福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

长沙市4例输入新型冠状病毒Omicron变异株全基因组序列特征分析

目的 分析长沙市境外输入新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的全基因组序列特征以及遗传变异情况。方法 采用高通量测序方法对2021年12月的SARS-CoV-2进行全基因组序测序,序列进行比对以及进化分析。结果 本研究获得4株SARS-CoV-2全基因组序列,长度为29 685 bp。毒株核苷酸序列与Wuhan-Hu-1参考株(EPI＿ISL＿402125)相比,同源性为99.6%。与Omicron变异株(EPI＿ISL＿8890653)相比,同源性为99.9%。进化树分析表明毒株序列位于BA.1.1分支,与SARS-CoV-2 Omicron变异株位于同一分支。氨基酸序列位点分析发现毒株具有典型的Omicron序列突变位点。ORF1ab区域发现G5494S,K4346R,T5035I和E6945D突变。S蛋白抗体结合区域发生R346K突变。结论 长沙市输入的Omicron变异株携带已报道可明确导致病毒传播和致病力发生变化的突变位点,应继续加强疫情应对措施。     

一例境外输入新型冠状病毒奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组特征分析

目的 分析1例境外输入新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组序列分子特征。方法 对1例境外输入SARS-CoV-2感染者进行核酸检测和全基因组测序，利用生物信息学软件进行分型、同源性分析、氨基酸位点变异分析、磷酸化位点分析和构建进化树等。结果 获得1条长29 609 bp的SARS-CoV-2全基因序列，在进化树上位于B.1.1.529进化分支BA.2.3进化小枝。与wuhan-hu-1相比，共发生71个核苷酸位点变异和27个核苷酸位点缺失；62个氨基酸位点发生变异或缺失，其中S蛋白和N蛋白变异或缺失位点最多，分别发生31个和7个。结论 加强境外归国人员SARS-CoV-2的核酸检测和全基因组测序，有利于防控由境外输入引起的新型冠状病毒感染暴发。     

新型冠状病毒Delta变异株引起的宁波市镇海区本土疫情传播链分析

目的调查新型冠状病毒(新冠病毒)Delta变异株引起的宁波市镇海区本土聚集性疫情, 分析其传播链, 为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情防控提供参考依据。方法资料来源于现场调查收集2021年12月6-18日宁波市镇海区新冠病毒感染者个案信息。采用现场流行病学调查方法, 描述COVID-19病例流行病学特征和传播链。结果首例病例为途经中风险地区, 直接或间接接触阳性感染者而感染新冠病毒, 后继出现家庭内聚集性疫情, 并通过工作、生活、艾灸养生活动等密切接触而传播。疫情共持续14 d, 共报告确诊病例74例, 潜伏期M(Q1, Q3)为4.0(3.0, 5.8)d。所有病例均在一条传播链上, 传播6代以上, 代间距M(Q1, Q3)为3.5(2.0, 5.3)d。基因测序结果为Delta变异株(AY.4进化分支), 流行病学调查和基因测序结果均显示宁波市镇海区本土疫情与上海市疫情为同一起关联疫情。结论本起疫情传播链清晰, Delta变异株(AY.4进化分支)具有明显的家庭、封闭场馆、集中居住地聚集性, 要加强重点区域、重点人群健康管理, 提高核酸检测频次。     

厦门市境外输入新冠病毒奥密克戎变异株基因组特征分析

目的 分析厦门市输入性新冠病毒奥密克戎（Omicron）变异株的基因组序列特征,为防控境外输入性Omicron变异株引起的本土疫情提供理论依据。方法 采集厦门市2021年12月—2022年2月输入的144例新冠肺炎病例鼻拭子样本,用二代测序技术进行新冠病毒基因组测序,对获取的全基因组序列进行变异位点检测,并基于邻接法用Mega软件构建进化树。结果 去除低质量序列后,共获得119例病例的组装完整的病毒基因组序列,1×覆盖度99.3%～99.6%。Pangolin分型显示,共鉴定出17个Omicron变异型,包括11个BA.1及其分支,6个BA.2及其分支。共发现149个核苷酸突变位点,71个新发氨基酸突变位点：其中ORF1ab区50个、S蛋白区4个、ORF3a区6个、ORF7a区2个、ORF8区2个、N蛋白区7个。在S蛋白的受体结合域关键位点上未发现变异。结论 在Omicron变异株流行初期,揭示了厦门市输入性Omicron变异株病毒序列的基因组变异特征,为持续监测新冠病毒基因组变异奠定了基础。     

