烟台沿海地区人源和猪源戊型肝炎病毒基因型别的研究

目的调查烟台市沿海地区人源与猪源戊型肝炎病毒（HEV）基因型别的相关性。方法应用逆转录一巢式聚合酶联反应（RT—nPcR）方法对当地急性散发戊型肝炎患者、正常人群中抗HEV-IgM阳性者和当地养猪场的猪进行HEVRNA检测,并对HEVRNA阳性标本进行克隆测序和序列分析。结果16例急性散发戊型肝炎患者中有7例粪便标本HEVRNA阳性;51份IgM阳性正常人群血清标本中有1份HEVRNA阳性;34份猪胆汁标本中有1份HEVRNA阳性。序列分析发现该地区HEV人株与猪株在ORF2部分区域的核苷酸序列同源性为87％～98．1％。7株患者的戊肝病毒基因型和1株猪的戊肝病毒基因型均为Ⅳ型,基因序列同源性在87％～98．1％之间;其中有6例患者和猪的基因序列同源性在93．9％～98．1％之间,为Ⅳ型a亚型;1例患者和猪的基因序列同源性为87％,为Ⅳ型d亚型。正常人群的1例戊肝病毒基因型为Ⅰ型d亚型。该地区人与猪HEV的ORF2的部分基因片段与HEVⅠ～Ⅳ型的代表株进行比较,核苷酸序列同源性分别是82．5％～100％,81．7％～92．9％,81．4％～93．9％,84．9％～100％。结论该地区人群中流行的HEV存在2个基因型3个亚型,主要以基因Ⅳa型为主,与猪群中流行的HEV基因Ⅳa型同源性较高;HEVI型在人群中散在存在。     

戊型肝炎病毒基因型地域分布特征的演变

自Reyes1990年首次克隆出缅甸株HEV基因序列以来，国内外不同基因型的HEV毒株陆续被发现。科学家们对已分离的HEV毒株进行了全基因及部分基因的克隆及测序，借助于系统软件的分析对HEV进行了基因分型，发现在世界范围内HEV基因型地域分布特征发生了很多变化。本文回顾了HEV基因型地域分布演变的过程，概括了HEV基因型新的地域分布特征。     

人、猪、禽戊型肝炎病毒血清学关系的研究

目的研究人、猪、禽戊型肝炎病毒（HEV）的血清学关系。方法应用ELISA分别以人、猪、禽HEVORF2重组蛋白p166human、p166swine、p268avian检测人、猪、鸡血清及其他标本中抗．HEVIs,G，用SAS软件进行统计学分析，同时进行序列同源性比较。结果p166human和p166swine对HEV实验感染动物血清、HEVORF2重组蛋白免疫血清和单克隆抗体均呈阳性反应，而p268avian均呈阴性反应。以p166human、p166swine、p268avian检测人、猪、鸡血清抗．HEVIgG，戊型肝炎患者血清检出率分别为98．5％、97．7％和1．5％，正常人血清为10．0％、10．0％和4．0％，猪血清为26．9％、25．6％和1．3％，鸡血清为4．3％、2．2％和33．3％。p268avian与p166human或p166swine的检出率差异有统计学意义（P〈0．001）。相关性分析表明，p166human和p166swine对不同样本的检测均呈直线正相关，而p268avitm与p166human或p166swine无直线相关性。人和猪HEVpORt2的序列同源性在88．2％。99．2％，而禽HEV与人、猪HEVpORt2的同源性仅为45．5％～46．1％，其中含有多个插入和缺失突变。结论人和猪HEV血清学关系密切，而禽HEV与人、猪HEV抗原性差异有统计学意义，无血清学相关性。因此禽HEV与人、猪HEV的关系应予进一步考证。     

