我国主要HIV-1流行株耐药基因型检测方法的研究

目的研究针对中国主要HIV-1流行株优化的实验室自建耐药基因型实验室自建检测方法（in—house）的扩增效果及检测敏感度。方法选取中国主要流行亚型的B、CRF07-BC、CRF01-AE亚型各10份样本,这些样本为2007—2009年本实验室采集采自河南、新疆、湖南三地已接受抗病毒治疗患者的样本,并已确定亚型。选用生物梅里埃公司的NuclisensEasyQ方法对选取的30份样本的病毒载量平行进行3次病毒载量检测,取平均值作为载量数值。对每份样本用HIV阴性血浆进行5个浓度的梯度稀释,稀释为〉1000、401～1000、101～400、50～100和〈50拷贝／ml5个浓度梯度。提取核酸后,进行RT—PCR和巢式PCR扩增,对扩增结果进行统计扩增结果,确定每种亚型的扩增效果和最低检测限。随机选取12份样本的初浓度和最低浓度进行测序,对测序结果进行耐药结果分析和序列一致性分析。结果所选样本的病毒载量介于2．03×102～5．92×104拷贝／ml之间。自建的In—house法对载量50—1000拷贝／ml范围的样本仍可达到较高的扩增效果（86％）。样本稀释前后耐药位点相似,序列一致性在97％以上,在低病毒载量时优势病毒株的检测则更敏感。结论自建的实验室方法的灵敏度较高,对低病毒载量水平的样本仍有较高的扩增效果。     

NucliSens HIV-1 QT和Amplicor HIV-1 monitor1.5方法测定HIV-1病毒载量的比较研究

目的进行NuchSens HIV-1 QT和Amplicor HIV-1 monitor 1．5检测相同临床样品HIV-1病毒载量值之间的比较研究。方法收集临床样本82份，使用两种方法测定病毒载量，对病毒载量值进行统计分析。结果未测到核酸的和两种方法病毒载量对数值之差小于0．5的占88．9％；用△log10 VL〈0．5的56份样本统计两种方法的相关性，相关系数为0．956。结论NucliSens HIV-1 QT和Amphcor HIV-1 monitor 1．5两种方法测定的HIV病毒载量值有很好的相关性。     

一种简易的HIV-1病毒载量定量筛查方法的建立

目的 建立一种基于RT-PCR法的简易的HIV-1感染者或艾滋病患者血浆病毒载量筛查方法.方法 在广西南宁市采集18例HIV-1感染者和18例阴性对照者血液标本,提取RNA,以引物LTR-1/LTR-2对待测样本进行PCR扩增,获得Ct值.同时,应用Nuclisens EasyQ HIV-1 v1.2法作为对照对这些样本进行病毒载量检测.对Ct值与病毒载量之间进行相关性分析,获得相应的回归方程.结果 待测样本中HIV-1感染者Ct值在29.103～31.610个循环之间,阴性对照者未能扩增出产物.RT-PCR法Ct值与Nuclisens EasyQ HIV-1 v1.2法检测出的病毒载量对数值之间具有良好的线性关系（r=-0.51,P=0.03）,回归方程为logY（viral road）=57.55-1.56＆#215;（Ct value）.结论 所建立的HIV-1病毒载量RT-PCR检测方法操作简单,价格便宜,与商业化试剂盒具有较好的一致性,可用于HIV-1感染定量筛查.     

应用多重巢式PCR法快速鉴定广西HIV-1主要亚型

目的 建立快速鉴定广西HIV-1主要流行亚型CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B和C的多重巢式PCR方法.方法 针对HIV-1 gag基因设计CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B和C亚型特异性引物,建立多重巢式PCR法,用该法鉴定来自广西的HIV-1毒株的亚型,并与基因测序法的鉴定结果比较.结果 多重巢式PCR法能正确鉴别5种已知亚型的样本,10份HIV阴性样本均无扩增,在72份未知亚型样本中,正确鉴定出66份,分别属于CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B亚型,多重巢式PCR法的灵敏度为91.7%,特异度达100%.结论 多重巢式PCR法能准确鉴定广西CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC和B亚型毒株,是一种简便、快速、低成本的亚型鉴定方法.     