2021年10月内蒙古自治区额济纳旗新型冠状病毒肺炎疫情流行病学特征分析

目的分析2021年10月内蒙古自治区额济纳旗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的流行病学特征, 为完善防控措施提供科学依据。方法收集截至2021年11月13日额济纳旗COVID-19确诊病例的发病时间、病例分布、人群特征、基因测序结果等信息, 进行描述性分析。结果额济纳旗COVID-19疫情首发患者的症状出现于10月7日, 病例报告集中在10月19日至11月12日, 确诊病例共164例。其中达来呼布镇报告156例(95.12%), 主要分布在镇内6个社区。确诊病例男女性别比为1.3∶1, 以20～59岁为主(78.66%)。临床表现主要为咽部不适(91例, 91.92%)、咳嗽(49例, 49.49%)、发热(23例, 23.23%)。临床分型以普通型(81例, 49.39%)、轻型(68例, 41.46%)为主。病例发现方式主要为集中隔离点检测发现(84例, 51.22%)和全员核酸检测发现(62例, 37.80%)。本次疫情早期基本再生数(R0)为5.3, 平均潜伏期为3.9 d。测序结果显示属于Delta变异株(B.1.617.2进化分支)。主要防控措施为及时启动公共卫生Ⅳ...     

2022年5—9月新疆、江苏口岸输入性新冠病毒基因型分析

目的 对新疆、江苏口岸输入性新冠病毒（SARS-CoV-2）核酸阳性灭活样本开展全基因组测序，掌握输入性SARS-CoV-2基因型及分子特征，为口岸新冠肺炎疫情防控提供理论指导。方法 采用商品化荧光定量RT-PCR试剂盒检测2020年5—9月新疆、江苏口岸入境人员咽拭子样本的SARS-CoV-2核酸，检测荧光阈值小于等于32(Ct≤32)的阳性样本用华大二代测序仪进行全基因组测序。结果 2020年5—9月，共检测了新疆、江苏口岸入境人员29 917份咽拭子样本，检出输入性新冠病毒阳性人员156例，其中江苏口岸113例，新疆口岸43例。对其中41份阳性样本开展了全基因组测序，均为奥密克戎（Omicron）变异株，共15个基因型，最多的是BA.5.2变异株，有17株；其次是BA.2.75变异株，4株；此外还有BA.2、BA.5.1、BA.4等基因型。结论 及时掌握了新疆、江苏口岸输入性SARS-CoV-2变异特征，为口岸新冠肺炎防控提供了技术支持。     

内蒙古某口岸城市新冠感染疫情流行病学特征分析

目的 分析内蒙古满洲里市新冠感染疫情流行病学特征，为口岸城市疫情防控提供参考依据。方法 收集整理2021年11月28日—12月17日传染病报告信息系统满洲里市新冠感染病例信息和流行病学调查报告，采用Excel 2003和SPSS 19.0软件分析流行病学特征和疫情特点。结果 2021年11月28日—12月17日满洲里市累计报告新冠感染病例548例，男女性别比1.03∶1,31～60岁病例占51.6%,职业以家务及待业、学生、工人为主，临床严重程度主要为轻型(46.5%)和普通型(47.6%);早期病例临床症状主要为咳嗽、咽痛、流涕、发热等流感样症状，具有一定隐匿性；病例的疫苗接种比例较高(90.7%),未接种疫苗病例重型、危重型比例高于接种疫苗病例。结论 2021年11月28日—12月17日的满洲里市疫情为一起新的境外输入来源引起的口岸城市疫情，属于Delta变异株，具有场所、家庭、学校聚集特点。疫苗接种可有效降低Delta变异株所致新冠感染患者临床严重程度。     