戊型肝炎病毒摩洛哥株非编码区基因序列鉴定及基因型分型

目的　检测戊型肝炎病毒 (HEV)摩洛哥株非编码区 (UTR)序列 ,探讨HEV非编码区序列能否作为其基因型分型的依据。方法　使用基于RNA连接酶的cDNA末端快速扩增法 (RLM RACE)扩增HEV摩洛哥株 5′和 3′端片段并测序。所得序列使用LASERGENE和PHYLIP软件包与其他 2 9株HEV序列比较。结果　只有基于甲基化帽子结构的RLM RACE扩增出了 5′端片段。HEV摩洛哥株 5′端UTR有 2 6个核苷酸 ,3′端polyA之前有 6 5个核苷酸。基于 3′端UTR序列的进化树与基于全基因序列的进化树不全相同。HEV 3′端至少需要 10 0个左右核苷酸长的序列才可进行HEV基因型分型。结论　HEV摩洛哥株 5′端有甲基化帽子结构。HEV 3′端UTR序列不能完全代替全基因组序列进行基因型分型。部分序列替代全基因组进行基因型分型时需要考虑其部位和长度因素。     

河南省漯河地区乙型肝炎病毒基因型别的初步研究

目的 初步确定流行于河南漯河地区的乙肝病毒的基因型的基本情况.方法 采集河南漯河地区乙型肝炎表面抗原阳性的血清,利用PCR扩增得到HBV的S基因;用DANSTAR软件对其进行核苷酸序列分析,构建系统发生树,分析基因型.结果约75.7%样本的HBV S基因序列位于HBV系统发生树的基因型C,约20%的样本其S基因位于系统发生树的基因型B,近4.3%的样本其S基因位于系统发生树的基因型D.结论 流行于河南漯河地区的乙肝病毒多数为基因型C,少数为基因型B,极少数为基因型D.     

散发性戊型肝炎病毒部分核苷酸序列分析

目的为阐明戊型肝炎病毒（ＨＥＶ）毒株的地理分布、流行特征以及研制血清学诊断试剂和基因工程疫苗提供资料。方法选择１例浙江仙居山区散发性ＨＥ患者，从其血清中分离ＨＥＶＲＮＡ，通过逆转录－套式聚合酶链反应法（ＲＴ－ｎＰＣＲ），扩增该散发性ＨＥＶ（Ｚ－３３株）ＯＲＦ２区部分ｃＤＮＡ片段（４９７ｂｐ），然后进行直接序列分析，并与ＨＥＶ各主要代表株序列作比较。结果Ｚ－３３株与新疆流行株ＣＨ１．１的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为９６．７％及９８．２％；与缅甸流行株的同源性分别为９４．２％及９９．１％；与缅甸散发株的同源性分别为９５．２％及９９．１％，与墨西哥株的同源性分别为８１．８％及９４．５％。结论浙江仙居散发性ＨＥＶＺ－３３株和新疆流行株ＣＨ１．１一样，与ＨＥＶ缅甸株可能为同一亚型。     

戊型肝炎病毒在动物中的分布和传播

近几年的研究结果表明，HEV不但可以侵犯人类，而且有多种动物可以作为HEV的自然宿主，从而引起HEV在动物中的广泛分布和传播，提示HE是一种人畜共患性传染病，这对HEV感染的防治和动物模型的选择具有重要意义。     

不同基因型戊型肝炎病毒的抗原表位分析

目的 研究不同基因型戊型肝炎病毒(HEV)的抗原表位特点。方法 以HEV基因工程重组蛋白p166Bur、p166Mex为免疫原，制备单克隆抗体(McAbs)。采用间接ELISA法及免疫印迹法(Western blot)，检测所制备的McAbs与7种不同基因型和亚型p166(p166Bur、p166Pak、p166Mor、p166Mex、p166Us、p166Nz和p166Chn)的交叉反应性。结果 获得4株稳定分泌基因型相关MeAb的杂交瘤细胞株，即1B5、1D10,1G10和D4A3。经检测，1B5、1D10,1G10分泌的McAbs只与p166Bur及p166Mor特异结合，D4A3分泌的McAb只与p166Mex特异结合。结论 不同基因型HEV存在不同的抗原表位。     