甲型肝炎病毒吕8株基因型的研究

目的：对甲型肝炎病毒吕8株第25代细胞适应株的部分基因序列作基因克隆分析。方法：采用逆转录聚合酶链反应法从细胞培养产物中克隆病毒并进行核苷酸序列分析。结果：吕8株与HM175／7MK－5的核酸／氨基酸同源性最高为98％／96％，基因型属于I B亚型。结论：吕9株与中国地区以前报道的大多数甲肝病毒株有较大差异，进一步证明在中国除了I A亚型外不存在其它基因型的甲肝流行。     

广西HIV-1重组毒株env区快速基因分型方法的建立

目的建立一种快速简便的基因分型方法，对广西HIV-1重组毒株env基因区进行亚型鉴定。方法从HIV阳性样品中提取核酸，使用HIV-1M组通用引物对env区进行第一轮扩增，第二轮则使用分别检测B′/C或C亚型和CRF01-AE亚型的二套特异性引物放入同一反应管中进行扩增，根据不同亚型扩增的目的带位置不同来判断亚型。将通用引物扩增出的所有样本均进行基因测序和系统树分析以验证结果。结果50份样本中，经基因测序和系统树分析证实CRF08-BC样本3份（6％），CRF01-AE样本43份（86％），4份（8％）样本无法确定亚型。经亚型特异性引物PCR法检测得出B′/C或C亚型样本3份（100％），CRF01-AE样本39份（90．7％），灵敏度为91．3％，特异度为100％。两种方法检测结果经差异性检验显示X^2=2．25，P〉0.05，差异无统计学意义，结果一致者占92％。与基因分析结果吻合。重复实验显示CRF08-BC平均重复性为100％（10／10），CRF01．AE为93．8％（61／65）。结论该方法是一种简便、快速、低成本，具有高度灵敏性和特异性的HIV-1毒株env基因区分型法，能够直接对广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株进行鉴定。     

用PCR／RFLP方法对康氏立克次体基因型的分析

用ＲａｓＩ及ＰｓｔＩ限制性核酸内切酶对７株康氏立克次体进行分析。这些菌株分离自南非、埃塞俄比亚、摩洛哥、印度及俄罗斯等地。结果７株康氏立克次体被分成４种不同的ＲＦＬＰ图谱：Ｍ－１和Ｂａｒｂａｓｈ株相同；Ｉｎｄｉａｎ、Ｅｔｈｉｏｐｉａｎ和Ｓ７株相同；Ｍｏｒｏｃｃａｎ与Ｓｉｍｋｏ株的ＲＦＬＰ图谱各不相同，也不同于其它实验株。上述结果证实，康氏立克次体株间存在基因型的差异。     

北京市性传播HIV-1感染者流行毒株gag基因序列测定和亚型分析

目的 了解北京市性传播HIV-1感染者流行毒株亚型特点和流行规律.方法 随机采集北京市2008年新确证性传播HIV感染者的抗凝全血标本100份,分离血浆,提取病毒RNA,用套式聚合酶链反应扩增病毒gag基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 系统进化分析确定北京市性传播HIV-1感染者流行毒株存在8个亚型或流行重组型,分别为B亚型22份,B'亚型8份,C亚型1份,CRF01_AE 38份,CRF02_AG 2份,CRF07 BC 9份,CRF08_BC 3份,疑似C/CRF01_AE重组型1份.结论 CRF01_AE和B亚型分别占45.2%和26.2%,为性传播感染者主要的亚型,应该加强我市HIV-1亚型流行情况的监测.

Abstract：

Objective To investigate the subtype distribution and sequence characteristics of HIV-1 strains prevalent among sexual infectors in Beijing. Methods We collected the blood samples from 100HIV sexual infectors in Beijing during 2008 and separated plasma specimens. RNA was extracted from the plasma and the gag gene was amplified by RT-PCR and nest-PCR. The PCR products were sequenced directly and phylogenetic analyses of gag gene was performed using the MEGA4 software. Results Among 100 HIV-1 plasma samples,84 gag gene fragments were amplified and analyzed. Eight HIV subtypes including B(22 strains), B'(8 strains),C( 1 strain) ,CRF01_AE (38 strains) ,CRF02_AG (2 strains) ,CRF07_BC(9 strains) ,CRF08_BC(3 strains) and C/CRF01_AE recombinant like strain( 1 strain) were identified circulating in Beijing. Conclusion CRF01 _AE and subtype B were predominant in Beijing account for 45.2% and 26.2% and the surveillance of HIV gene variation should be paid more attention.     

