南株庚型肝炎病毒部分基因序列与已报道的序列均不完全一致，与国内分离株的同源性高于国外分离株。     

不同地理株间日疟原虫SSUrRNA基因序列比较

目的测定我国间日疟原虫不同地理株红内期SSUrRNA基因序列,比较分析其分子特征。方法收集深圳、海南、湖北和河南四地间日疟患者血样5份（其中海南2份）,并提取核酸DNA,采用PCR从核酸提取物中扩增出间日疟原虫SSUrRNA基因片段,纯化后分别与pGEM—Teasy质粒连接构建重组子并转化大肠杆菌JM109;阳性克隆以双酶切鉴定后,双脱氧末端终止法测定序列,采用BLAsT和MEGA4软件分析序列相互关系特征。结果5株间日疟原虫SSUrRNA基因扩增片段大小一致,约为998bp;核酸序列测定结果显示,所克隆的SSUrRNA基因片段均含有998个核苷酸,不同地理株间SSUrRNA基因序列有9个位点存在变异的可能,两两比对的同源性均高于99．5％,其中河南与湖北株序列的同源性为100．0％;与GenBank中报道的国外6株间日疟原虫相同序列作分子系统进化分析。国内5株间日疟原虫SSUrRNA基因序列与Sa11株遗传距离小,亲缘关系接近。结论测定的国内间日疟原虫SSUrRNA基因序列在不同地理株间相对保守．其间存在的单核苷酸多态性与地理变化有一定程度的关系。