猪戊型肝炎病毒株swGX32全基因组序列分析

目的 分析从广西地区分离的1株猪戊型肝炎病毒swGX32全基因组序列并比较其与其他分离株的差异.方法 设计PCR引物,用巢式反转录聚合酶链反应法(RT-nPCR)分段扩增戊型肝炎病毒(HEV)株swGX32全基因序列,用cDNA末端快速扩增法(RACE)扩增其末端序列,对扩增产物进行克隆和测序,并对拼接后的基因组进行序列和进化分析.结果 除3′polyA尾巴外,swGX32全长7240 nt, ORF1与ORF2重叠4 nt, ORF3包含在ORF2序列中.swGX32全基因序列与HEV1～4型核苷酸序列的同源性分别为:73%～74%、73%、74%～75%,83%～94%,其中与中国人源HEV株JKO-ChiSai98C同源性最高,达94%.全基因序列进化分析显示,swGX32位于HEV基因4型分枝上,ORF2部分核苷酸序列进化分析显示,swGX32与JKO-ChiSai98C同在HEV 4a亚型分枝上.结论 猪HEV swGX32在全基因组结构及分子进化上均与人HEV JKO-ChiSai98C有密切关系,为揭示戊型肝炎是一种人兽共患病提供了分子生物学依据.     

Full genomic sequence analysis of swine genotype 3 hepatitis E virus isolated from Shanghai

The full genomic nucleotide sequence of a previously identified genotype 3 hepatitis E virus (HEV), strain SAAS-JDY5, was obtained using RT-PCR and rapid amplification of cDNA ends (RACE). The genome consisted of 7225 nucleotides, excluding a poly-A tail at the 3′ terminus, and contained three open reading frames (ORFs), ORF-1, ORF-2 and ORF-3, encoding 1702, 660 and 113 amino acids, respectively. Phylogenetic analysis confirmed that SAAS-JDY5 belonged to genotype 3 HEV and was most closely related to the Japanese isolate wbJYG1 (AB222184). SAAS-JDY5 shared approximately 87% nucleotide similarity to human and swine strains from the United States, compared with 74–75% similarity to Asian (genotype 4) and Mexican strains (genotype 2). Alignment of the SAAS-JDY5 genomic sequence with reference sequences of the same genotype revealed one nucleotide substitution and one deletion at positions 5145 and 7189 (3′ UTR), respectively. Moreover, SAAS-JDY5 contained two additional nucleotides (AC) at the very end of the 3′-terminus preceding the poly-A tail of the genome. Comparison of the putative amino acid sequence encoded by the SAAS-JDY5 genome with sequences of other genotype 3 isolates revealed 15 unique amino acid substitutions and one deletion in ORF-1, and three substitutions in ORF-2.     

荧光定量分型PCR、多重PCR和测序检测HBV基因型的方法学比较

目的 比较荧光定量分型PCR、直接测序和多重PCR三种HBV基因分型法,对本实验室建立的荧光定量分型PCR方法进行评价.方法 用多重PCR、直接测序和荧光定量分型PCR法检测113份HBV DNA阳性的临床样本.结果 荧光定量分型PCR和直接测序法检出率100%,多重PCR法检出率94.69%,6份样本未能分型.荧光定量分型PCR和多重PCR的Kappa系数0.915,荧光定量分型PCR和直接测序法的Kappa系数0.742,一致性均较好.对B/C基因型混合感染样本,荧光定量分型PCR法检出28例(24.78%),多重PCR法检出19例(16.81%),直接测序法检出13例(11.50%).结论 荧光定量分型PCR分型结果准确可靠,对基因型混合感染样本的检出率明显高于多重PCR及直接测序法,是一种高效、简便、快速、准确的HBV基因分型法,适用于大规模流行病学调查.     

山东烟台地区HCV感染的基因分型研究

目的 了解山东烟台地区丙型肝炎病毒的基因分型,结合受试者的肝功能指标观察基因型别与肝损情况是否相关.方法 采用特异性PCR引物对HCV RNA5'UTR区和(或)NS5B区进行扩增,PCR产物进行序列分析,通过与GenBank中参考序列的比对,联合遗传进化树对标本予以分型.结果 9例无偿献血员中检出1b和3a两种基因亚型,分别为8例和1例.33例丙肝患者中,检出1b、2a和6a三种基因亚型,分别为22(66.7％)、10(30.3％)和1(3.03％)例.1b亚型是烟台地区HCV携带者的优势流行基因亚型,在不同人群中分布差异无统计学意义(x2=0.796,P=0.373);不同基因分型的受试者其肝损指标的差异有统计学意义(P＜0.05),2a型携带者的ALT、AST均值明显高于1b型.结论 山东烟台地区HCV基因型呈现多样性,以1b为主,并首次检出3a和6a亚型.HCV基因型与肝损指标具有相关性,2a型HCV感染可能在肝细胞的病变过程中起着重要作用.     