HPV高危型别检测联合细胞学检查对宫颈病变筛查的研究

目的 研究人乳头瘤病毒HPV高危型别检测联合液基薄层细胞学检查（TCT）及阴道镜检查对宫颈癌及癌前病变筛查的诊断价值。方法 对1375例宫颈组织细胞样本进行HPV高危型别检测,对其中阳性样本进行TCT检查,有宫颈上皮内瘤变者（CIN）行阴道镜下活检病理组织学确诊。HPV高危型别检测采用双色荧光定量PCR方法进行8种高危型HPV DNA（主要高危型：HPV16,18,45,31）和次要高危型（HPV33,52,58,67）分型及病毒载量检测。结果 1375例样本高危型HPV DNA检测结果为阳性256例,阳性率为18.62％;TCT结果为WNL的样本高危型HPV的感染率为16.41％ （42/256）;TCT结果为ASCUS以上的样本高危型HPV的感染率为83.59％（ 214/256）。HPV各型别的病毒载量在TCT结果为WNL、ASCUS及LSIL/HSIL/SCC之间差异无统计学意义（P＞0.5）。TCT与阴道镜的阳性符合率分别为WNL-正常或炎症92.86％（ 39/42）,LISL-CIN I 81.36％（48/59）,HSIL-CIN Ⅱ＆Ⅲ 85.19％ （23/27）,SCC-宫颈癌9/10。结论 HPV高危型别检测联合TCT技术及阴道镜检查能显著提高宫颈病变的阳性检出率,可作为宫颈癌及宫颈上皮内瘤变（ CIN）筛查的可靠早期诊断方法,具有重要临床应用价值。     

儿童呼吸道腺病毒基因分型方法的建立及其应用

目的利用PCR技术,建立引起儿童呼吸道感染的腺病毒的基因分型方法,便于推广和应用。方法分析GenBank中不同型别腺病毒的六邻体基因序列特点,设计不同型腺病毒的特异性引物,以PCR方法进行基因分型,建立基因分型方法,并利用此方法对广州市2004年7月某幼儿园流行的腺病毒感染进行了基因分型。结果建立了呼吸道腺病毒的基因分型方法。广州市2004年7月某幼儿园流行的腺病毒为3型腺病毒。结论PCR方法可进行腺病毒的基因分型,且简便、结果可靠,便于推广应用。     

儿童呼吸道腺病毒基因分型方法的建立及其应用

目的 利用PCR技术,建立引起儿童呼吸道感染的腺病毒的基因分型方法,便于推广和应用.方法 分析GenBank中不同型别腺病毒的六邻体基因序列特点,设计不同型腺病毒的特异性引物,以PCR方法进行基因分型,建立基因分型方法,并利用此方法对广州市2004年7月某幼儿园流行的腺病毒感染进行了基因分型.结果 建立了呼吸道腺病毒的基因分型方法.广州市2004年7月某幼儿园流行的腺病毒为3型腺病毒.结论 PCR方法可进行腺病毒的基因分型,且简便、结果可靠,便于推广应用.     

深圳市HIV-1 E亚型感染毒株的分子流行病学分析

目的 了解人类免疫缺陷病毒１型Ｅ亚型毒株在深圳市不同人群中流行传播情况、流行时间和传播规律。方法 应用聚合酶链反应（ＰＣＲ）方法对１９９６年深圳市检出的３份人类免疫缺陷病毒１型（ＨＩＶ－１）感染者外周血单个核细胞样本进行扩增,获得ＨＩＶ－１膜蛋白（ｅｎｖ）基因片段,并对Ｃ２－Ｖ３及其邻区３５０～４５０个核苷酸序列进行测定和分析。结果 这３份血样为ＨＩＶ－１Ｅ亚型毒株感染（ｓｚ－Ｅ）,彼此间的基因离散率为２．６％;与Ａ－Ｅ国际参考亚型及国内部分地区流行的ＢＥ型代表株比较,ｓｚ－Ｅ与Ａ－Ｄ参考亚型共享序列及国内Ｂ亚型代表株间的基因离散率均大于２４％,而与主要代表泰国Ｅ亚型（Ｅｃｏｎ）间的基因离散率仅为６．２％。系统树分析显示,ｓｚ－Ｅ与Ｅｃｏｎ聚集在一起,远离其他国际亚型毒株序列。结论 ＨＩＶ－１Ｅ亚型在深圳的流行     

HIV-1型中国株E、B亚型gag基因的克隆与表达

目的 克隆和表达人免疫缺陷病毒（ＨＩＶ）Ⅰ型中国株Ｅ、Ｂ亚型代表株的结构基因ｇａｇ。方法 在分子流行病学调查的基础上，选择１份经部分ｇｐ１２０基因测序判定为Ｅ亚型和１份经部分ｇｐ１２０基因测序判定为Ｂ亚型的代表性样品。利用套式聚合酶链反应（ＰＣＲ），扩增外周血中的前病毒。获得了结构基因ｇａｇ全长片断，并先后克隆到ｐｌｉｎ８Ｐｒ５５和ｐＦａｓｔＢａｃｌ载体中，我们首次克隆到全长的中国株Ｅ亚型ｇａｇ基