基于新冠病毒Delta及Omicron变异株流行特征变化对疫情防控措施优化分析

目的 分析比较宁波市Delta和Omicron变异株引发本土聚集性疫情续发感染者的流行特征,为进一步优化调整新冠肺炎疫情的防控措施提供参考依据。方法 以2021年12月1日—2022年5月31日宁波市37起本土新冠肺炎疫情中判定为密切接触者（密接）中的171例续发感染者为研究对象,对两种变异株的感染者流行特征进行描述性分析,以与关联病例有明确暴露时间的续发感染者计算潜伏期。结果 确诊病例占80.70%(138/171),无症状感染者占19.30%(33/171)。Delta和Omicron变异株感染者分别占64.33%(110/171)和35.67%(61/171),Omicron变异株的无症状感染者比例高于Delta变异株（54.1%vs. 0,P <0.01）。与关联病例有明确暴露时间的22例确诊病例（Delta变异株15例,Omicron变异株7例）平均潜伏期为（3.45±0.44）d,Delta和Omicron变异株感染者的最长潜伏期分别为8和6 d,平均潜伏期分别为（3.60±0.58）和（3.14±0.63）d,差异无统计学意义（P> 0.05）。Omicron...     

中国大陆地区COVID-19境外输入确诊病例特点分析

  目的  分析2020年3月4日至2021年10月31日以来中国大陆地区境外COVID-19输入病例的流行特点,为输入性疫情防控提供参考。  方法  收集国家和地方卫生健康委员会(简称卫健委)官方网站上疫情通报信息,提取境外输入确诊病例、输入性病例的来源国家和地区以及流向省份等数据。采用Joinpoint回归模型分析输入性病例在不同来源国家和地区及流入省份的差异。  结果  2020年3月4日至2021年10月31日,中国每月新增境外输入确诊病例与境外输入现有确诊病例大致呈现“W”型变化趋势。研究期间,中国境外输入病例共来自152个国家和地区,其中来自缅甸、美国、菲律宾、俄罗斯四国的输入病例占了27.6%。流向上海市、广东省、云南省、四川省、福建省5个地区的病例数占总病例数的70.59%。  结论  中国输入性疫情呈现较大波动趋势可能与全球疫情变化及国内防控政策相关。针对输入性病例来源地及流入地分布的不均衡现象,政府应针对重点来源国家和地区及输入省份采取针对性措施,各省市应根据输入国及地区特点、病毒变异特征动态调整“外防输入”政策。     

广州市Delta变异毒株导致COVID-19疫情的流行病学参数估计

目的 调查广州市一起输入型Delta变异毒株引起的COVID-19疫情,分析其传播链及传播特征,为预测疾病发展及疫情防控提供理论依据.方法 通过收集广州市官方发布的信息,从中选择具有明确传播链的确诊病例,计算此次疫情传播的代间隔(serial interval,SI)、基本再生数(R0)以及实时再生数(Rt)等传染病指...     

新型冠状病毒肺炎境外输入性病例与全球病例地区分布关联性

  目的  对我国新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019,COVID-19）境外输入性病例地区分布和全球病例分布进行关联性分析,为精准防控提供政策依据。  方法  收集中国COVID-19境外输入性病例和全球其他国家地区病例数据,通过描述性流行病学和Spearman相关分析方法分析境外输入性病例分布及其与全球病例分布的关联性。  结果  截至4月9日,中国共报告境外输入病例995例,主要分布在上海（20.20%）、广东（17.59%）、北京（17.19%）和黑龙江（8.74%）;主要输入国为英国（27.74%）、美国（14.87%）、俄罗斯（12.16%）和西班牙（8.74%）。使用世界卫生组织各成员国（及地区）区域划分进行地区关联性Spearman相关分析,除西太平洋和东南亚区域外,其他4个区域均有统计学意义（均有P < 0.05）。  结论  中国输入病例与输入国本土病例间总体相关;部分卫生体系和资源相对薄弱的国家地区疫情存在低估;中国在输入性疫情防控上,应特别关注卫生体系和资源较差的非洲、东南亚、南美等国家地区,各省可依据输入病例分布情况开展风险评估,制定和实施精准防控和分类管理措施。     