广西HCV高危人群庚型肝炎病毒的新基因型核苷酸序列分析

目的 探讨广西HCv高危人群庚型肝炎病毒(HGv)的感染情况及其新基因型的核苷酸序列。方法 静脉药瘾者(IVDAs)85份、肝病患者(PLDs)80份和献血员(BDs)50份血清标本．用PCR法检测庚型肝炎病毒RNA，EIA法检测HBsAg、抗-HCV和抗-HIV；随机选出62份庚型肝炎病毒RNA阳性标本进行核苷酸序列分析，构建种系发生树作基因分型。结果 215份血清中HGv阳性者85份(39.53％)，HBsAg、抗-HGV和抗-HIV的阳性率分别为39.07％、42．79％和0；11份HGV RNA的测序结果证实其有3种基因型，其中5株为新基因型(亚洲型)，51份补测序，其中GBV—C型占3．23％，HGV型占30.65％，亚洲型占64．51％。结论 HGV的3种基因型中存在不同的基因亚型；广西IVDAs、PLDs和BDs中感染庚型肝炎病毒以亚洲型和HGV型为主。     

四川地区部分人群和与人接触密切的家畜禽戊型肝炎病毒感染的调查及基因分型的研究

目的 了解四川地区人群和与人接触密切的家畜猪和鸡戊型肝炎(戊肝)病毒感染的分布及病毒基因分析.方法 采用万泰生物药业的HEV EIA诊断试剂检测人群、猪和鸡血清中戊肝病毒(HEV)IgG抗体.采用逆转录套式PCR方法(RT-nPCR)检测猪胆汁和血清中戊肝病毒核酸,并对阳性产物进行纯化和部分核苷酸序列分析.结果 学龄前儿童血清672份中有41份阳性,阳性率6.1%,成人血清661份中有280例阳性,阳性率42.36%,猪血清36份中有32份阳性,阳性率为88.89%,59份鸡血清HEV抗体均阴性.对15份HEV IgM抗体阳性的患者血清和54份猪胆汁进行RT-nPCR,从1份患者血清和3份猪胆汁扩增到戊肝病毒核酸,4株核苷酸序列之间同源性92.1%～98.6%,与GenBank HEV参考株ORF2相对应序列比较,核苷酸序列与Ch-T21(我国散发性急性肝炎人分离株HEV4 B亚型)之间同源性最高占90.1%～96.9%.结论 四川地区部分人群和与人接触密切的家畜猪均存在HEV感染,尤其是家畜猪感染率高达90%左右,从人和猪分离到的病毒株核苷酸同源性很高,均属于戊肝病毒基因4型.     

丙型肝炎病毒血清学分型与基因分型研究

为了解某农村单采浆供血员人群所感染丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）的血清型和基因型构成，并对两种分型方法进行比较，本工作以ＨＣＶＣ区型特异性多肽对抗－ＨＣＶ进行血清学分型，对已确定血清型的血清进行５′非编码区（ＮＣＲ）逆转录套式聚合酶链反应（ＲＴ－ｎＰＣＲ）和限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）分析以确定基因型，并对６份扩增产物进行序列测定。结果显示１４０份抗－ＨＣＶ阳性血清中，血清Ⅰ型和Ⅱ型分别为４４份（３１．４３％）和１２份（８．５７％），余８４份未能分型。４４株已知血清型的ＨＣＶ中，１ｂ、２ａ和３ｂ等３种基因型分别为３４株（７７．２７％）、９株（２０．４５％）和１株（２．２７％）。两种分型方法一致率为９３．１８％（４１／４４）。对６株ＨＣＶ５′ＮＣＲ的序列分析证实了ＲＦＬＰ分型的正确性。结论认为该人群ＨＣＶ感染以血清Ⅰ型或基因１ｂ型为主；Ｃ区型特异性多肽血清学分型法与ＲＦＬＰ基因分型法符合率高，具有一定应用价值。