广州市一起由新型冠状病毒Delta变异株引起的家庭聚集性疫情流行病学调查

目的 分析广州市一起由Delta变异株(B.1.617.2)引起的COVID-19家庭聚集性疫情的流行病学特征,为相关疫情防控提供参考。方法 从中国疾病预防控制中心传染病报告管理信息系统和流行病学调查资料获取病例信息,采用描述性流行病学方法对该起疫情的调查和特征进行分析描述。结果 该起家庭聚集性疫情涉及6名确诊病例,其中男、女各3人,中位年龄为24.50岁,均无新型冠状病毒(简称新冠)疫苗接种史。病例1～4与确诊病例在某餐厅有同时段用餐史,在暴露后4～7 d陆续发病;家庭成员病例5、6则分别在病例1～4发病后2～5 d发病。除病例1、2是由社区集中核酸检测发现,其余4人均是作为病例1、2的密切接触者在集中隔离观察中检测发现。6名病例活动轨迹累计涉及24个重点场所,共甄别密切接触者427人,除病例3～6外无续发感染。结论 结合疫苗接种和非药物类控制措施,重点关注和控制家庭聚集性发病,仍是阻断COVID-19疫情社区传播的重要策略。     

六安市69例新型冠状病毒肺炎病例的流行病学特征

  目的  探究六安市COVID-19病例的流行特征,为该地COVID-19疫情防控提供科学依据。  方法  选取截至2020年2月18日24时传染病报告系统中六安市所有COVID-19确诊病例,收集一般人口学特征、病例发病和就诊信息、流行病学特征等资料描述病例特征,采用SaTScan 9.6.0.0软件分析疾病传播的时空分布特征,应用Excel 2010软件绘制流行曲线。  结果  六安截至2020年2月18日共报告确诊病例69例,男性(44例)多于女性(25例),年龄集中在36~45岁(37.68%),工人最多(24.64%)。首发症状以发热(50例,72.46%)、咳嗽(25例,36.23%)和乏力(12例,17.40%)为主。全市以金寨县(23例)、霍山县(17例)和霍邱县(13例)疫情最严重。发病数于1月25~28日出现首个流行峰,1月27日出现单日最高,后呈下降趋势。共发生45例聚集性病例。  结论  六安市COVID-19疫情总体可防可控,后期需警惕家庭聚集性和无症状感染者以及输入性病例传播的风险,做好密切接触者的排查工作。     

湖南省新型冠状病毒肺炎流行特征与临床特征

  目的   探讨湖南省新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019，COVID-19）的流行病学与临床特征。   方法   对确诊病例的流行病学和临床特征及其影响因素进行描述与分析。   结果   湖南省累计报告COVID-19确诊病例1 019例。从2020年1月21日确诊首例输入性病例至4月1日，病例的增长首先经历快速增长期，在2月中旬病例数趋于稳定，2月下旬至3月14日，为治愈病例数持续增长的消退期。前期病例以输入性病例为主，2月2日后本地病例新增数超过了输入性病例新增数。52.7%的病例临床首发症状为发热，但部分病例为腹泻恶心等消化道症状。聚集性病例代间距为5（2，9）d，一代病例中位潜伏期为7.5（5，11）d，二代病例中位潜伏期为10（7，14）d，各地市的累计发病率与对应城市的迁徙指数呈正相关，相关系数r=0.628（P=0.016）。   结论   湖南省COVID-19的总体疫情已经得到控制，但防控境外输入性病例的压力较大，且企业复工与学生复学增加了人员的流动性，近期疫情防控形势依然严峻。     

江西省新型冠状病毒肺炎疫情时空演化与影响因素

  目的  分析江西省COVID-19疫情的流行病学特征、时空演化及影响因素。  方法  采用文本分析法提取流行病学信息，使用ArcGIS 10.3软件绘制疫情演化图谱、空间分析方法探讨疫情时空分布特征、偏最小二乘法(partial least square, PLS)分析疫情分布的影响因素。  结果  江西累计确诊930例，中青年(31~55岁)最多，占总数的60.40%，主要从事于服务业、务工及职工；依据活动轨迹与接触史可划分为输入型、混合型和扩散型3个感染群体，扩散型感染者占总体的85.48%；疫情发展可划分为外源输入型增长期、省内扩散型增长期和内外控制型稳定期3个阶段，疫情空间分布呈“西南-东北”走向和“赣北重于赣中赣南、南昌-新余两极突出”的格局；人口聚集程度、同外界交流互通的强度、与疫情重灾区的距离是影响疫情分布的主要因素。  结论  江西省COVID-19确诊病例性别分布均衡，中青年、服务业从事人员为主要群体；时间上“先快后慢”，空间上异质性显著；人口聚集程度、流动强度及总体疫情格局是影响疫情分布的关键。     

2021年宁波市一起新型冠状病毒Delta变异株本土聚集性疫情流行特征分析

目的 分析宁波市一起新型冠状（新冠）病毒Delta变异株本土聚集性疫情流行特征,为完善新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情防控政策提供参考依据。方法 通过制定病例定义,开展病例搜索,对发现的病例开展现场流行病学调查,采集相关标本开展病原学检测,运用描述流行病学方法进行分析。结果 本起疫情累计报告74例确诊病例,病例以轻型为主,占87.84%（65/74）,无重型和危重型。流行曲线呈人传人传播模式,据流行病学调查显示,本起疫情至少传播6代。病例年龄范围为2~80岁,其中≥60岁占27.03%（20/74）。职业分布中以工人占55.41%（41/74）和家务/待业占27.03%（20/74）为主,疫情局限,未发生病例外溢。病例间流行病学关联明确,传播链清晰。基因测序结果证实为新冠病毒Delta变异株,与浙江省外输入关联疫情高度同源。结论 本起疫情为一起浙江省外输入COVID-19确诊病例引起的本土聚集性疫情,通过生活、工作接触导致社区传播扩散。     

武汉综合性医院门诊发热患者中新型冠状病毒肺炎确诊情况

目的 分析武汉市COVID-19疫情期间发热人群的流行病学特征规律,旨在为疫情防控提供科学依据.方法 收集综合性医院发热门诊2698例发热病例中的肺炎病例和SARS-CoV-2核酸检测阳性病例,采用描述性流行病学方法进行统计分析.结果 2020年1月1日至2020年2月12日武汉市综合性门诊共接诊发热患者2698人次,...     

基于网络数据的新型冠状病毒肺炎流行特征分析

  目的  分析新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019, COVID-19, 简称“新冠肺炎”)的流行病学特征与部分临床特征,为新冠肺炎的防控提供参考依据。  方法  通过爬虫技术爬取“今日头条”网站发布的新冠肺炎确诊病例及其活动轨迹信息,进行统计分析。  结果  2020年1月8日-2020年2月16日,共收集到病例6 814例,省会及直辖市病例数占15.13%,地级市及县镇病例数占63.98%,农村病例数占比13.41%;新冠肺炎确诊人数呈先增加后减少的趋势;男性确诊患者数量较女性确诊患者数量多5.85%,不同年龄段的性别构成差异有统计学意义(x2 =36.466,P < 0.001);患者年龄中位数为45岁,18~45岁分段人数最多,占44.35%;患者潜伏期中位数为8 d,潜伏期在1~14 d内的患者占86%,不同年龄段分组,男女潜伏期天数的差异均无统计学意义(均有P>0.05)。  结论  人群对新型冠状病毒普遍易感,潜伏期符合一般病毒的规律。由于我国疫情防控措施得当,且传播风险期短,疫情的发展得到遏制。新冠肺炎流行病学特征的研究成果将为我国新冠肺炎新一波疫情防控和复工复学的策略制定提供参考依据。